吳仕蔓 婁兵海 陳傳武 唐艷 鄧崇嶺 武曉曉
摘要:【目的】應(yīng)用熒光SSR分子標(biāo)記構(gòu)建柚類種質(zhì)分子身份證,用于品種資源鑒定。【方法】收集22 份柚類材料,篩選SSR熒光標(biāo)記引物,采用熒光毛細(xì)管電泳檢測(cè)技術(shù)分析擴(kuò)增條帶分子質(zhì)量和等位基因,獲得相應(yīng)的擴(kuò)增帶型,從而對(duì)每份柚材料進(jìn)行標(biāo)記。采用個(gè)位阿拉伯?dāng)?shù)字和小寫英文字母對(duì)不同等位基因分子質(zhì)量大小進(jìn)行編碼,再按照引物擴(kuò)增帶型數(shù)由大到小順序?qū)⒏魑稽c(diǎn)賦值編碼的數(shù)字串聯(lián)排序,構(gòu)建供試樣品的分子身份證?!窘Y(jié)果】篩選出4 對(duì)多態(tài)性較好的引物,使用這4 對(duì)引物共檢測(cè)到49 個(gè)擴(kuò)增帶型和41 個(gè)SSR等位位點(diǎn),平均每對(duì)引物的有關(guān)帶型數(shù)12.25 個(gè)、位點(diǎn)數(shù)10.25 個(gè)?!窘Y(jié)論】通過擴(kuò)增帶型分析,構(gòu)建了22 份柚類種質(zhì)的分子身份證,包括12 條信息獨(dú)特的身份證。遺傳聚類與分子身份證分析結(jié)果一致,為柚類品種鑒定和保護(hù)提供了重要依據(jù)。
關(guān)鍵詞:柚類;種質(zhì)資源;SSR熒光標(biāo)記;分子身份證
中圖分類號(hào):S666.3 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號(hào):1009-9980(2023)04-0605-10
柚是蕓香科柑橘屬多年生果樹,屬于柑橘屬3個(gè)基本種之一。柚類起源于東南亞或中國(guó)南方一帶,在中國(guó)的栽培歷史長(zhǎng)達(dá)3000 多年,古書《呂氏春秋》記載“果之美者,云夢(mèng)之柚”[1]。中國(guó)是柚類資源的起源中心和遺傳變異中心之一[2],柚為單胚性,在長(zhǎng)期的栽培過程中容易產(chǎn)生遺傳變異,長(zhǎng)期以來,人類對(duì)柚的選擇和培育產(chǎn)生了數(shù)以百計(jì)的柚品種,這些品種具有不同的果實(shí)大小和品種風(fēng)味,形成豐富的種質(zhì)資源,但至今未發(fā)現(xiàn)有真正野生類型[3]。柚類種質(zhì)資源開發(fā)利用與品種鑒定具有巨大的潛力,柚類品種鑒定、分類同其他果樹一樣經(jīng)歷了形態(tài)分類[3]、孢粉學(xué)[4- 5]、同工酶[6]等傳統(tǒng)的鑒定方法。盡管柑橘可根據(jù)枝葉形態(tài)等鑒別其屬種,但柚類的形態(tài)學(xué)標(biāo)記較少,種內(nèi)品種間差異不明顯,隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,以PCR 技術(shù)為代表的DNA分子標(biāo)記技術(shù)被廣泛應(yīng)用,為柚類種質(zhì)資源的鑒定、親緣關(guān)系分析和遺傳圖譜的構(gòu)建提供了良好的技術(shù)手段。其中,SSR(simple sequence repeat)為簡(jiǎn)單序列重復(fù),由1~6 個(gè)核苷酸重復(fù)多次的基序組成,具有信息含量高、共顯性遺傳、操作簡(jiǎn)單、多態(tài)性高等特點(diǎn)[7],且不受形態(tài)和環(huán)境的影響而在柑橘[8]、板栗[9]、蔓越莓[10]上得到應(yīng)用。柚類種質(zhì)豐富,遺傳多樣性低,具有較高的形態(tài)變異,所以需要更準(zhǔn)確、快速、高效的鑒定方法。
在眾多的分子標(biāo)記中,熒光標(biāo)記SSR 能精準(zhǔn)識(shí)別目標(biāo)基因DNA片段大小,精準(zhǔn)識(shí)別到只有1 bp 差異的堿基,檢測(cè)結(jié)果可靠、穩(wěn)定且準(zhǔn)確[11]。所以,熒光標(biāo)記SSR 被廣泛應(yīng)用于果樹遺傳結(jié)構(gòu)分析、品種鑒定、分子身份證構(gòu)建及品種權(quán)保護(hù)等方面的研究。隨著SSR標(biāo)記的研究,“分子身份證”逐漸被提出和應(yīng)用,使得在品種鑒別和檢索時(shí)變得更快捷。目前,通常采用熒光測(cè)序技術(shù)結(jié)合新的帶型編碼方式構(gòu)建分子身份證,該技術(shù)已成功應(yīng)用于構(gòu)建桃[12]、杏[13]、梨[14]、蘋果[15]等多種果樹的分子身份證。目前,尚未發(fā)現(xiàn)利用SSR 熒光毛細(xì)管電泳結(jié)合新的帶型編碼方式構(gòu)建柚類資源分子身份證的相關(guān)研究報(bào)道,筆者在本研究中以22 份柚類種質(zhì)為研究材料,采用SSR 熒光標(biāo)記引物,結(jié)合熒光毛細(xì)管電泳檢測(cè)技術(shù)分析擴(kuò)增條帶分子質(zhì)量和圖譜帶型方式構(gòu)建分子身份證,以期為柚類品種的鑒定和親緣關(guān)系分析提供一定的理論依據(jù)。
1 材料和方法
1.1 試驗(yàn)材料
22 份柚類材料分別取自桂林市廣西特色作物研究院柑橘種質(zhì)資源保存圃、桂林市全州縣以及南寧市高明農(nóng)場(chǎng),每個(gè)品種采集葉片后,保存于-80 ℃超低溫冰箱中備用。
1.2 試驗(yàn)方法
1.2.1 DNA提取及PCR 體系采用磁珠法基因組DNA提取試劑盒提取基因組DNA,并用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA提取質(zhì)量。再取2 μL DNA樣本,用NanoDROP8000 超微量分光光度計(jì)進(jìn)行檢測(cè)核酸濃度和純度檢測(cè),將DNA統(tǒng)一稀釋成20 ng·μL-1,用于后續(xù)的PCR擴(kuò)增。
引物選自李益等[16]報(bào)道的21 對(duì)引物(表1),由武漢天一華煜基因科技有限公司合成。PCR反應(yīng)體系10 μL,包括:2 ×Taq PCR Master Mix 5.0 μL,正、反向引物(10 mol · L- 1)各0.5 μL,基因組DNA(約20ng· μL-1),超純水3.0 μL。PCR反應(yīng)程序:95 ℃預(yù)變性5 min,95 ℃變性30 s,62~52 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,循環(huán)35 次;72 ℃延伸20 min,4 ℃保存。1.2.2 毛細(xì)管電泳檢測(cè)將甲酰胺與分子質(zhì)量?jī)?nèi)標(biāo)混合,取9 μL 混合物于上機(jī)板中,再加入1 μL 稀釋的熒光PCR 產(chǎn)物,上樣于96 通道全自動(dòng)ABI3730XL 遺傳分析儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳。利用GeneMarker 分析軟件對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,將各泳道內(nèi)分子質(zhì)量?jī)?nèi)標(biāo)的位置與各樣品峰值的位置進(jìn)行比較,確定片段大小和基因型類別。
1.2.3 品種分子身份證構(gòu)建?對(duì)25 個(gè)樣品進(jìn)行擴(kuò)增,得到各樣品擴(kuò)增的指紋數(shù)據(jù),將指紋數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為數(shù)字編碼,即分子身份證。編碼方式為:將每對(duì)引物在25 份樣品中擴(kuò)增時(shí)所產(chǎn)生的等位基因按從小到大的順序排序,然后用個(gè)位阿拉伯?dāng)?shù)字1,2,3,……,9 作為不同等位基因的代碼,等位基因數(shù)大于9 時(shí),用a,b,c 代表第10、11、12 個(gè)等位基因,依次類推,無擴(kuò)增產(chǎn)物時(shí)用0 表示;然后,以2 位代碼對(duì)某個(gè)標(biāo)記的圖譜帶型進(jìn)行編碼,雜合帶型以2 位不同代碼編碼,純合帶型以2 位相同代碼編碼。根據(jù)各個(gè)標(biāo)記帶型數(shù)的多少,確定用于構(gòu)建分子身份證的標(biāo)記;再按照帶型數(shù)由大到小的順序,將某一供試種質(zhì)各標(biāo)記的編碼串聯(lián),即形成8 位數(shù)字或字母表示的分子身份證[13]。
1.2.4 聚類分析?使用Cervus 軟件計(jì)算引物的多態(tài)性信息含量(polymorphism information content,PIC)和基因多樣性(gene diversity,D),將各樣品各位點(diǎn)的等位基因編碼成0,1 矩陣形式的指紋圖譜。利用GenAIex 軟件計(jì)算各個(gè)樣品間的遺傳距離(Neis genetic distance,GD),根據(jù)遺傳距離構(gòu)建進(jìn)化樹。
2 結(jié)果與分析
2.1 引物篩選
經(jīng)熒光毛細(xì)管電泳后,每對(duì)引物均獲得精確的DNA 片段大小,如引物CS5 的SSR 檢測(cè)結(jié)果(圖1)。21 對(duì)引物中,有4 對(duì)引物多態(tài)性(PIC)大于0.7,屬于高多態(tài)性位點(diǎn);PIC 介于0.3~0.7 之間的引物有16 對(duì),屬于中高多態(tài)性位點(diǎn);僅有1 對(duì)引物CS3 PIC 為0.147,低于0.2,屬于低多態(tài)性位點(diǎn),表明該基因較保守(表2)。經(jīng)篩選確定4 對(duì)引物CS5、CS7、CS12、CS18 用于后續(xù)柚類種質(zhì)分子身份證的構(gòu)建。
2.2 毛細(xì)管電泳結(jié)果
利用4 對(duì)引物對(duì)25 份品種資源進(jìn)行擴(kuò)增,共檢測(cè)到等位基因數(shù)為41 個(gè),每個(gè)引物檢測(cè)到的等位基因數(shù)為8~11 個(gè),平均每個(gè)引物擴(kuò)增10.25 個(gè),其中擴(kuò)增等位基因數(shù)CS5、CS12、CS18 相同,為11 個(gè),最少的是CS7,為8 個(gè);擴(kuò)增片段長(zhǎng)度在119~282 bp 之間,其中引物CS18 擴(kuò)增的基因片段較長(zhǎng)。每個(gè)引物擴(kuò)增有效等位基因(Ne)介于4.005~5.365 之間,平均為4.484;引物多態(tài)性信息(PIC)值變化范圍為0.726~0.79,平均為0.748,其中CS5 最大,CS18 最小。4 對(duì)引物在22 份柚類種質(zhì)中共檢測(cè)基因型(帶型數(shù))49 個(gè),每個(gè)引物擴(kuò)增的基因型數(shù)為11~14 個(gè),平均為12.25 個(gè),其中CS5 最大,CS18 最小,CS7 和CS12 相同(表2,表3)。
2.3 種質(zhì)分子身份證編碼
根據(jù)熒光毛細(xì)管電泳及引物多態(tài)性信息,選擇4 對(duì)多態(tài)性(PIC>0.7)的引物,去除多態(tài)性較低的引物,得到各樣品擴(kuò)增的指紋數(shù)據(jù),將指紋數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為數(shù)字編碼,構(gòu)建22 份柚類種質(zhì)分子身份證。按照表2 的引物順序,將每個(gè)熒光標(biāo)記引物擴(kuò)增帶型數(shù)按從多到少的順序排序編碼,將每份種質(zhì)用CS5、CS7、CS12、CS18 這4 個(gè)標(biāo)記得到的等位基因編碼串聯(lián),得到各種質(zhì)的8 位分子身份證(表4)。每個(gè)字符串的數(shù)字從左到右每2 個(gè)數(shù)字分布在同一對(duì)染色體上,對(duì)應(yīng)位置編碼相同表明該引物在不同樣品上得到了相同的擴(kuò)增帶型和等位基因。結(jié)果表明,在供試的22 份柚類資源中,得到了15 份不同類型的分子身份證代碼,其中,桂柚1 號(hào)、柚選1 號(hào)、柚選2 號(hào)與沙田柚共享一套分子身份證代碼;青皮柚與紅寶石共享一套分子身份證代碼;廣西蜜柚與紅肉蜜柚琯溪蜜柚;第2 個(gè)亞組包含19 份資源,包括沙田柚
及變異單株桂柚1 號(hào)、青柚等栽培品種和地方柚類品種。從中可以看出,在遺傳距離為0.18 時(shí),6 個(gè)柚品種被區(qū)分開,日柚和考雅聚為一支,與越南翡翠青柚分離;而青皮柚和紅寶石聚在一起,本研究構(gòu)建的兩者的分子身份證相同,說明其親緣關(guān)系很近。在遺傳距離為0.12 處,桂柚1 號(hào)、沙田柚、柚選1 號(hào)、柚選2 號(hào)聚為一支,而與柚選3 號(hào)和柚選4 號(hào)分離,前四者共享編碼構(gòu)建的分子身份特征代碼,說明四者親緣關(guān)系很近。從聚類關(guān)系樹中可以看出,五鞭柚和囊內(nèi)柚、紅肉蜜柚和廣西蜜柚聚在一起,又與琯溪蜜柚分離,說明五鞭柚和囊內(nèi)柚、紅肉蜜柚和廣西蜜柚的基因組相似性序列相似,親緣關(guān)系很近,紅肉蜜柚、廣西蜜柚與琯溪蜜柚可能是屬于同一個(gè)柚類群。關(guān)系樹上顯示枳、檸檬、金彈單獨(dú)分支,說明SSR 熒光標(biāo)記引物具有可重復(fù)性和準(zhǔn)確性。
3 討論
SSR 熒光標(biāo)記法能精準(zhǔn)識(shí)別目標(biāo)DNA片段大小,檢測(cè)結(jié)果穩(wěn)定、準(zhǔn)確和高效,適用大批量品種的檢測(cè)分析[11,17],已被廣泛應(yīng)用于品種鑒定和分子身份證的構(gòu)建。李益等[16]利用SSR熒光標(biāo)記篩選出21對(duì)核心引物,成功構(gòu)建了包含500 份柑橘品種的DNA指紋圖譜庫,形成了基于熒光毛細(xì)管電泳平臺(tái)的柑橘SSR分子標(biāo)記品種鑒定體系。徐雷鋒等[18]利用篩選的SSR 引物,采用熒光測(cè)序技術(shù)結(jié)合新的帶型編碼方式構(gòu)建96 份百合樣本的分子身份證。朱田田等[19]利用熒光SSR 分子標(biāo)記對(duì)甘肅省11 個(gè)當(dāng)歸(Angelica sinensis)品種(系)的194 份當(dāng)歸樣品進(jìn)行遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析,表明SSR 熒光標(biāo)記檢測(cè)方法可以對(duì)目標(biāo)DNA片段進(jìn)行準(zhǔn)確檢測(cè),結(jié)果可靠。關(guān)于柚類SSR 標(biāo)記的研究已有報(bào)道,劉冬峰等[20]利用4 對(duì)SSR 引物組合,區(qū)分18 份浙江柚類資源并構(gòu)建了浙江地方柚類資源的種質(zhì)鑒定圖;劉勇等[21]利用具有多態(tài)性的33 對(duì)SSR 引物對(duì)來自中國(guó)的122 份柚類資源進(jìn)行了分析,分為7 個(gè)組群,進(jìn)而可細(xì)分為18 個(gè)亞組,主要以三大品種群組成:沙田柚品種群、文旦柚品種群及龐大的雜種柚品種群;王旭等[22]利用21 對(duì)核心引物,篩選出17 對(duì)具有高多態(tài)性的SSR 引物對(duì)68 份柚類種質(zhì)資源親緣關(guān)系進(jìn)行分析,聚類分析結(jié)果與結(jié)構(gòu)分析結(jié)果一致,表明墊江柚系列與長(zhǎng)壽沙田柚具有很近的親緣關(guān)系并有相同的基因型,從分子水平上說明了墊江柚系列可能屬于沙田柚類型。國(guó)外對(duì)柚類也進(jìn)行了遺傳多樣性研究,Kongsri 等[23]對(duì)泰國(guó)優(yōu)良商品品種,泰國(guó)中部、南部和北部的地方品種和國(guó)外的共53 個(gè)無性系進(jìn)行評(píng)價(jià),結(jié)果表明利用10 個(gè)具有多態(tài)性SSR標(biāo)記的引物,共產(chǎn)生33 個(gè)等位基因,大多數(shù)柚品種,包括商業(yè)品種和雜交品種,都屬于同一類群,而本地和國(guó)外品種比商業(yè)品種更多樣化;Ahmed 等[24]利用60 個(gè)SSR標(biāo)記對(duì)柚品種進(jìn)行分子鑒定,發(fā)現(xiàn)了26 個(gè)多態(tài)性SSR 位點(diǎn),具有77 個(gè)擴(kuò)增等位基因,結(jié)果顯示粉柚和白柚的遺傳相似系數(shù)最大,其親緣關(guān)系較近。
建立“分子身份證”,對(duì)品種鑒定、種苗和農(nóng)業(yè)生物產(chǎn)品的真?zhèn)舞b別具有重要意義。目前分子身份證的構(gòu)建已在綠豆[25]、小麥[26]、水稻[27-28]、黍子[29]、核桃[30]等上應(yīng)用。DNA指紋圖譜是構(gòu)建分子身份證的基礎(chǔ),但指紋圖譜區(qū)別于分子身份證。目前,構(gòu)建分子身份證不同的品種采用不同的編碼方法[18,31],筆者在本研究中采用擴(kuò)增等位基因分子質(zhì)量和結(jié)合圖譜帶型方式構(gòu)建22 份柚類資源分子身份證,在分子身份證上容易區(qū)分種質(zhì)擴(kuò)增的基因帶型是純合子還是雜合子,且這種編碼方式需要的標(biāo)記較少,形成的字符串不長(zhǎng)。
目前,應(yīng)用分子標(biāo)記進(jìn)行柑橘品種鑒定還處于研究階段,對(duì)于親緣關(guān)系很近的柑橘品種,比如本研究的桂柚1 號(hào)是沙田柚的變異單株,兩者很難區(qū)分開;引物開發(fā)和設(shè)計(jì)的SSR 標(biāo)記引物是在已知基因組上隨機(jī)片段設(shè)計(jì)的,無法實(shí)現(xiàn)設(shè)計(jì)的引物在各條染色體上均勻分布,也不能代表整個(gè)基因組的信息。本研究形成的分子身份證能提供參考,但還不能全面的代表柚類品種的信息。因此需要結(jié)合全基因組測(cè)序等方法對(duì)品種進(jìn)行更全面的鑒定。
4 結(jié)論
本研究通過SSR熒光毛細(xì)管電泳檢測(cè),獲得22份柚類的圖譜帶型和等位基因數(shù)據(jù),得到了15 份不同類型的分子身份證代碼,其中12 條為信息獨(dú)特的身份證,為柚類及柑橘種質(zhì)資源鑒定和品種保護(hù)提供依據(jù)。
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