丁玥竹　任宇　扈孟雪　燕文荃　郭愛(ài)偉　周杰瓏　吳培?！￡惙鄯邸⒗蚶?/p>

摘要：為明確獨(dú)龍雞的基因功能和種質(zhì)特性，試驗(yàn)采集3羽健康狀況良好的獨(dú)龍雞卵巢組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，并與飼養(yǎng)條件基本相似并且同周齡的紅原雞卵巢組織進(jìn)行比較。結(jié)果表明，與紅原雞相比，獨(dú)龍雞中差異表達(dá)基因共有7 404個(gè)。KEGG和GO富集分析表明，差異表達(dá)基因主要富集在GTP酶激活劑活性、膜結(jié)構(gòu)、泛素蛋白連接酶活性和ATP結(jié)合等過(guò)程，并參與Ras信號(hào)通路、硒化合物的代謝通路、SNARE因子在囊泡運(yùn)輸中的相互作用等通路。對(duì)顯著性通路分析發(fā)現(xiàn)，獨(dú)龍雞在蛋品質(zhì)和免疫抗性上具有一定優(yōu)勢(shì)，但在產(chǎn)蛋性能上與紅原雞還存在一定差距。說(shuō)明NCBP1、NCBP2、TXNRD1、PTEN、ENOX1基因主要富集在抗性、產(chǎn)蛋性能和蛋品質(zhì)相關(guān)通路中，可進(jìn)一步深入研究。

關(guān)鍵詞：獨(dú)龍雞；紅原雞；卵巢組織；轉(zhuǎn)錄組測(cè)序；差異表達(dá)基因

中圖分類(lèi)號(hào)：S831.2文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A

文章編號(hào)：1002-1302（2023）05-0038-06

獨(dú)龍雞是我國(guó)怒江傈僳族自治州貢山縣獨(dú)龍族的一種特有的地方家禽，僅在高山河谷地區(qū)出現(xiàn)，于2010年入選全國(guó)畜禽遺傳資源名錄［1］。獨(dú)龍蛋品質(zhì)好，蛋質(zhì)鮮美，且有較強(qiáng)的捕食力，會(huì)飛翔，抗病力極強(qiáng)，且肉質(zhì)鮮美，特別適合中高海拔、高溫潮濕等不良環(huán)境，是云南地區(qū)特有的優(yōu)良家禽品種，適宜在山地飼養(yǎng)［2］。目前，獨(dú)龍雞主要是由山區(qū)人民自行繁殖飼養(yǎng)的，由貢山縣畜牧獸醫(yī)站承擔(dān)疾病防治工作，但是由于地理位置特殊、交通不便、疾病防治設(shè)備陳舊、藥品短缺、繁育水平較低、養(yǎng)殖效益較差，導(dǎo)致獨(dú)龍雞在種質(zhì)資源開(kāi)發(fā)和利用等方面發(fā)展緩慢［3］，因此深入研究獨(dú)龍雞的種質(zhì)資源特點(diǎn)迫在眉睫。

卵巢是雞蛋形成的主要部位之一，是雌性家禽動(dòng)物調(diào)控生殖的主要器官，卵巢所產(chǎn)生的雌二醇、孕酮等類(lèi)固醇激素對(duì)卵泡發(fā)育成熟和排卵具有促進(jìn)作用。目前，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA sequencing，RNA-seq）在雞重要經(jīng)濟(jì)性狀的候選基因鑒定方面已逐步成熟了［4］，但是對(duì)獨(dú)龍雞的生產(chǎn)性狀研究較少。因此，本研究擬通過(guò)RNA-seq技術(shù)比較獨(dú)龍雞和紅原雞卵巢組織的基因表達(dá)水平，以分析獨(dú)龍雞和紅原雞的種質(zhì)差異，為以后獨(dú)龍雞重要生產(chǎn)性狀候選功能基因篩選、品種改良、種質(zhì)特性以及基因功能驗(yàn)證等研究奠定基礎(chǔ)，為保護(hù)云南獨(dú)龍雞品種和開(kāi)展分子育種改善獨(dú)龍雞雞蛋品質(zhì)提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 樣本采集

試驗(yàn)所需的雌性獨(dú)龍雞種蛋，由云南省貢山縣神山農(nóng)產(chǎn)品發(fā)展公司生產(chǎn)供應(yīng)，在西南林業(yè)大學(xué)基地培育，在與養(yǎng)殖要求相似的環(huán)境下，自然采食和飲水。隨機(jī)挑選43周齡健康的獨(dú)龍雞3羽，解剖收集卵巢組織，編號(hào)為L(zhǎng)C1、LC2、LC3，并立即超低溫保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 總RNA提取和RNA質(zhì)量檢測(cè)

應(yīng)用 TRIzol RNA技術(shù)，從卵巢中分離出全部 RNA。利用Nanodrop 2000和Agilent 2100等先進(jìn)儀器設(shè)備，對(duì)RNA的含量、純化程度和完整性等進(jìn)行測(cè)定，以確定轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)工作是采用了符合要求的樣品完成的。得到的RNA樣品濃度≥500 ng/μL，RIN值≥8且28S ∶18S≥1。

1.3 cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及測(cè)序

mRNA利用Oligo （dT）的磁性微粒加以富集，而后添加分離緩沖劑（fragmentation buffer），將mRNA隨機(jī)中斷。首先用mRNA作為模版，通過(guò)六堿基隨機(jī)引物（random hexamers）加以制備，之后再添加緩沖液、dNTPs、RNase H、DNA Polymerase Ⅰ，最后再用AMPure XP beads對(duì)cDNA加以提純。對(duì)純化后的cDNA經(jīng)過(guò)末端修飾，加A尾，并與測(cè)序接頭進(jìn)行相連。最后，再使用AMPure XP beads，對(duì)文庫(kù)中插入的片段加以篩選，然后用 PCR技術(shù)對(duì)其進(jìn)行擴(kuò)增。利用q-PCR方法對(duì)新構(gòu)建的文庫(kù)實(shí)現(xiàn)更準(zhǔn)確的定量分析，因而保證了在文庫(kù)中的有效含量＞2 nm。庫(kù)檢通過(guò)后，可以利用Illumina的高通量測(cè)序平臺(tái)，完成排序解析。

1.4 測(cè)序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制

應(yīng)用 Illumina HiSeq TM 2000軟件，通過(guò)對(duì)序列進(jìn)行高通量測(cè)序，以及采用將序列中較低質(zhì)量的序列切除、去連接等方式，得到了高質(zhì)量的 Clean reads序列。

1.5 差異表達(dá)分析

采用飼養(yǎng)條件基本相似并且周齡較相近的紅原雞卵巢組織測(cè)序，結(jié)果設(shè)為對(duì)照組，本研究中的獨(dú)龍雞卵巢組織樣本設(shè)為試驗(yàn)組，進(jìn)行差異表達(dá)分析。并采用FPKM（fragments per kilobase of transcript per million fragments mapped）值表示對(duì)應(yīng)Unigene 的表達(dá)豐度。篩選標(biāo)準(zhǔn)為差異倍數(shù)（fold change，F(xiàn)C）≥2且錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率（false discover date，F(xiàn)DR）＜0.01，并使用DESeq2軟件分析樣品間的差異表達(dá)，獲得總差異表達(dá)基因。試驗(yàn)組中差異表達(dá)基因的表達(dá)高于對(duì)照組中差異表達(dá)基因的表達(dá)，表現(xiàn)為上調(diào)基因（up-regulated gene），反之為下調(diào)基因（down-regulated gene）。

1.6 差異表達(dá)基因富集與互作分析

應(yīng)用DAVID（http：//david.ncifcrf.gov/）網(wǎng)絡(luò)軟件，對(duì)數(shù)據(jù)分析得到的差異表達(dá)基因采用KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路分析方法及GO（gene ontology）富集的研究。P<0.05的GO條目和KEGG通路的顯著富集。應(yīng)用STRING（https：//www.string-bd.org/）網(wǎng)絡(luò)軟件對(duì)差異表達(dá)基因開(kāi)展了互作分析，提取的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)的相互作用對(duì)的互作得分>0.9。

2 結(jié)果與分析

2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

以43周齡獨(dú)龍雞、紅原雞為例，對(duì)其基因序列進(jìn)行檢測(cè)，經(jīng)測(cè)序獲得39.29 Gb高質(zhì)量數(shù)據(jù)，各樣本高質(zhì)量數(shù)據(jù)均達(dá)到9.48 Gb，每個(gè)樣品Q(chēng)30的堿基百分?jǐn)?shù)都不低于82.06%，測(cè)得的數(shù)據(jù)總量和質(zhì)量都均滿足后續(xù)試驗(yàn)分析（表1）。

2.2 樣品間的相關(guān)性評(píng)估

FPKM是一種用于預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄組序列基因表達(dá)水平的方法，它是通過(guò)比較每個(gè)千堿基長(zhǎng)度的基因讀出數(shù)量。皮爾遜相關(guān)因子（r）是衡量生物重復(fù)關(guān)系的一個(gè)重要指標(biāo)，r2與1越接近，證明2個(gè)樣品的關(guān)系愈密切，則2個(gè)樣本間的關(guān)聯(lián)度愈高。同一條件下每對(duì)生物重復(fù)樣本的基因表達(dá)相關(guān)性分析見(jiàn)圖1，獨(dú)龍雞LC1、LC2、LC3號(hào)樣品間相關(guān)系數(shù)大于0.9，說(shuō)明各樣品間相關(guān)性較好，與紅原雞T06號(hào)樣品的相關(guān)系數(shù)均小于0.7，說(shuō)明與紅原雞樣品差異較大，表明試驗(yàn)可靠性較高。

2.3 差異表達(dá)基因篩選

以紅原雞為對(duì)照組，并以|log2 Fold Change |≥1，F(xiàn)DR值<0.01為條件，一共篩選出差異表達(dá)基因7 404個(gè)，包括3 853個(gè)上調(diào)基因，以及3 546個(gè)下調(diào)基因。這2組樣品基因表達(dá)水平的差別，以及不同的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性通過(guò)火山圖顯示（圖2）。

2.4 差異表達(dá)基因富集分析

用GO分析法研究紅原雞與獨(dú)龍雞的差異表達(dá)基因， 研究結(jié)果顯示， 在生物學(xué)過(guò)程（BP）中上調(diào)基因多注釋到細(xì)胞對(duì)氨基酸刺激的反應(yīng)（GO：0071230）、氧化-還原過(guò)程（GO：0055114）、I-kappaB激酶/NF-kappaB信號(hào)傳導(dǎo)的正向調(diào)節(jié)（GO：0043123）、腫瘤壞死因子介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)途徑（GO：0033209）、正向調(diào)節(jié)DNA損傷反應(yīng)，p53類(lèi)介質(zhì)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)（GO：0043517），而下調(diào)基因主要與DNA誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控（GO：0006355）、晶狀體纖維細(xì)胞的分化（GO：0070306）、抗原處理和通過(guò)MHC Ⅰ類(lèi)呈現(xiàn)肽類(lèi)抗原（GO：0002474）、對(duì)神經(jīng)元分化的負(fù)向調(diào)節(jié)（GO：0045665）、mRNA聚腺苷酸化的負(fù)調(diào)控（GO：1900364）等有關(guān)；在細(xì)胞組分（CC）中，上調(diào)基因多與胞外區(qū)有關(guān)，如胞外體（GO：0070062）、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)（GO：0005783）、高爾基體（GO：0005794），還與細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)有關(guān)，如溶酶體膜（GO：0005765）、高爾基體膜（GO：0000139），而下調(diào)基因多與細(xì)胞物質(zhì)相關(guān)，如細(xì)胞核（GO：0005634）、核質(zhì)體（GO：0005654）、核仁（GO：0005730）、催化步驟2的剪接體（GO：0071013）、還與病毒核衣殼（GO：0019013）；在分子功能（MF）中，上調(diào)基因可顯著注釋到泛素蛋白連接酶活性（GO：0061630）、腫瘤壞死因子激活受體的活性（GO：0005031），還注釋到ATP結(jié)合（GO：0005524）、蛋白酶結(jié)合（GO：0002020）、鎂離子結(jié)合（GO：0000287）、核苷酸結(jié)合（GO：0000166）、核酸結(jié)合（GO：0003676），而下調(diào)基因主要與RNA聚合酶Ⅱ核心啟動(dòng)子近端區(qū)域序列特異性DNA結(jié)合（GO：0000978）、RNA結(jié)合（GO：0044822）、轉(zhuǎn)錄激活劑活性（GO：0001077）、核苷酸結(jié)合（GO：0000166）、序列特異性DNA結(jié)合（GO：0043565）、RNA聚合酶II核心啟動(dòng)子近端區(qū)域序列特異性結(jié)合（GO：0001077）有關(guān)，上調(diào)基因和下調(diào)基因共同注釋了核苷酸的調(diào)節(jié)，于此相關(guān)的ENOX1基因［5］與蛋品質(zhì)密切相關(guān)。具體結(jié)果如圖3所示。GO分析表明，獨(dú)龍雞中上調(diào)差異基因主要參與了免疫相關(guān)的生理生化過(guò)程，下調(diào)差異基因多與基因表達(dá)調(diào)控、蛋白質(zhì)合成有關(guān)。

使用KEGG富集分析法可以確定差異表現(xiàn)基因的主要生物化學(xué)代謝路線和信息通道。差異表達(dá)基因KEGG的通道富集分析結(jié)果見(jiàn)圖4，并展示了顯著性Q值最小的前20個(gè)通道。其中7條通道最顯著富集（P<0.05），分別是剪接體（ko03040）、Ras信號(hào)（Ras蛋白是ras基因表達(dá)產(chǎn)物）通路（ko04014）、硒化合物的代謝（ko00450）、SNARE因子在囊泡運(yùn)輸中的相互作用（ko04130）、類(lèi)固醇生物合成（ko00100）、RNA降解（ko03018）、mRNA監(jiān)測(cè)通路（ko03015）。

通過(guò)對(duì)差異基因的富集分析和文獻(xiàn)檢索，發(fā)現(xiàn)FoxO3、CTH、TXNRD1、ENOX1涉及4個(gè)GO條目和1個(gè)KEGG通路，且與蛋白質(zhì)合成有關(guān)，因此這些基因可能與蛋白品質(zhì)相關(guān)；CTH、TXNRD1、TXNRD2、TXNRD3參與硒化合物的代謝信號(hào)通路。

2.5 差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析

差異表達(dá)基因的相互關(guān)系采用 STRING數(shù)據(jù)庫(kù)分析，發(fā)現(xiàn)互作網(wǎng)絡(luò)共有1 879個(gè)節(jié)點(diǎn)和11 035個(gè)相互作用（圖5），其中，差異表達(dá)基因互作主要集中在NCBP1、NCBP2、PTEN、TXNRD1等組裝調(diào)控上。

3 討論與結(jié)論

獨(dú)龍雞來(lái)自怒江傈僳族自治州貢山縣，為當(dāng)?shù)氐奶厣胤角蓊?lèi)種類(lèi)，對(duì)獨(dú)龍雞習(xí)性和種質(zhì)特性的相關(guān)研究相對(duì)較少。雞蛋是人類(lèi)消費(fèi)營(yíng)養(yǎng)食品中優(yōu)質(zhì)動(dòng)物蛋白源之一，具有很大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。在優(yōu)質(zhì)蛋雞的選育中，通常把產(chǎn)蛋和蛋質(zhì)性狀作為兩大指標(biāo)［6］。因此，本研究采用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)紅原雞和獨(dú)龍雞卵巢組織中的差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選，并應(yīng)用生物資料庫(kù)對(duì)不同表達(dá)基因參與的生物學(xué)過(guò)程和信號(hào)途徑進(jìn)行研究，在RNA水平上研究獨(dú)龍雞種質(zhì)特性，為以后獨(dú)龍雞生產(chǎn)性狀的研究，包括優(yōu)良性狀基因的探索以及研究提供了理論依據(jù)。

對(duì)不同表達(dá)基因 GO功能進(jìn)行分析，結(jié)果表明，這些上調(diào)基因在細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)、ATP結(jié)合、GTP酶激活以及泛素結(jié)合酶等方面具有重要的生物作用。在生物體中，ATP存在于組織細(xì)胞內(nèi)，儲(chǔ)存能量以備機(jī)體需要［7］，ATP酶能夠?qū)⒋罅看x需要的物質(zhì)輸入到細(xì)胞中，并將毒素、代謝廢物和其他會(huì)妨礙細(xì)胞過(guò)程的物質(zhì)輸出；GTP類(lèi)似于ATP，為生物蛋白的合成直接供能［8］；生物膜是一種重要的細(xì)胞結(jié)構(gòu)［9］，它與能量、信息、物質(zhì)的運(yùn)輸［10］有關(guān)，尤其是與膜相關(guān)的基因ACPP、APOO、ADGRA2等顯著上調(diào)有關(guān)。基于以上結(jié)果，本研究推測(cè)相較于紅原雞，獨(dú)龍雞有較強(qiáng)的適應(yīng)能力和抗性，更能夠適應(yīng)高海拔地區(qū)的惡劣條件，這為獨(dú)龍雞的抗病育種奠定了理論基礎(chǔ)。

KEGG通路富集分析顯著性最可靠的是Ras信號(hào)通路、硒化合物的代謝通路、類(lèi)固醇生物合成通路、SNARE因子在囊泡運(yùn)輸中的相互作用和剪接體通路。研究表明Ras信號(hào)通路與胰島素和葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白有關(guān)［11］，葡萄糖運(yùn)輸?shù)鞍资强刂破咸烟谴x的重要載體［12］。葡萄糖可以提高代謝，對(duì)肝臟有保護(hù)功能，對(duì)雞群盡快恢復(fù)體力有很大幫助。SNARE因子是囊泡表面細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)的介質(zhì)，是轉(zhuǎn)運(yùn)途徑中的核心蛋白［5］。SNARE因子在囊泡和靶向細(xì)胞的膜之間形成復(fù)合物，導(dǎo)致膜融合并且允許囊泡內(nèi)容物遞送到靶細(xì)胞中。通過(guò)這種方式，SNARE因子在生物合成通路中發(fā)揮重要作用，并且在內(nèi)吞循環(huán)通路和受調(diào)節(jié)的膜運(yùn)輸中同樣起著重要作用，如神經(jīng)分泌或胰島素的釋放［13］。雖然人們對(duì)某些系統(tǒng)中SNARE因子介導(dǎo)的膜運(yùn)輸研究較少，但近年來(lái)對(duì)癌細(xì)胞背景下膜運(yùn)輸?shù)难芯匡@著增加［14］。SNARE 介導(dǎo)的侵襲性蛋白質(zhì)膜的運(yùn)輸有助于膜的重塑以及信號(hào)傳導(dǎo)成分、黏附受體和 ECM 降解酶的形成［15］。Williams等研究表明，特定的SNARE因子在運(yùn)輸侵入性腺苷酸相關(guān)蛋白以促進(jìn)惡性癌細(xì)胞的細(xì)胞入侵和遷移中闡明了重要的作用［16］。研究結(jié)果表明，獨(dú)龍雞相較于紅原雞，具有良好的抗性和耐高壓環(huán)境，與SNARE因子合成通路有密不可分的關(guān)系。

硒作為維持家禽生長(zhǎng)所必需的微量元素，具有廣泛的作用。雞體內(nèi)缺少硒會(huì)引起多種疾病，甚至造成死亡。其機(jī)制表現(xiàn)為：一是人體內(nèi)抗氧化酶的形成，可保護(hù)細(xì)胞膜免遭氧化破壞，并維持其通透性；二是與硒蛋白產(chǎn)生螯合作用，降低有毒物質(zhì)的毒性。硒被生物學(xué)家們稱(chēng)為體內(nèi)微量元素中的“防癌之王”。硒能提高免疫力，有抗氧化和解毒排毒等作用。硒的最重要的生理功能是構(gòu)成硒谷胱甘肽過(guò)氧化物酶，它將人體細(xì)胞代謝產(chǎn)生的無(wú)機(jī)和有機(jī)氧化物轉(zhuǎn)化為水和羥基化合物［17］，有效地清除自由基［5］，因此硒在人體內(nèi)參與了抗氧化作用，對(duì)機(jī)體的抗氧化起到了重要的作用［17］。并且硒可以分解組織中脂質(zhì)氧化產(chǎn)生的過(guò)氧化物的影響，在保護(hù)細(xì)胞、細(xì)胞器和細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)的完整性和穩(wěn)定性方面發(fā)揮著重要作用［18］。硒能加強(qiáng)身體的免疫系統(tǒng)，并能預(yù)防許多疾病，并且對(duì)抗衰老和抗腫瘤有比較重要的作用。最新研究表明，硒還與雞的含硫氨基酸代謝有關(guān)，硒與雞的生長(zhǎng)、產(chǎn)蛋率和孵化率也都密切相關(guān)［18］。本研究發(fā)現(xiàn)，差異基因主要富集在硒化合物的代謝通路中，尤其是大部分富集基因顯著上調(diào)，如TXNRP1基因顯著上調(diào)，表明相較于紅原雞，獨(dú)龍雞更能夠適應(yīng)高海拔和低溫的環(huán)境，有較好的免疫能力，并有較強(qiáng)的產(chǎn)蛋能力和較高的蛋品質(zhì)，且其肉質(zhì)和蛋中可能富含硒元素，具有較高的肉品質(zhì)和蛋品質(zhì)。

獨(dú)龍雞與紅原雞均屬地方肉蛋兼用型種類(lèi)，覓食力極強(qiáng)，就巢性好強(qiáng)［2］，但獨(dú)龍雞生活在高海拔、高寒地區(qū)，個(gè)體較小，而紅原雞生活于熱帶森林、次生竹林，海拔1 000 m以上的地方，個(gè)體較大。在顯著差異表達(dá)基因中，本研究發(fā)現(xiàn)PTEN和NCBP1顯著上調(diào)。卵巢是雞蛋形成的主要部位之一，蛋雞卵巢的生長(zhǎng)發(fā)育水平與產(chǎn)蛋水平密切相關(guān)。PTEN參與了剪接體通路，該通路中BMP15基因已有研究表明其可調(diào)控蛋品質(zhì)性狀［19］。本研究發(fā)現(xiàn)PTEN基因在獨(dú)龍雞卵巢中高表達(dá)，表明其可能通過(guò)剪接體通路參與了獨(dú)龍雞蛋品質(zhì)的調(diào)控。

雞蛋的品質(zhì)可以分為雞蛋的外在質(zhì)量和雞蛋的內(nèi)部質(zhì)量［20］。外在質(zhì)量包含蛋殼硬度、蛋質(zhì)量、蛋形指數(shù)等指標(biāo)；內(nèi)在質(zhì)量一般包含蛋黃品質(zhì)（蛋黃色澤、蛋黃比重等），蛋清質(zhì)量（蛋清高度、哈氏單位等）及其余技術(shù)指標(biāo)（結(jié)構(gòu)、味道和香氣、健康指數(shù)、血斑和肉斑、雞蛋的功用特點(diǎn)等）。Zhang等研究結(jié)果表明，NCBP1的缺失解除了許多基因的表達(dá)調(diào)控，降低了細(xì)胞增殖率［21］。NCBP1對(duì)于維持mRNA的表達(dá)至關(guān)重要，但其功能部分依賴(lài)于NCBP3，表明NCBP3可能在mRNA生物過(guò)程中充當(dāng)RNA結(jié)合蛋白之間的橋梁，在mRNA輸出的上游起作用，RNA免疫沉淀試驗(yàn)表明，NCBP2和NCBP3結(jié)合的RNA類(lèi)型具有特異性［22］。mRNA和核糖體之間有多種結(jié)合位點(diǎn)，因此mRNA的轉(zhuǎn)錄和翻譯、蛋白質(zhì)的生物合成都和核糖體密不可分。核糖體結(jié)構(gòu)是蛋白質(zhì)組成的最主要部分［23］。膨大部的核糖體首先組裝在mRNA上，然后沿著mRNA鏈翻譯，合成的蛋白質(zhì)包裹在卵黃的外面，由于輸卵管的蠕動(dòng)，包有蛋白質(zhì)的卵也跟著旋轉(zhuǎn)前進(jìn)，逐漸形成卵黃外的濃、稀蛋白層，濃蛋白層越高，對(duì)應(yīng)的哈氏單位值越大，蛋品質(zhì)就越好。在評(píng)價(jià)蛋品質(zhì)高低的諸多性狀中，哈氏單位是非常關(guān)鍵的性狀之一。本研究發(fā)現(xiàn)NCBP1、NCBP2和NCBP3的表達(dá)顯著上調(diào)，這可能提示了獨(dú)龍雞與紅原雞相比，具有較高的蛋白比例、蛋白高度等。

本研究利用RNA測(cè)序技術(shù)分析獨(dú)龍雞和紅原雞的基因表達(dá)差異，并對(duì)獨(dú)龍雞和紅原雞卵巢組織的差異表達(dá)基因通過(guò)GO、KEGG、STRING等進(jìn)行了富集分析，并篩選得到NCBP1、NCBP2、TXNRD1、PTEN、ENOX1等5個(gè)與抗性、產(chǎn)蛋性能和蛋品質(zhì)相關(guān)的重要差異表達(dá)基因作為重要性狀候選基因。本研究為獨(dú)龍雞品種改良、后續(xù)基因功能選擇和種質(zhì)特性等研究奠定了基礎(chǔ)。

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收稿日期：2022-02-23

基金項(xiàng)目：國(guó)家自然科學(xué)基金（編號(hào)：31902152）；云南省教育廳科學(xué)研究基金項(xiàng)目（研究生類(lèi)）（編號(hào)：2021Y267）；云南省教育廳科學(xué)研究基金教師項(xiàng)目（編號(hào)：2018JS333）；西南林業(yè)大學(xué)博士科研啟動(dòng)基金（編號(hào)：112119）；云南省科技廳基礎(chǔ)研究項(xiàng)目（編號(hào)：2019FD06）。

作者簡(jiǎn)介：丁玥竹（1997—），女，黑龍江雞西人，碩士研究生，主要研究方向?yàn)閯?dòng)物遺傳育種。E-mail：752958200 @qq.com。

通信作者：劉莉莉，博士，副教授，碩士生導(dǎo)師，研究方向?yàn)閯?dòng)物遺傳育種研究。E-mail：liulily0518@163.com。