摘 要 托盤青岡（Quercus patelliformis），作為青岡亞屬植物中的一種代表植物，有著巨大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。目前，關(guān)于托盤青岡葉綠體基因組的研究還未見報(bào)道。為有助于該物種的分子鑒定，首次報(bào)道了托盤青岡葉綠體基因組結(jié)構(gòu)與特征：托盤青岡葉綠體全基因組全長(zhǎng)為160 910 bp，GC含量占基因總數(shù)的36.90%；其葉綠體基因組由1個(gè)大的單拷貝區(qū)（LSC，90 236 bp），1個(gè)小的單拷貝區(qū)（SSC，18 992 bp）和1對(duì)逆向重復(fù)區(qū)（IRs，各25 841 bp）組成；托盤青岡明顯偏好以A/U結(jié)尾的密碼子；此外，共檢測(cè)到116個(gè)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）和45個(gè)散在重復(fù)序列。在將托盤青岡與其他青岡亞屬植物進(jìn)行比較分析時(shí)發(fā)現(xiàn)，它們的葉綠體基因組總體上比較保守，IR/SC邊界沒有明顯的收縮和擴(kuò)展；還發(fā)現(xiàn)了4個(gè)高變異熱點(diǎn)，分別是trnK-rps16、trnF-ndhJ、rbcL-accD和ycf1。系統(tǒng)發(fā)育分析顯示，托盤青岡屬于青岡亞屬植物，且與赤皮青岡（Quercus gilva）有較近的親緣關(guān)系。

關(guān)鍵詞 托盤青岡；青岡亞屬；葉綠體基因組；系統(tǒng)發(fā)育分析

中圖分類號(hào)：S718.46 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A DOI：10.19415/j.cnki.1673-890x.2024.19.001

櫟屬（Quercus）青岡亞屬（subgenus Cyclobalanopsi）植物是亞洲熱帶和亞熱帶地區(qū)的重要類群，目前全世界記載了90～120種[1]。長(zhǎng)期以來，櫟屬青岡亞屬植物一直與人類生活密切相關(guān)，表現(xiàn)在其木材因堅(jiān)硬和美麗的紋理而具有極高的價(jià)值，是建筑、家具甚至蘑菇栽培的優(yōu)質(zhì)材料[2]；此外，其殼斗和樹皮中富含單寧，可用于制備栲膠，而種子則可以用于飼料、釀酒和工業(yè)淀粉的生產(chǎn)[3]。托盤青岡是常綠喬木，它一般生長(zhǎng)在海拔400～1 000 m的常綠闊葉林中，高可達(dá)25 m，胸徑可達(dá)1 m，我國(guó)江西（南部）、廣東、廣西等地均有分布[4]。目前，對(duì)托盤青岡的分類研究集中在形態(tài)學(xué)和核基因等方面，而對(duì)其系統(tǒng)發(fā)育的關(guān)系缺乏深入研究，其分類地位和種間關(guān)系也并不明確[5]。

葉綠體（cp）是一種半自主細(xì)胞器，負(fù)責(zé)淀粉等多種化合物的合成。以往的研究表明，這些細(xì)胞器有一套屬于自己的遺傳系統(tǒng)[6]。在不同的被子植物中，cp基因組的組成、排列和構(gòu)型通常是保守的[7]，因此它為研究植物品系和進(jìn)化提供了寶貴的材料。此外，傳統(tǒng)的分類技術(shù)更依賴于植物的形態(tài)，與之相比，cp基因組已成為研究進(jìn)化關(guān)系和種內(nèi)多樣性的更可靠的基因組材料來源[8]。隨著科學(xué)技術(shù)特別是二代測(cè)序的發(fā)展，cp基因組研究將繼續(xù)揭示更多植物生命的奧秘。本研究采用二代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)托盤青岡的cp基因組進(jìn)行測(cè)序，再對(duì)其進(jìn)行全面分析。

1 "材料與方法

1.1 "植物材料和DNA測(cè)序

本研究材料采自大明山自然保護(hù)區(qū)（廣西壯族自治區(qū)南寧市武鳴區(qū)兩江鎮(zhèn)明山路1號(hào)），將采集到的托盤青岡新鮮葉片第一時(shí)間進(jìn)行干燥保存，再對(duì)提取的DNA進(jìn)行雙端測(cè)序。使用FASTQ[9]軟件去除低質(zhì)量讀數(shù)后，獲得了用于分析的干凈數(shù)據(jù)（cleandata）。托盤青岡cp基因組DNA的提取和測(cè)序均由上海天昊生物科技有限公司完成。

1.2 "方法

1.2.1 "cp基因組組裝和注釋

首先，利用getOrganelle[10]軟件來裝配托盤青岡的cleandata；再將組裝好的數(shù)據(jù)放入CPGAVAS2[11]中進(jìn)行注釋；最后把校正過的結(jié)果提交至美國(guó)國(guó)家生物信息中心（NCBI）數(shù)據(jù)庫（登錄號(hào)：PP471978）。cp基因組的完整圖譜隨后在OGDRAW上繪制。

1.2.2 "散在重復(fù)序列和SSR分析

本研究使用REPuter[12]軟件來分析散在重復(fù)序列。采用特定的參數(shù)，包括最小重復(fù)長(zhǎng)度30，漢明距離為3，其他的參數(shù)都是基于默認(rèn)配置來設(shè)定的。利用了MISA[13]軟件對(duì)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）進(jìn)行分析。不同的閾值用在不同的核苷酸重復(fù)序列上，具體參數(shù)設(shè)置如下：?jiǎn)魏塑账嵩O(shè)置為10，二核苷酸設(shè)置為5，三核苷酸設(shè)置為4，四核苷酸設(shè)置為3，五核苷酸設(shè)置為3，六核苷酸設(shè)置為3，其他參數(shù)保持默認(rèn)設(shè)置。對(duì)所有分析過的重復(fù)序列進(jìn)行人工驗(yàn)證，剔除多余的結(jié)果。

1.2.3 "密碼子使用頻度分析

本研究使用geneious prime 2022[14]，初步篩選了52個(gè)獨(dú)特的非重復(fù)序列，每個(gè)序列超過300個(gè)堿基對(duì)，包括ATG起始密碼子，為進(jìn)一步分析做準(zhǔn)備。利用CodonW 1.4.4[15]軟件對(duì)密碼子相對(duì)使用頻度（RSCU）進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)及偏好分析。

1.2.4 "cp基因組比較分析

從GenBank數(shù)據(jù)庫中下載青岡亞屬植物：扁果青岡（Quercus chapensis）等7個(gè)物種與托盤青岡共計(jì)8個(gè)物種的基因組數(shù)據(jù)，使用在線軟件IRscope（https：//irscope.shinyapps.io/irapp/）比較近緣物種的IR邊界（LSC/IRb、IRb/SSC、SSC/IRa和IRa/LSC）信息。采用DnaSPv5.1[16]計(jì)算8個(gè)cp基因組序列的核苷酸多樣性（Pi）。

1.2.5 "托盤青岡與其近緣物種系統(tǒng)發(fā)育分析

為了確定托盤青岡在櫟屬植物中的進(jìn)化地位，以三棱櫟為外類群，13個(gè)青岡亞屬和5個(gè)櫟亞屬植物共計(jì)20個(gè)種的cp全基因組進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建。首先利用MAFFT軟件對(duì)所獲得的序列數(shù)據(jù)進(jìn)行高效比對(duì)分析，隨后采用MEGA11.0[17]來執(zhí)行更為準(zhǔn)確的手工矯正工作，最后采用最大似然法（ML）和鄰接法（NJ）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。為了提高系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的準(zhǔn)確性和可靠性，將bootstrap值設(shè)定為1 000，這樣可以增強(qiáng)模型的穩(wěn)定性和預(yù)測(cè)能力，也有助于估計(jì)每個(gè)節(jié)點(diǎn)的真實(shí)支持率。

2 "結(jié)果與分析

2.1 "cp基因組的特征

由圖1（見封三）可見，托盤青岡cp基因組序列的總長(zhǎng)為160 910 bp，呈現(xiàn)出典型的四方結(jié)構(gòu)，此四方結(jié)構(gòu)在大多數(shù)被子植物中均存在。其中LSC區(qū)域的長(zhǎng)度為90 236 bp，IRs區(qū)域的長(zhǎng)度為25 841 bp，SSC區(qū)域的長(zhǎng)度為18 992 bp。GC含量在全基因組、LSC、SSC和IRs中分別為36.90%、34.74%、31.09%和42.77%。在被子植物中，比較常見的是IRs區(qū)域的GC含量明顯高于LSC、SSC區(qū)的GC含量，這是因?yàn)樵搮^(qū)域存在rRNA基因[18]。

2.2 "散在重復(fù)序列、SSR的數(shù)量和類型

在生物學(xué)的復(fù)雜世界里，散在重復(fù)序列扮演著重要角色。正向重復(fù)序列（F）以一種固定的模式重復(fù)排列，回文重復(fù)序列（P）則表現(xiàn)為一種特殊的反向?qū)ΨQ性，反向重復(fù)序列（R）以相反方向進(jìn)行復(fù)制，互補(bǔ)重復(fù)序列（C）則在DNA序列中形成一種互補(bǔ)配對(duì)。在托盤青岡cp基因組的研究中，我們總共檢測(cè)到了45個(gè)散在重復(fù)序列，包括16個(gè)F序列、23個(gè)P序列、5個(gè)R序列和1個(gè)C序列。這些重復(fù)序列大多數(shù)位于內(nèi)含子（Intron）和基因間隔區(qū)（IGS）中，少數(shù)位于外顯子中（見圖2）。

托盤青岡cp基因組中共檢測(cè)到116個(gè)SSR，包括單堿基80個(gè)、二堿基15個(gè)、三堿基7個(gè)，此外還有四堿基11個(gè)、五堿基3個(gè)，單堿基重復(fù)類型絕大部分表現(xiàn)為A/T（見圖3）。從基因的編碼區(qū)和非編碼區(qū)的角度分析，85個(gè)SSR位于基因間隔區(qū)，15個(gè)位于外顯子，16個(gè)位于內(nèi)含子中；從基因的四分體結(jié)構(gòu)分析，SSR有89個(gè)位于LSC區(qū)域，17個(gè)位于SSC區(qū)域，10個(gè)位于IRs區(qū)域。

2.3 "密碼子的使用頻度

圖4下方的方框代表編碼每個(gè)氨基酸的所有密碼子，直方圖的顏色與密碼子的顏色相對(duì)應(yīng)。通過對(duì)托盤青岡cp基因組中密碼子使用情況的研究，發(fā)現(xiàn)30個(gè)密碼子的RSCU取值都在1以上，說明它們經(jīng)常被使用，這些密碼子中有28個(gè)是以A或U結(jié)束的，暗示了它們的基因組傾向于以A/U結(jié)束。然而，目前對(duì)色氨酸和甲硫氨酸密碼子的RSCU均未表現(xiàn)出顯著的偏好性（RSCU=1）。

2.4 "邊界比較與序列變異分析

通過對(duì)8個(gè)青岡亞屬植物cp基因組的單拷貝區(qū)和反向重復(fù)區(qū)邊界進(jìn)行比較（見圖5），觀察到青岡亞屬的cp基因組整體上呈現(xiàn)出較高的保守性。研究發(fā)現(xiàn)，trnH基因長(zhǎng)度在各物種中保持為75 bp，但在托盤青岡和其他3個(gè)物種中擴(kuò)增了16 bp，在毛果青岡和其他3個(gè)物種中擴(kuò)增了14 bp，從而表明了在進(jìn)化過程中的適應(yīng)性變化。rpl2基因與LSC-IRb邊界的距離變化在61～65 bp，表明在不同物種中，IR邊界存在微小的變異。ndhF基因在所有物種中都沒有觀察到跨越IRb-SSC邊界的現(xiàn)象。但是，華南青岡和托盤青岡在IRb-SSC的邊界位置展示了最大127 bp的擴(kuò)展，這凸顯了基因組邊界區(qū)域的動(dòng)態(tài)變化。

以檳榔青岡為參考，進(jìn)行8種青岡亞屬植物cp基因組比對(duì)分析（見圖6）（見封三）。可以看出，青岡亞屬植物具有良好的線性關(guān)系，表示這8種青岡亞屬植物的cp沒有發(fā)生重排和易位；還可以看出青岡亞屬植物cp基因組序列變異度小，其進(jìn)化非常保守，但在一些區(qū)域也存在差異，差異程度在區(qū)域上主要表現(xiàn)為L(zhǎng)SC＞SSC＞IRs，變異主要出現(xiàn)在序列的非編碼區(qū)（CNS）。

在對(duì)8個(gè)青岡亞屬植物進(jìn)行深入的遺傳研究后，發(fā)現(xiàn)了一項(xiàng)引人注目的核苷酸多態(tài)性（Pi）現(xiàn)象。如圖7所示，反向重復(fù)區(qū)域的序列保守性相對(duì)高于單拷貝區(qū)域?；谶@個(gè)觀察結(jié)果，本研究篩選了trnK-rps16、trnF-ndhJ、rbcL-accD和ycf1基因（Pi ＞ 0.010），確定它們是研究櫟屬物種間遺傳和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的潛在DNA條形碼。

2.5 "系統(tǒng)發(fā)育推斷

為了探索托盤青岡在櫟屬植物之間的系統(tǒng)發(fā)育位置，本研究以三棱櫟為外類群，包括托盤青岡在內(nèi)的19個(gè)櫟屬植物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，使用ML法和NJ法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，其拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)基本一致（見圖8）。外類群三棱櫟最先從發(fā)育樹分化出來，其余19個(gè)櫟屬植物聚成兩大支：第一支是由14個(gè)物種組成的青岡亞屬支，托盤青岡也在這一支中，值得注意的是托盤青岡未與其他青岡亞屬物種聚為姐妹支，其與赤皮青岡的親緣關(guān)系最近。第二支是由5個(gè)物種組成的櫟亞屬支，此結(jié)果與鄧敏使用RAD-seq（限制性位點(diǎn)相關(guān)DNA測(cè)序）重建了青岡亞屬的系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果一致。完整的cp基因組序列為今后的分類學(xué)或資源保護(hù)等工作奠定了基礎(chǔ)。

3 "結(jié)論與討論

3.1 "結(jié)論

本研究對(duì)托盤青岡cp基因組進(jìn)行了測(cè)序，并對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行了全面分析。cp基因組的組裝和注釋顯示，托盤青岡的cp基因組呈現(xiàn)出標(biāo)準(zhǔn)的環(huán)狀四聚體構(gòu)造，cp基因組大小為106 910 bp。通過對(duì)基因組特征進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)托盤青岡cp基因組更喜歡以A/U結(jié)尾的密碼子。托盤青岡cp基因組中最常見的簡(jiǎn)單重復(fù)序列是單核苷酸，主要以A/T為基礎(chǔ)。隨后將托盤青岡與7個(gè)青岡亞屬植物的cp基因組進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)IR/SC邊界沒有明顯的收縮和擴(kuò)展，青岡亞屬cp基因組整體較為保守。此外，還發(fā)現(xiàn)了4個(gè)高變異熱點(diǎn)，分別是trnK-rps16、trnF-ndhJ、rbcL-accD和ycf1。系統(tǒng)進(jìn)化分析表明，托盤青岡屬于青岡亞屬植物，且與赤皮青岡有較近的親緣關(guān)系。總的來說，托盤青岡的cp基因組基本特征與其他青岡亞屬植物相似，這些發(fā)現(xiàn)將有助于進(jìn)一步研究櫟屬植物的分類、系統(tǒng)進(jìn)化和保存。

3.2 "討論

櫟屬的分類系統(tǒng)已得到全球公認(rèn)，但在這一框架內(nèi)對(duì)完整的cp基因組的分析和報(bào)告卻很有限[19]，本研究旨在通過分析托盤青岡的cp基因組來填補(bǔ)這一空白。本研究經(jīng)過Illumina測(cè)序平臺(tái)測(cè)序、序列組裝、注釋，獲取了托盤青岡cp完整的基因組序列，G/C堿基含量雖然低于A/T堿基，但GC含量在基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)化歷程中扮演了重要角色，它能影響復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯過程與熱穩(wěn)定性[20]。cp基因組序列之間的邊界位置是研究cp基因組進(jìn)化的關(guān)鍵部分，IR邊界的收縮和擴(kuò)展有助于闡明不同類群之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[21-22]。值得注意的是，IR/SC邊界位置可能會(huì)因IR區(qū)域發(fā)生變化，這是植物支原體基因組中常見的進(jìn)化現(xiàn)象[23]。本研究中比較的所有物種的IRs/SCs邊界都位于相似的位置，不同物種之間的位移差異很小。青岡亞屬植物部分的保守性表現(xiàn)在cp基因組的長(zhǎng)度相對(duì)恒定，其區(qū)域邊界的變化較小，這與其他青岡亞屬物種的情況相同[24]。密碼子使用偏好是生物進(jìn)化的一個(gè)重要方面，受到影響遺傳密碼子功能的各種因素的影響[25]。同義密碼子是由突變產(chǎn)生的，其相對(duì)使用情況可通過RSCU進(jìn)行量化，從而揭示不同基因?qū)γ艽a子偏好的差異[26]，通過RSCU分析，托盤青岡明顯偏好以A/U結(jié)尾的密碼。重復(fù)序列在存儲(chǔ)遺傳信息、影響基因表達(dá)及影響物種的遺傳進(jìn)化等方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用[27]，在我們的研究中發(fā)現(xiàn)單核苷酸重復(fù)序列最為常見。托盤青岡cp基因組中SSR顯示出較高的A/T堿基組成，表現(xiàn)出對(duì)A/T堿基的偏好。值得注意的是，本研究中并未檢測(cè)到六核苷酸重復(fù)序列，這與之前對(duì)青岡亞屬的研究結(jié)果一致[28]。我們還在托盤青岡cp基因組中發(fā)現(xiàn)了分散的重復(fù)序列，這些重復(fù)序列主要由F和P組成。

本研究以檳榔青岡基因組為參照，分析比較了托盤青岡在內(nèi)的8個(gè)物種。結(jié)果表明，這些cp基因組在編碼區(qū)表現(xiàn)出高度的保守性，而在非編碼區(qū)尤其是在LSC、SSC區(qū)表現(xiàn)出顯著的差異，這與大多數(shù)被子植物cp基因組表現(xiàn)出高度區(qū)域多樣性的結(jié)果相似[29]。進(jìn)行的核苷酸多態(tài)性分析顯示了8個(gè)植物物種cp基因組中核苷酸多樣性值（Pi）的范圍。共篩選出4個(gè)高突變區(qū)域，即trnK-rps16、trnF-ndhJ、rbcL-accD和ycf1基因。由于ycf1基因在cp功能中的作用尚不完全清楚，這種變異可能反映了這些物種特定適應(yīng)性的進(jìn)化。這些高變異區(qū)為開發(fā)分子標(biāo)記提供了寶貴的資源，而且由于其遺傳多樣性，是開發(fā)物種特異性DNA條形碼的理想候選區(qū)[30]。

中國(guó)是世界公認(rèn)的第二大櫟屬多樣性中心，在了解櫟屬物種進(jìn)化方面面臨著巨大挑戰(zhàn)。盡管存在這些挑戰(zhàn)，鄧敏還是為櫟屬青岡亞屬建立了一個(gè)分類系統(tǒng)。然而，中國(guó)櫟屬唯一的分子系統(tǒng)學(xué)分析依賴于RAD-seq測(cè)序[31]。大多數(shù)利用cp基因組的研究都成功得到了高分辨率和支持良好的系統(tǒng)發(fā)育樹，即使是在系統(tǒng)發(fā)育上具有挑戰(zhàn)性的植物類群中也是如此。本研究中，我們構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹，確定了托盤青岡在青岡亞屬植物中的大概位置。但是在這個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹中，托盤青岡并未與現(xiàn)已公布了cp基因組的物種聚為姐妹分支，因此還需要更多的數(shù)據(jù)來確定托盤青岡的具體位置。理想情況下，我們能根據(jù)cp基因組信息解決整個(gè)青岡亞屬乃至櫟屬的物種劃分問題，期待未來能找到破解櫟屬植物進(jìn)化的奧秘。

參考文獻(xiàn)：

[1] KREMER A， HIPP A L. Oaks： an evolutionary success story[J]. New Phytologist. 2020， 226（4）： 987-1011.

[2] CAVENDER-BARES J. Diversity， distribution and ecosystem services of the North American oaks[J]. International Oaks，2016，27： 37-48.

[3] GIL-PELEGRíN E， PEGUERO-PINA J J， SANCHO-KNAPIK D. Oaks and people： a long journey together[J]. Oaks Physiological Ecology. Exploring the Functional Diversity of Genus Quercus L. 2017， 12： 1-11.

[4] 中國(guó)科學(xué)院中國(guó)植物志編輯委員會(huì).中國(guó)植物志：第22卷[M].北京：科學(xué)出版社，1998.

[5] 鄧敏.殼斗科櫟屬青岡亞屬的形態(tài)解剖，分類，分布及其系統(tǒng)演化[D].昆明：中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所，2007.

[6] BENDICH A J. Why do chloroplasts and mitochondria contain so many copies of their genome？[J]. Bioessays， 1987， 6（6）： 279-282.

[7] NEUHAUS H E， EMES M J. Nonphotosynthetic metabolism in plastids[J]. Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol， 2000， 51（51）：111-140.

[8] LIU X， CHANG E， LIU J， et al. Complete Chloroplast Genome Sequence and Phylogenetic Analysis of Quercus bawanglingensis Huang， Li et Xing， a Vulnerable Oak Tree in China[J]. Forests， 2019， 10（7）： 587.

[9] CHEN S， ZHOU Y， CHEN Y， et al. Fastp： an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor[J]. Bioinformatics， 2018， 34（17）： 884-890.

[10] JIN J J， YU W B， YANG J B， et al. GetOrganelle： A fast and versatile toolkit for accurate de novo assembly of organelle genomes[J]. Genome Biology， 2020， 21（1）： 241.

[11] SHI L， CHEN H， JIANG M， et al. CPGAVAS2， an integrated plastome sequence annotator and analyzer[J]. Nucleic Acids Research， 2019（W1）： 65-73.

[12] KURTZ S， CHOUDHURI J V， OHLEBUSCH E， et al. REPuter： the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale[J]. Nucleic Acids Research， 2001， 29（22）： 4633-4642.

[13] BEIER S， THIEL T， MüNCH T， et al. MISA-web： a web server for microsatellite prediction[J]. Bioinformatics， 2017， 33（16）： 2583-2585.

[14] KEARSE M， MOIR R， WILSON A， et al. Geneious Basic： an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data[J]. Bioinformatics， 2012， 28（12）： 1647-1649.

[15] SHARP P M， LI W H. The codon adaptation index-a measure of directional synonymous codon usage bias， and its potential applications[J]. Nucl Acids Res， 1987， 15（3）： 1281-1295.

[16] LIBRADO P， ROZAS J. DnaSP v5： a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data[J]. Bioinformatics （Oxford， England）， 2009， 25（11）： 1451-1452.

[17] KOICHIRO T， GLEN S， SUDHIR K. MEGA11： Molecular evolutionary genetics analysis version 11[J]. Molecular Biology and Evolution. 2021（7）： 7.

[18] HE Y， XIAO H， DENG C， et al. The complete chloroplast genome sequences of the medicinal plant Pogostemon cablin[J]. International Journal of Molecular Sciences. 2016， 17（6）： 820.

[19] JIANG X L， MOU H L， LUO C S， et al. The complete chloroplast genome sequence of Quercus chungii （Fagaceae）[J]. Mitochondrial DNA Part B， 2021， 6（7）： 1789-1790.

[20] 楊顏慈.中國(guó)櫟屬植物和殼斗科主要屬質(zhì)體基因組比較分析和系統(tǒng)發(fā)育研究[D].西安：西北大學(xué)，2018.

[21] CHEN J， WANG F， ZHAO Z， et al. Complete chloroplast genomes and comparative analyses of three Paraphalaenopsis （Aeridinae， Orchidaceae） Species[J]. International Journal of Molecular Sciences， 2023， 24（13）： 11167.

[22] HUANG Y， LI J， YANG Z， et al. Comprehensive analysis of complete chloroplast genome and phylogenetic aspects of ten Ficus species[J]. BMC Plant Biology， 2022， 22（1）： 1-15.

[23] WANG W， MESSING J. High-throughput sequencing of three Lemnoideae （duckweeds） chloroplast genomes from total DNA[J]. Plos One， 2011， 6（9）： e24670.

[24] XU J， DENG M， JIANG X L， et al. Phylogeography of Quercus Glauca （Fagaceae）， a Dominant Tree of East Asian Subtropical Evergreen Forests， Based On Three Chloroplast Dna Interspace Sequences[J]. Tree Genetics amp; Genomes， 2015， 11（1）： 805-821.

[25] ANGELLOTTI M C， BHUIYAN S B， CHEN G， et al. CodonO： codon usage bias analysis within and across genomes[J]. Nucleic Acids Research， 2007， 35（suppl_2）： W132-W136.

[26] PARVATHY ST， UDAYASURIYAN V， BHADANA V. Codon usage bias[J]. Molecular Biology Reports， 2022， 49（1）： 539-565.

[27] MICHAEL M， PAMELA S S， CHARLES D B， et al. Phylogenetic analysis of 83 plastid genes further resolves the early diversification of eudicots[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences， 2010，107（10）： 4623-4628.

[28] ROZAS J， FERRER-MATA A， SáNCHEZ-DELBARRIO J C， et al. DnaSP 6： DNA sequence polymorphism analysis of large data sets[J]. Mol Biol Evol， 2017， 34（12）： 3299-3302.

[29] FAN X， WANG W， WAGUTU G K， et al. Fifteen complete chloroplast genomes of Trapa species （Trapaceae）： insight into genome structure， comparative analysis and phylogenetic relationships[J]. BMC Plant Biology， 2022， 22（1）： 230.

[30] Castle J C. SNPs occur in regions with less genomic sequence conservation[J]. Plos One， 2011， 6： e20660.

[31] DENG M， JIANG X L， HIPP A L， et al. Phylogeny and biogeography of East Asian evergreen oaks （Quercus section Cyclobalanopsis; Fagaceae）： Insights into the Cenozoic history of evergreen broad-leaved forests in subtropical Asia[J]. Molecular Phylogenetics amp; Evolution， 2018， 119： 170-181.

（責(zé)任編輯：易 "婧）