摘 要：【目的】漾濞槭Acer yangbiense是世界瀕危珍貴樹種，研究其基因組中微衛(wèi)星序列特征，為后期進(jìn)行漾濞槭分子標(biāo)記輔助育種，遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析奠定基礎(chǔ)和提供理論參考?！痉椒ā炕跍y序獲得的漾濞槭基因組序列，利用MISA軟件進(jìn)行搜索篩選，分析其微衛(wèi)星分布特征?！窘Y(jié)果】漾濞槭全基因組大小為665.89 Mb，其中篩選出1～6堿基重復(fù)類型的微衛(wèi)星342 227個(gè)，總長度為5 621 833 bp，相對豐度為513.94個(gè)/Mb，相對密度為8 442.59 bp/Mb，約占整個(gè)基因組序列的0.84%。在漾濞槭6種類型的微衛(wèi)星中，數(shù)量最多的堿基類型為單堿基，占6種堿基類型總數(shù)的62.23%；其次是二堿基，占總數(shù)的27.87%；三堿基、四堿基、五堿基和六堿基的數(shù)量依次減少。在各堿基重復(fù)單元中數(shù)量最多的分別為 T、AT、AAT、AAAT、TTTTA、ATGGGG；漾濞槭全基因組微衛(wèi)星中，前15種優(yōu)勢重復(fù)單元為 T、A、AT、TA、CA、TG、C、G、AG、TC、AAT、GA、CT、TTA和ATT，其中重復(fù)單元A和T的數(shù)量最多，且遠(yuǎn)多于其他重復(fù)單元，表現(xiàn)出明顯的A/T堿基優(yōu)勢。所有搜索得到的微衛(wèi)星中，掛載到染色體上的微衛(wèi)星數(shù)量約占微衛(wèi)星總數(shù)的98.04%，長度約占微衛(wèi)星總長的98.07%。其中2號(hào)染色體上分布的微衛(wèi)星數(shù)量最多，約占所有染色體上微衛(wèi)星總數(shù)的12.02%?！窘Y(jié)論】漾濞槭全基因組具有豐富的微衛(wèi)星序列信息，存在A堿基和T堿基偏好性。漾濞槭在12～20 bp長度范圍內(nèi)SSR數(shù)量最多，在漾濞槭基因組中存在大量具有潛在多態(tài)性的SSR序列，具有較高的開發(fā)應(yīng)用價(jià)值。

關(guān)鍵詞：漾濞槭；微衛(wèi)星；基因組；分布特征

中圖分類號(hào)：S792.35 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A 文章編號(hào)：1673-923X（2024）12-0178-09

基金項(xiàng)目：“十四五”國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2022YFD2200401）；國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（32001357）；江蘇省面上基金項(xiàng)目（BK 20211139）。

Distribution characteristics of microsatellites in the whole genome of Acer yangbiense

SHI Wenxi1， MA Qiuyue2， CHEN Zixin1， LI Qianzhong2， LI Shuxian1， LI Shushun2， ZHU Changhong3， ZHU Lu2， YAN Kunyuan2， DU Yiming2

（1. The Southern Modern Forestry Collaborative Innovation Center， Nanjing Forestry University， Nanjing 210037， Jiangsu， China； 2. Institute of Leisure Agriculture， Jiangsu Academy of Agricultural Sciences， Nanjing 210014， Jiangsu， China； 3. Xiangyang Forestry Science and Technology Extension Station， Xiangyang 441022， Hubei， China）

Abstract：【Objective】Acer yangbiense is an endangered and valuable tree species in the world. This paper studied the distribution characteristics of microsatellites in the whole genome of A. yangbiense， which laid the foundation and provided reference for further study on the genome characteristics of A. yangbiense， molecular marker-assisted breeding， genetic diversity and genetic structure analysis of A. yangbiense.【Method】Based on the genome sequence of A. yangbiense， the characteristics of microsatellite distribution were analysed by using MISA software.【Result】A total of 342 227 microsatellites with 1-6 repeat types were screened out from the 665.89 Mb genome sequence of A. yangbiense， with a total length of 5 621 833 bp， the relative abundance was 513.94 pieces/Mb and the relative density was 8 442.59 bp/Mb， accounting for about 0.84% of the whole genome sequences. Among the six types of microsatellites， the most abundant microsatellite was mononucleotide， which accounted for 62.23% of the total number of 1-6 repeat types， followed by dinucleotide， which accounted for 27.87% of the total. The number of trinucleotide to hexanucleotide decreased in sequence. The largest number of repeat units were T， AT， AAT， AAAT， TTTA and ATGGGG. In microsatellite copies， the top 15 dominant duplicates were T， A， AT， TA， CA， TG， C， G， AG， TC， AAT， GA， CT， TTA and ATT， among which the number of repeat units A and T were the highest， and they were far more than other repetitive units， showing a significant A/T base preference. The number of microsatellites attached to chromosomes reached 98.04% of the searched microsatellites， and the length reached 98.07% of the total length of microsatellites. The number of microsatellites on chromosome 2 was the largest， accounting for 12.02% of the total number of microsatellites on all chromosomes.【Conclusion】The abundant microsatellite sequence information was obtained in the whole genome of A. yangbiense， with A and T base preference. The results showed that the number of SSRs was the largest in the range of 12-20 bp. There were a large number of SSR sequences with potential polymorphism in the genome of A. yangbiense， which had high development and application value.

Keywords： Acer yangbiense； microsatellite； genome； distribution characteristics

微衛(wèi)星（Microsatellite），也叫簡單重復(fù)序列（Simple sequence repeats，SSR）[1]，通常由1～6個(gè)或更多核苷酸串聯(lián)組成[2]，SSR長度大多數(shù)小于300 bp。普遍存在于真核生物和原核生物以及病毒基因組中[3-4]。微衛(wèi)星具有易于檢測、多態(tài)信息含量高、高效穩(wěn)定、分布廣泛等特點(diǎn)[5]，近些年在物種保護(hù)[6-7] 、種質(zhì)資源評價(jià)[8]、種群遺傳多樣性研究[9]、親緣關(guān)系鑒定[10]、物種鑒定[11]等方面的應(yīng)用越來越廣泛[12-13]。

在傳統(tǒng)方法中SSR的鑒定需要構(gòu)建基因組文庫[14]，操作過程繁瑣，耗費(fèi)較大時(shí)間和經(jīng)濟(jì)成本，局限性較大[15]。隨著基因測序技術(shù)發(fā)展，簡化了全基因組SSR開發(fā)的過程，縮短了開發(fā)時(shí)間，降低了經(jīng)濟(jì)成本和人為因素的影響。現(xiàn)在許多物種的全基因組測序工作及應(yīng)用均已開展[16]，使得利用全基因組開發(fā)SSR標(biāo)記的應(yīng)用也越來越廣泛。

槭屬內(nèi)物種多為高大喬木，樹干筆直，葉形多變，葉色豐富[17]，在北美—?dú)W亞大陸間斷分布。中國是槭屬植物分布最為豐富的地區(qū)，《中國植物志》記錄全球槭屬植物共有129種，在中國范圍內(nèi)有99種。槭屬植物樹形和葉片具有較強(qiáng)的觀賞性，在園林綠化中應(yīng)用較為廣泛，世界各地廣泛引種栽植[18]。漾濞槭A. yangbiense是無患子科Sapindaceae槭屬Acer植物，其樹形高大，葉紙質(zhì)，總狀花序下垂，花期在4月，果期9月，具有較高的觀賞價(jià)值、經(jīng)濟(jì)價(jià)值和科研保護(hù)價(jià)值。漾濞槭僅分布于中國云南省大理州漾濞彝族自治縣境內(nèi)，生長于海拔2 200～2 500 m的林地，于2018年被列為瀕危樹種，收錄于《世界自然保護(hù)聯(lián)盟物種紅色名錄》，是世界上稀有和瀕危的物種之一。

目前國內(nèi)外對于漾濞槭這一物種的研究相對較少，僅停留在保護(hù)繁殖階段。對于漾濞槭遺傳資源的保護(hù)重視程度不足。迄今為止，漾濞槭微衛(wèi)星相關(guān)的研究尚未見報(bào)道。本研究根據(jù)已公布的漾濞槭全基因組序列，利用生物信息學(xué)軟件對漾濞槭全基因組微衛(wèi)星豐度及分布情況進(jìn)行分析，旨在為漾濞槭遺傳資源的保護(hù)與開發(fā)、漾濞槭分子標(biāo)記輔助育種、遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳多樣性研究奠定基礎(chǔ)和提供參考[19]。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

漾濞槭全基因組序列從NCBI數(shù)據(jù)庫下載，并以FASTA格式保存，基因組大小為665.89 Mb，下載網(wǎng)址為 https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/ taxonomy/1000413/。

1.2 基因組序列中SSR位點(diǎn)挖掘

利用軟件MISA（Microsatellite identification tool，MISA）作為漾濞槭全基因組中的微衛(wèi)星的搜索篩選工具。將單堿基、二堿基、三堿基、四堿基、五堿基、六堿基設(shè)置為軟件篩選參數(shù)。重復(fù)類型的最小拷貝數(shù)分別設(shè)置為10、6、5、5、5、5。

1.3 統(tǒng)計(jì)與分析

分別統(tǒng)計(jì)漾濞槭基因組中6種微衛(wèi)星的數(shù)量、總長度、平均長度、相對密度和豐度。使用Excel 2019軟件和SPSS 26.0軟件對所得數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析和作圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 漾濞槭全基因組SSR位點(diǎn)發(fā)掘及各類型微衛(wèi)星重復(fù)序列的分布特征

基于約665.89 Mb漾濞槭基因組測序數(shù)據(jù)對SSR位點(diǎn)進(jìn)行查找，共識(shí)別出342 227個(gè)SSR位點(diǎn)，平均每1.95 kb堿基就會(huì)有一個(gè)SSR位點(diǎn)。基因組序列的總有效長度為5 621 833 bp，占基因組序列總長度的0.84%。漾濞槭基因組微衛(wèi)星相對密度為8442.59 bp/Mb，相對豐度為513.94個(gè)/Mb。

漾濞槭各類型微衛(wèi)星長度和數(shù)量均存在較大差異，數(shù)量最多的微衛(wèi)星類型是單堿基重復(fù)類型和二堿基重復(fù)，二者之和約占漾濞槭全基因組微衛(wèi)星總數(shù)的90.10%。其中，單堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星數(shù)量為212 962，約占漾濞槭全基因組微衛(wèi)星總數(shù)的62.23%；二堿基類型微衛(wèi)星數(shù)量為95 384個(gè)，約占漾濞槭微衛(wèi)星總數(shù)的27.87%；三堿基、四堿基、六堿基和五堿基類型微衛(wèi)星的數(shù)量依次減少，分別為22 925、6 238、2 430和2 288。微衛(wèi)星序列長度分布情況及所占比例基本與微衛(wèi)星數(shù)量分布情況相同，長度最長的是單堿基類型，總長度為3 050 231 bp，其次是二堿基類型，總長度為1 843 474 bp。相對豐度和相對密度也是微衛(wèi)星分布特征研究中的重要指標(biāo)，漾濞槭全基因組6種類型微衛(wèi)星的相對豐度和相對密度均相差較大，其中相對密度最大的是單堿基類型微衛(wèi)星，密度為4 580.70 bp/Mb，其相對豐度也最大，達(dá)319.82個(gè)/ Mb。相對密度最小的是五堿基類型，相對豐度最小的是六堿基類型（表1）。

2.2 漾濞槭微衛(wèi)星中各重復(fù)類型數(shù)量分布情況

在漾濞槭數(shù)量最多、占比最大的單堿基重復(fù)類型中（表2），重復(fù)單元T的數(shù)目最多，100 562個(gè)，占47.22%；A重復(fù)單元和T重復(fù)單元的數(shù)目相差不大，為100 256個(gè)，比例為47.08%；可見A堿基和T堿基為單堿基重復(fù)類型中的優(yōu)勢基元。在二堿基重復(fù)類型中，重復(fù)單元為AT/TA的數(shù)目最多，其中，AT重復(fù)單元數(shù)量為32 989個(gè)，比例為34.59%；TA重復(fù)單元數(shù)量為30 215個(gè)，占二堿基重復(fù)序列總數(shù)目的31.68%。三堿基重復(fù)類型中，數(shù)量最多的重復(fù)單元為AAT/TTA，數(shù)量達(dá)6 407個(gè)，在三堿基序列總數(shù)量中所占比例為27.95%。重復(fù)單元為AAAT/TTTA的數(shù)目是四堿基重復(fù)類型中最多的，為2 159個(gè)，占四堿基重復(fù)序列總數(shù)量的34.61%。五堿基重復(fù)類型中，重復(fù)單元TTTTA/ AAAAT的重復(fù)數(shù)目最多，為231個(gè)，在五堿基重復(fù)序列總數(shù)中所占的比例為9.51%。在六堿基重復(fù)類型中，每種重復(fù)單元的數(shù)目均較少，占比也較少，其中數(shù)量最多的重復(fù)單元是ATGGGG，數(shù)量僅為73個(gè)，占六堿基重復(fù)序列總數(shù)目的3.19%，CCCCAT的數(shù)量次之，為65個(gè)。

漾濞槭基因組中，6種堿基類型均隨著重復(fù)拷貝數(shù)的增加，微衛(wèi)星數(shù)量逐漸遞減，拷貝數(shù)超過300次的序列數(shù)量占漾濞槭基因組序列總數(shù)的97.42%，因此，對漾濞槭拷貝數(shù)超過300次的序列進(jìn)行分析，有助于漾濞槭優(yōu)勢堿基的分析。拷貝數(shù)超過300次的序列有36種（表3），主要為單堿基、二堿基、三堿基和四堿基重復(fù)類型，總數(shù)是330 191個(gè)，占所搜索到的微衛(wèi)星重復(fù)類型總數(shù)的96.48%，而五堿基重復(fù)和六堿基重復(fù)類型總數(shù)僅占3.52%。在漾濞槭基因組中，數(shù)量最多的前25個(gè)拷貝類型依次為T、A、AT、TA、CA、TG、C、G、AG、TC、AAT、GA、CT、TTA、ATT、GT、AC、TAT、AAAT、TTC、GAA、ATA 、 TCT、TTTA和AAG（圖1）。

2.3 漾濞槭基因組各堿基重復(fù)類型重復(fù)次數(shù)的分布情況

漾濞槭基因組中各堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星的重復(fù)次數(shù)分布差異較大，重復(fù)次數(shù)最少的僅5次，重復(fù)次數(shù)最多的達(dá)到107次，且重復(fù)次數(shù)和SSR數(shù)量呈負(fù)相關(guān)（圖2）。在漾濞槭6種堿基類型中，大多數(shù)微衛(wèi)星數(shù)量集中分布在5～25次的范圍中，在漾濞槭各堿基微衛(wèi)星總數(shù)中所占比例大于95%。單堿基重復(fù)類型的重復(fù)次數(shù)范圍最寬，重復(fù)次數(shù)在10～25次范圍內(nèi)的微衛(wèi)星數(shù)量最多，為202 838個(gè)，在單堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星總數(shù)中所占比例達(dá)到95.25%，其中，重復(fù)次數(shù)為10次的SSR數(shù)量最多，為60 058個(gè)。二堿基重復(fù)類型的重復(fù)次數(shù)分布和單堿基重復(fù)類型的重復(fù)次數(shù)分布大體相似，大多數(shù)微衛(wèi)星在6～25次范圍內(nèi)分布，在二堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星總數(shù)量中所占比例為96.95%，重復(fù)次數(shù)為6時(shí)，微衛(wèi)星數(shù)量分布最多，為31 420個(gè)。從三堿基重復(fù)類型開始，重復(fù)次數(shù)分布范圍逐漸變窄，不同重復(fù)次數(shù)的微衛(wèi)星數(shù)量也不斷減少。三堿基重復(fù)類型中，絕大多數(shù)微衛(wèi)星重復(fù)次數(shù)均分布在5～15次，在三堿基重復(fù)類型微衛(wèi)星總數(shù)量中所占比例達(dá)到99.43%。四堿基，五堿基和六堿基重復(fù)類型中，重復(fù)次數(shù)的分布范圍十分相似，均集中分布在5～10次內(nèi)，在各堿基類型微衛(wèi)星總數(shù)中所占比例也相近，均達(dá)到99%以上，重復(fù)次數(shù)為5時(shí)，微衛(wèi)星的數(shù)量均最多，分別為3 787、1 576和1 460個(gè)（圖3）。

2.4 漾濞槭基因組微衛(wèi)星長度分布及變異情況

漾濞槭基因組微衛(wèi)星長度在10～318 bp，平均長度為32.10 bp，最長的可達(dá)318 bp，最短的為10 bp。長度為10～20 bp的微衛(wèi)星數(shù)量最多，達(dá)到278 512個(gè)，占漾濞槭基因組微衛(wèi)星總數(shù)的81.38%，其中長度為10～15 bp的數(shù)量為209 205個(gè)，占比為61.13%；長度為16～20 bp的數(shù)量為69 267個(gè)，占比為20.24%；大于60 bp的微衛(wèi)星數(shù)量為58 817，占總數(shù)的17.19%。因此，漾濞槭基因組中微衛(wèi)星的長度分布差異較大（圖4）。

本研究對漾濞槭不同類型的微衛(wèi)星長度變異情況進(jìn)行了分析，結(jié)果顯示：SSR序列長度變異程度最高的堿基重復(fù)類型為單堿基，共有69種類型；其次為二堿基重復(fù)，共59種類型；三堿基、六堿基、四堿基、五堿基重復(fù)的SSR序列長度類型依次減少，分別為22種、14種、10種和7種類型，變異程度也依次降低，變異程度最低的堿基重復(fù)類型為五堿基。此外，在6種重復(fù)類型中，微衛(wèi)星重復(fù)區(qū)序列長度和微衛(wèi)星數(shù)量呈負(fù)相關(guān)。

2.5 漾濞槭基因組微衛(wèi)星在染色體上的分布

根據(jù)獲得的漾濞槭全基因組序列信息搜索獲得的微衛(wèi)星中，一共拼接組裝大小是5 621 833 bp，其中成功掛載到染色體長度為5 513 594 bp，約占總長的98.07%。在已成功掛載到染色體上的基因組序列中鑒別獲得的微衛(wèi)星數(shù)量為335 517個(gè)，約占所有微衛(wèi)星總數(shù)的98.04%。6種類型微衛(wèi)星在漾濞槭不同染色體數(shù)量分布見表4，由表4可知，分布在chr2號(hào)染色體上的微衛(wèi)星數(shù)量是漾濞槭13條染色體中最多的，為40 343個(gè)，在所有染色體上微衛(wèi)星總數(shù)中所占比例約為12.02%；其次是chr1號(hào)和chr3號(hào)染色體，微衛(wèi)星數(shù)量分別為38 482和35 925個(gè)，二者數(shù)量差別不大；chr13號(hào)染色體上分布的微衛(wèi)星數(shù)量是最少的，為19 704個(gè)。在漾濞槭13條染色體中，單堿基類型微衛(wèi)星數(shù)量是最多的，二堿基、三堿基、四堿基的數(shù)量在13條染色體中依次下降，五堿基和六堿基微衛(wèi)星數(shù)量相差不大，均為13條染色體中數(shù)量最少的。

3 討 論

3.1 漾濞槭基因組優(yōu)勢堿基類型分析

由于過度開發(fā)，人為的環(huán)境污染，自然條件改變等，許多植物瀕臨滅絕，保護(hù)研究瀕危植物的工作面臨挑戰(zhàn)。微衛(wèi)星標(biāo)記因其特性成為分析研究珍稀瀕危物種的重要途徑和重要依據(jù)。由現(xiàn)有研究可得，二堿基重復(fù)類型為自然界中大多數(shù)植物基因組的主要重復(fù)類型[20]，例如山柚子科Opiliaceae長蕊甜菜樹Yunnanopilia longistaminata[21]、薔薇科Rosaceae云南栘（木衣）Docynia delavay[22]等，這與本研究漾濞槭基因組中主要重復(fù)類型為單堿基重復(fù)類型的結(jié)論不同。本研究通過對漾濞槭全基因組序列分析微衛(wèi)星特征分析發(fā)現(xiàn)在漾濞槭全基因組665 887 899 bp序列中，共篩選出6種微衛(wèi)星重復(fù)類型的微衛(wèi)星序列342 227個(gè)，總有效長度為5 621 833 bp，相對豐度為513.94個(gè)/Mb，相對密度為8 442.61 bp/Mb，約占漾濞槭全基因組序列的0.84%。在漾濞槭6種類型的微衛(wèi)星中，數(shù)量最多的堿基類型為單堿基，占6種堿基類型總數(shù)的62.23%，其次是二堿基，占總數(shù)的27.87%，三堿基～六堿基的數(shù)量依次減少，數(shù)量最少的為六堿基類型，僅占微衛(wèi)星總數(shù)的0.67%。同樣，蘭科Orchidaceae鐵皮石斛Dendrobium officinale[23]、鼠李科Rhamnaceae棗Ziziphus jujuba[24]以及瀕危植物樺木科Betulaceae天目鐵木Ostrya rehderiana[25]、蝶形花科Papilionaceae黑黃檀Dalbergia fusca[26]等基因組中SSR序列也均以單堿基重復(fù)類型為主，這與本研究結(jié)論一致。自然界中，也有植物以六堿基為主要重復(fù)類型，如胡桃科Juglandaceae薄殼山核桃Carya illinoinensis[27]和木蘭科Magnoliaceae望春玉蘭Magnolia biondii[28]等。還有少部分植物以三堿基為主要重復(fù)類型，如松科Pinaceae白皮松Pinus bungeana[29]等。由此可見，不同科不同種之間，基因組的大小不同，堿基的組成含量不同，因此，優(yōu)勢的微衛(wèi)星類型也不同。

3.2 漾濞槭基因組中優(yōu)勢重復(fù)單元堿基組成分析

在多數(shù)真核生物基因組中，微衛(wèi)星都富含A和T堿基，且數(shù)量顯著高于G和C堿基。整體來看，槭屬基因組中SSR位點(diǎn)的重復(fù)基元組成以A/T堿基為主，在單堿基重復(fù)至六堿基重復(fù)中，數(shù)量最多重復(fù)基元類型都為A/T堿基構(gòu)成。本研究漾濞槭全基因組微衛(wèi)星中，前10種優(yōu)勢重復(fù)拷貝類別為T、A、AT、TA、TG、CA、G、C、AG和TC，其中，數(shù)量最多的堿基重復(fù)類型為T堿基和A堿基，說明漾濞槭SSR序列和多數(shù)真核生物一樣，具有顯著的A/T堿基偏好性。但有些植物如楊梅Myrica rubra、小麥Triticumaes tivum顯著偏好G/C[30-31]。此前研究顯示，雙子葉植物SSR二堿基重復(fù)多以AG/CT類型為主，而三堿基重復(fù)以AAG/CTT類型為主，但本研究漾濞槭基因組SSR分布特征研究顯示，在漾濞槭基因組中，AT/TA為絕對優(yōu)勢的二堿基重復(fù)類型，AAT/TTA為絕對優(yōu)勢的三堿基重復(fù)類型。但無患子科Sapindaceae龍眼Dimocarpus longan基因組SSR的研究顯示，龍眼基因組中AG/CT，GAA/TTC分別是二堿基重復(fù)與三堿基重復(fù)的優(yōu)勢類型[32]。由此可見，即使同科之間，物種不同，優(yōu)勢重復(fù)單元也可能存在顯著差異。

3.3 漾濞槭基因組中不同重復(fù)微衛(wèi)星的長度分布及變異情況

SSR的重復(fù)序列長度也是影響SSR多樣性的重要因素，整體來看，槭屬植物基因組中包含SSR位點(diǎn)豐富，且分布密度較大。本研究對漾濞槭基因組SSR長度的統(tǒng)計(jì)分析可以看出，漾濞槭在12～20 bp長度范圍內(nèi)SSR數(shù)量最多。這與現(xiàn)有的其他槭屬植物的基因組研究結(jié)果相同[33]。在漾濞槭基因組中，單堿基重復(fù)類型的長度變異程度最高，變異類型達(dá)69種，其次是二堿基重復(fù)類型，長度變異類型為59種，表明其獲得（失去）重復(fù)單元的活躍程度高，變異程度較高，多態(tài)性豐富。此外，漾濞槭在長度較長的SSR序列中依然保持著較多的數(shù)量，這也與其核苷酸重復(fù)次數(shù)種類較多有關(guān)。植物基因的穩(wěn)定性與微衛(wèi)星重復(fù)序列的長度成反比，如果植物面臨趨同選擇壓力，SSR將集中分布在較短的序列范圍內(nèi)[34-35]。由此可知，微衛(wèi)星長度較短的單堿基和二堿基重復(fù)類型是對漾濞槭基因變異產(chǎn)生主要影響的微衛(wèi)星類型。

以往研究表明，SSR長度是決定其多態(tài)性的重要因素[36]，本研究對漾濞槭基因組SSR長度分布的研究結(jié)果顯示，SSR長度主要集中在10～20 bp，且SSR 長度與數(shù)量呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)，這與槭屬其他植物，如梣葉槭A.negundo、糖槭A.saccharum、梓葉槭A.catalpifolium等植物的研究結(jié)果類似。

在漾濞槭基因組SSR重復(fù)次數(shù)的統(tǒng)計(jì)中可以發(fā)現(xiàn)，單堿基至三堿基重復(fù)類型在漾濞槭基因組中都存在重復(fù)出現(xiàn)較多的類型，重復(fù)次數(shù)較多的SSR類型具有較高的多態(tài)性，表明在漾濞槭基因組中存在大量具有潛在多態(tài)性的SSR序列，具有較高的開發(fā)應(yīng)用價(jià)值[37]。本文對漾濞槭全基因組微衛(wèi)星分布特征進(jìn)行研究分析，為SSR引物開發(fā)提供幫助，并為進(jìn)一步研究漾濞槭全基因組特征，進(jìn)行漾濞槭分子標(biāo)記輔助育種，遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析奠定基礎(chǔ)和提供參考。但SSR標(biāo)記在檢測過程中可能出現(xiàn)基因帶重疊，造成研究結(jié)果不準(zhǔn)確等問題，因此未來SSR標(biāo)記的開發(fā)還需要提升標(biāo)記的檢測速度和靈敏性，并進(jìn)一步地研究與改進(jìn)。

4 結(jié) 論

本研究基于漾濞槭全基因組序列挖掘微衛(wèi)星位點(diǎn)，分析了漾濞槭全基因組微衛(wèi)星的分布特征。漾濞槭全基因組大小為665.89 Mb，其中篩選出1～6堿基重復(fù)類型的微衛(wèi)星342 227個(gè)，總長度為5 621 833 bp，相對豐度為513.94個(gè)/Mb，相對密度為8 442.59 bp/Mb，約占整個(gè)基因組序列的0.84%。二堿基重復(fù)類型為自然界中大多數(shù)植物基因組的主要重復(fù)類型，但在漾濞槭6種類型的微衛(wèi)星中，數(shù)量最多的堿基類型為單堿基，占6種堿基類型總數(shù)的62.23%。漾濞槭SSR序列和多數(shù)真核生物一樣，具有顯著的A/T堿基偏好性。在漾濞槭基因組中，AT/TA為絕對優(yōu)勢的二堿基重復(fù)類型，AAT/TTA為絕對優(yōu)勢的三堿基重復(fù)類型，漾濞槭在12～20 bp長度范圍內(nèi)SSR數(shù)量最多，微衛(wèi)星長度較短的單堿基和二堿基重復(fù)類型是對漾濞槭基因變異產(chǎn)生主要影響的微衛(wèi)星類型，在漾濞槭基因組中存在大量具有潛在多態(tài)性的SSR序列，具有較高的開發(fā)應(yīng)用價(jià)值。

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[本文編校：戴歐琳]