徐建國(guó)

中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所傳染病預(yù)防控制國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 102206

當(dāng)不明原因性傳染病突發(fā)疫情在某個(gè)國(guó)家或地區(qū)出現(xiàn)時(shí)，如能在第1時(shí)間發(fā)現(xiàn)和明確病原體，就可為控制疫情贏得時(shí)間。對(duì)新病原體的檢測(cè)、分離、鑒定，是一個(gè)國(guó)家傳染病應(yīng)急防控能力和水平的標(biāo)志性體現(xiàn)[1]。

我國(guó)對(duì)不明原因性傳染病突發(fā)疫情的應(yīng)急處理，主要由各級(jí)疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)(過(guò)去稱(chēng)防疫站)承擔(dān)。 這些機(jī)構(gòu)曾經(jīng)出色完成了對(duì)霍亂、蘇皖大腸埃希菌O157∶H7、四川人感染豬鏈球菌暴發(fā)等多起突發(fā)重大疫情的處理，積累了應(yīng)對(duì)不明原因性傳染病突發(fā)疫情的經(jīng)驗(yàn)，造就了一批有實(shí)際經(jīng)驗(yàn)的人才，為經(jīng)濟(jì)發(fā)展和社會(huì)穩(wěn)定作出了貢獻(xiàn)[2,3]。但是，仍有一些規(guī)模小的不明原因性傳染病突發(fā)疫情未獲得病原學(xué)證據(jù)[4]。

近年來(lái)，不明原因性傳染病突發(fā)疫情在我國(guó)不斷出現(xiàn)，現(xiàn)實(shí)生活中也有生物襲擊或威脅的發(fā)生(如2009年新疆針扎事件)。為應(yīng)對(duì)不明原因性傳染病突發(fā)疫情，迫切需要建立發(fā)現(xiàn)新病原的技術(shù)體系及有關(guān)新病原學(xué)的理論，以指導(dǎo)發(fā)現(xiàn)新病原的工作。最近幾年，國(guó)內(nèi)、外已發(fā)表了不少探討和發(fā)現(xiàn)新病原的論文，國(guó)外有的大學(xué)成立了發(fā)現(xiàn)新病原的實(shí)驗(yàn)室，我國(guó)國(guó)家疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所于2009年也成立了新病原室，應(yīng)對(duì)這一挑戰(zhàn)。

如何定義新病原體是一個(gè)值得商榷的問(wèn)題。從應(yīng)對(duì)不明原因性傳染病突發(fā)疫情和公共衛(wèi)生的角度來(lái)看，新病原體應(yīng)包括3類(lèi)：①在某個(gè)國(guó)家或地區(qū)第1次出現(xiàn)的病原體；②已發(fā)生變異、毒力增強(qiáng)、引起疾病流行和患者死亡、使用現(xiàn)有技術(shù)和方法無(wú)法給予準(zhǔn)確診斷或鑒定的病原體；③在世界范圍內(nèi)第1次出現(xiàn)的病原體。近年來(lái)，大多數(shù)不明原因性傳染病疫情基本上都是由上述3類(lèi)病原體引起的。

為及時(shí)、準(zhǔn)確地發(fā)現(xiàn)和鑒定這些新的病原體，應(yīng)從以下幾方面著手。

1 建立病原體檢測(cè)技術(shù)儲(chǔ)備，應(yīng)對(duì)我國(guó)第1次出現(xiàn)的病原體

美國(guó)等一些發(fā)達(dá)國(guó)家對(duì)病原體的研究范圍幾乎覆蓋了所有的病原體。即使目前在這些國(guó)家沒(méi)有病例報(bào)告的病原體，他們也投入大量資金，開(kāi)展研究工作，包括致病機(jī)制、檢測(cè)、診斷、疫苗、藥物等。正是由于擁有這種雄厚的知識(shí)和技術(shù)儲(chǔ)備，他們才能夠在新發(fā)傳染病發(fā)生時(shí)，迅速明確診斷，及時(shí)采取措施，控制疫情發(fā)展。嚴(yán)重急性呼吸綜合征(severe acute respiratory syndrome, SARS)就是一個(gè)典型的例子[5,6]。

相比之下，我國(guó)研究病原體的種類(lèi)及范圍均很小。即使是對(duì)一些我國(guó)法定傳染病的病原體，目前也尚無(wú)穩(wěn)定的研究隊(duì)伍；對(duì)許多在世界學(xué)術(shù)界已引起非常關(guān)注的病原體，尚未開(kāi)展研究工作；對(duì)一些曾在我國(guó)引起重大疫情、目前病例不多的病原體，研究隊(duì)伍正在縮小或消失[7]。

針對(duì)可能在我國(guó)第1次出現(xiàn)的病原體，最好的策略就是建立病原體檢測(cè)和診斷技術(shù)儲(chǔ)備。1999年我國(guó)處理蘇皖大腸埃希菌O157∶H7暴發(fā)的經(jīng)驗(yàn)顯示，建立技術(shù)儲(chǔ)備是應(yīng)對(duì)在一個(gè)國(guó)家或地區(qū)第1次出現(xiàn)的病原體的有效手段[3]。如果沒(méi)有技術(shù)儲(chǔ)備，一旦發(fā)生疫情，要在很短時(shí)間內(nèi)對(duì)一個(gè)過(guò)去并不熟悉的病原體準(zhǔn)確作出相關(guān)病原學(xué)診斷，對(duì)病原學(xué)專(zhuān)家來(lái)說(shuō)是一項(xiàng)非常嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)[8]。

1999年4～8月，我國(guó)江蘇省和安徽省突然有194例患者從腹瀉等先驅(qū)癥狀發(fā)展為少尿、無(wú)尿而入院，其中174例因突發(fā)腎臟和(或)其他臟器衰竭而死亡。當(dāng)時(shí)曾一度懷疑由出血熱、鉤端螺旋體病、假藥中毒等引起。由于病因不明，疫情控制沒(méi)有方向，政府難以決策，謠言四起，以致當(dāng)?shù)厝罕姷纳踩蜕鐣?huì)穩(wěn)定受到嚴(yán)重威脅。我們受衛(wèi)生部派遣，和地方疾病預(yù)防控制中心一起處理疫情。 由于本實(shí)驗(yàn)室從1986年就開(kāi)始研究大腸埃希菌O157∶H7，建立了針對(duì)溶血素和志賀毒素基因的DNA診斷探針、聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction，PCR)、針對(duì)溶血素和O157脂多糖(lipopolysaccharide，LPS)的轉(zhuǎn)膜雜交等方法。我們使用這些已建立的技術(shù)和方法，與當(dāng)?shù)丶膊☆A(yù)防控制中心的同仁一起，迅速?gòu)呐R床標(biāo)本分離到病原體，在患者血清中檢測(cè)到特異性抗體，從患者家庭飼養(yǎng)的豬、牛、羊、雞等動(dòng)物分離到病原菌，提出將疫情確定為大腸埃希菌O157∶H7感染的建議。衛(wèi)生部接受了這一診斷建議，迅速采取措施，有效控制了迄今為止世界范圍內(nèi)流行規(guī)模最大、死亡人數(shù)最多、持續(xù)時(shí)間最長(zhǎng)、發(fā)病情況最復(fù)雜的一起大腸埃希菌O157∶H7暴發(fā)[3,9]。

從2004年開(kāi)始，我國(guó)對(duì)傳染病的預(yù)防、控制工作有了穩(wěn)定的資金投入。我們根據(jù)國(guó)內(nèi)、外研究結(jié)果的流行病學(xué)資料，廣泛征集專(zhuān)家意見(jiàn)和建議，擴(kuò)大傳染病病原體的研究范圍，慎重布局，逐步實(shí)施；每年組織科研力量，對(duì)十余種新的、罕見(jiàn)的、我國(guó)尚未開(kāi)展研究工作的病原菌進(jìn)行研究，著重提高檢測(cè)、鑒定、分析和診斷的能力；基本上建立了能對(duì)80種新病原性細(xì)菌作出診斷的技術(shù)陣列。這些預(yù)警的技術(shù)儲(chǔ)備，在隨后應(yīng)對(duì)豬鏈球菌、無(wú)形體等疫情的病原學(xué)診斷發(fā)揮了作用。如本研究所自2004年已啟動(dòng)豬鏈球菌研究工作，當(dāng)2005年四川省發(fā)生世界上最大的人感染豬鏈球菌疫情并引起國(guó)內(nèi)、外廣泛關(guān)注時(shí)，由于本實(shí)驗(yàn)室已建立了PCR等檢測(cè)方法，引進(jìn)了參考菌株和診斷血清，在接到尸體解剖標(biāo)本數(shù)小時(shí)后，就用PCR方法檢測(cè)到病原菌存在，3 d后獲得病原菌并完成鑒定。從理論上說(shuō)，這是從臨床標(biāo)本培養(yǎng)、分離、純化、鑒定一個(gè)病原菌所需的最短時(shí)間。我們及時(shí)向衛(wèi)生部遞交了實(shí)驗(yàn)室診斷報(bào)告。衛(wèi)生部很快公布了疫情診斷結(jié)果，指導(dǎo)了疫情的控制工作[10,11]。

我國(guó)發(fā)現(xiàn)人粒細(xì)胞無(wú)形體病(human granulocytic anaplasmosis，HGA)也證明了建立技術(shù)體系儲(chǔ)備的價(jià)值。 2006年11月，安徽省某醫(yī)院一疑似出血熱的患者死亡數(shù)天后，5名陪護(hù)親屬和4名參與搶救的醫(yī)護(hù)人員均被傳染。在排除出血熱病毒等30余種病原體后，安徽省疾病預(yù)防控制中心提出可能是埃立克體的建議，向我們提出技術(shù)支持的請(qǐng)求。由于我們?cè)?006年初就開(kāi)始建立埃立克體、無(wú)形體診斷技術(shù)的儲(chǔ)備，已經(jīng)合成了引物，引進(jìn)了血清學(xué)診斷試劑，所以很快完成了檢測(cè)工作。根據(jù)血清學(xué)和病原體基因分析數(shù)據(jù)，提出HGA的診斷意見(jiàn)。HGA的病原體是嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體，主要通過(guò)蜱傳播，此前沒(méi)有人-人傳播的報(bào)道。通過(guò)對(duì)病原學(xué)和血清學(xué)結(jié)果的雙盲驗(yàn)證，以及對(duì)與首發(fā)患者接觸時(shí)間、接觸方式和接觸時(shí)間(以分鐘為單位)的調(diào)查、對(duì)比和分析，提出了安徽省HGA人-人傳播的結(jié)論，得到國(guó)內(nèi)、外同行認(rèn)可。論文在美國(guó)醫(yī)學(xué)會(huì)雜志(JAMA)上發(fā)表，耶魯大學(xué)Krause教授等應(yīng)邀撰寫(xiě)的評(píng)論認(rèn)為，此研究的重要意義是 “在世界上第1次發(fā)現(xiàn)嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體可以人-人傳播，在中國(guó)第1次發(fā)現(xiàn)HGA病例”。由于該發(fā)現(xiàn)，衛(wèi)生部頒布了《人粒細(xì)胞無(wú)形體病預(yù)防控制技術(shù)指南》，要求HGA高發(fā)地區(qū)的醫(yī)務(wù)人員要強(qiáng)化護(hù)理和搶救過(guò)程中的保護(hù)措施，減少發(fā)病和死亡[12]。

2 建立中國(guó)病原菌分子分型網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)發(fā)生變異的病原體

在細(xì)菌的進(jìn)化過(guò)程中，點(diǎn)突變、基因重組、基因水平轉(zhuǎn)移和丟失等是主要的推動(dòng)因素。過(guò)去認(rèn)為，點(diǎn)突變是病原性細(xì)菌發(fā)生的主要因素，因而新的病原性細(xì)菌的產(chǎn)生和進(jìn)化過(guò)程比較緩慢。通過(guò)研究細(xì)菌“獲取”與“缺失”基因的機(jī)制發(fā)現(xiàn)，大片段基因的獲得和缺失可使細(xì)菌基因在短期內(nèi)發(fā)生量的飛躍。也就是說(shuō)，可以在短時(shí)期內(nèi)產(chǎn)生許多新的突變株，包括新的病原性細(xì)菌。噬菌體、質(zhì)粒為細(xì)菌的可移動(dòng)遺傳元件，它們的參與加速了細(xì)菌的進(jìn)化過(guò)程。如細(xì)菌可通過(guò)DNA轉(zhuǎn)換、噬菌體轉(zhuǎn)導(dǎo)、質(zhì)粒介導(dǎo)的結(jié)合作用等水平轉(zhuǎn)移方式，獲得外源基因成分，從而具有一些新的特征，如對(duì)抗生素的耐藥性、產(chǎn)生毒素的能力等。細(xì)菌還可通過(guò)缺失一部分基因，使自己能更適應(yīng)環(huán)境的變化。上述多種構(gòu)成細(xì)菌變異的機(jī)制，可使細(xì)菌的致病性增強(qiáng)，引起疾病流行[13]。

因此，我們建立了中國(guó)病原菌分子分型網(wǎng)絡(luò)(PulseNet China)，有助于發(fā)現(xiàn)發(fā)生變異的病原體[14]。PulseNet是由美國(guó)疾病預(yù)防控制中心建立的食源性細(xì)菌傳染病實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)，1998年5月由當(dāng)時(shí)美國(guó)副總統(tǒng)戈?duì)栐诎讓m宣布成立。該網(wǎng)絡(luò)利用標(biāo)準(zhǔn)化的細(xì)菌實(shí)驗(yàn)室分子分型技術(shù)，通過(guò)分布于各地的網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室實(shí)際檢測(cè)和監(jiān)測(cè)，建立網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)，及時(shí)交流和比對(duì)數(shù)據(jù)，從而可識(shí)別食源性傳染病發(fā)生的關(guān)聯(lián)，調(diào)查暴發(fā)流行，快速鑒定暴發(fā)的來(lái)源[15,16]。

PulseNet的精髓是數(shù)據(jù)的可比性和共享性。所有參與的實(shí)驗(yàn)室都使用相同的實(shí)驗(yàn)程序，保證獲得的結(jié)果可相互比較。因此，能夠?qū)崿F(xiàn)美國(guó)乃至全球范圍的信息共享。這一網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)能發(fā)現(xiàn)看似無(wú)關(guān)的傳染病事件之間的內(nèi)在聯(lián)系，早期發(fā)現(xiàn)暴發(fā)或暴發(fā)趨勢(shì)，有助于控制疫情[15,16]。

我們借助PulseNet的理念，把覆蓋范圍擴(kuò)大到所有病原性細(xì)菌，把分型技術(shù)從脈沖場(chǎng)凝膠電泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)擴(kuò)展到多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析(multiple-locus variable-number tandem repeat analysis， MLVA)、多位點(diǎn)序列分型(multilocus sequence typing, MLST)等，期望能夠發(fā)展細(xì)菌基因組水平的分型技術(shù)。PulseNet China 是我國(guó)細(xì)菌性傳染病實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)的未來(lái)。我們希望在PulseNet China的平臺(tái)組建所有從事細(xì)菌實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)的同盟，使全國(guó)范圍內(nèi)的科技工作者，可用此平臺(tái)判斷不同分離株之間的關(guān)系。因?yàn)楫?dāng)某個(gè)菌株引起疾病暴發(fā)，自暴發(fā)中分離的不同菌株應(yīng)該是相同或幾乎相同的(因可能存在偶然的變異)。對(duì)不同分離菌株的分子分型，在識(shí)別暴發(fā)，確定傳染來(lái)源、流行范圍、傳播鏈，發(fā)現(xiàn)特殊菌株等流行病學(xué)調(diào)查方面具有重要作用。通過(guò)分子生物學(xué)技術(shù)對(duì)病原體進(jìn)行分子分型，是調(diào)查暴發(fā)、流行的有效分析手段。使用PulseNet China 技術(shù)，我們?cè)l(fā)現(xiàn)了幾個(gè)發(fā)生變異并在我國(guó)引起重大疫情的病原菌。

2.1 腦膜炎奈瑟菌ST-4821complex(序列群)的發(fā)現(xiàn)和命名

在我國(guó)，流行性腦膜炎幾十年來(lái)一直以A群為優(yōu)勢(shì)血清群。2003～2005年，安徽省突然發(fā)生C群流行性腦膜炎暴發(fā)，并迅速傳到其他省份，一度疫苗告急。我們迅速組織起一支以研究生為主的隊(duì)伍投入工作。使用PulseNet China 建立的PFGE和MLST技術(shù)，發(fā)現(xiàn)優(yōu)勢(shì)病原體發(fā)生了變異，并在進(jìn)化樹(shù)上形成一個(gè)新的亞群，將其命名為ST-4821序列群。該發(fā)現(xiàn)使我國(guó)預(yù)防和控制流行性腦膜炎的策略發(fā)生了重大改變，特別是對(duì)預(yù)防用抗生素的調(diào)整。研究結(jié)果于2006年在Lancet上發(fā)表[17]。

2.2 福氏志賀菌一個(gè)新血清型Fxv的發(fā)現(xiàn)

我國(guó)的細(xì)菌性痢疾主要由福氏志賀菌引起。幾十年來(lái)一直認(rèn)為，福氏志賀菌的15個(gè)血清型中，福氏2a志賀菌(Shigellaflexneri2a, F2a)的分離率最高，占80%左右，因此發(fā)展疫苗首先應(yīng)考慮福氏2a。2001年在河南省發(fā)現(xiàn)一種新的血清型，分離率超過(guò)F2a，連續(xù)5年成為第一優(yōu)勢(shì)血清型。使用單價(jià)診斷血清鑒定，結(jié)果為F4c?；蚪M分析發(fā)現(xiàn)，其沒(méi)有編碼F4的型抗原基因gtrIV，故不能鑒定為F4；但具有編碼Fx變種的抗原基因gtrX，將其命名為Fxv。使用MLST擴(kuò)展分析技術(shù)發(fā)現(xiàn)，我國(guó)95%左右的福氏志賀菌分離株，包括Fxv、F2a等優(yōu)勢(shì)血清型，屬于一個(gè)新的序列型，該序列型被命名為ST91。研究結(jié)果表明，在我國(guó)存在一個(gè)福氏志賀菌優(yōu)勢(shì)克隆群ST91，包括十余個(gè)血清型的菌株。福氏志賀菌ST91可通過(guò)噬菌體轉(zhuǎn)導(dǎo)等方式不斷變換血清型，規(guī)避人群建立的型特異性免疫保護(hù)。因此，志賀菌疫苗的發(fā)展策略必須重新設(shè)計(jì)。志賀菌痢疾是我國(guó)的常見(jiàn)病、多發(fā)病，在志賀菌的46 個(gè)血清型中，只有這個(gè)血清型是由我國(guó)科學(xué)家首先發(fā)現(xiàn)和命名的[18]。

2.3 豬鏈球菌序列7型的發(fā)現(xiàn)及在我國(guó)的流行

2005年四川省發(fā)生人感染豬鏈球菌的疫情，有 61例表現(xiàn)出不尋常的鏈球菌中毒性休克樣癥狀，38例死亡，呈現(xiàn)發(fā)病急、死亡快的現(xiàn)象。血清學(xué)方法發(fā)現(xiàn)，病原體是血清2型豬鏈球菌。但由于許多血清2型豬鏈球菌的分離株是不致病的，因此使用MLST技術(shù)檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)病原體是序列7型豬鏈球菌，由序列1型變異而來(lái)，且毒力增強(qiáng)。迄今為止，序列7型豬鏈球菌只在我國(guó)發(fā)現(xiàn)，而致病性比較低的血清2型豬鏈球菌則屬于ST25型[11]。 據(jù)此，我們根據(jù)臨床表現(xiàn)、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)、基因組分析等數(shù)據(jù)，將豬鏈球菌分為中等致病群、高致病群和流行群。中等致病群豬鏈球菌以ST25型等為主，雖能引起豬感染，但少有引起人感染的報(bào)道，沒(méi)有引起人感染死亡的報(bào)道，主要分布于北美；高致病群豬鏈球菌包括ST1型，主要分布于歐洲和亞洲，能引起豬感染，雖然有大量引起人感染和死亡的報(bào)道，但沒(méi)有引起大規(guī)模的人感染暴發(fā)，引起休克較少；流行群豬鏈球菌有ST7 型，能在人間引起暴發(fā)和在動(dòng)物中流行，引起休克和死亡。我們繼而提出豬鏈球菌的“兩階段致病”理論：第1階段發(fā)生在高致病群或流行群豬鏈球菌進(jìn)入血液的數(shù)小時(shí)內(nèi)，主要特點(diǎn)是病原體刺激機(jī)體產(chǎn)生超量細(xì)胞因子, 如腫瘤壞死因子α(tumor necrosis factor α，TNFα)等，可導(dǎo)致宿主約在24 h發(fā)生休克和死亡；第2階段的主要特點(diǎn)是病原菌依靠毒力因子，通過(guò)血-腦屏障，引起腦膜炎。“兩階段致病”理論不僅對(duì)決定患者的預(yù)后發(fā)揮關(guān)鍵作用，還提示豬鏈球菌感染患者早期治療的重點(diǎn)是預(yù)防休克發(fā)生和抗休克治療，從而降低病死率[10]。

3 致力于發(fā)現(xiàn)世界范圍內(nèi)第1次出現(xiàn)的病原體

在世界范圍發(fā)現(xiàn)第1次出現(xiàn)的病原體是一種挑戰(zhàn)。測(cè)序技術(shù)的飛躍發(fā)展，給發(fā)現(xiàn)新的病原體提供了新的手段和思路。所有的細(xì)菌都有16S rRNA，根據(jù)16S rRNA的差異，可將細(xì)菌鑒定為科、屬、種。16S rRNA 序列分析比較是鑒定細(xì)菌的金標(biāo)準(zhǔn)，但該技術(shù)有一定的限制，對(duì)數(shù)據(jù)的質(zhì)量要求很高，PCR合成過(guò)程可能會(huì)產(chǎn)生一些差異。但是，從臨床標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)可疑的病原菌，沒(méi)有其他方法能超越16S rRNA 序列分析的優(yōu)點(diǎn)。每種細(xì)菌都有16S rRNA，可通過(guò)PCR擴(kuò)增、克隆、測(cè)序的技術(shù)，獲得新的病原體信息。對(duì)那些正常情況下無(wú)菌的部位或體液標(biāo)本，優(yōu)勢(shì)更明顯[19]。對(duì)懷疑細(xì)菌感染的患者，如能從血液或腦脊液標(biāo)本中應(yīng)用16S rRNA技術(shù)檢測(cè)到細(xì)菌，則提示非常有可能是病原菌。但理論與實(shí)際還會(huì)有一定的差距。當(dāng)從認(rèn)為是無(wú)菌的血液標(biāo)本中檢測(cè)到醫(yī)院內(nèi)感染細(xì)菌，具體情況應(yīng)具體分析。16S rRNA 序列分析的功能是發(fā)現(xiàn)線索，但不能輕易下結(jié)論。對(duì)消化道、呼吸道等標(biāo)本來(lái)說(shuō)，問(wèn)題更復(fù)雜。因?yàn)檫@些部位有正常菌群，使用16S rRNA技術(shù)能檢測(cè)到多種細(xì)菌，要確定哪一種細(xì)菌是病原菌，需做更多的工作[20,21]。發(fā)現(xiàn)新的病毒，需要的技術(shù)更復(fù)雜。病毒的基因組序列差異很大，不能像細(xì)菌那樣使用共有的序列。

如果懷疑病原體是新的病毒或細(xì)菌，可使用宏基因組測(cè)序法，即對(duì)標(biāo)本包含的所有DNA或RNA序列無(wú)選擇地進(jìn)行分析；然后建立數(shù)據(jù)庫(kù)，刪除背景序列，查找與某種病原體有同源性的序列[22-24]；最后，根據(jù)結(jié)果設(shè)計(jì)序列、檢測(cè)標(biāo)本，繼而分離、培養(yǎng)、確定病原體。從理論上講，這個(gè)策略是可行的，也有成功的例子，但實(shí)際情況要復(fù)雜得多。需建立系統(tǒng)的技術(shù)和方法，需要微生物學(xué)、生物信息學(xué)、流行病學(xué)研究者和臨床醫(yī)師的共同努力。

4 我國(guó)傳染病預(yù)防控制實(shí)踐呼喚新病原學(xué)科的發(fā)展

目前我國(guó)疾病預(yù)防和控制系統(tǒng)除已開(kāi)始啟動(dòng)的網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室外，應(yīng)對(duì)新病原的挑戰(zhàn)基本上是扮演救火隊(duì)的角色，即 “被動(dòng)滅火”的工作模式。在許多情況下，火被撲滅了，但對(duì)傳染源和傳染鏈的認(rèn)識(shí)不夠清晰，總結(jié)和推廣經(jīng)驗(yàn)的機(jī)制不夠有力。撲滅疫情主要靠體制力量、群眾運(yùn)動(dòng)和有力的行政領(lǐng)導(dǎo)與支持，科技含量還有待凝練與提高。因此，在應(yīng)對(duì)突發(fā)傳染病或突發(fā)事件實(shí)際問(wèn)題的同時(shí)，建議設(shè)置新病原學(xué)，開(kāi)展對(duì)國(guó)內(nèi)、外新發(fā)現(xiàn)病原微生物的基礎(chǔ)理論研究，在更廣泛的領(lǐng)域內(nèi)加強(qiáng)新病原學(xué)的理論教學(xué)，提倡理論指導(dǎo)實(shí)踐以及學(xué)科間的交叉。通過(guò)醫(yī)學(xué)微生物學(xué)、生物信息學(xué)、生態(tài)學(xué)、流行病學(xué)等學(xué)科的交融，重點(diǎn)完成發(fā)現(xiàn)新病原、判斷新病原與疾病流行的關(guān)聯(lián)度以及危害預(yù)警等核心任務(wù)[25]。

新病原學(xué)的主要內(nèi)容是發(fā)現(xiàn)新病原的策略、技術(shù)和手段，包括應(yīng)用大通量核酸、蛋白檢測(cè)和篩選技術(shù)，及時(shí)、準(zhǔn)確發(fā)現(xiàn)新病原體的線索。通過(guò)建立新病原學(xué)學(xué)科，進(jìn)一步彌合傳染病預(yù)防控制、臨床救治、基礎(chǔ)研究三大系統(tǒng)間的“縫隙”，形成新的工作思路和模式，以提高發(fā)現(xiàn)新病原、研究新病原、預(yù)防和控制新病原的能力[26-28]。

[1] 徐建國(guó).新發(fā)傳染病的現(xiàn)狀與對(duì)策.中華流行病學(xué)雜志，2003,24(5): 340-341.

[2] Ye C, Bai X, Zhang J, Jing H, Zheng H, Du H, Cui Z, Zhang S, Jin D, Xu Y, Xiong Y, Zhao A, Luo X, Sun Q, Gottschalk M, Xu J. Spread of Streptococcus suis sequence type 7, China [J]. Emerg Infect Dis, 2008, 14(5): 787-791.

[3] Xu J, Cheng B, Feng L, Jing H, Yang J, Zhao G, Wang H, Li H. Serological investigations on patients with hemolytic uremic syndromes due to enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 infection [J]. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi, 2002, 23(2): 114-118.

[4] Enserink M. Infectious diseases. Massive outbreak draws fresh attention to little-known virus [J]. Science, 2006, 311(5764): 1085.

[5] Enserink M. SARS in China. China’s missed chance [J]. Science, 2003, 301(5631): 294-296.

[6] Bloom BR. Lessons from SARS [J]. Science, 2003, 300(5620): 701.

[7] Holden MT, Hauser H, Sanders M, Ngo TH, Cherevach I, Cronin A, Goodhead I, Mungall K, Quail MA, Price C, Rabbinowitsch E, Sharp S, Croucher NJ, Chieu TB, Mai NT, Diep TS, Chinh NT, Kehoe M, Leigh JA, Ward PN, Dowson CG, Whatmore AM, Chanter N, Iversen P, Gottschalk M, Slater JD, Smith HE, Spratt BG, Xu J, Ye C, Bentley S, Barrell BG, Schultsz C, Maskell DJ, Parkhill J. Rapid evolution of virulence and drug resistance in the emerging zoonotic pathogen Streptococcus suis [J]. PLoS One, 2009, 4(7): e6072.

[8] King DA, Peckham C, Waage JK, Brownlie J, Woolhouse ME. Epidemiology. Infectious diseases: preparing for the future [J]. Science, 2006, 313(5792): 1392-1393.

[9] Pang B, Jing H, Zheng H, Sun H, Zhao A, Xu J. Molecular typing of Shiga-toxin producing Escherichia coli O157:H7 isolated in China with pulsed field gel electrophresis [J]. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi, 2002, 23(2): 123-126.

[10] Ye C, Zheng H, Zhang J, Jing H, Wang L, Xiong Y, Wang W, Zhou Z, Sun Q, Luo X, Du H, Gottschalk M, Xu J. Clinical, experimental, and genomic differences between intermediately pathogenic, highly pathogenic, and epidemic Streptococcus suis [J]. J Infect Dis, 2009, 199(1): 97-107.

[11] Ye C, Zhu X, Jing H, Du H, Segura M, Zheng H, Kan B, Wang L, Bai X, Zhou Y, Cui Z, Zhang S, Jin D, Sun N, Luo X, Zhang J, Gong Z, Wang X, Wang L, Sun H, Li Z, Sun Q, Liu H, Dong B, Ke C, Yuan H, Wang H, Tian K, Wang Y, Gottschalk M, Xu J. Streptococcus suis sequence type 7 outbreak, Sichuan, China [J]. Emerg Infect Dis, 2006, 12(8): 1203-1208.

[12] Zhang L, Liu Y, Ni D, Li Q, Yu Y, Yu XJ, Wan K, Li D, Liang G, Jiang X, Jing H, Run J, Luan M, Fu X, Zhang J, Yang W, Wang Y, Dumler JS, Feng Z, Ren J, Xu J. Nosocomial transmission of human granulocytic anaplasmosis in China [J]. JAMA, 2008, 300(19):2263-2270.

[13] Xu JG, Cheng B, Wen X, Cui S, Ye C. High-pathogenicity island of Yersinia spp. in Escherichia coli strains isolated from diarrhea patients in China [J]. J Clin Microbiol, 2000, 38(12):4672-4675.

[14] 闞飆，徐建國(guó).傳染病監(jiān)測(cè)的實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)絡(luò)化.疾病監(jiān)測(cè)，2005,20(1)： 1-2.

[15] Swaminathan B, Barrett TJ, Hunter SB, Tauxe RV; CDC PulseNet Task Force. PulseNet: the molecular subtyping network for foodborne bacterial disease surveillance, United States [J]. Emerg Infect Dis, 2001, 7(3):382-389.

[16] Swaminathan B, Gerner-Smidt P, Ng LK, Lukinmaa S, Kam KM, Rolando S, Gutiérrez EP, Binsztein N. Building PulseNet International: an interconnected system of laboratory networks to facilitate timely public health recognition and response to foodborne disease outbreaks and emerging foodborne diseases [J]. Foodborne Pathog Dis, 2006, 3(1): 36-50.

[17] Shao Z, Li W, Ren J, Liang X, Xu L, Diao B, Li M, Lu M, Ren H, Cui Z, Zhu B, Dai Z, Zhang L, Chen X, Kan B, Xu J. Identification of a new Neisseria meningitidis serogroup C clone from Anhui province, China [J]. Lancet, 2006, 367(9508): 419-423.

[18] Ye C, Lan R, Xia S, Zhang J, Sun Q, Zhang S, Jing H, Wang L, Li Z, Zhou Z, Zhao A, Cui Z, Cao J, Jin D, Huang L, Wang Y, Luo X, Bai X, Wang Y, Wang P, Xu Q, Xu J. Emergence of a new multidrug-resistant serotype X variant in an epidemic clone of Shigella flexneri [J]. J Clin Microbiol, 2010, 48(2): 419-426.

[19] Xu J, Stanley T, Millar BC, McClurg RB, Shaw A, Crothers L, Goldsmith CE, Rooney RJ, Loughrey A, Murphy RG, Dooley JS, Moore JE. Difficult-to-identify bacteria: how use of 16S rDNA PCR and gene sequencing can help [J]. Br J Biomed Sci, 2008, 65(1): 33-36.

[20] Xu J, Millar BC, Moore JE, Murphy K, Webb H, Fox AJ, Cafferkey M, Crowe MJ. Employment of broad-range 16S rRNA PCR to detect aetiological agents of infection from clinical specimens in patients with acute meningitis—rapid separation of 16S rRNA PCR amplicons without the need for cloning [J]. J Appl Microbiol, 2003, 94(2):197-206.

[21] Xu J, Yang H, Wu J, Lai X, Liu B. A Carnobacterium-like organism isolated from a patient with multiple bacterial synergistic gangrene [J]. Wei Sheng Wu Xue Bao, 2000, 40(1): 21-25.

[22] Greub G, Kebbi-Beghdadi C, Bertelli C, Collyn F, Riederer BM, Yersin C, Croxatto A, Raoult D. High throughput sequencing and proteomics to identify immunogenic proteins of a new pathogen: the dirty genome approach [J]. PLoS One, 2009, 4(12): e8423.

[23] Sintchenko V, Anthony S, Phan XH, Lin F, Coiera EW. A PubMed-wide associational study of infectious diseases [J]. PLoS One, 2010, 5(3): e9535.

[24] Yongfeng H, Fan Y, Jie D, Jian Y, Ting Z, Lilian S, Jin Q. Direct pathogen detection from swab samples using a new high-throughput sequencing technology [J]. Clin Microbiol Infect, 2010. DOI: 10.1111/j.1469-0691.2010.03246.x.

[25] Xu JG. Science-based management of infectious disease crisis [J]. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi, 2006, 27(12): 1013-1016.

[26] Tang P, Chiu C. Metagenomics for the discovery of novel human viruses [J]. Future Microbiol, 2010, 5(2): 177-189.

[27] Wang D, Urisman A, Liu YT, Springer M, Ksiazek TG, Erdman DD, Mardis ER, Hickenbotham M, Magrini V, Eldred J, Latreille JP, Wilson RK, Ganem D, DeRisi JL. Viral discovery and sequence recovery using DNA microarrays [J]. PLoS Biol, 2003, 1(2): e2.

[28] Xu Y, Stange-Thomann N, Weber G, Bo R, Dodge S, David RG, Foley K, Beheshti J, Harris NL, Birren B, Lander ES, Meyerson M. Pathogen discovery from human tissue by sequence-based computational subtraction [J]. Genomics, 2003, 81(3): 329-335.