王興家 董利娜 李傳富 范 亞 馮煥清*(中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)電子科學(xué)與技術(shù)系,合肥 3007)
2(安徽中醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院影像中心,合肥 230031)
隨著多層螺旋CT(multi-slice spiral CT,MSCT)技術(shù)的快速發(fā)展,64層乃至更高層數(shù)(如128、256)的MSCT裝備進(jìn)了許多醫(yī)院,320層的機(jī)器也已問世。它們通過多排探測器技術(shù)來提供高掃描速度、高時間分辨率的體數(shù)據(jù),同時采用心電門控技術(shù)來同步掃描,做到每個心動周期掃描一周,能顯著減少心跳的偽影;通過指定不同的同步位置,還能獲得心臟不同搏動時相的體數(shù)據(jù)。例如,以0.1s間隔,取R峰及前后共10個位置為掃描起始點(diǎn),各心動周期成像一次,就可獲得表征一個心動周期不同搏動時相的10個CT數(shù)據(jù)集,實(shí)現(xiàn)所謂的“四維CT成像”。對該4D-CT數(shù)據(jù)集做進(jìn)一步的處理和分析,就可能形成心、肺、冠狀動脈等器官的動態(tài)圖像,進(jìn)行心、肺功能的更深入研究。
四維CT數(shù)據(jù)處理的第一步是針對各個時相的數(shù)據(jù)集進(jìn)行心臟或肺的分割,工作量很大,必須實(shí)現(xiàn)自動分割,而且算法要能保證較高的分割精度,這是后續(xù)研究順利進(jìn)行的根本保證。由于左心室在心臟功能研究中的重要地位,因此本研究以它為例,介紹從4D-CT心臟數(shù)據(jù)中分割出左心室腔和心肌的方法。在MRI心臟成像領(lǐng)域已有不少左心室分割的研究工作,但針對MSCT的左心室分割的報道較少,已有的研究基于主動形狀模型或主動表現(xiàn)模型,需要大量訓(xùn)練數(shù)據(jù)集,且不適合病變個體[1-2]。采用嵌入先驗(yàn)知識的改進(jìn)耦合水平集(improved couple level set,ICLS)模型,從MSCT心臟數(shù)據(jù)中精確提取左心室腔和心肌。下面在介紹水平集模型的基礎(chǔ)上,重點(diǎn)討論如何針對左心室分割的特點(diǎn)和先驗(yàn)知識,分別對水平集耦合因子、水平集起始輪廓、邊緣檢測因子進(jìn)行改進(jìn)的思路,并給出采用特定心相MSCT數(shù)據(jù)集進(jìn)行驗(yàn)證的結(jié)果。
水平集(level set)方法首先由Osher和Sethian提出,并用于曲線演化模型[3]。Caselles與Malladi等將該方法引入圖像處理領(lǐng)域,提出了幾何主動輪廓模型,使初始曲線向能量泛函的極小值演化[4-5],利用水平集方法,使模型能自適應(yīng)被檢物體的拓?fù)渥兓遗c參數(shù)無關(guān)。近年來,出現(xiàn)了許多基于水平集的圖像分割算法[6-9]。
在水平集模型中,用C表示演化曲線,C(t)={(x,y)|φ(t,x,y)=0}是水平集函數(shù)φ(t,x,y)的零水平集,其中初始化輪廓為{(x,y)|φ0(x,y)=0}。假設(shè)I為待分割圖像,為使外部能量驅(qū)動零水平集函數(shù)向目標(biāo)邊緣移動,構(gòu)造圖像梯度的遞減函數(shù)為邊界檢測因子g,使得g在圖像邊緣的值近似為0。通常將g定義為
式中,Gσ是標(biāo)準(zhǔn)差為σ的高斯函數(shù),*表示卷積運(yùn)算。
邊界檢測因子g在圖像分割中扮演極其重要的角色。從式(1)可看出,在圖像梯度較大區(qū)域,g值近似為0,在灰度一致區(qū)域?yàn)檎?。采用文獻(xiàn)[7]的WRLS模型為原始水平集模型,該模型包含了額外的能量項(xiàng),用于控制水平集函數(shù)和符號距離函數(shù)的位置偏差,避免計(jì)算量大且復(fù)雜的重新初始化。能量函數(shù)由懲罰項(xiàng)作為內(nèi)部能量P(φ)和外部能量εg,λ,ν(φ)構(gòu)成,有
式中,λ(λ>0)和ν為常數(shù),δ為狄拉克函數(shù),H為海維塞德函數(shù)。
外部能量項(xiàng)εg,λ,ν(φ)驅(qū)動零水平集曲線向目標(biāo)邊界移動,同時內(nèi)部能量項(xiàng)μP(φ)約束水平集函數(shù)趨近符號距離函數(shù),從而保持水平集函數(shù)的平滑性。最小化能量函數(shù),得到水平集演化方程,即
下面將針對MSCT圖像的特點(diǎn)以及左心室的先驗(yàn)知識改進(jìn)WRLS模型,使原始模型能適用于左心室的定位和精確分割。
在結(jié)構(gòu)上,左心室可看成由類圓形的腔和類環(huán)形的心肌構(gòu)成,因此采用了不同的水平集函數(shù)φ1、φ2來表示左心室的腔和心肌。為避免兩水平集函數(shù)發(fā)生重疊,定義一個耦合水平集(coupled level set,CLS)因子,它的正負(fù)和權(quán)重控制著水平集曲線的方向和演化速度,即
式中,d表示從左心室重心到內(nèi)、外心膜的平均距離,w表示平均距離的容許范圍。
在實(shí)際應(yīng)用中,可根據(jù)左心室的結(jié)構(gòu)和大小對d、w取值。通過耦合水平集,水平集函數(shù)在內(nèi)、外心膜的對應(yīng)區(qū)域演化而不相互影響。
1.3.1 左心室定位
由于分辨率很高,而且Z軸分辨率與層片內(nèi)的分辨率一致,即數(shù)據(jù)是各向同性的,所以MSCT數(shù)據(jù)具有結(jié)構(gòu)連續(xù)性的顯著特征,即相鄰層片間的結(jié)構(gòu)變化是連續(xù)的,結(jié)構(gòu)差異不大,灰度具有較大的相似性[10]。根據(jù)結(jié)構(gòu)連續(xù)特征,提出MSCT左心室的定位算法和粗輪廓提取算法,其中粗輪廓用于水平集起始函數(shù)的初始化。
設(shè)I是心臟某心相的左心室短軸MSCT的3D數(shù)據(jù)集,它包含N個層片In:Ω?R2→R+,n∈[1,2,…,N]。選取層片Is(s∈[1,2,…,N])作為序列I的定位模板,其中Is需滿足條件:左心室腔面積在層片中較大(腔面積要比主動脈等大血管面積大),左心室腔有較光滑的邊界,腔周圍有較小的組織噪聲。由于左心室腔的灰度值較大,邊緣較明顯,所以可根據(jù)閾值法和形態(tài)學(xué)操作獲得左心室腔的定位初始模板。
1)利用閾值法和形態(tài)學(xué)模型,去除胸腔的肺、骨頭、大血管等組織,初步獲取定位模板圖像中的左心室腔粗輪廓模板M,即
式中,T1和T2是去除左心室腔以外組織的低閾值和高閾值,*表示二值形態(tài)學(xué)操作,結(jié)構(gòu)元素SE1用于填充左心室腔中的小孔,Bwselect用于提取閾值分割結(jié)果,max用于提取出面積最大的左心室腔。
2)通過層片與模板相乘,提取出左心室腔的粗輪廓ΓtM為
式中,*表示矩陣對應(yīng)點(diǎn)的值相乘。
沿著左心室的短軸從腔由大變小的方向,使用初始定位模板來獲取鄰近層片左心室腔的粗輪廓,層片In的腔室掩板可由層片In-1得到,并利用圖1所示流程更新定位模板,從而獲取整個數(shù)據(jù)集中層片的左心室腔粗輪廓,完成左心室的定位。
圖1 左心室腔粗輪廓的獲取流程Fig.1 The flowchart to extract coarse contour of LV cavity
1.3.2 起始輪廓的初始化
水平集曲線演化之前必須確定初始化輪廓的位置、面積,不合適的起始位置、形狀和大小可能導(dǎo)致錯誤的分割結(jié)果。在大多數(shù)水平集模型中,初始輪廓的形狀是圓形、矩形等規(guī)則形狀,與待分割目標(biāo)形狀無任何關(guān)系。本模型則按如下方法、利用左心室腔粗輪廓來定義起始形狀,有
式中,Γtn是左心室的粗輪廓,area(Γtn)表示左心室腔的區(qū)域,Centroid(ΓLVn-1)表示上一層片左心室的質(zhì)心,*表示二值形態(tài)學(xué)運(yùn)算,結(jié)構(gòu)因子SE3、SE4用于平滑區(qū)域輪廓。
利用結(jié)構(gòu)連續(xù)性和前一層片的分割結(jié)果,可以精確地定位腔室和心肌的起始輪廓,而且由于起始輪廓近似于待分割目標(biāo)邊緣,因此有效降低了水平集演化時間。
邊緣檢測因子又稱為停止項(xiàng),文獻(xiàn)[8]將其改進(jìn)為
式中,β是由高斯函數(shù)Gσ和引導(dǎo)因子λ卷積構(gòu)成的矩陣,*表示矩陣對應(yīng)點(diǎn)的值相乘。
引導(dǎo)因子定義為式中,Θ表示給定的感興趣區(qū)域。
引導(dǎo)因子可以把先驗(yàn)知識融合到曲線的演化當(dāng)中。由式(11)可知,當(dāng)曲線演化到感興趣區(qū)域時,引導(dǎo)因子退化為常數(shù),g還原成式(1)的邊緣檢測因子,曲線保持正常的演化。當(dāng)引導(dǎo)因子為0時,曲線會越過不感興趣的區(qū)域。由于MSCT圖像層片間左心室的結(jié)構(gòu)和位置相對不變,假設(shè)Γn-1是上一層片圖像分割的左心室腔區(qū)域,則下一層片邊緣和層片n-1相近。本模型中設(shè)Γn-1為感興趣區(qū)域,則分割室腔的水平集引導(dǎo)函數(shù)可定義為
同樣,可以設(shè)置心肌的感興趣區(qū)域。通過重新設(shè)計(jì)引導(dǎo)函數(shù),水平集演化方程在每個層片上都有對應(yīng)的檢測因子和停止函數(shù),降低了曲線的演化泄露和曲線在目標(biāo)區(qū)域內(nèi)局部極值上的迭代。
把融合區(qū)域先驗(yàn)?zāi)P偷倪吘墮z測因子、水平集耦合因子加入水平集演化方程,便可得到ICLS模型的演化方程為
步驟1:通過式(7)和式(8),獲取層片In的左心室腔粗輪廓。
步驟3:通過式(10)和式(12),更新邊緣檢測因子gn。
步驟5:計(jì)算|φt+1n-φtn|<θ,θ是自定義的小常數(shù)。如果對比水平集演化前后的面積差滿足該條件,便停止演化,否則繼續(xù)步驟4。
在應(yīng)用ICLS模型分割前,必須對獲取的MSCT圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行有效的預(yù)處理。首先對原始CT數(shù)據(jù)作非線性灰度變換,把一定范圍內(nèi)的灰度值映射到特定范圍內(nèi),使得在該灰度范圍內(nèi)的圖像更加便于后續(xù)圖像處理[11]。此外,CT數(shù)據(jù)會受到數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)的電子噪聲和重建噪聲等的影響。為提高分割質(zhì)量,必須去除其中的局部噪聲和斑點(diǎn)噪聲,同時要保留待分割目標(biāo)的邊緣。采用Paris等提出的快速雙邊濾波器[12]來去除CT圖像噪聲,與傳統(tǒng)的高斯濾波器相比,雙邊濾波器能較好地保持圖像邊緣,而高斯濾波后的左心室邊緣卻比較模糊(見圖2)。
圖2 濾波效果。(a)高斯濾波器;(b)雙邊濾波器Fig.2 Filtering results.(a)Gaussian filter;(b)bilateral filter
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)采自GE公司的64排螺旋CT,采用心電門控技術(shù)獲取的3D心臟MSCT數(shù)據(jù),分辨率512像素×512像素×297像素;以及來自Philips公司的256排MSCT的8例3D心臟數(shù)據(jù)集,分辨率為512像素×512像素×331像素。首先選用64排3D心臟數(shù)據(jù)集,初步驗(yàn)證ICLS模型的分割效果。ICLS模型的參數(shù)設(shè)置為μ=0.04,λ=5,ν=3,ε=1.5,θ=10,曲線演化步長Δt=5。為了進(jìn)一步驗(yàn)證算法對三維數(shù)據(jù)分割的適用性和有效性,保持ICLS模型的參數(shù)不變,對8例256排MSCT三維數(shù)據(jù)集進(jìn)行左心室心肌和血腔的分割與提取。
為了精確比較并評價自動分割結(jié)果與手工分割結(jié)果的相似度,用ICLS模型自動提取該數(shù)據(jù)集的短軸位[13]左心室腔和心肌,然后將自動分割的結(jié)果與手工勾勒的結(jié)果進(jìn)行比較。采用如下方法[14]進(jìn)行相似度(Similarity,SM)對比:設(shè)CT層片經(jīng)計(jì)算機(jī)分割處理后,得到目標(biāo)面積S1、手工勾勒輪廓包圍的面積S2和共同包圍的面積S,相似度的計(jì)算公式為
SM的范圍為0~1。當(dāng)S1與S2完全重合時值為1,完全不重合時值為0;當(dāng)相似度數(shù)值越接近于1,表明算法的分割結(jié)果越接近于手工分割,算法的準(zhǔn)確性就越高。
圖3是原水平集模型(WRLS)和改進(jìn)耦合水平集模型(ICLS)起始輪廓的對比,后者起始輪廓已近似于待分割輪廓,并能保證左心室的精確定位。圖4是兩種模型在相同參數(shù)下左心室的分割結(jié)果,可見在灰度近似區(qū)域ICLS模型減少了邊緣泄露。
圖3 起始輪廓。(a)WRLS模型;(b)ICLS模型Fig.3 The initial contour.(a)WRLS model;(b)ICLS model
圖4 分割結(jié)果。(a)WRLS模型;(b)ICLS模型Fig.4 Segmentation results.(a)WRLS model;(b)ICLS model
圖5是相似度分析后的結(jié)果,其中左心室腔的平均相似度0.950 3,標(biāo)準(zhǔn)偏差0.043 5;左心室心肌的平均相似度0.920 6,標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.026 8。在腔和包圍腔的心肌之間,灰度對比度較為明顯,邊緣較為清晰,腔的定位和分割效果較好。心肌和鄰近組織的灰度相似度很高,心肌邊緣不是特別明顯。不過,除極個別層片外,其他層片的分割情況都較好,自動分割與手工分割的結(jié)果基本吻合。圖6顯示的是對分割結(jié)果進(jìn)行3D表面重建后的結(jié)果,可以看出分割結(jié)果在左心房短軸位具有很好的同一性和完整性。
表1是ICLS模型與分割對心肌的分割結(jié)果,用式(14)計(jì)算獲得平均相似度??傻肐CLS模型的血腔分割結(jié)果的平均相似度為0.959 2,平均標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.019 0;心肌分割結(jié)果的平均相似度為0.906 3,平均標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.025 6??梢钥闯?,對于不同來源的三維左心室數(shù)據(jù),ICLS模型同樣具有較高的分割精度,對心肌的平均分割準(zhǔn)確率可以達(dá)到95%以上,對心肌的分割準(zhǔn)確率可以達(dá)到90%以上,說明ICLS算法具有普遍的適用性。因此,ICLS模型可以用于提取整個3D+t的MSCT心臟數(shù)據(jù),這為后續(xù)多心相的心功能分析研究打下良好的基礎(chǔ)。
圖5 分割相似度。(a)左心室腔;(b)心肌Fig.5 Similaritiy of Segmentation results.(a)LV cavity;(b)myocardium
圖6 左心室三維重建結(jié)果。(a)不同角度下的心?。唬╞)不同角度下的血腔Fig.6 3D surface reconstruction results of LV.(a)myocardium from different views;(b)cavity from different views
針對MSCT圖像左心室定位與分割的特定應(yīng)用,本研究提出了融合左心室先驗(yàn)形狀和結(jié)構(gòu)連續(xù)性的耦合水平集模型——ICLS模型。它首先根據(jù)結(jié)構(gòu)連續(xù)性和閾值法定位,提取出左心室腔的粗輪廓;然后利用左心室先驗(yàn)知識以及結(jié)構(gòu)連續(xù)性,指導(dǎo)后續(xù)水平集曲線的演化。ICLS模型對MSCT數(shù)據(jù)集的實(shí)驗(yàn)表明,它能實(shí)現(xiàn)左心室腔和心肌的自動分割,與其他基于單幅梯度邊緣、無耦合因子、無先驗(yàn)知識的水平集方法比較,結(jié)果更準(zhǔn)確和完整,還提高了曲線演化速度并減少了邊緣泄露,這為進(jìn)一步分析左心室運(yùn)動提供良好的數(shù)據(jù)保證。
表1 ICLS模型分割結(jié)果與手工分割結(jié)果的相似度與標(biāo)準(zhǔn)偏差Tab.1 The similarity and standard deviation between ICLS model and manual segmentation results
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