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合成生物學(xué)研究的新進(jìn)展

2011-10-21 19:34:53奇云
卷宗 2011年6期
關(guān)鍵詞:基因組基因應(yīng)用

奇云

摘要:合成生物學(xué)是近年迅速發(fā)展起來的一門新興學(xué)科,因其具有重要的研究意義和巨大的應(yīng)用開發(fā)潛力而備受關(guān)注。本文對合成生物學(xué)的國內(nèi)外研究概況、發(fā)展方向、應(yīng)用前景及其存在的安全、倫理問題進(jìn)行了概述,并展望合成生物學(xué)將給人類社會帶來的巨大變化。

關(guān)鍵詞:基因;基因組;合成生物學(xué);應(yīng)用

一、后基因組時代生命科學(xué)研究的新領(lǐng)域

合成生物學(xué)(Synthetic biology)是一門建立在系統(tǒng)生物學(xué)、生物信息學(xué)等學(xué)科基礎(chǔ)之上,并以基因組技術(shù)為核心的現(xiàn)代生物科學(xué)。它是用有機(jī)化學(xué)及生物化學(xué)的合成能力去設(shè)計非天然的、合成的分子,進(jìn)而使這些分子在生命系統(tǒng)中有活性功能。與傳統(tǒng)生物學(xué)通過解剖生命體以研究其內(nèi)在構(gòu)造不同,合成生物學(xué)是設(shè)計自然界中原本不存在的生物或?qū)ΜF(xiàn)有生物進(jìn)行改造,將工程學(xué)的思想用于生物學(xué)研究當(dāng)中。合成生物學(xué)的最終目標(biāo)是重塑生命。簡單地說,合成生物學(xué)旨在以人工手段制造出生物系統(tǒng)。其涵蓋的研究內(nèi)容可以大體分為3個層次:一是利用已知功能的天然生物模體或模塊構(gòu)建成的新型調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并表現(xiàn)出新功能;二是采用從頭合成的方法人工合成基因組DNA并重構(gòu)生命體;第三個層次則是在前兩個研究領(lǐng)域得到充分發(fā)展之后,創(chuàng)建完整的全新生物系統(tǒng)乃至人工生命體[1]。

雖然“合成生物學(xué)”一詞1911年就在著名科學(xué)刊物《科學(xué)》(Science)和《柳葉刀》(The Lancet)等雜志上出現(xiàn)過,但許多學(xué)者認(rèn)為,合成生物學(xué)成為一門真正的學(xué)科始于2000年。比起當(dāng)前的轉(zhuǎn)基因、基因工程等技術(shù),合成生物學(xué)的研究更前衛(wèi),代表了下一代生物技術(shù)。

進(jìn)入后基因組時代以后,集成系統(tǒng)生物學(xué)思想的合成生物學(xué)應(yīng)運(yùn)而生,它綜合了生物化學(xué)、生物物理和生物信息等技術(shù),利用基因和基因組的基本要素及其組合,設(shè)計、改造、重構(gòu)或是創(chuàng)造生物分子、生物體部件、生物反應(yīng)系統(tǒng)、代謝途徑與網(wǎng)絡(luò)乃至具有生命活力的生物個體。

雖然合成生物學(xué)的基礎(chǔ)就是以基因組技術(shù)為核心的生物技術(shù),類似傳統(tǒng)生物技術(shù)的工程化;但是,它并不局限于傳統(tǒng)生物技術(shù)那種對基因理性組合的模擬,而是一種能從頭合成復(fù)雜生命的可驗(yàn)證技術(shù)。合成生物學(xué)與目前基因工程和生物技術(shù)方法的關(guān)鍵區(qū)別,就是其將工程設(shè)計和開發(fā)的方法應(yīng)用于生物技術(shù)。這種方法的實(shí)質(zhì)就是為了設(shè)計出滿足某些特性的產(chǎn)品,對每一個部件、裝置或系統(tǒng)的特性進(jìn)行規(guī)范。在構(gòu)建過程中,系統(tǒng)常常是利用標(biāo)準(zhǔn)的裝置建造的,而這些裝置則是由標(biāo)準(zhǔn)的部件制造的。標(biāo)準(zhǔn)的部件和裝置具有復(fù)雜系統(tǒng)建造所需的全部特征。因此,合成生物學(xué)含有三個基本要素:第一是采用從自然界分割出來的標(biāo)準(zhǔn)的生物學(xué)元件,可被修飾、重組乃至創(chuàng)造的元件。第二,是依據(jù)基因組和系統(tǒng)生物學(xué)的知識進(jìn)行理性的重組、設(shè)計。第三,是采用現(xiàn)代生物技術(shù)和相關(guān)物理、化學(xué)技術(shù),人工建造優(yōu)化的生物系統(tǒng),乃至獲得新的生命(生物體)。合成生物學(xué)的發(fā)展主要涉及4個重要技術(shù):首先是測序。有了測序技術(shù)的發(fā)展,了解了原有系統(tǒng)才能更好地設(shè)計新的系統(tǒng)。第二步就是計算機(jī)模擬建模。了解了整個生命系統(tǒng)的構(gòu)成,對生命系統(tǒng)有一個系統(tǒng)認(rèn)識后,通過計算機(jī)模擬建模分析,編制科學(xué)家想要實(shí)現(xiàn)的新的生命體系。第三步就是從無到有獲得新的基因。最后是通過移植技術(shù)獲得新的生命細(xì)胞。合成生物學(xué)既是多學(xué)科的交叉綜合,又是充滿挑戰(zhàn)和機(jī)遇的創(chuàng)新研究[2-3]。

二、合成生物學(xué)的應(yīng)用和發(fā)展前景

合成生物學(xué)目前的發(fā)展態(tài)勢與計算機(jī)產(chǎn)業(yè)發(fā)展早期有許多相似之處,未來的影響可能會與計算機(jī)曾給人類社會帶來的影響相仿。由于仍處于發(fā)展早期,合成生物學(xué)的未來具體應(yīng)用領(lǐng)域尚難準(zhǔn)確預(yù)料。時下較為普遍的看法是,它在以下幾個領(lǐng)域大有用武之地[4]。

(一)生物能源

進(jìn)行細(xì)胞工程,將糖、淀粉質(zhì)、纖維素(農(nóng)業(yè)廢物)及二氧化碳中的碳,轉(zhuǎn)化為具效益的產(chǎn)物,包括交通工具所需燃料。利用可再生原料進(jìn)行碳中和化合作用,有助減少溫室氣體的排放。隨著技術(shù)發(fā)展及與燃料電池的集成,該技術(shù)也有望解決與氫氣的儲存、銷售相關(guān)難題,因而在汽車領(lǐng)域應(yīng)用潛力巨大。

(二)綠色制造

傳統(tǒng)塑膠及紡織制造業(yè)牽涉的制作過程,往往需用上高溫和有害溶劑,更會產(chǎn)生污染物。就上述步驟進(jìn)行細(xì)胞工程將可以引伸出一系列程序,其中一些更可以在室溫的環(huán)境下進(jìn)行,最后不會產(chǎn)生有害的副產(chǎn)品。

(三)農(nóng)業(yè)

現(xiàn)時,合成生物學(xué)獲應(yīng)用于植物工程學(xué),將有助科學(xué)家設(shè)計一系列能帶來更豐碩收成、具抗病能力,及能抵抗極端或惡劣環(huán)境的農(nóng)作植物品種。

(四)制藥業(yè)

可重新改造細(xì)菌及酵母,達(dá)致低成本制藥的目的,包括那些用傳統(tǒng)化學(xué)無法制造出來的或今天價格奇貴的藥品。例如采用經(jīng)基因重組的細(xì)菌生產(chǎn)抗瘧疾及降膽固醇藥物。上述過程將有效大幅降低生產(chǎn)成本,從而將藥物推廣于發(fā)展中國家的龐大市場。

(五)醫(yī)療

重整人類細(xì)胞,與人體組織及器官作更佳結(jié)合;而細(xì)菌及人類免疫細(xì)胞則可獲轉(zhuǎn)用于發(fā)展多項(xiàng)針對不健全細(xì)胞及組織的療法,有助對抗癌病及一些遺傳病。

當(dāng)前,合成生物學(xué)的產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用已經(jīng)初現(xiàn)端倪。2010年7月,美國的《研究與市場》預(yù)計,到2015年合成生物學(xué)產(chǎn)業(yè)市場將超過45億美元。2010年7月,??松梨诠九c文特爾的合成基因組公司簽訂了進(jìn)一步合作的協(xié)議,將投入6億美元進(jìn)行微藻生物燃料的研發(fā)。2010年12月,《工業(yè)生物技術(shù)》雜志刊登了排名前10位的風(fēng)險投資支持的生物技術(shù)公司,其中大量的創(chuàng)投資金投資于生物燃料方面的合成生物學(xué)公司。美國生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)組織發(fā)表報告介紹合成生物學(xué)目前在化學(xué)品和醫(yī)藥中的應(yīng)用,涉及的產(chǎn)品包括:生物柴油、生物異戊二烯、生物丙烯酸、生物表面活性劑、生物己二酸、生物可降解塑料、西他列?。á蛐吞悄虿∮盟帲┑龋渲卸囗?xiàng)技術(shù)獲得2010年美國總統(tǒng)綠色化學(xué)挑戰(zhàn)獎。合成生物學(xué)的基礎(chǔ)研究催生了許多研發(fā)性的合成生物學(xué)公司,為合成生物學(xué)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展提供了很好的技術(shù)平臺,加快了產(chǎn)業(yè)化的進(jìn)程。目前,所研發(fā)的產(chǎn)品大都完成中試,有的已與大公司合作進(jìn)行工業(yè)化。據(jù)報道,美國兩家企業(yè)已開始使用人工細(xì)菌生產(chǎn)生物燃料,全球制藥巨頭賽諾菲-安萬特公司已經(jīng)獲準(zhǔn)使用合成生物學(xué)改造的啤酒酵母生產(chǎn)青蒿素。

三、合成生物學(xué)的安全、道德與倫理問題

由于合成生物學(xué)旨在改造生命和創(chuàng)造生命,打破了“自然”和“非自然”的界限,就必將在社會上引起有關(guān)倫理道德的困惑與爭論。在合成生物學(xué)發(fā)展的這幾年時間里,在各種科學(xué)刊物及學(xué)術(shù)會議上,有關(guān)合成生物學(xué)與生物安全、倫理道德的話題也是經(jīng)常討論的重要議題[3]。

從生物學(xué)觀點(diǎn)看,生命是區(qū)分活的有機(jī)體與無機(jī)物的條件。但生物學(xué)意義的生命與社會情境中的生命是不同的。且不說制造高級動物或人的生命,即使制造或變更簡單生命體,會對人類具有社會和文化層面的生命會有什么影響?例如我們制造生命后,會不會肆意對待所有生命,包括人類生命?這是人們關(guān)注的一個問題。這種關(guān)注有時用“不要扮演上帝的角色”的論點(diǎn)提出,認(rèn)為目前所有生命有機(jī)體都是“自然”形成(或“上帝”創(chuàng)造)的,都是經(jīng)過千百萬年進(jìn)化而來的,我們?nèi)绻O(shè)法去創(chuàng)造生命,可能會對整個自然界、地球上的所有物種,包括人類在內(nèi)產(chǎn)生始料不及的影響。當(dāng)然,這種觀點(diǎn)雖然不無道理,但難以立足。尊重生命并不意味著我們對地球上任何生命形式都不能利用和改造。

合成微生物與環(huán)境或其他有機(jī)體可能產(chǎn)生令人始料不及的相互作用,從而對環(huán)境和公共衛(wèi)生造成風(fēng)險。為了負(fù)責(zé)任地發(fā)展應(yīng)用合成生物學(xué)必須預(yù)防或處理這些風(fēng)險。合成微生物釋放入環(huán)境可能引起基因水平轉(zhuǎn)移和影響生態(tài)平衡,或發(fā)生演變產(chǎn)生異常功能,對環(huán)境和其他有機(jī)體產(chǎn)生前所未有的副作用。因此必須解決生物安全問題。

從理論上來說,用合成生物學(xué)可以制造出比目前人類已知的病毒和細(xì)菌更具毒性、更具傳染性、更具耐藥性的新品種,可能會對人類造成許多潛在危害。例如,合成生物體被有意或無意地排放到環(huán)境中后,可能因其具有嶄新的結(jié)構(gòu)而在自然選擇中獲得優(yōu)勢而無限增值,或與其他微生物發(fā)生相互作用造成合成基因污染自然界的基因庫。當(dāng)前,人們最大的擔(dān)憂在于:一旦合成生物學(xué)的方法趨于成熟并予以推廣,生物恐怖主義分子完全有能力制造出致命微生物,例如埃博拉病毒、天花病毒和一些目前人們擁有的藥物均無法消滅的的病毒。

潛在的非物理性傷害是對個體或社會的幸福安康所造成的副面影響,涉及公正、平等、人際關(guān)系、人與自然關(guān)系等,有時難以言說。例如人們對合成生物學(xué)中專利、知識產(chǎn)權(quán)、商品化、重商主義等的爭論,還有我們是否應(yīng)該利用合成生物學(xué)或其他技術(shù)增強(qiáng)人類的性狀和能力。人們比較重視對物理性風(fēng)險或傷害的管理,而不重視對非物理性風(fēng)險或傷害的管理。

合成生物學(xué)就因其利弊相兼而引起廣泛爭議。由美國彼得·哈特研究協(xié)會和伍德羅·威爾遜中心共同進(jìn)行的民意調(diào)查顯示,66%被調(diào)查者認(rèn)為,應(yīng)該推動合成生物學(xué)的研究,但34%的人要求禁止這一學(xué)科,起碼不要在不了解其可能引起的不良后果時從事這方面的研究。在對合成生物學(xué)心存疑慮者中,27%的人擔(dān)心恐怖組織會利用研究成果發(fā)展生物武器;25%的人擔(dān)心合成生物學(xué)產(chǎn)生的人造生命會破壞倫理道德;23%的人擔(dān)心這些研究會對人們健康產(chǎn)生負(fù)面影響;13%的人擔(dān)心環(huán)境會因此受到破壞。調(diào)查還發(fā)現(xiàn),一半以上的被調(diào)查者希望美國政府制定嚴(yán)格措施,以規(guī)范合成生物學(xué)研究。

參考文獻(xiàn)

[1]林其誰.合成生物學(xué)[J].生命科學(xué),2005,17(5):384-386

[2]McDaniel R, Weiss R. Advances in synthetic biology: on the path from p rototypes to app lications[J]. Curr Op in Biotechnol,2005, 16 (4) : 476 - 483.

[3]奇 云.合成生物學(xué)走向新時代(N).中國社會科學(xué)報,2011年4月14日第179期12版

[4]奇 云.合成生物學(xué)指引我們向何方?[J].生命世界,2011(5):16-19

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