王生福, 宋星宇, 黃良民, 譚燁輝
(1.中國科學院 南海海洋研究所 海洋生物資源可持續(xù)利用重點實驗室, 廣東 廣州 510301; 2.中國科學院 研究生院, 北京 100039)
海洋浮游細菌生長效率研究進展
Research progress on marine bacterial growth efficiency
王生福1,2, 宋星宇1, 黃良民1, 譚燁輝1
(1.中國科學院 南海海洋研究所 海洋生物資源可持續(xù)利用重點實驗室, 廣東 廣州 510301; 2.中國科學院 研究生院, 北京 100039)
異養(yǎng)浮游細菌對溶解性有機碳(Dissolved Organic Carbon, DOC)的降解消耗是海洋食物網(wǎng)中物質(zhì)循環(huán)和能量流通的主要途徑, 如在寡營養(yǎng)生態(tài)系統(tǒng)中浮游細菌對物質(zhì)循環(huán)和能量流動的貢獻是最大的[1]。1983年Azam等[2]科學家提出了微食物環(huán)的概念, 即相當數(shù)量的溶解性有機物(Dissolved Organic Matter, DOM)和顆粒性有機物(Particular Organic Matter, POM)通過原核生物和非常小的真核生物的利用, 轉(zhuǎn)化成自身的顆粒有機物, 然后被原生動物(主要是鞭毛蟲和纖毛蟲)捕食后再傳遞到后生動物,從而進入經(jīng)典食物鏈向高營養(yǎng)層傳遞, 在此過程中異養(yǎng)浮游細菌扮演次級生產(chǎn)者的角色; 另一方面,海洋浮游細菌(主要是異養(yǎng)浮游細菌)能將生物營養(yǎng)轉(zhuǎn)化中遺失的溶解性有機物和顆粒性有機物分解轉(zhuǎn)化為無機營養(yǎng)鹽, 促進營養(yǎng)鹽循環(huán), 并成為海洋群落呼吸釋放 CO2的主要貢獻者, 從而起到分解者或還原者的作用。細菌生產(chǎn)力(Bacterial Production, BP)和細菌呼吸率(Bacterial Respiration, BR)分別是反映上述兩個生態(tài)過程的重要參數(shù), 在現(xiàn)場研究中實際以水體異養(yǎng)微生物(包括細菌和古菌)為對象并對其生態(tài)功能進行衡量[3-5]。深入了解浮游細菌在海洋生物地球化學循環(huán)中的雙重角色是目前微生物生態(tài)研究的核心內(nèi)容[6-8]。
細菌生長效率(Bacterial Growth Efficiency, BGE)反映了水生生態(tài)系統(tǒng)中溶解有機碳通過異養(yǎng)細菌二次生產(chǎn)轉(zhuǎn)化為自身顆粒有機物的效率, 定義為:
BGE是描述水體異養(yǎng)微生物功能和生態(tài)角色的重要參數(shù)[9], 也是評價微生物群落碳收支的關(guān)鍵指標[10-11]。此外, 細菌生長效率與其本身的生理條件密切相關(guān), 因而可以作為反映水體中細菌生長環(huán)境的一個有效指標[12]。細菌生長效率概念的提出, 旨在對異養(yǎng)微生物次級生產(chǎn)與呼吸代謝兩大生態(tài)過程之間的相對關(guān)系進行綜合研究[13]。近年來細菌生長效率研究越來越受到關(guān)注, 這得益于人們對細菌呼吸代謝生態(tài)學意義的重新審視[14-15]。與單純的細菌生產(chǎn)力研究相比, 細菌生長效率的研究可以彌補異養(yǎng)微生物生長代謝過程中的實際需碳量、對有機碳源的利用效率及損耗比例、系統(tǒng)的營養(yǎng)狀態(tài)、CO2產(chǎn)出等信息的不足, 因而能夠更客觀地反映異養(yǎng)微生物對微食物環(huán)能量流動與物質(zhì)循環(huán)的貢獻, 并有助于深入開展海洋碳循環(huán)體系的生物地球化學研究[12,16-17]。過去測量 BP時很少同步測量 BR, 以致不同海區(qū)浮游細菌需碳量(Bacterial Carbon Demand, BCD)到目前為止還是絕大部分未知[14]。在全球氣候變化以及海洋碳循環(huán)研究深入的大環(huán)境下, 此方面研究工作的進一步開展有利于深入分析海洋碳的源匯問題,并揭示海洋生態(tài)系統(tǒng)在其中所發(fā)揮的具體作用[14,17-19]。
1.1 細菌生產(chǎn)力
異養(yǎng)細菌生產(chǎn)力的研究方法主要包括[甲基-3H]胸腺嘧啶示蹤法[20]、[3H]亮氨酸示蹤法[21]、細胞分裂頻率法(FDC)[22]、分級或稀釋培養(yǎng)中細胞數(shù)量的增加法[23]、測定放射性標記的氨基酸或葡萄糖(14C-glucose)[24]等, 這些方法的原理及特點的詳細闡述見文獻[9,25]。此外, 還可以根據(jù)細菌豐度(Bacterial Abundance, BA)的變化來估算BP[10,26]。目前國內(nèi)外比較常用的是3H胸腺嘧啶示蹤法和3H亮氨酸示蹤法, 后者也是國標仲裁方法。
1.2 細菌呼吸率
目前細菌呼吸率的測定方法主要有兩種:
(1) 經(jīng)典的以氧濃度變化為基礎(chǔ)的溶解氧滴定法[11,27-29]
其中DO0, DOt分別為樣品培養(yǎng)前后溶解氧濃度, t為培養(yǎng)時間。
呼吸熵(respiratory quotients, RQ)的引入把測定細菌呼吸率的氧單位轉(zhuǎn)變?yōu)橐蕴紴閱挝?定義為:
RQ大小取決于所利用的底物組成, 范圍為0.7~1.1, 通常假定RQ=1[11-12,27-28]。這種方法具有很高的靈敏性和準確性[10,30], 也是最常用的方法[11,27-29], 后面總結(jié)BGE的時空分布規(guī)律及其調(diào)控機制幾乎都是基于這種測量方法計算和分析得出的, 但是這種方法局限性帶來的潛在影響已經(jīng)成為BGE研究工作深入開展的瓶頸[31]。
(2) 以二氧化碳濃度變化為基礎(chǔ)的庫侖呼吸測量法[32-33]
Toolan[32]指出庫倫呼吸測量法是基于碳的呼吸率, 因而能與初級生產(chǎn)無機碳固定率作對比, 并且由于其不需要運用到呼吸熵, 所以要比以測氧氣濃度變化為基礎(chǔ)的方法優(yōu)越。水體中由于CO2與23CO-相平衡, 為了測量通過呼吸產(chǎn)生的CO2, 故應(yīng)測量總?cè)芙鉄o機碳(TCO2):
海水中的TCO2利用庫侖滴定法來測量[32]。但溶解氧滴定法和庫倫呼吸法都需要對實驗水樣進行至少24 h的培養(yǎng)才能得出測量結(jié)果,這就存在以下兩方面的問題: 一方面, 這些測量方法長時間培養(yǎng)過程中的容器效應(yīng)無法忽視, 如為了研究異養(yǎng)細菌, 其必須和其他浮游生物相分離, 通常經(jīng)過0.6~2 μm濾膜過濾, 但完全分離是不可能達到的, 所以BR的變化除了細菌外還歸因于其他有機體, 并且過濾可能會破壞原有細菌聚合的結(jié)構(gòu), 也會改變原有的捕食關(guān)系[35]。如果過濾的過程中細胞破碎, 則有機和無機物質(zhì)都會釋放出來。此外長期培養(yǎng)可能誘發(fā)細菌群落組成的變化[36-37]或營養(yǎng)物質(zhì)的消耗[11]。因此結(jié)果可能不能代表初始的細菌群落。另一方面, 這也難以與基于3H同位素示蹤法測量細菌生產(chǎn)力的快速性相匹配(培養(yǎng)時間可在0.5 h以內(nèi))并帶來相關(guān)的誤差。在這種背景下, Briand等[10]以及Eichinger等[38]利用高精度連續(xù)測量技術(shù)將自然水體細菌呼吸率的有效測量時間大大縮減, 使培養(yǎng)更接近系統(tǒng)的原始狀態(tài),提高了實驗的可重復性和精度; Pringault等[39]在2009年也曾報道過利用氧氣微電極連續(xù)測量技術(shù)開展BGE相關(guān)研究。
1.3 細菌生長效率
早期BGE的值通?;诜派湫酝凰厥聚櫤唵斡袡C化合物的吸收、融合和呼吸測量得到的[40-41], 這種方法具有較高的靈敏性, 它可以使吸收和呼吸速率經(jīng)過短期培養(yǎng)后就能測定, 即使在生產(chǎn)力不高的水域也能應(yīng)用。但是在短期培養(yǎng)過程中, 細胞內(nèi)的碳庫不能達到平衡, 并且細胞內(nèi)部的同位素稀釋和不穩(wěn)定狀態(tài)都會使放射性標記化合物產(chǎn)生的生物量偏高, 所以這些值現(xiàn)在被認為過高估計自然浮游細菌的實際生長效率[14,33,42-46], 此外, 細菌可能同時利用多種有機底物, 所以只標記單種化合物不能反應(yīng)細菌利用底物的復雜情況, 并可能造成BGE的過高估計[14,45,47]。目前主要有兩種 BGE的測定方法: 第一種方法, 在相對短的培養(yǎng)時間內(nèi)(通常小于36 h或小于周轉(zhuǎn)時間)測量BR和BP, 這種方法在細菌呼吸率測定方法中已進行了詳細闡述。第二種方法是稀釋培養(yǎng), 將少量自然條件下的細菌群落接種到過濾無菌水上, 觀察這些細菌的生長, 時間一般為數(shù)天或數(shù)周[33,45,48-49]。在這種長期試驗中, 監(jiān)測DOC和POC的變化很容易, BGE可通過下式估算得出:
有研究結(jié)果表明過濾法和稀釋法得到的BGE數(shù)據(jù)具有一定的一致性[11]。無論采用哪種方法, 細菌和天然DOC的來源都將分離, 并且細菌和微生物捕食者相分離與營養(yǎng)物質(zhì)的再生渠道不耦合, 這可能對于維持自然系統(tǒng)中高BGE有重要作用。在長期稀釋試驗中, 難降解 DOC的消耗量將增加, 營養(yǎng)物質(zhì)的的消耗將增大, 在短期過濾法實驗中只用大部分可降解性DOC被利用, 避免有機物的過度消耗。在長期培養(yǎng)中, 異養(yǎng)鞭毛蟲的生長不可避免, 因此攝食將對細菌生物量和 BGE產(chǎn)生重大影響[44,50], 并且在長期培養(yǎng)中, 有毒代謝產(chǎn)物的積累將使 BGE降低[51]。無論是培養(yǎng)時間多長, BR、BP都是變化的, 所以培養(yǎng)時間的長短和這些方法的融合對于BGE的計算都很重要。近期報道的縮短培養(yǎng)時間的技術(shù)改進(如前面提到的高精度溶解氧測量方法減少呼吸率部分測量時間)對整個 BGE估算的質(zhì)量都有明顯改善,但目前BGE的精確測量對于微生物生態(tài)學家仍舊是一大挑戰(zhàn)。
2.1 細菌生產(chǎn)力
海洋異養(yǎng)細菌二次生產(chǎn)是細菌生長效率研究中的重要組成部分。研究結(jié)果表明不同海域的細菌生產(chǎn)力分布存在較大差異[52-53], 國內(nèi)在東海、渤海、南海等主要海區(qū)及一些近岸海域也已開展了細菌生物量和生產(chǎn)力的研究[53-59], 并對細菌在微食物環(huán)和碳循環(huán)中的作用, 細菌生產(chǎn)力的測定方法、時空分布、影響因子以及調(diào)控機制等進行了闡述和分析[8,54-55,60-61]。在海洋環(huán)境中, 細菌在海洋生物量中占據(jù)支配地位, BP占據(jù)初級生產(chǎn)力(Primary Production,PP)的量從0~>100%, 且BP常常和水體初級生產(chǎn)成正相關(guān)[26]。研究發(fā)現(xiàn)在法國的比斯開灣BR高于 BP[62],這說明細菌首先要滿足自身新陳代謝的需要[12], 且BP比BR更容易變化[13], 即BR相對更保守, 因此 BGE可以表示為 BP的方程[11,27], 且 BGE和 BP呈正相關(guān)[11],作者對印度洋細菌生長效率的分析也滿足此相關(guān)性(未發(fā)表數(shù)據(jù))。在目前的研究中,Pradeep等[11]通過對印度西南近岸的河口研究認為BP可以解釋熱帶河口 BGE 83%的變化, 而 Roland和Cole則報道在溫帶的哈德遜河口 70%的BGE是由BP引起的[63]。
2.2 細菌呼吸率
生物呼吸作用被認為是海洋生物圈碳流通的重要組成成分[17], 細菌呼吸的變化能顯著影響水體中總碳含量和氣體平衡狀況[64],也可能限制碳的再礦化和生物碳在海洋上層的輸出[13,65]。異養(yǎng)細菌呼吸在浮游群落呼吸中占有較大的比例(20%~90%)[66-69],甚至在一些低生產(chǎn)力海域, 真光層細菌呼吸率能超過初級生產(chǎn)力[13,62], 盡管有學者認為不同海域真光層生產(chǎn)和呼吸在整體上是平衡的[16]。雖然呼吸和系統(tǒng)生產(chǎn)力在大尺度空間范圍內(nèi)呈現(xiàn)整體正相關(guān), 但在較小范圍內(nèi)兩個過程常存在較大程度的不一致性[70-72]。細菌呼吸和浮游植物生產(chǎn)之間的不平衡說明在生產(chǎn)力較低的水體, 生物系統(tǒng)是 CO2的源[13]。Kirchman等[28]的最新研究表明細菌呼吸占總呼吸的比例在3%到60%之間波動, 平均值低于低緯度海域的 50%[73], 從而推斷在北冰洋海區(qū)細菌呼吸消耗的有機碳比低緯度的要少。
研究認為BGE和BP隨著初級生產(chǎn)力梯度的變化而變化, 但BR隨著這種梯度變化較小, 這種微生物呼吸甚至浮游生物群落呼吸的相對穩(wěn)定性已經(jīng)被人們所認識[13]。過去常常認為細菌呼吸與細菌次級生產(chǎn)是同步過程, 二者密切相關(guān), 因此在研究有機碳在水體中的流通時, 細菌呼吸通常并不直接測量, 而是由細菌生產(chǎn)力和假定的細菌生長效率計算出來[12]:
這導致BGE成了固定不變的常數(shù)[14]。越來越多的現(xiàn)場實驗數(shù)據(jù)表明, 試圖從細菌生產(chǎn)力的測量來推斷細菌呼吸率常常出現(xiàn)問題, 因為BP與BR的相關(guān)性往往很低, 控制細菌呼吸的因素可能與調(diào)節(jié)細菌生產(chǎn)力的因素不相同, 它們很可能存在著不同的調(diào)控機理[12,14,68]。顯然, 只有將 BP與 BR結(jié)合起來進行同步現(xiàn)場研究才能更準確地反映異養(yǎng)微生物在海洋生物地球化學循環(huán)中所起的作用。理解什么因素影響呼吸的量級和變化還需要進一步的工作來探討。
2.3 細菌需碳量
細菌生產(chǎn)力只是細菌合成后留存在體內(nèi)的碳量,而相當部分的碳被細菌吸收后又通過呼吸作用釋放出來。浮游細菌需碳量為細菌生產(chǎn)力和細菌呼吸消耗碳量之和[12]。
其中 μ為比生長效率, BB為細菌生物量(Bacterial Biomass)。在海洋碳循環(huán)中, 細菌需碳量和浮游植物固定的碳之間的平衡是一個重要因素。在一些海域的真光層中呼吸和生產(chǎn)能夠達到整體平衡[16], 但細菌碳需求往往大于初級生產(chǎn)力的產(chǎn)物(POC+DOC),微食物環(huán)內(nèi)存儲的有機物質(zhì)可以暫時緩沖這種 BCD和PP之間的不匹配, 但細菌生長仍需要大量外源性溶解有機碳[9,18]。Ram等[27]的研究表明在夏季印度季風盛行期, BCD高于 PP, 說明河口轉(zhuǎn)變?yōu)楫愷B(yǎng)生態(tài)系統(tǒng), 這與 González等[62]的研究相一致。在非季風季節(jié), BCD占據(jù)了PP的65%~91%, 說明浮游植物生產(chǎn)的有機碳已經(jīng)足夠可以滿足真光層中 BP的需求,即很大一部分浮游植物初級生產(chǎn)產(chǎn)生的有機碳進入微食物環(huán)[7]。
2.4 細菌生長效率
多個海區(qū)的 BGE現(xiàn)場研究結(jié)果表明BGE存在明顯的時間和空間波動性[74-76], 這進一步證明假設(shè)細菌利用有機質(zhì)的效率是常數(shù)是錯誤的[77]。研究結(jié)果表明, 細菌生長效率在不同海區(qū)波動很大, 從<0.1到>0.6的 BGE值均有報道[12,15,65,78-79], 作者對大亞灣和印度洋細菌生長效率的研究也是如此(未發(fā)表數(shù)據(jù))。即使在同一研究海域, BGE也常存在平面分布的顯著差異。一般來說, BGE值在河口、上升流和近岸水域較高, 平均值可達到 0.3以上[11,80-81], 而在外海貧營養(yǎng)水域中, BGE一般為0.15左右[12,27-78], 這種從河口到外海BGE降低的變化趨勢和初級生產(chǎn)力的分布相一致[11-12], 這可能是由于高活性細菌的比例隨著生產(chǎn)力的提高而增加[81-82], 同時這種變化也反映了營養(yǎng)鹽和DOM的系統(tǒng)變化[27]。BGE同樣可能存在周日變化或季節(jié)性的分布差異, 但此方面的信息仍較為缺乏[27,42,79,83-86]。迄今為止, 已開展細菌生長效率研究的海域仍十分零散, 與全球范圍內(nèi)細菌生物量和細菌生產(chǎn)力研究相比, 細菌生長效率相關(guān)研究仍缺乏廣泛性與系統(tǒng)性。
BGE調(diào)控機制的研究也是目前海洋微生物生態(tài)學中日益受到關(guān)注的問題。海洋異養(yǎng)浮游細菌生長效率是一個揉合細菌代謝多方面特征的參數(shù), 因而受多種因子影響。目前研究較多的的主要有溶解性有機物的性質(zhì)及含量(DOM的來源、分子結(jié)構(gòu)、分子質(zhì)量大小、生化組成、能量含量等)[11-12,27,49,85-89]、無機營養(yǎng)物質(zhì)濃度及組成(如 N:P)[11,49,85,90]、鹽度[91]、海水溫度[11,65,84,92]、微量金屬元素(如鐵)含量[93]、海洋異養(yǎng)浮游動物的攝食能力[8,11,75]、噬菌體(如病毒)的感染[8,94-95]以及異養(yǎng)細菌自身的生理狀態(tài)[96]。但海洋BGE最關(guān)鍵調(diào)控因子的研究至今仍有爭論, 這涉及細菌生產(chǎn)力與細菌呼吸率對環(huán)境因子響應(yīng)的差異性問題——即使一個環(huán)境參數(shù)對細菌生產(chǎn)力和細菌呼吸率均有明顯調(diào)控作用, 如果其調(diào)控機制同步且影響程度接近, 那它對 BGE的調(diào)控作用并不明顯,此方面的研究至今仍相當匱乏。目前對自然海區(qū)中BGE分布的高度變動性存在兩種常見的解釋模型,一種認為BGE主要受溫度調(diào)控[65,84], 即溫度和BGE之間呈負相關(guān), 且溫度單獨就可以解釋細菌生長效率 54%的變化, 這種溫度的調(diào)控作用說明在低緯度海域有較大部分的碳被呼吸消耗掉,因此食物網(wǎng)和生物碳的垂直輸出在極地要比在熱帶區(qū)域高[65]; 另一種觀點則認為BP比BR更容易變化, 因而BGE主要受BP變化的影響[13], 并且與無機營養(yǎng)鹽及有機營養(yǎng)物質(zhì)的可利用性有關(guān)[11-13,78]。前者認為BGE變化來源于BP和BR受溫度影響機理存在較高的不一致性,這種細菌生產(chǎn)和呼吸對溫度的響應(yīng)差異可能是因為這些新陳代謝過程中兩者活動能量的不同[97], 也可能是溫度對細菌細胞水平的直接效應(yīng)[84]。后者則認為它們受營養(yǎng)物質(zhì)的調(diào)控作用存在明顯差異。近年來海洋BGE的現(xiàn)場研究結(jié)果也存在類似的分歧, 例如 Hoppe等[18]認為溫度的決定性是一個常見因子,營養(yǎng)物質(zhì)和底物的可利用性或者攝食可能在某些限制區(qū)域或時間段對微生物活性起決定作用, 但是這些因子的影響都被溫度的調(diào)節(jié)能力所覆蓋。而López-Urrutia 等[98]對 JGOFS海洋計劃的部分調(diào)查數(shù)據(jù)進行再分析后認為細菌生長效率主要受營養(yǎng)物質(zhì)可利用性的調(diào)控。Lee等[99]通過多因素相關(guān)性分析顯示 BP取決于 PP, 而 BR取決于底物質(zhì)量(例如DOC/DON)和溫度, 底物質(zhì)量是調(diào)控 BGE最主要的因子, 并指出底物質(zhì)量相對于溫度而言常常是一個更重要的因子。Apple等[84]通過對Monie灣的調(diào)查認為該水域細菌生長效率受溫度和有機物質(zhì)量的雙重影響, 這和先前Pomeroy等的研究相一致[100]。這種爭議不僅體現(xiàn)在地域分布特征上, 也體現(xiàn)在影響季節(jié)變化的機制上[27,79,84,87]。
最新研究結(jié)果表明, 光照也可能是BGE的關(guān)鍵調(diào)控因子??梢姽夂妥贤夤饪梢愿淖儺愷B(yǎng)微生物二次生產(chǎn)中的合成速率[101-102], 而光照對細菌呼吸率也可能存在直接的調(diào)控機制[39]。Abboudi等[79]發(fā)現(xiàn),DOM的光轉(zhuǎn)化效應(yīng)可能對BR和BP產(chǎn)生不同的作用, 進而可能對細菌生長效率產(chǎn)生復雜的影響。
綜上所述, 異養(yǎng)細菌生長效率具有明顯的波動性, 調(diào)控機制也較為復雜, 不論海洋 BGE的關(guān)鍵調(diào)控因子是否具有普遍性或存在區(qū)域特性, 細菌生長效率的研究還需要大量的現(xiàn)場及實驗工作。對 BGE測量精度與估算方法的改進以及新的測量技術(shù)在現(xiàn)場研究中的普及、應(yīng)用, 也是目前BGE研究中需要解決的問題。
(1)經(jīng)典BR測量方法的局限性成為BGE研究中一個日益受到關(guān)注的問題, 高精度的BGE測量技術(shù),特別是能適用于貧營養(yǎng)、低細菌生物量海區(qū)的測量技術(shù)仍有待進一步發(fā)展。由于高精度連續(xù)測量技術(shù)可以較精確地監(jiān)測溶解氧濃度的變化過程, 減弱容器效應(yīng), 并有利于細菌呼吸對環(huán)境響應(yīng)的動態(tài)變化分析, 目前已成為BGE相關(guān)研究的一種有效監(jiān)測手段, 并可在近岸海區(qū)廣泛應(yīng)用。同時, 開展針對BGE不同測量方法的對比研究, 有利于不同時期不同海區(qū)研究結(jié)果的綜合分析。
(2)針對目前BGE關(guān)鍵調(diào)控因子的不確定性, 在今后的工作中尚需進一步研究主要環(huán)境參數(shù), 包括海洋中可溶性有機物、無機營養(yǎng)鹽、溫度、光照等對BGE的具體影響機制, 以及不同海區(qū)關(guān)鍵影響因子的區(qū)域性差異以及物理過程對BGE分布的潛在影響。
現(xiàn)已證明 BP和 BR之間存在不同的調(diào)控機理,但在自然海區(qū)中, 這種不一致性的具體信息和影響機制還不十分清楚。因此, 針對BP與BR對不同環(huán)境因子響應(yīng)差異性研究將是今后細菌生態(tài)學研究中需要關(guān)注的重要科學問題。此外, 細菌生長代謝對環(huán)境變化響應(yīng)敏感, 但 BGE對環(huán)境變化, 特別是短時間尺度變化的動態(tài)響應(yīng)機制還有待于進一步開展。細菌生長效率作為衡量異養(yǎng)細菌利用有機碳效率的重要指標, 在評價生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)與功能、海洋生物地球化學循環(huán)關(guān)鍵過程中, 特別是碳通量相關(guān)的生態(tài)學研究中, 還需要結(jié)合與之密切關(guān)聯(lián)的初級及次級生產(chǎn)過程及群落呼吸代謝特征, 進行深入的耦合分析。
(3)國內(nèi)在海洋異養(yǎng)細菌呼吸率和細菌生長效率方面鮮有正式報道, 今后尚需要針對不同緯度(從黃渤海至南海)、不同性質(zhì)的海域(從近岸河口、海灣至外海貧營養(yǎng)海區(qū))開展現(xiàn)場觀測與實驗研究, 探索細菌生長效率的時空分布差異和調(diào)控機制, 以期深入了解我國不同海區(qū)異養(yǎng)微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的地位與功能, 以及中國海域生態(tài)系統(tǒng)代謝平衡對全球海洋碳收支的貢獻。
[1] Cotner J, Biddanda B. Small players, large role: microbial influence on biogeochemical processes in pelagic aquatic ecosystems[J]. Ecosystems, 2002, 5:10 -121.
[2] Azam F, Fenche T, Field J G, et al. The ecological role of water-column microbes in the sea[J]. Marine Ecology Progress Series,1983,10: 257-263.
[3] Azam F, Malfatti F. Microbial structuring of marine ecosystems[J]. Nature, 2007, 5: 782-791.
[4] Gasol J M, Pinhassi J, Alonso-Sáez L, et al. Towards a better understanding of microbial carbon flux in the sea[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2008, 53: 21-38.
[5] Obernosterer I, Christaki U, Lefevre D, et al. Rapid bacterial mineralization of organic carbon produced during a phytoplankton bloom induced by natural iron fertilization in the Southern Ocean[J]. Deep Sea Research Part II, 2008, 55: 777-789.
[6] Pomeroy L R, Wiebe W J, Deibel D, et al. Bacterial responses to temperature and substrate concentration during the Newfoundland spring bloom[J]. Marine Ecology Progress Series, 1991, 75(2-3): 143-159.
[7] Ducklow H, Carlson C. Oceanic bacterial production[J].Advances in Microbial Ecology,1992, 12: 113-181.
[8] 肖天. 海洋細菌在微食物環(huán)中的作用[J]. 海洋科學,2000, 24(7): 4-6.
[9] 李洪波, 肖天, 趙三軍,等. 海洋異養(yǎng)浮游細菌參數(shù)的測定和估算[J]. 海洋科學, 2005, 29(2): 58-63.
[10] Briand E, Pringault O, Jacquet S, et al. The use of oxygen microprobes to measure bacterial respiration for determining bacterioplankton growth efficiency[J].Limnology and Oceanography, 2004, 2: 406-416.
[11] Pradeep R A S, Nair S,Chandramohan D. Bacterial growth efficiency in the tropical estuarine and coastal waters of Goa, southwest coast of India[J]. Microbial Ecology, 2003, 45: 88-96.
[12] Del Giorgio P A, Cole J J. Bacterial growth efficiency in natural aquatic systems[J]. Annual Review of Ecology and Systematics, 1998, 29: 503-541.
[13] Del Giorgio P A, Cole J J, Cimbleris A. Respiration rates in bacteria exceed phytoplankton production in unproductive aquatic systems[J]. Nature, 1997, 385: 148-151.
[14] Jahnke R, Craven D. Quantifying the role of heterotrophic bacteria in the carbon cycle: A need for respiration rate measurements[J]. Limnology and Oceanogry, 1995,40(2): 436-441.
[15] Del Giorgio P A, Williams P J L. Respiration in aquatic ecosystems[M]. Oxford: Oxford University Press,2005.
[16] Williams P J L.The balance of plankton respiration and photosynthesis in the open oceans[J]. Nature, 1998, 394:55-57.
[17] Del Giorgio P A, Duarte C M. Respiration in the open ocean[J]. Nature, 2002, 420: 379-384.
[18] Hoppe H G, Gocke K., Koppe R, et al. Bacterial growth and primary production along a north-south transect of the Atlantic Ocean[J]. Nature, 2002, 416:168-171.
[19] Sarmento H, Montoya J, Va ′zquez-Dom? ′nguez E, et al. Warming effects on marine microbial food web processes: how far can we go when it comes to predictions? [J]. Philosophical Transactions of the Royal Society B, 2010, 365: 2137-2149.
[20] Fuhrman J A, Azam F. Thymidine incorporation as a measure of heterotrophic bacterioplankton production in marine surface waters: evaluation and field results[J]. Marine Biology, 1982, 66:109-120.
[21] Smith D C, Azam F. A simple, economical method for measuring bacterial protein synthesis rates in seawater using 3H-leucine[J]. Marine Microbial Food Webs,1992, 6(2): 107-114.
[22] Hagstr?m A, Larsson U, Horstedt P, et al. Frequency of dividing cells, a new approach to the determination of bacterial growth rates in aquatic environments[J]. Applied and Environmental Microbiology, 1979, 37(5):805-812.
[23] Moriarty D J W. 6 Techniques for Estimating Bacterial Growth Rates and Production of Biomass in Aquatic Environments[J]. Methods in Microbiology, 1990,22:211-234.
[24] Bianchi A, Van W F, Garcin J. Bacterial utilization of glucose in the water column from eutrophic to oligotrophic pelagic areas in the eastern North Atlantic Ocean[J]. Journal of Marine Systems, 1998, 14: 45-55.
[25] 趙三軍, 岳海東, 肖天. 海洋異養(yǎng)細菌生物量與生產(chǎn)力的研究方法[J]. 海洋科學, 2002, 26(1): 21-23.
[26] Cole J J, Findlay S, Pace M L. Bacterial production in fresh and saltwater ecosystems: a cross-system overview[J]. Marine ecology Progress Series, 1988, 43:1-10.
[27] Pradeep R A S, Nair S,Chandramohan D. Bacterial growth efficiency in a tropical estuary: Seasonal variability subsidized by allochthonous carbon[J]. Microbial Ecology, 2007, 53: 591-599.
[28] Kirchman D L, Hill V, Cottrell M T, et al. Standing stocks, production, and respiration of phytoplankton and heterotrophic bacteria in the western Arctic Ocean[J]. Deep Sea Research Part II, 2009, 56:1237-1248.
[29] Sherr B F, Sherr E B. Community respiration/production and bacterial activity in the upper water column of the central Arctic Ocean[J]. Deep Sea Research Part I,2003, 50: 529-542.
[30] Carignan R, Blais A M, Vis C. Measurement of primary production and community respiration in oligotrophic lakes using the Winkler method[J]. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 1998, 55(5):1078-1084.
[31] Gasol J M, Pinhassi J, Alonso-Saez L, et al. Towards a better understanding of microbial carbon flux in the sea[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2008, 53(1): 21-38.
[32] Toolan T. Coulometric carbon-based respiration rates and estimates of bacterioplankton growth efficiencies in Massachusetts Bay[J]. Limnology and Oceanography,2001, 46(6):1298-1308.
[33] Carlson C A, Ducklow H W. Growth of bacterioplankton and consumption of dissolved organic carbon in the Sargasso Sea[J]. Aquatic Microbial Ecology, 1996, 10:69-85.
[34] Goyet C, Brewer P G. Biochemical properties of the oceanic carbon cycle[C]//Willebrand Jand Anderson D L T. Modelling oceanic climate interactions. NATO ASI Series, VI Springer-Verlag, 1993. 271-297.
[35] Pomeroy L R, Sheldon J E, Sheldon J W M. Changes in bacterial numbers and leucine assimilation during estimations of microbial respiratory rates in seawater by the precision Winkler method[J]. Applied and Environmental Microbiology, 1994, 60(1): 328-332.
[36] Massana R, Pedros-Alio C, Casamayor E O, et al.Changes in marine bacterioplankton phylogenetic composition during incubations designed to measure biogeochemically significant parameters[J]. Limnology and Oceanography, 2001, 46(5): 1181-1188.
[37] Gattuso J P, Peduzzi S, Pizay M D, et al. Changes in freshwater bacterial community composition during measurements of microbial and community respiration[J]. Journal of Plankton Research,2002, 24(11):1197-1206.
[38] Eichinger M, Sempere R, Gregori G, et al. Increased bacterial growth efficiency with environmental variability: results from DOC degradation by bacteria in pure culture experiments[J]. Biogeosciences, 2010, 7:1861-1876.
[39] Pringault O, Tesson S, Rochelle-Newall E. Respiration in the light and bacterio-phytoplankton coupling in a coastal environment[J]. Microbial Ecology, 2009, 57(2):321-334.
[40] Crawford C C, Hobbie J E, Webb K L. The utilization of dissolved free amino acids by estuarine microorganisms[J]. Ecology, 1974, 55(3): 551-563.
[41] Hopkinson C S, Buffam I, Hobbie J, et al. Terrestrial inputs of organic matter to coastal ecosystems: an intercomparison of chemical characteristics and bioavailability[J]. Biogeochemistry, 1998, 43(3): 211-234.
[42] Coffin R B, Connolly J P, Harris P S. Availability of dissolved organic carbon to bacterioplankton examined by oxygen utilization[J]. Marine Ecology Progress Series, 1993, 101: 9-22.
[43] Del Giorgio P A, Gasol J M, Vaque D, et al. Bacterioplankton community structure: protists control net production and the proportion of active bacteria in a coastal marine community[J]. Limnology and Oceanography, 1996, 41(6): 1169-1179.
[44] Linley E A S, Newell R C. Estimates of bacterial growth yields based on plant detritus[J]. Bulletin of Marine Science, 1984, 35(3): 409-425.
[45] Bjornsen P K. Bacterioplankton growth yield in continuous seawater cultures[J]. Marine Ecology Progress Series, 1986, 30:19l-196.
[46] King G M, Berman T. Potential effects of isotopic dilution on apparent respiration in 14C heterotrophy experiments[J]. Marine Ecology Progress Series, 1984,19:175-180.
[47] Hopkinson C S Jr, Sherr B, Wiebe W J. Size fractionated metabolism of coastal microbial plankton[J]. Marine Ecology Progress Series, 1989, 51: 155-166.
[48] Zweifel U L, Norrman B, Hagstrom A. Consumption of dissolved organic carbon by marine bacteria and demand for inorganic nutrients[J]. Marine Ecology Progress Series, 1993, 101: 23-32.
[49] Kroer, N. Bacterial growth efficiency on natural dissolved organic matter[J]. Limnology and Oceanography,1993, 38(6):1282-1290.
[50] Findlay S, Carlough L, Crocker M T, et al. Bacterial growth on macrophyte leachate and fate of bacterial production[J]. Limnology and Oceanography, 1986,31(6): 1335-1341.
[51] Landwall P, Holme T. Removal of inhibitors of bacterial growth by dialysis culture[J]. Microbiology, 1977,103(2):345-352.
[52] Morgan J A, Quinby H L, Ducklow H W. Bacterial abundance and production in the western Black Sea[J].Deep Sea Research Part II, 2006, 53: 1945-1960.
[53] 劉誠剛, 寧修仁, 蔡昱明, 等. 南海北部及珠江口細菌生產(chǎn)力研究[J]. 海洋學報(中文版), 2007, 29(2):112-122.
[54] 肖天, 王榮. 東海異養(yǎng)細菌生產(chǎn)力的時空分布[J]. 海洋與湖沼, 2000, 31(6): 664-670.
[55] 肖天, 王榮. 渤海異養(yǎng)細菌生產(chǎn)力[J]. 海洋學報(中文版), 2003, 25(2): 58-65.
[56] 鄭天凌, 王斐, 徐美珠,等. 臺灣海峽海域細菌產(chǎn)量、生物量及其在微食物環(huán)中的作用[J]. 海洋與湖沼,2002, 33(4): 415-423.
[57] 彭安國, 黃奕普, 劉廣山, 等. 大亞灣細菌生產(chǎn)力研究[J]. 海洋學報(中文版), 2003, 25(4): 83-90.
[58] 劉子琳, 越川海, 寧修仁, 等. 長江沖淡水區(qū)細菌生產(chǎn)力研究[J]. 海洋學報(中文版), 2001, 23(4): 93-99.
[59] 宋星宇, 劉華雪, 黃良民, 等. 南海北部夏季基礎(chǔ)生物生產(chǎn)力分布特征及影響因素[J]. 生態(tài)學報, 2010,30(23): 6409-6417.
[60] 劉華雪, 宋星宇, 黃良民, 等. 海洋細菌生產(chǎn)力調(diào)控機制研究進展[J]. 生態(tài)科學, 2008, 27(1): 61-64.
[61] 肖天. 海洋浮游細菌的生態(tài)學研究[J]. 地球科學進展, 2001, 16(1): 60-64.
[62] Gonzalez N, Anadon R, Viesca L. Carbon flux through the microbial community in a temperate sea during summer: role of bacterial metabolism[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2003, 33: 117-126.
[63] Roland F, Cole J J. Regulation of bacterial growth efficiency in a large turbid estuary[J]. Aquatic Microbial Ecology, 1999, 20: 31-38.
[64] Sherr E, Sherr B. Temporal offset in oceanic production and respiration processes implied by seasonal changes in atmospheric oxygen: the role of heterotrophic microbes[J]. Aquatic Microbial Ecology, 1996, 11:91-100.
[65] Rivkin R B, Legendre L. Biogenic carbon cycling in the upper ocean: effects of microbial respiration[J]. Science, 2001, 291: 2398-2340.
[66] Legendre L, Courties C, Troussellier M. Flow cytometry in oceanography 1989-1999: environmental challenges and research trends[J]. Cytometry, 2001, 44:164-172.
[67] Smith E M, Kemp W M. Planktonic and bacterial respiration along an estuarine gradient: responses to carbon and nutrient enrichment[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2003, 30: 251-261.
[68] Smith E M, Kemp W M. Size structure and the production/respiration balance in a coastal plankton community[J]. Limnology and Oceanography, 2001, 46(3):473-485.
[69] Biddanda B A, Cotner J B. Love handles in aquatic ecosystems: the role of dissolved organic carbon drawdown, resuspended sediments, and terrigenous inputs in the carbon balance of Lake Michigan[J]. Ecosystems, 2002, 5(5): 431-445.
[70] Robinson C, Serret P, Tilstone G, et al. Plankton respiration in the eastern atlantic ocean[J]. Deep Sea Research Part I, 2002, 49:787-813.
[71] Serret P, Robinson C, Fernandez E, et al. Latitudinal variation of the balance between plankton photosynthesis and respiration in the eastern Atlantic Ocean[J].Limnology and Oceanography, 2001, 46(7): 1642-1652.
[72] Aristegui J, Harrison W G. Decoupling of primary production and community respiration in the ocean: implications for regional carbon studies[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2002, 29: 199-209 .
[73] Robinson C. Heterotrophic bacterial respiration[C]//Kirchman D L. Microbial Ecology of the Oceans.Second edition.New York: Wiley-Liss, 2008: 299-327.
[74] Russell J B, Cook G M. Energetics of bacterial growth:balance of anabolic and catabolic reactions[J]. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 1995, 59(1):48-62.
[75] Lee C W, Bong C W. Bacterial respiration, growth efficiency and protist grazing rates in mangrove waters in Cape Rachado, Malaysia[J]. Asian Journal of Water,Environment and Pollution, 2007, 4(1): 11-16.
[76] Lee C W, Kudo I, Yokokawa T, et al. Dynamics of bacterial respiration and related growth efficiency, dissolved nutrients and dissolved oxygen concentration in a subarctic coastal embayment[J]. Marine and Freshwater Research, 2002, 53(1): 1-7.
[77] Middelboe M, Sondergaard M. Bacterioplankton Growth Yield: Seasonal Variations and Coupling to Substrate Lability and {beta}-Glucosidase Activity[J].Applied and Environmental Microbiology, 1993, 59(11):3916-3921.
[78] Del Giorgio P A, Cole J J. Bacterial energetics and growth efficiency[C]//Kirchman D L. Microbial Ecology of the Oceans. Second edition.New York: Wiley-Liss, 2008: 289-325.
[79] Abboudi M, Jeffrey W H, Ghiglione J F, et al. Effects of photochemical transformations of dissolved organic matter on bacterial metabolism and diversity in three contrasting coastal sites in the Northwestern Mediterranean Sea during summer[J]. Microbial Ecology, 2008,55(2): 344-357.
[80] La Ferla R, Azzaro F, Azzaro M, et al. Microbial contribution to carbon biogeochemistry in the Central Mediterranean Sea: Variability of activities and biomass[J]. Journal of Marine Systems, 2005, 57: 146-166.
[81] Alonso-Saez L, Gasol G M, Aristegui J, et al.Large-scale variability in surface bacterial carbon demand and growth efficiency in the subtropical northeast Atlantic Ocean[J]. Limnology and Oceanography, 2007,52(2): 533-546.
[82] Del Giorgio P A, Prairie Y T, Bird D F. Coupling between rates of bacterial production and the abundance of metabolically active bacteria in lakes, enumerated using CTC reduction and flow cytometry[J]. Microbial Ecology, 1997, 34(2): 144-154.
[83] Del Giorgio P A, Scarborough G. Increase in the proportion of metabolically active bacteria along gradients of enrichment in freshwater and marine plankton: implications for estimates of bacterial growth and production rates[J]. Journal of Plankton Research, 1995, 17:1905-1924.
[84] Apple J K, Del Giorgio P A, Michael K W. Temperature regulation of bacterial production, respiration, and growth efficiency in a temperate salt-marsh estuary[J].Aquatic Microbial Ecology, 2006, 43: 243-254.
[85] Lemee R, Rochelle-Newall E, Wambeke F V, et al.Seasonal variation of bacterial production, respiration and growth efficiency in the open NW Mediterranean Sea[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2002, 29:227-237.
[86] Reinthaler T, Herndl G J. Seasonal dynamics of bacterial growth efficiencies in relation to phytoplankton in the southern North Sea[J]. Aquatic Microbial Ecology,2005, 39: 7-16.
[87] Pomeroy L R, Wiebe W J. Temperature and substrates as interactive limiting factors for marine heterotrophic bacteria[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2001, 23:187-204.
[88] 白潔, 張昊飛, 李巋然,等. 海洋異養(yǎng)浮游細菌生物量及生產(chǎn)力的制約因素[J]. 中國海洋大學學報(自然科學版), 2004, 34(4): 594-602.
[89] Goldman J C, Caron D A, Dennett M R. Regulation of gross growth efficiency and ammonium regeneration in bacteria by substrate C: N ratio[J]. Limnology and Oceanography, 1987, 32(6):1239-1252.
[90] Yuan X C, Yin K D, Harrison P J, et al. Variations in Apparent Oxygen Utilization and Effects of P Addition on Bacterial Respiration in Subtropical Hong Kong Waters[J]. Estuaries and Coasts, 2011, 34: 536-543.
[91] Griffiths R, Caldwell B, Morita R Y. Observations on microbial percent respiration values in arctic and subarctic marine waters and sediments[J]. Microbial Eecology, 1984, 10: 151-164.
[92] Sampou P, Kemp W. Factors regulating plankton community respiration in Chesapeake Bay[J]. Marine Ecology Progress Series, 1994, 110:249-249.
[93] Tortell P, Maldonado M, Price N. The role of heterotrophic bacteria in iron-limited ocean ecosystems[J].Nature, 1996, 383: 330-332.
[94] Middelboe M, Jorgensen N, Kroer N. Effects of viruses on nutrient turnover and growth efficiency of noninfected marine bacterioplankton[J]. Applied and Environmental Microbiology, 1996, 62(6):1991- 1997.
[95] Motegi C, Nagata T, Miki T, et al. Viral control of bacterial growth efficiency in marine pelagic environments[J]. Limnology and Oceanography, 2009, 54(6):1901-1910.
[96] Ingraham J L, Marr A G. Effect of temperature, pressure,pH, and osmotic stress on growth. In Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology,Second edition[M]. Washington: ASM Press,1996:1570-1578.
[97] Zumdahl S S. Chemistry[M]. Lexington: DC Heath and Co, 1989.
[98] Lopez-Urrutia A, Moran X A G. Resource limitation of bacterial production distorts the temperature dependence of oceanic carbon cycling[J]. Ecology, 2007, 88(4):817-822.
[99] Lee C W, Bong C W, Hii Y S. Temporal variation of bacterial respiration and growth efficiency in tropical coastal waters[J]. Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75(24): 7594-7601.
[100] Pomeroy L R, Wiebe W J. Temperature and substrates as interactive limiting factors for marine heterotrophic bacteria[J]. Aquatic Microbial Ecology, 2001, 23,187-204.
[101] Hernandez K L, Quinones R A, Daneri G, et al. Solar UV radiation modulates daily production and DNA damage of marine bacterioplankton from a productive upwelling zone (36 S), Chile[J]. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2007, 343: 82-95.
[102] Hernandez K L, Quinones R A, Daneri G, et al. Effects of solar radiation on bacterioplankton production in the upwelling system off central-southern Chile[J]. Marine Ecology Progress Series,2006, 315: 19-31.
Q938
A
1000-3096(2012)05-0130-09
2011-07-25;
2011-10-22
中國科學院創(chuàng)新方向/領(lǐng)域前沿資助項目(KZCX2-YW-Q07,KZCX2-YW-T001, KZCX2-YW-213, SQ200805); 國家自然科學基金項目(U0633007, 40906057, 40531006); 廣東省科技計劃項目(2005A30501001)
王生福(1987-), 男, 山東臨沂人, 碩士研究生, 主要從事海洋 微 生 物 生 態(tài) 學 研 究 , 電 話 : 020-89023219, E-mail: wangshengfu601@163.com; 黃良民, 通信作者, hlm@scsio.ac.cn
(本文編輯:梁德海)