學(xué)科建設(shè)發(fā)展較慢。在單一校區(qū)情況下，學(xué)校學(xué)科結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，管理復(fù)雜性低。形成多校區(qū)后，學(xué)科門類齊全，首先打破了原先行動單一時權(quán)力集中的大一統(tǒng)局面，各學(xué)科要被賦予必要的發(fā)展權(quán)力，專業(yè)面的拓寬、學(xué)科領(lǐng)域的拓展增加了學(xué)科建設(shè)的復(fù)雜程度；其次各校區(qū)同一學(xué)科的結(jié)構(gòu)分布太散，難以融合，也給管理上帶來了較大困難；再次，高層次人才是學(xué)科建設(shè)的主要載體，他們的學(xué)術(shù)水平直接關(guān)系到一所大學(xué)辦學(xué)水平的高低，可以說他們是大學(xué)的支柱，是大學(xué)的核心競爭力量。高校興辦新學(xué)科尤其需要他們的力量，他們的到來能發(fā)揮旗幟性的領(lǐng)導(dǎo)作用，形成人才聚集效應(yīng)，從而加快學(xué)科的建設(shè)進程，但高層次人才資源處于高校師資隊伍金字塔結(jié)構(gòu)的上層位置，相對匱乏。大學(xué)的基本組成單位是學(xué)科，大學(xué)的資源也主要附著在學(xué)科載體上，學(xué)科是大學(xué)管理中的重要因素，因此盤活學(xué)科、合理解決學(xué)科融合、調(diào)整學(xué)科結(jié)構(gòu)分布等，成為多校區(qū)大學(xué)管理中面臨的重要課題。

管理權(quán)力分配復(fù)雜。目前高校多實行校、院二級管理模式，在單校區(qū)運作情況下，學(xué)院、教師分布范圍較小，相對集中，易于管理和協(xié)調(diào)；各職能部門、學(xué)院、教研室都容易形成密切的聯(lián)系，上情下達(dá)、下情上傳的通道都較順暢。但高校多校區(qū)辦學(xué)后，由于“戰(zhàn)線過長”，寬跨度管理模式導(dǎo)致管理效率下降的問題表現(xiàn)突出，人力資源管理也更具復(fù)雜性和艱巨性。

高校管理中原本就存在著權(quán)力的集中與分散的矛盾，多校區(qū)的建設(shè)更加激化了這對矛盾。在我國，傳統(tǒng)的學(xué)校管理通常是集權(quán)式的，然而面對規(guī)模龐大、校區(qū)分散的新形勢，集權(quán)式管理卻是不利的，會嚴(yán)重窒息高校的進一步快速發(fā)展。但是權(quán)力過于分散，也會使大學(xué)變得權(quán)力多中心化，給校級權(quán)力中心的調(diào)控帶來較大的麻煩。

管理效率降低。一是高校合并后，管理機構(gòu)重復(fù)，管理人員偏多，考慮到合并后的穩(wěn)定需要，又不能大規(guī)模調(diào)整，一定程度上延緩了高校人事制度改革的步伐。二是原本單一校區(qū)管理經(jīng)過若干年的發(fā)展已經(jīng)處于相對穩(wěn)定狀態(tài)，新校區(qū)的增加打破了原有的穩(wěn)定，增加了管理的復(fù)雜程度，從而降低管理效率。三是對于校級管理機構(gòu)而言只能坐落在某一校區(qū)，由于地理位置的差距，相對其他校區(qū)的管理，就增加了難度。四是由于各個校區(qū)地理位置的因素，給師生員工在各校區(qū)之間的活動帶來了很大的不便，交通與通信成本增加。

師生員工對學(xué)校的認(rèn)同感不強。就教師與其他員工而言，對原本實力相對較弱的校區(qū)來說，教職工既有獲得知名學(xué)校品牌的喜悅，也有存在受到歧視和淘汰的擔(dān)心；對原本較好的校區(qū)來說，教職工則存在利益被他人分配的擔(dān)心；教職工復(fù)雜的心態(tài)對管理也提出了挑戰(zhàn)等。而學(xué)生雖考入了理想的大學(xué)，但是由于多校區(qū)的狀況，僅有少數(shù)學(xué)生能夠享受到原汁原味的校園氛圍，新校區(qū)在一定程度上無法得到總校的歷史、文化等滲透，學(xué)生欠缺總校那樣長期以來一屆傳一屆師兄師姐的“傳幫帶”氛圍，大多數(shù)學(xué)生的心里會感覺失落。