所有多校區(qū)大學(xué)面臨的一個非常重要而又難以解決的問題是融合，包括人員、文化、機(jī)構(gòu)、學(xué)科等多方面的實質(zhì)性融合。解決整體融合的根本出路是從學(xué)科融合上率先實現(xiàn)突破，用學(xué)科的融合來帶動其他各方面的融合。因為，大學(xué)的基本元素就是學(xué)科，學(xué)校的主要人員附著于學(xué)科，學(xué)校的主流文化也緣于學(xué)科。多所大學(xué)合并以后，學(xué)科的門類和數(shù)量驟然增加，如何實現(xiàn)由原來管理相對單一的學(xué)科轉(zhuǎn)變到管理學(xué)科相對綜合的大學(xué)呢？比較有效的辦法就是對所有的學(xué)科按一定的原則進(jìn)行歸并組建學(xué)院，用學(xué)院制來克服多校區(qū)大學(xué)管理跨度過大帶來的一些管理難度。采用這種管理模式需要解決兩個問題：一是如何組建學(xué)院；二是如何有效地運(yùn)行學(xué)院。

組建學(xué)院，其基本原則可用10個字來概括：歸并、綜合、適度、特色和傳統(tǒng)。歸并，就是把所有的相同和相近的學(xué)科歸并在一起，實現(xiàn)整體優(yōu)化。綜合，就是應(yīng)體現(xiàn)科技發(fā)展的綜合化趨勢，發(fā)揮學(xué)科交叉優(yōu)勢，并注重發(fā)掘新的學(xué)科生長點(diǎn)。一般以學(xué)科的門類為基礎(chǔ)（譬如法學(xué)院、文學(xué)院、醫(yī)學(xué)院、理學(xué)院等）或一級二級學(xué)科（技術(shù)性行業(yè)、職業(yè)）（譬如機(jī)械學(xué)院、電器學(xué)院、計算機(jī)學(xué)院、水利學(xué)院等）組建學(xué)院。適度，就是規(guī)模要與管理模式相適應(yīng)，把人員規(guī)模作為組建學(xué)院的一個重要標(biāo)準(zhǔn)，使得組建的學(xué)院規(guī)模不會太大，也不能太小，以便于管理。如果某所多校區(qū)大學(xué)的機(jī)械學(xué)科規(guī)模很大，組建成為一個機(jī)械學(xué)院管理的范圍過寬，就不妨組建兩個學(xué)院。特色，就是說組建學(xué)院時應(yīng)特別體現(xiàn)出自己學(xué)科的優(yōu)勢，突出特色，保留和繼續(xù)創(chuàng)造自己的名牌專業(yè)，即在組建學(xué)院時，應(yīng)充分考慮辦學(xué)的傳統(tǒng)，不能圖一時熱鬧和時髦，今天是計算機(jī)學(xué)院，明天叫信息學(xué)院，后天又改成高科技學(xué)院，等等。

在進(jìn)行學(xué)科融合、組建學(xué)院方面，新浙江大學(xué)作了許多有益的探索。合并后的浙江大學(xué)，學(xué)科涵蓋了除軍事以外的11個學(xué)科門類，設(shè)有本科專業(yè) 98個、碩士學(xué)位學(xué)科193個、博士學(xué)位學(xué)科106個。面對如此龐大的學(xué)科群，浙江大學(xué)打破原校區(qū)格局，統(tǒng)籌規(guī)劃組建了20個學(xué)院、70個系。今天的浙江大學(xué)，正大力推進(jìn)學(xué)科交叉、融合和創(chuàng)新，并圍繞若干新興學(xué)科領(lǐng)域建設(shè)10余個交叉研究中心，在承擔(dān)國家層次的重大科研任務(wù)和解決國民關(guān)鍵問題上發(fā)揮了重要作用。

運(yùn)行學(xué)院，就是以學(xué)院為辦學(xué)實體，實行校院兩級管理。學(xué)校一級主要在宏觀戰(zhàn)略規(guī)劃、人事領(lǐng)導(dǎo)、財務(wù)調(diào)控、信息溝通、公共設(shè)施建設(shè)與服務(wù)、對外聯(lián)系與合作等方面發(fā)揮管理職能，使各個學(xué)院成為一個有機(jī)的整體，為實現(xiàn)學(xué)校的共同發(fā)展目標(biāo)而努力；同時，要打破陳規(guī)，賦予學(xué)院更大、更多的自主權(quán)，充分發(fā)揮學(xué)院在教學(xué)、科研方面的積極性與創(chuàng)造性。

學(xué)院的運(yùn)行須與三個因素相適應(yīng)：一是學(xué)院的規(guī)模和學(xué)科綜合度相適應(yīng)；二是與學(xué)校機(jī)關(guān)機(jī)構(gòu)設(shè)置和功能發(fā)揮相適應(yīng)；三是與學(xué)科歸并的具體情況相適應(yīng)。從總體上，我國當(dāng)前的多校區(qū)大學(xué)管理不宜過快地向?qū)W院放權(quán)，應(yīng)該等到融合較好、矛盾不至于激化到危及學(xué)校的實質(zhì)性合并時，再向?qū)W院一級下放管理權(quán)限。

在學(xué)院運(yùn)行方面，四川大學(xué)在院系重組過程中的做法比較好。該校只任命實體性院系領(lǐng)導(dǎo)，非實體性系所負(fù)責(zé)人完全由實體性院系自己任命。實體性學(xué)院都是教學(xué)、科研、行政、黨務(wù)等工作的基本管理單位，學(xué)院下設(shè)的系和所不是一級管理實體，不設(shè)黨政辦公室，系所負(fù)責(zé)人由學(xué)院任免，其級別不與行政級別掛鉤。從目前四川大學(xué)的運(yùn)轉(zhuǎn)來看，這種體制收到了較好的效果，顯示出了優(yōu)勢與潛力。