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miRNA在腫瘤早期診斷中的價(jià)值及其檢測(cè)技術(shù)進(jìn)展

2013-09-11 07:11:26陳光明宓現(xiàn)強(qiáng)
檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2013年3期
關(guān)鍵詞:信標(biāo)信息學(xué)特異性

徐 怡,陳光明,宓現(xiàn)強(qiáng)

(1.上海理工大學(xué)醫(yī)療器械與食品學(xué)院,上海 200093;2.中國(guó)科學(xué)院上海高等研究院,上海 201210)

惡性腫瘤是一種死亡率很高的疾病,2005年全球死亡人數(shù)5800萬(wàn)中死于癌癥的760萬(wàn),占總數(shù)13%[1-2]。據(jù)世界衛(wèi)生組織最近發(fā)表《世界癌癥報(bào)告》說(shuō),今后數(shù)年將是全球癌癥高發(fā)年份,如各國(guó)不采取緊急措施,到2020年全世界癌癥發(fā)病率將比現(xiàn)在增加50%,全球每年新增患者人數(shù)將達(dá)1500萬(wàn)人。解決腫瘤高死亡率的途徑之一是對(duì)腫瘤進(jìn)行有效的控制和預(yù)防,而控制和預(yù)防最大的難題是如何能盡可能早的發(fā)現(xiàn)腫瘤,從而針對(duì)性的采用最有效的手段進(jìn)行治療。

腫瘤患者死亡率的不斷升高,使得越來(lái)越多的研究人員致力于腫瘤研究,在其診斷和治療方面取得了不少進(jìn)展,其中腫瘤診斷方面,miRNA作為一種新的腫瘤標(biāo)志物是腫瘤診斷研究的熱點(diǎn)。

一、腫瘤標(biāo)志物的新熱點(diǎn)——miRNA及其檢測(cè)技術(shù)

1.miRNA簡(jiǎn)介及優(yōu)勢(shì) miRNA(microRNA,微小RNA)是在真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)內(nèi)源性的非編碼小分子RNA,存在于不同生物中,在Drosha R Nase的作用下由pri-miRNA剪切成為70~100個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的具有莖環(huán)結(jié)構(gòu)的pre-miRNA,pre-miRNA在Dicer酶作用下被剪切成19~25個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的成熟 RNA,即 miRNA[3]。成熟miRNA通過(guò)與目標(biāo)mRNA的3'端非編碼區(qū)(3'untranslated region,3'UTR)特異性互補(bǔ),導(dǎo)致mRNA翻譯受到抑制[4]。miRNA具有廣泛的基因調(diào)節(jié)功能,據(jù)統(tǒng)計(jì)miRNA調(diào)節(jié)了人類(lèi)30%基因功能[3],參與了一系列生命活動(dòng),包括細(xì)胞增殖及凋亡、器官形成、造血過(guò)程、發(fā)育進(jìn)程等,與腫瘤的發(fā)生、診斷、治療和預(yù)后等有著密切關(guān)系,腫瘤中超過(guò)50%的miRNAs基因位于染色體脆性位點(diǎn)或染色體擴(kuò)增、缺失或轉(zhuǎn)位區(qū)域[5],相比于蛋白質(zhì)標(biāo)志物,miRNA表達(dá)異常出現(xiàn)的更早(圖1),對(duì)早期診斷更加有利,也更適合作為作為腫瘤診斷標(biāo)志物,從而成為研究熱點(diǎn)之一[6-8]。

圖1 腫瘤過(guò)程及生物標(biāo)志物的確定

腫瘤標(biāo)志物檢測(cè)是真正能夠?qū)崿F(xiàn)腫瘤早期診斷的方法,miRNA的診斷優(yōu)勢(shì)從以下實(shí)驗(yàn)事例中有充分體現(xiàn),Maitra A等[9]的一項(xiàng)研究表明血清中miRNA能很好的區(qū)分腫瘤患者和健康人群,這為在血漿或血清中檢查miRNA表達(dá)的變化情況,為基于血液樣品的人類(lèi)癌癥檢測(cè)提供了依據(jù)。Mitchell,P.S 等[10]試圖通過(guò)實(shí)驗(yàn)方法確定來(lái)源于血漿和血清樣本的miRNA是否會(huì)有本質(zhì)的不同,該實(shí)驗(yàn)組的檢測(cè)樣本來(lái)自同一患者的同一次抽血。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明無(wú)論對(duì)血漿還是血清樣本進(jìn)行檢測(cè),miRNA都可以作為基于血液檢測(cè)的穩(wěn)定的標(biāo)志物。Keller等[11]對(duì)臨床454例不同疾病患者血清樣本進(jìn)行芯片分析,包括肺癌、前列腺癌、胰腺癌、黑色素瘤、卵巢癌、胃癌、腎母細(xì)胞瘤、胰腺腫瘤等腫瘤患者以及對(duì)照個(gè)體。結(jié)果顯示863種miRNAs中有多達(dá)62種miRNA在6種疾病中表達(dá)下調(diào);24種miRNA在14種疾病中表達(dá)下調(diào);同時(shí)也有121種miRNA在所有的14種疾病中正常表達(dá)。這一研究結(jié)果說(shuō)明miRNA對(duì)于腫瘤有很好的顯示作用,使得根據(jù)血清中miRNA的表達(dá)情況確定患者患病情況成為可能。Hennessey,P.T等[12]針對(duì)非小細(xì)胞肺癌的實(shí)驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn)血清中的2種miRNA:miR-15b和miR-27b的不同表達(dá)情況能夠很好的區(qū)分非小細(xì)胞肺癌和健康人群,并且特異性很高。該研究結(jié)果不僅證實(shí)了前人對(duì)于循環(huán)miRNA對(duì)篩查非小細(xì)胞肺癌有很重要的作用[12-14]的結(jié)論.同時(shí)也充分顯示血清中miRNA的不同表達(dá)情況對(duì)于非小細(xì)胞肺癌來(lái)說(shuō)具有很高的診斷價(jià)值,并且可能成為患者確診前的最有效的診斷依據(jù)。上述幾例實(shí)驗(yàn)充分證明miRNA是特異性很強(qiáng)的腫瘤早期診斷標(biāo)志物。Rui Liu等[15]用197例胰腺癌血清樣本,對(duì)胰腺癌早期標(biāo)志物進(jìn)行研究,結(jié)果顯示該研究組所選擇的7種miRNA同時(shí)檢測(cè)的準(zhǔn)確率為86.3%,而單獨(dú)的糖類(lèi)抗原(CA)19-9檢測(cè)準(zhǔn)確率為56.4%,癌胚抗原(CEA)僅為36.4%。這充分說(shuō)明miRNA相比于蛋白類(lèi)標(biāo)志物具有優(yōu)勢(shì),也從另一方面說(shuō)明多個(gè)靶分子同時(shí)檢測(cè)的重要性。

從上述實(shí)驗(yàn)事例可以看出miRNAs表達(dá)異常對(duì)腫瘤有很好的鑒別作用[5,16-17]。這為腫瘤實(shí)現(xiàn)早期診斷提供了方向。miRNA不僅在腫瘤的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中起到了重要的作用,可以作為癌癥診斷和預(yù)后判斷的重要標(biāo)志物。同時(shí)miRNA具有以下五大優(yōu)點(diǎn):(1)miRNA在正常人外周血中表達(dá)穩(wěn)定且可以穩(wěn)定存在,無(wú)顯著的個(gè)體差異[18-21];(2)血清或血漿中miRNA在室溫下孵育24 h或者以上、反復(fù)凍融(可高達(dá)8個(gè)凍融周期)、過(guò)酸、過(guò)堿、甚至煮沸條件下不易降解[22-28,10];(3)miRNA 表達(dá)水平的變化與惡性腫瘤的病理過(guò)程密切相關(guān);(4)血清中miRNA的異常表達(dá)可作為腫瘤細(xì)胞存在的直接證據(jù),具有很好的生物學(xué)標(biāo)志物價(jià)值[29-31];(5)miRNA相比于蛋白標(biāo)志物不僅檢測(cè)準(zhǔn)確率更高,且更易于實(shí)現(xiàn)多組分同時(shí)檢測(cè),優(yōu)越性明顯。

2.生物信息學(xué)在miRNA標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)及優(yōu)化中的作用 近年來(lái)隨著對(duì)miRNA研究的增多,不同物種中數(shù)以百計(jì)的miRNA已直接由克隆技術(shù)和計(jì)算方法確定,但是仍有很多miRNA由于相對(duì)分子質(zhì)量較小或者序列特異性等問(wèn)題不能僅僅依靠序列信息就可以確定,而是需要了解miRNA前體的結(jié)構(gòu)信息才可以確定[32-33]。生物信息學(xué)在這方面是一種非常有價(jià)值的研究方法[34]。生物信息學(xué)通過(guò)計(jì)算機(jī)和信息技術(shù)結(jié)合,對(duì)生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和計(jì)算,對(duì)于實(shí)驗(yàn)方法實(shí)驗(yàn)結(jié)果是一種非常有價(jià)值的補(bǔ)充。Mizuguchi,Y等[35]研究表明通過(guò)生物信息學(xué)所確定的miRNA相比于個(gè)體miRNA研究或者其他臨床病理研究等方法,對(duì)于高危人群的預(yù)后狀況分析效果更好。因此生物信息學(xué)技術(shù)能夠成為生物知識(shí)和臨床治療之間相結(jié)合的橋梁。生物信息學(xué)及其相關(guān)技術(shù)能夠促進(jìn)新的靶點(diǎn)的快速識(shí)別,從而可以推進(jìn)研究更快的進(jìn)入到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證階段[36]。

同時(shí)生物信息學(xué)在多靶點(diǎn)的確定方面有著不可忽視的作用。目前臨床上對(duì)于腫瘤標(biāo)志物診斷方法仍多為單組份檢測(cè),而單組份檢測(cè)存在特異性不高、靈敏度不強(qiáng)等缺陷,多組分同時(shí)檢測(cè)恰恰能夠克服單組份檢測(cè)的缺陷,靈敏度和特異性都有很大的提高。本文前面所提到Rui Liu等的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)也說(shuō)明多組分相比于單組份的優(yōu)勢(shì),而尋找同時(shí)檢測(cè)的多組分靶點(diǎn)也成為了非常重要的一部分,生物信息學(xué)對(duì)于新型標(biāo)志物miRNA的確定以及多靶點(diǎn)的組合方面有重要作用,根據(jù)生物信息學(xué)計(jì)算結(jié)果結(jié)合相關(guān)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)可以更快的確定腫瘤標(biāo)志物最佳組合,從而更快的推動(dòng)腫瘤標(biāo)志物多組分同時(shí)檢測(cè)。

3.用于腫瘤早期診斷的miRNA檢測(cè)技術(shù) 在腫瘤的早期診斷中,除了標(biāo)志物的選擇和檢測(cè)樣本的確定外,檢測(cè)方法也是提高腫瘤檢測(cè)特異性的一個(gè)很重要方面。目前miRNA的檢測(cè)有以下幾種方法,熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(RTPCR)、熒光原位雜交(FISH)等。其中RT-PCR檢測(cè)方法最為常用,主要分為探針?lè)ê腿玖戏?種,由于miRNA在血清中濃度低,因此反應(yīng)所需循環(huán)次數(shù)多,持續(xù)時(shí)間長(zhǎng)。目前國(guó)內(nèi)腫瘤核酸定量檢測(cè)試劑盒仍處于科學(xué)研究階段;FISH相對(duì)簡(jiǎn)單,國(guó)內(nèi)外已有腫瘤組織細(xì)胞檢測(cè)試劑盒,然而miR-NAs原位檢測(cè)系統(tǒng)相對(duì)較少,主要的原因是低拷貝、片段小。

分子信標(biāo)檢測(cè)技術(shù)是能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)miRNA進(jìn)行簡(jiǎn)便快速檢測(cè)的檢測(cè)方法。分子信標(biāo)是一段寡核苷酸,主要由4個(gè)部分組成:環(huán)、莖、熒光基團(tuán)和猝滅基團(tuán),分子信標(biāo)具有能夠很好的和靶點(diǎn)miRNA特異性結(jié)合的特點(diǎn),因此只有當(dāng)檢測(cè)樣本中存在檢測(cè)靶點(diǎn),分子信標(biāo)才會(huì)與之結(jié)合,與此同時(shí),分子信標(biāo)熒光基團(tuán)和猝滅基團(tuán)打開(kāi),從而可以檢測(cè)到熒光的存在。這一特點(diǎn)使得檢測(cè)的特異性大大提高。普通分子信標(biāo)常用的熒光基團(tuán)和猝滅基團(tuán)為傳統(tǒng)有機(jī)染料,但是有機(jī)染料存在著吸收光譜較寬,而發(fā)射光譜較窄、抗光漂白性較差等缺點(diǎn)[37]。為此,近年來(lái)很多學(xué)者和專(zhuān)家開(kāi)始更多的關(guān)注量子點(diǎn)技術(shù)。

量子點(diǎn)是一種無(wú)機(jī)納米材料,具有發(fā)光強(qiáng)度強(qiáng),經(jīng)過(guò)測(cè)定單個(gè)量子點(diǎn)比有機(jī)染料明亮大概10~20倍[38-39]、且具有發(fā)射波長(zhǎng)可以由自身尺寸大小變化而變化等優(yōu)點(diǎn),通過(guò)不同尺寸的量子點(diǎn)與分子信標(biāo)結(jié)合能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)多種miRNA的同時(shí)檢測(cè)。將量子點(diǎn)和分子信標(biāo)技術(shù)結(jié)合,能夠使兩者優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),非常便于實(shí)現(xiàn)建立快速、簡(jiǎn)便、高效的腫瘤標(biāo)志物早期診斷新技術(shù),對(duì)腫瘤的早期診斷的實(shí)現(xiàn)有重大的意義。

三、總結(jié)

綜上所述,腫瘤診斷方面影像學(xué)有不可忽視的作用,但是由于自身局限性很難實(shí)現(xiàn)早期診斷,而傳統(tǒng)標(biāo)志物診斷由于特異性不強(qiáng),靈敏度不高而影響診斷效果。檢測(cè)標(biāo)志物、檢測(cè)對(duì)象及檢測(cè)方法共同決定了惡性腫瘤的早期診斷效果,miRNA、生物信息學(xué)以及分子信標(biāo)檢測(cè)技術(shù)三者相結(jié)合,對(duì)于實(shí)現(xiàn)惡性腫瘤早期診斷有巨大的推動(dòng)作用。

[1]Srinivas PR,Kramer BS,Srivastava S.Trends in biomarker research for cancer detection[J].Lancet Oncol,2001,2(11):698-704.

[2]Cho WC.Contribution of oncoproteomics to cancer biomarker discovery[J].Mol Cancer,2007,6:25.

[3]Bartel DP.MicroRNAs:genomics,biogenesis,mechanism,and function[J].Cell,2004,116(2):281-297.

[4]李海明,施南峰.miRNA——一種新的調(diào)控基因表達(dá)的小分子 RNA[J].中國(guó)癌癥雜志,2006,16(8):675-678.

[5]Slack FJ,Weidhaas JB.MicroRNA in cancer prognosis[J].N Engl J Med,2008,359(25):2720-2722.

[6]Hampton T.MicroRNAs linked to pancreatic cancer[J].JAMA,2007,297(9):937.

[7]Zhang L,Coukos G.MicroRNAs:a new insight into cancer genome[J].Cell Cycle,2006,5(19):2216-2219.

[8]O'Driscoll L .The emerging world of microRNAs[J].Anticancer Res,2006,26(6B):4271-4278.

[9]Maitra A,Hruban RH.Pancreatic cancer[J].Annu Rev Pathol,2008,3:157-188.

[10]Mitchell PS,Parkin RK,Kroh EM,et al.Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection[J].Proc Nat Acad Sci USA,2008,105(30):10513-10518.

[11]Keller A,Leidinger P,Bauer A,et al.Toward the blood-borne miRNome of human diseases[J].Nat Methods,2011,8(10):841-843.

[12]Hennessey PT,Sanford T,Choudhary A,et al.Serum microRNA biomarkers for detection of nonsmall cell lung cancer[J].PLoS One,2012,7(2):e32307.

[13]Boeri M,Verri C,Conte D,et al.MicroRNA signatures in tissues and plasma predict development and prognosis of computed tomography detected lung cancer[J].Proc Natl Acad Sci USA,2011,108(9):3713-3718.

[14]Foss KM,Sima C,Ugolini D,et al.miR-1254 and miR-574-5p:serum-based microRNA biomarkers for early-stage non-small cell lung cancer[J].J Thorac Oncol,2011,6(3):482-488.

[15]Liu R,Chen X,Du Y,et al.Serum microRNA expression profile as a biomarker in the diagnosis and prognosis of pancreatic cancer[J].Clin Chem,2012,58(3):610-618.

[16]Zhu S,Wu H,Wu F,et al.MicroRNA-21 targets tumor suppressor genes in invasion and metastasis[J].Cell Res,2008(3),18:350-359.

[17]Hwang JH,Voortman J,Giovannetti E,et al.Identification of MicroRNA-21 as a biomarker for chemoresistance and clinical outcome following adjuvant therapy in resectable pancreatic cancer[J].PLoS ONE,2010,5(5):e10630.

[18]Mitchell PS,Parkin RK,Kroh EM,et al.Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection[J].Proc Natl Acad Sci USA,2008,105(30):10513-10518.

[19]Chim SS,Shing TK,Hung EC,et al.Detection and characterization of placental microRNAs in maternal plasma[J].Clin Chem,2008,54(3):482-490.

[20]Chen X,Ba Y,Ma L,et al.Characterization of microRNAs in serum:a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases[J].Cell Res,2008,18(10):997-1006.

[21]Resnick KE,Alder H,Hagan JP,et al.The detection of differentially expressed microRNAs from the serum of ovarian cancer patients using a novel real-time PCR platform[J].Gynecol Oncol,2009,112(1):55-59.

[22]Meng F,Henson R,Wehbe-Janek H,et al.Micro-RNA-21 regulates expression of the PTEN tumor suppressor gene in human hepatocellular cancer[J].Gastroenterology,2007,133(2):647-658.

[23]Gynecologic Oncology Group,Secord AA,Lee PS,et al.Maspin expression in epithelial ovarian cancer and associations with poor prognosis:a Gynecologic Oncology Group study[J].Gynecol Oncol,2006,101(3):390-397.

[24]Petrocca F,Visone R,Onelli MR,et al.E2 F1-regulated microRNAs impair TGFbeta-dependent cellcycle arrest and apoptosis in gastric cancer[J].Cancer Cell,2008,13(3):272-286.

[25]Skog J,Würdinger T,van Rijn S,et al.Glioblastoma microvesicles transport RNA and proteins that promote tumour growth and provide diagnostic biomarkers[J].Nat Cell Biol,2008,10(12):1470-1476.

[26]Lawrie CH,Gal S,Dunlop HM,et al.Detection of elevated levels of tumour-associated microRNAs in serum of patients with diffuse large B-cell lymphoma[J].Br J Haematol,2008,141(5):672-675.

[27]Hanson EK,Lubenow H,Ballantyne J.Identification of forensically relevant body fluids using a panel of differentially expressed microRNAs[J].Anal Biochem,2009,387(2):303-314.

[28]Wang J,Chen J,Chang P,et al.microRNAs in plasma of pancrestic ductal adencarcinoma patients as novel blood-based biomarkers of disease[J].CancerPev Res(Phila),2009,2(9):807-813.

[29]Valadi H,Ekstr?m K,Bossios A,et al.Exosomemediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells[J].Nat Cell Biol,2007,9(6):654-659.

[30]Hunter MP,Ismail N,Zhang X,et al.Detection of microRNA expression in human peripheral blood microvesicles[J].PLoS ONE,2008,3(11):e3694.

[31]Yuan A,F(xiàn)arber EL,Rapoport AL,Tejada D,et al.Transfer of microRNAs by embryonic stem cell microvesicles[J].PLoS ONE,2009,4(3):e4722.

[32]Brameier M,Wiuf C.Ab initio identification of human micro RNAs based on structure motifs[J].BMC Bioinformatics,2007,8:478,

[33]Arshad S,Mumtaz A,Ahmad F,et al.Mi-DISCOVERER:a bioinformatics tool for the detection of mi-RNA in human genome[J].Bioinformation,2010,5(6):271-6.

[34]Sewer A,Paul N,Landgraf P,et al.Identification of clustered microRNAs using an ab initio prediction method[J].BMC Bioinformatics,2005,6:267.

[35]Mizuguchi Y,Mishima T,Yokomuro S,et al.Sequencing and bioinformatics-based analyses of the microRNA transcriptome in hepatitis B-related hepatocellular carcinoma[J].PLoS One,2011,6(1):e15304.

[36]Ghosh Z,Chakrabarti J,Mallick B.miRNomics-the bioinformatics of micro RNA genes[J].Biochem Biophys Res Commun,2007,363(1):6-11.

[37]Fiber,F(xiàn).,& Engi-,C.(2007).Adaption of Au Nanoparticles and CdTe Quantum Dots in DNA,15(029624),791-794.

[38]Chan WC,Nie S.Quantum dot bioconjugates for ultrasensitive nonisotopic detection[J].Science,1998,281(5385):2016-2018.

[39]Bruchez M,Moronne M,Gin P,et al.Semiconductor nanocrystals as fluorescent biological labels[J].Science,1998,281(5385):2013-2016.

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