顧順章叛變后，中央特科必須重新進(jìn)行大的整頓。1931年6月10日，周恩來(lái)主持召開(kāi)中共中央政治局會(huì)議，指出：“特委工作雖然有它許多成績(jī)，給予黨以不少保護(hù)作用，但終于因顧順章一個(gè)人的叛變，遂使全部工作發(fā)生動(dòng)搖，這不能不說(shuō)是特委工作本身的錯(cuò)誤的結(jié)果?！睘榱苏D特科，中共中央決定：“特委的負(fù)責(zé)人必須以政治堅(jiān)定、黨籍較長(zhǎng)，有斗爭(zhēng)歷史的干部特別是工人干部擔(dān)任?！?/p>

陳云在協(xié)助周恩來(lái)處理顧順章叛變過(guò)程中顯示出他的工作能力，他本人又具備中央規(guī)定的上述條件。因此，中共中央決定：由周恩來(lái)、陳云、康生、潘漢年、鄺惠安重新組成中央特別工作委員會(huì)，領(lǐng)導(dǎo)中央特科的工作。但6月21日又發(fā)生中共中央總書(shū)記向忠發(fā)因擅自在外面過(guò)夜而被捕，供出周恩來(lái)在小沙渡路的住處。周恩來(lái)雖及時(shí)撤離，但在上海已很難繼續(xù)存身。不久，中央決定周恩來(lái)停止工作，等候轉(zhuǎn)移到中央蘇區(qū)去。這時(shí)，陳云在危難之際挑起了重建中央特科的重?fù)?dān)。陳云回憶說(shuō)：“1931年顧順章叛變以后，我是特科主任，康生叫‘老板’，潘漢年叫‘小開(kāi)’，我叫‘先生’。一直到1932年我去搞工會(huì)工作，康生接任?？瞪髞?lái)走了，以后就是潘漢年負(fù)責(zé)?！?/p>

如何從顧順章叛變的致命打擊中開(kāi)辟新的工作局面？陳云首先從改變中央特科（代號(hào)叫“新新公司”）的工作方式人手。特科工作應(yīng)當(dāng)深入社會(huì)，完全同黨的其他組織隔離，基本人員要少而精。由于過(guò)去特科組織與工作人員在黨內(nèi)并沒(méi)有嚴(yán)格隔離，陳云主持特科工作后，首先改變這種狀況。他根據(jù)少而精的原則，調(diào)整內(nèi)部組織，將已有一定程度暴露、不宜繼續(xù)做秘密工作的主要干部李強(qiáng)、李克農(nóng)、陳賡等調(diào)離上海；同時(shí)撤銷第四科，將通訊電臺(tái)的工作移交中央秘書(shū)處，其余三個(gè)科進(jìn)行精簡(jiǎn)縮編。陳云兼一科科長(zhǎng)，潘漢年兼二科科長(zhǎng)，康生兼三科科長(zhǎng)。他又改變特科的活動(dòng)方式，要求一切工作人員的社會(huì)職業(yè)必須是真實(shí)的，有著落的，從而能夠深入社會(huì)活動(dòng)，通過(guò)社會(huì)活動(dòng)建立起各種社會(huì)關(guān)系，以這些社會(huì)關(guān)系掩護(hù)特科的工作。同時(shí)采取更嚴(yán)密的防范措施，強(qiáng)調(diào)單線聯(lián)系，嚴(yán)格限制相互之間的往來(lái)。“當(dāng)時(shí)特科同志之間，除相互之間有一二人的聯(lián)系外，并無(wú)其他聯(lián)系”。

陳云花了幾千塊錢(qián)，由一些同情革命的可靠人士出面，辦了一二十個(gè)小鋪?zhàn)樱⒉荚谏虾８鱾€(gè)地區(qū)，以做買(mǎi)賣(mài)的形式掩護(hù)特科人員的往來(lái)接頭。比如，他在上海紅廟路派人開(kāi)了一個(gè)木器家具店，像一個(gè)舊貨商店的樣子。那時(shí)在白色恐怖嚴(yán)重的上海，中央經(jīng)常要根據(jù)形勢(shì)的變化，設(shè)立或撤銷某個(gè)機(jī)關(guān)。有了這個(gè)木器店，“機(jī)關(guān)搬家的時(shí)候，東西都弄到它那里去，要成立機(jī)關(guān)，沒(méi)有家具又可搬來(lái)，很方便，是倉(cāng)庫(kù)，又做商店，又接頭”。

陳云自己在哪里辦事？他自己回憶說(shuō)：“上海山海關(guān)路的印刷所是我當(dāng)時(shí)的辦事機(jī)關(guān)?！边@個(gè)地下印刷所的老板是李偉基。1928年冬，李偉基到上海，在新閘路星星印刷所做事。陳云知道后，到上海找過(guò)他。李偉基這樣回憶：“有一天他與我講，他和我合開(kāi)一家小型印刷所”，“他先給我300元，要我出面籌備”。“在山海關(guān)路肇慶里17號(hào)，借了一間統(tǒng)廂房，買(mǎi)了兩部小型印刷機(jī)”，“取名新生印刷所”。“名義上他負(fù)責(zé)內(nèi)務(wù)，我擔(dān)任業(yè)務(wù)，也雇了一位青年工友和收了一個(gè)學(xué)徒，大模大樣地做起假老板來(lái)了”。李偉基說(shuō)的這位“青年工友”，就是特科人員李士英，在這個(gè)印刷所當(dāng)校對(duì)。據(jù)李士英回憶：“我和陳云同志會(huì)面時(shí)，他穿一件長(zhǎng)褂子，外面套一件短背心，戴一頂紅帽子”，儼然一個(gè)賬房先生。陳云后來(lái)說(shuō)：這個(gè)印刷所從來(lái)沒(méi)有被破壞過(guò)。

“開(kāi)鋪?zhàn)幼鲑I(mǎi)賣(mài)”，使中央特科有了比較可靠的社會(huì)根基，更利于開(kāi)展隱蔽斗爭(zhēng)。共產(chǎn)國(guó)際代表曾對(duì)陳云這種辦法給以充分肯定，說(shuō)：“這個(gè)人花了幾千元，搞了一二十個(gè)鋪?zhàn)樱C明這個(gè)人不簡(jiǎn)單。”對(duì)于特科這些工作方式的變化，一個(gè)當(dāng)年的國(guó)民黨特務(wù)在回憶錄中感嘆道：“實(shí)行新的隱蔽策略之后，把我們?cè)诠颤h中所建立的線索，一下割斷了，于是我們的耳朵又失靈了，眼睛又失明了。我們只知道共黨的地下組織已經(jīng)變了，但是怎樣變？何人負(fù)責(zé)？機(jī)關(guān)設(shè)在哪里？一切具體情況，我們便茫然無(wú)知?！?/p>

特科的組織機(jī)構(gòu)和工作方式作了初步改變后，陳云同潘漢年等又集中力量研究如何重新恢復(fù)和建立情報(bào)工作。打入敵人內(nèi)部收集情報(bào)的工作，在顧順章叛變后一度停頓。為了保衛(wèi)中共中央的安全，必須盡快重建。長(zhǎng)期在中央特科工作的陳養(yǎng)山回憶說(shuō)：“在陳云同志親自籌劃下，集中一切力量，千方百計(jì)利用社會(huì)關(guān)系，終于在（上海）警備司令部、法英巡捕房等機(jī)構(gòu)重新建起反間情報(bào)關(guān)系。這個(gè)階段雖僅一年時(shí)間，但各項(xiàng)工作很快恢復(fù)，成效很顯著?！?/p>

周恩來(lái)在總結(jié)中央特科工作時(shí)說(shuō)過(guò)：“特科工作之最主要部分，是要深入到敵人營(yíng)壘中去，尤其是直接摧殘革命組織的反動(dòng)機(jī)關(guān)，更是我們首先要打入的對(duì)象?！备鶕?jù)這一指示，陳云指導(dǎo)特科首先想方設(shè)法打入國(guó)民黨政府的上海警備司令部。這是一個(gè)負(fù)責(zé)破壞中共組織的重要機(jī)構(gòu)。國(guó)民黨當(dāng)局這時(shí)正準(zhǔn)備接待歐洲某國(guó)的一位王子，要找會(huì)講法語(yǔ)的人當(dāng)翻譯。陳云和潘漢年便利用這一機(jī)會(huì)，派遣鮑文蔚去當(dāng)法文秘書(shū)，由此結(jié)識(shí)同警備司令部有些聯(lián)系的人士，進(jìn)而又同警備司令部軍法處一個(gè)錄事建立聯(lián)系，這一關(guān)系在了解向忠發(fā)被捕后確已叛變并被秘密處決的事情上起了重要作用。

向上海國(guó)民黨市黨部派遣人員，這是陳云直接主持進(jìn)行的。據(jù)潘漢年回憶說(shuō)：“那時(shí)，吳開(kāi)先主持市黨部組織部。他破壞我黨的惡毒手法之一，就是發(fā)動(dòng)自首，發(fā)展內(nèi)奸。特科需要了解這一具體情況?！标愒?、吳開(kāi)先的同鄉(xiāng)沈壽亞，“大革命時(shí)是跨國(guó)共兩黨的黨員?！囊欢笤陉愒祁I(lǐng)導(dǎo)下做工會(huì)工作?！薄?931年陳云領(lǐng)導(dǎo)特科工作，沈到吳開(kāi)先的組織部當(dāng)文書(shū)。陳云同他談話，要他長(zhǎng)期埋伏在吳處搞情報(bào)。”開(kāi)始時(shí)，沈壽亞得不到重要情報(bào)，后來(lái)他升任組織科登記員，不久又當(dāng)了科員?！斑@時(shí)他能看到有共產(chǎn)黨員秘密去市黨部自首的登記表，就向組織報(bào)告?！迸藵h年“便讓他相機(jī)向吳開(kāi)先建議：自首登記表應(yīng)與一般黨員登記表格分別處理保存，并建議自首登記者應(yīng)有相片存底。此說(shuō)果被吳采納，升調(diào)他專職保管自首登記表格。從此，他定期向組織報(bào)告黨員和革命團(tuán)體成員去組織部秘密自首登記者的姓名、職務(wù)、年齡等情況，必要時(shí)還向組織提供自首者的相片?！边@一工作起了重要作用。例如，張浩（即林育南，大革命時(shí)期的工會(huì)領(lǐng)袖）的妻弟“向國(guó)民黨市黨部登記自首”后，“敵人布置他繼續(xù)與張浩來(lái)往，足見(jiàn)敵方意在發(fā)現(xiàn)張浩上下左右關(guān)系，然后一網(wǎng)打盡”。中央得此密報(bào)后，要沈壽亞“將登記存底和相片弄出作證”，他都做到了。

為了做好情報(bào)工作，陳云特別注意建立各種社會(huì)關(guān)系與工作關(guān)系，收到明顯效果。前面提到，同陳云在商務(wù)印書(shū)館一起領(lǐng)導(dǎo)過(guò)罷工斗爭(zhēng)的章郁庵，即章秋陽(yáng)，在“四一二”政變后曾在上海報(bào)紙上刊登過(guò)一則啟事，大概聲明他不是“共產(chǎn)黨員”或者“共產(chǎn)主義不適于中國(guó)”這類話。然后即去他大哥章培（國(guó)民黨浙江保安團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)）處當(dāng)軍需官。是否中央要他這樣做的，陳云并不清楚，“因?yàn)檫@樣重要的秘密事情，只能是上海區(qū)黨委或者中央幾位領(lǐng)導(dǎo)同志知道，如趙世炎、羅亦農(nóng)等”?！囊欢院螅h曾經(jīng)派過(guò)一些黨員到國(guó)民黨內(nèi)部做秘密工作，這是確切無(wú)疑的。1927年夏天，陳云到杭州與章秋陽(yáng)見(jiàn)過(guò)面，但他沒(méi)有同陳云講這件事。陳云認(rèn)為：“按照黨的秘密工作原則，他也無(wú)權(quán)對(duì)我說(shuō)明?！闭虑镪?yáng)當(dāng)軍需官期間，曾經(jīng)掩護(hù)了一些共產(chǎn)黨員，后在上海交易所當(dāng)經(jīng)紀(jì)人。顧順章叛變后，陳云同他建立了聯(lián)系，就讓他利用其“合法身份收集情報(bào)”。他除介紹陳云、潘漢年同他哥哥章乃器會(huì)面，討論金融問(wèn)題外，還“利用他的地位，在幫助黨處理大宗外匯兌換上起到秘密掩護(hù)作用，而這是別人難以做到的”。后來(lái)，陳云從長(zhǎng)征途中奉命返回上海工作時(shí)的住所以及同先前到達(dá)上海的潘漢年的聯(lián)系，都是章秋陽(yáng)負(fù)責(zé)安排的。這個(gè)時(shí)候，章秋陽(yáng)完全知道陳云在中國(guó)共產(chǎn)黨內(nèi)擔(dān)任的重要職務(wù)。陳云后來(lái)對(duì)章秋陽(yáng)這樣評(píng)價(jià)：“我們即使今天無(wú)法證明他當(dāng)時(shí)是否有黨籍，但是很清楚，他是緊密團(tuán)結(jié)在黨的周圍，做了大量黨員所應(yīng)該做的工作?！?/p>

由于顧順章、向忠發(fā)的叛變，中共中央在上海的活動(dòng)非常艱難。這時(shí)，留在上海的中共中央委員和中央政治局委員都已不到半數(shù)。1931年9月下旬，根據(jù)共產(chǎn)國(guó)際遠(yuǎn)東局的提議，并報(bào)經(jīng)共產(chǎn)國(guó)際批準(zhǔn)，中共臨時(shí)中央政治局在上海成立。

臨時(shí)中央由博古、張聞天、康生、陳云、盧福坦、李竹聲六人組成，博古、張聞天和盧福坦三人為常委，博古負(fù)總責(zé)。10月中旬，王明先離開(kāi)上海，前往莫斯科。12月上旬，周恩來(lái)也離開(kāi)上海，前往中央革命根據(jù)地首府江西瑞金。

上海臨時(shí)中央政治局成立后，中央特別工作委員會(huì)也作了調(diào)整，成員有陳云、康生、潘漢年、陳壽昌和楊森。在陳云的領(lǐng)導(dǎo)下，中央特科在嚴(yán)重白色恐怖的艱難環(huán)境中，苦撐危局，繼續(xù)忠誠(chéng)地保衛(wèi)著中共中央機(jī)關(guān)的安全。