單 迪 鄭吉龍 任 鵬 李 軍
(中國刑警學(xué)院 遼寧 沈陽 110035)
微量血痕中18SrRNA與ACTBmRNA變化的時間規(guī)律性研究
單 迪 鄭吉龍 任 鵬 李 軍
(中國刑警學(xué)院 遼寧 沈陽 110035)
制備不同時間的血痕樣品,采用實時定量PCR檢測不同時間點18SrRNA和ACTB mRNA含量,并進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)在10周內(nèi),隨血痕經(jīng)過時間延長,18SrRNA基因片段和ACTBmRNA基因片段發(fā)生了較明顯降解,具有一定的時間規(guī)律性。18SrRNA基因片段較ACTB mRNA降解速度快。采用實時定量PCR技術(shù)檢測18SrRNA和ACTBmRNA含量變化,為推斷血痕經(jīng)過時間提供了新的方法和客觀依據(jù)。
實時定量PCR 血痕形成時間 18SrRNA ACTB 降解
血痕作為犯罪現(xiàn)場最常見的物證,其形成時間往往與犯罪發(fā)生時間密切相關(guān)。血痕經(jīng)過時間的研究國內(nèi)外均有報道,這也一直是法醫(yī)學(xué)界尤其是法醫(yī)病理學(xué)研究的重點和熱點。本實驗采用實時定量PCR的實驗技術(shù)對血痕中的18SrRNA與ACTBmRNA變化進(jìn)行定量檢測,以探索用實時定量PCR推斷血痕經(jīng)過時間的可行性方法。
1.1 檢測血樣的制備
選取健康成年男性、女性各20名(年齡在18~20歲之間)的靜脈血,分別滴于載玻片上,每張載玻片滴5μL,制作成血痕,置室內(nèi)環(huán)境(不遮蔽光線)。除1個對照組于取血后即刻取材外,其余以放置時間不同,隨機(jī)分為8個實驗組,即分別放置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10周組,每組20張玻片。實驗期間室內(nèi)環(huán)境變化不加以人為控制,每周監(jiān)測并記錄室內(nèi)溫、濕度具體變化情況。
1.2 模板DNA的提取、純化
采用手術(shù)刀片將載玻片上制備的待檢血痕刮下,收集到1.5mL EP管中。每個樣品管加500μL裂解液,離心2000~3000rpm,30s,加入10μL蛋白酶K(10mg/mL)。樣品室溫孵育40min,中間輕輕震蕩,肉眼觀察到其成茶色,50℃孵育40min,中間每管追加10μL蛋白酶K。孵育過程中輕輕震蕩混勻,至肉眼觀血渣全部溶解。將樣品放入70℃加熱器上裂解35min,中間輕輕震蕩混勻。每個樣品加入磁珠30μL震蕩血樣、裂解液和磁珠的混合液,使其充分接觸反應(yīng)8min。將樣品高速震蕩后,快速放置到磁力架上,靜置1~2min,可觀察到磁珠立刻吸附到管壁靠近磁力架的一側(cè),用移液器小心吸棄管中液體,中間注意不要震動磁珠。每個樣品管加入裂解液300μL,高速震蕩,洗滌磁珠,洗滌1~2min后將管放到磁力架上,待磁珠吸附到一側(cè)管壁后,用移液器小心吸棄管內(nèi)液體。此步重復(fù)2次,共洗滌3次。第3次洗液洗滌后,將樣品管管蓋打開,室溫?fù)]發(fā)管內(nèi)殘存液體,持續(xù)時間5~20min。每管加入溶解液350μL,將樣品管放到65℃加熱塊上,反應(yīng)8~10min,洗脫磁珠吸附的DNA。震蕩混勻磁珠與洗脫液的混合液,將樣品管放到磁力架上,用移液器將洗脫液轉(zhuǎn)移到標(biāo)記好的新EP管中。
1.3 實時定量PCR檢測
1.3.1 引物和探針設(shè)計合成
引物和探針為AB公司設(shè)計合成,引物序列和探針結(jié)合序列詳見表。
表 待檢基因位點18SRNA與ACTB的引物序列和探針結(jié)合序列
1.3.2 real time PCR實驗方法
Stage1∶AmpErase UNG活化。50.0℃ 2min,Ramp Rate∶Auto,Reps∶1。
Stage2:AmpliTaq Gold DNA聚合酶活化95.0℃10min,Ramp Rate∶Auto,Reps∶1。
Stage3:PCR擴(kuò)增(共40個循環(huán)) 95.0℃ 15s (溶解),60℃ 1min(退火/延伸),Reps∶40。
1.4 數(shù)據(jù)檢測與分析
反應(yīng)結(jié)束后,進(jìn)入 result窗口的擴(kuò)增曲線(amplification plot)頁面,選擇自動分析(Auto Ct),查看自動分析的實驗圖譜。此次反應(yīng)所有標(biāo)準(zhǔn)品點幾乎落在一條直線上,此次絕對定量的數(shù)據(jù)結(jié)果可信。同時采用用EXCEL軟件對18SrRNA和ACTB mRNA隨著時間的延長的參數(shù)值變化規(guī)律進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析,做線性回歸,得出相關(guān)系數(shù),獲得回歸方程。
2.1 18SrRNA基因位點隨時間降解變化
在10周的時間范圍內(nèi),一定的環(huán)境條件下,血痕中的18SrRNA的相對含量隨時間延長而逐漸下降。第10周時幾乎檢測不到血痕中的18SrRNA的相對含量。
2.2 ACTB基因位點隨時間降解變化趨勢
ACTB降解變化趨勢:ACTB基因位點的降解變化基本同18SrRNA基因位點相同。
2.3 人血痕經(jīng)過時間與18SrRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
在10周的時間范圍內(nèi),一定的環(huán)境條件下,血痕中的18SrRNA的相對含量隨時間延長而逐漸下降。第10周時幾乎檢測不到血痕中的18SrRNA的相對含量。經(jīng)EXCEL軟件相關(guān)分析,女性和男性18SrRNA的相對含量與時間決定系數(shù)(R2)分別為為0.903和0.9374,18SrRNA的相對含量隨著時間的延長而呈下降趨勢,兩者之間存在著較強(qiáng)的負(fù)相關(guān),18SrRNA的相對含量與時間具有密切相關(guān)關(guān)系,回歸方程見圖1、圖2。
圖1 20名女性血痕經(jīng)過與18SrRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
圖2 20名男性血痕經(jīng)過時間與18SrRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
2.4 人血痕經(jīng)過時間與ACTBmRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
在10周的時間范圍內(nèi),一定的環(huán)境條件下,血痕中的ACTBmRNA的相對含量隨時間延長而逐漸下降,其下降趨勢與 18SrmRNA基本相同,但18SrRNA基因片段較ACTBmRNA基因片段降解速度快。第10周時幾乎檢測不到血痕中的ACTBRNA的相對含量。經(jīng)EXCEL軟件相關(guān)分析,女性和男性ACTBmRNA的相對含量與時間決定系數(shù)(R2)分別為0.8285和0.7603,ACTBmRNA的相對含量隨著時間的延長而呈下降趨勢,兩者之間存在著較強(qiáng)的負(fù)相關(guān),ACTBmRNA的相對含量與時間具有密切相關(guān)關(guān)系,回歸方程見圖3、圖4。
圖3 20名女性血痕經(jīng)過時間與ACTBmRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
圖4 20名男性血痕經(jīng)過時間與ACTBmRNA相對含量的變化趨勢回歸分析
2002年至今,國內(nèi)外學(xué)者陸續(xù)報道了使用流式細(xì)胞儀、計算機(jī)圖像技術(shù)檢測組織細(xì)胞中DNA降解變化推斷細(xì)胞離體時間的方法,但存在DNA降解檢測靈敏度低、準(zhǔn)確率低,在不同的實驗室實驗數(shù)據(jù)重復(fù)性差、研究時間范圍局限在一周內(nèi)等缺點。按照理論假設(shè),不同體積的血痕中DNA總量不同,但18SrRNA基因位點與ACTB基因位點的相對含量應(yīng)該是穩(wěn)定的,因而可以應(yīng)用檢測二者Ct比值變化推測血痕形成時間。本研究使用反轉(zhuǎn)錄實時定量PCR的方法檢測10周內(nèi)血痕,發(fā)現(xiàn)隨血痕經(jīng)過時間的延長,RNA總量逐漸降解,18SrRNA相對于β-actin mRNA含量隨時間延長逐漸下降。提示本研究利用實時定量PCR檢測方法具有靈敏度高、精確性高的優(yōu)點,能夠檢測出微量DNA檢材并且精確的檢測出其含量,因而可以對較長時間降解程度較嚴(yán)重的血痕DNA進(jìn)行定量分析,從而拓寬了時間推斷范圍。
本研究表明在10周內(nèi),一定的環(huán)境條件下,血痕中18SrRNA和β-actinmRNA隨時間發(fā)生了降解變化。本實驗選擇的兩段特異性DNA片段18SrRNA基因片段和ACTB基因片段隨時間的延長均發(fā)生了較明顯降解,但18SrRNA基因片段較ACTB基因片段降解速度快。18SrRNA和β-actinmRNA是廣泛存在于各種真核細(xì)胞生物的一類看家基因,其序列功能高度保守且表達(dá)數(shù)量豐富。18SrRNA在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)含量豐富,一個細(xì)胞內(nèi)有數(shù)千拷貝。且?guī)缀跏菃为毚嬖谟谟啥鄠€小核糖體組成的復(fù)雜的核糖體蛋白合成物中,如同DNA分子外表有組蛋白保護(hù)。18SrRNA可以隔絕RNA酶和其他化學(xué)因子對其自身的侵襲,使得18SrRNA可以在細(xì)胞未破損或核糖體未裂解時保持相對穩(wěn)定。而成熟β-actinmRNA主要也游離在胞質(zhì)中,含量不如18SrRNA豐富,且容易降解,半衰期短。通過電子顯微鏡觀察,這種多聚結(jié)合體并不十分緊密,中間有明顯空隙,這樣易于受到外界環(huán)境干擾,穩(wěn)定性較差。因此,18SrRNA和β-actinmRNA均為本研究提供了合適的實驗樣本。
為了更接近實戰(zhàn),本實驗并沒有嚴(yán)格控制可能影響血痕降解過程的溫度、濕度、光照強(qiáng)度等室內(nèi)環(huán)境因素,以求模擬實際案例中室內(nèi)現(xiàn)場的血痕,并探索在多個條件變量的綜合作用下,定量檢測到血痕降解變化的可行方法。實驗的研究結(jié)果標(biāo)明,該方法可以客觀反映現(xiàn)實環(huán)境中血痕18SrRNA與ACTB的時間變化規(guī)律。當(dāng)然,無法判斷其中任一因素變化,對血痕降解變化的具體影響。今后的研究,可以固定其中多個變量,研究單一變量對血痕降解的影響,獲得更系統(tǒng)的數(shù)據(jù)變化規(guī)律,來支持該方法在血痕經(jīng)過時間推斷中理論和實踐應(yīng)用。
[1]鄭吉龍,李曉娜,張曉東,等.應(yīng)用單細(xì)胞凝膠電泳測定人血痕淋巴細(xì)胞降解的實驗研究[J].中國法醫(yī)學(xué)雜志,2007,22(3).
[2]Johnson LA,F(xiàn)erris JA.Analysis of postmortem DNA degradation by single-cell gel electrophroesis (SCGE)[J].ForensicSciInt.2002,126(1).
[3]Anderson S,Howard B,HobbsGR,et al.A method for determining the age of a bloodstain[J].ForensicSciInt.2005,148(1).
[4]SlomaMS,Nyghrd O.Chemical accessibility of 18SrRNA in native ribosomal complexes:interaction sites ofmRNA,tRNA and translation factors[J].Biol Chem, 2001,382(4).
(責(zé)任編輯:于 萍)
D913
A
2013-12-26
公安部重點研究計劃項目(編號:2011ZDYJXJXY005)。
單迪(1980-),男,遼寧沈陽人,中國刑警學(xué)院講師,碩士,主要從事法醫(yī)學(xué)研究。