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NF-κB結(jié)合元件缺失對(duì)NOX1啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄活性的影響*

2014-08-13 12:06:28吳煒景徐采云黃文杰
中國病理生理雜志 2014年10期
關(guān)鍵詞:螢光泳道質(zhì)粒

吳煒景, 李 理, 徐采云, 黃文杰△

(1福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院呼吸內(nèi)科,福建 泉州 362000; 2廣州軍區(qū)廣州總醫(yī)院呼吸內(nèi)科,廣東 廣州 510010)

煙酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶(NADPHoxidase,NOX/DUOX)家族是產(chǎn)生ROS的重要來源,是急性肺損傷過程中誘導(dǎo)產(chǎn)生細(xì)胞氧化應(yīng)激的主要參與者。本實(shí)驗(yàn)室的前期研究表明,采用代表性的炎癥因子TNF-α刺激肺泡Ⅱ型上皮細(xì)胞來源的A549細(xì)胞,可觀察到放大的炎癥反應(yīng)和過度的氧化應(yīng)激,造成細(xì)胞凋亡水平上升,細(xì)胞存活率下降[1-2]。因此,明確NOX/DUOX家族基因的表達(dá)機(jī)制,是炎癥反應(yīng)時(shí)調(diào)控其衍生的ROS維持在適當(dāng)水平、減輕內(nèi)源性氧化損傷的基礎(chǔ)。在以高氧誘導(dǎo)的急性肺損傷小鼠模型中,NOX1在肺泡上皮細(xì)胞氧化損傷中的作用可能大于NOX2[3]。我們前期的研究提示NF-κB可能參與了TNF-α誘導(dǎo)的肺泡上皮細(xì)胞氧化損傷[2, 4],我們推測(cè)其與NOX1的轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。鑒此,本研究采用生物信息學(xué)分析技術(shù),獲取NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)NF-κB結(jié)合元件序列,通過構(gòu)建相應(yīng)的含NOX1啟動(dòng)子區(qū)及NF-κB結(jié)合元件缺失的啟動(dòng)子區(qū)螢光素酶重組載體,探討該NF-κB對(duì)NOX1基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控作用。

材 料 和 方 法

1 細(xì)胞培養(yǎng)

A549細(xì)胞由廣州軍區(qū)廣州總醫(yī)院醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)科細(xì)胞庫提供,在含10%滅活小牛血清、1×105U/L青霉素和100mg/L鏈霉素的RPMI-1640培養(yǎng)基中置于37 ℃、5% CO2、飽和濕度條件下的培養(yǎng)箱中培養(yǎng),2~3 d傳代1次,取處于對(duì)數(shù)生長期的細(xì)胞用于實(shí)驗(yàn)。

2 主要試劑

RPMI-1640高糖培養(yǎng)基、胰酶和小牛血清購自HyClone;重組人TNF-α購自PeproTech; Lipofectamine 2000和Opti優(yōu)化培養(yǎng)基購自Invitrogen;PCR試劑購自康為世紀(jì)公司;PCR引物由英駿公司合成;核酸marker DL2000、marker DL10000、瓊脂糖、DNA提取試劑盒、膠回收試劑盒和質(zhì)粒抽提試劑盒購自寶生物公司;pGL3螢光素酶報(bào)告基因載體、pRL-TK螢光素酶報(bào)告基因載體、雙螢光素酶報(bào)告基因檢測(cè)系統(tǒng)、T4 DNA ligase、KpnⅠ和HindⅢ購自Promega;大腸桿菌DH5α 由廣州軍區(qū)總醫(yī)院醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)科提供;胰化蛋白胨、酵母提取物和氨芐青霉素購自Sigma;DNA測(cè)序由華大基因研究院完成。

3 主要方法

3.1生物信息學(xué)分析 根據(jù)GenBand提供的NOX1基因DNA序列的CDS(GenBank Accession: NG_012567.1/GI:254939587),確定翻譯起始位點(diǎn)為ATG,將該位點(diǎn)定義為+1,提取其5’上游約1 500 bp的序列。登錄http://www.gene-regulation.com,采用Alibaba 2.1軟件分析上述序列,NOX1近端啟動(dòng)子區(qū)約1 500 bp范圍內(nèi)可預(yù)測(cè)到2個(gè)NF-κB結(jié)合元件。元件1稱為NOX1/NF-κB1,位于-1 095~-1 086,核心序列為5’-CAGGAAAAC-3’;元件2稱為NOX1/NF-κB2:位于-261~-252,核心序列為5’-TAAAATCCCC-3’,見圖1。我們運(yùn)用EMSA證實(shí)NOX1/NF-κB1不具有與TNF-α探針的結(jié)合活性(結(jié)果未列),故將翻譯起始位點(diǎn)上游-236至-323的序列作為缺失位點(diǎn)。

Figure 1. Identification of NF-κB responsive cis-acting elements in the proximal promoter of human NOX1 gene.

3.2重組載體構(gòu)建 (1) 采用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計(jì)引物,用于擴(kuò)增NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)全段約1 415 bp,上游和下游引物分別引入KpnⅠ和HindⅢ酶切位點(diǎn),序列及產(chǎn)物長度見表1,橫線部分為KpnⅠ和HindⅢ酶切位點(diǎn)。(2) 采用上述軟件設(shè)計(jì)用于擴(kuò)增NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)A段和B段的特異性引物,分別稱為AF、AR和BF、BR。AF和BR端分別引入KpnⅠ和HindⅢ酶切位點(diǎn),AR和BF含有重疊部分可將A段和B段連接,產(chǎn)物約1 327 bp,較全長片段缺少-236至-323的序列。引物序列及產(chǎn)物長度見表1。(3) PCR擴(kuò)增NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)全段、A段和B段: 按試劑盒說明書提取A549細(xì)胞基因組DNA,超微量分光光度計(jì)NanoDrop定量。反應(yīng)體系:2×PCR Pre-Master Buffer 10 μL,F(xiàn)orward Primer 0.5 μL,Reverse Primer 0.5 μL,Template DNA 3.0 μL,dH2O 6.0 μL,total 20.0 μL。反應(yīng)條件:95 ℃ 30 s,95 ℃ 30 s,51 ℃ 30 s,72 ℃ 60 s,共40個(gè)循環(huán),72 ℃ 10 min。(4)重疊PCR連接NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)A段和B段并擴(kuò)增A+B段:按試劑盒說明書將上述A段和B段的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物(分別為NOX1-A和NOX1-B)依次行電泳、回收、純化。連接A段和B段的反應(yīng)體系:2×PCR Pre-Master Buffer 10.0 μL,NOX1-A 1.5 μL,NOX1-B 1.5 μL,dH2O 12.0 μL,total 25.0 μL。反應(yīng)條件:95 ℃ 30 s,95 ℃ 30 s,51 ℃ 30 s,72 ℃ 60 s,共5個(gè)循環(huán),72 ℃ 2 min,4 ℃ 10 min。擴(kuò)增A+B段的反應(yīng)體系:在上述反應(yīng)產(chǎn)物中加入2×PCR Pre-Master Buffer 10.0 μL,Primer AF 0.5 μL,Primer BR 0.5 μL,dH2O 14.0 μL,總體系至50.0 μL。反應(yīng)條件:95 ℃ 30 s,95 ℃ 30 s,51 ℃ 30 s,72 ℃ 60 s,共35個(gè)循環(huán),72 ℃ 10 min。(5) 含NOX1近端啟動(dòng)子區(qū)的重組pGL3載體的構(gòu)建:將NOX1基因近端啟動(dòng)子區(qū)全片段、A+B片段和pGL3空載體進(jìn)行KpnⅠ和HindⅢ位點(diǎn)的雙酶切、電泳及回收,獲取純化的目的片段和pGL3線性載體,分光光度計(jì)定量。以T4 DNA連接酶將目的片段與pGL3線性載體連接,將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)入大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞,涂板培養(yǎng),搖菌并抽提質(zhì)粒。將質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切、電泳初步鑒定,同時(shí)送華大基因研究院DNA測(cè)序、比對(duì)。比對(duì)正確的質(zhì)粒分別命名為“全長載體pGL3-NOX1-1415”和 “缺失載體pGL3-NOX1-1327”。

表1 引物序列

3.3細(xì)胞螢光素酶活性測(cè)定 按照下法配制轉(zhuǎn)染液:取pGL3重組質(zhì)粒4.0μg和pRL-TK0.4μg加入到250μL的Opti優(yōu)化培養(yǎng)基,室溫靜置5min;取Lipofectamine2000 10μL加入到250μLOpti優(yōu)化培養(yǎng)基,室溫靜置5min;兩者混勻,室溫靜置20min,用完全培養(yǎng)基稀釋至1mL/well后再次靜置20min即可用于轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)。

將細(xì)胞分為a組:轉(zhuǎn)染pGL3空質(zhì)粒;b組:轉(zhuǎn)染pGL3-NOX1-1415質(zhì)粒;c組:轉(zhuǎn)染pGL3-NOX1-1327質(zhì)粒;將細(xì)胞以2×108/L接種于6孔板,待貼壁細(xì)胞的融合度達(dá)到50%,傾去培養(yǎng)基,將上述轉(zhuǎn)染液加入細(xì)胞培養(yǎng)孔,繼續(xù)培養(yǎng)6h后停止轉(zhuǎn)染,傾去轉(zhuǎn)染液,以PBS輕輕洗滌3次,瞬時(shí)轉(zhuǎn)染結(jié)束,繼續(xù)以含TNF-α(10μg/L)的無血清培養(yǎng)基刺激24h,收獲細(xì)胞。按試劑盒說明書裂解細(xì)胞,Biocell多功能酶標(biāo)儀先后測(cè)定螢火蟲螢光素酶活性(記為A1)和海腎螢光素酶活性(記為A2),A1/A2即為螢光素酶活性,表示插入啟動(dòng)子的活性。

4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

應(yīng)用SPSS 13.0軟件包分析。數(shù)據(jù)以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(mean±SD)表示,所有數(shù)據(jù)均進(jìn)行方差齊性檢驗(yàn)。采用單因素方差分析進(jìn)行組間均數(shù)比較,滿足方差齊性的多重比較采用LSD法。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

結(jié) 果

1 重組質(zhì)粒pGL3-NOX1-1415和pGL3-NOX1-1327的雙酶切電泳結(jié)果

各片段PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖2所示:a泳道為片段A,約1 100 bp;b泳道為片段B,約250 bp,c泳道為片段A+B,約1 300 bp;d泳道為全長片段,約1 400 bp。缺失片段A+B較全長片段電泳速度快,提示分子量稍小,缺失成功。

Figure 2. Electrophoresis image of different PCR products. Marker: DL2000; a: fragment A; b: fragment B; c: fragment A+B; d: NOX1 promoter.

全長載體pGL3-NOX1-1415雙酶切產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖3所示:a泳道為全長片段;b泳道為空質(zhì)粒pGL3;c泳道為質(zhì)粒pGL3-NOX1-1415;d泳道為雙酶切產(chǎn)物。位于泳道d的2條酶切產(chǎn)物分別與全長片段、空質(zhì)粒pGL3處于同一水平,提示該載體確實(shí)由兩者重組而成。

Figure 3. Electrophoresis image of pGL3-NOX1-1415. Marker: DL10000; a: NOX1 promoter; b: pGL3; c: pGL3-NOX1-1415; d: products of double digestion.

缺失載體pGL3-NOX1-1327雙酶切產(chǎn)物電泳結(jié)果如圖4所示:a泳道為缺失片段A+B;b泳道為空質(zhì)粒pGL3;c泳道為質(zhì)粒pGL3-NOX1-1327;d泳道為雙酶切產(chǎn)物。位于泳道d的2條酶切產(chǎn)物分別與缺失片段A+B、空質(zhì)粒pGL3處于同一水平,提示該載體確實(shí)由兩者重組而成。

Figure 4. Electrophoresis image of pGL3-NOX1-1327. Marker: DL10000; a: fragment A+B; b: pGL3; c: pGL3-NOX1-1327; d: products of double digestion.

2 重組質(zhì)粒pGL3-NOX1-1415和pGL3-NOX1-1327的測(cè)序結(jié)果的對(duì)比

2個(gè)重組質(zhì)粒的測(cè)序結(jié)果分別經(jīng)NCBI數(shù)據(jù)庫比對(duì),序列正確,載體構(gòu)建成功。圖5所示為核心序列對(duì)比,圖5A為缺失載體pGL3-NOX1-1327,圖5B為全長載體pGL3-NOX1-1415,藍(lán)線所示為兩者共有序列,紅線所示即為缺失片段,圖5A不含該序列,NF-κB結(jié)合元件缺失成功。

Figure 5. Sequence comparison of pGL3-NOX1-1415 and pGL3-NOX1-1327. A: pGL3-NOX1-1327; B: pGL3-NOX1-1415. The blue underline shows the same sequence of these 2 vectors. The red underline shows the deleted sequence.

3 細(xì)胞螢光素酶活性的比較

單因素方差分析結(jié)果顯示,分別轉(zhuǎn)染pGL3空質(zhì)粒、pGL3-NOX1-1415質(zhì)粒和pGL3-NOX1-1327質(zhì)粒后,經(jīng)TNF-α刺激的A549細(xì)胞螢光素酶活性的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.01)。轉(zhuǎn)染pGL3-NOX1-1415質(zhì)粒和pGL3-NOX1-1327質(zhì)粒的A549細(xì)胞螢光素酶活性較轉(zhuǎn)染空質(zhì)粒的A549細(xì)胞增強(qiáng)(85.500±3.619vs20.500±1.643, 61.500±3.782vs20.500±1.643),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。轉(zhuǎn)染缺失NF-κB結(jié)合元件的pGL3-NOX1-1327質(zhì)粒細(xì)胞螢光素酶活性較轉(zhuǎn)染pGL3-NOX1-1415質(zhì)粒明顯降低,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),見圖6。

Figure 6. The luciferase activity of the cells transfected with different plasmids.A: pGL3 group; B: pGL3-NOX1-1415 group; C: pGL3-NOX1-1327 group. Mean±SD.n=6. *P<0.05 vs A; #P<0.05 vs B.

討 論

炎癥反應(yīng)及其誘發(fā)的氧化應(yīng)激是ALI/ARDS重要的發(fā)病機(jī)制,針對(duì)ALI患者的肺組織保護(hù)策略,進(jìn)行有效抗感染治療的同時(shí)對(duì)機(jī)體免疫系統(tǒng)合理干預(yù),將過度的炎癥反應(yīng)和氧化應(yīng)激維持在適當(dāng)水平,對(duì)于保持肺結(jié)構(gòu)細(xì)胞完整性同等重要。明確氧化應(yīng)激相關(guān)基因的表達(dá)機(jī)制,找到其調(diào)控靶點(diǎn)從而調(diào)節(jié)ALI氧化應(yīng)激損傷,可能比單一補(bǔ)充細(xì)胞因子拮抗劑或抗氧化劑效果更好。

NOX1基因是NOX/DUOX家族的重要成員,是調(diào)控ALI時(shí)上皮細(xì)胞ROS生成的主要基因。本實(shí)驗(yàn)室前期研究中,以TNF-α刺激肺泡II型上皮細(xì)胞A549,觀察到細(xì)胞上清液中促炎細(xì)胞因子IL-1β、IL-6、IL-8及抑炎細(xì)胞因子IL-4、IL-10表達(dá)水平均上調(diào),氧化物質(zhì)活性氧、丙二醛生成增加,抗氧化物質(zhì)超氧化物歧化酶、總谷胱甘肽消耗增多,提示炎癥反應(yīng)放大的同時(shí)誘發(fā)過度的氧化應(yīng)激,且存在細(xì)胞凋亡水平上調(diào)的現(xiàn)象[1-2]。上述實(shí)驗(yàn)過程較好地模擬了急性肺損傷發(fā)生時(shí)II型上皮細(xì)胞的炎癥環(huán)境。在該模型上,我們發(fā)現(xiàn)經(jīng)TNF-α誘導(dǎo)的A549細(xì)胞NOX1基因與NF-κBp65基因表達(dá)上調(diào)趨勢(shì)相同,提示NF-κB可能參與急性肺損傷過程中NOX1的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。Lee等[5]指出小鼠巨噬細(xì)胞NOX1啟動(dòng)子區(qū)含有NF-κB結(jié)合位點(diǎn),NF-κB可能是NOX1表達(dá)的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子,其調(diào)控作用具有細(xì)胞特異性。本研究進(jìn)一步采用常用的生物信息學(xué)軟件分析獲得NOX1基因近端啟動(dòng)子的2個(gè)NF-κB結(jié)合元件,該結(jié)果與Manea等[6]預(yù)測(cè)的位點(diǎn)相似。該團(tuán)隊(duì)采用CHIP、熒光載體構(gòu)建等技術(shù)證實(shí),在TNF-α刺激的動(dòng)脈平滑肌上皮細(xì)胞中,NF-κB與NOX1基因翻譯起始位點(diǎn)上游-258~267區(qū)域結(jié)合,活化NOX1基因的轉(zhuǎn)錄。因此,本實(shí)驗(yàn)將包含該核心位點(diǎn)在內(nèi)的翻譯起始位點(diǎn)上游-236~-323區(qū)域作為缺失目的序列。

報(bào)告基因是用于研究啟動(dòng)子與轉(zhuǎn)錄因子相互作用的常用工具。pGL3質(zhì)粒帶有螢火蟲螢光素酶的編碼區(qū),但不含啟動(dòng)子和增強(qiáng)子,將目的啟動(dòng)子片段插入該質(zhì)粒,活化的轉(zhuǎn)錄因子與該啟動(dòng)子區(qū)結(jié)合可編碼螢光素酶生成,通過檢測(cè)螢光素酶的活性,可間接反應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子對(duì)該啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄活性。本研究克隆NOX1近段啟動(dòng)子區(qū)約1 400 bp并插入該載體,構(gòu)建含NOX1基因啟動(dòng)子全長片段的質(zhì)粒pGL3-NOX1-1415,轉(zhuǎn)染進(jìn)入A549細(xì)胞后經(jīng)TNF-α刺激24 h,可觀察到其螢光素酶活性較轉(zhuǎn)染空質(zhì)粒顯著升高,提示TNF-α刺激后NOX1基因表達(dá)明顯增強(qiáng)。

NF-κB作為一種具有多向轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)作用的核因子,廣泛參與免疫、炎癥、氧化應(yīng)激、細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡等生理病理過程,也是急性肺損傷發(fā)生、發(fā)展過程中炎癥-氧化應(yīng)激環(huán)路中重要的調(diào)控節(jié)點(diǎn)。TNF-α是ALI過程出現(xiàn)的促炎癥細(xì)胞因子之一,能促發(fā)“瀑布式炎癥級(jí)聯(lián)反應(yīng)”,活化其它細(xì)胞因子的釋放過程[7]。研究表明,TNF-α可以通過與細(xì)胞膜上特異性受體TNFR1結(jié)合,激活“RIP1-MEKK3-TAK1-IKK”通路,使胞漿中無活性的NF-κB/I-κB二聚體解離;或者通過與TNFR2結(jié)合,募集可降解I-κB的細(xì)胞凋亡抑制因子cIAP-1 和cIAP-2,活化NF-κB的核轉(zhuǎn)位。活化后的NF-κB在細(xì)胞核內(nèi)與靶基因的啟動(dòng)子結(jié)合,調(diào)控其轉(zhuǎn)錄[8]。NF-κB的靶基因包括NOX2[9]、誘導(dǎo)型一氧化氮合酶[10]、環(huán)氧化酶2[11]、超氧化物歧化酶[12]、谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶[13]等促氧化和抗氧化相關(guān)基因。本研究預(yù)測(cè)NOX1為NF-κB的靶基因,并以TNF-α作為獨(dú)立因素刺激A549細(xì)胞,模擬ALI誘發(fā)的細(xì)胞炎癥-氧化損傷,將NF-κB結(jié)合元件的位置明確為翻譯起始位點(diǎn)上游-236至-323的區(qū)域,核心序列位于-261 至 -252,為5’-TAAAATCCCC-3’。我們采用重疊延伸PCR技術(shù),成功獲得含NOX1近端啟動(dòng)子區(qū)部分片段缺失的“缺失載體”pGL3-NOX1-1327。同時(shí)熒光素酶檢測(cè)結(jié)果顯示,載體pGL3-NOX1-1327啟動(dòng)子區(qū)活性較pGL3-NOX1-1415明顯下調(diào),這提示-236~323區(qū)域(NF-κB結(jié)合元件所在區(qū)域)含有可被轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合并活化的有效元件;缺少該片段的NOX1基因啟動(dòng)子活性降低。

綜上,本研究應(yīng)用載體構(gòu)建技術(shù)和重疊延伸PCR技術(shù),成功構(gòu)建含NOX1啟動(dòng)子全長片段的pGL3-NOX1-1415及缺失了該啟動(dòng)子區(qū)的有活性NF-κB結(jié)合元件的pGL3-NOX1-1327,為后續(xù)NOX1基因啟動(dòng)子區(qū)的研究奠定了分子生物學(xué)基礎(chǔ)。缺失NF-κB元件的NOX1基因啟動(dòng)子區(qū)轉(zhuǎn)錄活性下調(diào),提示在TNF-α誘導(dǎo)肺泡上皮細(xì)胞炎癥反應(yīng)繼發(fā)的氧化應(yīng)激損傷中,NF-κB參與了NOX1基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控,其具體的結(jié)合位點(diǎn)及活性有待后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中運(yùn)用EMSA、ChIP等技術(shù),從蛋白-DNA結(jié)合的角度進(jìn)一步驗(yàn)證。探討NF-κB對(duì)NOX1的調(diào)控機(jī)制有助于我們了解急性肺損傷發(fā)生時(shí)以TNF-α為代表的炎癥因子誘發(fā)的結(jié)構(gòu)細(xì)胞氧化應(yīng)激損傷機(jī)制,為急性肺損傷在基因?qū)用娴脑\治研究奠定基礎(chǔ)。

[參 考 文 獻(xiàn)]

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