許 麗,梁 文,李 妍,任淑貞,丁 敏,劉 剛
(上海市計量測試技術研究院,上海 201203)
質粒分子標準物質是一種含有外源目的基因片段的重組分子[1],具有制備成本低,易于富集,穩(wěn)定性好的優(yōu)點。由于微生物檢測領域部分陽性樣品難以獲得,帶有特異性目標檢測基因的質粒分子標準物質,成為解決病原微生物分子生物學檢測量值溯源問題的途徑之一,廣泛應用于各種PCR檢測領域[2]。本文研制的阪崎腸桿菌檢測質粒DNA標準物質在PCR定性定量檢測中可以作為陽性對照或者定量標準,解決了相關分子生物學檢測實驗室陽性樣品缺乏的難題。本文主要報道了該標準物質在定值過程中的數據統(tǒng)計和不確定評定過程。
根據JJF 1343——2012《標準物質定值的通用原則及統(tǒng)計學原理》[3]的要求,我們選擇第三類定值方案:使用一種或多種已經證明準確性的方法,由多個實驗室合作定值。具體的定值方法分為兩種:
1)紫外分光光度法(UV)。核酸分子含有嘌呤環(huán)和嘧啶環(huán)的共軛雙鍵,其紫外可見吸收光譜在260nm附近有一強的吸收峰。針對雙鏈DNA,樣品濃度和吸光值之間有以下關系:雙鏈DNA樣品濃度(ng/μL)=OD260×核酸稀釋倍數×50,其中 OD260為核酸在260nm處的吸光值[4]。
2)高分辨電感耦合等離子體質譜(HR-ICP-MS)。由于DNA分子結構可知,對于序列已知的DNA分子,DNA分子中磷元素的含量和DNA分子的數量有固定線性關系。在DNA中,每個堿基對應一個磷原子,分子中磷元素含量(質量分數)可由下式計算:磷元素含量(P%)=堿基數×磷的原子量÷DNA分子量。因此可以通過測定DNA樣品中的磷元素的含量換算出DNA的濃度,DNA濃度可由下式計算:DNA濃度=實驗測定的磷元素含量÷DNA分子含磷量(P%)[5]。
在質粒DNA標準物質的研制過程中,一共有9家實驗室參與了合作定值,本文報道了數據統(tǒng)計過程,并對實驗結果的影響因素進行了分析,對測量結果的不確定度進行了評定。
微量核酸蛋白定量儀(nanodrop ND-2000);紫外分光光度計(Lambda950);電感耦合等離子體發(fā)射質譜儀(Thermo Fisher Element2)。
重鉻酸鉀溶液標準物質(GBW(E)081609,標準值0.099 9 mol/L,相對不確定度為0.2%);磷標準溶液(NIST,SRM3139a,10.016±0.033mg/L)等。
一共有8家實驗室使用UV法對質粒DNA標準物質進行定值,其中有1家實驗室采用HR-ICPMS法。每家實驗室分別對質粒DNA標準物質,平行測定8次,進行定值分析。
1.2.1 UV測定質粒DNA標準物質
實驗步驟:1)用TE緩沖液作為空白溶液,使紫外分光光度計校正為零點;2)取適量DNA(根據儀器的需要)進行檢測,記錄儀器讀數,濃度單位為ng/μL;3)每個樣品檢測8次,記錄實驗結果。
1.2.2 HR-ICP-MS測定質粒DNA標準物質
在采用元素分析法對DNA定量之前,首先要確定質粒DNA具有足夠的純度,繼而需要根據質粒DNA標準物質的堿基組成和序列長度,計算其中磷元素的含量,這樣就能估算適合的稀釋倍數。在本實驗中,我們最終將實驗室研制的質粒DNA標準物質稀釋2000倍,從而落在HR-ICP-MS最優(yōu)的P元素檢測范圍[6-7]。 以磷標準溶液(NIST,SRM3139a)制備1~5 ng/mL范圍標準曲線,對質粒DNA標準物質進行定量檢測。經過一系列的研究和優(yōu)化,最終確定HR-ICP-MS主要技術參數:冷卻氣流量16.86L/min,霧化氣流量為1.123L/min,輔助氣流量為0.99L/min,功率1350W。每個樣品檢測8次,并記錄實驗結果。
在得到測定結果后,根據統(tǒng)計方法要求[3,8]對測定結果進行統(tǒng)計處理。通過統(tǒng)計學評估的數據如表1所示。
表1 質粒DNA標準物質pXL06定值結果1)
質粒DNA標準物質的定值過程帶來的不確定度uchar包括數據統(tǒng)計引入的不確定度uchar1和通過對定值方法中測量影響因素進行分析評定的不確定度uchar2。
質粒DNA標準物質由數據統(tǒng)計引入的不確定度即是使用兩種方法,由9家實驗室合作定值數據統(tǒng)計引入的不確定度。由于確認的特性值恰好是各組平均值的平均值(即各組數據不存在平均值和標準偏差的不一致性),即如下式所示:
式中:——總平均值;
Yi——各組數據的平均值;
p——實驗室數目。
那么,與平均值的平均值相關的合成標準不確定度的基礎是標準偏差,可由下式獲得:
合成標準不確定度為
相對不確定度為
2.2.1 UV方法測量影響因素引入的不確定度
用UV對質粒標準物質進行定值,檢測時儀器利用液體的表面張力特性控制樣品池中的樣品量,因此測量影響因素引入的不確定度即為儀器本身引入的不確定度。
本文用重鉻酸鉀溶液標準物質(GBW(E)081609)考察了紫外分光光度計在257 nm處吸光值的準確性,其中相對標準偏差為0.02%,即該相對不確定度為 0.02%(見表 2)。
表2 吸光值準確性考察
2.2.2 HR-ICP-MS方法測量影響因素引入的不確定度
1)數學模型的建立
充分考慮樣品檢測過程中的各種影響因素,建立不確定評估模型如下:
式中:c——質粒DNA標準物質濃度;
cs——由標準曲線求得樣品液中P含量;
Vs——檢測時樣品最終體積;
V——吸取質粒DNA標準物質原液體積;
9.6%——質粒DNA分子中P元素含量(由堿基數×磷的原子量÷DNA分子量計算得出)。
其中質粒DNA標準物質濃度標準不確定度用uc(c)表示,由標準曲線計算的樣品液中P含量標準不確定度用uc(cs)表示,樣品溶液制備體積不確定度用uc(Vs)表示,吸取質粒標準物質原液時引入的不確定度用uc(V)表示。由此得到的相對標準不確定度傳播率為
2)cs不確定度的計算
cs的不確定度由兩部分組成:當由5種P標準溶液的質量濃度(1,2,3,4,5 ng/mL)與 P 標準物質產生的信號強度擬合的直線求得cs時測量所產生的不確定度;由標準貯備液配制成5種質量濃度標準溶液時所產生的對cs測量所產生的不確定度。
①由擬合曲線求得cs時所產生的不確定度uc,1(cs)
用HR-ICP-MS測定質粒標準物質中的P含量,利用 P標準物質(NIST,SRM3139a)配制 5種標準 溶 液 ,P 質 量 濃 度 分 別 為 1,2,3,4,5 ng/mL,用HR-ICP-MS對上述5種P標準溶液進行測定,結果見表3。
表3 各質量濃度下P標準物質質譜信號豐度測量值
根據測定結果建立標準曲線,經過線性擬合得出:
式中:A——質譜信號豐度;
cm——溶液中P元素的含量。
對cs進行8次測量,通過曲線方程求得cs=3.57ng/mL,則cs的標準不確定度[9-10]為
式中B1=3514.8;
P=8(對cs進行 8 次測量),n=5(共 5 次測量);
將上述各值代入式(8)得到:
②配制P標準工作溶液的不確定度uc(c5)
以5ng/mL標準工作溶液為例闡述不確定度的大小,其配制步驟為:用最大量程為1 mL的移液器移取 1mL P 標準溶液(10.016±0.33)mg/L,定容至10 mL,配成1 mg/L的標準溶液,稀釋因子為f1=10;用上述1mL的移液器移取1mg/L P標準溶液1mL,定容至10mL,配成0.1mg/L的標準溶液,稀釋因子為f2=10;用上述1mL的移液器移取0.1mg/L P標準溶液1 mL,定容至10 mL,配成0.01 mg/L的標準溶液,稀釋因子f3=10;用最大量程為5mL移液器移取0.01mg/L的標準溶液5mL,定容至10mL,配成5ng/mL標準工作溶液,稀釋因子f4=2,則:
所以:
(B)1mL移液器移取1mL時引入的不確定度uc(V1)
(C)10mL 容量瓶引入的不確定度 uc(V10)
(D)最大量程為5 mL的移液器移取5 mL時引入的不確定度 uc(V5)
所以:
將上述值代入式(9),則:
則質粒DNA標準物質cs的相對不確定度合成為
3)樣品溶液制備體積 Vs的不確定度 uc(Vs)
樣品溶液制備過程如下:取5μL質粒標準物質原液,定容至10mL,則稀釋倍數為2000倍。
①由10 μL移液器移取5 μL時產生的不確定度 uc(V0.005)
(B)移液器和溶液的溫度與校正時溫度不同引起的不確定度 uc,2(V1):實驗室溫度控制在(20±3)℃(置信水平為95%),水的體積膨脹系數為2.1×10-4/℃,因此產生的體積變化為±3×5×2.1×10-4=±0.0032μL,按照均勻分布轉化:
則:
②10mL容量瓶引入的不確定度uc(V10)
所以,樣品溶液體積Vs引入的相對不確定度合成為
4)吸取質粒標準物質原液時引入的不確定度uc(V)
吸取質粒標準物質原液時引入的不確定度:
因此將式(10)、式(11)、式(12)代入式(6),得到HR-ICP-MS檢測質粒DNA標準物質的相對標準不確定度為:
2.2.3 兩種方法測量過程影響因素引入的合成相對不確定度
將紫外方法和HR-ICP-MS方法測量過程影響因素引入的相對不確定度進行合成:
最終,將定值過程引入的相對不確定度合成:
合成不確定度 uchar=75.1×1.4%=1.05ng/μL。 取包含因子 k=2,則擴展不確定度 U=2×1.05=2.1 ng/μL,相對擴展不確定度為2.8%(k=2)。因此,測得的質粒DNA 標準物質的濃度表示為:(75.1±2.1)ng/μL(k=2)。
表4 各相對不確定度分量計算結果
本文應用UV和HR-ICP-MS兩種方法,對質粒DNA標準物質進行定值,為了得到更準確的實驗結果,并且結果可以溯源至國際單位。本文以一種質粒DNA為例,綜合考慮了實驗過程中影響結果的各種因素,探討了此類定值方法過程中的不確定來源,最終對不確定度的評定方法和步驟進行了分析。
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