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云南傣族與廣西侗族18個(gè)STR基因座的遺傳多態(tài)性

2015-01-02 06:28孫啟凡王英元程寶文趙興春李彩霞山西醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)院太原0000公安部物證鑒定中心北京市現(xiàn)場物證檢驗(yàn)工程技術(shù)研究中心云南省公安廳通訊作者mailyejian77com
關(guān)鍵詞:基因座多態(tài)法醫(yī)學(xué)

王 瑋,孫啟凡,張 濤,王英元,程寶文,趙興春,李彩霞,葉 健(山西醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)院,太原0000;公安部物證鑒定中心北京市現(xiàn)場物證檢驗(yàn)工程技術(shù)研究中心;云南省公安廳;通訊作者,E-mail:yejian77@6.com)

短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeat,STR)在人類基因組中分布廣泛、多態(tài)信息含量高、適合復(fù)合擴(kuò)增、分析方法簡便,已被廣泛用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和親子鑒定。由于STR遺傳標(biāo)記在不同人群中的多態(tài)性分布存在差異,所以當(dāng)應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)鑒定時(shí),必須通過群體遺傳學(xué)調(diào)查得到法醫(yī)學(xué)參數(shù)[1],評(píng)估其應(yīng)用價(jià)值。本文應(yīng)用DNATyperTM19試劑盒[2]對(duì)云南傣族及廣西侗族兩個(gè)民族共計(jì)170份無關(guān)個(gè)體的血樣DNA進(jìn)行18個(gè)常染色體STR基因座復(fù)合擴(kuò)增,得到了這兩個(gè)群體的18個(gè)STR基因座的遺傳多態(tài)信息,為個(gè)人識(shí)別、親權(quán)鑒定及群體遺傳學(xué)提供基礎(chǔ)資料。

1 資料與方法

1.1 樣本來源及DNA提取

隨機(jī)選取云南傣族和廣西侗族的無關(guān)個(gè)體靜脈血樣共計(jì)170份,其中傣族100份,由云南省公安廳提供;侗族70份,根據(jù)“知情同意”的原則,采集自廣西三江侗族自治縣。新鮮外周靜脈血按QIAamp?DNA Blood Midi Kit說明書(Qiagen,德國)提取血樣的DNA。

1.2 PCR擴(kuò)增及檢驗(yàn)

DNA按照DNA TyperTM19試劑盒(公安部物證鑒定中心)說明書,應(yīng)用ABI9700擴(kuò)增儀進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增18個(gè)STR基因座和1個(gè)性別基因座,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3130XL遺傳分析儀(AB公司,美國)進(jìn)行檢測,使用Gene mapperID v3.2軟件進(jìn)行基因分型。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

應(yīng)用Modified-Powerstates分析軟件[3]對(duì)群體數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)處理,得到18個(gè)STR基因座等位基因頻率、匹配概率(Pm)、個(gè)體識(shí)別能力(DP)、非父排除率(PE)、多態(tài)信息含量(PIC)雜合度(H)、Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn),并計(jì)算累積隨機(jī)匹配概率,累計(jì)個(gè)體識(shí)別能力(TDP)、累計(jì)非父排除率(CPE)等法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)。

2 結(jié)果

2.1 等位基因頻率

傣族基因頻率分布在0.005-0.600之間(見表1)、侗族在0.007-0.493 之間(見表2)。

表1 傣族18個(gè)STR基因座等位基因頻率 (n=100)Table 1 Allele frequency at the 18 STR loci in the Dai population of Yunnan (n=100)

表2 廣西侗族人群18個(gè)STR基因座等位基因頻率 (n=70)Table 2 Allele frequency of the 18 STR loci in the Dong population of Guangxi (n=70)

2.2 法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)

云南傣族和廣西侗族的18個(gè)STR基因座的雜合度、匹配概率、個(gè)人識(shí)別能力、多態(tài)信息含量、非父排除概率等群體遺傳學(xué)指標(biāo)見表3、表4。

3 討論

云南和廣西是少數(shù)民族聚居較多的地區(qū),進(jìn)行少數(shù)民族的STR位點(diǎn)遺傳多態(tài)性分析,在人類學(xué)、民族學(xué)、法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域有重要的應(yīng)用價(jià)值。在本文調(diào)查了云南傣族和廣西侗族的18個(gè)STR基因座的基因頻率,經(jīng)χ2檢驗(yàn),云南傣族所有基因座基因型頻率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),廣西侗族18個(gè)STR基因座中,除D19S433的P值小于0.05,其余17個(gè)基因座P值均大于0.05,符合Hardy-Weinberg平衡。Hardy-Weinberg平衡設(shè)定的條件是足夠大的隨機(jī)人群中,沒有因遷移、自然選擇或基因突變的發(fā)生,下一代基因型和上一代一樣,沒有大的變化,然而在少數(shù)民族中,民族間表達(dá)出極高的內(nèi)部聯(lián)姻,在較大的混合群體中少數(shù)部分彼此間婚配,產(chǎn)生一個(gè)相對(duì)獨(dú)立的生殖群時(shí),就會(huì)偏離Hardy-Weinberg 平衡[1]。有文獻(xiàn)報(bào)道[4,5],15 個(gè)基因座中出現(xiàn)一個(gè)基因座偏離Hardy-Weinberg平衡,并不影響該群體的法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)的計(jì)算。筆者推測出現(xiàn)1個(gè)基因座偏離Hardy-Weinberg平衡與研究的樣本背景有關(guān)。本次調(diào)查的廣西侗族樣本采自廣西三江縣的侗族人群,該地區(qū)人群具有“小聚集”的特點(diǎn),并且在人群聚集點(diǎn)采集,可能難以達(dá)到Hardy-Weinberg平衡的理想條件。

表3 云南傣族人群18個(gè)STR基因座法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù) (n=100)Table 3 Forensic statistical parameters of the 18 STR loci in the Dai population of Yunnan (n=100)

表4 云南傣族人群18個(gè)STR基因座法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù) (n=70)Table 4 Forensic statistical parameters of the 18 STR loci in the Dong population of Guangxi (n=70)

在18個(gè)基因座中,雜合度:傣族在0.500-0.910之間,侗族在0.614-0.914之間;匹配概率:傣族在0.034-0.225 之間,侗族在 0.026-0.228 之間;累積隨機(jī)匹配概率:傣族為1.75×10-21,侗族為1.24×10-20個(gè)人識(shí)別能力傣族均不小于0.775,侗族均不小于0.772;累計(jì)個(gè)人識(shí)別能力:傣族與侗族均大于99.999 999 999 999 999 999 99%;多態(tài)信息含量:傣族均不小于0.530,侗族均不小于0.560;非父排除概率:傣族在0.188-0.816之間,侗族在0.308-0.825之間;累積非父排除概率:傣族為0.999 999 990,侗族為0.999 999 933。以上法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)表明這18個(gè)STR基因座無論在傣族或侗族都是一組具有高雜合性、高鑒別力及高度多態(tài)性的遺傳標(biāo)記,可滿足這兩個(gè)群體在個(gè)體識(shí)別、親權(quán)鑒定及群體遺傳學(xué)等研究的需要。

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