閘雯俊,王芳芳,李三和,胡剛,陳志軍,劉凱,周雷,楊國才,游艾青
摘要:三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運蛋白(ATP-binding cassette, ABC)廣泛分布于各種生物體中,是最大的膜蛋白家族之一。在昆蟲中,ABC轉(zhuǎn)運子不僅在分子轉(zhuǎn)運過程中有重要的功能,同時在殺蟲劑抗性、代謝和發(fā)育中都起到重要的作用。克隆和鑒定了褐飛虱(Nilaparvata lugens St?覽l, BPH)ABCG基因 (NlABCG),結(jié)果表明NlABCG基因全長1 222 bp, 含有一個長度為789 bp的開放閱讀框,編碼263個氨基酸。NlABCG蛋白與內(nèi)華達古白蟻(Zootermopsis nevadensis) ABCG的同源性最高,達到69%。利用qRT-PCR 檢測NlABCG基因在褐飛虱不同發(fā)育階段和不同組織中的表達,發(fā)現(xiàn)NlABCG 轉(zhuǎn)錄本在褐飛虱的所有發(fā)育階段都有表達,在1齡若蟲中表達量最低,隨著生長發(fā)育表達量逐漸升高。NlABCG在褐飛虱5齡若蟲的中腸中表達量最高。NlABCG基因的序列特征和表達譜非常保守,為其功能的分析提供了信息。
關鍵詞:褐飛虱(Nilaparvata lugens St?覽l, BPH);NlABCG;克隆
中圖分類號:S435 ? ? ? ?文獻標識碼:A ? ? ? ?文章編號:0439-8114(2014)23-5871-04
DOI:10.14088/j.cnki.issn 0439-8114.2014.23.064
ABC 轉(zhuǎn)運蛋白最早發(fā)現(xiàn)于細菌,是細菌質(zhì)膜上的一種具有運輸功能的 ATP 酶(Transport ATPase),是一個龐大而多樣化的蛋白家族。ABC轉(zhuǎn)運蛋白是膜整合蛋白,它通過利用 ATP 水解過程釋放的能量對溶質(zhì)中各種生物分子進行跨膜轉(zhuǎn)運,其轉(zhuǎn)運的底物包括糖、氨基酸、金屬離子、多肽、蛋白質(zhì)、細胞代謝產(chǎn)物和藥物等[1]。ABC 轉(zhuǎn)運蛋白在生物體內(nèi)以全分子或半分子轉(zhuǎn)運蛋白的形式存在,全分子轉(zhuǎn)運蛋白由2個核苷酸結(jié)合域(Nucleotide ?bindingdomain,NBD)和2個跨膜結(jié)構(gòu)域(Transmembrane domain,TMD)構(gòu)成,每個半分子轉(zhuǎn)運蛋白包括1個NBD和1個TMD,NBD位于細胞質(zhì)內(nèi),在 NBD內(nèi)有一個約200個氨基酸構(gòu)成的保守序列,包含了3個保守區(qū)域,分別為Walker A(P-loop)、Walker B和特征基序 C(也稱 Signature 基序或特征基序S)[2],其中 Walker A和B是所有的核苷酸結(jié)合蛋白所共有的,而Signature基序是ABC轉(zhuǎn)運蛋白特有的。
ABC轉(zhuǎn)運蛋白可以分為轉(zhuǎn)入蛋白、轉(zhuǎn)出蛋白和非轉(zhuǎn)運蛋白[3]。研究表明在昆蟲中,ABC轉(zhuǎn)運蛋白的功能已經(jīng)影響昆蟲代謝和發(fā)育[4]。褐飛虱(Nilaparvata lugens St?覽l,BPH)屬同翅目飛虱科昆蟲,又稱褐稻虱。褐飛虱是水稻主要害蟲之一,在我國長江流域和華南及西南廣大稻區(qū)發(fā)生頻繁、危害嚴重[5]。本研究從褐飛虱體內(nèi)分離得到NlABCG基因的全長,同時分析了NlABCG基因結(jié)構(gòu),并對其在發(fā)育過程中和不同組織中的表達進行分析, 以期為研究其進化提供新的資料, 為研究褐飛虱NlABCG基因的功能和在ABC轉(zhuǎn)運蛋白中的價值提供依據(jù)。
1 ?材料與方法
1.1 ?材料
1.1.1 ?材料 ?褐飛虱品種(生物型Ⅱ)為武漢大學收藏,飼養(yǎng)在感蟲水稻品種臺中1號(TN1)植株上,環(huán)境條件為(25±2) ℃,80%的相對濕度,光照周期為16 h光,8 h黑暗。
1.1.2 ?試劑 ?試驗所用大腸桿菌E. coli DH5α, ExTaq酶、逆轉(zhuǎn)錄試劑盒和pMD18-T克隆載體,5′-Full RACE 和3′-Full RACE試劑盒購自Takara 公司。引物合成及序列測定由北京擎科新業(yè)生物技術有限公司完成。
1.2 ?方法
1.2.1 ?總RNA的提取 ?使用總RNA提取試劑盒RNAiso Plus提取褐飛虱發(fā)育時期和成體不同組織的總RNA。將溶于無核酸酶水中的RNA置于-80 ℃冰箱中備用。
1.2.2 ?cDNA克隆 ?利用Tribolium castaneum的ABC transporter蛋白(GenBank登錄號: XP_97173
5.1)在褐飛虱的ESTs數(shù)據(jù)庫(http://bphest.dna.affrc.go.jp/)中進行TBLASTN查詢,得到相應的EST片段。以該EST序列為模板設計RACE引物。以提取的總RNA為模板,使用RACE試劑盒分別合成5′和3′RACE cDNA。以合成的cDNA第一鏈為模板,進行Outer PCR反應和Inner PCR反應,反應引物見表1。Outer PCR反應程序為:94 ℃預變性3 min,94 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s, 72 ℃延伸2 min, 20個循環(huán)后72 ℃再延伸10 min。Inner PCR反應程序與以上程序一樣,只是改為30個循環(huán)。PCR 產(chǎn)物利用寶生物工程(大連) 有限公司試劑盒回收,與pMD18-T載體連接。陽性克隆由北京擎科新業(yè)生物技術有限公司測序。
1.2.3 ?實時熒光定量PCR檢測NlABCG轉(zhuǎn)錄差異 ?取不同生長發(fā)育時期褐飛虱和褐飛虱不同組織總RNA,按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書進行反轉(zhuǎn)錄獲得褐飛虱的cDNA。在Roteogene 6000TM型定量PCR儀上進行10 μL體系的PCR反應,反應條件如下:94 ℃預變性2 min,然后以30~40個循環(huán)進行PCR擴增 ?(94 ℃ 20 s, 55 ℃ 15 s,72 ℃ 20 s) 每個樣品3個重復,取平均值。以褐飛虱Actin作為參照基因,采用2-ΔΔ Ct方法[6]比較不同樣品基因表達水平。endprint
1.2.4 ?生物信息學分析 ?對5′RACE序列和3' RACE 序列測序后拼接獲得cDNA全長。用ExPASy Translate tool軟件(http://web.expasy.org/translate/)進行翻譯得到相應cDNA編碼框的預測,再利用下列在線工具進行蛋白質(zhì)序列的功能域及結(jié)構(gòu)域的預測:用Clustalw(http://www.genome.jp/tools/clustalw/)進行同源序列比對;用MEGA 4.0軟件進行進化樹的繪制;用ExPASy Compute pI/Mw tool(http://web.expasy.org/compute_pi/)進行分子量和等電點分析;用http://npsa-pbil.ibcp.fr/進行二級結(jié)構(gòu)的預測。
2 ?結(jié)果與分析
2.1 ?褐飛虱NlABCG基因的克隆
以該EST序列為模板設計RACE引物,克隆得到NlABCG基因(GenBank登錄號: KM115648)的5′ cDNA 片段和3′ cDNA片段(圖1)。5′cDNA 序列長度約為0.8 kb,3′ cDNA序列長度約為0.4 kb。全長序列經(jīng)過測序拼接后,全長為1 222 bp,含有一個編碼263個氨基酸的開放閱讀框(ORF)。
2.2 ?NlABCG蛋白質(zhì)分析鑒定
NlABCG基因編碼263個氨基酸,結(jié)果見圖2。應用Computer pI/Mw Tool軟件分析預測NlABCG的分子量為28.7 kDa,等電點為6.44。二級結(jié)構(gòu)預測分析發(fā)現(xiàn),NlABCG蛋白質(zhì)α螺旋占35.74%,延伸鏈占15.59%,隨機卷曲占46.01%(圖3)。
通過 NCBI的 Blastp (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)程序進行在線蛋白質(zhì)序列比對,結(jié)果表明該基因與其他昆蟲的ABCG蛋白序列相似性大于63%(表2)。如,與內(nèi)華達古白蟻(Zootermopsis nevadensis)ABCG1的同源性為69%,與豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)ABCG4和佛羅里達弓背蟻( Camponotus floridanus)ABCG4的同源性為67%,與切葉蟻(Acromyrmex echinatior)ABCG4﹑畢氏粗角猛蟻(Cerapachys biroi)ABCG和赤擬谷盜(Tribolium castaneum)ABCG1的同源性為66%,與金小蜂(Nasonia vitripennis)ABCG4的同源性為63%。由此可以看出,褐飛虱NlABCG與其他昆蟲的 ABC 轉(zhuǎn)運蛋白序列相似性較高,其序列相當保守。
2.3 ?NlABCG分子進化分析
用 NlABCG編碼的氨基酸序列與蜜蜂、家蠶、人體虱、佛羅里達弓背蟻、豌豆蚜、切葉蟻、內(nèi)華達古白蟻、赤擬谷盜、畢氏粗角猛蟻、金小蜂中可能的ABCG亞族成員進行聚類分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)NlABCG與內(nèi)華達古白蟻、赤擬谷盜和豌豆蚜中可能的 ABCG亞族成員聚類在一起,親緣關系較近,而與其他昆蟲的ABCG亞族成員親緣關系相對較遠(圖4)。
2.4 ?褐飛虱NlABCG基因不同生長發(fā)育時期和組織的分析
為了解NlABCG基因在褐飛虱不同生長發(fā)育階段蟲體中和在蟲體不同組織中的轉(zhuǎn)錄情況,分別提取1齡至5齡若蟲和雌雄成蟲蟲體的總RNA以及5齡若蟲的中腸、唾液腺、脂肪體、表皮、腿和頭部組織的總RNA,利用實時熒光定量PCR法檢測該基因在褐飛虱不同發(fā)育階段蟲體中和不同組織中的表達情況。試驗結(jié)果表明,該基因在雌成蟲的表達量較高(圖5)。不同組織中,在中腸的表達量最高(圖6)。
3 ?小結(jié)與討論
本研究克隆得到NlABCG基因的全長,并且將氨基酸序列與其他昆蟲的ABCG進行序列比對,發(fā)現(xiàn)其與內(nèi)華達古白蟻、赤擬谷盜、豌豆蚜的ABCG蛋白在進化上親緣關系較近。對褐飛虱ABCG蛋白序列進行分析發(fā)現(xiàn),該蛋白質(zhì)α螺旋占35.74%,延伸鏈占15.59%,隨機卷曲占46.01%。同時鑒定了NlABCG基因在褐飛虱不同生長發(fā)育階段蟲體和在蟲體不同組織中的轉(zhuǎn)錄情況,該基因在雌性成蟲中的表達量較高。在不同組織中,在中腸的表達量最高。中腸組織是昆蟲腸道組織中惟一與細胞表面直接接觸的。研究表明,家蠶中的ABCG基因是特異表達的,在蛻皮和化蛹期間受20E正調(diào)節(jié)[7]。
因此,褐飛虱NlABCG基因的表達特征表明,利用農(nóng)藥防治褐飛虱的最佳時期是在早期。這些結(jié)果有利于開發(fā)一些以NlABCG基因為靶標的安全有效的殺蟲劑,同時可以利用RNA干擾的方法來抑制ABC轉(zhuǎn)運蛋白的表達,以達到控制害蟲的目的。
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