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論中醫(yī)藥語義網(wǎng)的智能應(yīng)用

2015-01-31 05:24:43于彤楊碩李敬華高宏杰
關(guān)鍵詞:醫(yī)案本體證候

于彤,楊碩,李敬華,高宏杰

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論中醫(yī)藥語義網(wǎng)的智能應(yīng)用

于彤,楊碩,李敬華,高宏杰

中國中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所,北京 100700

語義網(wǎng)將是一個全球共享的智能信息空間,能實(shí)現(xiàn)各種數(shù)據(jù)資源的互聯(lián)互通,支持機(jī)器推理、知識發(fā)現(xiàn)和智能問答等各種智能應(yīng)用。本文旨在探討在中醫(yī)藥領(lǐng)域中構(gòu)建語義網(wǎng)基礎(chǔ)設(shè)施,并在此基礎(chǔ)上模擬中醫(yī)思維的過程,挖掘中醫(yī)醫(yī)案中的知識,構(gòu)建中醫(yī)臨床智能系統(tǒng),從而支持中醫(yī)科學(xué)研究和臨床決策。

中醫(yī)藥;語義網(wǎng);臨床智能系統(tǒng);臨床決策;知識發(fā)現(xiàn)

1 語義網(wǎng)技術(shù)概述

新興的語義網(wǎng)(Semantic Web)技術(shù)能實(shí)現(xiàn)各種數(shù)據(jù)資源的互聯(lián)互通和全球共享,支持機(jī)器推理、知識發(fā)現(xiàn)和智能問答等智能方法,為實(shí)現(xiàn)中醫(yī)藥領(lǐng)域的智能系統(tǒng)提供了理想的基礎(chǔ)設(shè)施[1]。語義網(wǎng)對萬維網(wǎng)(World Wide Web)的架構(gòu)進(jìn)行了系統(tǒng)性的擴(kuò)展,使其支持結(jié)構(gòu)性數(shù)據(jù)的發(fā)表、共享和關(guān)聯(lián),從而提升萬維網(wǎng)的有序性和智能性。語義網(wǎng)將是一個機(jī)器可理解、人與機(jī)器共享的智能信息空間。

近年來,人們已開始利用語義網(wǎng)技術(shù),在萬維網(wǎng)上發(fā)表開放性的數(shù)據(jù)集,逐漸形成了一個相互連通的巨型數(shù)據(jù)集,被稱為“關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)”(Linked Data)。其核心特征是通過語義鏈接(Semantic Link)將數(shù)據(jù)集互聯(lián)起來。語義鏈接能明確表達(dá)不同領(lǐng)域的概念之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系,輔助用戶對各種數(shù)據(jù)進(jìn)行便捷的瀏覽和分析,在不同的數(shù)據(jù)集之間進(jìn)行連貫的跳轉(zhuǎn)。

關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)將催生出能在互聯(lián)網(wǎng)上進(jìn)行瀏覽、編輯和互動的機(jī)器,它們被稱為“智能代理”(Intelligent Agent)。智能代理將在人類主人的指令下,代表主人在語義網(wǎng)上活動,輔助主人解決各種問題。它們能夠根據(jù)主人預(yù)設(shè)的命令、偏好和約束,搜尋相關(guān)的信息資源,揭示各種事物之間錯綜復(fù)雜的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)有意義的模式和規(guī)則。近年來基礎(chǔ)科學(xué)的進(jìn)展,尤其是描述邏輯和推理等領(lǐng)域的突破,使得在萬維網(wǎng)上實(shí)現(xiàn)智能代理成為可能。語義網(wǎng)和智能代理將在機(jī)器推理、智能問答、信息抽取和知識發(fā)現(xiàn)等智能應(yīng)用中發(fā)揮核心作用。

2 中醫(yī)藥智能系統(tǒng)的應(yīng)用背景

循證醫(yī)學(xué)的理念是在醫(yī)療保健的決策中,以有意識、明確、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)姆绞绞褂矛F(xiàn)有的最佳證據(jù)[2],循證保健服務(wù)的成功倚重于最佳證據(jù)的可及性[3]。近年來,在互聯(lián)網(wǎng)上出現(xiàn)了UpToDate、DynaMed、Essential Evidence Plus、MD Consult、Clinical Evidence等一系列醫(yī)學(xué)信息資源,它們能為醫(yī)學(xué)決策提供醫(yī)學(xué)知識和證據(jù)支持,在循證醫(yī)學(xué)的實(shí)施和發(fā)展中發(fā)揮了重要的作用[4]。

Haynes RB[5]于2006年提出了一種用于對循證醫(yī)學(xué)服務(wù)進(jìn)行分類的“5S”模型,它包括研究、綜述、摘要、總結(jié)、系統(tǒng)等5個層次。其中,處于最高層次的“系統(tǒng)”,是指能對應(yīng)用情景做出判斷,按需提供知識服務(wù),以支持臨床決策的智能系統(tǒng)。這類系統(tǒng)能夠?qū)€體患者信息與相關(guān)研究的最佳證據(jù)相結(jié)合,根據(jù)患者的特征和具體情況,自動鏈接至相關(guān)的最佳證據(jù),并提醒或告知醫(yī)護(hù)人員治療的關(guān)鍵所在。這些智能系統(tǒng)在后臺需要知識庫、推理機(jī)(即規(guī)則引擎)和知識發(fā)現(xiàn)等智能方法的支持。

在中醫(yī)領(lǐng)域推廣循證醫(yī)學(xué)的理念,也同樣需要智能系統(tǒng)的支持。中醫(yī)學(xué)者從20世紀(jì)70年代就開始嘗試將名老中醫(yī)的臨床經(jīng)驗(yàn)表示為計(jì)算機(jī)程序,從而使計(jì)算機(jī)具備專家水平的診治能力[6]。在中醫(yī)診療技術(shù)現(xiàn)代化的背景下,研發(fā)智能化輔助診療系統(tǒng)成為中醫(yī)藥信息化建設(shè)的熱點(diǎn)。如何通過計(jì)算機(jī)來模擬中醫(yī)的思維過程,目前仍是中醫(yī)知識工程研究的一個核心問題。中醫(yī)專家頭腦中的隱性知識在中醫(yī)臨床診療中起到了關(guān)鍵性的指導(dǎo)作用。為模擬中醫(yī)思維,首先需要將中醫(yī)頭腦中的知識轉(zhuǎn)換為計(jì)算機(jī)能夠管理和處理的數(shù)據(jù)。也就是說,需要建立數(shù)字化的中醫(yī)藥領(lǐng)域知識模型,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)輔助中醫(yī)診療的智能系統(tǒng)。

3 中醫(yī)藥語義網(wǎng)的智能應(yīng)用

語義網(wǎng)技術(shù)為構(gòu)建中醫(yī)藥智能系統(tǒng)提供了潛在的解決方案。為構(gòu)建面向中醫(yī)藥領(lǐng)域的語義網(wǎng)基礎(chǔ)設(shè)施,首先需要構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體,繼而整合中醫(yī)藥領(lǐng)域知識和數(shù)據(jù)資源。在中醫(yī)藥語義網(wǎng)的基礎(chǔ)上,可通過機(jī)器實(shí)現(xiàn)知識推理以模擬中醫(yī)思維的過程,挖掘中醫(yī)醫(yī)案中的知識,構(gòu)建中醫(yī)臨床智能系統(tǒng),從而支持中醫(yī)科學(xué)研究和臨床決策。

3.1 構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體是發(fā)展中醫(yī)藥語義網(wǎng)的前提

本體(Ontology)是構(gòu)建語義網(wǎng)的基石。本體是針對某個領(lǐng)域的概念體系的精確規(guī)范,用以明確概念的定義以及概念之間的語義關(guān)系[7]??赏ㄟ^本體技術(shù)將領(lǐng)域知識表示成計(jì)算機(jī)可讀寫、可處理的知識模型。本體可通過萬維網(wǎng)在領(lǐng)域團(tuán)體中共享,為語義網(wǎng)提供標(biāo)準(zhǔn)術(shù)語,使得語義網(wǎng)上的數(shù)據(jù)具有規(guī)范的表達(dá)方式,便于數(shù)據(jù)資源的互聯(lián)、共享與重用。因此,發(fā)展中醫(yī)藥語義網(wǎng)的前提是構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體。

近年來,本體技術(shù)被用于病因、病機(jī)、臟腑、證候、中藥、方劑、療法、養(yǎng)生等諸多領(lǐng)域,本體建模的對象涉及陰陽五行、辨證論治、方劑配伍等各種理論學(xué)說[8]。其中的一個典型應(yīng)用是中醫(yī)證候本體。中醫(yī)證候是中醫(yī)辨證論治思維的基礎(chǔ),是中醫(yī)內(nèi)科學(xué)的核心內(nèi)容[9]。中醫(yī)證候知識建模,是研發(fā)中醫(yī)臨床知識庫和決策支持系統(tǒng)的基礎(chǔ)??赏ㄟ^構(gòu)建證候本體,梳理中醫(yī)證候的概念體系,對證候進(jìn)行系統(tǒng)分類,準(zhǔn)確表達(dá)證候的含義和特征[10]。

證候本體的重點(diǎn)之一是梳理證候及其相關(guān)概念之間的語義關(guān)系,包括等價關(guān)系、從屬關(guān)系、包含關(guān)系、相關(guān)關(guān)系等。⑴等價關(guān)系:在中醫(yī)藥領(lǐng)域,某些不同的術(shù)語實(shí)質(zhì)上指稱同一事物。這些等價關(guān)系對中醫(yī)專家而言是簡單的常識,但對計(jì)算機(jī)是陌生的。領(lǐng)域本體能完整列舉概念之間的等價關(guān)系,有助于計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)不同知識源的整合,改進(jìn)知識發(fā)現(xiàn)等應(yīng)用的效果。⑵從屬關(guān)系:證候之間的從屬關(guān)系用于建立證候的分類體系。本體將證候定義為類型,將證候之間的從屬關(guān)系表示為父子類關(guān)系。本體將某證候相關(guān)的癥狀集合定義為它的等價類,使子證候相關(guān)的癥狀集合能自動繼承父證候的相關(guān)癥狀集合。⑶包含關(guān)系:中醫(yī)證候之間存在著包含關(guān)系。例如,證候“肺腎陰虛證”意味著兩個證候“肺陰虛證”和“腎陰虛證”同時發(fā)生。在本體中,可將證候“肺腎陰虛證”表示為“肺陰虛證”和“腎陰虛證”的并集,從而幫助計(jì)算機(jī)識別這種包含關(guān)系。⑷相關(guān)關(guān)系:中醫(yī)證候與疾病、癥狀、中藥、方劑、出處等概念之間存在錯綜復(fù)雜的相關(guān)關(guān)系。例如,“證候”與“中藥”存在“被治療”關(guān)系。本體中定義了“現(xiàn)象表達(dá)”“組成”“治療”等一組典型的語義關(guān)系,對概念之間的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行系統(tǒng)性梳理與規(guī)范化表達(dá)。

采用本體建模方法,可對證候?qū)哟谓Y(jié)構(gòu)、證候特征以及證候加減等復(fù)雜情況進(jìn)行清晰表達(dá),建立以語義網(wǎng)絡(luò)為主體框架的中醫(yī)證候知識體系。實(shí)踐證明,本體為中醫(yī)藥領(lǐng)域復(fù)雜知識建模提供了有效的手段。構(gòu)建中醫(yī)藥本體,有助于對中醫(yī)藥理論知識進(jìn)行辨認(rèn)、梳理、澄清和永久保存,還能支持機(jī)器實(shí)現(xiàn)知識推理并模擬中醫(yī)思維過程。

3.2 整合中醫(yī)藥領(lǐng)域知識和數(shù)據(jù)資源

為實(shí)現(xiàn)智能應(yīng)用系統(tǒng),需要計(jì)算機(jī)掌握盡可能豐富、全面的領(lǐng)域知識和數(shù)據(jù)資源。經(jīng)過多年的中醫(yī)藥信息化建設(shè),已積累了豐富的中醫(yī)藥數(shù)據(jù)資源,但這些資源也存在著獨(dú)立封閉、零散分布、異質(zhì)異構(gòu)等問題,缺乏有效的整合,阻礙了知識的共享以及智能應(yīng)用的發(fā)展。

可通過語義網(wǎng)的標(biāo)準(zhǔn)格式表示中醫(yī)藥數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)中醫(yī)藥數(shù)據(jù)資源的網(wǎng)上發(fā)布,以及中西醫(yī)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)互聯(lián)[11]。Chen H.等[12]采用這一技術(shù)策略,建成了一個大型的數(shù)據(jù)集成系統(tǒng),內(nèi)容覆蓋中醫(yī)疾病、中藥、方劑、針灸等幾乎所有的中醫(yī)藥門類,面向中醫(yī)團(tuán)體提供豐富的知識內(nèi)容和強(qiáng)大的檢索功能。

又如,“開放性中藥關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)(LODD)”是一個大型的國際合作項(xiàng)目,它旨在利用語義網(wǎng)技術(shù)框架,整合醫(yī)藥學(xué)數(shù)據(jù)資源,加速新藥研發(fā)的進(jìn)程。LODD已將大量中醫(yī)藥知識發(fā)布在互聯(lián)網(wǎng)上,其中記錄了草藥的知識(如化學(xué)成分、療效等),以及疾病、基因、草藥之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系。LODD能輔助研究人員找出能夠治療某種疾病的草藥,理解草藥的性質(zhì)和療效,支持中藥新藥研發(fā)等應(yīng)用。

上述工作表明,語義網(wǎng)具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)集成能力,能有效解決中醫(yī)藥領(lǐng)域的“數(shù)據(jù)孤島”問題,建立中西醫(yī)之間的知識關(guān)聯(lián),為構(gòu)建中醫(yī)藥智能系統(tǒng),實(shí)現(xiàn)知識服務(wù)模式創(chuàng)新提供有力的技術(shù)支持。

3.3 從海量醫(yī)案數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)知識

中醫(yī)醫(yī)案記載了中醫(yī)名家的寶貴經(jīng)驗(yàn),蘊(yùn)含著豐富的中醫(yī)臨床知識。中醫(yī)醫(yī)案是分析中醫(yī)臨床用藥規(guī)律的重要依據(jù),極具研究價值和臨床指導(dǎo)作用。可從中醫(yī)專業(yè)期刊等各類文獻(xiàn)中抽取醫(yī)案,或通過臨床數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)對醫(yī)案進(jìn)行實(shí)時采集,從而構(gòu)建中醫(yī)醫(yī)案數(shù)據(jù)庫。通過使用科學(xué)的數(shù)據(jù)采集方法,并建立嚴(yán)格的數(shù)據(jù)審校制度,能夠保證中醫(yī)醫(yī)案數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可信性。大規(guī)模、高質(zhì)量的中醫(yī)醫(yī)案數(shù)據(jù),為知識發(fā)現(xiàn)提供了可靠的知識來源。

中醫(yī)醫(yī)案是中醫(yī)經(jīng)驗(yàn)性知識的核心載體,記載了癥狀、疾病、證候以及臨床用藥等關(guān)鍵信息。通過大量醫(yī)案的聯(lián)合分析,往往能夠揭示出各種臨床現(xiàn)象之間的相關(guān)關(guān)系,以及中醫(yī)專家的用藥模式。但中醫(yī)醫(yī)案一般通過自由文本描述,臨床信息的表述方式非常復(fù)雜,無法被常規(guī)的數(shù)據(jù)挖掘方法直接處理,這嚴(yán)重影響了醫(yī)案知識發(fā)現(xiàn)的效果。因此,需要通過文本信息抽取方法,從醫(yī)案中抽取關(guān)鍵性的特征信息,實(shí)現(xiàn)醫(yī)案數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)化。

本體對領(lǐng)域術(shù)語進(jìn)行了系統(tǒng)梳理和準(zhǔn)確表達(dá),提供文本挖掘所需的背景知識(如同義詞、詞匯語義類型等)。本體可被用于處理醫(yī)案用語的復(fù)雜性,因此能在醫(yī)案信息抽取發(fā)揮關(guān)鍵作用??赏ㄟ^基于本體的文本挖掘方法,從中醫(yī)文獻(xiàn)中提取結(jié)構(gòu)化、語義化的醫(yī)案知識,以提升中醫(yī)醫(yī)案結(jié)構(gòu)化加工的效率。

通過語義網(wǎng)技術(shù),可以將分布于各種文獻(xiàn)的醫(yī)案知識集成在一起,構(gòu)成中醫(yī)臨床事實(shí)的陳述集合。進(jìn)而實(shí)現(xiàn)醫(yī)案知識與相關(guān)中醫(yī)藥知識庫的關(guān)聯(lián),將中醫(yī)文獻(xiàn)中的“知識碎片”拼接組合起來,整理和完善中醫(yī)藥領(lǐng)域知識體系。接下來,采用頻繁模式、關(guān)聯(lián)規(guī)則等方法,從醫(yī)案知識中發(fā)現(xiàn)潛在的、具有啟發(fā)性的知識。醫(yī)案挖掘所得到的知識以及機(jī)器推理所得到的規(guī)則,可被存入中醫(yī)藥領(lǐng)域知識庫中加以保存。

總之,經(jīng)過醫(yī)案知識提取、知識組合和知識發(fā)現(xiàn)等環(huán)節(jié),可將中醫(yī)文獻(xiàn)資源轉(zhuǎn)換為智能醫(yī)案。智能醫(yī)案以及中醫(yī)藥領(lǐng)域知識庫中的知識,可被導(dǎo)入推理機(jī)中以輔助醫(yī)療決策,或通過知識服務(wù)平臺進(jìn)行檢索和瀏覽。

3.4 構(gòu)建中醫(yī)臨床智能系統(tǒng)

面向中醫(yī)臨床實(shí)踐的智能系統(tǒng),旨在支持中醫(yī)臨床決策,促進(jìn)循證醫(yī)學(xué)在中醫(yī)藥領(lǐng)域的推廣和實(shí)施。中醫(yī)辨證是中醫(yī)臨床思維的核心環(huán)節(jié),它是根據(jù)患者的一組可識別的病理特征(如癥狀、體征等)來判斷證候的過程。中醫(yī)辨證依靠的是中醫(yī)藥基礎(chǔ)知識與臨床經(jīng)驗(yàn)的結(jié)合。與之對應(yīng),需要將計(jì)算機(jī)知識模型與海量臨床數(shù)據(jù)相結(jié)合,以支持智能系統(tǒng)的實(shí)現(xiàn)。

中醫(yī)臨床智能系統(tǒng)是建立在臨床知識庫之上的應(yīng)用,它的后臺是一個規(guī)則引擎。該系統(tǒng)以臨床知識庫和海量臨床數(shù)據(jù)作為知識來源,通過數(shù)據(jù)挖掘方法來發(fā)現(xiàn)醫(yī)學(xué)證據(jù)和規(guī)則,對醫(yī)學(xué)證據(jù)、指南和規(guī)則進(jìn)行表示和管理,支持專家對知識的瀏覽和審查,并將醫(yī)學(xué)規(guī)則導(dǎo)入規(guī)則引擎中輔助醫(yī)療決策。

為構(gòu)建中醫(yī)臨床智能系統(tǒng),首先要實(shí)現(xiàn)海量臨床數(shù)據(jù)(如文獻(xiàn)、病例等)的語義集成,構(gòu)成臨床事實(shí)的集合。繼而,建立臨床知識庫,對醫(yī)學(xué)語言、醫(yī)學(xué)概念系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)證據(jù)、醫(yī)學(xué)指南和規(guī)則進(jìn)行形式化表示、專家審查以及有效管理。臨床知識庫是與文獻(xiàn)和病例相獨(dú)立的知識服務(wù),支持規(guī)則發(fā)現(xiàn)與規(guī)則推理,是決策支持系統(tǒng)的核心部件。接下來,基于臨床數(shù)據(jù)和知識庫,通過機(jī)器學(xué)習(xí)等方法實(shí)現(xiàn)規(guī)則的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證。最后,實(shí)現(xiàn)推理機(jī)(即規(guī)則引擎),將醫(yī)學(xué)知識和事實(shí)導(dǎo)入推理機(jī)中,從而輔助醫(yī)療決策。

中醫(yī)臨床智能系統(tǒng)根據(jù)用戶輸入以及知識庫中定義的事實(shí)和規(guī)則,推理出包含證候、治法和方劑等內(nèi)容的推薦性診療方案。該系統(tǒng)的交互模式為:用戶輸入一系列的癥狀和體征,并提交;系統(tǒng)將推出的方案呈現(xiàn)給用戶。系統(tǒng)將推理過程本身以圖形化、交互式的方式展示出來,使用戶了解機(jī)器推理的依據(jù)和過程,獲取更充分的信息,從而做出更可靠的決策。

4 小結(jié)

數(shù)千年來,中醫(yī)思想和知識體系更多的體現(xiàn)為中醫(yī)頭腦中的隱性知識。在循證醫(yī)學(xué)的背景下,中醫(yī)界開始注意將隱性知識轉(zhuǎn)換為醫(yī)案、指南和規(guī)則等形式的顯性知識,對醫(yī)學(xué)證據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)整理以支持臨床決策,并嘗試在臨床實(shí)踐中使用智能輔助系統(tǒng)。語義網(wǎng)為構(gòu)建中醫(yī)藥領(lǐng)域本體和知識庫,實(shí)現(xiàn)面向中醫(yī)臨床的智能系統(tǒng)提供了基礎(chǔ)設(shè)施,在中醫(yī)藥領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景。在中醫(yī)藥語義網(wǎng)的基礎(chǔ)上,能對中醫(yī)藥領(lǐng)域的復(fù)雜知識進(jìn)行建模、瀏覽和處理,實(shí)現(xiàn)中醫(yī)臨床智能系統(tǒng)以及中醫(yī)醫(yī)案知識發(fā)現(xiàn)等應(yīng)用。這些智能應(yīng)用能輔助中醫(yī)藥領(lǐng)域?qū)<彝瓿膳R床決策和知識發(fā)現(xiàn)等任務(wù),促進(jìn)中醫(yī)藥知識資源的利用以及中醫(yī)科學(xué)研究的發(fā)展。

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Discussion on Intelligent Applications of Semantic Web of Traditional Chinese Medicine

YU Tong, YANG Shuo, LI Jing-hua, GAO Hong-jie

(Information Institute of Traditional Chinese Medicine, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China)

Semantic Web will become a global information space that realizes the interconnection of various data resources, and supports various intelligent applications, such as machine reasoning, knowledge discovery, and intelligent question-answering. This article discussed how to construct the Semantic Web infrastructure in traditional Chinese medicine (TCM) domain, simulate the TCM thinking processes, discover knowledge from TCM clinical cases, and construct TCM clinical intelligence system, in order to support TCM scientific researches and clinical decision-making.

traditional Chinese medicine; Semantic Web; clinical intelligence system; clinical decision- making; knowledge discovery

10.3969/j.issn.2095-5707.2015.02.002

(2015-01-06;編輯:魏民)

北京市中醫(yī)藥科技發(fā)展資金(JJ2014-61);中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)資金(ZZ070804)

于彤,助理研究員,研究方向?yàn)橹嗅t(yī)藥信息學(xué)。E-mail: yutongoracle@hotmail.com

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