馬中良
2015年諾貝獎(jiǎng)獲得者屠呦呦先生,做的是關(guān)于中草藥青蒿中提取青蒿素的研究。這不禁讓我想起自己帶的一名研究生張冰潔同學(xué),三年前她開(kāi)始了中藥組份丹參酮的研究,而丹參酮是從丹參根部提取的有效組分。這個(gè)課題并不簡(jiǎn)單,也注定了是一條艱辛的道路,因此對(duì)于這個(gè)從上海大學(xué)本科保送的學(xué)生來(lái)說(shuō),我的夢(mèng)想是她能夠做出一些成績(jī),最低要求是能發(fā)表一篇SCI文章,這在當(dāng)時(shí)已經(jīng)相當(dāng)不錯(cuò)了。
選了個(gè)難得課題
2012年,剛剛?cè)雽W(xué)的張冰潔同學(xué)主動(dòng)要求開(kāi)始課題。此時(shí)我們課題組的李艷利老師剛從哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院回來(lái)不久,她曾參與過(guò)丹參酮在腫瘤中作用的相關(guān)課題,研究認(rèn)為丹參酮可以通過(guò)抑制一種癌基因的表達(dá)水平,從而抑制胰腺癌。而當(dāng)時(shí),我們課題組主攻目標(biāo)是微小RNA(microRNA)在肺癌中的作用,而且這個(gè)藥物能否抑制肺癌也是未知。也因此,我給她確定的課題是:丹參酮-microRNA-腫瘤之間的關(guān)系。這個(gè)課題無(wú)論從基礎(chǔ)理論還是將來(lái)的應(yīng)用來(lái)看,都有相當(dāng)?shù)囊饬x,但困難也可想而知。而我們之所以選擇這樣一個(gè)課題,是認(rèn)為這個(gè)題目將來(lái)的理論及應(yīng)用潛力巨大:研究肺癌如何發(fā)生的;開(kāi)發(fā)治療肺癌的相關(guān)藥物,并找到一些藥物的標(biāo)靶分子。
得到了這個(gè)課題后,張冰潔躍躍欲試又憂心忡忡。躍躍欲試是因?yàn)樗诒究茖?shí)習(xí)的時(shí)候接觸過(guò)腫瘤及細(xì)胞生物學(xué)的實(shí)驗(yàn),如果能夠做好這個(gè)課題,將來(lái)對(duì)科學(xué)研究可能興趣大增;憂心忡忡則是因?yàn)檎n題難度太大,她擔(dān)心三年時(shí)間做不完,因?yàn)檫@個(gè)題目之前課題組中沒(méi)有人開(kāi)展過(guò),是一項(xiàng)開(kāi)創(chuàng)性的工作。
迎戰(zhàn)各種攔路虎
對(duì)于一名一年級(jí)的研究生同學(xué)來(lái)說(shuō),要想獨(dú)立開(kāi)展一項(xiàng)課題非常不容易。為了做好課題,張同學(xué)首先查閱了大量的相關(guān)文獻(xiàn),在最短時(shí)間掌握了相關(guān)實(shí)驗(yàn)技能,比如課題涉及到的分子生物學(xué)技術(shù):蛋白檢測(cè)技術(shù)(wester blotting)、RNA提取及檢測(cè)、實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)以及生物信息學(xué)預(yù)測(cè)技術(shù)等等。
在真正展開(kāi)研究之前,需要對(duì)課題進(jìn)行調(diào)研并做可行性驗(yàn)證。在這個(gè)過(guò)程中,張同學(xué)遇到了很多問(wèn)題。比如丹參酮處理了腫瘤細(xì)胞以后到底哪些microRNA發(fā)生了改變(表達(dá)量上升或下降)?這個(gè)問(wèn)題如果放在現(xiàn)在,當(dāng)然非常簡(jiǎn)單,只要送到公司,花錢(qián)做個(gè)細(xì)胞測(cè)序就好了。但在當(dāng)時(shí)我們是想做探索,不可能也沒(méi)有那么多錢(qián)做這個(gè)工作。所以,張同學(xué)又閱讀了大量的文獻(xiàn),在一些公開(kāi)發(fā)表的數(shù)據(jù)庫(kù)資料的基礎(chǔ)上做相關(guān)分析。與此同時(shí),我也檢索了一些文獻(xiàn)。最終我們確定了一些癌基因功能,以及抑癌基因功能的microRNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,比如當(dāng)時(shí)已經(jīng)公認(rèn)的p53基因,miR-34和let-7等。
除了自己埋頭苦干,在涉及到肺癌方面的具體實(shí)驗(yàn)時(shí),張同學(xué)還不忘向?qū)<彝姓?qǐng)教。比如做腫瘤模型小鼠的數(shù)據(jù)分析、microRNA在肺癌中的可能調(diào)控途徑分析時(shí),我?guī)е?qǐng)教了上海生科院生化細(xì)胞所季宏斌研究員,季宏斌研究員也認(rèn)為中藥單體的研究是非常有前途的,這個(gè)課題非常有意義,這也給了我們很大的鼓勵(lì)。在這個(gè)過(guò)程中,我們還得到了課題組組長(zhǎng)、原生化與分子生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)主任金由辛教授的肯定。得到專(zhuān)家學(xué)者們的積極反饋,也讓我們堅(jiān)信這個(gè)課題是有美好的前景的。雖很辛苦,但值得一試。
一波三折的實(shí)驗(yàn)進(jìn)展
2013年4月到2014年7月,我去美國(guó)(MD Anderson Cancer Center)做高級(jí)訪問(wèn)學(xué)者。那時(shí)張同學(xué)已經(jīng)進(jìn)入研究生二年級(jí)下半年,時(shí)間已經(jīng)很緊迫了,而課題進(jìn)展卻遇到了瓶頸,有些實(shí)驗(yàn)重復(fù)多次也得不到理想的結(jié)果。
身在異國(guó),我采取的方法并且可能是唯一可行的方法就是,定期進(jìn)行視頻交流,根據(jù)情況制定后續(xù)的任務(wù)。當(dāng)時(shí)的一個(gè)主要難點(diǎn)是確定藥物處理后有哪些microRNA發(fā)生了變化,從而確認(rèn)抑制癌癥功能的microRNA。而張同學(xué)匯報(bào)的結(jié)果是:所有檢測(cè)的microRNA表達(dá)水平都是上升的。對(duì)于這個(gè)結(jié)果,我認(rèn)為是不可能的。因?yàn)樵谝粋€(gè)網(wǎng)絡(luò)調(diào)控系統(tǒng)中,不可能所有因素都上調(diào)。于是,我確定了兩個(gè)方案:一是檢查實(shí)驗(yàn)主要是實(shí)時(shí)定量PCR的步驟是否有誤,做重復(fù)實(shí)驗(yàn),每次改變一個(gè)影響因素,再進(jìn)行檢測(cè);二是重新用藥物處理,從收集細(xì)胞到RNA提取、檢查每一步,進(jìn)行詳細(xì)分析,查找原因。
這樣經(jīng)過(guò)一個(gè)月的不斷交流、實(shí)驗(yàn),張同學(xué)終于發(fā)現(xiàn)問(wèn)題可能的所在:實(shí)驗(yàn)中對(duì)實(shí)驗(yàn)技術(shù)的要求很高,尤其是對(duì)實(shí)時(shí)定量PCR的樣品要求很高,一不小心就容易出錯(cuò)。在我的關(guān)注下,張同學(xué)的實(shí)驗(yàn)不斷有了的進(jìn)展,最終發(fā)現(xiàn)丹參酮處理后miR-32有了明顯改變。半年以后,我們做了個(gè)總結(jié),基本上確定了可以以miR-32為研究目標(biāo),以闡明丹參酮處理腫瘤細(xì)胞時(shí)miR-32表達(dá)上升,而由于miR-32可以發(fā)揮抑癌基因的功能,最終抑制腫瘤細(xì)胞的增殖。
進(jìn)入研究生三年級(jí)之后,張同學(xué)的時(shí)間越來(lái)越緊張了,不過(guò),我們的課題也進(jìn)入了快車(chē)道,實(shí)驗(yàn)得心應(yīng)手,一般每周都能有很好的進(jìn)展。這些都?xì)w功于在長(zhǎng)期的研究過(guò)程中,她閱讀科學(xué)文獻(xiàn)能力和理解能力的突出,不僅有大量的科學(xué)文獻(xiàn)做基礎(chǔ),還會(huì)積極主動(dòng)跟進(jìn)最新課題進(jìn)展,包括國(guó)際上最新的相關(guān)文獻(xiàn),同時(shí)能將看到的有用的實(shí)驗(yàn)技術(shù)或者思路運(yùn)用到自己的課題中。因此,她對(duì)研究?jī)?nèi)容的領(lǐng)悟很快,有時(shí)還能提出讓我吃驚的看法。比如,她說(shuō)microRNA-25家族和Let-7家族(另一個(gè)著名的microRNA家族,主要是抑癌基因功能)應(yīng)該有相互協(xié)調(diào)或相互反饋調(diào)控作用,并在實(shí)驗(yàn)中主動(dòng)加入這些抑制腫瘤的microRNA進(jìn)行研究。其實(shí)我也注意到了這個(gè)現(xiàn)象,但是不敢和她提起來(lái)。因?yàn)檫@個(gè)工作應(yīng)該是一個(gè)博士生的工作,或者兩個(gè)碩士研究生接力去研究的內(nèi)容。
精益求精改稿件
課題進(jìn)展得比較順利之后,張同學(xué)開(kāi)始在我的指導(dǎo)下撰寫(xiě)英文文章。每過(guò)一段時(shí)間我們還會(huì)根據(jù)實(shí)驗(yàn)最近進(jìn)展修改,增補(bǔ)文章,這段時(shí)間持續(xù)了大約半年多。2014年11月,我們的研究得到了課題組李艷利老師,金由辛教授大力支持和幫助。在2014年11月中旬,我們將稿件投稿到英文期刊Oncotarget(腫瘤標(biāo)靶)。這本期刊在當(dāng)時(shí)的影響因子(IF)為6.67, 也就是說(shuō)如果能在該期刊發(fā)表文章,基本達(dá)到了一個(gè)博士生畢業(yè)的要求。
2015年1月,我們得到了編輯部的反饋。針對(duì)審稿人的意見(jiàn),我們又一起進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的補(bǔ)充,修改意見(jiàn)的答復(fù)。比如審稿人要求證明丹參酮是否影響miR-32的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控?這其實(shí)這是個(gè)連鎖問(wèn)題:我們得先確定哪個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,才能確定丹參酮對(duì)轉(zhuǎn)錄因子是有作用的。而且,這個(gè)作用與之前的實(shí)驗(yàn)結(jié)果必須要吻合。
于是,我和張同學(xué)一起分析這些問(wèn)題。張同學(xué)說(shuō),她曾經(jīng)在一篇文章中看到有介紹雄性激素(AR)作為轉(zhuǎn)錄因子的內(nèi)容,我們可以試試AR,另外再確定另一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子做備選。在接下來(lái)半個(gè)月時(shí)間內(nèi),她做出了實(shí)驗(yàn)結(jié)果,該結(jié)果也著實(shí)讓人非常激動(dòng),它完全了符合我們的預(yù)期:丹參酮抑制了AR,這樣一來(lái)miR-32表達(dá)水平上升,最后起到了抑制肺癌的作用。最后我們提出如下機(jī)理圖, 這也是國(guó)際上首次從microRNA角度闡明中藥組份丹參酮抑制腫瘤機(jī)理:
(Oncotarget,2015 Aug 21;6(24):20111-20,DOI:10.18632/oncotarget.3933)
即丹參酮(Tanshinone)給藥處理后,引起miR-32上升,miR-32抑制癌基因AURKA(圖中);初步驗(yàn)證丹參酮促進(jìn)miR-34a表達(dá)上升,抑制癌基因TGFβ2(圖右)。丹參酮促進(jìn)let-7表達(dá)(圖左)。這些都抑制了非小細(xì)胞肺癌肺癌(NSCLC)。
經(jīng)過(guò)我們的再次修改,文章發(fā)出的第二天,主編就告知我們決定錄用,這是最快的一種接受方式,說(shuō)明我們的工作得到了最大的認(rèn)可。2015年5月,文章在線發(fā)表。
2015年6月19日,是個(gè)讓人緊張的日子,我指導(dǎo)的碩士研究生張冰潔同學(xué)要進(jìn)行碩士論文答辯了。最終答辯取得非常好的效果,給來(lái)自中國(guó)科學(xué)院上海生化與細(xì)胞所及蘇州醫(yī)工所的專(zhuān)家們留下深刻的印象。這個(gè)來(lái)自上海大學(xué)的學(xué)生終于出色地畢業(yè)了,此刻,我心里終于踏實(shí)了,夢(mèng)想也最終成為了現(xiàn)實(shí)。
致謝:感謝張冰潔同學(xué)(現(xiàn)供職于上海某大型藥企)提供的資料。特別感謝李艷利老師,金由辛教授及課題組老師在學(xué)生培養(yǎng)過(guò)程給予的幫助。
責(zé)任編輯:曹曉晨