郭英飛,王玉飛,龔春麗,楊明娟，袁久云,莊妤冰,柯躍華,杜昕穎,汪舟佳,陳澤良

基于RNA-Seq的羊種布魯氏菌新轉(zhuǎn)錄本與非編碼RNA鑒定

郭英飛1,3,王玉飛2,龔春麗1,楊明娟1，袁久云1,莊妤冰1,柯躍華1,杜昕穎1,汪舟佳1,陳澤良1

目的 對羊種布魯氏菌的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測序，鑒定基因組中新的轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA。方法 提取羊布魯氏菌的總RNA，去除rRNA后連接接頭逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，PCR擴(kuò)增后進(jìn)行測序，以羊布魯氏菌16M的基因組序列為參照對測序得到的reads進(jìn)行比對作圖，通過生物信息學(xué)方法進(jìn)行新轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA的鑒定。結(jié)果 測序數(shù)據(jù)分析顯示，reads在基因組上覆蓋度較好。與現(xiàn)有注釋基因相比，有773個(gè)基因的5′或3′端在基因組的原有位置基礎(chǔ)上發(fā)生了延伸，并發(fā)現(xiàn)了16個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本。根據(jù)測序結(jié)果，共鑒定出241條候選的非編碼RNA(sRNA)，進(jìn)一步的RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示，預(yù)測的sRNA在體外條件下有表達(dá)。結(jié)論 布魯氏菌基因組中存在除了預(yù)測以外的新的轉(zhuǎn)錄本，布魯氏菌中存在非編碼RNA且在不同條件下有差異表達(dá)。

布魯氏菌；RNA-Seq；轉(zhuǎn)錄組；sRNA

布魯氏菌病(Brucellosis, 簡稱布病)是由布魯氏菌引起的一種人獸共患傳染病，危害嚴(yán)重，在世界各地都有廣泛流行，該病不僅危害人類健康，還影響畜牧業(yè)的發(fā)展。目前布魯氏菌可分為9種，即羊種、牛種、豬種、犬種、綿羊附睪種、沙林鼠種、田鼠種、鯨型海洋種和鰭型海洋種[1-2]。在我國流行的主要是羊、牛和豬種布魯氏菌，其中羊種布魯氏菌流行最為廣泛。布魯氏菌是一種胞內(nèi)寄生菌，胞內(nèi)生存和復(fù)制是布魯氏菌的主要毒力特征。布魯氏菌主要是通過改變吞噬體的成熟過程來避免吞噬體與溶酶體的融合，從而使得細(xì)菌可以到達(dá)其胞內(nèi)復(fù)制部位內(nèi)質(zhì)網(wǎng)，開始大量復(fù)制[3]。基因組測序與基因的功能注釋，對于深入理解布魯氏菌的基因功能及其在致病性中的作用具有重要意義。

轉(zhuǎn)錄組是特定細(xì)胞或組織在特定時(shí)間或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的集合，是連接基因組遺傳信息與蛋白質(zhì)組生物功能之間的紐帶[4-5]。隨著新一代高通量測序技術(shù)的發(fā)展，轉(zhuǎn)錄組測序(RNA sequencing，RNA-Seq)技術(shù)已成為轉(zhuǎn)錄組研究的重要手段。RNA-seq能夠?qū)μ囟?xì)胞或組織在某一環(huán)境或生理?xiàng)l件下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行檢測，它在分析轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平、研究結(jié)構(gòu)變異的同時(shí)，還能夠發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和非編碼RNA[6-8]。與傳統(tǒng)的芯片雜交技術(shù)相比，RNA-Seq無需設(shè)計(jì)探針，也不需要事先知道參考基因組序列的注釋信息，并且具有分辨率高、背景噪音低等優(yōu)勢，目前已廣泛應(yīng)用于原核和真核生物的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。本研究以羊布魯氏菌為例，應(yīng)用RNA-Seq技術(shù)對其進(jìn)行高通量轉(zhuǎn)錄組測序分析，描繪出羊布魯氏菌的轉(zhuǎn)錄組圖譜，鑒定新的轉(zhuǎn)錄本以及非編碼RNA，為深入理解布魯氏菌與宿主細(xì)胞相互作用的機(jī)制奠定基礎(chǔ)，同時(shí)也為進(jìn)一步完善布魯氏菌基因結(jié)構(gòu)信息及挖掘潛在的新基因和非編碼RNA提供了有價(jià)值的數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 菌株、培養(yǎng)基及主要試劑

1.1.1 菌株 羊布魯氏菌Brucellamelitensis16M為本室保存。

1.1.2 培養(yǎng)基及培養(yǎng)條件 大豆胰蛋白胨瓊脂(TSA)和大豆胰蛋白胨肉湯(TSB)培養(yǎng)基購自生物梅里埃公司。挑取TSA平板上的羊布魯氏菌單菌落在5 mL TSB過夜培養(yǎng)至后，37 ℃培養(yǎng)至穩(wěn)定期，然后以1∶50轉(zhuǎn)接到100 mL的TSB培養(yǎng)基中，培養(yǎng)至對數(shù)生長中期。

1.1.3 分子生物學(xué)試劑 MasterPureTMRNA Purification Kit購自Epicenter公司，DNase購于美國 Qiagen公司；SYBR Green I定量PCR試劑盒購自TaKaRa公司；Trizol 購自Invitrogen公司；MICROBExpress bacterial mRNA enrichment kit購自美國Ambion 公司；RNA連接酶、CIP 酶、PNK酶購于NEB公司；接頭和引物在美國IDT公司合成；切膠回收試劑盒購于美國Qiagen公司；測序試劑購于美國Illumina公司。

1.2 RNA抽提和rRNA去除 MasterPureTMRNA Purification Kit提取羊布魯氏菌的總RNA，并用DNase消化，方法參照試劑盒說明進(jìn)行。之后，用MICROBExpress bacterial mRNA enrichment kit從總RNA中去除rRNA，純化的mRNA通過Agilent 2100生物分析儀進(jìn)行質(zhì)量檢測。

1.3 cDNA測序文庫的構(gòu)建及RNA-seq高通量測序 mRNA打斷成100-500 nt短片段后逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，3′末端加polyA并連接測序接頭，連接產(chǎn)物經(jīng)PCR擴(kuò)增得到測序文庫，用Illumina HiSeq 2000測序儀對文庫進(jìn)行序列測定。

1.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 測序所得的原始數(shù)據(jù)稱為原始序列(raw reads)。原始序列去除接頭序列、空讀序列(N的比例大于10%的讀數(shù))以及低質(zhì)量序列(質(zhì)量值Q≤20的堿基數(shù)占整個(gè)讀數(shù)的40%以上)后得到測序序列(clean reads)用于后續(xù)分析。參考基因組16M(AE008917.1和AE008918.1)及它們的注釋基因信息均從NCBI數(shù)據(jù)庫下載。使用短reads比對軟件SOAPaligner/SOAP2軟件將過濾后的clean reads比對到布魯氏菌基因組和相關(guān)基因，通過比對結(jié)果統(tǒng)計(jì)reads在參考基因組及基因序列上的分布情況及覆蓋度，同時(shí)利用RPKM(Reads Per Kb per Million reads)法[10]計(jì)算基因的表達(dá)量。

基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化及新轉(zhuǎn)錄本的預(yù)測如圖1所示，首先利用cufflinks軟件將比對上羊布魯氏菌基因組的測序序列進(jìn)行組裝拼接。通過比較gene model與現(xiàn)有注釋基因的差別，對基因的5′和3′端進(jìn)行延伸，由此優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)。如果組裝的轉(zhuǎn)錄本序列未能與現(xiàn)有基因比對上，而是位于現(xiàn)有基因之間的基因組上，同時(shí)滿足下列條件：距離現(xiàn)有的注釋基因200 bp以上；長度不短于150 bp；平均覆蓋度大于2, 則這些序列有可能為潛在的新轉(zhuǎn)錄本及新基因。

圖1 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化及新轉(zhuǎn)錄本鑒定流程

非編碼RNA(small non-coding RNA，sRNA)的預(yù)測主要是參考文獻(xiàn)9，從潛在的gene model中挑選出長度大于等于100 bp且平均覆蓋深度不小于的2的gene model，再從中找出位于基因間區(qū)的潛在gene model作為新轉(zhuǎn)錄本。如果其表達(dá)量與兩翼編碼區(qū)域相差15%以上，而且向上游或下游延伸200 nt有啟動(dòng)子的存在，則可作為候選的sRNA。

1.5 sRNA的RT-PCR驗(yàn)證 挑取候選的sRNA分子進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證。將培養(yǎng)至對數(shù)生長中期的16M菌液離心，PBS漂洗1遍。將菌體重懸到等量的不同培養(yǎng)基中進(jìn)行刺激處理后，用Trizol試劑提取布魯菌的RNA。酸刺激是將菌體重懸到pH4.0的TSB培養(yǎng)基中，37 ℃作用20 min；高氧刺激是將菌體重懸到含有440 mmol/L H2O2的TSB培養(yǎng)基(pH7.0)中，37 ℃作用20 min；營養(yǎng)缺乏刺激是將菌體重懸到GEM培養(yǎng)基[10]中(pH7.0)，37 ℃作用20 min；同時(shí)將菌體重懸于pH7.0的TSB培養(yǎng)基中，37 ℃作用20 min作為未處理對照。RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA后用針對候選sRNA分子和16sRNA的引物進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證。

2 結(jié) 果

2.1 轉(zhuǎn)錄組的測序數(shù)據(jù)評估 利用瓊脂糖凝膠電泳和Agilent 2100對提取的羊布魯氏菌總RNA質(zhì)量進(jìn)行評估，檢測結(jié)果顯示5S、16S和23S RNA條帶完整，23S/16S >1.5，OD260/280≥1.8，OD260/230≥1.8。結(jié)果表明RNA純度較高，質(zhì)量滿足下一步建庫要求。此外，我們通過檢測reads在基因組上的分布來評價(jià)測序文庫的隨機(jī)性。統(tǒng)計(jì)參考基因上不同位置比對上的Reads數(shù)量，因?yàn)椴煌膮⒖蓟蛴胁煌拈L度，我們把 Reads在基因上的位置標(biāo)準(zhǔn)化到相對位置(Reads在基因上的位置與基因長度的比值)。結(jié)果表明reads在基因組上分布均勻(圖2A)，說明片段的隨機(jī)性好?；蚋采w度統(tǒng)計(jì)表明，覆蓋率達(dá)90%～100%的基因數(shù)有2 779條，約占88%；覆蓋率達(dá)80%～90%的基因數(shù)有253條，約占8%(圖2B)。此結(jié)果表明，我們的測序結(jié)果隨機(jī)性好，并且對基因的覆蓋度良好，數(shù)據(jù)可以用于后續(xù)的轉(zhuǎn)錄組分析。

2.2 基因結(jié)構(gòu)的優(yōu)化 基因編碼區(qū)的起始與終止位置，是通過基因組注釋得到的，但真正的起始與終止位置有待驗(yàn)證。通過轉(zhuǎn)錄組測序，能夠?qū)虻慕Y(jié)構(gòu)進(jìn)行進(jìn)一步的確認(rèn)與優(yōu)化?；蚪Y(jié)構(gòu)優(yōu)化分析顯示，羊布魯氏菌基因組上共有773個(gè)基因的5′和或3′端在原有基礎(chǔ)上發(fā)生了延伸，不同延伸類型的統(tǒng)計(jì)結(jié)果見表2。從表中可以看出，I號染色體和II號染色體上的延伸分布有差異。部分基因的5′端和3′端的延伸情況見表3。

表1 樣品和參考基因組及參考基因比對的統(tǒng)計(jì)結(jié)果

表2 基因起始與終止位置延伸的基因分布

2.3 新轉(zhuǎn)錄本的鑒定 通過RNA-seq，本研究共鑒定出16個(gè)新轉(zhuǎn)錄本，長度分布為166～748 bp，其中13個(gè)位于I號染色體上，3個(gè)位于II號染色體上，具體信息見表4。

2.4 sRNA的預(yù)測及鑒定 通過轉(zhuǎn)錄組測序，在羊布魯氏菌16M的兩條染色體上共篩選出241條候選的sRNA分子，大小在100～834 nt之間(表5)，其中168個(gè)位于I號染色體上，73個(gè)位于II號染色體上。我們從中隨機(jī)抽取了10個(gè)sRNA候選分子用RT-PCR進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果表明其中7個(gè)sRNA分子在羊布魯氏菌中存在轉(zhuǎn)錄本，而且大多數(shù)sRNA在不同的環(huán)境壓力條件下表達(dá)量不同(圖3)，提示這些sRNA有可能在布魯氏菌適應(yīng)環(huán)境壓力中發(fā)揮一定的作用。

圖2 Reads隨機(jī)性分析(A)及基因覆蓋度統(tǒng)計(jì)(B)

表3 部分基因5′端和3′端的延伸

表4 鑒定的新轉(zhuǎn)錄本信息

表5 部分鑒定的新sRNA信息

T4: TSB 4.0, H: H2O2，G：GEM 7.0，T7: TSB 7.0.

3 討 論

布魯氏菌是一種胞內(nèi)寄生菌，適應(yīng)胞內(nèi)環(huán)境是布魯氏菌致病與生存的關(guān)鍵，因此了解布魯氏菌在胞內(nèi)極端苛刻環(huán)境下的生存機(jī)制對理解其致病機(jī)制至關(guān)重要。目前，已完成布魯氏菌7個(gè)種18株菌的全基因組測序工作，為進(jìn)一步在分子水平研究布魯氏菌與宿主相互作用奠定了基礎(chǔ)?；赟olexa、454和SOLID平臺的RNA-Seq作為近年來新發(fā)展起來的高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究提供了一種方便、有效的手段。目前該技術(shù)已廣泛用于基因表達(dá)水平比較分析，同時(shí)，該技術(shù)在進(jìn)一步完善基因組結(jié)構(gòu)信息、鑒定新轉(zhuǎn)錄本及非編碼RNA方面的應(yīng)用也受到大家的關(guān)注[11-14]。本研究應(yīng)用RNA-Seq技術(shù)對羊布魯氏菌進(jìn)行高通量轉(zhuǎn)錄組測序分析，為更全面地理解其發(fā)病機(jī)制提供必需的基礎(chǔ)資料。

對于RNA-Seq來說，沒有基因組DNA污染的高質(zhì)量RNA是保證其后續(xù)測序結(jié)果質(zhì)量的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。由于mRNA僅占到總RNA的3%～5%，因此當(dāng)總RNA提取完成后需要進(jìn)行mRNA富集。將富集后的mRNA打斷成小片段，并對末端進(jìn)行接頭修飾，為防止RNA自連，我們對RNA的5′ 末端進(jìn)行去磷酸化，然后再連接接頭逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，PCR擴(kuò)增后進(jìn)行測序。在構(gòu)建cDNA文庫時(shí)，采用特定的處理使其在后續(xù)的信息分析中能夠區(qū)分轉(zhuǎn)錄方向，并且確定轉(zhuǎn)錄本的邊界，從而可以更為準(zhǔn)確的計(jì)算基因的表達(dá)量，同時(shí)挖掘sRNA及其它非翻譯區(qū)的信息，獲得基因表達(dá)譜芯片技術(shù)無法獲得的信息。經(jīng)Illumina高通量深度測序后, 我們得到了一個(gè)包含6 666 668條原始測序讀數(shù)的測序文庫。比對分析顯示，能比對上參考基因組的reads所占比例為90.28%，其中比對到唯一位置的reads所占比例為51.45%。單位置比對(unique mapped)的reads主要為mRNA，而多位置比對(multi-position mapped)的reads基本上是rRNA和tRNA，因此我們在后續(xù)分析中使用的都是unique mapped reads，以保證分析結(jié)果的可信度。羊布魯氏菌16M兩條染色體上共有3 199條基因，3 170條基因被覆蓋比對上，其中高峰度表達(dá)的基因(比對到基因中的reads數(shù)多于10的基因)有3 157條。此結(jié)果表明，正常羊布魯氏菌至少表達(dá)轉(zhuǎn)錄了3 170條基因，而且絕大多數(shù)是高峰表達(dá)的。

RNA-Seq在進(jìn)一步完善基因組結(jié)構(gòu)信息和鑒定新轉(zhuǎn)錄本方面也發(fā)揮著重要作用。將RNA-Seq測序結(jié)果與羊布魯氏菌16M現(xiàn)有基因組上基因進(jìn)行比對后，發(fā)現(xiàn)共有773個(gè)基因的5′或3′端在原有基礎(chǔ)上發(fā)生了延伸。該結(jié)果表明，原基因的5′或3′UTR區(qū)的預(yù)測存在一定的偏差，而這些延伸進(jìn)一步優(yōu)化了相關(guān)基因的結(jié)構(gòu)。我們還對沒有與現(xiàn)有基因比對上，而是位于現(xiàn)有基因之間的基因組上的轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行了分析，共發(fā)現(xiàn)了16個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本，長度為166～748 bp，后續(xù)的深入研究需要對這些新轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

轉(zhuǎn)錄組測序的另一個(gè)重要作用就是挖掘和發(fā)現(xiàn)新的非編碼小RNA。細(xì)菌基因組中除了編碼基因外，還有一些不編碼基因也可被轉(zhuǎn)錄出來。由于這類RNA長度較短，具有調(diào)控功能，也被稱為非編碼小RNA(small non-coding RNA，sRNA)。細(xì)菌sRNA的長度在50～500堿基之間，不編碼蛋白質(zhì)，常位于基因間區(qū)，也有少數(shù)位于反義鏈上[15]。目前已在多種細(xì)菌中發(fā)現(xiàn)了sRNA的存在，其中研究最廣泛的是大腸桿菌和沙門氏菌。sRNA在細(xì)菌的生物學(xué)功能中發(fā)揮了重要的調(diào)節(jié)作用。目前認(rèn)為大部分的細(xì)菌sRNA在應(yīng)對環(huán)境變化的基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮重要作用，是細(xì)菌適應(yīng)環(huán)境壓力的重要調(diào)控子。它們的主要功能是感應(yīng)環(huán)境的變化，調(diào)控細(xì)胞的代謝途徑、生長方式使之與環(huán)境相適應(yīng)，以及控制細(xì)菌毒力基因的表達(dá)[16]。我們通過RNA-Seq在布魯氏菌16M的兩條染色體上共發(fā)現(xiàn)了241條候選的sRNA分子，大小在100～834 nt之間。這說明sRNA在布魯氏菌中是普遍存在的。布魯氏菌是一種胞內(nèi)寄生菌，它們主要寄生于機(jī)體的單核細(xì)胞(主要是巨噬細(xì)胞)內(nèi)。巨噬細(xì)胞內(nèi)微環(huán)境包含有多種殺(抑)菌物質(zhì)，比如酸、過氧化物、溶菌酶等。布魯氏菌必須適應(yīng)一系列不同的環(huán)境狀態(tài)才能在宿主體內(nèi)長期生存，而這種適應(yīng)主要是通過調(diào)控基因的協(xié)調(diào)表達(dá)來實(shí)現(xiàn)的[17]。我們隨機(jī)挑取了10個(gè)sRNA候選分子用RT-PCR進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果表明其中7個(gè)sRNA分子在羊布魯氏菌中均存在轉(zhuǎn)錄本，表明通過RNA-Seq的方法來發(fā)現(xiàn)sRNA是非常有效的。此外，我們還分析了這7個(gè)sRNA在不同的環(huán)境壓力條件下的表達(dá)，RT-PCR結(jié)果表明除了ncRNACandidate_33外，其它sRNA在不同的刺激條件下表達(dá)量不同，說明這些sRNA有可能在布魯氏菌適應(yīng)胞內(nèi)環(huán)境中發(fā)揮一定的作用。

綜上所述，我們將RNA-Seq技術(shù)成功地用于布魯氏菌的轉(zhuǎn)錄組研究中，該結(jié)果為描繪布魯氏菌的轉(zhuǎn)錄組圖譜奠定了基礎(chǔ)。通過本研究，還優(yōu)化了布魯氏菌的基因結(jié)構(gòu)、發(fā)現(xiàn)了新的轉(zhuǎn)錄本和新的sRNA，這些結(jié)果不僅增加了對布魯氏菌現(xiàn)有基因組信息的注釋，也為更全面地理解其致病機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。

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Identification of novel transcripts and sRNA ofBrucellamelitensisby RNA-Seq

GUO Ying-fei1,3,WANG Yu-fei2,GONG Chun-li1,YANG Ming-juan1,YUAN Jiu-yun1,ZHUANG Yu-bing1, KE Yue-hua1,DU Xin-ying1,WANG Zhou-jia1,CHEN Ze-liang1

(InstituteofDiseaseControlandPrevention,AcademyofMilitaryMedicalSciences,Beijing100071,China)

To identify novel transcripts and sRNA in genome ofB.melitensisby transcriptome sequencing, total RNA were extracted fromB.melitensisculture and rRNA were removed. After the addition of adaptor, RNA was reversely transcribed into cDNA, which were then subjected to PCR amplification and sequencing. The generated reads were mapped to genome sequence ofB.melitensisstrain 16M. With the mapping results, novel transcripts and sRNA were identified by bioinformatics methods. Sequencing results analysis showed that genome sequence was covered with the reads with good quality. A total of 773 genes were extended in their 5′ and/or 3′ ends of their original locations. Sixteen novel transcripts and 241 sRNAs candidates were identified. RT-PCR showed that some of the sRNAs were differentially expressed under stress conditions. InB.melitensisgenome, there is novel transcript which is not predicted. The sRNA does exist inB.melitensisand were expressed under different conditions.

Brucellamelitensis; RNA-Seq; transcriptome; sRNA

s: Wang Yu-fei, Email: yufeiwang21@yahoo.com; Chen Ze-liang, Email: zeliangchen@yahoo.com

10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2015.03.006

國家自然科學(xué)基金(81171530)，北京市科技新星資助項(xiàng)目(Z131102000413062)，北京市自然基金項(xiàng)目(6122030)

王玉飛，Email：yufeiwang21@yahoo.com 陳澤良，Email：zeliangchen@yahoo.com

1.軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院疾病預(yù)防控制所，北京 100071; 2.武警總醫(yī)院檢驗(yàn)科，北京 100069; 3.空軍司令部門診部，北京 100843

R378.5

A

1002-2694(2015)03-0216-06

Supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 81171530), the Beijing Novo Program (No. Z131102000413062), and the Natural Science Foundation of Beijing (No. 6122030)

2014-08-11；

2014-12-05