于永樂,張傳美,張 倩,楊海燕,楊瑞梅,張洪亮,單 虎
(1.青島農(nóng)業(yè)大學動物科技學院,山東 青島 266109;2.山東省黃島出入境檢驗檢疫局,山東 青島 266555)
犬細小病毒(CPV)是引起幼犬出血性胃腸炎和心肌炎的主要病原體之一。CPV-2最早發(fā)現(xiàn)于1978年,1978-2000年間,CPV-2先后發(fā)生了3次重要的基因變異,產(chǎn)生了CPV-2a、CPV-2b和CPV-2c 3種主要的抗原變異體[1]。到目前為止,新型變異株New CPV-2a、New CPV-2b、CPV-2c(a)和CPV-2c(b)已逐步取代了原始毒株在多個國家廣泛流行。在我國,1982年最早報道了此病的發(fā)生,此后的30多年伴隨著該病毒的不斷進化和變異。盡管目前為預(yù)防該病,疫苗接種工作已在國內(nèi)普及,但由于毒株不斷變異等原因,該病毒仍然廣泛流行,給我國養(yǎng)犬業(yè)帶來極大的損失。
CPV是單股、負鏈、線性DNA病毒,基因組全長5.2kb,包含兩個大開放閱讀框ORF1(編碼結(jié)構(gòu)蛋白VP1和VP2)和ORF2(編碼非結(jié)構(gòu)蛋白NS1和NS2),其中VP2蛋白是主要的衣殼蛋白和病毒保護性抗原蛋白,同時具有自我裝配形成病毒樣顆粒(VLPS)的能力。此外,研究表明,VP2基因某些區(qū)域的點突變會對病毒抗原性的差異造成影響[2]。本研究對山東地區(qū)分離的12株不同的CPV進行VP2基因擴增,并與國內(nèi)外流行毒株進行序列比較及遺傳變異分析,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,確定毒株類型,以便及時了解CPV流行毒株的差異及變異情況,為加強CPV的防治工作和制備有效的疫苗提供理論支持和參考。
1.1 材料 12株不同的CPV(命名為SDCP1-12),由青島農(nóng)業(yè)大學山東省預(yù)防獸醫(yī)學重點實驗室分離鑒定并保存。質(zhì)粒小量提取試劑盒為美國Omega公司產(chǎn)品;DNAiso Regent、DNA-Marker DL-2000、Taq DNA聚合酶、pMD 18-T Vector,均購自寶生物工程(大連)有限公司;DNA膠回收試劑盒,購自上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司。
1.2 方法
1.2.1 引物合成與VP2基因的擴增 根據(jù)GenBank上發(fā)表的CPV基因序列(登錄號:KF803643),設(shè)計1對擴增VP2全基因的引物,由北京賽百盛基因技術(shù)有限公司合成。擴增片段長度為1755 bp。上游:5′-ATGAGTGATGGAGCAGTTC-3′,下游:5′-TTAA TATAATTTTCTAGGTGC-3′,按照DNAiso Regent說明書提取病毒DNA,以提取12株CPV的DNA為模板進行PCR擴增,反應(yīng)結(jié)束后,PCR產(chǎn)物于1%瓊脂糖凝膠進行電泳鑒定。
1.2.2 PCR產(chǎn)物的回收、測序與序列分析 對PCR產(chǎn)物用試劑盒進行膠回收和純化,將目的片段與pMD18-T載體連接,并轉(zhuǎn)化DH5α感受態(tài)細胞,挑菌提取質(zhì)粒進行PCR鑒定,并將陽性質(zhì)粒進行序列測定。用DNAStar軟件將12株VP2基因的序列與CPV參考株序列以及國內(nèi)外流行毒株序列進行比較分析。用MEGA 5.0構(gòu)建核苷酸系統(tǒng)進化樹。
2.1 VP2基因擴增、測序及同源性分析 PCR擴增12株CPV,電泳結(jié)果出現(xiàn)與預(yù)期1755 bp大小一致的目的條帶。經(jīng)過序列測定,獲得12株CPV的VP2核苷酸序列。12株分離株(SDCP1-12)之間的核苷酸同源率為98.9%~100.0%,氨基酸同源率為98.8%~100.0%;與7株國外參考株CPV-b、CPV-15、V120、CPV-39、Taichung、V139、V203、56/00相比較,核苷酸同源率為98.8%~99.4%,氨基酸同源率為97.9%~100.0%;與疫苗株Vac1的核苷酸同源率為98.6%~99.0%,氨基酸同源率為97.4%~98.5%。表明各分離株與參考毒株同源率較高,差異??;但與疫苗株同源性相對較低,差異大。
2.2 VP2基因中非同義置換的堿基和氨基酸 將分離株核苷酸序列和氨基酸序列與參考毒株對比,與原始的CPV 2a/2b亞型毒株CPV-15/CPV-39相比,第297位氨基酸發(fā)生了Ser→Ala突變,第426位氨基酸發(fā)生了Asn→Asp突變,據(jù)此判定本次分離株SDCP1-4、SDCP6、SDCP9-11為New CPV-2a亞型,SDCP5、SDCP7、SDCP8、SDCP12為New CPV-2b亞型。所有分離株在87位(Met→Leu)、101位(Ile→Thr)、300位(Ala→Gly)、305位(Asp→Tyr)的突變相一致,這4處氨基酸的替換被認為是區(qū)分CPV-2及其變異體的重要依據(jù)[3]。此外,SDCP1第321位氨基酸N→D,497位氨基酸Q→L;SDCP5第167位氨基酸N→K,399位氨基酸T→I,549位氨基酸Q→L;SDCP10第551位氨基酸M→V;SDCP11第136位氨基酸L→M,182位氨基酸T→S;SDCP12第380位氨基酸F→C,這9處氨基酸的替換從未被報道,是本次分離株所特有的氨基酸突變。
2.3 系統(tǒng)進化樹分析 對12個分離株與Gen?Bank發(fā)表的61個國內(nèi)外CPV分離株進行比對,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹(圖1)。從圖中可以看出,除了SD?CP4和SDCP6外,其余各分離株聚集形成一個大的分支,與我國臺灣地區(qū)、泰國、韓國CPV株關(guān)系較近處于一個分支上,而與意大利、美國和越南株進化關(guān)系較遠。與國內(nèi)毒株相比,8個New CPV-2a亞型毒株與吉林、黑龍江、甘肅、北京等地毒株親緣關(guān)系較近;4個New CPV-2b亞型毒株與廣東、廣西等地毒株親緣關(guān)系較近,這與王凈等[4]研究一致,認為我國長江以北地區(qū)主要以CPV-2a流行為主,而廣東、云南、四川等南方地區(qū)則以CPV-2b流行為主。值得討論的是除了CPV07-04外,其余所有的山東株與本次分離株在拓撲分類上距離較遠??傮w看來,12個分離株并沒有形成獨立的分支。
圖1 73株C PV VP 2基因核苷酸系統(tǒng)進化樹
目前,CPV-2及其抗原變異株在世界范圍內(nèi)廣泛流行,New CPV-2a和New CPV-2b已基本替代了CPV-2a和2b在亞洲主要國家(中國、泰國和韓國)[5]流行,而CPV-2c在歐洲(意大利、德國、西班牙、法國)[6]、北美洲(美國)[7]和南美洲(巴西、阿根廷)[8]的流行比例正逐漸擴大。隨著CPV感染率和致病性持續(xù)升高,廣泛的分子流行病學調(diào)查極為重要。
CPV-2基因變異主要為集中在VP2基因的非同義置換,通過VP2基因定向漂移產(chǎn)生新抗原變異株[9]。本研究12個分離株VP2氨基酸序列共產(chǎn)生18處非同義突變位點,其中第182位氨基酸T→S替換與2012年四川分離株YAZA4相一致[10];第267位氨基酸F→Y替換并沒有展示在犬細小病毒的衣殼表面,此位點氨基酸改變可能不會影響病毒的抗原性[11];第321位N→D和324位Y→I替換在空間位置上恰好臨近323位,先前研究表明,93位(Lys→Asn)和323位(Asp→Asn)突變,使CPV獲得結(jié)合犬細胞表面TfR的能力[12],因此,321和324位氨基酸的突變可能引起CPV宿主范圍的改變;第380位和399位氨基酸位于350-400位B細胞抗原表位區(qū)內(nèi),其親水性和抗原指數(shù)較高,是蛋白潛在跨膜區(qū)[13],此處氨基酸的突變可能會影響病毒的抗原性;第440位Y→I替換在多個國家和地區(qū)已有報道,該位點處于三重纖突的頂端,是強陽性選擇位點[14],此處氨基酸的改變可能促使新型變異株的出現(xiàn);第136位氨基酸L→M,167位氨基酸N→K,497位氨基酸Q→L,549位氨基酸Q→L,551位氨基酸M→V,這5處突變均未見報道,這種變化是否會引起表型或生物學改變,有待進一步驗證和研究。
進化分析顯示,本次分離株與2005-2008年山東分離株進化關(guān)系較遠,與2009年之后的分離到的各亞型毒株(泰國,中國臺灣地區(qū),吉林,黑龍江,甘肅,廣東,廣西等地)親緣關(guān)系較近,我們認為造成兩者差異的原因有兩個:一是CPV高的突變速率和持續(xù)的選擇壓力迫使新分離毒株產(chǎn)生了不同的遺傳變異;二是山東沿海和國內(nèi)外貿(mào)易及人員來往密切,有將國外毒株帶到國內(nèi)的可能。然而,具體的進化機制和演變過程還需要進一步研究。本研究對2013年分離到的12株CPV流行毒株進行了VP2基因克隆與遺傳變異分析,8株為New CPV-2a亞型,4株為New CPV-2b亞型,與國內(nèi)外參考毒株核苷酸和氨基酸同源率在98%以上,且分離株VP2基因及其推導(dǎo)的氨基酸的變異主要以點突變?yōu)橹?,關(guān)鍵氨基酸位點未見明顯改變。
[1]Hoelzer K,Parrish C R.The emergence of parvoviruses of carni?vores[J].Vet Res,2010,41(6):39-51.
[2]Muz D,Oguzoglu T C,Timurkan M O,et al.Characterization of the partial VP2 gene region of canine parvoviruses in domestic cats from Turkey[J].Virus Genes,2012,44:301-308.
[3]Hong C,Decaro N,Desario C,et a l.Occurrence of canine parvo?virus type 2c in the United States[J].J Vet Diagn Invest,2007,19(5):535-539.
[4]王凈,李英俊,李剛,等.犬細小病毒北京分離株VP2基因克隆及變異分析[J].中國獸醫(yī)學報,2011,31(5):649-653.
[5]Phromno S,Sirinarumitr K,Sirinarumitr T.Sequence analysis of VP2 gene of canine parvovirus isolates in Thailand[J].Virus Genes,2010,41(1):23-29.
[6]Decaro N,Buonavoglia C.Canine parvovirus-a review of epidemi?ological and diagnostic aspects,with emphasis on type 2c[J].Vet Microbiol,2012,155:1-12.
[7]Kapil S,Cooper E,Lamm C,et al.Canine parvovirus types 2c and 2b circulating in North American dogs in 2006 and 2007[J].J Clin Microbiol,2007,45:4044-4047.
[8]Gallo Calderon M,Wilda M,Boado L,et al.Study of canine par?vovirus evolution:comparative analysis of full-length VP2 gene sequences from Argentina and international field strains[J].Virus Genes,2012,44:32-39.
[9] Hoelzer K,Shackelton L A,Parrish C R,et al.Phylogenetic anal?ysis reveals the emergence,evolution and dispersal of carnivore parvoviruses[J].J Gen Virol,2008,89(9):2280-2289.
[10]梁璐琪,張恒,魏勝男,等.藏獒源犬細小病毒的分離鑒定[J].中國獸醫(yī)科學,2012,42(02):144-149.
[11]Agbandje M,McKenna R,Rossmann M G,et al.Structure deter?mination of feline panleukopenia virus empty particles[J].Pro?teins,1993,16:155-171.
[12]Hueffer K,Parker J S L,Weichert W S,et al.The natural host range shift and subsequent evolution of canine parvovirus resulted from virus-specific binding to the canine transferring receptor[J].J Virol,2003,77:1718-1726.
[13]郭偉,商曉桂,單同領(lǐng),等.犬細小病毒上海分離株全基因的克隆及進化樹分析[J].中國動物傳染病學報,2009,17(3):27-32.
[14]Pereira C A,Leal E S,Durigon E L.Selective regimen shift and demographic growth increase associated with the emergence of high-fitness variants ofcanine parvovirus[J].Infect Genet Evol,2007,7(3):399-409.