黃旭穎 李劍平
(遼寧省沈陽中心血站,遼寧 沈陽 110044)
冰凍血樣的DNA提取方法比較
黃旭穎 李劍平
(遼寧省沈陽中心血站,遼寧 沈陽 110044)
目的 探索冰凍血樣的最佳提取方法,保證DNA檢測分析的質量。方法 采用離心柱法和磁珠法進行DNA提取,分析所得DNA的濃度和純度。結果 兩種DNA提取方法提取DNA純度均符合實驗要求(1.6~1.9),兩種方法無統(tǒng)計學差異;磁珠法提取凍存血樣所得DNA濃度高于離心柱法,有統(tǒng)計學意義。結論 對于冰凍血液的DNA提取,磁珠法優(yōu)于離心柱法。
冰凍血;DNA提?。环椒?;比較
從全血中提取基因組DNA是許多分子生物學實驗的基礎。DNA的純度和濃度直接影響HLA分型結果的準確性。不同的檢測技術對DNA材料的量要求不同[1]。中國造血干細胞捐獻者資料庫的HLA基因分型工作所采用的全血血樣,有時是新鮮血樣提取,絕大多數(shù)都是冰凍血樣。血樣存儲時間越長,提取出的DNA含量就越低[2]。本實驗室就冰凍血樣采用離心柱法和磁珠法提取基因組DNA,以確定哪種方法更適合冰凍血樣的提取。
1.1材料
1.1.1標本:均來自造血干細胞捐獻者血樣100份。EDTA抗凝血3~5 mL,-60 ℃冷凍保存3年,DNA提取時使用全血200 μL。
1.1.2試劑:血液基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),天根生物技術科技有限公司生產(chǎn);血液基因組DNA提取試劑盒(磁珠法),TBG公司生產(chǎn)。
1.1.3儀器:離心柱法使用德國生產(chǎn)的HERMLE Z323高速離心機和HH?W21?600型電熱恒溫水箱,磁珠法使用Ezbead System-32型提取儀(產(chǎn)地:臺灣),基因組DNA含量和純度檢測使用Merinton SMA4000核酸蛋白測定儀。
1.2方法
1.2.1離心柱法:取血液樣品200 μL,加入20 μL蛋白酶K溶液混勻,加入200 μL緩沖液GB,充分顛倒混勻,56 ℃放置10 min,其間顛倒混勻數(shù)次;加200 μL無水乙醇充分顛倒混勻;將所得溶液加入一個吸附柱中,13400 g離心30 s棄廢液;向吸附柱中加入500 μL緩沖液GD,離心棄廢液;向吸附柱中加入600 μL漂洗液PW,離心棄廢液;向吸附柱中加入600 μL漂洗液PW,離心棄廢液;將吸附柱轉入1.5 mL離心管中,向吸附膜中間位置懸空滴加70 μL洗脫緩沖液TB,離心2 min,將溶液收集到離心管中。
1.2.2磁珠法:使用96孔深孔板,在第1及7列加入裂解液800 μL,第2及8列加入洗液1 1000 μL、磁珠80 μL,第3及9列加入洗液1 1000 μL,第4及10列加入洗液2 1000 μL,第5及11列加入洗液2 1000 μL,第6及12列加入洗脫液150 μL;將200 μL全血樣本對應加入標識的深孔板的第1及7列孔中;將反應板置于Ezbead System-32中加熱組件滑槽內(nèi),點擊運行程序;程序運行結束后取出反應板,將第6及12列的DNA移至潔凈的離心管中。
1.2.3DNA濃度和純度檢測:SMA4000微量分光光度計預熱30 min,選擇SMA4000模塊,清洗檢測平臺,點擊Nucleic Acid程序,2 μL蒸餾水做空白對照,2 μLDNA進行純度(A260nm/A280nm)和濃度(ng/μL)的測定。
圖1 兩種方法提取DNA濃度比較
圖2 兩種方法提取DNA純度比較
見表1。用SPSS16.0軟件對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計學分析,磁珠法提取冰凍血樣所得DNA的濃度高于離心柱法,有統(tǒng)計學意義;而磁珠法和離心柱法提取DNA 的純度均符合實驗要求(1.6~1.9),無統(tǒng)計學差異。具體見圖1和圖2。提取的DNA已用于進行HLA基因分型,成功地進行了分型。
表1 兩種方法提取DNA濃度和純度的比較
分子生物學實驗中常用的DNA提取方法有胍鹽酸法、鹽析法、離心柱法、磁珠法等。核酸純化是分子生物學的基礎實驗,核酸得率、純度及可重復性是評估核酸純化效果的重要指標[3]。
離心柱法采用了可以特異性結合DNA的離心吸附柱,提取血液中的基因組DNA。離心吸附柱中采用的硅基質材料能高效、專一吸附DNA,可最大限度去除雜質蛋白及細胞中其他有機化合物。使用200 μL血樣提取時不需要裂解,提取新鮮血樣效果好,已在本室應用多年。
磁珠法提取DNA時,首先對血樣進行了裂解,被裂解的全血中加入磁珠后,磁珠在裂解液的作用下表面的硅離子帶上正電荷,特異性地吸附帶有負電的核酸,但帶有正電的蛋白質和不帶電的其他雜質仍然留在溶液中[4]。提取儀程序設置使磁棒有無磁性以達到吸附或洗脫磁珠的原理,使吸附到磁珠表面的核酸通過裂解、洗滌以獲得純化的核酸模板。提取儀提取DNA操作簡便、快速,對于中國造血干細胞捐獻者資料庫的冰凍血樣,有明顯的優(yōu)勢。
[1]段瑩,于衛(wèi)建.-40℃條件下儲存不同時間的全血對提取DNA濃度的影響[J].中國輸血雜志,2011,24(11):973-974.
[2]朱建立,李曉天,溫戰(zhàn)迎,等.兩種提取人血凝塊基因組DNA方法的比較[J].山東醫(yī)藥,2013,53(19):33-35.
[3]王大明,唐斯,鄒紅巖,等.自動工作站提取基因組DNA方法的建立及其在HLA基因分型中的應用[J].現(xiàn)代醫(yī)學檢驗雜志,2007,22(3):1-3.
[4]王大明,鄒紅巖,李楨,等.全血反復凍融對工作站提取基因組DNA的影響[J].現(xiàn)代醫(yī)學檢驗雜志,2009,24(3):96-98.
R446.9
B
1671-8194(2015)25-0058-01