段 燁,高志強(qiáng),王慧珊,張鶴曉,李 灝
(1.北京化工大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,北京 朝陽(yáng) 100029;2.北京出入境檢驗(yàn)檢疫局,北京 朝陽(yáng) 100026;3.北京森康生物技術(shù)開(kāi)發(fā)有限公司,北京 懷柔 101400)
核酸適體技術(shù)及其在獸藥殘留檢測(cè)中的應(yīng)用
段 燁1,高志強(qiáng)2,王慧珊3,張鶴曉2,李 灝1
(1.北京化工大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,北京 朝陽(yáng) 100029;2.北京出入境檢驗(yàn)檢疫局,北京 朝陽(yáng) 100026;3.北京森康生物技術(shù)開(kāi)發(fā)有限公司,北京 懷柔 101400)
近年來(lái),隨著食品安全事件的頻繁發(fā)生,獸藥殘留已逐漸成為人們普遍關(guān)注的一個(gè)社會(huì)熱點(diǎn)問(wèn)題。傳統(tǒng)的獸藥殘留檢測(cè)方法主要包括氣相色譜法、液相色譜法、毛細(xì)管電泳法等,這些方法其具有檢測(cè)靈敏度較高、穩(wěn)定性較好等特點(diǎn),但對(duì)樣品潔凈度的要求較高以及檢測(cè)成本較高,使得這幾種檢測(cè)方法無(wú)法滿足現(xiàn)場(chǎng)快檢的要求。因此,人們有必要開(kāi)發(fā)更為簡(jiǎn)單、快速、有效的獸藥殘留檢測(cè)方法。
核酸適體(aptamer),取自于拉丁文的“aptus”(意為適合)與希臘單詞“meros”,中文譯為“適體”、“適配子“或“核酸適體”[1]。適體的功能類似于抗體,適體-靶分子的結(jié)合與抗原-抗體的結(jié)合相似,同樣具有高度特異性,此外,適體還具有許多明顯優(yōu)于抗體的特性:(1)適體的靶分子范圍非常廣泛;(2)適體的親和力強(qiáng)、特異性高;(3)適體穩(wěn)定性好。
正是基于核酸適體的上述優(yōu)點(diǎn),核酸適體技術(shù)在分析化學(xué)[2]、臨床[3]、食品安全[4]、分子識(shí)別[5]、藥物篩選[6]及藥物殘留檢測(cè)等方面都展現(xiàn)了廣闊的應(yīng)用前景。本文就核酸適體技術(shù)及其在獸藥殘留檢測(cè)分析中的應(yīng)用進(jìn)展及相關(guān)問(wèn)題進(jìn)行綜述。
核酸適體技術(shù)主要運(yùn)用由Tuerk和Gold等人于1990年建立的指數(shù)富集的配基系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)(Systematic evolution of ligands by exponential en?richment,SELEX),對(duì)體外人工合成的隨機(jī)寡核苷酸序列庫(kù)進(jìn)行反復(fù)篩選,從而獲得能以極高親和力和特異性與靶分子結(jié)合的一段寡核苷酸序列[7]。
1.1 SELEX技術(shù)原理及步驟 SELEX技術(shù)原理如圖1所示,通過(guò)重復(fù)篩選與擴(kuò)增,一些與靶物質(zhì)不結(jié)合或親和力較低的DNA或RNA分子被洗脫,而與靶物質(zhì)具有高親和力的DNA或RNA(適體)被從起初隨機(jī)文庫(kù)中分離出來(lái),且其純度隨SELEX過(guò)程的進(jìn)行而增高,從pmol級(jí)到nmol級(jí),最終占據(jù)庫(kù)的大多數(shù)(>90%)。
1.2 核酸適體篩選中的分離方法 如何分離與
靶物質(zhì)結(jié)合的寡核苷酸分子是篩選過(guò)程的關(guān)鍵,但是在實(shí)際篩選中,SELEX技術(shù)往往受到篩選環(huán)境及技術(shù)本身限制,影響分離效果和篩選效率。近年來(lái),研究人員在傳統(tǒng)SELEX基礎(chǔ)上,發(fā)展出許多不同的篩選分離方法。
圖1 SELEX流程
1.2.1 硝酸纖維素膜(Nitrocellulose filtermembrane,NC)過(guò)濾法 硝酸纖維素膜過(guò)濾法利用NC膜能吸附蛋白而不吸附游離DNA的特性,將共孵育的混合物經(jīng)NC膜用真空抽吸過(guò)濾,與靶分子結(jié)合的寡核苷酸分子滯留在濾膜上,而未結(jié)合靶分子的游離寡核苷酸分子則被濾除掉。經(jīng)洗滌、剪碎濾膜,利用洗脫、乙醇沉淀等回收與NC膜結(jié)合的寡核苷酸分子。劉曉靜[8]于2004年用硝酸纖維素膜過(guò)濾法篩選到了人TGF-βRII核酸適體。該法操作簡(jiǎn)單、成本低,無(wú)需特殊設(shè)備;但此法不能應(yīng)用于較小的靶分子,且對(duì)具有豐富構(gòu)象的隨機(jī)寡核苷酸序列有較強(qiáng)的背景吸附。
1.2.2 親和柱法 親和柱法是將靶分子通過(guò)共價(jià)鍵或親和力連接到凝膠樹(shù)脂上,將隨機(jī)單鏈寡核苷酸庫(kù)灌注層析柱,其與靶分子在層析柱上作用一定時(shí)間后,用沖洗緩沖液進(jìn)行沖洗,與靶物質(zhì)結(jié)合的文庫(kù)序列會(huì)滯留在樹(shù)脂上,未結(jié)合序列則流出層析柱,最后加入洗脫液洗脫下結(jié)合序列,即可獲得相應(yīng)的核酸適體。該法操作簡(jiǎn)便,能適用于小分子靶物質(zhì)的核酸適體篩選。
2008年秦川[9]把青霉素與Epoxy(環(huán)氧基)活化瓊脂糖凝膠FF偶聯(lián)做固定相,通過(guò)親和柱層析SELEX篩選方法,篩選獲得青霉素的核酸適體。
1.2.3 磁珠法 磁珠可作為固相載體用于SELEX篩選,該法不僅可改善傳統(tǒng)硝酸纖維素膜過(guò)濾法和親和柱法相對(duì)費(fèi)時(shí)費(fèi)力、效率低下等問(wèn)題,還可用于分離和建立所篩選的次級(jí)文庫(kù)。1997年,Bruno等人[10]率先將甲苯磺酰基活化的磁珠作為固相載體連接靶蛋白,利用SELEX技術(shù)篩選核酸適體,他們將PCR引物進(jìn)行生物素標(biāo)記,經(jīng)PCR擴(kuò)增后核酸適體會(huì)被生物素標(biāo)記,加入固定在磁珠上的靶蛋白及鏈親和素就可檢測(cè)每輪篩選文庫(kù)與靶蛋白的結(jié)合力。
1.2.4 聚丙烯微孔板法 聚丙烯微孔板法是將靶分子固定在微孔板上,用牛血清封閉其余的位點(diǎn),然后加入隨機(jī)寡核苷酸文庫(kù),共孵育之后通過(guò)簡(jiǎn)單洗滌即可除去未結(jié)合的寡核苷酸序列,最后洗脫回收結(jié)合的寡核苷酸序列。2007年,馮香玲[11]將DON(脫氧雪腐鐮刀菌烯醇)人工抗原吸附在微孔板上,以其作為固定相,經(jīng)過(guò)10輪的篩選和擴(kuò)增,得到了DON特異性的核酸適體。該法操作簡(jiǎn)單,成本低;但篩選效率較低。
1.2.5 毛細(xì)管電泳(Capillary electrophoresis,CE)法
毛細(xì)管電泳法基于結(jié)合靶分子的寡核苷酸分子電泳遷移速度變緩的原理,進(jìn)行核酸適體的篩選分離。
2004年,Mendonsa等人[12]利用毛細(xì)管電泳成功分離獲得免疫球蛋白IgE的核酸適體。CE-SELEX的出現(xiàn)極大提高了篩選效率和靶蛋白的適體親和力,僅需2-4輪篩選就可獲得靶分子高親和力的ssDNA特異適體。但該法也存在諸如分離量小、不同靶分子的電泳條件需要各自優(yōu)化等缺點(diǎn),對(duì)不能引起較高電泳遷移率的靶分子如一些小分子、細(xì)胞等的分離效率低下;此外毛細(xì)管電泳儀的低普及程度也限制了CE-SELEX技術(shù)應(yīng)用和推廣。
以上這5種分離方法都有它們的優(yōu)缺點(diǎn),因此,要根據(jù)靶分子的性質(zhì)特性以及獲得的核酸適體的用途來(lái)選擇何種分離方法。
獸藥在預(yù)防和治療動(dòng)物疾病,特別是細(xì)菌病、寄生蟲(chóng)病方面極其重要,有些獸藥作為飼料添加劑在促進(jìn)動(dòng)物生長(zhǎng)。獸藥的長(zhǎng)期過(guò)度使用導(dǎo)致了獸藥殘留。獸藥殘留(Residues ofveterinary drug)是指動(dòng)物用藥后,任何可食動(dòng)物源性產(chǎn)品中所含有的原型藥物或/和其代謝產(chǎn)物,以及與獸藥有關(guān)雜質(zhì)的殘留[13]。殘留在動(dòng)物體內(nèi)的獸藥,可隨食物鏈進(jìn)入人體,對(duì)人類健康構(gòu)成潛在威脅。核酸適體技術(shù)具有高特異性及靈敏度,可較好地進(jìn)行獸藥殘留檢測(cè)。
2.1 核酸適體技術(shù)在抗生素類藥物檢測(cè)分析中的應(yīng)用 為有效預(yù)防和治療畜禽疾病,抗生素類藥品和飼料被廣泛應(yīng)用于畜禽養(yǎng)殖,然而抗生素濫用,對(duì)環(huán)境安全及人類健康均造成極大威脅。因此,針對(duì)抗生素殘留超標(biāo)的檢測(cè)不容忽視。
由于大部分抗生素都是半抗原,用免疫反應(yīng)獲得其抗體比較困難,但核酸適體技術(shù)的出現(xiàn)為抗生素殘留的檢測(cè)提供了新思路,即以抗生素作為靶物質(zhì)通過(guò)體外篩選其核酸適體,進(jìn)而用于檢測(cè)分析。近年來(lái),已有多種抗生素的核酸適體被篩選獲得并在檢測(cè)中得以應(yīng)用(表1)。Wochner等人[21]則將所篩選出的柔紅霉素的核酸適體固定于金納米顆粒,構(gòu)建了一種電化學(xué)傳感器,用于檢測(cè)人尿液中該藥物的殘留。2009年,Lee等人[22]將他們所篩選的土霉素的核酸適體作為分子識(shí)別元件,利用電化學(xué)生物傳感器對(duì)土霉素進(jìn)行檢測(cè),檢測(cè)線范圍為1~100 nmol/L。
表1 部分抗生素核酸適體
2.2 核酸適體技術(shù)在磺胺類藥物以及驅(qū)蟲(chóng)劑類藥物檢測(cè)分析中的應(yīng)用 磺胺類藥物為廣譜抗菌藥,對(duì)許多革蘭陽(yáng)性菌和陰性菌均有效。在近15-20年,動(dòng)物源食品中磺胺類藥物殘留量超標(biāo)現(xiàn)象十分嚴(yán)重,所以對(duì)其檢測(cè)迫在眉睫。2013年,倪姮佳[23]利用SELEX技術(shù),經(jīng)過(guò)9輪篩選成功獲得磺胺甲基嘧啶的核酸適體,其篩選率約為75%;并建立了基于磺胺甲基嘧啶核酸適體的直接競(jìng)爭(zhēng)化學(xué)發(fā)光免疫分析方法。其檢測(cè)限為0.92 nmol/mL,IC50為5.61 ng/mL,線性范圍為1.85~21.57 ng/mL。該方法可成功檢測(cè)牛奶中磺胺甲基嘧啶殘留,其回收率為88.0%~98.2%,變異系數(shù)為10.0%~23.4%。
驅(qū)蟲(chóng)劑類以有機(jī)磷類化合物應(yīng)用最廣泛,可有效殺滅生物機(jī)體內(nèi)外的寄生蟲(chóng)。近幾年來(lái),核酸適體技術(shù)在驅(qū)蟲(chóng)劑檢測(cè)分析中的應(yīng)用正在興起。例如,王麗等人[24]于2013年利用核酸適體技術(shù),從一個(gè)固定的隨機(jī)ssDNA庫(kù)中對(duì)甲拌磷、丙溴磷、水胺硫磷、氧化樂(lè)果等4種有機(jī)磷農(nóng)藥的DNA適體進(jìn)行了同時(shí)篩選并建立了檢測(cè)方法。
2.3 核酸適體技術(shù)在激素與其他生長(zhǎng)促進(jìn)劑類檢測(cè)分析中的應(yīng)用 在畜牧生產(chǎn)過(guò)程中,為加快畜禽增長(zhǎng)及出欄率,過(guò)量激素或生長(zhǎng)素經(jīng)常被人為添加。當(dāng)人食用這些含大量激素的肉類食品后,也會(huì)導(dǎo)致相應(yīng)疾病的發(fā)生,甚至導(dǎo)致死亡。因此,很有必要加大對(duì)食品中這些物質(zhì)的檢測(cè)、監(jiān)管力度。為了更快捷、方便的檢測(cè),科研工作者篩選獲得了多種激素的核酸適體(表2)。Kim等人[25]將17-β雌二醇的核酸適體與電極相連,利用電化學(xué)生物傳感器對(duì)17-β雌二醇進(jìn)行檢測(cè)。
2.4 核酸適體技術(shù)在其他非法添加物檢測(cè)分析中的應(yīng)用 孔雀石綠曾被許多國(guó)家廣泛用作水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)中的殺蟲(chóng)劑和殺菌劑,用以殺滅體外寄生蟲(chóng)和魚卵中的真菌。由于孔雀石綠在魚體內(nèi)和環(huán)境中殘留時(shí)間長(zhǎng),并具有潛在致突變、致畸和致癌的危險(xiǎn)性,故我國(guó)、美國(guó)、加拿大以及歐盟等許多國(guó)家均禁止將其作為獸藥用于人類食用魚。2001年,Grate等人[28]利用RNA適體對(duì)孔雀石綠進(jìn)行檢測(cè),檢出限可達(dá)到1μmol/L,從此該核酸適體被作為識(shí)別元素用于魚肉組織內(nèi)的孔雀石綠的熒光檢測(cè)。
表2 部分激素核酸適體
此外,各種汞制劑如氯化亞汞、硝酸亞汞、乙酸汞、吡定基乙酸汞,曾被作為有效的殺蟲(chóng)劑而用于動(dòng)物殺蟲(chóng),但因其劇毒性,現(xiàn)已被禁止作為獸藥繼續(xù)使用。2009年,Xu等人[29]設(shè)計(jì)了6條長(zhǎng)
度為20個(gè)核苷酸且富含T堿基的DNA序列,利用非修飾的納米金建立了基于納米金顏色變化的Hg+檢測(cè)方法,結(jié)果發(fā)現(xiàn)含有4個(gè)T-T堿基對(duì)序列的檢測(cè)效果最好,檢出限可達(dá)0.51μmol/L。
核酸適體技術(shù)自問(wèn)世以來(lái),在篩選技術(shù)上不斷豐富和完善,應(yīng)用領(lǐng)域不斷拓展。通過(guò)篩選獲得的核酸適體已被廣泛用于激素類、殺菌劑、抗生素、驅(qū)蟲(chóng)劑等獸藥殘留的檢測(cè),其檢出限已經(jīng)超過(guò)了傳統(tǒng)檢測(cè)方法,其檢測(cè)靈敏度可完全達(dá)到相關(guān)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)。
與其他傳統(tǒng)的檢測(cè)方法如色譜法、酶標(biāo)法相比,基于核酸適體的檢測(cè)方法有很強(qiáng)的發(fā)展?jié)摿?,具有操作?jiǎn)單,耗時(shí)短,靈敏度高,成本低廉,且易于現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)等特點(diǎn),非常適用于獸藥殘留的現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè)和風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警。但是核酸適體技術(shù)在獸藥殘留檢測(cè)分析領(lǐng)域依舊面臨著許多問(wèn)題和挑戰(zhàn),例如,相比于種類繁多的抗體,針對(duì)不同獸藥的核酸適體的種類是有限的,這也是制約核酸適體用于獸藥殘留檢測(cè)發(fā)展的主要瓶頸。
此外,傳統(tǒng)SELEX技術(shù)以小分子為靶分子進(jìn)行篩選時(shí),通常把靶分子固定在凝膠或者磁珠上,來(lái)實(shí)現(xiàn)分離過(guò)程。但是類似獸藥等小分子,直接固定在基質(zhì)上有一定難度,需要在小分子上引入活性基團(tuán)使其與固相載體結(jié)合。而獸藥靶分子的改造需要保證其活性不被破壞,且不能掩蓋與核酸的結(jié)合位點(diǎn)。因此,如何既能固定靶分子,又能保證靶分子的活性以及其結(jié)合位點(diǎn)不被阻斷,將是未來(lái)的重要研究方向。
總之,隨著核酸適體技術(shù)的不斷進(jìn)步,其在獸藥殘留檢測(cè)中的應(yīng)用也將更為廣泛和深入,必將促進(jìn)獸藥殘留檢測(cè)的發(fā)展。
[1]http://baike.baidu.com/view/1185010.htm.
[2]張?jiān)聜b,宋茂勇,李濤,等.適配體的篩選及在生命分析化學(xué)中的應(yīng)用[J].生物技術(shù),2009,19(5):90-94.
[3]張貝,鄔芳玉,張烷和.核酸適配子及其在腫瘤診斷與治療中的應(yīng)用[J].國(guó)際腫瘤學(xué)雜志,2006,38(10):756-763.
[4]徐敦明,吳敏,鄒遠(yuǎn),等.核酸適體技術(shù)在食品安全分析中的應(yīng)用[J].分析化學(xué)評(píng)述與進(jìn)展,2011,6(6):925-933.
[5]周成林,許化溪.SELEX技術(shù)及Aptamer在小分子中的應(yīng)用進(jìn)展[J].中國(guó)國(guó)境衛(wèi)生檢疫雜志,2011.8(34):276-288.
[6]Micheal Famulok,Jorg S.Hartig and gunter mayer fuctional ap?tamers and aptazymes in biotechnology,diagnostics,and therapy [J].ChemicalReview,2007,8:3715-3743.
[7]Tuerk C,Gold L.Systematic evolution of ligands by exponential enrichment:RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase [J].Science,1990,249(4968):505-510.
[8]劉曉靜.SELEX技術(shù)篩選人TGF-βRII親和核酸庫(kù)方法的建立[D].重慶:第三軍醫(yī)大學(xué).2004.
[9]秦川,SELEX技術(shù)篩選青霉素類抗生素適體及其運(yùn)用方法的初步探索[D].重慶:西南大學(xué),2008.
[10]Bruno J G.In vitro selection of DNA to chloroaromatics using magnetic microbead-based affinity separation and fluorescence detection[J].Biochem Biophys Res Commun,1997,234(1):117-120.
[11]馮香玲,采用SELEX技術(shù)篩選脫氧雪腐鐮刀菌烯醇適配子的初步研究[D].南昌:南昌大學(xué),2007.
[12]Mendonsa SD,Bowser M T.In vitro evolution of functional DNA using capillaryelectrophoresis[J].JAm Chem Soc,2004,126(1):20-21.
[13]http://baike.baidu.com/view/1140479.htm.
[14]Jaytry Mehta,Bieke Van Dorst,Elsa Rouah-Martin,Wouter Her?rebout,Marie-Louise Scippo.In vitro selection and characteriza?tion of DNA aptamers recognizing chloramphenicol[J].Journal of Biotechnology,2011,10(155):361-369.
[15]秦川,SELEX技術(shù)篩選青霉素類抗生素適體及其運(yùn)用方法的初步探索[D].重慶:西南大學(xué),2008.
[16]Niazi JH,Lee S J,Kim Y S,et al.Ssdna Aptamers That Selec?tively Bind Oxytetracycline[J].Bioorganic and Medicinal Chemis?try,2008,16(3):1254-1261.
[17]Zhou N,Wang J,Zhang J,et al.Selection and Identification of Streptomycin-Specific Single-Stranded DNA Aptamers and the Application in the Detection of Streptomycin in Honey[J].Talanta,2013,108(0):109-116.
[18]Niazi JH,Lee S J,Gu M B.Single-Stranded DNA Aptamers Spe?cific for Antibiotics Tetracyclines[J].Bioorganic and Medicinal Chemistry,2008,16(15):7245-7253.
[19]Song K M,Cho M,Jo H,et al.Gold Nanoparticle-Based Colori?metric Detection of Kanamycin Using a DNA Aptamer[J].Analyti?cal Biochemistry,2011,415(2):175-181.
[20]Schiirer H,Stembera K,Knoll D,et al.Aptamers That Bind to the Antibiotic Moenomycin A[J].Bioorganic and Medicinal Chem?istry,2001,9(10):2557-2563.
[21]Wochner A,Menger M,Orgel D,et al.A DNA Aptamer with High Affinity and Specificity for Therapeutic Anthracyclines[J]. Analytical Biochemistry,2008,373(1):34-42.
[22]Niazi JH,Lee S J,Kim Y S,et al.Ssdna Aptamers That Selec?tively Bind Oxytetracycline[J].Bioorganic and Medicinal Chemis?try,2008,16(3):1254-1261.
[23]倪姮佳,恩諾沙星和磺胺二甲嘧啶核酸適配體的篩選及化學(xué)發(fā)光檢測(cè)方法的研究[D].北京:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué),2013.
[24]王麗,劉賢金,張存政,等.4種有機(jī)磷農(nóng)藥DNA適體的篩選及結(jié)構(gòu)分析[J].南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2013,36(6):117-122.
[25]Kim Y S,Jung H S,Matsuura T,et al.Electrochemical Detection of 17β-Estradiol Using DNA Aptamer Immobilized Gold Elec?trode Chip[J].Biosensors and Bioelectronics,2007,22(11):2525-2531.
[26]Jo M,Ahn J Y,Lee J,et al.Development of Single-Stranded DNA Aptamers for Specific Bisphenol a Detection[J].Oligonucle?otides,2011,21(2):85-91.
[27]Maim D,Reinemann C,StoHenburg R,et al.In Vitro Selection of DNA Aptamers Binding Ethanolamine[J].Biochemical and Bio?physical Research Communications,2005,338(4):1928-1934.
[28]Grate D,Wilson C.Inducible regtllation of the S.cerevisiae cell cy?cle mediated by an RNA Aptanler-ligand complex[J].Medicinal Chemistry,2001.9(10):2565-2570.
[29]Xu X,Wang J,Jiao K,etal.Colorimetric detection ofmercury ion(Hg2+)based on DNA oligonuclectides and unmodified gold nanoparticles sensing system with a tunable detection range[J].Bi?osensors and Bioelectronics,2009,24(10):3153-3158.
S852.65
A
0529-6005(2015)11-0075-03
2014-12-05
質(zhì)檢公益性行業(yè)科研專項(xiàng)(201310253)
段燁(1988-),女,碩士生,主要從事生物工程研究,E-mail:duanziling@foxmail.com
李灝,E-mail:lihao@mail.buct.edu.cn