李嬌嬌 祁慶生（山東大學(xué)微生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，濟(jì)南 250100）

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琥珀酸的生物制造：細(xì)菌還是酵母？

李嬌嬌 祁慶生
（山東大學(xué)微生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，濟(jì)南 250100）

祁慶生，教授，德國(guó)明斯特大學(xué)微生物學(xué)博士，2001年被聘為德國(guó)開(kāi)姆尼茨工業(yè)大學(xué)生物工程系課題組負(fù)責(zé)人。2004年回國(guó)任山東大學(xué)微生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室教授，博士生導(dǎo)師；國(guó)家糖工程技術(shù)研究中心研究員，山東大學(xué)微生物研究所所長(zhǎng)。2006年獲教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”。主持國(guó)家自然科學(xué)基金、教育部重點(diǎn)項(xiàng)目、國(guó)家863項(xiàng)目、973子課題等多項(xiàng)。主要從事工業(yè)微生物的代謝途徑設(shè)計(jì)、代謝工程改造以及合成生物學(xué)等方面的研究。在國(guó)際國(guó)內(nèi)著名學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表論文100余篇，申請(qǐng)和獲得國(guó)家發(fā)明專利20余項(xiàng)。

E-mail:qiqingsheng@sdu.edu.cn

琥珀酸又稱丁二酸，是一種重要的有機(jī)合成中間體。許多微生物都可以通過(guò)優(yōu)化和代謝工程改造產(chǎn)生琥珀酸。文章對(duì)細(xì)菌和酵母兩種主要的產(chǎn)琥珀酸類群產(chǎn)琥珀酸的產(chǎn)量、產(chǎn)率及后提取等因素進(jìn)行了詳細(xì)的分析，并比較了兩種微生物生產(chǎn)琥珀酸 各自的優(yōu)缺點(diǎn)，為今后開(kāi)發(fā)利用琥珀酸的生物制造提供參考。

1 琥珀酸簡(jiǎn)介

琥珀酸又稱丁二酸，是一種安全的天然有機(jī)酸，并且被美國(guó)能源部認(rèn)為是未來(lái)12種最具價(jià)值的生物煉制產(chǎn)品之一。琥珀酸可以廣泛地應(yīng)用于清潔劑、表面活性劑、食品添加劑、抗菌劑以及制藥行業(yè)，并用以合成多種重要化學(xué)品，如γ-丁內(nèi)酯、1，4-丁二醇、四氫呋喃和2-吡咯烷酮等①②。同時(shí)，作為一種重要的有機(jī)合成中間體，琥珀酸還是合成多種聚酯（例如可降解聚酯PBS）的重要前體物質(zhì)③。琥珀酸近年來(lái)逐漸攀升為大宗化學(xué)品，全球琥珀酸的年產(chǎn)量在3萬(wàn)～5萬(wàn)噸④。根據(jù)MarketsandMarkets的調(diào)查報(bào)告，琥珀酸的市場(chǎng)需求在2011～2016年間會(huì)以18.7%的速率穩(wěn)定增長(zhǎng)。

傳統(tǒng)上琥珀酸是化學(xué)合成的。該過(guò)程需要金屬Pd和Ru的催化，通過(guò)丁烷制備順式丁烯二酸酐再經(jīng)化學(xué)方法加工而成⑤。但由于石油資源的減少和環(huán)境污染問(wèn)題，人們開(kāi)始尋求一種資源可再生的、高效環(huán)保的琥珀酸生產(chǎn)方式。而琥珀酸是微生物細(xì)胞中心代謝三羧酸循環(huán)（TCA）的中間代謝產(chǎn)物之一，并且還是多種兼性厭氧菌和嚴(yán)格厭氧菌的代謝末端產(chǎn)物，可以通過(guò)微生物利用可再生的碳水化合物資源進(jìn)行生產(chǎn)。

2 產(chǎn)琥珀酸的細(xì)菌

許多天然生產(chǎn)琥珀酸的菌株是從瘤胃中分離出來(lái)的，如產(chǎn)琥珀酸放線桿菌、產(chǎn)琥珀酸厭氧螺菌、曼海姆產(chǎn)琥珀酸菌、脆弱桿菌。這些菌株都是兼性厭氧或者嚴(yán)格厭氧的革蘭陰性菌，嗜溫、嗜CO2，并且對(duì)高濃度的琥珀酸有著良好的抗?jié)B透壓性能⑥⑦。產(chǎn)琥珀酸放線桿菌能夠利用多種碳源發(fā)酵，并且對(duì)葡萄糖和琥珀酸的耐受性可以高達(dá)158g/L和104g/L⑧。Guettler等⑨以葡萄糖為碳源用產(chǎn)琥珀酸放線桿菌厭氧發(fā)酵生產(chǎn)琥珀酸，產(chǎn)量可達(dá)106g/L，產(chǎn)率接近0.9g/g。對(duì)產(chǎn)琥珀酸厭氧螺菌的研究大多數(shù)集中在利用多種碳源為原料及菌株優(yōu)化方法上⑩。Meynial-Salles等?用產(chǎn)琥珀酸厭氧螺菌進(jìn)行連續(xù)的厭氧發(fā)酵得到83g/L的琥珀酸，琥珀酸的生產(chǎn)力達(dá)到10.4g/（L·h）。另外一種瘤胃細(xì)菌曼海姆產(chǎn)琥珀酸菌也可以利用多種碳源生產(chǎn)琥珀酸。與產(chǎn)琥珀酸放線桿菌不同的是，曼海姆產(chǎn)琥珀酸菌能夠有氧生長(zhǎng)，有完整的TCA循環(huán)。曼海姆產(chǎn)琥珀酸菌的琥珀酸生產(chǎn)能力弱于上述兩種天然宿主菌，文獻(xiàn)中報(bào)道的其琥珀酸產(chǎn)量大多在十幾克??。而據(jù)報(bào)道，BASF/Purac JV公司分離得到的一種脆弱桿菌，可以高效生產(chǎn)琥珀酸。

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因?yàn)樵谧匀唤缰羞@些微生物存在于氨基酸和維生素豐富的地方，天然生產(chǎn)琥珀酸的瘤胃菌株有許多營(yíng)養(yǎng)缺陷型菌株，所以這些菌株的生長(zhǎng)需要昂貴、營(yíng)養(yǎng)豐富的培養(yǎng)基，導(dǎo)致琥珀酸的生產(chǎn)成本增加⑦。為了解決這些問(wèn)題，人們開(kāi)始采用遺傳背景研究清楚的、非天然生產(chǎn)琥珀酸的工業(yè)生產(chǎn)菌株例如大腸桿菌、谷氨酸棒桿菌，經(jīng)過(guò)代謝工程改造生產(chǎn)琥珀酸。

谷氨酸棒桿菌是一種生長(zhǎng)良好、安全易于控制的生產(chǎn)宿主，多用于氨基酸的大規(guī)模生產(chǎn)?。谷氨酸棒桿菌可以通過(guò)雙階段發(fā)酵，在厭氧時(shí)還原的TCA途徑產(chǎn)生琥珀酸。通過(guò)細(xì)胞循環(huán)的分批補(bǔ)料發(fā)酵方式，琥珀酸的產(chǎn)量高達(dá)146g/L，產(chǎn)率達(dá)到1.4mol/mol?。Litsanov等?以葡萄糖、甲酸和碳酸氫鹽為底物發(fā)酵得到134g/L琥珀酸，產(chǎn)率達(dá)到1.67mol/mol。由此可見(jiàn)，利用谷氨酸棒桿菌生產(chǎn)琥珀酸具有一定優(yōu)勢(shì)，但是由于生產(chǎn)過(guò)程需要有氧-厭氧雙階段，會(huì)導(dǎo)致全階段琥珀酸產(chǎn)率較低，并且有氧階段會(huì)大大增加琥珀酸的生產(chǎn)成本。

大腸桿菌是一種兼性厭氧菌。厭氧條件下，野生型大腸桿菌進(jìn)行混合酸發(fā)酵，產(chǎn)物包括甲酸、乳酸、乙酸、乙醇，以及少量的琥珀酸?。有氧條件下生產(chǎn)琥珀酸需要失活琥珀酸脫氫酶（SDH），阻斷TCA循環(huán)中間體琥珀酸向下游轉(zhuǎn)化，也可以通過(guò)打開(kāi)乙醛酸支路來(lái)積累琥珀酸。在有氧條件下，以葡萄糖為碳源生產(chǎn)琥珀酸得率為1mol/mol?。而厭氧條件下的琥珀酸發(fā)酵是通過(guò)還原的TCA支路和部分乙醛酸支路進(jìn)行，其中還原支路需要固定一分子CO2，因此厭氧發(fā)酵有助于減少溫室氣體的量，是一種環(huán)境友好型生物過(guò)程，其理論產(chǎn)率為1.714mol/mol，在額外補(bǔ)充足夠還原力的情況下理論產(chǎn)率更可以達(dá)到2mol/mol?。鑒于此，厭氧是高效產(chǎn)琥珀酸的發(fā)酵方式。筆者實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的工程菌YL106/pSCsfcA以葡萄糖為底物進(jìn)行全階段發(fā)酵，琥珀酸生產(chǎn)力達(dá)2.13g/（L·h），琥珀酸產(chǎn)量達(dá)到85.3g/L，產(chǎn)率超過(guò)0.88g/g?。天津工業(yè)生物技術(shù)所張學(xué)禮等?通過(guò)代謝進(jìn)化技術(shù)構(gòu)建高效生產(chǎn)琥珀酸的菌株HX024，厭氧發(fā)酵琥珀酸的產(chǎn)量達(dá)到96g/L。然后又利用反向代謝工程技術(shù)，在出發(fā)菌株中激活磷酸戊糖途徑、轉(zhuǎn)氫酶和丙酮酸脫氫酶，提高菌株還原力NADH的供應(yīng)，厭氧發(fā)酵琥珀酸的產(chǎn)率提高到1.5mol/mol（理論產(chǎn)率的88%）?。此前該課題組與山東蘭典生物科技股份有限公司合作完成了琥珀酸10m3發(fā)酵罐中試，琥珀酸產(chǎn)率達(dá)1.0g/g，提取收率達(dá)82%，純度達(dá)99.5%以上。Myriant公司也用工程化的大腸桿菌生產(chǎn)琥珀酸，據(jù)稱2013年產(chǎn)量達(dá)到13 600噸。Myriant還與中國(guó)藍(lán)星集團(tuán)合資生產(chǎn)琥珀酸。

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3 產(chǎn)琥珀酸的酵母

細(xì)菌的培養(yǎng)和發(fā)酵需要一個(gè)接近中性的環(huán)境，所以大腸桿菌和谷氨酸棒桿菌等發(fā)酵生產(chǎn)琥珀酸的過(guò)程中需要不斷添加堿來(lái)維持pH穩(wěn)定。這會(huì)增加發(fā)酵過(guò)程中染菌的概率，使琥珀酸的下游工業(yè)處理（DSP）過(guò)程更加復(fù)雜，造成琥珀酸分離成本增加⑦?。而酵母生長(zhǎng)良好，性能優(yōu)良穩(wěn)定，且可以在弱酸性條件下生長(zhǎng)，對(duì)各種工業(yè)條件下的壓力都有顯著的抵抗性，如耐酸性、抗?jié)B透性和耐高底物水平。

釀酒酵母的底物來(lái)源廣泛，培養(yǎng)條件可以有氧也可以厭氧。在酵母中生產(chǎn)琥珀酸最初是為了改善釀酒酵母所產(chǎn)的酒的風(fēng)味，研究主要集中在TCA循環(huán)中的琥珀酸脫氫酶、延胡索酸酶（FUM）等，最終產(chǎn)量小于0.7g/L?。有氧條件下，釀酒酵母的還原TCA還原支路在熱力學(xué)上不易發(fā)生，并且催化草酰乙酸生產(chǎn)琥珀酸的酶受到葡萄糖的抑制?。因此許多研究都集中在釀酒酵母在厭氧條件下生產(chǎn)琥珀酸。通過(guò)敲除琥珀酸脫氫酶和延胡索酸酶來(lái)阻斷線粒體TCA循環(huán)積累琥珀酸??。也可以通過(guò)敲除琥珀酸脫氫酶、異檸檬酸脫氫酶（IDP1）利用氧化的TCA循環(huán)和乙醛酸途徑共同積累琥珀酸?。與大腸桿菌類似，酵母的厭氧理論產(chǎn)率高于有氧理論產(chǎn)率。Yan等?敲除釀酒酵母的丙酮酸脫羧酶（PDC）、延胡索酸酶基因，并且優(yōu)化胞質(zhì)內(nèi)還原TCA支路各步驟的酶，得到12.97g/L琥珀酸，產(chǎn)率為0.21mol/mol葡萄糖，發(fā)酵pH維持在3.8。Verwaal等?也通過(guò)相似的方法，利用釀酒酵母還原的TCA途徑生產(chǎn)琥珀酸，產(chǎn)量達(dá)到43g/L。工業(yè)生產(chǎn)中，DSM/Roquette合資公司以釀酒酵母為生產(chǎn)菌株，但沒(méi)有獲得其最終生產(chǎn)指標(biāo)。

解脂耶氏酵母是被廣泛研究的一類非慣用酵母，嚴(yán)格好氧，需利用完整的TCA循環(huán)來(lái)維持生長(zhǎng)?。解脂耶氏酵母可以利用的底物很廣泛，如葡萄糖、乙醇、脂肪酸、油脂和正構(gòu)烷烴等，因?yàn)樗芊e累大量的有機(jī)酸，尤其是TCA循環(huán)的中間體檸檬酸、異檸檬酸和α-酮戊二酸等，是一種重要的工業(yè)菌株。一些學(xué)者通過(guò)突變琥珀酸脫氫酶，篩選酶活力降低的突變株來(lái)積累琥珀酸?。Kamzolova?以構(gòu)建好的α-酮戊二酸解脂酵母為生產(chǎn)菌株，以乙醇為底物在過(guò)氧化氫存在的情況下脫羧生產(chǎn)琥珀酸，琥珀酸的產(chǎn)量為71.7g/L，并且發(fā)酵液中琥珀酸的回收率達(dá)到72%。Yuzbashev等?利用突變了琥珀酸脫氫酶的解脂酵母，以甘油為底物、碳酸鈣為緩沖劑進(jìn)行低pH琥珀酸發(fā)酵，得到45g/L的琥珀酸。筆者實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的琥珀酸脫氫酶突變的解脂酵母以甘油為底物，通過(guò)長(zhǎng)時(shí)間發(fā)酵最后得到160g/L琥珀酸，說(shuō)明其對(duì)琥珀酸具有較高的耐受力（文章在投）。

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4 細(xì)菌與酵母琥珀酸生物制造過(guò)程比較

表1　琥珀酸生產(chǎn)菌株發(fā)酵能力比較

目前，在琥珀酸的產(chǎn)量、產(chǎn)率和生產(chǎn)力方面，細(xì)菌都具有一定的優(yōu)勢(shì)，而報(bào)道的酵母生產(chǎn)琥珀酸的產(chǎn)量、產(chǎn)率和生產(chǎn)力都不高（表1）。釀酒酵母具有較好的耐受能力，特別是對(duì)pH的耐受性較高，而細(xì)菌對(duì)酸和滲透壓力耐受性低，發(fā)酵過(guò)程中需要調(diào)節(jié)pH，這會(huì)增加生產(chǎn)成本，也使發(fā)酵過(guò)程更易染菌。然而，酵母維持細(xì)胞外大量的琥珀酸以游離狀態(tài)存在，將需要消耗胞內(nèi)的能量來(lái)維持胞內(nèi)pH和阻止酸順濃度梯度的跨膜運(yùn)輸。這種額外消耗能量對(duì)酵母的厭氧生產(chǎn)過(guò)程不利，因?yàn)榻湍竻捬踹^(guò)程產(chǎn)生的ATP很少，主要依賴底物水平磷酸化而非有氧時(shí)的氧化磷酸化。作為弱酸，琥珀酸在低pH的培養(yǎng)基中會(huì)轉(zhuǎn)換為不溶的形式，與帶電分子的形式相比，不溶的琥珀酸可以通過(guò)被動(dòng)擴(kuò)散穿過(guò)胞質(zhì)膜進(jìn)入細(xì)胞。為了解決這一問(wèn)題，研究者提出微好氧發(fā)酵這一策略，使一部分底物通過(guò)氧化磷酸化，產(chǎn)生的ATP可以補(bǔ)充厭氧支路ATP缺少的情況?。

表2　細(xì)菌與酵母琥珀酸制造過(guò)程比較

影響琥珀酸生產(chǎn)成本的最主要階段是琥珀酸提取純化階段（表2）。細(xì)菌發(fā)酵中得到的琥珀酸鹽需要轉(zhuǎn)化為游離琥珀酸，該階段的成本大概占到產(chǎn)物成本的60%～70%?。酵母可以進(jìn)行低pH的生物發(fā)酵，除去菌體后的發(fā)酵液可以直接蒸發(fā)結(jié)晶，而需要中性環(huán)境的細(xì)菌生產(chǎn)琥珀酸過(guò)程，要先進(jìn)行電滲析或者酸化超濾過(guò)程再蒸發(fā)結(jié)晶，其中電滲析過(guò)程需要大量能量，酸化過(guò)程還會(huì)有副產(chǎn)物硫酸銨的產(chǎn)生?。酵母低pH（小于3）的生物發(fā)酵直接把底物轉(zhuǎn)化為琥珀酸，這使產(chǎn)物的下游處理步驟少于細(xì)菌發(fā)酵。綜上所述，就目前琥珀酸的產(chǎn)量、產(chǎn)率與生產(chǎn)力而言，工程化的大腸桿菌似乎更具有優(yōu)勢(shì)。但是，從長(zhǎng)遠(yuǎn)來(lái)看，考慮到工業(yè)生產(chǎn)成本，如果解決了酵母生物轉(zhuǎn)化的產(chǎn)率和生產(chǎn)力較低的問(wèn)題，也許酵母比大腸桿菌更適于琥珀酸的生物制造。

[致謝：本項(xiàng)目得到了國(guó)家自然科學(xué)基金(31170097)，山東省科技發(fā)展計(jì)劃(2015GSF121042)及微生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(M2014-03)的資金支持。]

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作者簡(jiǎn)介

doi:10.3969/j.issn.1674-0319.2016.01.004