張瑩瑩 周建斌 趙鳳鳴 詹秀琴
南京中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院生物教研室,江蘇 南京 210023
骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)是一種因骨量低下、骨微結(jié)構(gòu)破壞,導(dǎo)致骨脆性增加、易發(fā)生骨折為特征的全身性骨病(世界衛(wèi)生組織,WHO)[1],是由于成骨細(xì)胞(OB)形成的新骨量少于被破骨細(xì)胞(OC)吸收的舊骨量,骨代謝從而發(fā)生負(fù)平衡,導(dǎo)致骨總量丟失所致。Runx2是骨發(fā)育過程中激活與啟動(dòng)骨髓基質(zhì)干細(xì)胞(BMSCs)向OB分化并調(diào)節(jié)OB成熟的重要轉(zhuǎn)錄因子,上調(diào)多種成骨相關(guān)基因的表達(dá),對膜內(nèi)和軟骨內(nèi)骨化成骨均有控制作用,因此,其表達(dá)、活性下降與OP發(fā)病密切相關(guān)。miRNA是一類機(jī)體內(nèi)源性表達(dá)的、長度在18到25個(gè)核苷酸的非編碼小分子RNA,這些僅占人類基因1%的miRNA分子,卻可控制人類三分之一以上基因的表達(dá)、修飾、轉(zhuǎn)錄和翻譯過程。它能夠在轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)基因表達(dá),從而影響多種生物學(xué)過程,包括細(xì)胞的增殖[2]、分化[3]、凋亡[4]、發(fā)育[5]。miRNA的發(fā)現(xiàn)可能成為極有應(yīng)用價(jià)值的分子標(biāo)志物,為骨質(zhì)疏松癥的治療提供新的靶標(biāo)。我們以前的研究發(fā)現(xiàn),葛根素可促進(jìn)成骨細(xì)胞增殖和分化,但其機(jī)制是否與細(xì)胞內(nèi)的Runx2和miRNA分子有關(guān),且二者之間是否有關(guān)聯(lián),是本文要研究的問題。
1.1.1細(xì)胞:MC3T3-E1細(xì)胞購自中國科學(xué)研究院上海細(xì)胞庫。
1.1.2藥物:葛根素標(biāo)準(zhǔn)品:購自中國藥品生物制品檢定所,20 mg/支,純度為96.0%,性狀:白色粉末,干燥密封保存。
1.1.3試劑:α-MEM培養(yǎng)基(維森特生物技術(shù)有限公司,貨號:310010008);含EDTA的25%胰蛋白酶(GIBCO,USA);胎牛血清(GIBCO,USA);miRNA逆轉(zhuǎn)試劑盒(Takara 036A);Trizol(Invitrogen,USA);Realtime PCR SYBR premix 2×(Takara RR420A,Japan);目的基因一抗(rabbit Runx2)(Cell Signaling Technology);內(nèi)參一抗(rabbit β-actin)(Cell Signaling Technology);二抗(Anti-Rabbit IgG HRP)(Cell Signaling Technology);Trizol(RNAiso for Small RNA)(Takara);miRNA反轉(zhuǎn)錄試劑盒(VaZyMe 公司);LipofectamineTM2000(Invitrogen,USA);miRNA所有相關(guān)引物由上海生物工程有限公司合成;野生型Runx2 3’UTR/突變型Runx2 3’UTR重組質(zhì)粒、miRNA-204 mimics 及陰性對照由上海吉馬公司合成;miRNA-204擴(kuò)增采用莖環(huán)引物;Runx2和β-actinPCR擴(kuò)增引物由南京金斯瑞公司合成。
1.1.4主要儀器:二氧化碳細(xì)胞培養(yǎng)箱(SANYO,Japan);相差倒置顯微鏡(Olympus,Japan);光鏡(Motic);低溫高速冷凍離心機(jī)(Eppendorf, USA);熒光實(shí)時(shí)定量PCR儀(Agilent Technologies Mx3000P);紫外分光光度計(jì)(BioDrop,USA);凝膠成像儀(Bio-Rad,USA型號:GelDoc2000);酶標(biāo)儀(BioTek,USA);常溫mini 離心機(jī)(Eppendorf, USA);6孔、24孔、96孔細(xì)胞培養(yǎng)板(Corning,USA)。
1.2.1熒光實(shí)時(shí)定量PCR檢測Runx2轉(zhuǎn)錄水平:按1×105密度在六孔板里接種MC3T3-E1細(xì)胞,用含胎牛血清的α-MEM培養(yǎng)液進(jìn)行培養(yǎng),設(shè)置葛根素處理組和空白對照組, 在葛根素組細(xì)胞中加入終濃度為0.01 mg/mL的葛根素,將兩組細(xì)胞置于37℃、5% CO2培養(yǎng)箱培養(yǎng)72 h。使用Trizol法對細(xì)胞進(jìn)行總RNA的提取,用核酸蛋白分析儀測其濃度和純度。使用mRNA逆轉(zhuǎn)試劑盒(Takara 036A)逆轉(zhuǎn)錄,反應(yīng)體系參考說明書。熒光實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)體系為:cDNA樣品2 μL, Realtime PCR SYBR premix 2× 12.5 μL,上、下游引物(10 μmol/L)各0.5 μL,Runx2 Forward:CGGACGAGGCAAGAGTTT CA,Reverse:GGATGAGGAATGCGCCCTAA,擴(kuò)增片段長度為192bp;β-actin Forward:GTGCTATGTTGC TCTAGACTTCG,Reverse:ATGCCACAGGATTCCATA CC,擴(kuò)增片段長度為174bp。 加蒸餾水補(bǔ)充至 25 μL。每組設(shè)置三個(gè)復(fù)孔。PCR的反應(yīng)采用二步法:95℃、30 s預(yù)變性,(95℃,5 s; 60℃ 34 s,)×40個(gè)循環(huán),做熔解曲線分析。
1.2.2Western blot檢測蛋白表達(dá)水平:按全蛋白抽提試劑盒說明書提取處理72h后的各組細(xì)胞總蛋白,并用BCA法進(jìn)行蛋白定量,-20℃凍存。取各組樣本25 μg進(jìn)行SDS-PAGE聚丙烯胺凝膠電泳,將分離后的蛋白質(zhì)電轉(zhuǎn)移到PDVF膜上,放入少量封閉液,室溫下,搖床上封閉1 h。TBST漂洗濾膜3次,每次5 min。按約0.1 mL/cm2的量加入一抗抗體和封閉液(1∶1000),4℃過夜后,TBST漂洗濾膜3次,每次5 min。將膜與HRP結(jié)合的二抗(二抗用封閉液稀釋1∶3000),室溫下?lián)u蕩孵育1 h,TBST漂洗濾膜3次,每次5 min。配制顯色液: 按0.1 mL/cm2顯影液計(jì)算用量,在正面加混勻的顯色液,放入凝膠成像儀中顯影,調(diào)整曝光時(shí)間,直至出現(xiàn)最佳條帶。
1.2.3microRNA表達(dá)譜檢測:利用microRNA表達(dá)譜檢測葛根素作用于成骨細(xì)胞72h后發(fā)生變化的可能靶向Runx2的miRNA(實(shí)驗(yàn)過程由康成生物公司完成)。
1.2.4軟件預(yù)測靶向Runx2的miRNA:采用miRNA靶基因預(yù)測軟件TargetScan、PicTar、miRBase和miRDB進(jìn)行預(yù)測,找出可能靶向Runx2的miRNA。同時(shí),將軟件預(yù)測的miRNA與表達(dá)譜測定結(jié)果進(jìn)行比對,確定靶向Runx2的miRNA。
1.2.5PCR驗(yàn)證葛根素作用后靶向Runx2的miRNA變化:細(xì)胞培養(yǎng)方法及葛根素作用時(shí)間同前、miRNA用Trizol(RNAiso for Small RNA)提取,方法同普通RNA提取。逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系: 5×Reverse Transcription Mix 10.0 μL、Stem-loop 反轉(zhuǎn)錄引物1.0 μL、miRNA 500 ng、hiscript Enzyme Mix 2.0 μL、加 RNA free H2O至總體積 20 μL。反應(yīng)條件為:25℃,5 min;45℃,50 min;85℃,5 min;4℃,反應(yīng)結(jié)束后,將其放入-20℃保存。
引物序列:miRNA-204 RT Primer:
GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACAGGCAT,Reverse:ATCCAGTGCAGGGTCCGAGG;U6 RT Primer:AACGCTTCACGAATTTGCGT,F(xiàn)orward:CTCGCTTCGGCAGCACA,Reverse:AACGCTTCACGAATTTGCGT。
Real-time PCR 檢測反應(yīng)體系條件方法同前。
1.2.6構(gòu)建重組質(zhì)粒:先合成不含有Runx2基因的空載體(載體序列結(jié)構(gòu)見圖),將空載體(圖1)進(jìn)行單酶切,酶切位點(diǎn)是Xbal,酶切后分別插入野生型Runx2 3‘UTR和突變型Runx2 3’UTR,組合成重組質(zhì)粒。Runx2 WT 3’UTR序列為:ttctatgcacgtattgtacaaattgtgctttgtgccacaggtcatgatcgtggatgag tttactctgaacttcaaagggactatttgtattgtatgttgcaactgtaaattgaatt atttggcatttccccctctcatgattgtaatatt;Runx2 MT 3’UTR: ttctatgcacgtattgtacaaattgtgctttgtgccacaggtcatgatcgtggatga gtttactctgaacttcaaatccactatttgtattgtatgttgcaactgtaaattgaat tatttggcatttccccctctcatgattgtaatatt。
圖1 空載體結(jié)構(gòu)Fig.1 Structure of empty vector
1.2.7雙熒光素酶報(bào)告基因法驗(yàn)證靶基因:取對數(shù)生長期細(xì)胞MC3T3-E1,以每孔2×104細(xì)胞種于24孔培養(yǎng)板中,充分混勻,置于 37℃培養(yǎng)箱培養(yǎng) 24 h。當(dāng)融合度接近90%時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染。取1.5 mL EP管4個(gè),均加入無血清雙抗的α-MEM培養(yǎng)液(按50 μL/孔)和Lipofectamine 2000脂質(zhì)體(按1 μL/孔),使其充分混勻,靜置5 min。向新的EP管中加入無血清雙抗的α-MEM培養(yǎng)液(按50 μL/孔)和Runx2 3’UTR/突變型Runx2 3’UTR重組質(zhì)粒(100 ng/孔)、miRNA mimics/陰性對照NC(2 μM/孔),并充分混勻,共分成四組,即Runx2 3’UTR+miRNA mimics、Runx2 3’UTR+miRNA NC、Runx2mut3’UTR+miRNA mimics、Runx2mut3’UTR+miRNA NC。將混有脂質(zhì)體的α-MEM培養(yǎng)液和上述四組α-MEM培養(yǎng)液分別相混合(100 μL/孔),并充分混勻,室溫下靜置20 min,分別加到24孔培養(yǎng)板相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)組中(每組設(shè)定三個(gè)復(fù)孔),混勻放置于37℃ CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48 h。
每孔用1×PBS輕柔洗滌1次,每孔加1×PLB(裂解液),反復(fù)吹打,凍融3次,以充分裂解細(xì)胞。13000×g,4℃離心15 s,取上清。用熒光檢測儀中進(jìn)行測定,設(shè)置2 s的預(yù)測延遲和10 s的測定用時(shí),在測量管中加入5 μL樣本充分混勻10 s,再加入100 μL Luciferase Reporter Assay Reagent II(LAR II,螢火蟲熒光素酶底物)測定螢火蟲熒光1,而后加入100 μLStop&Glo?substrate(海腎熒光素酶底物)測定海腎熒光2。以熒光1/熒光2的值作為相對熒光素酶活性。
1.2.8miRNA-204基因的過表達(dá)和干擾:在6孔培養(yǎng)板中每孔接種1×105細(xì)胞,充分混勻,置于 37℃培養(yǎng)箱培養(yǎng) 24 h,當(dāng)融合度接近90%時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染。取1.5 mL EP管4個(gè),均加入無血清雙抗的α-MEM培養(yǎng)液(按200 μL/孔)和Lipofectamine 2000脂質(zhì)體(按4μL/孔),使其充分混勻,靜置5 min。向新的EP管中加入無血清雙抗的α-MEM培養(yǎng)液(按200 μL/孔)和miRNA mimics或miRNA inhibitor 或陰性對照NC(8 μM/孔),并充分混勻,共分成3組,將混有脂質(zhì)體的α-MEM培養(yǎng)液和上述兩組α-MEM培養(yǎng)液分別相混合(400μL/孔),并充分混勻,室溫下靜置20 min,分別加到6孔培養(yǎng)板相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)組中,分別為加等量Lipofectamine 2000脂質(zhì)體孔,加入miRNA mimics組、miRNA inhibitor和陰性對照NC組,混勻放置于37℃ CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48 h。
葛根素作用72h后,Runx2 mRNA表達(dá)量與空白對照組比較具有顯著性差異,上升了1.47倍。見圖2。
圖2 葛根素作用前后Runx2 mRNA表達(dá)水平(*P<0.05)Fig.2 The mRNA expression level of Runx2 before and after the addition of puerarin
同空白組相比,葛根素作用后Runx2的蛋白水平上升。見圖3。
圖3 葛根素作用前后Runx2 蛋白的比值Fig.3 The protein ratio of Runx2 before and after the addition of puerarin1. Puerarin group 2. Blank control group
綜合利用TargetScan、PicTar、miRBase和miRDB這四個(gè)軟件預(yù)測結(jié)果顯示靶向Runx2的miRNA有miR-204、miR-128、miR-135b-5p、miR-3072-3p、miR-2861、miR-770-5p。microRNA表達(dá)譜檢測結(jié)果顯示miR-204、miR-3072-3p、miR-2861等119個(gè)microRNA葛根素作用前后發(fā)生變化。其中共同交集有miR-204、miR-3072-3p等4個(gè),我們選擇miR-204作為研究對象驗(yàn)證靶基因預(yù)測的正確性。
序列(5’ TO 3’)mmu-miR-204 mimics:UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU;mmu-miR-204 Inhibitor:AGGCAUAGGAUGACAAAGGGAA;mmu-miR-204NC:GCGACGAUCUGCCUAAGAU。
熒光實(shí)時(shí)定量PCR結(jié)果顯示(圖4),葛根素作用后miRNA-204 在成骨細(xì)胞中的表達(dá)顯著低于空白對照組,表達(dá)差異有顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。初步說明了Runx2可能為miRNA-204的靶基因。
圖4 miRNA-204表達(dá)水平(*P<0.05)Fig.4 The expression level of miRNA-204
圖5 miRNA-204對Runx2 3’UTR表達(dá)的影響(*P<0.05) Fig.5 Effect of miRNA-204 on expression of Runx2 3’UTR
雙熒光素酶報(bào)告基因法結(jié)果顯示(圖5),細(xì)胞轉(zhuǎn)染48 h后,只有Runx2 3’UTR+miRNA-204 mimics組熒光素蛋白的表達(dá)水平顯著降低(P<0.05),說明只有miRNA-204可抑制Runx2 3’UTR報(bào)告基因的表達(dá),miRNA-204+Runx2mut3’UTR組、miRNA-204NC+Runx2 3’UTR組和miRNA-204NC+Runx2mut3’UTR組熒光素蛋白的表達(dá)水平均變化不顯著(P>0.05),表明了Runx2 為miRNA-204的靶基因。
與空白對照組相比,轉(zhuǎn)染試劑組Runx2蛋白表達(dá)水平有一定程度的下降(圖6),說明轉(zhuǎn)染試劑對細(xì)胞蛋白表達(dá)有一定的抑制作用。因此,miRNA-204對Runx2蛋白表達(dá)的影響,應(yīng)以轉(zhuǎn)染試劑組為比較對象。結(jié)果顯示:同轉(zhuǎn)染試劑組相比,miRNA-204過表達(dá)后Runx2的蛋白水平下降, miRNA-204干擾表達(dá)后Runx2的蛋白水平上升,且都有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。進(jìn)一步驗(yàn)證了Runx2 為miRNA-204的靶基因。
圖6 過表達(dá)或干擾miRNA-204后Runx2蛋白表達(dá)的水平(*P<0.5,**P<0.01)1轉(zhuǎn)染試劑組 2 NC對照組 3 miR-204mimics組 4 miR-204inhibitor組Fig.6 The protein level of Runx2 after overexpression or interference of miRNA-2041, Transfection reagent group; 2, NC control group; 3, miR-204mimics group; 4, miR-204inhibitor group
與轉(zhuǎn)染試劑組相比,miRNA-204過表達(dá)以及干擾表達(dá)后Runx2 mRNA表達(dá)水平均沒有明顯差異,說明miRNA-204對Runx2 mRNA表達(dá)沒有明顯作用,不參與Runx2的轉(zhuǎn)錄過程,而參與翻譯調(diào)節(jié)。
圖7 過表達(dá)或干擾miRNA-204后Runx2 mRNA表達(dá)的水平Fig.7 The mRNA level of Runx2 after overexpression or interference of miRNA-204
Runx2 的表達(dá)是成骨細(xì)胞分化的開始,它使骨髓基質(zhì)干細(xì)胞只發(fā)育成成骨細(xì)胞或軟骨細(xì)胞[6],因此是骨形成過程中最早和最具特征性的標(biāo)志[7],Runx2亦是骨發(fā)育過程中激活與啟動(dòng)骨髓基質(zhì)干細(xì)胞向成骨細(xì)胞分化并調(diào)節(jié)成骨細(xì)胞成熟的重要轉(zhuǎn)錄因子,它能上調(diào)多種成骨相關(guān)基因的表達(dá),對膜內(nèi)和軟骨內(nèi)骨化成骨均有控制作用,參與正常骨骼發(fā)育的全過程,對防治骨質(zhì)疏松癥具有重要意義。
miRNA是細(xì)胞內(nèi)的一類小分子RNA,能夠在轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)基因表達(dá),從而影響多種生物學(xué)過程,包括細(xì)胞的增殖、分化、凋亡、發(fā)育。它的發(fā)現(xiàn)可能成為極有應(yīng)用價(jià)值的分子標(biāo)志物,為骨質(zhì)疏松癥的治療提供新的靶標(biāo)。
前期研究發(fā)現(xiàn)葛根素能促進(jìn)成骨細(xì)胞增殖與分化,對骨量保持具有正向意義從而達(dá)到防治骨質(zhì)疏松的目的[8,9]。本實(shí)驗(yàn)表明,葛根素作用于成骨細(xì)胞后,能上調(diào)成骨細(xì)胞Runx2的表達(dá),同時(shí),miRNA表達(dá)譜也有很大的改變,推測葛根素對Runx2蛋白表達(dá)的影響可能與miRNA有關(guān)。
Wang等[10]體外實(shí)驗(yàn)表明,miR-204負(fù)調(diào)節(jié)Runx2抑制成骨分化,從而抑制成骨細(xì)胞相關(guān)基因的表達(dá),包括堿性磷酸酶(ALP)、骨鈣素,這些都是由BMP-2誘導(dǎo)產(chǎn)生的。Huang等[11]也發(fā)現(xiàn),miR-204作為重要的內(nèi)源性衰減器負(fù)調(diào)控Runx2,抑制間充質(zhì)祖細(xì)胞系和骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞中骨生成和促進(jìn)脂肪生成。說明Runx2可作為MiR-204的直接靶標(biāo)[12]。
我們的實(shí)驗(yàn)表明,miRNA表達(dá)譜和PCR結(jié)果都發(fā)現(xiàn)葛根素作用后miRNA-204表達(dá)下降,說明了Runx2和MiR-204的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。我們采用生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),miR-204能與Runx2的3 '非翻譯區(qū)特異性結(jié)合從而抑制其翻譯。
為進(jìn)一步驗(yàn)證miR-204和Runx2之間的關(guān)系,我們構(gòu)建了Runx2 3‘UTR和突變型Runx2 3’UTR的表達(dá)載體,采用熒光素酶報(bào)告基因法證實(shí)了Runx2是miRNA-204的靶基因,而且,過表達(dá)miRNA-204可使Runx2蛋白表達(dá)下降,干擾miRNA-204則使Runx2蛋白表達(dá)上升,這些結(jié)果都說明在成骨細(xì)胞中,miRNA-204直接抑制Runx2表達(dá),Runx2可作為miRNA-204的直接靶標(biāo)。葛根素可通過下調(diào)miRNA-204來促進(jìn)Runx2表達(dá)、促進(jìn)成骨細(xì)胞增殖和分化,實(shí)現(xiàn)預(yù)防和治療骨質(zhì)疏松癥的作用。