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磷脂組學(xué)研究中的分析檢測技術(shù)

2016-10-21 11:42:17朱超??梁瓊麟王義明羅國安
分析化學(xué) 2016年6期
關(guān)鍵詞:磷脂綜述

朱超??梁瓊麟 王義明 羅國安

摘要 磷脂是細(xì)胞膜的主要組分,有非常重要的生理功能,與人類健康、疾病密切相關(guān)。因此,有必要對生物體內(nèi)磷脂化合物進(jìn)行全面的分析,深入研究磷脂在疾病發(fā)生發(fā)展過程中的生物功能。磷脂組學(xué)是通過全面的定性與定量分析磷脂化合物解決現(xiàn)有生物學(xué)問題的研究模式。磷脂分析檢測技術(shù)是實(shí)現(xiàn)磷脂組學(xué)研究的關(guān)鍵,包括樣品前處理、分離、定性與定量分析和組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘等。本文綜述了磷脂組學(xué)研究中的分析檢測技術(shù),為發(fā)展快速、穩(wěn)定、可靠、高靈敏、高分辨、高通量的磷脂檢測平臺技術(shù)提供參考。磷脂組學(xué)與其他組學(xué)的整合研究將促進(jìn)生命分析化學(xué)的進(jìn)一步發(fā)展。

關(guān)鍵詞 磷脂; 分析檢測技術(shù); 磷脂組學(xué); 綜述

1引言

磷脂是細(xì)胞膜的主要成分,是生物活性物質(zhì)及信息分子前體的貯備物質(zhì),在細(xì)胞生長、細(xì)胞遷移、細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞識別、細(xì)胞相互作用、細(xì)胞凋亡等方面都具有重要的生理功能 [1~9 ]。磷脂通過影響人體內(nèi)分泌或神經(jīng)系統(tǒng)起到調(diào)節(jié)人體代謝的作用,與肥胖、糖尿病、癌癥、阿爾茲海默病、心血管疾病等多種疾病密切相關(guān),甚至被認(rèn)為是某些疾病的潛在生物標(biāo)志物 [10~16 ]。因此,有必要對生命體內(nèi)的磷脂化合物進(jìn)行準(zhǔn)確、高效的檢測,深入研究磷脂的生物功能,探討其與疾病發(fā)生、發(fā)展的關(guān)系并發(fā)現(xiàn)其在疾病預(yù)防、診斷和治療過程中的生物作用。

磷脂組學(xué)是對生物系統(tǒng)中磷脂化合物進(jìn)行全面的定性、定量,解決現(xiàn)有與磷脂及其代謝相關(guān)的生物學(xué)問題。其研究策略 (圖1) 采用代謝組學(xué)的研究模式:針對疾病發(fā)生、發(fā)展、診斷、治療,藥物安全性和療效評價(jià)等生物學(xué)問題制定解決方案,設(shè)計(jì)并實(shí)施實(shí)驗(yàn)過程,對大量生物樣本的檢測數(shù)據(jù)進(jìn)行多元統(tǒng)計(jì)分析,尋找有關(guān)的潛在生物標(biāo)志物,并進(jìn)行驗(yàn)證和闡釋生物學(xué)意義。其中,最關(guān)鍵的就是要有可靠的數(shù)據(jù)來源。這些數(shù)據(jù)的獲取依賴于磷脂分析檢測技術(shù)。

圖1磷脂組學(xué)研究的一般策略

Fig.1Strategy for phospholipidomics

磷脂分析檢測技術(shù)包括樣本前處理、磷脂化合物分離 (輪廓譜的獲?。?、定性與定量分析及組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘和相關(guān)數(shù)據(jù)庫的建立。本文對磷脂分析檢測技術(shù)進(jìn)行綜述,對磷脂組學(xué)的研究前景進(jìn)行展望,為代謝組學(xué)研究發(fā)展新技術(shù)、新方法提供有價(jià)值的參考。

2磷脂的種類與結(jié)構(gòu)

磷脂主要分為兩大類,一類是甘油磷脂,另一類是鞘磷脂。甘油磷脂分子由4部分構(gòu)成:1個(gè)磷酸,1個(gè)甘油骨架,1個(gè)親水頭部R和1個(gè)疏水尾部 (圖2A)。親水頭部R是磷脂分子的極性端,可以是膽堿、乙醇胺、肌醇、絲氨酸、甘油,構(gòu)成不同類的甘油磷脂化合物:磷脂酸 (PA)、溶血磷脂酸 (LPA)、磷脂酰膽堿 (PC)、溶血性磷脂酰膽堿 (LPC)、磷脂酰乙醇胺 (PE)、溶血性磷脂酰乙醇胺 (LPE)、磷脂酰肌醇 (PI)、溶血磷脂酰肌醇 (LPI)、磷脂酰絲氨酸 (PS)、溶血磷脂酰絲氨酸 (LPS)、磷脂酰甘油 (PG)、溶血磷脂酰甘油 (LPG)、雙磷脂酰甘油 (DPG)。疏水尾部是磷脂分子的非極性端,主要由一條或兩條含有不同碳數(shù) (n=14~22) 和不同不飽和度的(n=0~6) 的脂肪酸鏈構(gòu)成。甘油結(jié)構(gòu)中C1位置常連結(jié)飽和脂肪酸鏈,C2位置則常連結(jié)不飽和脂肪酸鏈。鞘磷脂分子結(jié)構(gòu)與甘油磷脂結(jié)構(gòu)非常相似,

由4部分構(gòu)成: 1個(gè)磷酸,1個(gè)親水頭部R′,

1個(gè)鞘氨醇和1個(gè)脂肪酸 (圖2B)。鞘磷脂的親水頭部R′可以是膽堿或乙醇胺,是分子極性端;疏水尾部則由1條不同碳數(shù)和不同不飽和度的脂肪酸鏈與1條鞘氨醇的烴基鏈構(gòu)成。脂肪酸鏈碳數(shù)相同不飽和度相同的情況下雙鍵位置也有不同?;谝陨喜煌惲字衔镏邪ê喾N不同脂肪酸鏈的分子,可鑒定的磷脂分子理論總數(shù)超過1000種。

磷脂分子屬于兩性分子。針對磷脂化合物的性質(zhì)選擇提取、分離、檢測手段,獲取定性或定量信息進(jìn)而篩查生物學(xué)問題相關(guān)的潛在標(biāo)志物并建立數(shù)據(jù)庫,是磷脂組學(xué)研究中分析檢測技術(shù)應(yīng)完成的任務(wù)。隨著儀器分析和計(jì)算科學(xué)的不斷發(fā)展,磷脂分析檢測技術(shù)正在進(jìn)一步完善。通過整合多種方法構(gòu)建新型磷脂檢測平臺技術(shù)將滿足磷脂組學(xué)研究對發(fā)展簡便、快捷、高精度、高分辨、高通量的系統(tǒng)分析方法的要求。

3磷脂分析檢測技術(shù)

3.1生物樣本的前處理

3.1.1磷脂的提取由于生物樣本具有多樣性,涉及磷脂分析的生物樣本主要有血漿或血清、組織樣本、細(xì)胞樣本等 [17 ]。從復(fù)雜生物樣本中提取兩性磷脂化合物,主要方法包括液液萃取、液固萃取、單一溶劑提取。

已經(jīng)報(bào)道的磷脂或總脂的液液萃取方法有多種,如Folch法 [18,19,22 ]、Bligh and Dyer (BD) 法 [19,20 ]、Gerber法 [21 ]、Babcock法 [21 ]、WernerSchmid法 [21 ]和RoseGottlieb法 [22 ]。其中BD法被認(rèn)為是磷脂化合物提取的“金標(biāo)準(zhǔn)”,即采用極性較小的氯仿 (或二氯乙烷) 和極性相對較強(qiáng)的甲醇作為提取溶劑,使樣本中不同極性的磷脂化合物更好的溶出。此方法被廣泛用于提取細(xì)胞、血漿、腦組織和肝組織樣品中的總脂 [23~25 ]。其它常用的磷脂提取的溶劑體系還有正己烷/異丙醇/丙酮 [26 ]。但是,液液萃取法所需樣本量大 (>100 μL),且耗時(shí)長,在萃取、超聲、純化過程中, 磷脂化合物會有一定程度的損失 [26 ]。

固相萃取 (SPE) 是磷脂分離和富集的另外一種有效手段,能夠去除樣本中的中性脂,更適合磷脂化合物的提取。SPE可實(shí)現(xiàn)與色譜、質(zhì)譜或NMR技術(shù)的在線串聯(lián) [27,28 ]。目前應(yīng)用的固相萃取方法中常采用的吸附劑有C18和鍵合硅膠 [29 ]、Si [30 ]、TiO2/SiO2核殼顆粒 [31 ]、丙氨基硅膠鍵合相 [32 ]等。洗脫劑則以氯仿、甲醇、異丙醇、正己烷等為主。常用的緩沖鹽包括乙酸銨、甲酸銨等。Fauland等 [33 ]采用兩根硅膠柱與一根氨基鍵合硅膠柱組合,將PC, LPC, PE, PI, PA, CL, PG, PS, SM等通過4個(gè)洗脫片段進(jìn)行分離。SPE法可以連續(xù)處理多個(gè)樣品,操作簡單、重復(fù)性好、提取回收率能夠滿足分析要求。

為獲得更好的提取效率,降低樣本用量,單一溶劑提取方法被眾多研究者所采用。Matyash等 [34 ]利用甲基叔丁基醚 (MTBE) 提取生物樣品中的脂類物質(zhì)。MTBE有超強(qiáng)的選擇性,不溶物可以離心除去。利用甲醇 (MeOH) 能夠簡便快捷的提取血漿磷脂,得到較為理想的提取回收率,適于提取血漿中的大部分磷脂 [35 ]。我們在之前的研究中采用異丙醇 (IPA) 法取代MeOH法提取血漿磷脂。結(jié)果表明,IPA作為提取溶劑時(shí),除溶血卵磷脂的提取效率低于MeOH法,其它各類磷脂的提取率均高于或相當(dāng)于MeOH法 [36 ]。單一溶劑的提取方法省去了富集過程、降低了提取過程中的損失,而且樣本用量低 (<10 μL)。

3.1.2磷脂的衍生化磷脂的衍生化是通過結(jié)構(gòu)修飾改變分子性質(zhì),從而改善HPLC、毛細(xì)管電泳 (CE)、氣相色譜 (GC) 等方法檢測磷脂的選擇性和靈敏度,實(shí)現(xiàn)磷脂化合物進(jìn)行定性和定量 [37 ]。衍生化方法主要包括:直接衍生化、水解后衍生化和其他衍生化。對于含有氨基頭部的磷脂化合物一般采用直接衍生化,其紫外吸收強(qiáng)度和傅里葉變換響應(yīng)都會增強(qiáng),檢測限能達(dá)到pmol水平 [38 ]。Haddadian等 [39 ]用甲基β環(huán)糊精修飾的膠束電毛細(xì)管色譜檢測熒光染料3(2糠酰)喹啉3環(huán)己烯 (FQ) 標(biāo)記的氨基磷脂分子,檢出限最低可以達(dá)到0.1 fg。對于大多數(shù)的磷脂化合物,特別是甘油磷脂,常采用的衍生化方法是水解后的衍生化。甘油磷脂水解后生成甘油二酯,其中的自由羥基可被?;蝓セ?,適于光譜檢測。當(dāng)采用氣相色譜 (GC) 檢測時(shí),首先用過磷脂酶C進(jìn)行水解,后選擇不同試劑,例如:特丁基二甲基硅烷 (TBDMS) [40 ]、三甲基硅烷 (TMS) [41 ]、五氟苯甲酰 (PFB) [42 ]、七氟丁酸酐 (HFB) [43 ]等進(jìn)行衍生化,降低化合物極性,提高靈敏度。

3.2磷脂的分離

色譜是分離磷脂的主要手段。磷脂具有不揮發(fā)、易吸水、不耐高溫等特點(diǎn),不同類磷脂分子結(jié)構(gòu)類似,同類分子之間只有脂肪酸鏈的碳數(shù)和不飽和度的差別。分離時(shí)易出現(xiàn)色譜峰重疊、拖尾等問題。因此,獲得良好色譜分離必須選擇合適的分離方法和洗脫方式。用于磷脂分離的主要色譜方法有薄層色譜法 (TLC)、HPLC和GC。由于GC分離磷脂化合物需經(jīng)過衍生化,其應(yīng)用受到一定限制。本文主要介紹TLC和HPLC方法。

3.2.1薄層色譜(TLC)/高效薄層色譜(HPTLC)TLC是利用不同磷脂種類在薄層板上產(chǎn)生不同的比移值,從而達(dá)到分離的目的 [44 ],適于不同類別磷脂的分離。薄層色譜的吸附劑是涂抹在玻璃板、塑料或鋁基片上的,主要有兩種:硅膠G和硅膠H,其中硅膠H的吸附性更強(qiáng)。洗脫劑常用氯仿甲醇水 (醋酸鹽緩沖液或氨水),具體實(shí)驗(yàn)應(yīng)根據(jù)吸附劑的使用情況調(diào)整洗脫劑的種類和比例 [45~47 ]。常用的顯色劑包括:Dittmerlester 鉬藍(lán)顯色劑、茚三酮試劑、碘蒸氣顯色、Vaskovsky試劑和Dragendorff 試劑等。TLC能夠?qū)崿F(xiàn)不同種類磷脂化合物的分離,通過與標(biāo)準(zhǔn)品對照進(jìn)行定性與定量分析。方法簡單、方便、直觀,但預(yù)處理繁瑣、耗時(shí),且影響準(zhǔn)確度,需較高的點(diǎn)樣技術(shù)。TLC或二維TLC(2DTLC)在HPLC出現(xiàn)之前是非常重要的磷脂分離方法,由于方便、快速,現(xiàn)在仍被廣泛用于磷脂的類別分離 [32,46,48,49 ]。目前,高效薄層色譜 (HPTLC) 和二維高效薄層色譜 (2DHPTLC) [50,51 ]方法應(yīng)用較多。

3.2.2高效液相色譜(HPLC)良好的分離非常有利于復(fù)雜樣本的定性與定量分析。雖然TLC在磷脂類別分離方面存在一定優(yōu)勢,但其并不適于同類別內(nèi)的不同磷脂分子的分離。借助HPLC系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)磷脂化合物類別間和類別內(nèi)的分離,為磷脂化合物定性提供了保留時(shí)間信息,也有利于磷脂的定量分析。用于磷脂分離的主要色譜方法包括反相高效液相色譜 (RPLC)、正相高效液相色譜 (NPLC) 和親水色譜 (HILIC),且可以串聯(lián)不同的檢測器,如紫外 (UV)、蒸發(fā)光散射 (ELSD) [52 ]和質(zhì)譜 (MS)。

RPLC法能夠?qū)崿F(xiàn)同一類磷脂化合物中不同分子的分離,但各類別間的分離效果較差,極性較強(qiáng)的脂先被洗脫出來 [24,52~54 ]。NPLC法能夠?qū)崿F(xiàn)較好的類別間的分離,極性較弱的脂先被洗脫出來 [23,55,56 ]。由于NPLC方法常采用弱極性溶劑作為流動相,與極性相對較強(qiáng)溶液混合易產(chǎn)生氣泡,保留時(shí)間的飄移不可避免。HILIC法則使用RPLC法的流動相系統(tǒng),其洗脫順序卻與NPLC法相同,克服了NPLC法保留時(shí)間飄移的缺陷,重現(xiàn)性良好 [29,57,58 ]。磷脂化合物的極性差別會影響分離度,因此,在洗脫方式上,梯度洗脫比等度洗脫更有利于磷脂分離,會獲得更好的峰形和分離度。磷脂化合物的HPLC分離方法總結(jié)見表1。

基于各類型色譜的優(yōu)缺點(diǎn),二維液相色譜方法(如2DNPLCRPLC [59,60 ]、2DHILICRPLC [61~63 ])能夠同時(shí)獲得良好的類別間和類別內(nèi)分離,被廣泛應(yīng)用于磷脂組學(xué)的研究,其缺陷在于單次運(yùn)行的時(shí)間比較長,分析通量小。因此,建立快速二維分離方法對于磷脂分析檢測技術(shù)發(fā)展和磷脂組學(xué)研究有很好的促進(jìn)作用。

3.3磷脂的定性與定量分析

磷脂組學(xué)的研究目標(biāo)是研究磷脂的生物功能,尋找磷脂及其代謝與疾病發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。前提是對復(fù)雜生物體系內(nèi)的磷脂化合物進(jìn)行定性與定量分析。要確定磷脂化合物的類別歸屬 (確定分子的極性頭部和骨架)、分子結(jié)構(gòu) (脂肪酸鏈的碳數(shù)、雙鍵數(shù)和雙鍵位置)、生物樣本中的含量,從而深入研究其代謝途徑和代謝差異。由于磷脂分子結(jié)構(gòu)的多樣性和相似性,對磷脂化合物進(jìn)行全面的定性與定量分析是很大的挑戰(zhàn)。常用方法有光譜法、質(zhì)譜或色譜質(zhì)譜聯(lián)用法、核磁共振法等 (表2)。

3.3.1光譜

光譜主要利用磷脂化合物的特征吸收對磷脂進(jìn)行定性與定量分析。通過最大吸收波長下的紫外吸收峰與磷脂標(biāo)準(zhǔn)溶液濃度的關(guān)系建立回歸方程,計(jì)算得到總磷脂或某類磷脂的含量。該方法只需排除非磷脂干擾,不需經(jīng)過分離就可直接測定,操作簡單、線性良好、回收率高、精確度高。紫外檢測器是HPLC測定磷脂化合物常用的檢測器 [64 ]。磷脂化合物經(jīng)過分離后,根據(jù)色譜峰的保留時(shí)間定性,根據(jù)峰面積積分值定量分析,但必須要有對應(yīng)的同類磷脂的標(biāo)準(zhǔn)品。

利用傅里葉變換紅外光譜 (FTIR) 中提供的由于CO, PO2,POC振動吸收在1200~970 nm產(chǎn)生的譜帶信息進(jìn)行定性與定量分析。 通過建立磷脂峰面積與濃度的回歸方程,計(jì)算出磷脂含量 [65 ]。該方法準(zhǔn)確度高、重復(fù)性良好、操作簡便、分析速度快。

3.3.2質(zhì)譜(MS)磷脂化合物的定性不僅要明確化合物的類別歸屬,更要明確分子組成。色譜分離可以提供用于判定類別歸屬的保留時(shí)間還可以抵消質(zhì)譜中部分離子抑制。質(zhì)譜提供磷脂分子的質(zhì)量信息、離子碎片或中性丟失信息,從而進(jìn)一步確定可能的分子結(jié)構(gòu)。磷脂檢測中常用的質(zhì)譜檢測器包括:離子阱質(zhì)譜 (IT) [23 ]、飛行時(shí)間質(zhì)譜 (TOF) [23 ]、四級桿飛行時(shí)間質(zhì)譜(QTOF) [66 ]、傅里葉轉(zhuǎn)換質(zhì)譜 (FT) [24 ]、軌道阱質(zhì)譜 (Orbitrap) [67 ]等。IT和QTOF可以提供多級碎片信息;TOF, QTOF, FT, Orbitrap具有較高的分辨率,可以提供精確分子質(zhì)量。高分辨質(zhì)譜在鑒定m/z接近而元素組成不一致的基團(tuán)時(shí)優(yōu)勢明顯。采用色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)就可以根據(jù)保留時(shí)間、精確分子量和碎片離子信息對磷脂化合物進(jìn)行結(jié)構(gòu)鑒定 [67~70 ],根據(jù)多級質(zhì)譜信息確定相同分子量含有不同脂肪酸鏈的磷脂結(jié)構(gòu)。然而,磷脂分子中不飽和脂肪酸鏈CC雙鍵位置的確定仍是難點(diǎn)。

質(zhì)譜檢測的離子信號強(qiáng)度(在一定范圍內(nèi))均與離子數(shù)量大致線性相關(guān)。通過建立峰面積 (或待測物峰面積與內(nèi)標(biāo)物比值) 和標(biāo)準(zhǔn)品溶液濃度的標(biāo)準(zhǔn)曲線,由回歸方程計(jì)算得到未知樣本的含量 [23,24,29 ]。由于磷脂標(biāo)準(zhǔn)品種類受限,每類或離子化行為一致的多類磷脂可共用一種標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行定量分析。

3.3.3核磁共振譜(NMR)核磁共振技術(shù)是最通用的復(fù)雜生物樣本的分析手段,利用磷原子31P的核磁共振效應(yīng)對磷脂化合物進(jìn)行定性和定量分析。不同類別的磷脂由于化學(xué)環(huán)境不同,31P的化學(xué)位移也不同,通過監(jiān)測31P的化學(xué)位移來鑒定磷脂的分子結(jié)構(gòu),其含量則由核磁響應(yīng)信號的積分確定 [71 ]。借助1D NMR和2DNMR可以確定磷脂分子脂肪酸鏈中雙鍵的位置 [72~76 ]。NMR可與HPLC、MS、SPE等手段整合運(yùn)用,獲取更有價(jià)值的結(jié)構(gòu)信息,實(shí)現(xiàn)已知和未知磷脂化合物分子的結(jié)構(gòu)鑒定,特別是分子中不飽和脂肪酸鏈的結(jié)構(gòu)確認(rèn) [75,76 ]。NMR具有快速、準(zhǔn)確性較高、深入物質(zhì)內(nèi)部而不破壞被測物質(zhì)等優(yōu)點(diǎn) [77 ]。因此,核磁共振技術(shù)為磷脂化合物的結(jié)構(gòu)鑒定提供了強(qiáng)有力的工具。然而,樣本用量大限制了NMR在生物樣本分析中的應(yīng)用。此外,近年發(fā)展的高分辨魔角旋轉(zhuǎn)核磁共振技術(shù) (HRMAS) 能夠消除非均相溶液中磁化率不同引起的譜線加寬,可以直接用于完整組織和器官中磷脂化合物的檢測,靈敏度較高 [78 ]。

發(fā)展新型平臺技術(shù),必須綜合考慮各種分析檢測技術(shù)的特點(diǎn),整合多種技術(shù)和數(shù)據(jù)庫,才能確定磷脂分子的類別、脂肪酸鏈的碳原子數(shù)、不飽和度及雙鍵位置、生物樣本中的含量及相關(guān)代謝途徑。整合色譜分離技術(shù)、高分辨質(zhì)譜技術(shù)及核磁共振技術(shù)建立新型磷脂檢測平臺技術(shù)最能滿足磷脂化合物結(jié)構(gòu)鑒定面臨的挑戰(zhàn)。

3.4組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘

3.4.1數(shù)據(jù)處理方法磷脂組學(xué)完全借鑒代謝組學(xué)的數(shù)據(jù)處理方法。對充分挖掘化合物的大量的、多維的信息,進(jìn)行一系列化學(xué)計(jì)量學(xué)方法計(jì)算,從中獲取具有生物學(xué)意義的潛在信息。首先需要對獲得的代謝物的輪廓譜數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化和濾噪,消除多余的干擾因素,保留與分類有關(guān)的信息。正交信號校正技術(shù) (OSC) 是最為廣泛應(yīng)用的濾噪技術(shù)之一 [79 ]。生物標(biāo)志物的發(fā)掘是通過對檢測到的所有化合物信息進(jìn)行判別分析,找出對分類貢獻(xiàn)最大的一種或若干種變量 [80~82 ]。用于組學(xué)研究的聚類算法主要包括:非監(jiān)督學(xué)習(xí)方法和監(jiān)督學(xué)習(xí)方法。

非監(jiān)督的學(xué)習(xí)方法是以原始圖譜或預(yù)處理后的圖譜數(shù)據(jù)對樣本進(jìn)行歸類,不需任何樣本分類的背景信息。這種方法沒有訓(xùn)練樣本可供學(xué)習(xí)利用,而是對給定的數(shù)據(jù)集進(jìn)行模式判別和相關(guān)性分析。主要有主成分分析 (PCA)、K均值聚類、高斯模型等 [83~87 ]。

監(jiān)督的學(xué)習(xí)方法適于分析有先驗(yàn)知識和假設(shè)的數(shù)據(jù)。依據(jù)先驗(yàn)知識對未知數(shù)據(jù)進(jìn)行辨識、歸類、預(yù)測。這種方法需要建立測試模型判別性能的測試集和確認(rèn)類別歸屬的確認(rèn)集。代表方法有偏最小二乘法 (PLS)、非線性偏最小二乘法(OPLS)、偏最小二乘判別分析 (PLSDA)、非線性偏最小二乘判別分析 (OPLSDA)、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) (ANN) 等 [85,88 ]。

3.4.2數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫是組學(xué)研究不可或缺的工具。數(shù)據(jù)庫除能夠提供生物體中各種代謝物的結(jié)構(gòu)信息外,還應(yīng)包涵化合物生化信息、疾病相關(guān)的代謝差異以及有關(guān)的定量數(shù)據(jù)。磷脂組學(xué)需要建立的數(shù)據(jù)庫是關(guān)于生物系統(tǒng)中所有磷脂化合物的數(shù)據(jù)庫,為未知磷脂化合物及其代謝物的結(jié)構(gòu)鑒定提供相關(guān)信息或可用于已知磷脂分子生物功能的解釋。從數(shù)據(jù)庫或基于網(wǎng)絡(luò)的搜索引擎中獲取磷脂化合物的性質(zhì)、分類、實(shí)驗(yàn)技術(shù)、代謝途徑等相關(guān)信息。常用數(shù)據(jù)庫和搜索引擎包括:LIPIDAT (http://www.lipidat.chemistry.ohiostate.edu)、Lipid Map (http://www.lipidmaps.org/)、Cyberlipids (http://www.cyberlipid.org/)、Lipid Library (http://lipidlibrary.aocs.org/)、LIPIDAT (http://www.lipidat.chemistry.ohiostate.edu)、Human Metabolome (HMBD, http://www.hmdb.ca/)、LIPID Bank (www.lipidbank.jp)、KEGG (http://www.kegg.jp/)、LIPIDMonster DB (http://www.lipidmaps.org/tools/)、Lipidhome (http://www.ebi.ac.uk/metabolights/lipidhome/)、代謝途徑數(shù)據(jù)庫 (http://pid.nci.nih.gov/)、Pubmed數(shù)據(jù)資源 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)、代謝途徑數(shù)據(jù)庫 (http://pid.nci.nih.gov/)、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫 (ExPASy, http://www.expasy.org/)、LipidSearchTM Software (Thermo scientific)、VaLID [89~91 ]。已經(jīng)建立的脂質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)庫為磷脂組學(xué)研究提供了大量化合物的結(jié)構(gòu)信息、質(zhì)譜信息和代謝途徑信息,為潛在生物標(biāo)志物的鑒定提供參考 [92 ]。

4結(jié)語與展望

磷脂分析檢測技術(shù)是磷脂組學(xué)研究獲取穩(wěn)定、可靠數(shù)據(jù)的必要手段,是順利實(shí)施實(shí)驗(yàn)方案的重要保障。分析儀器和計(jì)算技術(shù)的不斷革新決定了磷脂檢測技術(shù)的發(fā)展趨勢。樣本前處理方法的發(fā)展趨勢:(1)樣品用量少降低樣本用量,特別是寶貴的臨床樣本的用量。(2)提取效率高 提高低豐度磷脂化合物的提取效率。(3)在線提取實(shí)現(xiàn)與LC、MS或NMR等的在線聯(lián)用,提高方法的簡捷程度和自動化程度。磷脂檢測技術(shù)將向著快速、穩(wěn)定、重現(xiàn)性好、高靈敏度、高分辨率、高通量的方向發(fā)展 [66 ],滿足微量和痕量磷脂化合物定性和定量分析要求。通過建立二維或多維色譜和質(zhì)譜方法實(shí)現(xiàn)同類磷脂化合物不同分子的鑒定 [63,93 ]。完善磷脂組學(xué)的數(shù)據(jù)庫建設(shè),使其能夠提供盡可能多的磷脂化合物及其代謝物相關(guān)的代謝通路信息,及與疾病相關(guān)的代謝差異的生物學(xué)意義的解釋。

采用單一技術(shù)是很難實(shí)現(xiàn)磷脂化合物的全面的定性和定量,必須針對生物樣本的特性,整合不同檢測技術(shù)的優(yōu)勢,構(gòu)建包含提取、分離、檢測、數(shù)據(jù)處理等的定性定量平臺技術(shù),結(jié)合數(shù)據(jù)庫和相關(guān)軟件挖掘潛在標(biāo)志物的各類信息。整合基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)等的數(shù)據(jù)信息,使相關(guān)數(shù)據(jù)庫和軟件的功能越來越強(qiáng)大,逐漸實(shí)現(xiàn)磷脂化合物鑒定和相關(guān)代謝途徑分析的自動化、網(wǎng)絡(luò)化、可視化。

磷脂組學(xué)研究是針對磷脂的代謝組學(xué)研究模式。隨著代謝組學(xué)的整合化發(fā)展 [17 ],磷脂組學(xué)可以借助代謝組學(xué)提供的數(shù)據(jù)分析方法、脂質(zhì)研究的數(shù)據(jù)庫和相關(guān)專家系統(tǒng)。與基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué) [94 ]、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)等進(jìn)行多組學(xué)整合研究,從基因、蛋白、代謝等多層次研究磷脂化合物,尋找與疾病診斷、預(yù)防、治療相關(guān)的潛在生物標(biāo)志物體系及相關(guān)的的代謝途徑、代謝規(guī)律和代謝網(wǎng)絡(luò), 為人類健康提供更可靠、更有意義的數(shù)據(jù)。

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