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美國“百萬老兵計(jì)劃”大數(shù)據(jù)管理及其啟示

2017-03-21 06:11
關(guān)鍵詞:退伍軍人參與者問卷

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英國、美國、中國相繼開展了基于大規(guī)模人群隊(duì)列的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃[1-3],數(shù)據(jù)規(guī)模達(dá)百萬級(jí),多來源、多類型的大數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)及管理成為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究和應(yīng)用的新挑戰(zhàn)。為了更深入了解面向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的大規(guī)模人群隊(duì)列數(shù)據(jù)管理方法和關(guān)鍵技術(shù),本文主要介紹了美國“百萬老兵計(jì)劃”(Million Veteran Program,MVP)。它是一項(xiàng)國家級(jí)研究計(jì)劃,由美國退伍軍人事務(wù)部負(fù)責(zé)實(shí)施,目標(biāo)是為了幫助研究人員更好地理解基因組對(duì)健康和疾病的影響,用于改善退伍軍人的醫(yī)療健康及對(duì)特定疾病(糖尿病、癌癥等)進(jìn)行有效預(yù)防、診斷和治療[4]。

該計(jì)劃啟動(dòng)于2011年,截至2016年7月,已在美國范圍內(nèi)的50多個(gè)站點(diǎn)招收了超過500 000的退伍軍人參與研究,并建立了美國國家級(jí)最大的存儲(chǔ)關(guān)聯(lián)遺傳、臨床、生活方式和軍事暴露等多種信息的數(shù)據(jù)庫。該計(jì)劃已支持完成超過175項(xiàng)有關(guān)心臟病、癌癥、心理健康和許多其他疾病危險(xiǎn)因素或治療方法的研究評(píng)估[5],在其開展過程中所積累的大量基礎(chǔ)數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)等也成為奧巴馬提出的美國精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃的重要數(shù)據(jù)來源。

MVP在人群招募、接收、數(shù)據(jù)采集、保存、數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)管理、數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)安全和數(shù)據(jù)訪問的過程中,采取了較為系統(tǒng)和有效的組織管理措施、定義了明確的數(shù)據(jù)流程規(guī)范和指導(dǎo)方針,構(gòu)建了關(guān)于基因、部隊(duì)經(jīng)歷、生活方式和健康信息的數(shù)據(jù)庫和集成數(shù)據(jù)管理系統(tǒng),值得超大規(guī)模人群隊(duì)列數(shù)據(jù)管理研究借鑒和參考。

1 大規(guī)模數(shù)據(jù)采集

1.1 采集對(duì)象

MVP主要招募軍人志愿者作為研究對(duì)象,所有參與者均為曾經(jīng)使用過美國退伍軍人事務(wù)部醫(yī)療系統(tǒng)的退伍軍人,自愿共享他們的醫(yī)療健康信息和基因信息。

MVP通過郵件邀請(qǐng)的方式進(jìn)行參與人群招募,郵件邀請(qǐng)函中介紹了MVP的研究內(nèi)容,以幫助參與者了解其研究中需要其參與的事項(xiàng),包括完成關(guān)于個(gè)人健康和健康行為的調(diào)查問卷、提供用于基因組分析和未來研究的血液樣本、允許安全訪問與其健康管理相關(guān)的醫(yī)療信息(如過去和未來的健康記錄)、允許MVP員工因開展后續(xù)研究與之聯(lián)絡(luò)[6],還包括知情同意權(quán)益說明和基礎(chǔ)調(diào)查問卷。

有意愿參與的退伍軍人可以在閱讀知情同意權(quán)益說明后,完成問卷,同時(shí)預(yù)約研究訪談的時(shí)間。訪談時(shí)間確定后,參與者還將收到一封附有知情同意表的預(yù)約信,參與者可根據(jù)預(yù)約時(shí)間與退伍軍人事務(wù)部(Department of Veterans Affairs,VA)醫(yī)學(xué)中心研究網(wǎng)站的員工及研究組的成員面談。面談將幫助參與者深入了解MVP的目的、方法、風(fēng)險(xiǎn)和收益,完成血液樣本采集和簽署必要的知情同意[7]或健康保險(xiǎn)攜帶和責(zé)任法案(Health Insurance Portability and Accountability Act of 1996,HIPAA)授權(quán)表。最后,每個(gè)參與者還需完成一份關(guān)于其生活方式的調(diào)查問卷。

1.2 數(shù)據(jù)處理

調(diào)查問卷收回后,退伍軍人事務(wù)中心機(jī)構(gòu)審查委員會(huì)(Institutional Review Board,IRB)負(fù)責(zé)對(duì)其進(jìn)行審核。如果參與者被MVP接收,退伍軍人健康管理醫(yī)療系統(tǒng)網(wǎng)站的員工將對(duì)其填寫的知情同意和HIPPA授權(quán)表進(jìn)行檢查和掃描,并將其發(fā)送到美國康州西黑文臨床流行病學(xué)研究中心(Clinical Epidemiology Research Center,CERC)。

研究中心負(fù)責(zé)檢查其填寫內(nèi)容的準(zhǔn)確性和完整性,隨后數(shù)據(jù)被錄入信息系統(tǒng)。每份調(diào)查問卷都會(huì)被編碼,用編碼替代參與者的姓名是為了保障參者隱私和方便實(shí)現(xiàn)對(duì)參與者招募、接收、樣本采集和使用的全過程追蹤。最終,生活方式調(diào)查問卷的數(shù)據(jù)和基礎(chǔ)調(diào)查問卷的數(shù)據(jù)將被整合存儲(chǔ)。

研究訪談的血液樣本采集遵循標(biāo)準(zhǔn)的操作流程規(guī)范,使用含有10ml乙二胺四乙酸(Ethylene Diamine Tetraacetic Acid,ETDA)抗凝劑血液收集試管裝載樣本。樣本經(jīng)離心處理后被放入凍存管保存,每個(gè)試管都會(huì)被分配一個(gè)2維條形碼標(biāo)簽,供機(jī)器自動(dòng)讀取。

樣本收集后需要被連夜運(yùn)輸?shù)讲ㄊ款DVA中心生物倉儲(chǔ)存儲(chǔ)和進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估/質(zhì)量控制,樣本將一直被存儲(chǔ)在中心生物倉儲(chǔ)中,直到它們被提供研究使用或因不再具有科學(xué)價(jià)值而被銷毀。關(guān)于樣本的采集、處理、狀態(tài)及出入庫時(shí)間等信息將被記錄到實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)中。

血液樣本的基因組、表型和外顯子的分析等測(cè)序工作則由MVP的合同供應(yīng)商完成,供應(yīng)商需要遵循國際和VA測(cè)序相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)保證測(cè)序質(zhì)量。

1.3 數(shù)據(jù)內(nèi)容

收集的MVP數(shù)據(jù),具有規(guī)模龐大、來源廣泛、類型多樣、格式豐富等特點(diǎn),不僅包括MVP參與者的自我問卷調(diào)查數(shù)據(jù)、生活方式調(diào)查數(shù)據(jù)、生物樣本數(shù)據(jù),還包括合同供應(yīng)商提供的基因型數(shù)據(jù)/序列數(shù)據(jù)以及VA國家數(shù)據(jù)系統(tǒng)中的數(shù)據(jù)(包括合作數(shù)據(jù)倉儲(chǔ)數(shù)據(jù)庫、國家病人醫(yī)療數(shù)據(jù)庫、VA生命狀態(tài)文件等)和非VA數(shù)據(jù)。

MVP研究涉及的數(shù)據(jù)內(nèi)容具體見表1。其中,MVP調(diào)查問卷數(shù)據(jù)主要來自基礎(chǔ)調(diào)查問卷和生活方式調(diào)查問卷?;A(chǔ)調(diào)查問卷數(shù)據(jù)是關(guān)于人口統(tǒng)計(jì)特征(性別、人種、婚姻、身高、體重等)、生理特征(發(fā)色、膚色、用手習(xí)慣等)、健康狀態(tài),活動(dòng)和習(xí)慣、部隊(duì)經(jīng)歷、醫(yī)療歷史和醫(yī)療情況、遺傳病家族史;生活方式調(diào)查問卷包含更細(xì)致的補(bǔ)充性數(shù)據(jù),包括個(gè)人信息、個(gè)人習(xí)慣、鍛煉習(xí)慣、部隊(duì)和環(huán)境暴露情況、飲食習(xí)慣、幸福感知情況、男性/女性健康、藥物和維生素服用情況等內(nèi)容。

表1 MVP研究涉及的數(shù)據(jù)來源和內(nèi)容

2 數(shù)據(jù)管理組織結(jié)構(gòu)

MVP活動(dòng)由多部門組織完成,具有清晰的管理組織結(jié)構(gòu)(圖1)[8]。VA中心辦公室/研究開發(fā)辦公室負(fù)責(zé)管理MVP各種資源、設(shè)計(jì)組織框架,安排和管理兩個(gè)基因組協(xié)調(diào)中心的活動(dòng)?;蜥t(yī)學(xué)計(jì)劃咨詢委員會(huì)(Genomic Medicine Program Advisory Committee,GMPAC),由醫(yī)學(xué)基因組、基因組科學(xué)、醫(yī)療政策和管理、醫(yī)學(xué)信息學(xué)等領(lǐng)域的國內(nèi)和國際專家組成,負(fù)責(zé)有關(guān)基因醫(yī)學(xué)相關(guān)問題的咨詢工作。VA中心機(jī)構(gòu)審查委員會(huì),負(fù)責(zé)保護(hù)研究對(duì)象的權(quán)益和引導(dǎo)每年的MVP審查。協(xié)議(招募材料)、知情同意權(quán)益和HIPPA授權(quán)表等都需要經(jīng)過中心機(jī)構(gòu)審查委員會(huì)的批準(zhǔn)。科學(xué)審查委員會(huì)(Scientific Review Committee,SRC)負(fù)責(zé)對(duì)退伍軍人的樣本和數(shù)據(jù)進(jìn)行嚴(yán)格審查,審查通過后,樣本和數(shù)據(jù)才能被提供給研究者使用。該委員會(huì)還負(fù)責(zé)對(duì)提出數(shù)據(jù)使用申請(qǐng)的研究者所開展研究的科學(xué)性、數(shù)據(jù)請(qǐng)求必要性等方面進(jìn)行審查。

MVP執(zhí)行委員會(huì)監(jiān)管MVP的全部活動(dòng),執(zhí)行委員會(huì)由5個(gè)子委員會(huì)組成,主要職責(zé)是監(jiān)管和處理招募、通用政策和數(shù)據(jù)訪問、流行病學(xué)和表型、分子和生物化學(xué)分析、信息學(xué)和信息技術(shù)相關(guān)問題[4]。當(dāng)前MVP開展的活動(dòng)由兩個(gè)VA基因組協(xié)調(diào)中心具體管理和開展。一個(gè)是波士頓馬薩諸塞老兵流行病學(xué)研究信息中心(Massachusetts Veterans Epidemiology Research and Information Center, MAVERIC)和合作研究計(jì)劃(Cooperative Studies Program,CSP)協(xié)調(diào)中心,主要負(fù)責(zé)招募參與者和管理中心生物倉儲(chǔ)和面向集成科學(xué)的基因組信息系統(tǒng)(Genomic Information System for Integrative Science,GenISIS);另一個(gè)是西黑文臨床流行病學(xué)研究中心和合作研究計(jì)劃協(xié)調(diào)中心,負(fù)責(zé)文件掃描,知情同意權(quán)益和HIPPA文檔監(jiān)管,MVP站點(diǎn)管理、預(yù)算管理及應(yīng)用項(xiàng)目管理等事務(wù)。兩個(gè)中心間也會(huì)進(jìn)行大量活動(dòng)和信息的交互共享和配備大量人員用以支持所有活動(dòng)持續(xù)開展。臨床研究藥物協(xié)調(diào)中心(Clinical Research Pharmacy Coordinating Center,CRPCC)支持對(duì)由VA和其他聯(lián)邦機(jī)構(gòu)引導(dǎo)的世界范圍多中心臨床實(shí)驗(yàn)藥物和設(shè)備相關(guān)活動(dòng)的管理。除這些部門以外,MVP在卡南代瓜市還設(shè)有一個(gè)信息中心,負(fù)責(zé)解答MVP相關(guān)問題、安排研究訪談的時(shí)間和輔助MVP網(wǎng)站招募工作。

圖1 MVP數(shù)據(jù)管理組織結(jié)構(gòu)

3 數(shù)據(jù)集成管理平臺(tái)

3.1 數(shù)據(jù)管理平臺(tái)

面向集成科學(xué)的基因組信息系統(tǒng)是MVP用于存儲(chǔ)、集成、檢索和分析數(shù)據(jù)的信息基礎(chǔ)架構(gòu)。數(shù)據(jù)被安全地存儲(chǔ)在GenISIS數(shù)據(jù)倉儲(chǔ)中,受到防火墻的保護(hù),GenISIS通過用戶角色和許可控制實(shí)現(xiàn)對(duì)系統(tǒng)和數(shù)據(jù)的訪問。

GenISIS包含5個(gè)主要功能[8]:提供參與者招募和接收軟件,提供報(bào)告環(huán)境,提供MVP收集樣本追蹤,提供安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ),提供應(yīng)用于未來研究分析和保障安全的計(jì)算環(huán)境。GenISIS系統(tǒng)功能如圖2所示。

圖2 GenISIS系統(tǒng)功能

參與者招募和接收軟件主要實(shí)現(xiàn)招募和接收退伍軍人進(jìn)入隊(duì)列的功能,包括網(wǎng)站協(xié)調(diào)、呼叫中心、郵件中心和指揮控制中心等功能。報(bào)告環(huán)境主要實(shí)現(xiàn)對(duì)招募情報(bào)的報(bào)告功能,包括招募指示板、報(bào)告請(qǐng)求系統(tǒng)、詳細(xì)報(bào)告數(shù)據(jù)庫等。GenISIS數(shù)據(jù)倉儲(chǔ)用于存儲(chǔ)參與者的調(diào)查問卷數(shù)據(jù)、醫(yī)療數(shù)據(jù),還有來自非VA數(shù)據(jù)庫的一些輔助性數(shù)據(jù)。實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)(Laboratory Information Management System,LIMS)支持實(shí)驗(yàn)室信息管理,提供工作流、數(shù)據(jù)跟蹤和支持采樣追蹤和自動(dòng)化液體處理,具有靈活的架構(gòu)和數(shù)據(jù)交換接口;還提供對(duì)所有關(guān)于生物樣本收集、運(yùn)輸、采樣處理和存儲(chǔ)的信息追蹤和與GenISIS信息的關(guān)聯(lián)。

GenISIS提供帶有分析工具的高性能安全計(jì)算環(huán)境。它提供的分析軟件包括SAS、R、Plink、ib2b等,用戶可以在線使用,也可通過上傳軟件進(jìn)行遠(yuǎn)程訪問,系統(tǒng)可根據(jù)用戶需求對(duì)分析軟件進(jìn)行更新升級(jí)??茖W(xué)環(huán)境能夠提供170TB的存儲(chǔ)區(qū)域網(wǎng)絡(luò)(Storage Area Network,SAN)、緩存空間以及192個(gè)節(jié)點(diǎn)的高性能集群,支持用戶完成高性能計(jì)算任務(wù);還支持對(duì)第三方知識(shí)庫(如NCBI等)的訪問。

3.2 數(shù)據(jù)流控制

GenISIS的數(shù)據(jù)流動(dòng)過程見圖3。來自臨床信息系統(tǒng)的臨床數(shù)據(jù)、由供應(yīng)商提供的基因組數(shù)據(jù)和收集的調(diào)查問卷數(shù)據(jù)被存儲(chǔ)到GenISIS的數(shù)據(jù)倉庫中后,系統(tǒng)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行元數(shù)據(jù)抽取和編碼標(biāo)識(shí)分配、索引構(gòu)建和數(shù)據(jù)分類。經(jīng)知情同意管理者審核知情同意權(quán)益情況后,通過協(xié)調(diào)系統(tǒng)(Honest Broker),審核和標(biāo)準(zhǔn)化處理后的基因組數(shù)據(jù)、對(duì)應(yīng)的臨床數(shù)據(jù)和調(diào)查數(shù)據(jù)被關(guān)聯(lián)和整合起來,研究者可以通過術(shù)語和注釋服務(wù)器對(duì)集成的基因組、調(diào)查和臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋。

獲得授權(quán)的研究者可通過查詢接口訪問數(shù)據(jù),并通過查詢集市(Query Mart)檢索臨床和基因組信息,構(gòu)建研究應(yīng)用的隊(duì)列和子集數(shù)據(jù)。查詢的數(shù)據(jù)可被導(dǎo)出到GenISIS服務(wù)器研究數(shù)據(jù)集市中用于開展數(shù)據(jù)分析。GenISIS同時(shí)提供安全的高性能分析環(huán)境、用戶緩存空間和大量分析工具(如SAS、R、Matlab、Plink、ib2b、Perl/Bioperl等),允許用戶提交和管理他們的高性能計(jì)算任務(wù)。

圖3 GenISIS數(shù)據(jù)流

4 數(shù)據(jù)安全與隱私

4.1 個(gè)人隱私保護(hù)

MVP涉及大量退伍老兵個(gè)人隱私數(shù)據(jù),因此十分重視數(shù)據(jù)隱私保護(hù)和安全問題,盡量降低參與者的風(fēng)險(xiǎn)。退伍軍人事務(wù)部的研究者、美國其他聯(lián)邦醫(yī)療機(jī)構(gòu)和學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu),只有通過退伍軍人事務(wù)部監(jiān)督委員會(huì)的批準(zhǔn),才可以獲取參與者樣本和健康信息用于未來的研究項(xiàng)目。具體而言,開展的研究必須滿足所有道德、科學(xué)和規(guī)范要求,并且需獲得退伍軍人事務(wù)部和其他監(jiān)督機(jī)構(gòu)的批準(zhǔn),只有獲得授權(quán)的研究者才能通過密鑰訪問樣本和數(shù)據(jù)。這些樣本和健康數(shù)據(jù)均需經(jīng)過匿名處理,采用特定編碼代替名字、地址、出生日期和社保號(hào)等個(gè)人標(biāo)識(shí)信息。除此之外,MVP必須嚴(yán)格遵守現(xiàn)有聯(lián)邦法律保護(hù)個(gè)人信息,主要包括《1974年隱私法案》《2002年電子政務(wù)法》《1996年健康保險(xiǎn)流通與責(zé)任法案》(HIPAA)等關(guān)于醫(yī)療保健和個(gè)人信息的法規(guī)。這3項(xiàng)法規(guī)要求聯(lián)邦機(jī)構(gòu)建立安全措施保障統(tǒng)計(jì)記錄、個(gè)人信息和健康信息安全,避免對(duì)個(gè)人造成傷害。MVP在開展基因分析過程中,還借助《反基因信息歧視法案》(Genetic Information Nondiscrimination Act,GINA)來保護(hù)相關(guān)參與者的基因信息不被濫用和歧視。

MVP還接受NIH保密認(rèn)證保護(hù),保障數(shù)據(jù)不會(huì)被泄露給第三方,即便是有來自法庭的命令要求,數(shù)據(jù)也不會(huì)因此而被泄露[9]。排除一些特殊情況,如參與者或他們的家庭成員自愿發(fā)布了信息,或?yàn)楸苊鈱?duì)參與者和其他人造成嚴(yán)重傷害,MVP采取向當(dāng)局報(bào)告的必要措施以外,研究者可以依據(jù)這項(xiàng)認(rèn)證拒絕對(duì)參與者身份信息的請(qǐng)求。因?yàn)橛蠳IH保密認(rèn)證的保護(hù),計(jì)劃相關(guān)研究者可豁免因被迫泄露關(guān)于參與者身份信息而收到法院傳票或任何民事、刑事、行政、立法、或其他聯(lián)邦,州或地方級(jí)別的訴訟。

4.2 數(shù)據(jù)安全保障

MVP在管理、技術(shù)和操作等各個(gè)方面均采取了大量數(shù)據(jù)安全保護(hù)措施。在管理方面,通過制定有效的安全政策方針、信息安全規(guī)程來保障數(shù)據(jù)安全。MVP持續(xù)升級(jí)信息安全規(guī)程,要求開展VA健康研究的主要研究人員和其他工作人員需保證所有項(xiàng)目符合研究信息使用、存儲(chǔ)和安全要求[10]。如VA員工提出訪問敏感數(shù)據(jù)的請(qǐng)求要接受審查,包括對(duì)他們的職責(zé)和提出的數(shù)據(jù)訪問級(jí)別開展適當(dāng)?shù)谋尘罢{(diào)查。出于商業(yè)原因,VA也可能和其他聯(lián)邦或持有退伍軍人信息的商業(yè)實(shí)體一同合作,MVP要確保這些組織或?qū)嶓w也能夠采取適當(dāng)?shù)陌踩胧┍Wo(hù)敏感數(shù)據(jù)。

伴隨信息技術(shù)的飛速發(fā)展,MVP的活動(dòng)越來越多地依賴于計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和通信網(wǎng)絡(luò),包括數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)、流程控制、分析、訪問和傳播等。為了能夠安全、可控地管理和使用數(shù)據(jù),在技術(shù)上,MVP建設(shè)了安全、穩(wěn)定的基礎(chǔ)設(shè)施和采用多種安全保障技術(shù);持續(xù)進(jìn)行軟件和設(shè)備升級(jí),防止對(duì)未經(jīng)授權(quán)的敏感數(shù)據(jù)的訪問,其所有數(shù)據(jù)的管理和分析均在安全防火墻保護(hù)下開展。MVP相關(guān)研究設(shè)計(jì)、實(shí)施和操作涉及的各方面均需要通過嚴(yán)格審查,所有對(duì)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)和樣本的訪問均需要經(jīng)過科學(xué)同行評(píng)議和機(jī)構(gòu)審查委員會(huì)的批準(zhǔn)。只有通過批準(zhǔn)的研究者才能通過密鑰訪問數(shù)據(jù)。訪問控制、在筆記本上安裝加密程序,對(duì)存儲(chǔ)隱私數(shù)據(jù)的移動(dòng)電腦或便攜式存儲(chǔ)設(shè)備進(jìn)行加密等多種技術(shù)手段被應(yīng)用于MVP的數(shù)據(jù)安全保護(hù),防止未經(jīng)授權(quán)的敏感信息訪問和遠(yuǎn)程數(shù)據(jù)檢索。在人員管理方面,MVP積極對(duì)員工進(jìn)行數(shù)據(jù)隱私和安全責(zé)任強(qiáng)化教育及開展相關(guān)安全教育活動(dòng),提高員工對(duì)數(shù)據(jù)隱私和數(shù)據(jù)安全保護(hù)的個(gè)人責(zé)任重要性的認(rèn)識(shí)。

5 啟示

我國陸續(xù)開展了多項(xiàng)大規(guī)模人群隊(duì)列研究項(xiàng)目,如中國慢性病前瞻性研究項(xiàng)目[11]、泰州人群健康追蹤研究項(xiàng)目[12]等。在2016年和2017年開展的國家精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究重點(diǎn)專項(xiàng)中也計(jì)劃建立多個(gè)大樣本人群隊(duì)列研究項(xiàng)目,通過管理、整合和分析基線數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)和組學(xué)數(shù)據(jù)等多類型數(shù)據(jù),探索疾病發(fā)生、發(fā)展過程的內(nèi)在規(guī)律,實(shí)現(xiàn)疾病的預(yù)測(cè)、預(yù)防和個(gè)性化治療[13]。本文對(duì)美國“百萬老兵計(jì)劃”的大數(shù)據(jù)管理實(shí)踐進(jìn)行剖析,總結(jié)出以下5方面的特點(diǎn),希望能夠?yàn)殚_展我國精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)管理研究和應(yīng)用提供借鑒。

5.1 設(shè)置合理組織管理架構(gòu)

設(shè)置清晰、合理的管理組織架構(gòu)在超大規(guī)模隊(duì)列數(shù)據(jù)管理中至關(guān)重要。MVP不僅涉及對(duì)大量參與人群、招募網(wǎng)站、測(cè)序供應(yīng)商和臨床信息系統(tǒng)等人和系統(tǒng)的協(xié)調(diào)管理,還涉及多種來源、類型多樣的數(shù)據(jù)管理和多樣化數(shù)據(jù)流程、數(shù)據(jù)質(zhì)量的控制。MVP清晰的組織管理結(jié)構(gòu)為計(jì)劃實(shí)施起到了巨大作用。其設(shè)立多級(jí)委員會(huì)和多個(gè)協(xié)調(diào)中心,由辦公室總體統(tǒng)籌規(guī)劃、分中心組織協(xié)調(diào)開展數(shù)據(jù)采集、整合和分析,委員會(huì)監(jiān)督管理相結(jié)合,既能分工明確,各司其職;又能緊密配合,協(xié)同工作,及時(shí)溝通,實(shí)現(xiàn)從招募、接收、采樣、數(shù)據(jù)收集、管理、集成到分析和訪問控制的不同任務(wù)目標(biāo),有效推動(dòng)MVP的實(shí)施進(jìn)展。

5.2 實(shí)施數(shù)據(jù)流程規(guī)范管理

從問卷收集、樣本采集、基因測(cè)序到數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、分析和訪問,MVP均有制定相關(guān)政策方針或規(guī)程指導(dǎo)控制數(shù)據(jù)流程和數(shù)據(jù)質(zhì)量。數(shù)據(jù)采集從人群招募、調(diào)查問卷填寫、知情同意簽署到問卷回收、數(shù)據(jù)存儲(chǔ),MVP均提供明確的流程定義和清楚描述。一方面使參與者能夠準(zhǔn)確了解其在研究中的任務(wù)、責(zé)任、風(fēng)險(xiǎn)和收益;另一方面,MVP也對(duì)數(shù)據(jù)的采集過程進(jìn)行了清晰定義,使數(shù)據(jù)流程透明化和規(guī)范化,對(duì)于血液樣本的采集、處理、存儲(chǔ)、運(yùn)輸、信息化管理和訪問控制也按照國際標(biāo)準(zhǔn)和VA標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行規(guī)范并進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估和控制。在GenISIS系統(tǒng)內(nèi)、外部也對(duì)數(shù)據(jù)處理流程進(jìn)行了定義,并且通過數(shù)據(jù)詞典、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)、一致性檢查等進(jìn)行數(shù)據(jù)一致性、完整性和規(guī)范性控制。生物樣本及各類數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化和質(zhì)量管理將決定并影響研究的結(jié)果,因而數(shù)據(jù)流程及質(zhì)量控制在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)研究中不可或缺。

5.3 搭建數(shù)據(jù)管理平臺(tái)系統(tǒng)

MVP建立大數(shù)據(jù)集成管理系統(tǒng)GenISIS,不僅實(shí)現(xiàn)了參與者招募、數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)、信息溝通等功能,也實(shí)現(xiàn)了大數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、整合、標(biāo)準(zhǔn)化處理、數(shù)據(jù)管理,高性能數(shù)據(jù)分析等功能;同時(shí)集成了多種數(shù)據(jù)資源,形成數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)。MVP還提供高性能的科學(xué)計(jì)算環(huán)境,集成多種數(shù)據(jù)分析工具,為研究者發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)、利用數(shù)據(jù)、探索新知識(shí)、新模式提供了重要的基礎(chǔ)設(shè)施。集成數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)流程設(shè)計(jì)較為合理,不僅考慮了數(shù)據(jù)隱私保護(hù),也在其中適當(dāng)嵌入了協(xié)調(diào)、審核機(jī)制,將平臺(tái)系統(tǒng)和政策規(guī)范緊密配合應(yīng)用,實(shí)現(xiàn)對(duì)MVP參與人員和海量數(shù)據(jù)的有效管理、追蹤、調(diào)度和提供滿足用戶需求的科學(xué)計(jì)算分析環(huán)境。

5.4 重視個(gè)人數(shù)據(jù)隱私保護(hù)

個(gè)人數(shù)據(jù)隱私保護(hù)在MVP被置于最高和優(yōu)先地位,不僅廣泛采納在國家層面已有的、成熟的個(gè)人信息保護(hù)相關(guān)法律、法規(guī)到計(jì)劃當(dāng)中;在計(jì)劃實(shí)施過程中也通過匿名處理、積極制定委員會(huì)或相關(guān)組織多級(jí)審查和安全控制制度,保障從人群隊(duì)列多類型數(shù)據(jù)采集、樣本采集、處理、運(yùn)輸、存儲(chǔ)、管理、分析到訪問、使用過程中的隱私安全。通過知情同意、HIPPA授權(quán)等方式讓參與者了解數(shù)據(jù)安全狀態(tài)和保護(hù)方式及通過明確的隱私保護(hù)政策、規(guī)定和許可保障超大規(guī)模人群隊(duì)列數(shù)據(jù)的訪問安全。

5.5 實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)安全多級(jí)管控

MVP是一個(gè)觀察性的長期大規(guī)模人群隊(duì)列研究,為保證參與者的最小風(fēng)險(xiǎn),VA注意提高數(shù)據(jù)安全技術(shù),持續(xù)對(duì)相關(guān)系統(tǒng)、軟件進(jìn)行升級(jí)更新,使用多重安全防御和管控策略防范安全威脅,保障系統(tǒng)平穩(wěn)、正常運(yùn)行,保障樣本、臨床等數(shù)據(jù)的妥善存儲(chǔ)和用于研究分析。但信息系統(tǒng)沒有絕對(duì)的安全,MVP也從通過落實(shí)安全管理制度、組織協(xié)調(diào)有關(guān)人員加強(qiáng)培訓(xùn)和安全教育,強(qiáng)化安全意識(shí)、責(zé)任義務(wù)和職業(yè)道德等方面保障數(shù)據(jù)采集、存儲(chǔ)、管理、高性能分析、訪問獲取等過程中的安全性、可用性、可控性和完整性,切實(shí)保障MVP數(shù)據(jù)和研究成果的安全。

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