孫 程,黃立寧,李景林,李正龍,姜興明,崔云甫
(哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院膽胰外科,哈爾濱 150086)
人類基因組計(jì)劃草圖表明,基因組中包含大約2萬個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,不足整個(gè)基因組的2%,而剩余至少70%的序列被轉(zhuǎn)錄成RNA。這些轉(zhuǎn)錄序列大部分是蛋白質(zhì)非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA),它們最初被認(rèn)為是轉(zhuǎn)錄“噪聲”,并沒有引起過多的注意[1]。lncRNAs包含種類各異的RNA轉(zhuǎn)錄分子,它缺少蛋白質(zhì)編碼功能,且缺乏足夠長度的開放閱讀框,其長度通常大于200個(gè)核苷酸[2]。最近,Hon等[3]在人類基因組中鑒定了19175個(gè)可能有功能的lncRNAs。與編碼蛋白質(zhì)的RNA類似,lncRNA擁有RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄物的poly-A尾巴和5′帽狀結(jié)構(gòu),且可以進(jìn)行剪切[4]。各種研究表明,lncRNA可以調(diào)節(jié)基因表達(dá)水平和轉(zhuǎn)錄后修飾,充當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子及miRNAs誘餌,并在許多生物過程中扮演調(diào)節(jié)者的角色[5-7]。
隨著基因技術(shù)的不斷發(fā)展,研究發(fā)現(xiàn)lncRNA與人類多種疾病有關(guān),尤其是腫瘤中隨處可見其表達(dá)異常的情況[8-10]。部分lncRNA已被證實(shí)在腫瘤中充當(dāng)重要的角色,如指揮腫瘤細(xì)胞的增殖、侵襲和轉(zhuǎn)移等,且可能被用作腫瘤的潛在治療靶點(diǎn)和診斷預(yù)后的生物標(biāo)記物[11-12]。腫瘤目前仍是威脅人類生存的主要?dú)⑹种?,因此進(jìn)一步了解lncRNA獨(dú)有的基因特點(diǎn),特異的表達(dá)方式和穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)特征,可以提高我們對(duì)腫瘤相關(guān)疾病的理解和建立新型診斷預(yù)后生物標(biāo)志物。
MIAT也被稱為Gomafu或Rncr2[13-15],是所有腫瘤相關(guān)lncRNAs中的后起之秀,在多種腫瘤中表達(dá)異常,包括前列腺癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、乳腺癌、胃癌、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、膠質(zhì)瘤。MIAT最早被發(fā)現(xiàn)于2000年[16],它位于22q12.1,長度為30051 bp。最初,Ishii等[15]通過單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)標(biāo)記的大規(guī)模病例對(duì)照關(guān)聯(lián)研究,確定了心肌梗死的易感基因位點(diǎn),于其中分離出一個(gè)新的完整cDNA基因,命名為MIAT(myocardial infarction associated transcript)。該基因包含5個(gè)外顯子,所有的剪接點(diǎn)都符合基本的GT/AG規(guī)則[17-18]。盡管傳統(tǒng)的序列比對(duì)測驗(yàn)沒有發(fā)現(xiàn)任何非哺乳動(dòng)物的MIAT直系同源物[14],但測驗(yàn)確定了來自小雞和非洲熱帶爪蟾的假定MIAT直系同源物。在每個(gè)直系同源物的最大外顯子中發(fā)現(xiàn)了ACUAACC序列的多重聚簇重復(fù)序列,在每個(gè)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中發(fā)現(xiàn)了5到8個(gè)這樣的重復(fù)序列[19]。該重復(fù)序列包括RNA結(jié)合蛋白Quaking的ACUAAY共有識(shí)別位點(diǎn),其調(diào)節(jié)RNA亞細(xì)胞定位和穩(wěn)定性[20-21],盡管其功能意義尚不清楚。與其它核保留的lncRNAs,如Xist和Air不同,MIAT與染色質(zhì)無關(guān),而與核基質(zhì)緊密相關(guān)。相對(duì)于兩棲動(dòng)物而言,MIAT在胎盤哺乳動(dòng)物中高度保守[15,22]。
肺癌是全球癌癥相關(guān)死亡的主要原因[23],肺癌患者大部分表現(xiàn)為非小細(xì)胞肺癌(no-small-cell lung cancer, NSCLC),它每年的發(fā)病率占肺癌比例大約是80%,盡管近年來治療方式不斷進(jìn)步,但患者預(yù)后仍然較差[24]。因此,尋找到可靠的預(yù)后生物標(biāo)記物和分子靶向藥物,以降低與NSCLC相關(guān)的發(fā)病率和死亡率迫在眉睫。Zhang等[25]在2015年首次發(fā)現(xiàn)MIAT在NSCLC組織和腫瘤細(xì)胞中的表達(dá)上調(diào),并通過細(xì)胞學(xué)水平實(shí)驗(yàn)證實(shí)抑制MIAT的表達(dá)可以降低腫瘤細(xì)胞的侵襲能力,其機(jī)制是通過內(nèi)源性海綿吸附miR-150,從而上調(diào)下游靶基因ZEB1(zinc finger E-box binding homeobox 1)的表達(dá)發(fā)揮調(diào)控功能。Lai等[26]在上述研究的基礎(chǔ)上同樣發(fā)現(xiàn)MIAT表達(dá)在NSCLC和腫瘤細(xì)胞中上調(diào),且其高表達(dá)水平與腫瘤大小,TNM分期和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移呈正相關(guān)。隨后,實(shí)驗(yàn)證實(shí)沉默MIAT可以降低腫瘤細(xì)胞增殖、遷移和侵襲能力,且緩解細(xì)胞周期阻滯。進(jìn)一步研究機(jī)制發(fā)現(xiàn),MIAT提高腫瘤細(xì)胞中組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶和基質(zhì)金屬蛋白酶9(matrix metallopeptidase 9, MMP9)啟動(dòng)子的結(jié)合能力,促進(jìn)啟動(dòng)子中H3K4me3的合成,進(jìn)而上調(diào)MMP9表達(dá),最終實(shí)現(xiàn)調(diào)控腫瘤細(xì)胞的目的。Li等[27]預(yù)測MIAT可能作為競爭性內(nèi)源性RNA(competing endogenous RNA, ceRNA),內(nèi)源性減少miR-106的表達(dá),低表達(dá)的miR-106負(fù)向調(diào)控下游基因MAPK9(mitogen-activated protein kinase 9)的表達(dá),而上調(diào)的MAPK9最終反饋調(diào)節(jié)肺癌細(xì)胞的增殖,侵襲和轉(zhuǎn)移能力。
肝癌是世界第三大的癌癥相關(guān)死亡原因,每年導(dǎo)致約60萬人死亡[28]。目前,早期手術(shù)治療可能是唯一有效的方法,而大多數(shù)肝癌患者術(shù)后復(fù)發(fā)率高,早期診斷困難,此時(shí)放化療可能是最后的希望[29]。因此,探索一種新的肝癌治療靶點(diǎn)已成為當(dāng)務(wù)之急。Huang等[30]對(duì)45例肝細(xì)胞肝癌中腫瘤組織和細(xì)胞的qRT-PCR,定量檢測結(jié)果顯示,MIAT的含量顯著高于相鄰的正常組織和細(xì)胞,且MIAT啟動(dòng)子中H3/H4組蛋白乙?;奖日=M織高。上調(diào)的MIAT促進(jìn)肝癌腫瘤細(xì)胞的增殖和侵襲。此外,MIAT的高水平表達(dá)與肝癌的多發(fā)腫瘤中心,淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和腫瘤分期有緊密的聯(lián)系。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞中上調(diào)的MIAT通過海綿吸附降低miR-214的表達(dá),從而阻斷miR-214與下游靶基因EZH2的結(jié)合,提高其下游基因EZH2和β-catenin蛋白的水平,進(jìn)而調(diào)控肝癌細(xì)胞的增殖和侵襲能力。
胃癌是全球范圍內(nèi)發(fā)病人數(shù)第二多的癌癥,也是中國癌癥相關(guān)死亡的第二大原因[31]。近年來早期胃癌的治療結(jié)果顯著提高,但早期癥狀不典型,確診比較困難,導(dǎo)致患者5年生存預(yù)后差。因此,開發(fā)靈敏度高的生物標(biāo)志物對(duì)于這種致命疾病的早期診斷至關(guān)重要。Li等[32]經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)胃癌組織中MIAT表達(dá)水平較癌旁正常組織顯著增高,并在細(xì)胞學(xué)水平進(jìn)行檢測,證實(shí)該轉(zhuǎn)錄本表達(dá)差異與組織實(shí)驗(yàn)一致。隨后,體外實(shí)驗(yàn)表明高表達(dá)的MIAT可促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖、轉(zhuǎn)移和侵襲,并抑制細(xì)胞凋亡。此外進(jìn)一步挖掘該機(jī)制作用途徑,發(fā)現(xiàn)胃癌細(xì)胞中上調(diào)的MIAT作為miRNA“海綿”靶向誘捕miR-29a-3p,從而有效上調(diào)下游基因HDAC4的表達(dá)含量。這說明MIAT/miR-29a-3p/HDAC4軸可能作為調(diào)節(jié)胃癌細(xì)胞的惡性生物學(xué)行為的關(guān)鍵步驟。
乳腺癌是女性最常見的惡性腫瘤之一,其發(fā)病率在世界范圍內(nèi)呈增高趨勢,遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移和化療耐藥是目前治療的主要困境[33-34]。因此尋找可預(yù)測藥物反應(yīng)性和腫瘤進(jìn)展的生物標(biāo)志物顯得尤為重要。Luan等[35]首先通過TCGA數(shù)據(jù)預(yù)測MIAT在乳腺癌腫瘤組織中呈過表達(dá)狀態(tài),進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)與正常對(duì)照相比,乳腺癌細(xì)胞系和晚期乳腺腫瘤組織中的MIAT均存在不同程度上調(diào)趨勢,且表達(dá)水平與淋巴轉(zhuǎn)移情況正相關(guān)。此外通過外源性沉默MIAT發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞增殖、抗凋亡、侵襲轉(zhuǎn)移和上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)等諸多惡性生物學(xué)表形出現(xiàn)了不同程度減弱或降低。最后,MIAT作為ceRNA,通過內(nèi)源性海綿吸附機(jī)制下調(diào)miR-155-5p的表達(dá),低表達(dá)的miR-155-5p失去了對(duì)下游靶基因DUSP7的負(fù)向調(diào)控,進(jìn)而上調(diào)DUSP7表達(dá)來體現(xiàn)其促癌作用。
前列腺癌是男性第二常見的腫瘤,是全球癌癥相關(guān)死亡的第五大原因[28]。0.5%~2%的前列腺癌被歸類為神經(jīng)內(nèi)分泌前列腺癌(neuroendocrine prostate cancer, NEPC),其對(duì)所有形式的激素治療不敏感,被診斷時(shí)常常伴隨遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移[36-37]。此外,尚無有效治療方法能夠延長NEPC患者的生存期,而其中位生存期僅為7個(gè)月[38]。Crea等[39]2016年研究發(fā)現(xiàn)MIAT表達(dá)上調(diào)可見于NEPC細(xì)胞核中,伴隨容易轉(zhuǎn)移、預(yù)后較差及Rb突變頻繁等特征。此外,MIAT的表達(dá)變化與CBX2(chromobox 2)和Rb是相關(guān)聯(lián)的,而MIAT/CBX/Rb軸的具體分子機(jī)制需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究。
卵巢癌是最致命的婦科惡性腫瘤,大約70%的患者被診斷時(shí)已處于晚期階段[40]。腹膜播散的程度與晚期患者預(yù)后不良密切相關(guān),EMT被認(rèn)為是腹膜轉(zhuǎn)移、無瘤生存期和總生存期的重要指標(biāo)[41]。所以,確定EMT的關(guān)鍵調(diào)節(jié)分子十分重要。Mitra等[42]通過TCGA數(shù)據(jù)庫確定了卵巢癌中MIAT表達(dá)水平顯著增高,間充質(zhì)亞型表達(dá)水平至少兩倍高于上皮亞型,且表達(dá)高度保守。隨后,微陣列探針檢測到兩鐘亞型中MIAT表達(dá)水平與已知蛋白質(zhì)編碼EMT相關(guān)基因相似,間充質(zhì)細(xì)胞亞型表達(dá)相較于上皮亞型升高。此外,通路分析顯示MIAT相關(guān)異常表達(dá)基因顯著富集在EMT相關(guān)的路徑。
彌漫性膠質(zhì)瘤是大腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)中最惡性的腫瘤類型[43]。腦膠質(zhì)瘤的發(fā)病機(jī)制非常復(fù)雜,涉及原癌基因的異常激活和腫瘤抑制因子失活[44]。因此,尋找診斷和預(yù)后相關(guān)的新的生物標(biāo)志物是當(dāng)務(wù)之急。Zou等[45]首先通過GEO數(shù)據(jù)庫預(yù)測出MIAT是膠質(zhì)瘤中差異表達(dá)lncRNA之一,其表達(dá)在膠質(zhì)瘤樣品與非腫瘤對(duì)照組中明顯下調(diào)。隨后,PCR檢測得到了類似的結(jié)果。此外,根據(jù)TCGA分類標(biāo)準(zhǔn)來定義的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤亞型中,MIAT的表達(dá)水平顯著差異,其明顯表達(dá)于前庭亞型。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),膠質(zhì)瘤患者中MIAT低表達(dá)與Ki-67高含量密切相關(guān),上調(diào)的p53(TP53突變)是相對(duì)危險(xiǎn)因素。而Ki-67可能是細(xì)胞增殖所必需的一種核蛋白[46],TP53基因編碼腫瘤抑制蛋白p53,TP53基因突變與包括膠質(zhì)瘤在內(nèi)的多種人類腫瘤發(fā)生有關(guān)[47]。
Sattari等[48]在白血病/淋巴瘤細(xì)胞系中檢測,發(fā)現(xiàn)MIAT在淋巴樣細(xì)胞系中表達(dá)上調(diào)。隨后,進(jìn)一步確定擴(kuò)增的成熟B型白血病細(xì)胞中MIAT表達(dá)水平顯著升高。此外,深入機(jī)制研究發(fā)現(xiàn)惡性成熟B細(xì)胞中MIAT與OCT4(organic cation/carnitine transporter4)構(gòu)成調(diào)控通路,如之前在小鼠多能干細(xì)胞中報(bào)道的那樣[49],用特異性siRNA沉默MIAT可以導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄因子OCT4表達(dá)下調(diào),而上調(diào)的OCT4可以增加MIAT表達(dá)水平,從而影響腫瘤細(xì)胞的增殖和凋亡能力。
目前,MIAT顯示出作為腫瘤調(diào)節(jié)因子的獨(dú)特魅力,其調(diào)控腫瘤細(xì)胞的惡性生物學(xué)行為,并活化信號(hào)通路和調(diào)節(jié)細(xì)胞周期。然而,MIAT的復(fù)雜機(jī)制研究仍處于早期階段,其精確的上下游分子機(jī)制沒有被徹底了解,仍然有待系統(tǒng)的調(diào)查。利用MIAT作為癌癥診斷和治療的腫瘤標(biāo)志物仍有許多難題需要面對(duì)。首先,進(jìn)一步系統(tǒng)的大樣本隊(duì)列研究加速其臨床應(yīng)用是必要的。其次,MIAT在體液中的表達(dá)和功能尚不清楚。第三,與MIAT相關(guān)的分子靶點(diǎn)需要進(jìn)一步探索。總之,MIAT可能作為人類癌癥的生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn),需要對(duì)其進(jìn)行更深入的了解和研究。