国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

CRISPR系統(tǒng)及其應(yīng)用于小鼠的研究進(jìn)展

2018-06-07 02:30董維鵬王君實(shí)張少華燕炯
生物技術(shù)通報(bào) 2018年5期
關(guān)鍵詞:核酸酶外源小鼠

董維鵬 王君實(shí) 張少華 燕炯

(山西醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院營養(yǎng)與食品衛(wèi)生教研室,太原 030001)

1987年,日本微生物學(xué)家石野良純偶然間發(fā)現(xiàn)了細(xì)菌中存在某種異常重復(fù)序列[1],到2012年,Jinek 等[2]首次在體外用sgRNA(single guide RNA)引導(dǎo)Cas9(CRISPR-associated,Cas)蛋白對DNA進(jìn)行切割,證實(shí)采用規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù)(Clustered regularly interspaced short palindromic repeat,CRISPR)系統(tǒng)進(jìn)行基因編輯的可行性,從此拉開了CRISPR/Cas9系統(tǒng)蓬勃發(fā)展的序幕。到今天為止,有關(guān)CRISPR/Cas9技術(shù)的研究越來越多,該系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)、原理、功能已經(jīng)逐漸的清晰明了,其應(yīng)用也不僅局限在微生物,適用范圍已經(jīng)擴(kuò)展到植物細(xì)胞、動(dòng)物細(xì)胞、動(dòng)物基因組編輯等方面,而且在臨床上也已經(jīng)有了成功的案例。作為新一代的基因編輯工具,CRISPR/Cas9系統(tǒng)擁有其他編輯工具不可比擬的優(yōu)勢,其應(yīng)用范圍廣,經(jīng)濟(jì)可行,容易操作,有望成為未來主要的基因編輯工具。

1 CRISPR系統(tǒng)研究進(jìn)展

1.1 CRISPR系統(tǒng)的作用原理

CRISPR系統(tǒng)源自于細(xì)菌、古細(xì)菌,是原核生物中用來防御質(zhì)粒、病毒等核酸入侵而建立的自身免疫系統(tǒng)[3]。目前根據(jù)核酸剪切酶的功能和序列的不同將CRISPR系統(tǒng)分為不同亞型[4],其中CRISPR/Cas9系統(tǒng)是目前應(yīng)用最為廣泛的系統(tǒng)。在原核生物中,CRISPR/Cas9系統(tǒng)由CRISPR基因座、Cas9蛋白和tracrRNA(Transactivating crRNA)構(gòu)成,其中CRISPR基因座由前導(dǎo)區(qū)序列(Leader)、串聯(lián)重復(fù)序列(Repeats)和間隔序列(Spacers)組成[5]。前導(dǎo)區(qū)序列長300-500 bp,位于基因座上游,該序列沒有開放閱讀框,且在同一物種間高度保守[6];重復(fù)序列同樣高度保守,具有穩(wěn)定的莖-環(huán)結(jié)構(gòu),長度一般在23-50 bp[7];間隔序列是該系統(tǒng)中起關(guān)鍵作用的序列,它轉(zhuǎn)錄出一段crRNA(CRISPR-derived RNA),成熟的crRNA識(shí)別外源靶序列,引導(dǎo)具有切割活性的Cas9蛋白與外源靶序列結(jié)合發(fā)揮切割功能。tracrRNA是連接crRNA與Cas9蛋白的橋梁,使三者形成穩(wěn)定的復(fù)合體。在CRISPR/Cas9系統(tǒng)中Cas9蛋白是CRISPR系統(tǒng)中具有切割酶活性的蛋白[8],它具有兩個(gè)核酸酶結(jié)合域,分別切割兩條DNA鏈,即HNH結(jié)構(gòu)域切割外源序列中crRNA的互補(bǔ)鏈,RuvC結(jié)構(gòu)域切割非互補(bǔ)鏈[9],形成DNA雙鏈斷裂(Double strand break,DSB)[2]。當(dāng)外源核酸首次入侵時(shí),細(xì)菌體識(shí)別外源核酸序列中一段特定的序列并整合為CRISPR基因座的間隔序列,當(dāng)質(zhì)?;虿《驹俅稳肭旨?xì)菌時(shí),該間隔序列便會(huì)轉(zhuǎn)錄出一段crRNA,同時(shí)tracrRNA也被轉(zhuǎn)錄出來,與crRNA形成雙鏈RNA并連接到Cas9蛋白形成穩(wěn)定的復(fù)合體,通過crRNA識(shí)別外源核酸引導(dǎo)Cas9蛋白將外源基因敲除。

隨著CRISPR系統(tǒng)不斷的研究發(fā)展,CRISPR/Cas9系統(tǒng)也被廣泛應(yīng)用于真核生物中。在真核細(xì)胞應(yīng)用中,CRISPR/Cas9系統(tǒng)由兩個(gè)關(guān)鍵元件組成,即識(shí)別靶基因的sgRNA與發(fā)揮切割酶活性的Cas9蛋白。sgRNA是由tracrRNA與gRNA結(jié)合成一條sgRNA,如圖1所示。在作用于基因時(shí),首先sgRNA與靶基因互補(bǔ)配對引導(dǎo)Cas9蛋白定位到靶序列上,然后Cas9蛋白識(shí)別由NGG序列構(gòu)成的前間區(qū)序列鄰近基序(Protospacer adjacent motif,PAM),此時(shí)Cas9蛋白激活,將靶基因切斷。在真核細(xì)胞內(nèi)基因被Cas9蛋白破壞后會(huì)啟動(dòng)兩種修復(fù)途徑,即非同源末端連接(Non-homologous end joining,NHEJ)與同源重組(Homologous-directed repair,HDR)修復(fù),NHEJ修復(fù)途徑是直接將斷裂的雙鏈連接,這樣的修復(fù)方式會(huì)造成堿基的缺失,破壞基因開放閱讀框,使該基因發(fā)生移碼或無義突變,導(dǎo)致基因失活,實(shí)現(xiàn)基因敲除;HDR修復(fù)途徑則需要引入一條修復(fù)模板,該模板與DNA一條鏈連接,通過堿基互補(bǔ)配對便可以將模板整合到靶序列上,通過這種修復(fù)方式可以實(shí)現(xiàn)基因敲入[10]。目前CRISPR系統(tǒng)已經(jīng)在斑馬魚、小鼠、豬、擬南芥等多個(gè)物種間實(shí)現(xiàn)了基因編輯[11-13]。

1.2 單/多基因敲除與基因敲入

利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)對基因特異位點(diǎn)的切割,通過NHEJ修復(fù)途徑實(shí)現(xiàn)對位點(diǎn)基因的敲除,效率很高,是CRISPR/Cas9系統(tǒng)作為基因修飾工具最廣泛的應(yīng)用。在實(shí)現(xiàn)基因敲除時(shí)只需要設(shè)計(jì)20 bp的sgRNA就可以實(shí)現(xiàn)對基因特異位點(diǎn)的切割,實(shí)現(xiàn)單基因敲除。此前利用單基因敲除已經(jīng)實(shí)現(xiàn)對多個(gè)物種的基因編輯,包括哺乳動(dòng)物如小鼠、大鼠、豬等,甚至在靈長類動(dòng)物也有成功的報(bào)道[14]。

圖1 真核細(xì)胞中CRISPR/Cas9系統(tǒng)應(yīng)用原理

隨著CRISPR/Cas9系統(tǒng)的迅速發(fā)展,學(xué)者發(fā)現(xiàn)該技術(shù)同樣可以用于多基因的敲除,只需要同時(shí)設(shè)計(jì)多條sgRNA,結(jié)合Cas9蛋白作用于細(xì)胞就可以實(shí)現(xiàn)多基因敲除。Manjunath等[15]指出在治療人類免疫缺陷病毒(HIV-1)感染時(shí),利用CRISPR技術(shù)在體外將HIV-1的宿主細(xì)胞輔助受體CCR5或CXCR4基因敲除,再將CCR5或CXCR4基因敲除的造血干細(xì)胞回輸給該患者,這些輸送回體內(nèi)的骨髓干細(xì)胞便可以分化產(chǎn)生抵抗HIV-1感染的CD4+T細(xì)胞。另外,Khalili等[16]也實(shí)現(xiàn)了另一個(gè)治療方法:設(shè)計(jì)建靶向HIV-1的LTR 基因sgRNA,建立穩(wěn)定的sgRNA/Cas9細(xì)胞系,發(fā)現(xiàn)該細(xì)胞系可以對抗新的HIV-1感染,并且能夠快速地阻止HIV-1基因整合到宿主基因組。這些CRISPR/Cas9系統(tǒng)的應(yīng)用充分體現(xiàn)出它在基因敲除時(shí)發(fā)揮的重要作用以及為某些傳染病、遺傳病等疾病的治療提供更加便捷的技術(shù)。

CRISPR/Cas9系統(tǒng)作為“全能”的基因編輯技術(shù),在定點(diǎn)基因敲入方面也展現(xiàn)出巨大的應(yīng)用前景。這種基因敲入的方式所利用的是同源重組(HDR)修復(fù)方式,同源重組在基因修復(fù)中的發(fā)生率很低,但通過CRISPR/Cas9技術(shù)誘發(fā)DNA雙鏈斷裂可以明顯提高同源重組反應(yīng)發(fā)生的概率,在Cas9蛋白切割的同時(shí)導(dǎo)入一段兩側(cè)與內(nèi)源基因相似或相同的外源基因,便能夠把該外源基因?qū)牖蚪M。2013年,Mali 等[17]利用改造的CRISPR/Cas9系統(tǒng)成功激活細(xì)胞HDR修復(fù)途徑,實(shí)現(xiàn)外源基因的定點(diǎn)插入。之后Ma等[18]在Mecp2基因中敲入了兩個(gè)loxp位點(diǎn),成功構(gòu)建了條件敲除大鼠。目前利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞水平基因敲入,但動(dòng)物水平的成功報(bào)導(dǎo)并不多,特別是豬等大型動(dòng)物,對于基因敲入的轉(zhuǎn)入效率有待進(jìn)一步研究。

1.3 基于CRISPR系統(tǒng)的基因調(diào)控

CRISPR/Cas9系統(tǒng)近幾年備受關(guān)注,發(fā)展至今已形成諸多成熟的應(yīng)用技術(shù)。CRISPR/Cas9系統(tǒng)介導(dǎo)的基因調(diào)控通過干預(yù)Cas9蛋白,使其兩個(gè)核酸酶結(jié)構(gòu)域失去切割酶的活性,這樣的Cas9蛋白稱為dCas9(dead Cas9)蛋白。雖然該蛋白不能切割DNA鏈,但仍然能夠結(jié)合到靶位點(diǎn),通過空間位阻效應(yīng)阻礙RNA聚合酶的結(jié)合與延伸。Qi等[19]研究表明,采用dCas9系統(tǒng)在處理細(xì)胞時(shí),dCas9蛋白與靶基因結(jié)合,可以阻礙靶序列的轉(zhuǎn)錄達(dá)到基因沉默的效果。在CRISPR/Cas9系統(tǒng)中,若設(shè)計(jì)的sgRNA特異性較弱容易發(fā)生錯(cuò)配,會(huì)使Cas9蛋白切割靶序列以外的基因,對基因組造成不可逆損傷。而dCas9蛋白并不發(fā)揮切割酶活性,不會(huì)影響基因組結(jié)構(gòu),并且在研究中發(fā)現(xiàn)dCas9蛋白與作用靶點(diǎn)結(jié)合的過程是可逆的,當(dāng)移除dCas9蛋白后,靶序列的基因功能可以恢復(fù)[20]。

在真核細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄調(diào)控需要多個(gè)調(diào)控因子共同作用,調(diào)節(jié)途徑比較復(fù)雜,學(xué)者以tracrRNA的莖環(huán)或者dCas9蛋白為媒介連接轉(zhuǎn)錄激活因子或者轉(zhuǎn)錄抑制的功能蛋白,建立了CRISPR激活(CRISPRa)與 CRISPR 抑制(CRISPRi)。KRAB(Krüppel-associated box)是一種轉(zhuǎn)錄抑制因子[21],Parsi等[22]將dCas9蛋白與轉(zhuǎn)錄抑制因子KRAB連接,形成dCas9-KRAB復(fù)合體,成功應(yīng)用在人體胚胎干細(xì)胞中抑制蛋白的表達(dá)。Maeder 等[23]將dCas9蛋白與轉(zhuǎn)錄激活因子VP16連接,應(yīng)用于人類細(xì)胞成功促進(jìn)人類細(xì)胞VEGFA and NTF3基因的轉(zhuǎn)錄。如果將sgRNA作為一個(gè)基因定位的工具,dCas9蛋白作為連接蛋白的橋梁,便可以連接與基因相關(guān)的功能蛋白作用于目標(biāo)序列,從而研究蛋白對基因調(diào)控的影響,有效地促進(jìn)基因與蛋白相互關(guān)系的研究進(jìn)展。

1.4 脫靶效應(yīng)改善措施

CRISPR/Cas9系統(tǒng)最大的不足便是脫靶效應(yīng)(Off-target effects),指Cas9蛋白除了切割靶序列以外,還作用于與靶序列相似的其他序列。sgRNA定位靶序列時(shí)允許最多3個(gè)堿基的錯(cuò)配,甚至當(dāng)序列長度不等于20 bp時(shí)也可能發(fā)生錯(cuò)配,其中PAM序列對堿基錯(cuò)配的影響最大,遠(yuǎn)PAM端的堿基突變比近PAM端的堿基突變更易發(fā)生堿基錯(cuò)配導(dǎo)致脫靶[24]。為了減少脫靶效應(yīng)研究人員采取了很多改善方法,如雙切酶(Double-nickase)措施策略。Trevino 等[25]從Cas9蛋白入手,保持sgRNA功能結(jié)構(gòu)不變,使Cas9蛋白的某一個(gè)核酸酶結(jié)構(gòu)域失活。在切割DNA鏈時(shí),Cas9蛋白只能在sgRNA互補(bǔ)的DNA鏈上產(chǎn)生缺口。在該系統(tǒng)中,需要在靶基因的兩條鏈上分別設(shè)計(jì)sgRNA,且兩個(gè)切割位點(diǎn)靠得越近,DNA雙鏈斷裂的機(jī)會(huì)越大。雙切口酶策略需要兩條sgRNA同時(shí)與靶序列堿基配對才能產(chǎn)生DNA雙鏈斷裂,這樣便極大的增加了CRISPR/Cas9系統(tǒng)的特異性,減少脫靶效應(yīng)的發(fā)生。另一種減少脫靶效應(yīng)的策略是將dCas9蛋白與FokⅠ核酸酶結(jié)合,形成融合蛋白,利用FokⅠ核酸酶切割DNA鏈的特性,即只有當(dāng)兩個(gè)FokⅠ核酸酶靠近形成二聚體時(shí),才會(huì)發(fā)揮切割酶的活性。在應(yīng)用時(shí),同樣需要在靶序列附近設(shè)計(jì)一對sgRNA,sgRNA引導(dǎo)dCas9-FokⅠ融合蛋白在靶序列附近形成二聚體,切割雙鏈DNA,實(shí)現(xiàn)基因敲除。只有當(dāng)兩條sgRNA分別與靶序列結(jié)合時(shí)才能發(fā)揮剪切酶的活性,極大的降低脫靶效應(yīng)的發(fā)生,其效率可達(dá)90%以上[26-27]。

1.5 Cas9蛋白加工修飾

CRISPR/Cas9系統(tǒng)主要由sgRNA與Cas9蛋白發(fā)揮作用,sgRNA作為精確的定位元件,保證該復(fù)合體準(zhǔn)確定位到靶序列,Cas9蛋白作用于靶序列發(fā)揮功能蛋白的作用。學(xué)者將目光聚焦在Cas9蛋白上,通過替換Cas9蛋白或者加工修飾,從而優(yōu)化CRISPR/Cas9系統(tǒng)。Zetsche等[28]將Cas9蛋白替換成Cpf1蛋白,CRISPR/Cpf1系統(tǒng)屬于II型CRISPR家族,Cpf1 行使核酸酶活性只需要1條gRNA,并不需要tracrRNA的輔助,而且Cpf1切割DNA后形成5'黏性末端,更適用于基因修飾,目前Cpf1已廣泛應(yīng)用于在哺乳動(dòng)物的基因修飾。CRISPR/saCas9系統(tǒng)則適用于腺相關(guān)(AAV)病毒,它與CRISPR/Cas9系統(tǒng)擁有不同的PAM序列,以腺病毒為載體轉(zhuǎn)染細(xì)胞時(shí)采用saCas9蛋白切割靶序列效果較好[29]。CRISPR/Cas9系統(tǒng)采用sgRNA引導(dǎo)Cas9蛋白準(zhǔn)確定位到靶序列上,實(shí)現(xiàn)對基因的修飾,這種特性使得該技術(shù)的開發(fā)與應(yīng)用充滿了無限的可能性,也為蛋白與基因的研究提供了更多的思路。

1.6 基于CRISPR/Cas9系統(tǒng)的臨床應(yīng)用

CRISPR/Cas9系統(tǒng)作為第三代基因編輯工具,簡潔的在線設(shè)計(jì),簡便的實(shí)驗(yàn)操作,作用于靶基因切割作用強(qiáng),目前多個(gè)實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)已經(jīng)將其作為基因編輯工具應(yīng)用于臨床研究并取得成功。張鋒團(tuán)隊(duì)開發(fā) 出 SHERLOCK(Specific high sensitivity enzymatic reporter UnLOCKing),它由gRNA與Cas13a蛋白組成,且有一個(gè)特點(diǎn)即當(dāng)Cas13a蛋白切開特異RNA后,就開始瘋狂切開它能遇到的任何RNA,利用這一特性。研究人員將該系統(tǒng)用于核酸檢測,在不同的病毒上測試了它的特異性,靈敏度可達(dá)阿摩爾級。之后研究人員又把該系統(tǒng)應(yīng)用于檢測癌癥突變,該系統(tǒng)同樣以阿摩爾級的靈敏度識(shí)別出腫瘤的特有突變[30]。利用該系統(tǒng)的高靈敏度,鑒定人類基因組中多個(gè)單核苷酸多態(tài)性以及對于各種疾病病原體的檢測等都會(huì)有很高的應(yīng)用價(jià)值。該系統(tǒng)無論對于科學(xué)還是臨床醫(yī)學(xué)都是很強(qiáng)大的工具,其研究與應(yīng)用領(lǐng)域非常廣泛,不僅對臨床多種疾病的診斷會(huì)有很大的幫助,而且會(huì)在藥物的開發(fā)中發(fā)揮重要作用。

2 CRISPR系統(tǒng)在小鼠中的應(yīng)用

2013年, 張 鋒 等(Wang)[13]利 用 CRISPR/Cas9系統(tǒng)首次實(shí)現(xiàn)對小鼠基因的編輯,并且是多基因同時(shí)敲除。從此開啟了采用CRISPR/Cas9定點(diǎn)編輯基因技術(shù)作用于小鼠基因組的研究。之后沈彬通過在Cas9和核定位序列(Nuclear localization sequence,NLS)之間加一個(gè)32個(gè)氨基酸的Linker,解決了Cas9在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中入核難的問題,并在EGFP基因上設(shè)計(jì)靶點(diǎn),共注射Cas9和sgRNA后成功敲除了小鼠的EGFP基因[31]。利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)進(jìn)行單/多基因位點(diǎn)同時(shí)敲除獲得突變小鼠,為利用CRISPR/Cas9技術(shù)應(yīng)用于小鼠的研究奠定了基礎(chǔ)。

2.1 建立動(dòng)物模型

目前小鼠已成為各個(gè)實(shí)驗(yàn)室哺乳動(dòng)物研究的首選物種,基因突變小鼠作為遺傳學(xué)研究的重要工具,在基因功能和遺傳病的研究中扮演重要角色。之前通過靶向基因插入的方法獲取轉(zhuǎn)基因動(dòng)物模型費(fèi)時(shí)費(fèi)力,很大程度上限制了遺傳學(xué)研究的發(fā)展。利用CRISPR/Cas9技術(shù)構(gòu)建基因突變小鼠模型操作簡便,耗時(shí)短,極大地加快了遺傳學(xué)研究的進(jìn)展[13]。癌癥是目前醫(yī)學(xué)面臨的重要難題,癌癥基因組項(xiàng)目已證實(shí)癌癥的發(fā)生伴隨著癌癥相關(guān)基因的突變。在CRISPR/Cas9技術(shù)出現(xiàn)之前要獲得突變模型需要耗費(fèi)大量的時(shí)間,致使癌癥基因的研究緩慢。Xue 等和Lawrence利用CRISPR/Cas9技術(shù)針對肝臟的腫瘤抑制基因p10和p53,構(gòu)建該目的基因的CRISPR/Cas9的表達(dá)質(zhì)粒,利用立體動(dòng)力注入法將質(zhì)粒傳遞到肝臟組織,成功抑制了抑癌基因的表達(dá),為肝癌研究奠定了基礎(chǔ)[32-33]。另外染色體重排也是引起癌癥的又一個(gè)主要原因[34],Maddalo等[35]采用CRISPR/Cas9技術(shù),設(shè)計(jì)克隆的亞基因組靶向EML4和ALK位點(diǎn)sgRNA/Cas9,用腺病毒作為載體,高效感染成年小鼠肺上皮細(xì)胞,生成EML4-ALK 肺癌小鼠模型,為人類癌癥基因工程小鼠癌癥模型的構(gòu)建提供了新的技術(shù),為剖析相關(guān)腫瘤發(fā)生的分子機(jī)制,研究藥物的敏感性和耐藥性提供了強(qiáng)大的基礎(chǔ)平臺(tái)。此外,汪啟翰等[36]也利用CRISPR/Cas9技術(shù)構(gòu)建血友病小鼠模型,在小鼠FⅨ基因設(shè)計(jì)靶位點(diǎn)sgRNA,并與體外轉(zhuǎn)錄Cas9mRNA同時(shí)顯微注射到C57BL/6品系小鼠的受精卵,獲得突變小鼠,突變率高達(dá)85%,且突變具有可遺傳性,并證實(shí)CRISPR/Cas9系統(tǒng)能夠高效地進(jìn)行基因編輯。

2.2 疾病治療

為了研究這項(xiàng)技術(shù)在疾病治療中是否可以發(fā)揮作用,Wu等[37]選擇小鼠白內(nèi)障遺傳疾病模型的突變基因,設(shè)計(jì)了該基因的sgRNA,與Cas9共注射到突變小鼠的受精卵中,在F1代小鼠的結(jié)果中發(fā)現(xiàn)l/3的小鼠的白內(nèi)障癥狀得到治愈,并且可以穩(wěn)定傳遞給下一代,說明CRISPR/Cas9技術(shù)對小鼠白內(nèi)障的治療有效。該技術(shù)還被應(yīng)用于病毒感染性疾病的治療:全球超過兩億多的乙肝病毒感染者,由于缺乏治療嚴(yán)重影響了這些人的生活。目前臨床上采用清除感染者肝細(xì)胞內(nèi)的HBV共價(jià)閉合環(huán)狀DNA(cccDNA)作為治愈慢性乙型肝炎的關(guān)鍵。Kennedy等[38]采用CRISPR/Cas9技術(shù),設(shè)計(jì)靶向Cas9/sgRNA復(fù)合體作用HBV感染的細(xì)胞,結(jié)果發(fā)現(xiàn)該復(fù)合體有效地抑制HBVcccDNA的形成、降低乙肝表面抗原分泌、使乙型肝炎病毒突變失活以及減少抗原的分泌和病毒的復(fù)制和感染,導(dǎo)致cccDNA HepaRG細(xì)胞退化。

3 展望

CRISPR系統(tǒng)作為第三代基因編輯工具,從DNA識(shí)別到實(shí)現(xiàn)靶序列敲除與敲入,從作用原理到應(yīng)用,從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到敲除效率均要優(yōu)于鋅指核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFNs)和轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物核酸酶(Transcription activator-like effector nucleases,TALEN)技術(shù),有望成為未來的主要基因編輯工具,正如該技術(shù)開發(fā)人員所說:“CRISPR技術(shù)的應(yīng)用僅僅受我們想象力的約束。”

該技術(shù)最大的缺點(diǎn)就是脫靶效應(yīng),對于不同的物種,脫靶率也不一樣,需要找出導(dǎo)致脫靶的原因,如何讓Cas9蛋白準(zhǔn)確的切割靶序列,減少脫靶效率是該技術(shù)應(yīng)用面臨的主要難題。CRISPR系統(tǒng)作為一種基因編輯的工具,對于其機(jī)制的研究正在不斷的深入,應(yīng)用范圍也在不斷的擴(kuò)展,包括CRISPR/C2c2、SGN等工具都是適應(yīng)不同的實(shí)驗(yàn)條件發(fā)展而來的基因編輯技術(shù)。利用CRISPR系統(tǒng)基因編輯的強(qiáng)大技術(shù),可以為基因的功能、調(diào)控方式,以及對于蛋白質(zhì)作用機(jī)制的研究提供更加便捷的手段。目前,對于CRISPR系統(tǒng)的機(jī)制研究目前仍處于基礎(chǔ)階段,應(yīng)用范圍也有待不斷深入。例如,TypeⅠ CRISPR系統(tǒng)與TypeⅢ CRISPR系統(tǒng)的作用機(jī)制理論報(bào)導(dǎo)并不多,另外利用CRISPR系統(tǒng)基因編輯的功能應(yīng)用于基因改造的研究也處于起步階段,如何更好的發(fā)揮CRISPR系統(tǒng)的作用還有待進(jìn)一步的研究,以及對于目前臨床難以治愈的遺傳性疾病、病毒性疾病等方面探索新的治療方法,實(shí)現(xiàn)CRISPR系統(tǒng)從實(shí)驗(yàn)室到臨床應(yīng)用,目前的報(bào)導(dǎo)并不多,這也有待于學(xué)者進(jìn)一步的改進(jìn)CRISPR系統(tǒng)的安全性與實(shí)用性??傊?,CRISPR系統(tǒng)目前已經(jīng)在分子生物學(xué)領(lǐng)域發(fā)揮了巨大的作用,但是CRISPR系統(tǒng)的應(yīng)用還需不斷地深入探索,其潛力仍需進(jìn)一步的開發(fā)。

[1]Ishino Y, Shinagawa H, Makino K, et al. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion inEscherichia coli, and identification of the gene product[J]. J Bacteriol, 1987, 169(12):5429-5433.

[2]Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, et al. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity[J].Science, 2012, 337(6096):816-821.

[3]Mojica FJ, Diez-Villasenor C, Garcia-Martinez J, et al. Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements[J]. J Mol Evol, 2005, 60(2):174-182.

[4]Makarova KS, Haft DH, Barrangou R, et al. Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems[J]. Nat Rev Microbiol,2011, 9(6):467-477.

[5]Jansen R, Embden JD, Gaastra W, et al. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes[J]. Mol Microbiol, 2002, 43(6):1565-1575.

[6]Alkhnbashi OS, Shah SA, Garrett RA, et al. Characterizing leader sequences of CRISPR loci[J]. Bioinformatics, 2016, 32(17):i576-i585.

[7]Lander ES. The Heroes of CRISPR[J]. Cell, 2016, 164(1-2):18-28.

[8]Haurwitz RE, Jinek M, Wiedenheft B, et al. Sequence- and structurespecific RNA processing by a CRISPR endonuclease[J]. Science,2010, 329(5997):1355-1358.

[9]Nishimasu H, Ran FA, Hsu PD, et al. Crystal structure of Cas9 in complex with guide RNA and target DNA[J]. Cell, 2014, 156(5):935-949.

[10]Sander JD, Joung JK. CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes[J]. Nat Biotechnol, 2014, 32(4):347-355.

[11]Hwang WY, Fu Y, Reyon D, et al. Efficient genome editing in zebrafish using a CRISPR-Cas system[J]. Nat Biotechnol, 2013,31(3):227-229.

[12]Li JF, Norville JE, Aach J, et al. Multiplex and homologous recombination-mediated genome editing inArabidopsisandNicotiana benthamianausing guide RNA and Cas9[J]. Nat Biotechnol, 2013, 31(8):688-691.

[13]Wang H, Yang H, Shivalila CS, et al. One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering[J]. Cell, 2013, 153(4):910-918.

[14]Niu Y, Shen B, Cui Y, et al. Generation of gene-modified cynomolgus monkey via Cas9/RNA-mediated gene targeting in onecell embryos[J]. Cell, 2014, 156(4):836-843.

[15]Manjunath N, Yi G, Dang Y, et al. Newer gene editing technologies toward HIV gene therapy[J]. Viruses, 2013, 5(11):2748-2766.

[16]Khalili K, Kaminski R, Gordon J, et al. Genome editing strategies:potential tools for eradicating HIV-1/AIDS[J]. J Neurovirol,2015, 21(3):310-321.

[17]Mali P, Yang L, Esvelt KM, et al. RNA-guided human genome engineering via Cas9[J]. Science, 2013, 339(6121):823-826.

[18]Ma Y, Zhang X, Shen B, et al. Generating rats with conditional alleles using CRISPR/Cas9[J]. Cell Res, 2014, 24(1):122-125.

[19]Qi LS, Larson MH, Gilbert LA, et al. Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression[J]. Cell, 2013, 152(5):1173-1183.

[20]Gilbert LA, Larson MH, Morsut L, et al. CRISPR-mediated modular RNA-guided regulation of transcription in eukaryotes[J]. Cell,2013, 154(2):442-451.

[21]Margolin JF, Friedman JR, Meyer WK, et al. Kruppel-associated boxes are potent transcriptional repression domains[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 1994, 91(10):4509-4513.

[22]Parsi KM, Hennessy E, Kearns N, et al. Using an inducible CRISPR-dCas9-KRAB effector system to dissect transcriptional regulation in human embryonic stem cells[J]. Methods Mol Biol,2017, 1507:221-233.

[23]Maeder ML, Linder SJ, Cascio VM, et al. CRISPR RNA-guided activation of endogenous human genes[J]. Nat Methods, 2013,10(10):977-979.

[24]Hsu PD, Scott DA, Weinstein JA, et al. DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases[J]. Nat Biotechnol, 2013, 31(9):827-832.

[25]Trevino AE, Zhang F. Genome editing using Cas9 nickases[J].Methods Enzymol, 2014, 546:161-174.

[26]Tsai SQ, Wyvekens N, Khayter C, et al. Dimeric CRISPR RNA-guided FokI nucleases for highly specific genome editing[J]. Nat Biotechnol, 2014, 32(6):569-576.

[27]Guilinger JP, Thompson DB, Liu DR. Fusion of catalytically inactive Cas9 to FokI nuclease improves the specificity of genome modification[J]. Nat Biotechnol, 2014, 32(6):577-582.

[28]Zetsche B, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, et al. Cpf1 is a single RNA-guided endonuclease of a class 2 CRISPR-Cas system[J].Cell, 2015, 163(3):759-771.

[29]Ran FA, Cong L, Yan WX, et al.In vivogenome editing usingStaphylococcus aureusCas9[J]. Nature, 2015, 520(7546):186-191.

[30]Gootenberg JS, Abudayyeh OO. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2[J], 2017, 356(6336):438-442.

[31]沈彬. 利用CRISPR/Cas9進(jìn)行基因編輯[D]. 南京:南京大學(xué),2014.

[32]Xue W, Chen S, Yin H, et al. CRISPR-mediated direct mutation of cancer genes in the mouse liver[J]. Nature, 2014, 514(7522):380-384.

[33]Lawrence MS, Stojanov P, Mermel CH, et al. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types[J].Nature, 2014, 505(7484):495-501.

[34]Blasco RB, Karaca E, Ambrogio C, et al. Simple and rapidin vivogeneration of chromosomal rearrangements using CRISPR/Cas9 technology[J]. Cell Rep, 2014, 9(4):1219-1227.

[35]Maddalo D, Manchado E, Concepcion C P, et al.In vivoengineering of oncogenic chromosomal rearrangements with the CRISPR/Cas9 system[J]. Nature, 2014, 516(7531):423-427.

[36]汪啟翰, 懷聰, 孫瑞林, 等. 利用CRISPR/Cas系統(tǒng)快速高效構(gòu)建血友病乙小鼠模型[J]. 遺傳, 2015, (11):1143-1148.

[37]Wu Y, Liang D, Wang Y, et al. Correction of a genetic disease in mouse via use of CRISPR-Cas9[J]. Cell Stem Cell, 2013, 13(6):659-662.

[38]Kennedy EM, Bassit LC, Mueller H, et al. Suppression of hepatitis B virus DNA accumulation in chronically infected cells using a bacterial CRISPR/Cas RNA-guided DNA endonuclease[J].Virology, 2015, 476:196-205.

猜你喜歡
核酸酶外源小鼠
具有外源輸入的船舶橫搖運(yùn)動(dòng)NARX神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測
小鼠大腦中的“冬眠開關(guān)”
含季銨鹽的芳酰腙配體的銅 (Ⅱ)配合物的合成和表征:體外DNA鍵合和核酸酶活性
金黃色葡萄球菌胞外分泌蛋白的核酸酶活性研究
多種Cas12a蛋白變體能識(shí)別不同的PAM序列(2020.4.27 Plant Biotechnology Journal)
外源鉛脅迫對青稞生長及鉛積累的影響
外源鈣對干旱脅迫下火棘種子萌發(fā)的影響
米小鼠和它的伙伴們
外源添加皂苷對斑玉蕈生長發(fā)育的影響
用megaTAL 核酸酶對原代人T 細(xì)胞CCR5 基因座進(jìn)行有效修飾可建立HIV-1 抵抗力