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用超敏DNA提取試劑盒提取牙齒DNA

2018-06-28 11:30陳愛萍黃泳森
刑事技術 2018年3期
關鍵詞:次氯酸鈉底座蛋白酶

劉 峰,尹 路,陳愛萍,黃泳森

(廣東省深圳市公安局龍崗分局刑警大隊,廣東 深圳 518172)

牙齒DNA的STR檢驗是當前鑒定無名尸骸的一種有效手段,其在基層法醫(yī)物證實驗室已較普及。但若實驗室沒有專業(yè)牙齒粉碎設備和牙齒裂解液,或會因牙齒的粉碎不夠徹底而致裂解液不能發(fā)揮最大效能或者牙齒組織難以分解,因而導致檢驗結果不理想。筆者使用自制的牙齒粉碎設備,再以超敏DNA提取試劑盒增加裂解效能,縮短檢驗時間,提高DNA濃度,獲得了有效的STR分型。

1 材料與方法

1.1 樣本及主要試劑

3顆來自不同個體保存完整的切牙(2011和2013年實際案件檢材,已做過檢驗,獲得了完整分型并和失蹤人員的家屬經(jīng)親緣關系鑒定確定了其來源),分別編為1、2和3號。

超敏DNA提取試劑盒(上海惠文生物科技有限公司);Identif i ler-Plus擴增試劑盒(Thermo Fisher公司,美國);5% (質(zhì)量濃度)次氯酸鈉溶液;無水乙醇;0.5mol/L EDTA脫鈣液(pH 8.0);DTT溶液(1 mol/L)以及蛋白酶K溶液(20 mg/mL)等。

1.2 牙齒處理

三顆牙齒分別用清水洗凈表面,再以手術刀片刮去牙齒表層及污垢物,用蒸餾水沖去浮垢,放入干凈小燒杯中,加5% 次氯酸鈉溶液浸泡15 min[1]后棄去溶液,蒸餾水泡洗3~5次,清除次氯酸鈉,無水乙醇泡洗1次除去殘余水份,用濾紙拭干,以紫外光照射各牙齒30 min。使用自制的牙齒粉碎器將三顆經(jīng)預處理的牙齒分別研成粉末。

圖1為牙齒粉碎器,由三部分組成。為減少磨損度以增加使用期限,其各部分表面均鍍有金屬鉻。左側(cè)為底座,半球形設計用以放置牙齒和收集牙粉,右側(cè)為套管,套在底座和中間的圓柱上,用以防止牙齒四處濺落,并固定用力的方向。使用時,左側(cè)底座凹槽用于放置已清潔的牙齒;右側(cè)套管套在左側(cè)底座之上;中間的圓柱形鐵塊上端球形面用于與底座凹槽相嵌合,下端平面則用于接受鐵錘等擊打物敲擊。

圖1 自制牙齒粉碎器Fig.1 Self-made device for tooth grinding

1.3 DNA提取

將每顆牙研粉均取兩份,每份0.1 g,置于兩個超敏DNA提取試劑盒配套的離心套管內(nèi)(編號為A和B),分別加入260 μL預先混勻的試劑(包含有試劑盒中100 μL裂解液A、20 μL裂解液B以及20 μL DTT溶液、20 μL蛋白酶K溶液和100 μL EDTA脫鈣液),56 ℃裂解6 h,99 ℃裂解10 min。而后,13 000 g離心10 s,再加入吸附液200 μL,1 3000 g離心2 min,加入吸附液950 μL及混勻的吸附珠懸液16 μL,室溫靜置15 min。8000 g離心30 min,充分移去上清液,先在A管沉淀物中加入-20 ℃漂洗液750 μL,充分混勻后將A管中的液體移至B管,并將B管沉淀物充分混勻。 8000 g離心30 min,充分去除漂洗液,管蓋打開狀態(tài)下56 ℃烘干吸附珠1 min。加入洗脫液30 μL,充分混勻后56 ℃保溫15 min。8000 g離心30 s,取上清液備用。

1.4 PCR擴增

采用Identif i ler Plus擴增試劑盒擴增,反應總體積25 μL,其中包含前面提取的牙齒DNA上清液10 μL。熱循環(huán)條件按試劑盒推薦參數(shù)設定。

1.5 電泳檢測

擴增產(chǎn)物經(jīng)3130 xL遺傳分析儀檢測,電泳按說明書規(guī)定進行,以GeneMapperID-X軟件作STR分型。

2 結果與討論

2.1 結果

三顆牙齒的STR分型結果都與檔案室保存的STR分型結果一致,均可滿足尸源認定要求(如圖2)。

圖2 1號牙齒STR分型Fig.2 STR genotype of the tooth 1

2.2 討論

牙齒是白骨化尸體檢驗中的常見檢材,從牙齒中提取DNA做STR分型是對白骨化尸體進行尸源鑒定的重要手段。但由于牙齒中的細胞含量相對較少,加之受時間、環(huán)境等因素的影響,故牙齒的DNA提取成為法醫(yī)DNA檢驗的一大難點[2]。牙齒DNA提取可利用EDTA的脫鈣作用軟化骨組織,再結合蛋白酶K和表面活性劑對細胞裂解,可釋放出深層骨組織中的DNA。骨骼脫鈣后DNA檢測結果證實明顯優(yōu)于未脫鈣處理,表明脫鈣有助于細胞的分散,會使骨粉變得粘稠細膩,易被裂解液充分消化[3]。但由于DNA是水溶性大分子,單獨的脫鈣步驟會因棄去脫鈣液導致DNA損失,有研究[4]表明遺棄的脫鈣液中含有大量DNA,損失率高達50%以上。

本方法使用超敏DNA提取試劑盒,經(jīng)硅珠吸附提取DNA,脫鈣液直接和裂解液、DTT、蛋白酶K以及牙齒粉末混合使用,省去了單獨的脫鈣步驟從而減少了因棄脫鈣液導致的DNA損失。另外,使用硅珠試劑盒提取DNA的操作過程與步驟也相對簡單,尤其無需移管,從而既有效減少了DNA損失又縮短了檢驗時間。

目前,國內(nèi)DNA實驗室進行牙齒DNA檢測時,通常需要一顆磨牙的1/3。這些牙粉放置在1.5 mL離心管中裂解時,由于重力作用會產(chǎn)生積壓,使骨粉不能和脫鈣液、裂解液、DTT、蛋白酶K混合液等充分接觸,因之降低了脫鈣液和裂解液的效能。為解決這個問題,本方法使用兩個超敏DNA提取試劑盒離心套管,既增大了反應體系的體積也充分增加了裂解液與牙粉的接觸面積,從而提高了脫鈣和裂解效能。然后在漂洗步驟時再將兩個離心管的溶液合并接受漂洗與洗脫處理,就使最終的DNA濃度大大增加,STR的分型結果更好。

本方法在相關骨骼DNA提取研究[5]中也有類似應用,其實質(zhì)都是簡化實驗操作步驟、增加脫鈣裂解效能、濃縮純化DNA的含量。目前,本實驗室使用該方法提取牙齒DNA已有18宗案例,全部獲得了完整的STR分型,其中有8宗案例和失蹤人員的家屬經(jīng)親緣關系鑒定確定了尸源。

綜上,利用超敏DNA提取試劑盒提取牙齒DNA,能夠獲得良好的STR分型。本方法尤其適用于一些檢材量少或者時間緊急的案件。至于時間更長(5年以上)的牙齒是否適用,暫未研究,待再積累檢材后作探討。

[1] KEMP B M, SMITH D G. Use of bleach to eliminate contaminating DNA from the surface of bones and teeth[J]. Forensic Science International, 2005, 154: 53-61.

[2] 涂政,劉志芳,陳松,等. 牙齒的DNA提取及STR分型研究[J]. 刑事技術,2007(5): 9-11.

[3] RUCINSKI C, MALAVER A L, YUNIS E J, et al. Comparison of two methods in isolating DNA from human skeleton for STR analysis[J]. Journal of Forensic Science, 2012, 57(3): 706-712.

[4] 李花,涂政,石屹,等. 骨骼脫鈣后DNA含量損失問題初探[J]. 中國法醫(yī)學雜志,2014, 29(2): 141-144.

[5] 涂政,石屹, 張廣峰, 等. 一種焚燒骨骼的DNA提取方法.刑事技術, 2016, 41(1): 77-79.

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