系統(tǒng)論方法從根本上克服了還原論和整體論的缺陷，并有機(jī)整合了二者的長(zhǎng)處，為現(xiàn)代針灸學(xué)診療方案的制定原則奠定了理論基礎(chǔ)。系統(tǒng)科學(xué)方法強(qiáng)調(diào)還原論方法和整體論方法相結(jié)合、分析方法與綜合方法相結(jié)合、定性描述與定量描述相結(jié)合、局部描述與整體描述相結(jié)合。所謂系統(tǒng)是指由一些互相關(guān)聯(lián)、互相作用、互相影響的組成部分所構(gòu)成的具有某些功能的整體。其核心問(wèn)題是方法論。根據(jù)系統(tǒng)論的基本思想，研究和認(rèn)識(shí)問(wèn)題應(yīng)當(dāng)從“向下”和“向上”兩個(gè)方向展開(kāi)，從局部和整合兩個(gè)方向進(jìn)行探索，但目標(biāo)要著眼于系統(tǒng)的整體性，在系統(tǒng)各部分的聯(lián)系性、動(dòng)態(tài)性中認(rèn)識(shí)和把握整體。傳統(tǒng)針灸學(xué)的聯(lián)系觀以整合觀為基礎(chǔ)，但缺乏對(duì)局部、對(duì)子系統(tǒng)的精細(xì)認(rèn)識(shí)。而現(xiàn)代針灸學(xué)的整體觀首先體現(xiàn)在對(duì)疾病的正確診斷和針灸療法適宜性的判斷上，還要關(guān)注患者的基礎(chǔ)狀態(tài)或原發(fā)性疾病?，F(xiàn)代針灸學(xué)體穴療法的取穴組方所循的基本原則應(yīng)當(dāng)與人體生命活動(dòng)特征和生理病理規(guī)律相契合。比如無(wú)論是胃潰瘍和十二指腸潰瘍，可以取用相同的穴位，但胃潰瘍患者用弱刺激手法，十二指腸患者用強(qiáng)刺激手法。耳針療法的取穴組方規(guī)律也體現(xiàn)出還原論方法與整體論方法的有機(jī)結(jié)合。非加和觀、動(dòng)態(tài)觀、穩(wěn)態(tài)觀在現(xiàn)代針灸學(xué)的治療方案中也有典型體現(xiàn)。人體是具有自組織能力的復(fù)雜系統(tǒng)，有大規(guī)模性、非線性、隨機(jī)性、涌線性、自穩(wěn)性，決定了針刺作用的雙向調(diào)節(jié)、多靶點(diǎn)調(diào)節(jié)、飽和調(diào)節(jié)等特征。總之，既往的有關(guān)研究在方法論上存在明顯局限性，極端條件下的研究結(jié)果能夠在多大程度上真實(shí)反映現(xiàn)實(shí)環(huán)境下的整體變化規(guī)律，這是一個(gè)尚待探索的問(wèn)題。