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染色體8q24區(qū)域異常在乳腺癌中的研究進(jìn)展*

2019-01-06 16:00:25
中國腫瘤臨床 2019年3期
關(guān)鍵詞:染色質(zhì)浸潤性染色體

乳腺癌是女性發(fā)病率最高的惡性腫瘤[1]。人類基因組8號染色體長臂2區(qū)4帶(8q24)位于該染色體末端128~142 Mb處并鄰近端粒,該區(qū)域包含蛋白編碼基因MYC、PSCA等癌基因及非編碼RNA PVT1等約900個(gè)基因。染色體8q24區(qū)是腫瘤中常見的遺傳畸變區(qū)域,常見變異有染色體擴(kuò)增、缺失、易位、基因突變等,且該區(qū)域存在多個(gè)腫瘤相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)或單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP),與調(diào)節(jié)遠(yuǎn)處基因的轉(zhuǎn)錄活性有關(guān)。乳腺癌中8q24區(qū)域擴(kuò)增及相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)是近年來的研究熱點(diǎn),在乳腺癌的發(fā)生發(fā)展及預(yù)后中具有重要作用。本文主要結(jié)合相關(guān)基因就乳腺癌中8q24區(qū)域擴(kuò)增及相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)的研究進(jìn)展進(jìn)行綜述。

1 8q24區(qū)域擴(kuò)增和乳腺癌的相關(guān)性

基因組8q24區(qū)域擴(kuò)增現(xiàn)象在乳腺癌中較為普遍,包括男性乳腺癌[2],所占比例為27%~79%。基因的擴(kuò)增水平是評價(jià)乳腺癌預(yù)后的重要指標(biāo)之一,8q24區(qū)域擴(kuò)增亦在乳腺癌的發(fā)生發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移和不良預(yù)后中具有關(guān)鍵作用。

1.1 8q24區(qū)域擴(kuò)增與乳腺癌的發(fā)生發(fā)展

Afghahi等[3]通過比較271例乳腺導(dǎo)管原位癌(ductal carcinomain situ,DCIS)患者中染色體拷貝數(shù)改變,包括151例浸潤性癌和120例非浸潤性癌,發(fā)現(xiàn)浸潤性癌的DCIS成分中8q24區(qū)域擴(kuò)增頻率顯著高于非浸潤性癌中的DCIS,雖然80%均是增加1~2個(gè)額外拷貝數(shù)。此外,Horlings等[4]發(fā)現(xiàn)8q24.13~q3區(qū)域擴(kuò)增僅在高級別浸潤性癌中出現(xiàn)。這些證據(jù)提示8q24區(qū)域擴(kuò)增或是原位癌進(jìn)展至高級別浸潤性癌的驅(qū)動(dòng)因素。MYC是位于8q24.21的癌基因,其編碼蛋白具有轉(zhuǎn)錄因子活性。MYC基因擴(kuò)增可能始于良性腫瘤狀態(tài)[5]并在30%~50%的高級別乳腺癌中顯著擴(kuò)增,過表達(dá)的MYC蛋白可促進(jìn)下游的葡萄糖和谷氨酰胺代謝相關(guān)的靶基因表達(dá),以維持癌細(xì)胞生長能量需求、促進(jìn)腫瘤進(jìn)展。長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)PVT1基因位于MYC基因下游約50 kb處常與MYC共擴(kuò)增[6],PVT1基因可通過上調(diào)β-catenin信號通路引起乳腺癌發(fā)生。

1.2 8q24區(qū)域擴(kuò)增與乳腺癌的侵襲轉(zhuǎn)移

乳腺癌主要的轉(zhuǎn)移途徑是淋巴轉(zhuǎn)移,遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移是乳腺癌患者死亡的主要原因?;蚪M改變與轉(zhuǎn)移的關(guān)系,大多通過基因組譜分析對原發(fā)病灶和轉(zhuǎn)移病灶進(jìn)行比較,或通過原發(fā)病灶的拷貝數(shù)改變與轉(zhuǎn)移預(yù)后的比較進(jìn)行分析。Ellsworth等[7]比較229例淋巴結(jié)陽性和陰性乳腺癌患者原發(fā)病灶的基因組發(fā)現(xiàn),8q24區(qū)域擴(kuò)增是唯一的顯著改變,其中MYC基因擴(kuò)增與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)。PSCA基因位于8q24.3,最早發(fā)現(xiàn)于前列腺組織并在前列腺癌中過表達(dá)。浸潤性微乳頭狀癌(invasive micropapillary carcinoma,IM?PC)具有高淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移特性,本課題組Meng等[8]研究發(fā)現(xiàn),PSCA在IMPC中顯著擴(kuò)增且過表達(dá),其表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)。以上提示8q24區(qū)域的MYC、PSCA基因擴(kuò)增或可促進(jìn)乳腺癌發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。

乳腺癌原發(fā)病灶與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移病灶之間的8q24區(qū)域擴(kuò)增具有高度的一致性[9],其在轉(zhuǎn)移病灶中擴(kuò)增頻率更顯著。Magbanua等[10]對乳腺癌原發(fā)病灶與循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cells,CTCs)的基因組進(jìn)行拷貝數(shù)分析時(shí)發(fā)現(xiàn),CTCs中8q24區(qū)域(包含MYC)高度擴(kuò)增。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),乳腺癌中超過90%的腦脊液腫瘤細(xì)胞中存在8q24.13~q24.21區(qū)域高水平擴(kuò)增,頻率顯著高于CTCs[11]。此外,Bilal等[12]對268例早期乳腺癌僅使用他莫昔芬治療患者的8q24.3位點(diǎn)擴(kuò)增情況檢測時(shí)發(fā)現(xiàn),當(dāng)該位點(diǎn)擴(kuò)增時(shí)其遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移率顯著增加,從另一方面說明8q24區(qū)域擴(kuò)增或可促進(jìn)乳腺癌發(fā)生遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。

1.3 不同乳腺癌亞型中8q24區(qū)域的擴(kuò)增情況

乳腺癌不同組織學(xué)亞型中8q24區(qū)域擴(kuò)增情況也不盡相同。8q24區(qū)域擴(kuò)增在高級別非特殊型浸潤性導(dǎo)管癌(invasive ductal carcinoma of no special type,IDC-NST)基因組中常見。研究發(fā)現(xiàn),級別越高、侵襲性越強(qiáng)的多形性小葉癌的基因組改變與8q24區(qū)域顯著擴(kuò)增的高級別IDC-NST越類似[13],且8q24.11區(qū)域擴(kuò)增是IDC-NST與經(jīng)典型浸潤性小葉癌在基因組上最顯著的區(qū)別[14]。此外,全外顯子測序發(fā)現(xiàn),IMPC中8q24區(qū)域擴(kuò)增頻率最高且8q擴(kuò)增與IMPC顯著相關(guān)[15],提示8q24區(qū)域異常也許是IMPC特殊病理組織學(xué)形態(tài)及其高侵襲、轉(zhuǎn)移特性形成的關(guān)鍵。

8q24區(qū)域擴(kuò)增也與乳腺癌分子分型相關(guān)。Loo等[16]研究發(fā)現(xiàn),8q24區(qū)域在乳腺癌ER陰性中顯著擴(kuò)增,而在ER陽性中擴(kuò)增不明顯。乳腺癌基因組數(shù)據(jù)庫資料也顯示,MYC在三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)中擴(kuò)增也顯著高于激素受體陽性乳腺癌。MYC蛋白可通過直接驅(qū)動(dòng)糖酵解途徑而促進(jìn)TNBC細(xì)胞生長增殖[17]。

2 8q24區(qū)域的乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)與乳腺癌的相關(guān)性

2.1 8q24區(qū)域的乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)SNP

SNP指基因組水平上單個(gè)核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性。SNP在人群中變異頻率高于點(diǎn)突變,也與乳腺癌發(fā)生和預(yù)后存在一定的相關(guān)性。通過全基因組學(xué)關(guān)聯(lián)分析(genome-wide association study,GWAS)的方法已在8q24區(qū)域鑒定出一系列乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)SNPs。研究表明,位于8q24基因沙漠區(qū)的SNP位點(diǎn)rs13281615與乳腺癌PR(progestogen receptor)狀態(tài)、腫瘤級別及預(yù)后存在相關(guān)性[18]。而rs13281615與ER表達(dá)狀態(tài)的相關(guān)性存在不同的結(jié)論,Garcia-Closas等[18]發(fā)現(xiàn),rs13281615作為乳腺癌獨(dú)立風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)其GG基因型與ER陽性乳腺癌顯著相關(guān),Long等[19]卻發(fā)現(xiàn)該SNP與ER陰性乳腺癌顯著相關(guān),而Campa等[20]則認(rèn)為該風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)與乳腺癌ER表達(dá)狀態(tài)無關(guān)。rs13281615的基因型改變也會影響乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)發(fā)生改變,其GG基因型增加乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)或是通過影響PVT1轉(zhuǎn)錄而產(chǎn)生[21]。研究發(fā)現(xiàn),rs35961414、rs7815245、rs2033101、rs11780156 等與ER陽性乳腺癌相關(guān)[22],8q24.21區(qū)域還存在男性乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)[23]和乳腺癌各分期相關(guān)的多個(gè) SNPs[19]。另外,Li等[24]通過GWAS方法,在乳腺癌基因組8q24區(qū)域發(fā)現(xiàn)新風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)的靶基因顯著富集MYC轉(zhuǎn)錄因子基序,且該風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)與MYC基因表達(dá)增加顯著相關(guān),提示該新風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)可通過影響MYC基因表達(dá)而影響患者預(yù)后。

2.2 8q24區(qū)域風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)介導(dǎo)的染色質(zhì)相互作用

在表觀遺傳學(xué)中,基因表達(dá)的調(diào)控除了受組蛋白修飾以及DNA甲基化狀態(tài)影響之外,還受染色質(zhì)相互作用的影響(包括染色質(zhì)內(nèi)和染色質(zhì)間),而8q24區(qū)域也可通過此種染色體相互作用來調(diào)控基因的表達(dá)。隨著3C(chromosome conformation capture,3C)、Hi-C(high-throughput chromosome conformation capture)等技術(shù)的發(fā)展,可獲得(不同生理、病理狀態(tài)下)高分辨率染色質(zhì)間相互作用圖譜。Baxter等[25]利用Hi-C技術(shù)發(fā)現(xiàn),位于8q24.21區(qū)域的rs13281615和rs11780156可與 MYC、lncRNA CASC11(cancer sus?ceptibility 11)、lncRNA CCDC26(CCDC26 long noncoding RNA)的基因序列結(jié)合。在乳腺癌中CASC11可激活 Wnt/β-catenin 信號通路[26]引起腫瘤發(fā)生,CCDC26則可通過上調(diào)癌基因c-Kit表達(dá)產(chǎn)生化療耐藥性[27]。此外,Ahmadiyeh等[28]發(fā)現(xiàn)8q24區(qū)域上存在前列腺癌風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域1、3(亦為結(jié)腸癌風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域)及位于128.35~128.51 Mb處的乳腺癌獨(dú)立風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),其均可與MYC基因形成組織特異性的遠(yuǎn)距離染色體環(huán),雖然在乳腺癌中此染色體環(huán)并不影響MYC蛋白的表達(dá)量。8q24是染色體上高密度的腫瘤相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)區(qū)域,但該區(qū)域SNP在乳腺癌中的功能分析研究較少,而在前列腺癌和腎癌中均有相關(guān)報(bào)道。Du等[29]在前列腺癌中采用3C-MTS(3C-based multi-tar?get sequencing)技術(shù)捕獲與8q24相互作用的區(qū)域,其顯著富集Wnt/β-catenin信號通路轉(zhuǎn)錄因子的啟動(dòng)子基序,提示8q24風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域或許可以通過此種物理性空間相互作用調(diào)控腫瘤的多種信號通路。該研究還發(fā)現(xiàn)8q24區(qū)域的前列腺癌風(fēng)險(xiǎn)區(qū)域1、3主要與MYC基因啟動(dòng)子和增強(qiáng)子區(qū)域序列相互作用,且該區(qū)域還與3q13存在相互作用。HIF(hypoxia inducible fac?tor)是調(diào)控內(nèi)環(huán)境穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵基因,8q24區(qū)域的腎癌風(fēng)險(xiǎn)SNP rs35252396通過調(diào)控染色質(zhì)的易接近性,改變位于MYC和PVT1基因之間的增強(qiáng)子(HIF結(jié)合位點(diǎn))活性,達(dá)到調(diào)控MYC和PVT1轉(zhuǎn)錄的作用[30]。因此,8q24區(qū)域乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)的功能還有進(jìn)一步探索的空間。

3 結(jié)語

乳腺癌的發(fā)生發(fā)展是一個(gè)多步驟侵襲性過程,惡性程度及侵襲能力的改變并非來自單一基因的作用,而是多基因變異的綜合效應(yīng)。乳腺癌8q24區(qū)域擴(kuò)增可能導(dǎo)致該區(qū)域的基因過表達(dá),進(jìn)而引起腫瘤表型變化;8q24區(qū)域內(nèi)的DNA位點(diǎn)也可通過染色質(zhì)相互作用影響腫瘤進(jìn)展。8q24區(qū)域在乳腺癌擴(kuò)增的機(jī)制及染色質(zhì)相互作用的功能分析仍需進(jìn)一步探索和研究。

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