李辛雷,王 潔,殷恒福,范正琪,李紀(jì)元
(中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院亞熱帶林業(yè)研究所,浙江 杭州 311400)
金花茶(Camellianitidissima)為國(guó)家一級(jí)珍稀瀕危植物[1],其天然種群主要分布于我國(guó)廣西南寧及防城港市的防城區(qū)和東興市等[2]?,F(xiàn)有茶花品種多為白色、粉色和紅色,缺少黃色,而金花茶花朵金黃色,具蠟質(zhì)光澤,是培育黃色茶花的優(yōu)良親本。金花茶花朵和葉片中含有類黃酮、茶多酚及茶多糖等多種活性成分,具有降血糖、降血脂、降血壓和抗腫瘤等藥理功效[3]。因此,積極開(kāi)展珍稀瀕危植物金花茶的保護(hù)遺傳學(xué)研究,對(duì)推動(dòng)金花茶資源的有效保護(hù)及高效利用具有重要意義。
瀕危植物的保育研究不僅僅要保護(hù)其種群數(shù)量,更重要的是保護(hù)其遺傳多樣性[4]。對(duì)稀有瀕危和受人類干擾破壞的植物,首先應(yīng)查明當(dāng)前種群遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),明確其種群間及種群內(nèi)的遺傳變異及遺傳特性[5]。在金花茶遺傳多樣性研究方面,有關(guān)人員已開(kāi)展了遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性(randomly amplified polymorphic DNA,RAPD)、區(qū)間簡(jiǎn)單重復(fù)序列(inter-simple sequence repeats,ISSR)和擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析[6-9]。目前,對(duì)金花茶掠奪式開(kāi)發(fā)利用使其原有天然資源遭到嚴(yán)重破壞,生態(tài)環(huán)境的惡化進(jìn)一步導(dǎo)致種群退化,分布范圍不斷縮小,種群數(shù)量急劇減少。因此,開(kāi)展現(xiàn)有金花茶資源的遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)研究,進(jìn)一步評(píng)估生態(tài)環(huán)境及人為干擾因素等對(duì)金花茶種群數(shù)量及遺傳多樣性的影響具有重要意義。AFLP標(biāo)記技術(shù)具有重復(fù)性好、可靠性強(qiáng)和多態(tài)性高等優(yōu)點(diǎn)[10],在遺傳多樣性研究中被廣泛應(yīng)用[11-12],可有效應(yīng)用于金花茶遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)研究[7]。鑒于此,筆者應(yīng)用AFLP技術(shù)對(duì)我國(guó)現(xiàn)有金花茶天然種群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,研究其遺傳變異規(guī)律,為金花茶資源的保護(hù)和進(jìn)一步開(kāi)發(fā)利用提供科學(xué)依據(jù)。
2015—2017年,對(duì)我國(guó)金花茶資源進(jìn)行了全面系統(tǒng)的勘察,通過(guò)查閱資料、訪問(wèn)和實(shí)地踏查發(fā)現(xiàn),目前金花茶天然種群主要存在于廣西防城港市防城區(qū),且呈現(xiàn)間斷性分布特征,生境片斷化嚴(yán)重,個(gè)體數(shù)量不足1 000株。根據(jù)金花茶天然種群分布情況,選擇4個(gè)種群作為研究對(duì)象,其中種群1位于廣西防城港市防城區(qū)大菉鎮(zhèn),種群2、3和4位于廣西防城港市防城區(qū)華石鎮(zhèn)。采用間隔距離取樣法[13],在所選擇種群內(nèi)隨機(jī)采樣,植株距離在50 m以上,每個(gè)種群采樣個(gè)體數(shù)量取決于群體規(guī)模,共選擇110株個(gè)體(表1),采集植株枝條中部南面向陽(yáng)處成熟葉片5個(gè)以上,于變色硅膠中干燥保存?zhèn)溆谩?/p>
葉片加液氮后研磨,用CTAB法[13]提取總DNA。
表1金花茶種群采樣位置
Table1SamplinglocationofCamellianitidissimapopulations
種群編號(hào)樣本數(shù)緯度(N)經(jīng)度(E)海拔/m坡度/(°)Pop13821°18′16″108°10′24″173.7215Pop22221°19′08″108°19′36″73.1930Pop32621°19′32″108°19′25″148.5230Pop42421°19′53″108°19′47″257.6545
1.3.1酶切與連接
反應(yīng)體系總體積為20 μL,含4 μL DNA模板(50 ng·μL-1),1 μL Adapter,2 μLHindⅢ/MseⅠ,2.5 μL 10×Reaction buffer,2.5 μL 10 mmol·L-1ATP,1 μL T4 Ligase,7 μL H2O。37 ℃條件下消化5 h,8 ℃條件下消化4 h。
1.3.2PCR擴(kuò)增
預(yù)擴(kuò)增:反應(yīng)體系總體積為25 μL,含2 μL連接后模板DNA,18.5 μL雙蒸水,0.5 μL dNTPs,1 μL Pre-ampmix,2.5 μL 10×PCR buffer,0.5 μLTaqDNA 聚合酶。擴(kuò)增程序:94 ℃條件下2 min;然后94 ℃條件下30 s,56 ℃條件下30 s,72 ℃條件下80 s,30個(gè)循環(huán);最后72 ℃條件下5 min。預(yù)擴(kuò)增產(chǎn)物稀釋20倍后作為選擇擴(kuò)增模板。
選擇擴(kuò)增:反應(yīng)體系總體積為25 μL,其中含2 μL稀釋后的預(yù)擴(kuò)增產(chǎn)物,17.5 μL雙蒸水,2.5 μL 10×PCR buffer,1 μLHindⅢ引物,1 μLMseⅠ引物,0.5 μL dNTPs和0.5 μLTaqDNA 聚合酶。擴(kuò)增程序:94 ℃條件下4 min;94 ℃條件下30 s,65 ℃條件下30 s,72 ℃條件下80 s;然后每循環(huán)1次退火溫度遞減0.7 ℃,12個(gè)循環(huán);94 ℃條件下30 s,55 ℃ 條件下30 s,72 ℃條件下80 s,23個(gè)循環(huán);72 ℃ 條件下5 min。PCR 產(chǎn)物用15 g·L-1瓊脂糖凝膠(0.5 μg·mL-1溴化乙錠)于5 V·cm-1電壓下電泳90 min,用凝膠成像系統(tǒng)(FR-200A)拍照并記錄。
擴(kuò)增產(chǎn)物的電泳結(jié)果采用“1-0”系統(tǒng)記錄譜帶,樣品有帶記為1,無(wú)帶或弱帶則記為0。應(yīng)用GenAlEx 6.41軟件計(jì)算遺傳多樣性各參數(shù)。
LPP=P/Pt×100%。
(1)
式(1)中,LPP為多態(tài)位點(diǎn)(種群中某個(gè)位點(diǎn)具有兩個(gè)等位基因時(shí)稱該位點(diǎn)為多態(tài)位點(diǎn))百分率,%;P為多態(tài)位點(diǎn)數(shù);Pt為總位點(diǎn)數(shù)。
H=1-∑Xi2,
(2)
IS=-∑XilnXi,
(3)
Ne=1/(1-H)。
(4)
式(2)~(4)中,H為基因多樣性指數(shù);Xi為位點(diǎn)i在種群中出現(xiàn)頻率;IS為Shannon信息指數(shù);Ne為有效等位基因數(shù)。
觀測(cè)等位基因數(shù)(Na)由直接觀測(cè)統(tǒng)計(jì)得到。
(5)
D=lnI。
(6)
式(5)~(6)中,I為遺傳一致度;Xi、Yi分別為種群X、Y中第i條基因頻率;D為遺傳距離。
Fst=(Ht-Hs)/Ht,
(7)
Nm=(1-Fst)/4Fst。
(8)
式(7)~(8)中,F(xiàn)st為遺傳分化系數(shù);Ht為種群總基因多樣性指數(shù);Hs為種群內(nèi)基因多樣性指數(shù);Nm為基因流。
根據(jù)遺傳距離(D)矩陣,采用NTSYSpc 2.0軟件,按非加權(quán)組平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)進(jìn)行聚類分析,構(gòu)建聚類圖[10-12]。
從48對(duì)引物中篩選出擴(kuò)增產(chǎn)物穩(wěn)定、重復(fù)性好、多態(tài)性高且分辨能力強(qiáng)的引物8對(duì),對(duì)4個(gè)金花茶種群110個(gè)個(gè)體進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增結(jié)果見(jiàn)表2。由表2可知,8對(duì)引物共擴(kuò)增出1 619個(gè)DNA位點(diǎn),其中1 473個(gè)具多態(tài)性,多態(tài)性位點(diǎn)百分率為90.98%。8對(duì)引物擴(kuò)增出的DNA位點(diǎn)主要位于70~500 bp之間,DNA位點(diǎn)數(shù)介于187~214之間,平均為202.38。引物A-1擴(kuò)增出的DNA位點(diǎn)數(shù)最多,為214;引物C-8擴(kuò)增出的位點(diǎn)數(shù)最少,為187;引物A-1多態(tài)性位點(diǎn)百分率最高,為96.26%;引物H-4多態(tài)性位點(diǎn)百分率最低,為82.32%。部分樣品利用引物B-1和H-4的擴(kuò)增結(jié)果見(jiàn)圖1,可見(jiàn),引物擴(kuò)增出的DNA位點(diǎn)數(shù)及多態(tài)性均較高。
表2金花茶AFLP擴(kuò)增引物
Table2PrimersusedforAFLPamplificationofCamellianitidissima
引物編號(hào)引物堿基擴(kuò)增位點(diǎn)數(shù)量多態(tài)性位點(diǎn)數(shù)量多態(tài)性位點(diǎn)百分率/%A-1AAC/ CAA21420696.26B-1AAG/ CAA21120295.73C-8ACA/ CTT18716588.24D-3ACT/ CAG19717488.32E-1ACC/ CAA20919794.26H-4AGG/ CAT19816382.32H-6AGG/ CTC20518791.22H-7AGG/ CTG19817990.40總數(shù)1 6191 473平均值202.38184.1390.98
圖1 引物B-1和H-4的AFLP擴(kuò)增結(jié)果
金花茶種群遺傳多樣性的AFLP分析結(jié)果見(jiàn)表3,金花茶4個(gè)天然種群的多態(tài)位點(diǎn)百分率以種群3為最低,以種群1為最高。不同種群的基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)分析結(jié)果一致,均以種群2為最高,以種群3為最低。金花茶物種水平基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)均略高于種群水平,金花茶物種水平多態(tài)位點(diǎn)百分率遠(yuǎn)高于種群水平。
表3金花茶種群遺傳多樣性
Table3GeneticdiversityofCamellianitidissimapopulations
種群多態(tài)位點(diǎn)百分率/%觀測(cè)等位基因數(shù)有效等位基因數(shù)基因多樣性指數(shù)Shannon信息指數(shù)Pop172.111.4521.2110.1360.223Pop270.141.4101.2130.1380.228Pop356.831.1461.1930.1220.197Pop464.871.3041.2000.1290.212種群水平65.991.3281.2050.1310.215物種水平93.631.8731.2190.1460.246
表4顯示,種群間遺傳分化系數(shù)介于0.139~0.289之間,遺傳變異主要存在于種群內(nèi);種群間遺傳分化系數(shù)最小為Pop1和Pop2間,最大為Pop1和Pop3間。種群間的基因流在0.616~1.548之間,最小為Pop1和Pop3間,最大為Pop1和Pop2間。種群遺傳變異的分子變異分析(AMOVA)表明,金花茶天然種群間遺傳變異為18.48%,種群內(nèi)遺傳變異為81.52%(表5)。AMOVA分析結(jié)果與金花茶種群遺傳分化系數(shù)結(jié)果基本一致,說(shuō)明金花茶種群間和種群內(nèi)均發(fā)生遺傳變異,且種群內(nèi)變異為主要遺傳變異。
表4金花茶種群間遺傳分化系數(shù)和基因流
Table4GeneticdifferentiationcoefficientandgeneflowofCamellianitidissimapopulations
種群Pop1Pop2Pop3Pop4Pop10.0001.5480.6161.088Pop20.1390.0000.6901.002Pop30.2890.2660.0000.874Pop40.1870.2000.2220.000
對(duì)角線左下方為遺傳分化系數(shù),對(duì)角線右上方為基因流。
表5金花茶種群間和種群內(nèi)分子變異的方差分析
Table5Analysisofmolecularvariance(AMOVA)amongandwithinCamellianitidissimapopulations
變異來(lái)源自由度(df)平方和(SS)均方(MS)方差分量方差分量百分率/%種群間 31 882.161941.08033.18718.48種群內(nèi)10615 522.179146.436146.43681.52總計(jì)10918 517.6641 113.324179.623100.00
表6顯示,各種群遺傳一致度介于0.969~0.984之間,遺傳一致度較大,相似性較高,其中Pop1和Pop2種群遺傳一致度最高,Pop1和Pop3最低;各種群遺傳距離介于0.016~0.032之間,遺傳距離較小。根據(jù)種群遺傳距離,對(duì)4個(gè)金花茶種群進(jìn)行UPGMA聚類分析,建立遺傳關(guān)系的UPGMA聚類圖(圖2)。由圖2可知,4個(gè)金花茶種群既具有相似遺傳背景,又存在一定差異,Pop1和Pop2首先聚類,然后與Pop4聚為一類,Pop3單獨(dú)聚類。4個(gè)金花茶種群未完全按照地理距離進(jìn)行聚類,說(shuō)明種群間遺傳變異與其地理距離無(wú)明顯相關(guān)性。
表6金花茶種群遺傳一致度和遺傳距離
Table6GeneticidentityandgeneticdistanceofCamellianitidissimapopulations
種群Pop1Pop2Pop3Pop4Pop10.0000.0160.0320.022Pop20.9840.0000.0290.023Pop30.9690.9710.0000.023Pop40.9790.9780.9770.000
對(duì)角線左下方為遺傳一致度,對(duì)角線右上方為遺傳距離。
圖2 金花茶種群遺傳距離聚類
RAPD標(biāo)記通用性強(qiáng),操作方便,可用于種質(zhì)資源鑒定及分類研究等,但其可重復(fù)性較差,可靠性較低[14];限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)標(biāo)記穩(wěn)定性強(qiáng),適用于分析群體遺傳變異及親緣關(guān)系,但操作復(fù)雜,成本較高,不適于大量樣品檢測(cè)[14];ISSR標(biāo)記檢測(cè)便捷,通用性強(qiáng),在資源鑒定、遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育等研究方面被廣泛應(yīng)用[15]。筆者采用的AFLP技術(shù)在缺乏分子遺傳學(xué)背景的植物遺傳多樣性評(píng)價(jià)中具有優(yōu)勢(shì),其與RAPD、RFLP和ISSR等均為顯性標(biāo)記,在數(shù)據(jù)分析上具有一定可比性。4個(gè)金花茶天然種群110個(gè)個(gè)體的AFLP分析結(jié)果表明,8對(duì)引物共擴(kuò)增出1 619個(gè)DNA位點(diǎn)(平均每條引物202.38個(gè)位點(diǎn)),1 473個(gè)具有多態(tài)性,平均多態(tài)位點(diǎn)百分率為90.98%,能有效檢測(cè)金花茶天然種群遺傳多樣性。
NYBOM[16]對(duì)用不同標(biāo)記技術(shù)研究植物遺傳多樣性的結(jié)果進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果表明,多年生植物的遺傳多樣性平均為0.25,區(qū)域分布種為0.21。對(duì)山茶屬?gòu)V布種山茶(Camelliajaponica)的研究表明,我國(guó)8個(gè)山茶種群和中日13個(gè)山茶種群物種水平基因多樣性指數(shù)分別為0.256 9和0.341 4,高于多年生植物種群平均遺傳多樣性[17]。毛瓣金花茶(Camelliapubipetala)6個(gè)天然種群物種水平基因多樣性指數(shù)為0.245 1,其遺傳多樣性亦較高[18]。山茶屬瀕危植物杜鵑紅山茶(Camelliaazalea)僅分布于我國(guó)廣東鵝凰嶂自然保護(hù)區(qū),分布范圍小于100 km2,僅有1 000余株[19],種群遺傳多樣性的RAPD和ISSR分析結(jié)果表明,杜鵑紅山茶基因多樣性指數(shù)分別為0.143 5和0.219 1[20-21],種群遺傳多樣性較低。
賓曉蕓等[6]利用ISSR技術(shù)對(duì)4個(gè)金花茶天然種群126個(gè)個(gè)體的研究表明,物種基因多樣性指數(shù)為0.230 2,Shannon信息指數(shù)為0.350 2。TANG等[7]利用RAPD和AFLP技術(shù)對(duì)6個(gè)金花茶天然種群120個(gè)個(gè)體的研究表明,其物種基因多樣性指數(shù)為0.269 8和0.244 4,Shannon信息指數(shù)為0.404 3和0.368 2。WEI等[8]利用ISSR技術(shù)對(duì)12個(gè)金花茶天然種群的研究發(fā)現(xiàn),金花茶基因多樣性指數(shù)為0.156 1,Shannon信息指數(shù)為0.249 0,且種群規(guī)模的大小與其遺傳多樣性之間無(wú)明顯相關(guān)性。筆者對(duì)4個(gè)金花茶天然種群110個(gè)個(gè)體的AFLP分析表明,其物種水平基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)分別為0.146和0.246,遠(yuǎn)低于已有金花茶天然種群的ISSR[6]、RAPD和AFLP分析結(jié)果[7],亦低于WEI等[8]ISSR研究結(jié)果??梢?jiàn),隨著時(shí)間推移,金花茶天然種群的遺傳多樣性大大降低。
山茶遺傳結(jié)構(gòu)研究表明,遺傳變異主要存在于種群內(nèi)個(gè)體間,地理距離與遺傳距離具顯著相關(guān)性,島嶼地理隔離對(duì)山茶種群的遺傳分化具有重要影響[17]。羅曉瑩等[20]對(duì)3種瀕危植物的研究表明遺傳變異主要存在于種群內(nèi),瀕危植物杜鵑紅山茶的亞種群間遺傳分化較小[21]。毛瓣金花茶的遺傳變異主要在種群內(nèi)個(gè)體間,種群間的遺傳變異較低,種群遺傳距離和地理距離之間存在顯著相關(guān)性[18]。WEI等[8]采用ISSR技術(shù)的研究表明,金花茶種群間遺傳變異為41.85%,種群內(nèi)變異為主要遺傳變異,TANG等[7]研究亦表明金花茶遺傳變異主要存在于種群內(nèi)。筆者研究中種群遺傳變異的AMOVA分析表明,金花茶種群間遺傳變異為18.48%,種群內(nèi)遺傳變異為81.52%,種群內(nèi)變異為主要遺傳變異;金花茶種群聚類結(jié)果與地理距離不完全相符,種群間遺傳變異與其地理距離無(wú)明顯相關(guān)性[18]。
關(guān)于金花茶天然種群遺傳多樣性較低、種群間遺傳變異較小等特點(diǎn),筆者認(rèn)為主要是兩個(gè)方面原因共同作用的結(jié)果。一是金花茶天然種群雖然曾廣泛分布于廣西南寧的扈寧區(qū)、隆安縣和扶綏縣及防城港市防城區(qū)、東興市等[2,9],但隨著金花茶開(kāi)發(fā)利用熱潮的興起,強(qiáng)烈的利益驅(qū)動(dòng)使金花茶天然資源幾乎被挖掘破壞殆盡。此外,對(duì)金花茶花朵的大量需求導(dǎo)致金花茶種子難以形成,進(jìn)而導(dǎo)致種群幼苗無(wú)法獲得有效補(bǔ)充。二是隨著經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展,大量植被被破壞,金花茶生境嚴(yán)重片斷化、破碎化,種群內(nèi)近交頻率、遺傳漂變?cè)黾?,等位基因流失,?dǎo)致種群的遺傳多樣性和遺傳變異不斷降低。可見(jiàn),人為干擾破壞及生態(tài)環(huán)境的惡化導(dǎo)致金花茶天然種群嚴(yán)重退化,分布范圍不斷縮小,種群數(shù)量急劇減少,與前期相關(guān)研究[6-9]相比,金花茶天然種群的遺傳多樣性及遺傳變異降低,種群間遺傳變異與其地理距離無(wú)明顯相關(guān)性。
韋霄等[9]采集了金花茶主要分布區(qū)內(nèi)種子,利用種子培育出的實(shí)生樹(shù)建立了金花茶種質(zhì)圃,采用ISSR標(biāo)記對(duì)金花茶種質(zhì)圃內(nèi)3個(gè)種群進(jìn)行遺傳多樣性分析,與天然種群遺傳參數(shù)比較,認(rèn)為遷地保護(hù)基本上保護(hù)了金花茶的遺傳多樣性,具有一定可行性。鑒于金花茶種群遺傳變異主要存在于種群內(nèi)個(gè)體間,建議對(duì)金花茶現(xiàn)有種群實(shí)施就地保護(hù),建立金花茶種群保護(hù)區(qū),嚴(yán)禁人為采挖、摘花等干擾活動(dòng),同時(shí)對(duì)其生長(zhǎng)環(huán)境進(jìn)行嚴(yán)格保護(hù),保持其生存的生態(tài)系統(tǒng),促進(jìn)種群自然更新。在就地保護(hù)的基礎(chǔ)上實(shí)施遷地保護(hù),通過(guò)采種育苗、扦插繁殖等方式進(jìn)行人工繁殖,建立種質(zhì)資源圃進(jìn)行遷地保護(hù),對(duì)人工栽培群體進(jìn)行仿生栽培、回歸自然馴化及回遷等,從而逐漸恢復(fù)并保護(hù)金花茶種群數(shù)量及遺傳多樣性。
目前,金花茶物種水平基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)為0.146和0.246,種群水平基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)為0.131和0.215,遠(yuǎn)低于已有金花茶天然種群的研究結(jié)果;4個(gè)金花茶天然種群的多態(tài)位點(diǎn)百分率、基因多樣性指數(shù)和Shannon信息指數(shù)變化趨勢(shì)一致。金花茶種群內(nèi)遺傳變異為81.52%,種群間遺傳變異為18.48%,遺傳變異主要存在于種群內(nèi)個(gè)體間;種群間遺傳變異與其地理距離無(wú)明顯相關(guān)性。金花茶天然種群遭受了嚴(yán)重的干擾破壞,種群嚴(yán)重退化,分布范圍持續(xù)縮小,種群數(shù)量大幅度減少,遺傳多樣性大大降低。根據(jù)金花茶遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)特點(diǎn),應(yīng)建立金花茶天然種群保護(hù)區(qū),對(duì)種群實(shí)施就地保護(hù),同時(shí)保護(hù)其生境條件及生態(tài)系統(tǒng),促進(jìn)其種群自然更新;應(yīng)建立金花茶種質(zhì)資源圃,進(jìn)行遷地保護(hù)。
生態(tài)與農(nóng)村環(huán)境學(xué)報(bào)2019年1期