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環(huán)狀RNA在胃癌中的研究進(jìn)展

2019-02-28 03:26:38曹博丁麗華衛(wèi)勃
生物技術(shù)通訊 2019年6期
關(guān)鍵詞:標(biāo)志物胃癌腫瘤

曹博,丁麗華,衛(wèi)勃

1.解放軍總醫(yī)院第一醫(yī)學(xué)中心 普通外科,北京100853;2.軍事科學(xué)院 軍事醫(yī)學(xué)研究院 生物工程研究所,北京100850

胃癌是世界范圍內(nèi)最常見的惡性腫瘤之一,發(fā)病率居世界第四,腫瘤相關(guān)死亡率位居世界第五[1]。我國是胃癌的“重災(zāi)區(qū)”,發(fā)病率、死亡率居高不下[2]。由于我國醫(yī)療資源分布不均衡,胃癌早期篩查普及率低,多數(shù)患者就診時(shí)已處于進(jìn)展期,手術(shù)治療難以實(shí)現(xiàn)根治,轉(zhuǎn)移率高,預(yù)后差。特別是由于飲食結(jié)構(gòu)改變及社會(huì)壓力增加,近年來胃癌發(fā)病呈現(xiàn)出年輕化的傾向,并且青年患者腫瘤具有侵襲性強(qiáng)、體積大、分化程度低等惡性生物學(xué)特點(diǎn)[3]。胃癌作為具有鮮明地域特色的惡性腫瘤,給患者帶來極大的精神和身體負(fù)擔(dān),嚴(yán)重制約我國經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展。因此,挖掘具有高度臨床價(jià)值的早期診斷標(biāo)志物、預(yù)后判斷參考值和個(gè)體化治療靶點(diǎn)迫在眉睫。

環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)是非編碼RNA 家族的重要成員。與傳統(tǒng)線性RNA的5'、3'端結(jié)構(gòu)不同,circRNA 呈現(xiàn)連續(xù)的共價(jià)閉合環(huán)狀。1976年,Kolakofsky 首次在植物病毒內(nèi)探測(cè)到circRNA[4],1979年Hsu 等在真核細(xì)胞中也發(fā)現(xiàn)了circRNA[5],其后相當(dāng)長的時(shí)間,circRNA 一直被認(rèn)為是基因表達(dá)的“噪音”,不具備生理功能[6-7]。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,circRNA的調(diào)控能力被逐漸揭示,對(duì)其產(chǎn)生機(jī)制的探索也有長足進(jìn)步。Jeck 等利用高通量測(cè)序、生物信息學(xué)分析等技術(shù),提出了circRNA 產(chǎn)生的2種方式,即套索驅(qū)動(dòng)的環(huán)化模型和內(nèi)含子配對(duì)驅(qū)動(dòng)的環(huán)化模型[8]。這一報(bào)道為剖析circRNA的來源與功能研究奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。研究證明,多系統(tǒng)疾病的發(fā)生和進(jìn)展與circRNA 異常表達(dá)密不可分[9-11]。胃癌與circRNA的關(guān)系研究作為新興的熱點(diǎn),近年來出現(xiàn)“井噴式”增長,臨床轉(zhuǎn)化潛力不可估量。

1 circRNA 簡介

1.1 circRNA的生物學(xué)功能

circRNA的生物學(xué)調(diào)節(jié)功能可歸為4 類:作為“分子海綿”與microRNA(miRNA)互補(bǔ)結(jié)合,抑制其生物學(xué)功能[12-13];與RNA 結(jié)合蛋白(RNA bind?ing protein,RBP)相互作用,影響RBP的相關(guān)信號(hào)通路[14];在細(xì)胞核內(nèi)與RNA 聚合酶結(jié)合,順式調(diào)控親本基因轉(zhuǎn)錄[15];作為模板直接編碼蛋白[16]。目前主要的研究熱點(diǎn)集中于circRNA的“分子海綿”吸附功能,極大地豐富了RNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。除單個(gè)circRNA的機(jī)制研究以外,基于生物信息技術(shù)的疾病circRNA-miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)也在如火如荼地構(gòu)建中[17-19],為后續(xù)關(guān)鍵性circRNA的篩選提供理論支撐。編碼功能的發(fā)現(xiàn)顛覆了科學(xué)界對(duì)于非編碼RNA的傳統(tǒng)認(rèn)知。新近發(fā)現(xiàn),胃癌細(xì)胞系內(nèi)circFNDC3B 存在開放讀框,表達(dá)25kD的肽鏈[20],這提示circRNA的生物學(xué)調(diào)節(jié)方式不僅局限于轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié),大量未知功能有待探索。

1.2 circRNA的特點(diǎn)

circRNA的生物學(xué)特性如下:①穩(wěn)定性。反向拼接而成的連續(xù)、閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)使circRNA 對(duì)RNA 核酸外切酶的降解不敏感[21]。circRNA 穩(wěn)定存在于多種極端環(huán)境,如尿液、胃液中,是臨床非侵襲性診斷方式的適宜標(biāo)志物。②半衰期長。circRNA的半衰期通常大于48 h[6,8],探測(cè)結(jié)果穩(wěn)定,具有參考性。③保守性。真核細(xì)胞circRNA具有高度保守的位點(diǎn)[22],極大提升了穩(wěn)定干擾疾病相關(guān)circRNA表達(dá)水平的可行性。所以,憑借結(jié)構(gòu)和功能的獨(dú)特優(yōu)勢(shì),circRNA在胃癌的臨床診治中具有極大的潛力。

2 circRNA與胃癌診斷

circRNA在胃癌細(xì)胞和正常細(xì)胞內(nèi)的含量均相對(duì)較高,某些circRNA與線性RNA 亞型水平相當(dāng),甚至與其線性mRNA 相比可升高10倍以上。所以,circRNA在病理組織內(nèi)的表達(dá)差異具有可探測(cè)性,尤其是隨著微滴式數(shù)字PCR 等新式技術(shù)的出現(xiàn),某些極端環(huán)境下的痕量circRNA 也能實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)探測(cè)。性狀的穩(wěn)定性、表達(dá)的差異性、探測(cè)的可行性均賦予circRNA 高度的臨床診斷潛力。近年來,許多課題組對(duì)胃癌及癌旁組織的表達(dá)譜進(jìn)行了比對(duì)分析,篩選出一批差異顯著的circRNA,如circ_101504、circ_0026 等[23-24],為后續(xù)推動(dòng)臨床診斷應(yīng)用提供了理論依據(jù)。一項(xiàng)Meta分析匯總了11 項(xiàng)有關(guān)胃癌組織和血液circRNA的診斷研究,綜合曲線下面積(area under curve,AUC)達(dá)0.81,綜合靈敏度和特異度均大于0.7[25],提示circRNA 具有出色的胃癌診斷轉(zhuǎn)化潛力。

2.1 胃癌組織的circRNA

大部分研究集中于胃癌組織內(nèi)circRNA表達(dá)水平的探測(cè)及其臨床診斷意義的解析,效能判斷仍然沿用經(jīng)典的靈敏度、特異度及AUC 比較。表達(dá)差異較大的circRNA 集中位于chr1、chr2、chr3、chr9和chr17[26],提示此類染色體相關(guān)基因可能在胃癌的發(fā)生和進(jìn)展中存在機(jī)制關(guān)聯(lián)。目前胃癌組織內(nèi)診斷價(jià)值最高的circRNA 為circ_0001017,其在胃癌組織內(nèi)的表達(dá)明顯下調(diào)。對(duì)于區(qū)分不典型增生和正常組織方面,circ_0001017的靈敏度和特異度可達(dá)79.4%和81.1%,AUC值為0.871[27],是診斷癌前病變的潛在標(biāo)志物,為胃癌的早期篩查提供了新的思路。Li 等[28]分析了circ_002059的診斷價(jià)值,在區(qū)分胃癌和正常組織方面,其靈敏度、特異度和AUC值分別為0.81、0.62和0.73。該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步探測(cè)了不同溫度對(duì)應(yīng)不同儲(chǔ)存時(shí)間下circ_002059的水平,結(jié)果顯示無明顯差異,進(jìn)一步佐證了circRNA的高度穩(wěn)定性,可作為理想的胃癌診斷標(biāo)志物。此外,circ_0003159、circ_0000190 等也被證明是潛在的胃癌診斷靶點(diǎn)[29-30]。

除鑒別異常組織外,許多circRNA與胃癌患者的臨床病理特征具有顯著相關(guān)性,可協(xié)助臨床醫(yī)師正確判斷病情和制定治療方案。胃癌組織內(nèi)circ_0074362 低表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移存在關(guān)聯(lián)[31],可為術(shù)中冰凍病理判斷患者淋巴結(jié)受累程度、確定下一步手術(shù)方案提供參考。Shao 等[26]發(fā)現(xiàn)circ_0014717與多種臨床病理特征顯著相關(guān),包括腫瘤分期、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移、經(jīng)典腫瘤標(biāo)志物表達(dá)水平等,提示circ_0014717 具有評(píng)估患者病情、提升經(jīng)典腫瘤標(biāo)志物診斷效能的潛力。

2.2 血液circRNA

依靠血液腫瘤標(biāo)志物診斷癌癥是研究熱點(diǎn)之一。采集血液樣本的方式溫和,屬于非侵襲性手段,患者接受度較高,適宜用于癌癥的早期診斷和術(shù)后病情監(jiān)測(cè)。目前臨床常見的血液腫瘤標(biāo)志物包括CEA、CA19-9、CA12-5 等[32],但是其種類冗雜,靈敏度和特異度均不理想,當(dāng)各項(xiàng)指標(biāo)變化趨勢(shì)不一致時(shí),臨床醫(yī)師很難根據(jù)結(jié)果進(jìn)行正確判讀,無法滿足胃癌早期診斷和病情檢測(cè)的臨床需求,故亟待探索新型腫瘤標(biāo)志物。

circRNA 作為一種穩(wěn)定性高、半衰期長的明星分子,有望成為未來具有高度診斷價(jià)值的胃癌標(biāo)志物。文獻(xiàn)表明,血液circRNA的臨床診斷價(jià)值高于經(jīng)典血液腫瘤標(biāo)志物,甚至優(yōu)于同類組織circRNA。Sun 等[33]分析了circ_0000520在血液中的診斷價(jià)值。結(jié)果顯示,其靈敏度、特異度、AUC為0.8967、0.8235、0.8444,顯著高于CEA、CA19-9等標(biāo)志物。Huang 等[34]報(bào)道血液circ_0000745 探測(cè)靈敏度達(dá)0.855,但特異度相對(duì)較差,這可能是由于circRNA在人體各組織內(nèi)廣泛表達(dá),circRNA的高水平背景干擾了對(duì)于胃癌特異性circ_0000745的探測(cè)。構(gòu)建circRNA 分子診斷組也是研究方向之一,Li 等[27]將組織和血液內(nèi)的circ_0001017和circ_0061276 作為診斷組,靈敏度、特異度高達(dá)0.955和0.957,明顯高于各自分子的診斷效能,有效彌補(bǔ)了單一circRNA的診斷劣勢(shì)。

2.3 胃液circRNA

由于其時(shí)空特異性,胃液成分分析在理論上具有非常高的臨床轉(zhuǎn)化價(jià)值,但極端pH值的外環(huán)境致使大部分腫瘤標(biāo)志物無法穩(wěn)定存在,不具備充分探測(cè)條件。隨著新式分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,circRNA 憑借獨(dú)特的生物學(xué)性質(zhì)在胃液診斷中嶄露頭角。慢性萎縮性胃炎是癌前病變之一,由于其癥狀和病理的不典型,是臨床鑒別的難點(diǎn)。Shao 等[26]發(fā)現(xiàn)胃液circ_0014717在鑒別慢性萎縮性胃炎和胃潰瘍、正常組織方面具有顯著意義,這提示積極推進(jìn)胃液circRNA的臨床診斷轉(zhuǎn)化有助于提高胃癌的早期診斷和預(yù)防干預(yù)。

3 circRNA與胃癌預(yù)后判斷

胃癌患者預(yù)后判斷是臨床診治的重要一環(huán),對(duì)預(yù)測(cè)生存時(shí)間、規(guī)避過度醫(yī)療、緩解醫(yī)患糾紛意義重大。臨床采用的預(yù)后判斷方式主要是病理分期和患者生存質(zhì)量,無法實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)預(yù)測(cè)。預(yù)后判斷效果主要依靠生存分析(Kaplan-Meier 法)進(jìn)行評(píng)價(jià),并利用單因素和多因素分析法剖析某項(xiàng)因素對(duì)生存期的影響。新近研究證明,多種circRNA 可作為胃癌患者的獨(dú)立預(yù)后因子,與患者生存時(shí)間具有密切聯(lián)系,如circ_100269、circ_0001017和circ_0061276[27,35]。Zhang 等[36]報(bào)道circ_101057表達(dá)水平對(duì)早期胃癌患者的預(yù)后具有顯著指示意義。高水平circ_101057的早期胃癌患者總生存期(overall survival,OS)更長,對(duì)奧沙利鉑和5-氟尿嘧啶的化療更敏感,顯示circRNA在胃癌患者生存預(yù)測(cè)和化療方案指導(dǎo)方面有重要作用。Chen 等[37]發(fā)現(xiàn)聯(lián)合檢測(cè)circPVT1和PVT1 mRNA的表達(dá)可提升單一標(biāo)志物的預(yù)測(cè)效能。與胃癌診斷相同,circRNA 分子也是未來預(yù)后判斷的發(fā)展方向。但需要注意的是,盲目累加cir?cRNA 僅會(huì)提高臨床醫(yī)師的判斷難度,增加醫(yī)療成本。如何挑選具有高判讀價(jià)值的circRNA 并將其有機(jī)組合,也是轉(zhuǎn)化過程中的難點(diǎn)之一。

4 circRNA與胃癌治療

研究顯示,circRNA 是胃癌發(fā)生發(fā)展和命運(yùn)轉(zhuǎn)歸的重要調(diào)節(jié)者,干擾circRNA在胃癌細(xì)胞中的表達(dá),可有效抑制和逆轉(zhuǎn)各種惡性生物學(xué)行為,證明circRNA在胃癌治療中同樣具有出色的轉(zhuǎn)化潛力。目前的研究集中于circRNA 作為“分子海綿”吸附下游miRNA調(diào)控胃癌的機(jī)制拓展。

circNRIP1在胃癌細(xì)胞內(nèi)高表達(dá),后續(xù)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)circNRIP1/miR-149-5p/AKT1/mTOR 通路在胃癌的生長和侵襲中具有重要作用。文獻(xiàn)證明,AKT1/mTOR與胃癌細(xì)胞的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epitheli?al-mesenchymal transition,EMT)、抗凋亡和多藥耐藥存在機(jī)制關(guān)聯(lián)[38]。敲低circNRIP1 可以在體內(nèi)、外水平抑制腫瘤的生長、增殖和轉(zhuǎn)移,是良好的臨床治療靶點(diǎn)[39-40]。FOXO3 是叉頭框轉(zhuǎn)錄因子家族的重要成員,在多種腫瘤中扮演著抑癌因子的角色[41]。Lu 等證明circ_0001368 可以互補(bǔ)吸附miR-6506e5p,解除miR-6506e5p 對(duì)FOXO3的抑制作用,遏制胃癌細(xì)胞的惡性增殖和轉(zhuǎn)移能力[42]。除直接調(diào)控腫瘤細(xì)胞表型外,circRNA 也參與調(diào)控腫瘤性惡病質(zhì)。 ciRS-133 通過miR-133/PRDM16 通路促進(jìn)胃癌患者白色脂肪向棕色脂肪轉(zhuǎn)化,提高患者代謝效率和氧耗量,最終導(dǎo)致惡病質(zhì)。相反,敲低ciRS-133 可以有效降低小鼠胃癌模型的氧耗量和產(chǎn)熱能力[43]。ciRS-133 抑制劑有望成為胃癌晚期患者治療的輔助用藥,延長患者生存期,改善生存質(zhì)量。

表1 胃癌circRNA作為microRNA“分子海綿”的機(jī)制總結(jié)

Liu 等[44]創(chuàng)新了以人造小分子干擾方式調(diào)節(jié)circRNA表達(dá)水平的思路。大量研究證明,miR-21 是胃癌惡性進(jìn)展的參與者之一[45-47]。該團(tuán)隊(duì)利用分子生物學(xué)手段構(gòu)建了含有5個(gè)miR-21 吸附位點(diǎn)的人造circRNA(scRNA21)。具體方式如下:利用重疊PCR 擴(kuò)增miR-21 互補(bǔ)結(jié)合位點(diǎn),形成scRNA21的基本功能單位;擴(kuò)增產(chǎn)物連接至含有T7 啟動(dòng)子的環(huán)狀質(zhì)粒;單酶切質(zhì)粒,變?yōu)榫€性結(jié)構(gòu);利用T7 RNA 聚合酶大量擴(kuò)增功能單位;磷酸酶去除5'端磷酸化;T4 多核苷酸激酶使RNA 分子具備穩(wěn)定連接能力;T4 連接酶使線性RNA 成環(huán)。scRNA21 通過抑制miR-21 降低細(xì)胞增殖,誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡,Western 印跡顯示其下游抑癌蛋白DAXX表達(dá)上調(diào),以上結(jié)果證明基于circRNA 結(jié)構(gòu)的miR-21 抑制劑構(gòu)建成功。人造circRNA 可以靈活調(diào)節(jié)miRNA抑制效率,精準(zhǔn)性高,兼顧安全性和有效性,與RNA 干擾一同作為胃癌相關(guān)miRNA的干預(yù)方式,也是未來胃癌治療的發(fā)展方向之一。

5 結(jié)語

circRNA 具有穩(wěn)定性、特異性、保守性等優(yōu)勢(shì),是近年基礎(chǔ)和臨床研究的明星分子之一,促進(jìn)了胃癌早期診斷、病情監(jiān)測(cè)、預(yù)后判斷、個(gè)體化治療的發(fā)展步伐。尤其是胃液circRNA的發(fā)現(xiàn)和人造circRNA的構(gòu)建,極大地拓展了胃癌診治的新思維。但是circRNA與胃癌的關(guān)系探索仍處于初級(jí)階段,尚無法達(dá)到臨床應(yīng)用的基本要求。相信隨著生物探測(cè)技術(shù)的逐步優(yōu)化,胃癌發(fā)生發(fā)展和惡性轉(zhuǎn)歸的機(jī)制將逐漸闡明,circRNA 將成為胃癌臨床診治中的重要一環(huán)。

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