陳 謙 黃冬琴（通訊作者）

（廣西醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院 廣西 南寧 530021）

肺癌是一種高發(fā)病率和死亡率的惡性腫瘤，其五年生存率不足30%。肺癌包括小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌，其中80%是非小細(xì)胞肺癌，肺鱗癌是非小細(xì)胞肺癌中的一種，目前缺乏對(duì)肺鱗癌的診斷和預(yù)后標(biāo)志物[1]。既往的研究發(fā)現(xiàn)microRNA可以作腫瘤的生物標(biāo)志物，并對(duì)肺鱗癌的發(fā)生發(fā)展及治療有影響[2]。為此，我們基于dbDEMC 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)miR-486在肺鱗癌中的表達(dá)情況進(jìn)行分析，探討其對(duì)肺鱗癌的診斷和預(yù)后價(jià)值。

1.資料與方法

1.1 dbDEMC 2.0 數(shù)據(jù)庫(kù)

dbDEMC 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)（http：//www.picb.ac.cn/dbDEMC/index.html）包括了TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中36種腫瘤的miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，可以通過(guò)熱圖對(duì)miRNA的差異表達(dá)情況可視化，給miRNA標(biāo)志物的研究提供便利。

1.2 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)（www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心NCBI創(chuàng)建并維護(hù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。下載肺鱗癌數(shù)據(jù)GSE16025（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16025）和 GSE51853（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51853）。

1.3 miRNA靶基因通路預(yù)測(cè)

運(yùn)用DIANA-miRPath v2.0（www.microrna.gr/miRPathv2）對(duì)靶基因通路進(jìn)行分析。DIANA-miRPath v2.0數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)DIANA-microT-CDS和DIANA-TarBase v6.0預(yù)測(cè)出來(lái)的靶基因進(jìn)行富集分析，可以用熱圖顯示分析結(jié)果。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

數(shù)據(jù)采用SPSS20.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行分析，計(jì)數(shù)資料采用率（%）表示，進(jìn)行χ2檢驗(yàn)，計(jì)量資料采用（±s）表示，進(jìn)行t檢驗(yàn)，P＜0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2.結(jié)果

2.1 miR-486在dbDEMC 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)

在dbDEMC 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)中分析miR-486在不同腫瘤中的表達(dá)情況，結(jié)果如圖1所示，miR-486在多種腫瘤中表達(dá)下調(diào)，其中包括乳腺癌（BRCA），肝細(xì)胞癌（LIHC），宮頸癌（CECA），胃癌（GSCA），頭頸癌（HNSC），肺癌（LUCA），肉瘤（SCRA）,口腔鱗狀細(xì)胞癌（OSCA）,卵巢癌（OVCA），結(jié)腸直腸癌（CLCA）。其中肺癌中473例腫瘤樣本，45例非腫瘤樣本。

圖1 miR-486在不同腫瘤中的表達(dá)情況

2.2 miR-486在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)

我們?cè)贕EO數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)miR-486在肺鱗癌中的表達(dá)情況進(jìn)行進(jìn)一步分析，檢索“l(fā)ung squamous cell carcinoma”和“microRNA”，納入GSE16025和GSE51853數(shù)據(jù)集分析。GSE16025數(shù)據(jù)集包括61例肺鱗癌組織樣本，10例正常肺組織樣本。GSE51853數(shù)據(jù)集包括29例肺鱗癌組織樣本，5例正常肺組織樣本，下載矩陣將數(shù)據(jù)歸一化后，運(yùn)用GEO2R進(jìn)行分析。結(jié)果見(jiàn)表1所示，發(fā)現(xiàn)miR-486在GSE16025中肺鱗癌組織樣本中表達(dá)下調(diào)（logFC=-1.508,P=3.00E-18），在GSE51853中肺鱗癌組織樣本中表達(dá)亦下調(diào)（logFC=-4.436,P=2.23E-13）。

表1 miR-486在肺鱗癌中的表達(dá)情況

2.3 miR-486對(duì)肺鱗癌的診斷效能

對(duì)GSE16025和GSE51853中的肺鱗癌病人進(jìn)行診斷檢驗(yàn)，結(jié)果見(jiàn)表2所示，曲線(xiàn)下面積＞0.9，說(shuō)明miR-486可以作為肺鱗癌的診斷標(biāo)志物。

表2 miR-486對(duì)肺鱗癌的診斷效能

2.4 miR-486的表達(dá)與肺鱗癌預(yù)后的關(guān)系

對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)473例病人的預(yù)后情況和miR-486的表達(dá)水平的關(guān)系進(jìn)行生存分析，結(jié)果顯示miR-486表達(dá)值與總生存時(shí)間相關(guān)，高表達(dá)患者總生存時(shí)間優(yōu)于低表達(dá)組(P=0.044)（圖2）。

圖2 miR-486的表達(dá)與肺鱗癌預(yù)后的關(guān)系

2.5 miR-486調(diào)控通路研究

運(yùn)用數(shù)據(jù)庫(kù)DianaTools對(duì)靶基因預(yù)測(cè)并富集KEGG通路，探尋miR-486調(diào)控的機(jī)制。結(jié)果顯示靶基因富集在mTOR，PI3K-Akt，p53和HIF-1等與肺鱗癌進(jìn)程相關(guān)的信號(hào)通路上，見(jiàn)表3。

表3 miR-486的靶基因通路分析

3.討論

我們通過(guò)分析dbDEMC 2.0和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中肺鱗癌病人癌組織和癌旁組織miR-486的表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)miR-486在肺鱗癌組織中表達(dá)下調(diào)。結(jié)合病人隨訪(fǎng)數(shù)據(jù)，顯示miR-486低表達(dá)提示肺鱗癌的病人預(yù)后不良。診斷實(shí)驗(yàn)表明miR-486對(duì)肺鱗癌的診斷效能高。靶基因預(yù)測(cè)分析顯示miR-486可能調(diào)控mTOR，PI3K-Akt和HIF-1等信號(hào)通路影響肺鱗癌的發(fā)生發(fā)展。

以往的研究發(fā)現(xiàn)miR-486與多個(gè)腫瘤的發(fā)生發(fā)展相關(guān)。miR-486被發(fā)現(xiàn)在肝細(xì)胞癌病人的組織和血漿中表達(dá)下調(diào)，并且通過(guò)下調(diào)p-AMPK/Sirt1信號(hào)通路阻斷肝癌細(xì)胞細(xì)胞周期，抑制癌細(xì)胞增殖[3]。在乳腺癌中，血清hsa-miR-486-5p被證實(shí)可以作為診斷早期乳腺癌的生物標(biāo)志物,具有較好的臨床應(yīng)用價(jià)值[4]。在胃癌的裸鼠實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ椭?，miR-486明顯抑制裸鼠皮下胃癌細(xì)胞移植瘤的生長(zhǎng)，機(jī)制分析發(fā)現(xiàn)通過(guò)抑制NRP2的表達(dá)發(fā)揮作用[5]。在多種腫瘤的研究結(jié)果與我們?cè)诜西[癌的結(jié)果一致，提示miR-486是一個(gè)腫瘤抑制miRNA。

綜上所述，對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中肺鱗癌癌組織和癌旁組織的miRNA表達(dá)譜和隨訪(fǎng)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)miR-486在肺鱗癌組織中表達(dá)下調(diào)，低表達(dá)的miR-486與肺鱗癌病人的預(yù)后不良相關(guān)并對(duì)肺鱗癌的診斷效果良好，這些發(fā)現(xiàn)有助于對(duì)肺鱗癌的診斷和預(yù)后預(yù)測(cè)提供新的思路。