夏虹,張海月,劉媚娜,李小龍,楊麗紅,王明山
(溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院 醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心,浙江 溫州 325015)
遺傳性纖溶酶原缺陷癥是由纖溶酶原(plasminogen,PLG)水平降低引起的全身性疾病。該疾病目前分為2種類型,I型缺陷癥患者PLG抗原和活性同步降低,是一種罕見的常染色體隱性遺傳疾?。籌I型缺陷癥患者PLG抗原水平正常但活性降低,一般呈常染色體顯性或不完全顯性遺傳[1-2]。本研究通過對(duì)1例PLG缺陷癥患者的家系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室表型與基因突變檢測(cè),初步探討其發(fā)病的分子遺傳學(xué)機(jī)制。
1.1 對(duì)象 先證者,女,23歲,漢族,懷孕1月余,因既往不明原因胎停2次,于溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院門診要求相關(guān)檢查?;颊咦允黾韧陆?jīng)規(guī)律,無血栓史,無其他明顯出血癥狀,無長(zhǎng)期服用藥物史,無肝腎功能異常。否認(rèn)父母近親結(jié)婚及其家系成員血栓出血史,該家系3代共4名成員(見圖1)。收集本院100 名健康對(duì)照者的外周血標(biāo)本做對(duì)照,其中男58名,女42名,年齡(35±12)歲,均無肝腎功能異常,無血栓出血史。本研究經(jīng)本院醫(yī)學(xué)倫理委員會(huì)審批,在知情同意的情況下,對(duì)上述人員采集血樣。
圖1 遺傳性纖溶酶原缺陷癥家系圖
1.2 方法
1.2.1 樣本采集與處理:采集該家系3代4名成員的外周靜脈血2.7 mL,以0.109 mol/L枸櫞酸鈉1:9抗凝,3 000 r/min離心10 min,取上層貧血小板血漿用于凝血指標(biāo)檢測(cè),下層血細(xì)胞用于提取基因組DNA,并進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測(cè)序。
1.2.2 凝血指標(biāo)檢測(cè):凝血酶原時(shí)間(prothrombin time,PT)、活化部分凝血活酶時(shí)間(activated partial thromboplastin time,APTT)、凝血酶時(shí)間(thrombin time,TT)、纖維蛋白原(fibrinogen, FIB)、蛋白S活性(protein S activity,PS:A)采用凝固法檢測(cè);D-二聚體(D-dimer,D-D)、纖維蛋白(原)降解產(chǎn)物(fibrinogen degradation product,F(xiàn)DP)采用免疫比濁法檢測(cè);抗凝血酶活性(antithrombin activity,AT:A)、蛋白C活性(protein C activity,PC:A)、纖溶酶原活性(plasminogen activity,PLG:A)采用發(fā)色底物法檢測(cè)。以上指標(biāo)均在STA-R全自動(dòng)血凝儀上測(cè)定。纖溶酶原抗原(plasminogen antigen,PLG:Ag)采用酶聯(lián)免疫吸附法測(cè)定。以上所有操作步驟僅遵試劑說明書進(jìn)行。
1.2.3 DNA提取及PCR擴(kuò)增:應(yīng)用非離心柱型基因組DNA提取系統(tǒng)抽提先證者及其家系成員外周血基因組DNA,并用DU800核酸蛋白分析儀檢測(cè)基因組DNA的純度和濃度。參照文獻(xiàn)[3]設(shè)計(jì)合成PCR引物(由上海桑尼生物科技有限公司合成)。
1.2.4 DNA測(cè)序分析:PCR擴(kuò)增產(chǎn)物割膠回收送上海桑尼生物工程有限公司進(jìn)行測(cè)序。用Chromas軟件將測(cè)序所得結(jié)果與美國(guó)NCBI基因庫(kù)公布的PLG基因序列(GenBank AY192161.1)進(jìn)行比對(duì),尋找基因突變位點(diǎn),反向測(cè)序予以確認(rèn)。其他家系成員在先證者明確基因突變位點(diǎn)后,再進(jìn)行相應(yīng)突變位點(diǎn)區(qū)域的PCR擴(kuò)增及測(cè)序。
1.2.5 生物信息學(xué)技術(shù)分析:應(yīng)用ClustalX-2.1-win軟件將突變氨基酸進(jìn)行同源物種序列保守性分析;利用PolyPhen-2、PROVEAN、SIFT和Mutation Taster 4 個(gè)生物信息學(xué)軟件在線分析突變氨基酸對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響,參考范圍及解釋如下:Poly-Phen-2:0~1,評(píng)分越接近1,有害突變可能性越大;PROVEAN:分?jǐn)?shù)≤-2.5(有害的),>-2.5(中性的);SIFT:0~1,≤0.05表明有害突變,>0.05表明良性突變;MutationTaster:0~1,分?jǐn)?shù)越接近1,該變異對(duì)蛋白序列的影響越“有害”;運(yùn)用Swiss-Pdb Viewer 4.1.0軟件,基于已知的PLG結(jié)構(gòu)模型,對(duì)突變的蛋白建模進(jìn)行比對(duì)分析。
2.1 實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)結(jié)果 先證者及其家系成員PT、APTT、TT、FIB、D-D、FDP、PLG:Ag、AT:A、PC:A和PS:A基本在正常范圍內(nèi),其母親PLG:A正常;先證者和其祖父、父親PLG:A均降低為正常值的50%左右,初步認(rèn)為3人均屬于PLG:Ag水平正常但活性水平低的II型缺陷癥患者,見表1。
2.2 DNA測(cè)序結(jié)果 基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)先證者第15號(hào)外顯子編碼第601位氨基酸的堿基發(fā)生c.1858G>A雜合錯(cuò)義突變,導(dǎo)致丙氨酸轉(zhuǎn)為蘇氨酸(Ala601Thr),見圖2;其祖父和父親具有同樣的基因突變,均為c.1858G>A雜合錯(cuò)義突變,家系成員基因型檢測(cè)結(jié)果見圖1和表1。
表1 先證者及其家系成員凝血指標(biāo)及基因突變檢測(cè)結(jié)果
圖2 PLG 基因測(cè)序結(jié)果
2.3 生物信息學(xué)技術(shù)分析結(jié)果
2.3.1 同源序列保守性分析結(jié)果:人類PLG基因與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中提供的其他10個(gè)同源物種的氨基酸序列進(jìn)行多重比對(duì),結(jié)果顯示Ala601在這11個(gè)物種間高度保守,見圖3。
2.3.2 突變對(duì)蛋白影響力評(píng)估:4 個(gè)在線生物信息學(xué)軟件PolyPhen-2、PROVEAN、SIFT和Mutation Taster分析PLG基因錯(cuò)義突變p.Ala601Thr對(duì)蛋白的影響程度,通過評(píng)分進(jìn)行功能預(yù)測(cè),4個(gè)軟件預(yù)測(cè)結(jié)果保持一致。PolyPhen-2評(píng)分結(jié)果為0.989分,預(yù)示此突變很可能是有害突變;PROVEAN評(píng)分結(jié)果為-2.774分,預(yù)示此突變是有害的;SIFT評(píng)分結(jié)果為0分,預(yù)示此突變可影響蛋白質(zhì)的功能;Mutation Taster評(píng)分結(jié)果為0.999分,預(yù)示此突變可引起相應(yīng)疾病。
圖3 PLG 基因同源物種多重序列比對(duì)結(jié)果
2.3.3 蛋白質(zhì)模型分析結(jié)果:在野生型PLG蛋白中,Ala601可與相鄰的Thr600形成2個(gè)氫鍵,與Cys604形成1個(gè)氫鍵(見圖4A);當(dāng)Ala601突變?yōu)門hr601時(shí),Thr601分子的側(cè)鏈變長(zhǎng),空間結(jié)構(gòu)模型分析顯示其延長(zhǎng)的側(cè)鏈與空間折疊的Asp646形成2個(gè)氫鍵,并與His603形成1個(gè)氫鍵,見圖4B。突變前后的氨基酸氫鍵發(fā)生變化。
編碼PLG的基因位于人類第6號(hào)染色體長(zhǎng)臂6q26- 6q27位置,長(zhǎng)52.5 kb,包含18個(gè)內(nèi)含子和19個(gè)外顯子,共編碼791個(gè)氨基酸[4]。關(guān)于遺傳性纖溶酶原缺陷癥分子發(fā)病機(jī)制的研究目前仍較少,截至到2018年3月為止,國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)已報(bào)道了約75種與PLG缺陷有關(guān)的基因突變。該病例研究在國(guó)內(nèi)較為罕見,在我國(guó)報(bào)道過的該類遺傳性疾病僅有1例[3]。
圖4 Ala601Thr突變蛋白質(zhì)模型分析圖
本研究對(duì)一個(gè)遺傳性纖溶酶原缺陷癥的罕見病例家系進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)PLG基因第15號(hào)外顯子存在c.1858G>A雜合錯(cuò)義突變,導(dǎo)致p.Ala601Thr。該家系的先證者是一名23 歲已婚中國(guó)女性,因既往不明原因胎停2次,經(jīng)生殖中心做試管嬰兒,孕1個(gè)月余,特于門診要求相關(guān)檢查。檢查結(jié)果顯示其PLG:A降低,PLG:Ag水平正常;基因分析發(fā)現(xiàn)其為Ala601Thr突變雜合子。對(duì)其家系成員進(jìn)行檢查,發(fā)現(xiàn)其祖父和父親PLG:A均降低為正常值的50%左右,PLG:Ag含量正常;基因測(cè)序結(jié)果顯示祖孫3人均攜帶Ala601Thr雜合突變。先證者母親凝血各項(xiàng)指標(biāo)正常,PLG:A和PLG:Ag水平也均正常,基因測(cè)序結(jié)果顯示為此突變野生型。由于祖孫三代PLG:A降低,而PLG:Ag水平正常,初步認(rèn)為3人均屬于PLG:Ag水平正常但活性水平降低的II型缺陷癥患者。其父親和祖父既往亦無血栓史,符合常染色體不完全顯性遺傳的方式。
第1 例II型PLG缺陷癥導(dǎo)致血栓形成的病例由AOKI等[5]于1978年報(bào)道,該先證者自15歲腳部挫傷后,不間斷地出現(xiàn)血栓復(fù)發(fā)的癥狀16年有余。第1 例I型PLG缺陷癥導(dǎo)致血栓復(fù)發(fā)形成的病例由 LOTTENBERG等[6]于1985年報(bào)道,該先證者為一名24歲美國(guó)男性,其患有深靜脈血栓和肺動(dòng)脈高壓,PLG:Ag的含量和活性均降低為正常值的30%。大家普遍認(rèn)為這2種PLG缺陷癥的類型與血栓復(fù)發(fā)形成密切相關(guān)[7-10]。本研究先證者孕1個(gè)月余,既往不明原因停胎2 次,此次受孕,B超顯示子宮螺旋動(dòng)脈的血流阻力指數(shù)增高。國(guó)外有研究發(fā)現(xiàn),在受精卵成功著床后,子宮螺旋動(dòng)脈開始被滋養(yǎng)細(xì)胞不斷侵蝕,進(jìn)而導(dǎo)致管腔擴(kuò)大,隨之子宮動(dòng)脈血流阻力進(jìn)行性降低來滿足妊娠時(shí)期的血氧供應(yīng)[11-12]。特別在早孕時(shí)期,胚胎的發(fā)育依賴于子宮動(dòng)脈的血流灌注,子宮動(dòng)脈血流若灌注不足,即可能導(dǎo)致妊娠期高血壓、胚胎停育等不良妊娠結(jié)局,但是如果異常血流能夠在早期得到糾正,妊娠結(jié)局會(huì)顯著改 善[13]。該先證者為II型PLG缺陷癥,前2 次早孕時(shí)期均處于血栓前高凝狀態(tài),子宮螺旋動(dòng)脈的血流阻力指數(shù)增高,流速降低,供應(yīng)胎兒血流減少,營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和氧氣無法滿足胎兒生長(zhǎng)發(fā)育所需,最終導(dǎo)致胎停發(fā)生。此次受孕,積極查找發(fā)現(xiàn)復(fù)發(fā)性流產(chǎn)的原因后,予以抗栓治療,現(xiàn)已成功保胎亟待分娩。
本研究采用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)p.Ala601Thr突變進(jìn)行進(jìn)一步分析。通過同源物種多重序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)Ala601在其11個(gè)同源物種間高度保守,說明它是PLG分子一個(gè)重要的功能性位點(diǎn),在PLG蛋白質(zhì)發(fā)揮正常功能中起著相關(guān)作用。4個(gè)在線生物信息學(xué)的預(yù)測(cè)軟件分析都表明此突變?yōu)橛泻ν蛔儯谝欢ǔ潭壬夏苡绊懙鞍踪|(zhì)的功能,并引起相應(yīng)疾病,這與保守性分析結(jié)果一致。當(dāng)Ala601被Thr601取代時(shí),Thr601側(cè)鏈與PLG分子的催化活性位點(diǎn)三聯(lián)體之一的His603形成1個(gè)氫鍵,使His603殘基的電荷分布被擾亂,導(dǎo)致異常PLG不能發(fā)生與正常催化過程相關(guān)的質(zhì)子轉(zhuǎn)移;Thr601側(cè)鏈還與PLG分子的另一個(gè)催化活性位點(diǎn)Asp646形成2個(gè)氫鍵,電荷分布的變化,導(dǎo)致此活性位點(diǎn)的正常折疊受到立體位阻的影響,空間構(gòu)象發(fā)生變化[14]。突變形成的結(jié)構(gòu)及功能異常的蛋白質(zhì),其催化活性位點(diǎn)His603側(cè)鏈與Asp646側(cè)鏈的性質(zhì)改變,導(dǎo)致酶活性喪失,是此家系成員PLG活性水平降低的主要原因。
綜上所述,本研究通過對(duì)一個(gè)II型遺傳性PLG缺陷癥家系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)和基因突變分析,并運(yùn)用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)其突變基因進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)先證者家系為國(guó)內(nèi)已報(bào)道過的錯(cuò)義突變p.Ala601Thr 雜合子,而先證者復(fù)發(fā)性流產(chǎn)的原因可能與此突變引起的PLG活性降低繼而導(dǎo)致的子宮動(dòng)脈血流阻力增加有關(guān)。