章水晶 舒馨馨 杜仲燕
帕金森病是繼阿爾茲海默病之后的第二大類神經(jīng)系統(tǒng)變性疾病,為一種常見(jiàn)的神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾?。?]。目前我國(guó)發(fā)病率逐年上升,現(xiàn)已有大約200萬(wàn)PD患者[2],預(yù)計(jì)至2030年帕金森病患者將達(dá)500萬(wàn)人[3]。迄今為止,尚無(wú)有效而又安全的藥物,以復(fù)方左旋多巴為代表的藥物是目前治療帕金森病最基礎(chǔ)的口服藥物,但長(zhǎng)期服用左旋多巴替代療效有限[4],不能有效阻止病情的發(fā)展。近年大量研究表明,中醫(yī)中藥能有效改善患者臨床癥狀,不良反應(yīng)較少,逐漸成為研究的重點(diǎn)和熱點(diǎn)[5]。帕金森病的主要病機(jī)是氣血虧虛、肝腎陰虛、夾風(fēng)火痰瘀[6]。本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,對(duì)補(bǔ)陽(yáng)還五湯多成分、多靶點(diǎn)與帕金森病的復(fù)雜網(wǎng)狀關(guān)系進(jìn)行研究,旨在為揭示補(bǔ)陽(yáng)還五湯作用機(jī)制的科學(xué)內(nèi)涵提供參考。
1.1 補(bǔ)陽(yáng)還五湯所含化學(xué)成分的收集與處理 本研究采用中藥分子作用機(jī)制的生物信息學(xué)分析工具(BATMAN-TCM,http://bionet.ncpsb.org/batmantcm/),以HUANG QI、TAO REN、HONG HUA、CHI SHAO、CHUAN XIONG、DANG GUI、DI LONG為關(guān)鍵詞,檢索補(bǔ)陽(yáng)還五湯的全部化學(xué)成分。
1.2 預(yù)測(cè)靶標(biāo)基因 靶標(biāo)基因預(yù)測(cè)通過(guò)計(jì)算“入血化合物-靶標(biāo)”與“已知藥物-靶標(biāo)”之間的相似性得分(score)獲得,在BATMAN-TCM平臺(tái)中設(shè)置以score≥20的靶標(biāo)作為化合物的靶標(biāo)基因。
1.3 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)的構(gòu)建 為說(shuō)明靶點(diǎn)蛋白在系統(tǒng)水平上的作用,將補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的相關(guān)作用靶點(diǎn)上傳至在線STRING軟件(http://string-db.org)。
1.4 網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析 根據(jù)上述預(yù)測(cè)結(jié)果,使用Cytoscape軟件中的關(guān)聯(lián)功能(Merge)將篩選出的活性成分、潛在靶點(diǎn)以及與靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)的疾病信息構(gòu)建一個(gè)藥物-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)。在生成的網(wǎng)絡(luò)中,節(jié)點(diǎn)代表化合物、蛋白質(zhì)或疾病,邊代表化合物-靶點(diǎn)以及靶點(diǎn)-疾病相互作用。
2.1 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的靶點(diǎn)篩選 檢索BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn),補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的靶點(diǎn)共18個(gè),如表1所示為補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病對(duì)應(yīng)靶點(diǎn),與帕金森病經(jīng)典通路基本吻合(P<0.05)。
表1 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)(score≥20)
2.2 補(bǔ)陽(yáng)還五湯的活性成分篩選 通過(guò)BATMANTCM數(shù)據(jù)庫(kù)中整理出補(bǔ)陽(yáng)還五湯中共454個(gè)化合物,手動(dòng)篩選補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)的成分共201個(gè)。如表2所示,其中若一個(gè)靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)>3個(gè)靶成分下表只則列出前3個(gè)成分,其中主要涉及了百里香酚、十五烷醇、癸酸等(P<0.05)。
2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 為了更好地理解補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的作用機(jī)制,基于PPI關(guān)系,利用STRING軟件構(gòu)建了補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病相關(guān)靶點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò),結(jié)果見(jiàn)圖1。PPI網(wǎng)絡(luò)包含18個(gè)蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn),22條相互作用關(guān)系(連線),其中3個(gè)蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn)無(wú)相互作用關(guān)系。
圖1 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病相關(guān)靶點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò)
2.4 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析 使用Cytoscape軟件構(gòu)建在帕金森病方向補(bǔ)陽(yáng)還五湯活性成分-作用靶點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)模型,如圖2所示。從圖中可以看出,111個(gè)活性成分的15個(gè)潛在靶點(diǎn)對(duì)比到帕金森病上,不同的活性成分可作用于相同的靶點(diǎn),也可作用于不同的靶點(diǎn),充分體現(xiàn)了補(bǔ)陽(yáng)還五湯多成分、多靶點(diǎn)的作用機(jī)制。
圖2 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的靶點(diǎn)-成分網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖
表2 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)成分(score≥20)
2.5 候選靶標(biāo)基因功能分析 根據(jù)補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病相關(guān)的靶基因,對(duì)候選靶標(biāo)進(jìn)行基因分析,得到候選靶標(biāo)具有的功能信息,按P值選取了前10,見(jiàn)表3,結(jié)果發(fā)現(xiàn)其功能涉及小分子代謝過(guò)程、細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)、氧化還原酶活性、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性、轉(zhuǎn)運(yùn)、恒定作用等。
表3 補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病候選靶標(biāo)參與的基因功能信息
補(bǔ)陽(yáng)還五湯來(lái)源于清代名醫(yī)王清任的著作《醫(yī)林改錯(cuò)》,王氏認(rèn)為:“元?dú)饧忍?,必不能達(dá)于血管,血管無(wú)氣,必停留而瘀”,該方由補(bǔ)氣藥與活血化瘀藥相配伍,由黃芪、桃仁、紅花、赤芍、川芎、當(dāng)歸、地龍等7味藥材組成。方中重用黃芪為君藥,大補(bǔ)脾胃中氣以資化源,固攝經(jīng)絡(luò)真氣以節(jié)散流,使氣旺則血行,祛瘀而不傷正。當(dāng)歸為臣藥,長(zhǎng)于活血,兼能養(yǎng)血,有化瘀而不傷血之妙。川芎、赤芍、桃仁、紅花為佐藥,助當(dāng)歸活血化瘀以治標(biāo)。更佐地龍與生黃芪配合,增強(qiáng)補(bǔ)氣通絡(luò)之力,使藥力能周行全身。諸藥合用具有補(bǔ)氣、活血和通絡(luò)3個(gè)方面的功效。補(bǔ)陽(yáng)還五湯古代主要用于治療中風(fēng)、半身不遂、口眼歪斜、語(yǔ)言謇澀、口角流涎、大便干燥、小便頻數(shù)和遺尿不禁等[7],現(xiàn)代臨床廣泛用于治療腦梗死、帕金森病等神經(jīng)系統(tǒng)疾病,療效顯著。彭根興等[8]研究得出結(jié)論:補(bǔ)陽(yáng)還五湯對(duì)帕金森病臨床療效顯著。但由于中藥復(fù)方化學(xué)成分的復(fù)雜性和功能主治的多樣性,補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的作用機(jī)制尚不明確。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作為中藥研究的學(xué)科前沿,融合了系統(tǒng)生物學(xué)、多向藥理學(xué)、計(jì)算生物學(xué)、網(wǎng)絡(luò)分析等多學(xué)科的技術(shù)和內(nèi)容[9],主要包括活性成分的篩選、作用靶點(diǎn)的獲取、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析3個(gè)部分。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過(guò)構(gòu)建活性成分-靶點(diǎn)、靶點(diǎn)-靶點(diǎn)、成分-靶點(diǎn)-疾病、成分-靶點(diǎn)-通路等網(wǎng)絡(luò),充分利用基因、靶點(diǎn)等大數(shù)據(jù),系統(tǒng)綜合地來(lái)闡明藥物的作用機(jī)制,非常適合于多成分、多靶點(diǎn)的中藥復(fù)方作用機(jī)制的研究[10-11]。與基礎(chǔ)藥理學(xué)最大的不同在于,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是緊密結(jié)合系統(tǒng)生物學(xué)與生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析等來(lái)闡釋藥效、藥物毒性及代謝特點(diǎn),是從整體觀的角度認(rèn)識(shí)藥物與機(jī)體的相互作用并指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)。
中醫(yī)藥有著幾千年的歷史,蘊(yùn)藏著巨大的新藥創(chuàng)制資源,是未來(lái)個(gè)體化醫(yī)療發(fā)展、多靶點(diǎn)藥物發(fā)現(xiàn)的源泉。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)基于“疾病-基因-靶點(diǎn)-藥物”相互作用網(wǎng)絡(luò),系統(tǒng)綜合地觀察藥物對(duì)疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)與影響,從而揭示藥物協(xié)同作用于人體的奧秘。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究策略符合中醫(yī)藥學(xué)對(duì)疾病整體性的認(rèn)識(shí),既體現(xiàn)前沿科技的特點(diǎn),又適于結(jié)合中醫(yī)藥核心理論,有利于篩選中藥的有效成分及闡釋中藥的作用機(jī)制,有利于發(fā)現(xiàn)中藥的組效關(guān)系及其方劑配伍規(guī)律,有利于為中醫(yī)藥的創(chuàng)新發(fā)展提供新的科學(xué)依據(jù),有助于中藥的新藥創(chuàng)制[12]。
本研究采用BATMAN-TCM平臺(tái)篩選出補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的活性成分111個(gè),百里香酚、十五烷醇、癸酸、欖香烯、香葦醇乙酸酯、月桂烯、甲酚等成分直接、間接地作用于多種神經(jīng)遞質(zhì),包括乙酰膽堿酯酶、載脂蛋白e、丁酰膽堿酯酶、緩激肽B2受體、羧酸酯酶1、膽堿能受體1等,涉及小分子代謝過(guò)程、細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)、氧化還原酶活性、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性等GO生物過(guò)程子簇。乙酰膽堿酯酶、載脂蛋白e等靶點(diǎn)可能是導(dǎo)致帕金森病的主要原因[13],由此推測(cè)補(bǔ)陽(yáng)還五湯主要通過(guò)作用上述受體及對(duì)應(yīng)信號(hào)通路來(lái)治療帕金森病。
綜上所述,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究策略對(duì)補(bǔ)陽(yáng)還五湯進(jìn)行化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建、靶點(diǎn)預(yù)測(cè)、藥物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析并,分析了GO生物過(guò)程,初步闡明了補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的作用機(jī)制,對(duì)全面、深入研究補(bǔ)陽(yáng)還五湯治療帕金森病的作用機(jī)制具有重要的指導(dǎo)意義。中醫(yī)藥的研究隨著網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在數(shù)據(jù)積累、計(jì)算與實(shí)驗(yàn)方法的深入交叉、各種組學(xué)技術(shù)以及高內(nèi)涵/高通量技術(shù)的發(fā)展,便于其從整體的角度,用在線構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)的方法研究中藥分子基礎(chǔ)及多靶點(diǎn)、多途徑的協(xié)同作用,并用網(wǎng)絡(luò)的形式直觀地呈現(xiàn)出來(lái),這種研究方法為傳統(tǒng)中藥的發(fā)展及中藥新藥的開(kāi)發(fā)提供了有力支撐。