高志強(qiáng),汪 琳,尹 羿,張 偉,蒲 靜,趙相鵬,任 彤
(北京海關(guān)技術(shù)中心,北京 101113)
馬 梨 形 蟲 病(equinE piroplasmosis,EP)又稱馬焦蟲病,是由蜱傳播的馬科動物血液原蟲病。該病病原有兩種,分別為馬泰勒蟲(Theileria equi)和駑巴貝斯蟲(Babesia caballi)[1],其中的任何一種都可引起馬科動物的急性感染,主要表現(xiàn)為發(fā)熱、溶血性貧血、血紅蛋白尿、黃疸、脾腫大,甚至死亡。有證據(jù)表明,馬泰勒蟲可經(jīng)胎盤由母馬傳播給胎兒,造成流產(chǎn)、死產(chǎn)或新生幼駒梨形蟲病[2]。
無明顯臨床癥狀的隱性帶蟲馬科動物進(jìn)入本病非疫區(qū)是造成本病傳播的主要原因[2]。因此,各國想要保持無EP 狀態(tài),必須制定法規(guī),防止感染動物進(jìn)入。在國際馬匹交易及相關(guān)活動中,均要求進(jìn)行EP 檢測[3-4]。對于隱性帶蟲馬科動物,采用特異敏感的檢測方法進(jìn)行檢測非常必要。
cELISA 方法目前已廣泛應(yīng)用于進(jìn)出口馬匹的檢疫。馬泰勒蟲cELISA 檢測方法,是使用了重組馬泰勒蟲裂殖子抗原1(EMA-1)蛋白和特異性單克隆抗體建立的,是檢測動物感染抗體的成熟和敏感方法,能夠檢出不同地域的馬泰勒蟲抗體[5]。駑巴貝斯蟲cELISA 檢測方法,目前是使用了棒狀體相關(guān)蛋白1(RAP-1)及其特異性單克隆抗體建立的[6]。
隨著EP 病原分子生物學(xué)的發(fā)展,一些針對馬泰勒蟲和駑巴貝斯蟲基因組特異位點擴(kuò)增的檢測方法也相繼出現(xiàn),如PCR、套式PCR、LAMP 以及定量PCR 等。本研究通過對國內(nèi)外不同地理區(qū)域的馬泰勒蟲EMA1 基因以及駑巴貝斯蟲18S rRNA進(jìn)行序列比對,設(shè)計2 套帶有不同熒光素標(biāo)記的MGB 引物探針,經(jīng)體系優(yōu)化,建立了可同時檢測馬泰勒蟲和駑巴貝斯蟲的雙重?zé)晒釶CR檢測方法,并應(yīng)用該方法,對10 份進(jìn)口馬全血和20 份馬血清進(jìn)行了檢測。
1.1.1 病毒核酸及被檢樣品 西尼羅病毒(West Nile virus)NY-99、馬動脈炎病毒CVL Bucyrus、馬流感病毒A/Equine/Xibei/1/2007(H3N8)、東部馬腦脊髓炎病毒ssp. North American variant、西部馬腦脊髓炎病毒McMillan 等病原的cDNA 以及馬皰疹病毒1型、馬鏈球菌獸疫亞種(C55100)的核酸,均為本實驗室保存;2018 年進(jìn)口的20 份馬血清及10 份馬全血,由本實驗室收集保存。
1.1.2 主要試劑 血液/組織/細(xì)胞基因組提取試劑盒(DP304),購自天根生化科技有限公司;Ex HS Taq DNA 聚合酶、dNTP 等,購自TaKaRa 公司;核酸純化柱及套管,購自上海生工。
1.1.3 主要設(shè)備 7500 熒光PCR 儀以及AB 9700 PCR 儀,均為AB 公司產(chǎn)品;毛細(xì)管電泳儀QIAxcel,為QIAGEN 公司產(chǎn)品。
1.2.1 引物和探針合成 對于馬泰勒蟲,隨機(jī)選取不同地域的EMA1 基因進(jìn)行序列比對,選取保守位置,設(shè)計引物探針(圖1);對于駑巴貝斯蟲,則比對馬泰勒蟲和駑巴貝斯蟲的18S rRNA 序列,僅在駑巴貝斯蟲間保守的位置,設(shè)計引物探針(圖2)。同時合成一對可用于擴(kuò)增馬泰勒蟲的完整EMA1 基因引物,引物探針名稱、序列及靶基因見表1。
表1 引物、探針的名稱、序列及靶基因
圖1 馬泰勒蟲引物探針設(shè)計區(qū)域的序列比對
圖2 駑巴貝斯蟲引物探針設(shè)計區(qū)域的序列比對
1.2.2 反應(yīng)條件優(yōu)化 通過AB7500 設(shè)備,對各組分濃度進(jìn)行優(yōu)化,并對最優(yōu)反應(yīng)參數(shù)進(jìn)行篩選。
1.2.3 靈敏度試驗 將經(jīng)測定計算的已知拷貝數(shù)的質(zhì)粒DNA pGEM-T-EMA1 和pSKII-18SrRNA 作10 倍系列稀釋,應(yīng)用優(yōu)化的反應(yīng)體系進(jìn)行檢測,確定建立方法的分析靈敏度。
1.2.4 檢測標(biāo)準(zhǔn)曲線建立 對質(zhì)量濃度分別為8.7×10-4~8.7×103ng/mL 和1.0×10-3~1.0×103ng/mL的pGEM-T-EMA1 和pSKII-18SrRNA 的質(zhì)粒DNA進(jìn)行檢測,以Ct 平均值為縱軸,質(zhì)粒質(zhì)量濃度為橫軸,進(jìn)行線性回歸分析并作標(biāo)準(zhǔn)曲線,計算回歸系數(shù)(R2)和PCR 擴(kuò)增效率。
1.2.5 特異性試驗 應(yīng)用建立的反應(yīng)體系,對西尼羅病毒NY-99、馬動脈炎病毒CVL Bucyrus、馬流感病毒A/Equine/Xibei/1/2007(H3N8)、東部馬腦脊髓炎病毒ssp. North American variant、西部馬腦脊髓炎病毒McMillan 等病原的cDNA 以及馬皰疹病毒1 型、馬鏈球菌獸疫亞種(C55100)的核酸進(jìn)行檢測,以驗證方法的特異性。
1.2.6 樣品檢測 應(yīng)用建立的方法,對20 份進(jìn)口馬血清及10 份馬全血,進(jìn)行實際應(yīng)用檢測。
1.2.7 馬泰勒蟲陽性樣品EMA1 全基因擴(kuò)增 使用表1 中的引物,對TeEMA1-S/TeEMA1-R,進(jìn)一步對熒光PCR 檢測為陽性的2 份馬泰勒蟲樣品進(jìn)行擴(kuò)增,采用50 μL 體系,每個反應(yīng)體系均包含1×PCR Buffer、3.0 mmol/L MgCl2、200 nmol/L dNTP、0.8 μmol/L TeEMA1-S/TeEMA1-R 引物以及2.5 U Taq DNA 聚合酶、5 μL 模板DNA。反應(yīng)參數(shù)為:94 ℃ 3 min;94 ℃ 30 s,58 ℃ 30 s,72 ℃1 min,35 個循環(huán);72 ℃最后延伸10 min。擴(kuò)增后取PCR 產(chǎn)物5 μL,用2%瓊脂糖凝膠電泳。
1.2.8 目的片段克隆、測序和序列分析 將PCR 產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后切膠回收目的片段,按照說明書克隆入pGEM-T 載體,轉(zhuǎn)化Top10 感受態(tài)細(xì)胞,對每個陽性質(zhì)粒各挑取2 個克隆進(jìn)行序列測定。對EMA1 基因序列和推導(dǎo)氨基酸序列進(jìn)行變異分析。將測定獲得的2 個EMA1 基因序列與NCBI 獲取的全部23 個馬泰勒蟲完整EMA1 基因序列進(jìn)行比對,使用Lasergene 7.0 繪制進(jìn)化樹。
經(jīng)優(yōu)化確立的反應(yīng)體系為:每個反應(yīng)體系均包 含1×Ex TaqPCR Buffer、200 nmol/L dNTP、0.4 μmol/L 引物、0.2 μmol/L 檢測探針。反應(yīng)參數(shù)為:95 ℃ 3 min;94 ℃ 10 s,57 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,40 個循環(huán)。每個循環(huán)72 ℃時收集熒光信號。
該建立的雙重反應(yīng)體系可以檢出22 拷貝的馬泰勒蟲質(zhì)粒DNA(圖3-A)和31 拷貝的駑巴貝斯蟲質(zhì)粒DNA(圖3-B),表明方法的靈敏度可以滿足要求。
圖3 靈敏度試驗結(jié)果
對已知濃度的質(zhì)粒DNA 進(jìn)行檢測,將檢測結(jié)果經(jīng)計算后進(jìn)行線性回歸,獲得的相關(guān)數(shù)據(jù)及方程圖形見圖4,發(fā)現(xiàn)PCR 反應(yīng)效率分別為92.125%和98.088%,表明建立的方法擴(kuò)增效率較高。
應(yīng)用建立的檢測反應(yīng)體系,對西尼羅病毒NY-99、馬動脈炎病毒CVL Bucyrus、馬流感病毒A/Equine/Xibei/1/2007(H3N8)、東部馬腦脊髓炎病毒ssp. North American variant、西部馬腦脊髓炎病毒McMillan 等病原的cDNA 以及馬皰疹病毒1 型、馬鏈球菌獸疫亞種(C55100)的核酸進(jìn)行檢測,結(jié)果顯示建立的檢測方法與上述病原核酸無交叉反應(yīng)。
圖4 回歸分析及獲得的方程圖形
應(yīng)用建立的方法,對2018 年進(jìn)口的20 份馬血清及10 份馬全血進(jìn)行檢測,結(jié)果檢出2 份馬全血為馬泰勒蟲陽性(編號8 和9);進(jìn)一步使用毛細(xì)管電泳,對PCR 產(chǎn)物進(jìn)行分析,觀察到了預(yù)期大小的目的片段(圖5)。
采用TeEMA1-S 和TeEMA1-R,經(jīng)PCR 成功擴(kuò)增了8 號和9 號全長 EMA1 基因(圖6);將其克隆入pGEM-T,質(zhì)粒經(jīng)菌落PCR 鑒定后,證明2 個樣品的EMA1 基因成功克隆入質(zhì)粒載體,分別命名為pGEM-T-EMA1-8 和pGEM-T-EMA1-9。
圖5 送檢樣品的熒光PCR 檢測結(jié)果
圖6 2 個樣品EMA1 基因PCR 擴(kuò)增結(jié)果
測序結(jié)果經(jīng)blast 分析顯示,目的片段均為馬泰勒蟲EMA1 基因,與預(yù)期一致,長度均為819 nt,編碼273 個氨基酸,二者序列相似性為98.9%。對其推導(dǎo)氨基酸序列進(jìn)行比對,發(fā)現(xiàn)存在6 處氨基酸突變,顯示兩個樣品中的EMA1 基因并不完全一致(圖7)。
使用Lasergene 7.0 MegAlign,將測得的2 個EMA1 序列與NCBI 獲取的全部23 個馬泰勒蟲完整EMA1 基因序列進(jìn)行了比對,并繪制了進(jìn)化樹(圖8)。結(jié)果顯示,2 個序列處于不同分支,提示基因可能來自不同的馬泰勒蟲蟲株。
圖7 EMA1 推導(dǎo)氨基酸序列比對結(jié)果
圖8 EMA1 序列的進(jìn)化分析結(jié)果
本研究針對馬泰勒蟲EMA1 基因和駑貝貝斯蟲18S rRNA 靶基因,采用MGB 雙標(biāo)記探針,建立了一套可快速檢測2 種馬梨形蟲病病原的雙重?zé)晒釶CR 方法,并初步評價和驗證了方法的有效性。研究顯示,該方法靈敏、特異,與其他馬病病原核酸無交叉反應(yīng)。應(yīng)用建立的方法,從2 份馬泰勒蟲抗體陽性全血中檢出蟲體核酸;進(jìn)一步對2 份陽性樣品的馬泰勒蟲EMA1 全基因進(jìn)行擴(kuò)增、克隆和序列分析,發(fā)現(xiàn)2 個序列存在差異,表明其可能來自不同的馬泰勒蟲蟲株。
有研究顯示,馬泰勒蟲流行地區(qū)的cELISA 確認(rèn)陽性病例往往蟲體核酸檢測也呈陽性,而且抗體陰性馬匹也可能呈蟲體核酸陽性,表明核酸檢測方法對馬泰勒蟲具有較高的診斷敏感性,而且核酸檢測可能比cELISA 方法具有更高的敏感性[7]。本研究對2 份馬泰勒蟲cELISA 抗體陽性動物的全血檢測為蟲體核酸陽性,與相關(guān)報道一致,顯示馬血中馬泰勒蟲抗體和蟲體可同時存在。研究還表明,目前馬泰勒蟲核酸檢測的靶基因主要為18S rRNA 和EMA1 基因,二者檢測結(jié)果基本一致。而馬泰勒蟲EMA1 特定序列在蟲體內(nèi)為單拷貝,因此本研究選擇了該基因進(jìn)行引物探針設(shè)計。由于建立方法的靈敏度和PCR 反應(yīng)效率較高,因此針對該基因的熒光定量PCR 方法可用于蟲體的定量分析。
對于駑巴貝斯蟲,許多研究表明,cELISA 和核酸分子檢測方法的一致性較差。巴西的一項調(diào)查顯示,抗體陽性馬匹中,18S rRNA 定量PCR 檢測的陽性率僅為13.5%[7]。核酸陽性率與抗體陽性率差異較大也見于水牛的牛巴貝斯蟲(B. bovis)和雙芽巴貝斯(B. bigemina)感染[8]。目前對造成這種檢測差異的原因還沒有徹底弄清。一些研究顯示,駑巴貝斯蟲感染與馬泰勒蟲不同,宿主可能會自行清除駑巴貝斯蟲蟲體,但持續(xù)性的抗體檢出可能是其他蟲體感染引起的非特異性反應(yīng)。本研究對2 份駑巴貝斯蟲抗體陽性馬的核酸檢測結(jié)果為陰性,原因不明。
由于馬梨形蟲病病原感染的靶細(xì)胞為紅細(xì)胞,因此血清中一般不能檢出病原核酸,因此只能采集抗凝血進(jìn)行檢測。但由于一些單位采用肝素抗凝管采集全血,而肝素對PCR 的抑制作用較強(qiáng),而且一般的核酸提取方法并不能去除肝素,因此檢測結(jié)果往往為陰性。本研究同樣發(fā)現(xiàn)血清的核酸檢測結(jié)果均為陰性,而且發(fā)現(xiàn)肝素對PCR 的抑制作用較強(qiáng),但通過洗滌血細(xì)胞和聚乙二醇沉淀法處理提取DNA,可顯著消除肝素對PCR 的抑制作用。