朱德強(qiáng),詹曉北,吳劍榮,鄭志永,趙忠勝,王永遠(yuǎn)
(江南大學(xué),糖化學(xué)與生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇 無錫 214122)
唾液酸(Sialic acid)是一類含有9個(gè)碳原子并具有吡喃糖結(jié)構(gòu)的酸性氨基糖,又稱為神經(jīng)氨酸,系統(tǒng)名為5-氨基-3,5-二脫氧-D-甘油-D-半乳壬酮糖。唾液酸最初是由Blix和KlenK從頜下腺粘蛋白和腦糖脂中提取出來的,隨著3-脫氧-D-甘油-D-半乳壬酮糖(KDN)的發(fā)現(xiàn),唾液酸的定義得到拓展,迄今為止已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了50多種[1]。唾液酸在自然界中分布廣泛,多發(fā)現(xiàn)于后口動(dòng)物及某些細(xì)菌中。唾液酸常常占據(jù)細(xì)胞膜表面糖鏈的末端,在細(xì)胞粘附、信號傳導(dǎo)和細(xì)胞分化等生理活動(dòng)中起到重要作用[2]。N-乙酰神經(jīng)氨酸(Neu5Ac)是最常見的一種唾液酸,也是多種唾液酸合成的前體物質(zhì),與人類健康關(guān)系密切[3];Neu5Ac還是抗病毒藥物的潛在前體物質(zhì),用于治療H1N1和H5N1流感。此外,Neu5Ac也有很大的營養(yǎng)價(jià)值,它能促進(jìn)嬰兒的大腦發(fā)育,對維持早產(chǎn)兒腦功能和健康有積極作用[4]。
在前期的研究中,我們構(gòu)建了一株重組大腸桿菌(E.coliSA-04/pDTrc-AB),通過將GlcNAc-2-epimerase(bAGE)[5-6]和 sialic acid synthase(cNeuB)[7-8]的共表達(dá)、GlcNAc跨膜運(yùn)輸系統(tǒng)的修飾以及Neu5Ac分解代謝途徑的敲除,使得該重組大腸桿菌能夠以胞內(nèi)磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)為能量來源,以GlcNAc為單一底物,生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac;同時(shí),避免了傳統(tǒng)細(xì)胞催化合成Neu5Ac需要大量丙酮酸(pyruvate)的缺陷,具有很大經(jīng)濟(jì)和環(huán)境友好優(yōu)勢。
在該重組大腸桿菌的培養(yǎng)過程中,我們發(fā)現(xiàn)菌體大量生長,胞內(nèi)酶活性保持較高水平,而Neu5Ac合成產(chǎn)率卻較低。因此,本研究以重組大腸桿菌E.coliSA-04/pDTrc-AB為對象,考察生物轉(zhuǎn)化環(huán)境中的碳源和氮源對重組大腸桿菌生理和Neu5Ac合成的影響,探討Neu5Ac合成過程中的內(nèi)在關(guān)鍵限制性因素,以期實(shí)現(xiàn)重組大腸桿菌高效快速合成Neu5Ac。
重組大腸桿菌E.coliSA-04/pDTrc-AB由本實(shí)驗(yàn)室在前期工作中構(gòu)建:以E.coliK-12 MG1655為出發(fā)菌株,敲除其基因組中的nagE基因和manXYZ、nanATEK基因簇,并將來源于Campylobacter jejuniNCTC 11168中的neuB基因(cneuB)和源于Anabaenasp.CH1的 AGE基因(bage)克隆到pTrcc99a載體,分別加上trc啟動(dòng)子實(shí)現(xiàn)了2個(gè)基因在大腸桿菌中的共表達(dá)。
Neu5Ac標(biāo)準(zhǔn)品購自Sigma-Aldrich公司;其他試劑購自上海國藥。
雙階段生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac流程見圖1。菌體生長階段,待細(xì)胞濃度上升后添加誘導(dǎo)劑IPTG,誘導(dǎo)胞內(nèi)酶的表達(dá);生物轉(zhuǎn)化階段,將菌體收集濃縮后懸浮于添加了底物GlcNAc的轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基,同時(shí)轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中含有必要的營養(yǎng)物質(zhì)以維持細(xì)胞活性。
圖1 全細(xì)胞生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac流程圖Fig.1 Flow chart of whole-cell synthesis of Neu5Ac
1.2.1 菌體生長階段 在菌體生長階段,所用培養(yǎng)基為LB培養(yǎng)基(胰蛋白胨10 g/L,酵母5 g/L,氯化鈉 10 g/L,pH 7.0),添加氨芐青霉素(終質(zhì)量濃度 100 mg/L),接種于500 mL搖瓶中,置于37℃搖床(200 r/min)中培養(yǎng)大約3 h,當(dāng)OD600達(dá)到1.2時(shí),添加異丙基硫代半乳糖苷(IPTG)至終濃度0.2 mmol/L。繼續(xù)震蕩培養(yǎng)4 h后,將菌液收集于冰浴中靜置10 min,然后低溫(4 ℃)8000×g離心 15 min,棄掉上清液,用預(yù)冷的生理鹽水洗滌菌體2次,待用。
1.2.2 生物轉(zhuǎn)化階段 將收集到的菌體重新懸浮于50 mL轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基(OD600=15),轉(zhuǎn)移至500 mL擋板搖瓶,補(bǔ)加IPTG至終濃度0.2 mmol/L,于37℃搖床200 r/min培養(yǎng)。轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基成分為葡萄糖70 g/L或 甘 油 15 g/L,GlcNAc 80 g/L,MgSO41.2 g/L,K2HPO4·3H2O 25.0 g/L,氮源見表 1,pH 7.0。
1.3.1 生物量測定方法 通過測定600 nm波長下的吸光度值來測定生物量。重組大腸桿菌的干質(zhì)量與吸光度值的換算關(guān)系是:1.0 OD600=0.382 g/L細(xì)胞干質(zhì)量。
1.3.2 蛋白質(zhì)測定方法 采用考馬斯亮藍(lán)G250染色法[9]測定,以牛血清白蛋白(BSA)為標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)繪制擬合曲線。
1.3.3 Neu5Ac測定方法 Neu5Ac通過高效液相色譜(島津LC2010a)測定。所用色譜柱為伯樂公司的 Aminex HPX-87H column(300 mm × 7.8 mm),柱溫為35℃,流動(dòng)相為5.0 mmol/L硫酸溶液,流速為0.6 mL/min,使用UV檢測器,檢測波長是196 nm。1.3.4 NeuB活性測定方法 在前期的實(shí)驗(yàn)中,我們發(fā)現(xiàn)AGE的活性遠(yuǎn)高于NeuB,因此NeuB的活性大小對Neu5Ac的合成具有更大的影響;于是在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中,我們重點(diǎn)關(guān)注NeuB的活性,其測定方法如下:將發(fā)酵液樣品低溫(4℃)離心(10000g,5 min),棄掉上清液后,用預(yù)冷的生理鹽水洗滌2次,重新懸浮于生理鹽水中,超聲波破碎(破碎時(shí)間:4 s;暫停時(shí)間:10 s;共計(jì)時(shí)間:20 min),低溫離心,收集上清作為粗酶液。
NeuB活性以ManNAc向Neu5Ac的轉(zhuǎn)化速率來定義。酶活測定體系(1.0 mL)為Tris-HCl 0.1 mol/L pH 7.0,10 mmol/L MnSO4,50 mmol/L ManNAc,50 mmol/L PEP,添加20 μL酶液。將反應(yīng)體系置于37℃水浴20 min后,沸水浴10 min終止反應(yīng)。1 min內(nèi)催化合成1 nmol Neu5Ac所需的酶量定義為1 U。
菌體生長階段,在IPTG的誘導(dǎo)下,源于Anabaenasp.CH1的 AGE基因(bage)和源于C.jejuniNCTC 11168中的neuB(cneuB)在重組大腸桿菌中共表達(dá)。在生物轉(zhuǎn)化階段,外源的GlcNAc在bAGE的催化下,異構(gòu)化形成ManNAc;繼而在cNeuB 的催化下,與胞內(nèi)的 PEP 合成 Neu5Ac[8,10]。在此生物轉(zhuǎn)化過程中,不需過量的外源丙酮酸(pyruvate)供給;但需要消耗胞內(nèi)的PEP。為提高生物轉(zhuǎn)化階段的菌體活性,以LB培養(yǎng)基為基礎(chǔ)添加GlcNAc作為生物轉(zhuǎn)化階段的培養(yǎng)基(標(biāo)記為LB+培養(yǎng)基,如表 1所示),過程曲線見圖 2(a)。
在生物轉(zhuǎn)化階段的初始階段,生物量和胞內(nèi)NeuB活性經(jīng)歷一個(gè)短暫且迅速的下降。這可能是由于在菌體收集與洗滌過程中,在剪切力的影響下,部分細(xì)胞的細(xì)胞壁受到損傷,同時(shí)也伴隨著細(xì)胞的自然死亡;同時(shí)在經(jīng)歷冰浴和低溫離心之后,細(xì)胞的活性沒有完全復(fù)蘇,因此在轉(zhuǎn)化過程的初期出現(xiàn)生物量下降的現(xiàn)象;而同時(shí),Neu5Ac卻迅速合成。在經(jīng)歷4 h的適應(yīng)期后,生物量和胞內(nèi)NeuB活性迅速上升;但在此時(shí)期內(nèi),Neu5Ac的合成速率較低,其積累基本停滯,在生物轉(zhuǎn)化過程結(jié)束后,產(chǎn)量僅為(0.38±0.08)g/L。胞內(nèi)NeuB活性在4 h后顯著上升,但Neu5Ac的合成速率不升反降,且其下降的時(shí)間節(jié)點(diǎn)與生物量開始增加的時(shí)間節(jié)點(diǎn)一致。因此推測,胞內(nèi)NeuB活性不是Neu5Ac合成的瓶頸,而在于底物或能量的供給,而此供給受到了細(xì)胞自身生長的抑制。
氮源是大腸桿菌生長不可或缺的營養(yǎng)物質(zhì),為探究Neu5Ac合成速率下降與細(xì)胞生長之間的內(nèi)在聯(lián)系,我們通過調(diào)整轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中的氮源種類來控制菌株的生長狀態(tài),分別考察有機(jī)氮(胰蛋白胨)和無機(jī)氮(硫酸銨)為氮源時(shí)細(xì)胞的生長和Neu5Ac的合成。轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基的成分如表1所示。
表1 轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基名稱與成分構(gòu)成Table1 Nitrogen sources of catalysis medium
2.2.1 胰蛋白胨作為氮源對重組大腸桿菌合成Neu5Ac的影響 以Typ培養(yǎng)基作為轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基時(shí)的轉(zhuǎn)化過程曲線見圖2(b)。與LB+培養(yǎng)基作為轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基時(shí)類似:生物轉(zhuǎn)化過程的前4 h,生物量與胞內(nèi)NeuB活性迅速下降,而Neu5Ac迅速合成,將此階段命名為生物量迅速下降期。4 h后,生物量和胞內(nèi)NeuB活性停止迅速下降,轉(zhuǎn)而趨于穩(wěn)定,同時(shí)Neu5Ac依然維持較高的合成速率,至12.5 h時(shí),Neu5Ac合成量為(0.51±0.07) g/L,將此階段命名為Neu5Ac快速合成期。12.5 h后,重組大腸桿菌構(gòu)建起了在轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中生長所需要的酶系,生物量開始迅速上升,到生物轉(zhuǎn)化階段結(jié)束時(shí),生物量達(dá)到(8.17±0.18)g/L,高出初始值 40%;由于轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中添加了誘導(dǎo)劑IPTG,因此重組大腸桿菌能夠重新合成NeuB,使得胞內(nèi)NeuB活性維持在較高水平。然而,12.5 h后,Neu5Ac的合成速率沒有隨胞內(nèi)NeuB活性升高而升高,卻維持在較低水平,至生物轉(zhuǎn)化階段結(jié)束時(shí),終質(zhì)量濃度僅為(1.01±0.06)g/L。此階段時(shí)間占總轉(zhuǎn)化合成過程的80%,而Neu5Ac合成量卻僅占總量的49.5%,將此階段命名為Neu5Ac慢速合成期。
2.2.2 硫酸銨作為氮源對重組大腸桿菌合成Neu5Ac的影響 以IS培養(yǎng)基為轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基時(shí)的合成過程曲線如圖2(c)所示。生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac過程經(jīng)歷了明顯的生物量迅速下降期、Neu5Ac快速合成期和Neu5Ac慢速合成期。而進(jìn)入Neu5Ac快速合成期后,與有機(jī)氮作為氮源不同的是,生物量的下降趨勢雖有減弱但依然處于下降趨勢,在此階段的16 h內(nèi),生物量下降了1.30 g/L,胞內(nèi)NeuB活性也同步下降。Neu5Ac以較高速率合成,在16.5 h內(nèi)積累量達(dá)(0.88±0.07)g/L。相較 Typ培養(yǎng)基,IS培養(yǎng)基中重組大腸桿菌需要更長的時(shí)間構(gòu)建細(xì)胞生長所需要的酶系,生物量開始回升的節(jié)點(diǎn)比Typ培養(yǎng)基中更遲,在20.5 h后,合成過程進(jìn)入Neu5Ac慢速合成期:生物量停止下降,迅速回升,到生物轉(zhuǎn)化階段結(jié)束,生物量達(dá)到(7.63±0.19)g/L,高出初始值達(dá)22.9%;而Neu5Ac的積累速度迅速下降,并維持較低的合成速率直至生物轉(zhuǎn)化過程結(jié)束,Neu5Ac的終質(zhì)量濃度為(1.20±0.04) g/L。
圖2 在不同轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中重組大腸桿菌生物轉(zhuǎn)化合成唾液酸Fig.2 Fermentation curve of Neu5Ac production in medium with different nitrogen sources for recombination E.coli
2.2.3 重組大腸桿菌在無氮培養(yǎng)基中合成Neu5Ac
Neu5Ac分子中的氨基,來源于轉(zhuǎn)化底物GlcNAc,本文所述的無氮源條件是指不添加除GlcNAc之外的氮源。無氮源條件下的Neu5Ac生物轉(zhuǎn)化合成過程也可以分成3個(gè)階段:生物量迅速下降期、Neu5Ac快速合成期和Neu5Ac慢速合成期。在3種不同氮源的轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中,無氮培養(yǎng)基中的Neu5Ac快速合成期持續(xù)時(shí)間更長,達(dá)到35 h,占總轉(zhuǎn)化過程時(shí)間的55.6%,分別是Typ培養(yǎng)基和IS培養(yǎng)基的8.75和2.19倍,此階段結(jié)束時(shí),Neu5Ac質(zhì)量濃度達(dá)到為(1.79±0.11)g/L。雖然不同條件下Neu5Ac快速合成期持續(xù)的時(shí)間不一致,但此時(shí)期Neu5Ac的比合成速率基本一致(如表2所示),說明即使在不同的轉(zhuǎn)化條件中,處于Neu5Ac快速合成期的重組大腸桿菌的生理狀態(tài)基本一致,處于有利于Neu5Ac合成的狀態(tài)。而進(jìn)入Neu5Ac慢速合成期后,重組大腸桿菌生理狀態(tài)發(fā)生的改變,成為Neu5Ac合成的關(guān)鍵限制性因素。除Neu5Ac快速合成之外,此時(shí)期的另外一個(gè)特征便是前一時(shí)期生物量迅速下降的趨勢得到緩解甚至維持相對穩(wěn)定。
在無氮培養(yǎng)基中,Neu5Ac合成速率下降拐點(diǎn)出現(xiàn)在39 h,轉(zhuǎn)化過程進(jìn)入Neu5Ac慢速合成期,生物量開始緩慢上升,轉(zhuǎn)化過程結(jié)束時(shí)生物量僅為(4.96±0.28) g/L, 比初始值(5.93±0.08 g/L)略低;Neu5Ac合成速率的下降幅度遠(yuǎn)小于氮源存在時(shí)的下降幅度,在生物轉(zhuǎn)化過程結(jié)束時(shí),Neu5Ac終質(zhì)量濃度達(dá)到(2.04±0.08)g/L。由于轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中除GlcNAc外不含其他氮源,而重組大腸桿菌的GlcNAc-PTS已被敲除而無法利用GlcNAc進(jìn)行細(xì)胞生長[11],因此重組大腸桿菌只能依賴前期細(xì)胞衰亡破裂后釋放出的少量氮源進(jìn)行微弱的生長。綜合LB+培養(yǎng)基、Typ培養(yǎng)和IS培養(yǎng)基中Neu5Ac合成過程曲線,可以看到,細(xì)胞的生長與Neu5Ac的合成存在緊密的負(fù)相關(guān)關(guān)系:Neu5Ac合成速率下降的拐點(diǎn)與生物量上升的拐點(diǎn)吻合;細(xì)胞生長越快,對Neu5Ac合成的抑制作用越早越明顯。在生物轉(zhuǎn)化和發(fā)酵過程中,尤其對于產(chǎn)物合成過程需要消耗大量能量時(shí),細(xì)胞的生長常與產(chǎn)物的合成互相抑制,胞內(nèi)能量供應(yīng)相對不足。李晶等[12]在土壤桿菌ATCC 31749發(fā)酵產(chǎn)熱凝膠過程中采用了氮源限制的雙階段發(fā)酵法,在菌體生長階段提供充足的氮源,生物量迅速增加但產(chǎn)膠量極低;待氮源耗盡后不再流加氮源,菌體停止生長,轉(zhuǎn)而開始大量合成熱凝膠。代謝流分析實(shí)驗(yàn)表明,當(dāng)碳限制條件轉(zhuǎn)為氮限制后,由于碳源的補(bǔ)充而使得細(xì)胞經(jīng)歷了短暫的快速生長期,在此時(shí)期胞內(nèi)的pyruvate含量大幅增加,PEP相應(yīng)減少;此后由于氮源的限制,細(xì)胞停止生長,胞內(nèi)的pyruvate含量減少,PEP相應(yīng)增加[13]。具體到Neu5Ac的合成過程中,細(xì)胞的生長消耗胞內(nèi)PEP[14],細(xì)胞的快速生長會(huì)導(dǎo)致胞內(nèi)PEP相對不足,流向Neu5Ac合成的PEP減少,抑制Neu5Ac的合成。因此,我們可以得出結(jié)論:氮源本身不是Neu5Ac合成的關(guān)鍵因素,通過限制生物轉(zhuǎn)化階段的氮源抑制細(xì)胞自身的生長,減少了胞內(nèi)PEP的消耗使得更多的PEP流向Neu5Ac合成,促進(jìn)了Neu5Ac的合成。
表2 重組大腸桿菌在不同轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中合成Neu5Ac的對比Table2 Comparison of different medium for Neu5Ac production in recombination E.coli
從第2.2節(jié)和第2.3節(jié)可以得出結(jié)論,胞內(nèi)PEP供給不足是Neu5Ac高效快速合成的瓶頸,增加PEP的供給對于Neu5Ac產(chǎn)量的提高有重要意義。在大腸桿菌中,通過代謝轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中的葡萄糖,糖酵解和糖異生途徑產(chǎn)生PEP[15]。而葡萄糖的跨膜運(yùn)輸主要依賴于磷酸轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)(PTS),在跨膜的同時(shí)會(huì)消耗PEP從而磷酸化生成葡萄糖-6-磷酸。這對于大腸桿菌的生長具有重要意義;然而由于該過程會(huì)與Neu5Ac的合成競爭胞內(nèi)的PEP,因而可能對于Neu5Ac的合成具有不利影響。因此,我們選擇不依賴于PTS系統(tǒng)的甘油為碳源,對比分析兩種碳源對重組大腸桿菌全細(xì)胞生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac的影響。
甘油培養(yǎng)基中生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac過程曲線如圖3所示。與上述幾種條件類似,轉(zhuǎn)化過程可以分為3個(gè)不同階段。在生物量迅速下降期和Neu5Ac快速合成期,Neu5Ac比合成速率達(dá)到0.030 h-1,是其他條件的2~3倍。39 h后,重組大腸桿菌適應(yīng)了轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基環(huán)境后開始生長,加之胞內(nèi)NeuB活性下降,導(dǎo)致轉(zhuǎn)化過程進(jìn)入Neu5Ac慢速合成期,Neu5Ac比合成速率下降(如圖4所示)。到轉(zhuǎn)化過程結(jié)束,Neu5Ac質(zhì)量濃度達(dá)到(4.42±0.08) g/L。甘油為碳源時(shí),其跨膜運(yùn)輸不依賴于PTS,因此不消耗胞內(nèi)的PEP,從而使得更多的PEP流向Neu5Ac合成的方向,從而在生物量相同的條件下,提高了Neu5Ac的比合成速率,最終Neu5Ac合成量比無氮培養(yǎng)基中高出111.3%,比初始條件(LB+培養(yǎng)基)高出10.3倍。此外,培養(yǎng)基中甘油的存在對增強(qiáng)細(xì)胞膜的流動(dòng)性和通透性也有促進(jìn)作用,有利于底物GlcNAc進(jìn)入胞內(nèi)和產(chǎn)物Neu5Ac向胞外分泌。
圖3 甘油培養(yǎng)基對重組大腸桿菌合成唾液酸的影響Fig.3 Effects of glycerol medium on Neu5Ac production in recombination E.coli
圖4 不同轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基中的Neu5Ac比合成速率Fig.4 Specific production rates of Neu5Ac in different medium
目前,有多種合成Neu5Ac的方法,其中產(chǎn)量最高的方法,首先底物GlcNAc在GlcNAc異構(gòu)酶催化下生成生成ManNAc,而后ManNAc和pyruvate在Neu5Ac醛縮酶的催化下合成Neu5Ac,該方法16 h合成Neu5Ac產(chǎn)量可達(dá)74.2 g/L[16]。由于Neu5Ac醛縮酶催化的可逆反應(yīng)的反應(yīng)平衡偏向于Neu5Ac裂解成ManNAc和pyruvate,因此在上述方法中需要添加過量的pyruvate(通常至少5倍),這也導(dǎo)致了pyruvate的浪費(fèi)和額外的環(huán)境壓力。本研究中所用的方法雖然產(chǎn)量不如上述方法,但由于Neu5Ac合成酶催化合成Neu5Ac時(shí)以胞內(nèi)PEP為底物,以高能磷酸鍵為推動(dòng)反應(yīng)進(jìn)行的動(dòng)力,不需要額外過量的pyruvate。該方法經(jīng)過優(yōu)化后,可作為一種環(huán)境友好且高效的Neu5Ac合成方法。
我們發(fā)現(xiàn),在全細(xì)胞生物轉(zhuǎn)化合成Neu5Ac過程中,胞內(nèi)PEP的供給是Neu5Ac高效快速合成的瓶頸。當(dāng)重組大腸桿菌自身生長時(shí),會(huì)消耗胞內(nèi)大量的PEP從而競爭性抑制Neu5Ac的合成。改用不含氮源的轉(zhuǎn)化培養(yǎng)基,提高了Neu5Ac的合成效率。此外,通過改用不依賴PTS轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)的甘油作為碳源,避免了碳源物質(zhì)跨膜運(yùn)輸過程中PEP的消耗,大幅提高了Neu5Ac的比合成速率,終質(zhì)量濃度達(dá)到(4.42±0.08) g/L。