楊一鳴,劉 祎,桂志國
(中北大學(xué) 生物醫(yī)學(xué)成像與影像大數(shù)據(jù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,山西 太原 030051)
近年來,計算機(jī)斷層掃描(Computed Tomography, CT)在肺癌檢查中廣泛應(yīng)用,主要原因是CT在檢測肺部小結(jié)節(jié)和早期肺癌中比胸部X-線檢查更準(zhǔn)確[1]. 數(shù)據(jù)顯示,一次常規(guī)CT檢查,受檢者將受到劑量約為1.5~20 mSv的X射線輻射,且CT掃描引發(fā)的X射線輻射在所有放射檢查產(chǎn)生的X射線輻射中比重較大,由于CT檢查可能導(dǎo)致受檢者余生患癌的風(fēng)險加大,醫(yī)學(xué)檢測中已將重復(fù)CT掃描檢查列為醫(yī)源性輻射的主要輻射源[2]. 隨著診斷技術(shù)的不斷改進(jìn),限制輻射劑量的低劑量CT(low-dose computed tomography, LDCT)已被用于肺癌高危人群的常規(guī)篩查,但低劑量CT又會造成圖像質(zhì)量下降. 如何在掃描劑量盡可能低的條件下,獲取與常規(guī)劑量掃描質(zhì)量相同或者更利于醫(yī)療診斷的CT圖像,自然就成為相關(guān)領(lǐng)域亟待研究的課題.
目前提高低劑量CT圖像質(zhì)量的方法可以分為三類:投影數(shù)據(jù)校正法,迭代重建法和后處理方法. 低劑量CT圖像的后處理方法,是對已經(jīng)獲取的重建圖像進(jìn)行修正處理,這類方法不依賴于投影數(shù)據(jù),即直接處理濾波反投影算法重建的CT圖像,消除重建圖像中的條形偽影和噪聲. 后處理方法的難點(diǎn)是斑點(diǎn)噪聲和條形偽影分布于整個CT圖像上,不滿足特定的噪聲分布模型. 這種方法一般以標(biāo)準(zhǔn)劑量CT(Standard Dose Computed Tomography, SDCT)圖像為參考標(biāo)準(zhǔn),一方面要保證處理后的結(jié)果不能丟失原來低劑量CT圖像中較小的組織結(jié)構(gòu),另一方面不能在處理的過程中引入新的噪聲和偽影. 由于低劑量CT圖像后處理效果的好壞直接影響醫(yī)生診斷的準(zhǔn)確性,國內(nèi)外很多學(xué)者致力于對低劑量CT圖像偽影和噪聲抑制方面的研究. 最初,Rudin等[3]提出了總變分(Total Variation, TV)模型,TV去噪模型能夠較好地保護(hù)圖像邊緣,但是該模型僅沿圖像邊緣的切線方向擴(kuò)散,導(dǎo)致處理后的圖像產(chǎn)生階梯效應(yīng),后來,Zhu Yining等[4]提出一種改進(jìn)的TV模型用于低劑量CT降噪,取得了不錯的降噪效果; Zamyatin等[5]提出了一種自適應(yīng)多尺度總變分低劑量CT圖像濾波方法,在對低劑量CT圖像偽影抑制的同時,較好地保護(hù)了腹部CT圖像中組織結(jié)構(gòu)的邊緣; Liu Yi等[6]針對稀疏角度投影提出了基于中值先驗(yàn)約束的TV重建算法. 2005年,Buades等[7]首次提出了非局部均值(Non-Local Means, NLM)算法,該算法利用圖像具有重復(fù)結(jié)構(gòu)性質(zhì),在全局范圍內(nèi)搜索與像素點(diǎn)所在圖像塊相應(yīng)的相似塊,再對其進(jìn)行加權(quán)平均來實(shí)現(xiàn)去噪. Chen Yang等[8]提出了利用結(jié)構(gòu)相似信息的大尺度非局部均值濾波來處理腹部低劑量CT圖像; Ha等[9]提出了通過小圖像塊數(shù)據(jù)庫與局部相似性匹配相結(jié)合的方法,對低劑量CT圖像后處理; 此外,Chen Yang等[10]提出了基于快速字典學(xué)習(xí)方法的腹部腫瘤低劑量CT圖像偽影抑制算法.
字典學(xué)習(xí)和稀疏表示理論在圖像處理領(lǐng)域的應(yīng)用十分廣泛,用于圖像的去噪、 修復(fù)、 超分辨率重建[11]等方面. Aharon等[12]最早提出了K-奇異值分解(K-Singular Value Decomposition, K-SVD)算法,該算法利用逐列更新字典的方式,多次迭代建立了一個全局最優(yōu)的過完備字典,通過字典的冗余性對圖像進(jìn)行稀疏表示; Chen Yang等[13]提出了一種基于區(qū)別性字典的條形偽影抑制方法,該方法首先使用小波變換分解低劑量CT圖像,然后對水平、 垂直和對角方向的高頻圖像分別進(jìn)行對應(yīng)的區(qū)別性字典表達(dá)并去除偽影,最后再用傳統(tǒng)的字典學(xué)習(xí)方法去除殘留的噪聲,取得了很好的效果. 受這種方法啟發(fā),本文提出了一種基于字典學(xué)習(xí)的偽影抑制算法,首先利用平穩(wěn)小波變換(Stationary Wavelet Transform, SWT)對低劑量CT圖像進(jìn)行單層分解,并對三個方向的高頻圖像利用在線字典學(xué)習(xí)的方法訓(xùn)練字典,然后利用等效視數(shù)(Equivalent Number of Looks, ENL)對字典進(jìn)行分區(qū)得到偽影字典和特征字典,并只對特征原子進(jìn)行稀疏編碼,經(jīng)過小波逆變換(Inverse Stationary Wavelet Transform, ISWT)后,再采用雙邊濾波器(Bilateral Filter, BF)對處理后的CT圖像進(jìn)行分解并訓(xùn)練高頻字典,最后通過等效視數(shù)摒棄偽影字典來去除高頻圖像殘留的偽影和噪聲,從而達(dá)到抑制條形偽影、 改善低劑量CT圖像質(zhì)量的目的. 將本文算法應(yīng)用于實(shí)際的低劑量CT圖像,與標(biāo)準(zhǔn)劑量CT圖像相比較,并與TV降噪算法、 K-SVD算法和三維塊匹配濾波(Block-Matching and 3-D Filtering, BM3D)算法[14]對比,本文算法的處理結(jié)果優(yōu)于其他算法.
(1)
(2)
式中:‖α‖0為向量α的l0范數(shù),表示α中的非零元素個數(shù). 式(2)中允許y與Dα之間存在一定的誤差ε,但是式(2)中的l0范數(shù)最小化問題在求解時是一個NP難題. 對于這種問題的求解方法,可以利用正交匹配追蹤算法(Orthogonal Matching Pursuit,OMP)求近似解.
OMP算法[15]是在過完備字典中選擇較少的列向量,形成一個對觀測值的最優(yōu)近似表示. 基于稀疏度限制L的稀疏表示問題可以描述為
(3)
1) 圖像塊處理:假設(shè)Pi是從一幅圖像I中得到的第i個長度為p的圖像塊,將Pi表示成向量形式. 因此,訓(xùn)練集中第i個圖像塊可以分別表示為Ii=PiI.
2) 初始化訓(xùn)練參數(shù):設(shè)定字典在訓(xùn)練階段的正則化參數(shù)為λ,圖像塊集為Pn={P1,P2,…,Pn},以Pn為輸入信號.
3) 計算稀疏系數(shù):由步驟(2)可知,迭代開始時D=D0,用最小角回歸迭代方法求解,可使式(4) 的計算值最小.
(4)
式中:t表示訓(xùn)練字典的迭代次數(shù),t={1,2,…,T},根據(jù)輸入的圖像塊向量Ii更新稀疏系數(shù)θt.
Dt
(5)
為了保證字典中的基向量值在一定的范圍內(nèi),對求得的D加一個約束條件D∈c,歸一化處理結(jié)果為
(6)
5) 最后生成字典:達(dá)到迭代次數(shù)T后,即可獲得過完備字典DT.
在經(jīng)典的小波變換算法中,圖像經(jīng)過高通濾波和低通濾波后都要經(jīng)過下采樣,使分解后的各子帶變?yōu)樵瓐D像大小的一半,但這樣容易造成圖像邊緣的小波系數(shù)部分信息丟失,給重構(gòu)圖像帶來不穩(wěn)定性. 而平穩(wěn)小波變換是對經(jīng)典小波變換的改進(jìn),其最大的特點(diǎn)是冗余性和平移不變性. 本文算法中首先采用平穩(wěn)小波變換對低劑量CT圖像進(jìn)行分解,通過平穩(wěn)小波變換將LDCT圖像分成低頻和高頻兩部分,其中高頻又包含了三個部分:水平高頻部分,垂直高頻部分和對角高頻部分. 本文算法中使用哈爾(Haar)小波基進(jìn)行分解,因其速度快且可以避免Gibbs振蕩現(xiàn)象.
在對質(zhì)量退化的低劑量CT圖像I進(jìn)行平穩(wěn)小波變換(SWT)之后,將其分解成低頻分量Ic a和三個高頻分量:水平分量Ic hd、 垂直分量Ic vd和對角分量Ic dd; 然后把高頻部分分別運(yùn)用在線字典學(xué)習(xí)方法訓(xùn)練出三個方向上的字典Dc hd,Dcvd和Dc dd; 圖 1 為構(gòu)成字典的特征原子及偽影原子,均由水平分量字典隨機(jī)抽取得到,相比特征原子圖像塊中的圖像信息,偽影原子圖像塊中的圖像信息變化更顯混亂.
圖 1 構(gòu)成字典的原子Fig.1 Atoms from dictionary
(7)
(8)
(9)
圖 2 三個方向高頻分量的字典分區(qū)示意圖Fig.2 Illustration of the dictionaries for the high frequency bands with different orientations
圖 3 算法各步驟處理結(jié)果局部放大圖Fig.3 Local amplified images of processing results by each step of the algorithm
本文算法的流程示意圖見圖 4,算法的具體步驟如下:
圖 4 本文算法的流程示意圖Fig.4 Flow schematic of the algorithm
Step 1:對低劑量CT圖像I進(jìn)行平穩(wěn)小波變換,分解成低頻分量Ic a與三個高頻分量Ic hd,Icvd和Ic dd;
Step 2:設(shè)定字典訓(xùn)練階段用到的正則化參數(shù)λ和圖像塊大小q,輸入圖像的圖像塊集Pn,初始字典D0,迭代次數(shù)T,利用式(4)進(jìn)行字典訓(xùn)練,利用式(5)迭代更新字典;
Step 3:利用式(7)計算圖像塊的等效視數(shù),將字典分區(qū)成偽影原子字典和特征原子字典;
為了驗(yàn)證本文提出算法的有效性,采用實(shí)際的臨床CT圖像進(jìn)行實(shí)驗(yàn),CT圖像由一臺西門子SOMATOM Sensation 16排CT得到,圖像大小為512×512. 其中LDCT圖像由40 mAs電流掃描,SDCT圖像由160 mAs電流掃描,重建算法為FBP. 選取如圖5所示的兩張LDCT圖像進(jìn)行測試,偽影抑制的結(jié)果與SDCT圖像做對比,兩組圖都用腹窗顯示(窗寬350 HU,窗位50 HU). LDCT圖像選用B70f卷積核,SDCT圖像則選用臨床上腹部掃描和胸部掃描常用的B30f卷積核. 實(shí)現(xiàn)算法的工具為MATLAB R2014a,計算機(jī)的配置為CPU:Intel CoreTMi7-4771 QM CPU@3.50 GHz,內(nèi)存8 192 Mb RAM. 本文算法中涉及到7個參數(shù). 在線字典學(xué)習(xí)方法有4個參數(shù),正規(guī)化參數(shù)λ取值為0.1,圖像塊的大小為16×16,字典訓(xùn)練塊數(shù)量即為:(512-15)×(512-15)=247 009,字典中原子的個數(shù)為1 500,迭代的次數(shù)為90. 圖像塊的大小取為16×16,一方面有利于字典學(xué)習(xí)時提取圖像的細(xì)節(jié)特征,另一方面有利于運(yùn)用等效視數(shù)的方法區(qū)分偽影原子和特征原子. 運(yùn)用分區(qū)的子字典稀疏表示時,所用OMP方法的稀疏限制水平參數(shù)L取為3. 雙邊濾波器中有3個參數(shù),一個是濾波器的窗口的大小,通常設(shè)置為10×10,另外兩個參數(shù)是空間標(biāo)準(zhǔn)差σd和密度標(biāo)準(zhǔn)差σr,在估計了幾個可能的值后,發(fā)現(xiàn)σd=6,σr=0.2時能去除低劑量CT圖像中的大部分的條形偽影.
圖 5 測試圖像Fig.5 Test images
圖 6(c)~(f)給出了采用TV算法,K-SVD算法,BM3D算法處理結(jié)果以及本文算法對測試圖a的結(jié)果對比,圖6(a)和(b)分別為腹部LDCT圖像和腹部SDCT圖像. 圖 7 給出了圖 6 中各圖對應(yīng)的局部放大結(jié)果. 對比圖7中(a1)和(b1)可以看出,相比于SDCT圖像,LDCT圖像中的偽影比較嚴(yán)重,解剖結(jié)構(gòu)的細(xì)節(jié)分辨率低; 對比圖 7 中(c1)和(b1)可以看出,TV算法雖然有效地去除了條形偽影,但是由于圖像過度平滑造成細(xì)節(jié)信息損失; 對比圖 7 中(d1)和(b1)可以看出,K-SVD算法去除了大量的噪聲和偽影,但是圖像有部分邊緣變得模糊; 觀察圖 7 中(e1)可以看出,BM3D算法有效抑制了圖像中的噪聲和偽影,但是對比圖 7 中(b1) 的部分細(xì)節(jié)發(fā)現(xiàn)BM3D算法處理后的圖像過度平滑造成了邊緣和細(xì)節(jié)信息的丟失. 從對比結(jié)果來看,本文的算法能有效地抑制偽影,在圖像的邊緣和細(xì)節(jié)保持方面優(yōu)于其他算法,結(jié)果圖與SDCT圖像最為接近.
圖 6 測試圖a的各種算法處理后結(jié)果圖Fig.6 Various algorithms processed result images of test image a
圖 7 中的(a2)~(f2) 給出了圖 6 中各圖對應(yīng)的肝臟腫瘤部分局部放大結(jié)果,圖 7 中(a2)中箭頭所指為肝臟腫瘤部分. 對比圖 7 中(a2)和(b2)可以看出,相比SDCT圖像中的腫瘤部分,LDCT圖像難以找到準(zhǔn)確的腫瘤部分,噪聲影響比較嚴(yán)重; 對比圖 7 中(c2), (d2), (e2)和(f2)可以看出,圖 7 中(f2)與SDCT圖像的腫瘤部分最接近,效果最好.
圖 7 測試圖a結(jié)果圖對應(yīng)的局部放大結(jié)果Fig.7 Partial magnification of result images of the test image a
圖 8 給出了測試圖b的各種算法處理結(jié)果圖,圖8(a)~(f)分別是LDCT圖像、 SDCT圖像、 TV算法處理結(jié)果、 K-SVD算法處理結(jié)果、 BM3D算法處理結(jié)果和本文算法處理結(jié)果圖.
圖 9 給出了圖 8 中各圖對應(yīng)的局部放大結(jié)果. 對比圖9(c)和(b),TV算法會由于圖像過度平滑造成細(xì)節(jié)信息損失; 對比圖9(d)和(b)可以看出K-SVD算法去除了大量的噪聲和偽影,但是圖像還是存在部分邊緣模糊的情況; 由圖9(e)可以看出,BM3D算法有效抑制了圖像中的噪聲和偽影,但是與圖9(d)對比會發(fā)現(xiàn)BM3D算法處理后的圖像細(xì)節(jié)部分比較好. 而本文的算法在抑制噪聲和偽影的同時有效地保持了組織結(jié)構(gòu)分辨度,展現(xiàn)出了真實(shí)SDCT圖像的紋理部分. 處理后的測試圖b 中組織部分保留的細(xì)節(jié)紋理較多且清晰,因此從視覺效果來看,本文算法的處理結(jié)果相比其他算法最好.
圖 8 測試圖b的各種算法處理后結(jié)果圖 Fig.8 Various algorithms processed result images of test image b
圖 9 測試圖b結(jié)果圖對應(yīng)的局部放大結(jié)果Fig.9 Partial magnification of result images of the test image b
為了對算法結(jié)果進(jìn)行客觀、 定量的評價,本文采用較常用的峰值信噪比、 均方根誤差和結(jié)構(gòu)相似性來評價處理后CT圖像的質(zhì)量. 這些參數(shù)的定義如下:
1) 峰值信噪比(Peak Signal-to-Noise Ratio, PSNR)
式中:M×N表示圖像的大??;v是SDCT圖像;u是偽影抑制后的圖像. PSNR是圖像信噪比變化情況的統(tǒng)計平均,其值越大,圖像失真越少,這里取Peak=255.
2) 均方根誤差(Root Mean Square Error, RMSE)
(12)
均方根誤差是用來衡量u與u0之間的偏差,其值越小,圖像u失真越小.
3) 結(jié)構(gòu)相似性(Structural Similarity Index Measurement, SSIM)
SSIM(v,u)=[L(v,u)]α×[C(v,u)]β×
[S(v,u)]γ,
(13)
(14)
(15)
(16)
表 1 和表 2 分別給出了不同算法對測試圖a和測試圖b處理后的質(zhì)量評估參數(shù),表 1 和表 2 由圖 10 分別截取SDCT圖像的感興趣區(qū)域(Region of Interest, ROI)計算得到,每張測試圖像分別截取兩個感興趣區(qū)域.
表 1 測試圖a的質(zhì)量評估參數(shù)
表 2 測試圖b的質(zhì)量評估參數(shù)
由表 1 和表 2 分析可知:本文提出算法與其他算法相比,結(jié)構(gòu)相似性SSIM和峰值信噪比PSNR都較大,均方根誤差RMSE較小. 說明本算法處理后的圖像質(zhì)量較好,能夠有效地抑制偽影,并保留圖像的邊緣等重要細(xì)節(jié)特征. 因此,在視覺效果和定量評價方面,所得結(jié)果都表明本文提出的算法對低劑量CT圖像的偽影抑制是有效的.
表 3 給出了不同算法對測試圖a和測試圖b處理后的運(yùn)行時間,可以看出,本文所提算法的計算速度優(yōu)于K-SVD算法,但是相比于BM3D算法,運(yùn)行時間還是相對較長,對算法加速方面而言,可作為下一步研究的方向.
圖 10 選取SDCT圖像的感興趣區(qū)域Fig.10 Select the region of interest of the SDCT image
本文提出了一種基于字典學(xué)習(xí)與等效視數(shù)的偽影抑制算法,利用FBP算法獲得低劑量CT重建圖像,再對CT圖像進(jìn)行降噪處理. 本文算法在處理低劑量CT圖像的過程中,每一步驟得到的高頻分量都運(yùn)用字典學(xué)習(xí)方法訓(xùn)練得到字典,再運(yùn)用等效視數(shù)判別法對字典進(jìn)行分區(qū)得到偽影字典和特征字典,并只對特征原子進(jìn)行稀疏編碼,從而達(dá)到去除條形偽影的目的. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文算法可以在抑制條形偽影的同時,保留較多的細(xì)節(jié)信息,并且更加接近原始SDCT圖像. 從視覺效果和質(zhì)量評價可以看出,本文算法的偽影抑制效果優(yōu)于TV算法、 K-SVD算法和BM3D算法. 但是,本文所提算法中一些參數(shù)的選擇,仍需憑借經(jīng)驗(yàn)調(diào)整,這也是后續(xù)研究中需要解決的一個問題.