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長(zhǎng)鏈非編碼RNA 與帕金森相關(guān)性的研究進(jìn)展

2020-01-06 05:59:30張伊茗顏天華
藥學(xué)與臨床研究 2019年6期
關(guān)鍵詞:多巴胺編碼調(diào)控

張 雪,張伊茗,顏天華

中國(guó)藥科大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床藥學(xué)學(xué)院生理教研室,南京 210009

隨著全球人口老齡化發(fā)展,老年性疾病日益增多已是不可忽視的現(xiàn)實(shí)。帕金森(parkinson's disease,PD)作為一種常見(jiàn)的老年性神經(jīng)退行性疾病,僅次于阿爾茲海默癥,是全球第二大神經(jīng)退行性疾病,同時(shí)也是最為常見(jiàn)的神經(jīng)功能障礙引起的運(yùn)動(dòng)障礙的疾病[1]。其臨床表現(xiàn)主要有:靜止性震顫、肌強(qiáng)直、運(yùn)動(dòng)遲緩等,該病多見(jiàn)于老年人,并且隨著年齡的增加患病率明顯增高。目前全球60 歲以上的人群患病率為1%。我國(guó)65 歲以上人群患病率高達(dá)1.7%;50 歲以上者發(fā)病率為500/10 萬(wàn),60 歲以上者發(fā)病率為1 000/10 萬(wàn);男性稍多于女性[2]。PD 致病因素尚未明確,遺傳因素、年齡因素、環(huán)境因素、氧化應(yīng)激及線粒體功能障礙等,均可能參與PD 多巴胺能神經(jīng)元變性凋亡過(guò)程;并且目前治療手段(藥物治療為主,手術(shù)治療為輔)僅能改善疾病癥狀,不能阻止病情進(jìn)展,更不能治愈該病[3,4]。因此,深入探究PD 的發(fā)生機(jī)制,尋找其潛在的干預(yù)節(jié)點(diǎn)對(duì)控制PD 發(fā)生發(fā)展具有重要的臨床意義。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一類長(zhǎng)度在200~100 000 nt 范圍、不編碼蛋白質(zhì),具有特定二級(jí)結(jié)構(gòu),在表達(dá)上具有組織特異性和時(shí)空特異性的RNA。研究表明,LncRNA 主要通過(guò)轉(zhuǎn)錄水平、轉(zhuǎn)錄后水平和表觀遺傳水平參與基因表達(dá)調(diào)控,影響細(xì)胞增殖、遷移和凋亡等過(guò)程,從而在人類生理病理等過(guò)程發(fā)揮重要作用[5,6]。本文主要從LncRNA 角度出發(fā),為PD 的預(yù)防、早期診斷和預(yù)后提供新的策略。

1 長(zhǎng)鏈非編碼RNA

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究結(jié)果顯示,人類基因中1%~2%能夠編碼蛋白,其余約98%不能夠編碼蛋白,稱為非編碼RNA(non-coding RNAs,ncRNAs),包括microRNA(miRNA)、LncRNA 等,其中數(shù)量最多的是LncRNA[7]。NONCODE 等數(shù)據(jù)顯示,人類LncRNA 基因數(shù)有96 308 種,其轉(zhuǎn)錄本有172 216 個(gè)(http://www.noncode.org/analysis.php);目前LncRNA 研究還處于初級(jí)階段,僅鑒定其中約100 種功能[8]。與編碼RNA 相比,LncRNA 長(zhǎng)度較短,缺乏外顯子和顯著開放閱讀框,編碼蛋白能力弱[9]。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用與發(fā)展,大量具有豐富生物學(xué)功能LncRNA 被發(fā)現(xiàn);LncRNA 可通過(guò)與DNA、RNA 和蛋白質(zhì)相互作用,調(diào)控基因表達(dá),進(jìn)而發(fā)揮細(xì)胞效應(yīng)。一般LncRNA 主要通過(guò)3 種水平參與基因表達(dá)調(diào)控:(1)轉(zhuǎn)錄水平,如調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子結(jié)合、染色質(zhì)重塑及組蛋白修飾等環(huán)節(jié)。(2)轉(zhuǎn)錄后水平,如:①LncRNA 可以作為內(nèi)源性競(jìng)爭(zhēng)物RNA(ceRNA),也稱為miRNA 海綿,通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合特定miRNA,干擾miRNA 與mRNA 相互作用,調(diào)節(jié)相關(guān)mRNA 翻譯;②參與內(nèi)含子的基因剪接,產(chǎn)生不同的mRNA;③通過(guò)miRNA 非依賴性方式,靶向mRNA 轉(zhuǎn)錄本,從而影響mRNA 穩(wěn)定性。(3)表觀遺傳修飾水平,如DNA 及組蛋白甲基化、組蛋白乙?;胺核鼗葏⑴c基因表達(dá)的調(diào)控[5,6]。見(jiàn)圖1[10]。

圖1 LncRNA 參與基因表達(dá)調(diào)控[10]

LncRNA 調(diào)節(jié)基因表達(dá)的方式:(1)染色質(zhì)和染色體通過(guò)組蛋白修飾凝聚;(2)轉(zhuǎn)錄因子(TF)直接募集;(3)與RNA 聚合酶(pol)Ⅱ結(jié)合;(4)可變剪接;(5)mRNA 穩(wěn)定性;(6)miRNA 可獲得性;(7)多核糖體募集;(8)通過(guò)包裝到細(xì)胞外囊泡中調(diào)節(jié)鄰近細(xì)胞中的基因表達(dá)。

2 LncRNAs 與帕金森

研究顯示,LncRNAs 在哺乳動(dòng)物腦內(nèi)含量非常豐富;腦內(nèi)LncRNAs 主要用來(lái)維持其生長(zhǎng)發(fā)育及功能,包括神經(jīng)元生長(zhǎng)分化、突觸的形成及維持、學(xué)習(xí)與認(rèn)知及記憶等過(guò)程[11]。近些年研究發(fā)現(xiàn),LncRNA 在PD 患者體內(nèi)異常表達(dá),提示LncRNA 可能在PD 的發(fā)生發(fā)展中起著重要的調(diào)控作用。下面結(jié)合近些年相關(guān)研究結(jié)果,對(duì)PD 相關(guān)LncRNAs 進(jìn)行簡(jiǎn)要闡述。

2.1 AS Uchl1

泛素羧基末端水解酶L1(Ubiquitin carboxy-terminal hydrolase L1,Uchl1)的反義鏈轉(zhuǎn)錄本LncRNA AS Uchl1,是Uchl1/PARK5 的合成位置[12]。PD 模型鼠中LncRNA AS Uchl1表達(dá)下調(diào),AS Uchl1 通過(guò)調(diào)控Uchl1 mRNA 促進(jìn)Uchl1 蛋白表達(dá),AS Uchl1 表達(dá)下調(diào)會(huì)誘導(dǎo)PD 疾病進(jìn)程。Carrier C等[13]研究表明,AS Uchl1 可以在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達(dá),其在一個(gè)與多巴胺能細(xì)胞的分化和維持有關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子Nurr1調(diào)控下,從而調(diào)節(jié)Uchl1 蛋白表達(dá),進(jìn)而影響PD 進(jìn)程。

2.2 AS MAPT

微管相關(guān)蛋白tau(microtubule-associated protein tau,MAPT)是胞內(nèi)紡錘體主要組成部分,編碼基因位于17q21.3,能促進(jìn)細(xì)胞骨架微管聚合及穩(wěn)定,與神經(jīng)退行性疾病有關(guān)[14]。LncRNA AS MAPT 是由tau 蛋白(Microtubule-associated protein tau,MAPT)編碼基因的反義轉(zhuǎn)錄的產(chǎn)物,可通過(guò)甲基化MAPT 啟動(dòng)子,進(jìn)而下調(diào)MAPT 表達(dá)。Coupland KG 等[15]研究發(fā)現(xiàn),在PD 中AS MAPT 可以通過(guò)在轉(zhuǎn)錄水平后調(diào)控tau 蛋白表達(dá),AS MAPT 在PD 中表達(dá)顯著降低,MAPT 啟動(dòng)子甲基化減少,從而使MAPT 表達(dá)增多,增多的MAPT 表達(dá)可能與PD 疾病狀態(tài)有關(guān),具體機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

2.3 LncRNA H19

H19 是目前研究較多的LncRNA 之一,位于染色體11p15.5 的H19/IGF2 的基因簇上,全長(zhǎng)2.5 kb,含有5 個(gè)外顯子及4 個(gè)內(nèi)含子[16]。H19 基因編碼一段沒(méi)有明顯開放閱讀框mRNA 樣的RNA 分子,但不編碼蛋白。H19 一直以來(lái)是腫瘤研究中的熱點(diǎn),如H19 在多發(fā)性骨髓瘤患者血清中高表達(dá),其通過(guò)抑制下游靶基因miR-29b-3p 的表達(dá),從而解除后者對(duì)抗凋亡Bcl-2 家族中Mcl-1(Myeloid cell leukemia sequence 1,Mcl-1)轉(zhuǎn)錄的抑制,抑制腫瘤細(xì)胞凋亡,促進(jìn)腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)[17]。近些年有研究發(fā)現(xiàn),其在PD 患者體內(nèi)表達(dá)異常。Kraus TFJ 等[18]研究發(fā)現(xiàn),PD 患者體內(nèi)H19 上游保守序列1 和2(Huc 1 and 2)相較于對(duì)照組顯著性降低2 倍。由此推測(cè),H19 與PD 具有一定的相關(guān)性,根據(jù)其在腫瘤疾病中的研究,推測(cè)其在PD 中可能作為ceRNA 在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控有關(guān)基因表達(dá),但其中具體機(jī)制尚不明確,有待深入研究。

2.4 LincRNA-p21

基因間長(zhǎng)鏈非編碼RNA(Long intergenic noncoding RNA,LincRNA)-p21 是p53 依賴性通路的重要下游效應(yīng)分子,位于細(xì)胞周期調(diào)節(jié)關(guān)鍵基因p21/Cdknla 上游約15 kb處,長(zhǎng)3.0 kb,參與細(xì)胞凋亡和DNA 損傷應(yīng)答等過(guò)程[19]。Kraus TFJ 等[18]研究發(fā)現(xiàn),作為p53 和缺氧誘導(dǎo)因子1α(Hypoxia-inducible factor 1α,HIF-1α)轉(zhuǎn)錄靶LincRNA-p21 在PD 患者體內(nèi)相較于正常組表達(dá)顯著性上調(diào)2 倍。Ding XM等[20]研究顯示,LincRNA-p21 作為ceRNA 在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控TRPM2 表達(dá),其通過(guò)miR-625 調(diào)控瞬時(shí)受體電位M2(transient receptor potential melastatin 2,TRPM2)通道蛋白表達(dá),誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡、氧化應(yīng)激及炎癥反應(yīng),至此,LincRNA-p21/miR-625/TRPM2 在PD 進(jìn)程中起到重要作用。另有研究發(fā)現(xiàn),在PD 發(fā)生發(fā)展過(guò)程中,活化的小膠質(zhì)細(xì)胞內(nèi)p53 依賴性的LincRNA-p21 表達(dá)上調(diào),LincRNA-p21 競(jìng)爭(zhēng)性吸附并下調(diào)miR-181,解除后者對(duì)蛋白激酶C-δ(Protein Kinase C-δ,PKC-δ)的抑制,間接上調(diào)PKC-δ 表達(dá);同時(shí)PKC-δ 反過(guò)來(lái)促進(jìn)p53 的表達(dá),誘導(dǎo)LincRNA-p21 表達(dá)。至此,p53/LincRNA-p21/miR-181/PKC-δ 形成一個(gè)正反饋環(huán)路,協(xié)同促進(jìn)小膠質(zhì)細(xì)胞持續(xù)活化,加重PD 病理?yè)p傷[21]。

2.5 Malat1

肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄本1(Metastasis associated lung adenocarcinoma transcript1,Malat1),位于染色體11q13.1,長(zhǎng) 約6.7 kb,具有高度保守的LncRNA。最初研究發(fā)現(xiàn),其在腫瘤組織中高表達(dá),參與調(diào)節(jié)細(xì)胞生長(zhǎng)、凋亡及遷移等[22]。研究顯示Malat1 在神經(jīng)元中表達(dá)豐富,并與突觸的形成和維持有關(guān)。Kraus TFJ 等[18]研究發(fā)現(xiàn),Malat1 在PD 患者的體內(nèi)表達(dá)上調(diào)3 倍。Xia D 等[23]研究發(fā)現(xiàn),Malat1 作為ceRNA 在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控α-突觸核蛋白表達(dá),其與miR-129 存在一段互補(bǔ)序列;在PD 小鼠模型中,Malat1 通過(guò)與miR-129 結(jié)合,下調(diào)其表達(dá),進(jìn)而解除后者對(duì)SNCA(Synuclein-Alpha)基因表達(dá)的抑制,SNCA 參與負(fù)責(zé)α-突觸核蛋白(α-synuclein,α-syn)合成;顯示Malat1/miR-129/SCNA 通路在PD 發(fā)展中起重要作用。Chen Q 等[24]研究表明,Malat1 還可以通過(guò)與miR-205-5p結(jié)合,下調(diào)其表達(dá),解除miR-205-5p 對(duì)LRRK2(Leucinerich repeat kinase,LRRK2)表達(dá)的抑制;LRRK2 進(jìn)一步誘導(dǎo)氧化應(yīng)激損傷及多巴胺能神經(jīng)元凋亡,加重PD 病情的發(fā)展。

2.6 Snhg1

小核糖體管家基因RNA1(Small nucleolar RNA host gene1,Snhg1),由位于11 號(hào)染色體UHG 基因轉(zhuǎn)錄而來(lái),約3.9kb[25]。Snhg1 主要參與調(diào)控細(xì)胞凋亡、轉(zhuǎn)移等過(guò)程。Kraus TFJ等[18]研究發(fā)現(xiàn),PD 患者體內(nèi)Snhg1 表達(dá)顯著性上調(diào),表明Snhg1可能在PD 發(fā)生發(fā)展中起關(guān)鍵作用。研究顯示,LncRNA Snhg1 作為ceRNA 在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控有關(guān)基因表達(dá),如其可通過(guò)直接與miR-15b-5p 結(jié)合,下調(diào)其表達(dá),一方面促進(jìn)miR-15b-5p 下游靶基因SIAH1(Seven in absentia homolog 1)表達(dá),促使α-syn 聚集,誘導(dǎo)路易小體的形成,加重PD 病理?yè)p傷[26];另一方面逆轉(zhuǎn)miR-15b-5p 對(duì)糖原合成酶激酶-3β(Glycogen synthase kinase-3β,GSK-3β)的抑制,促進(jìn)氧自由基(Reastive oxygen species,ROS)生成,抑制自噬而加速PD的發(fā)生發(fā)展[27],表明Snhg1 在PD 發(fā)病中至關(guān)重要。Cao B 等[28]研究發(fā)現(xiàn),PD 小鼠中Snhg1 與miR-7 結(jié)合,促進(jìn)小膠質(zhì)細(xì)胞及NLRP3 炎性小體的激活,使PD 病情發(fā)展;因此LncRNASnhg1/miR-7/NLRP3 在PD 發(fā)生中起重要作用。

2.7 HOTAIR

HOX 反義基因間RNA(HOX antisense intergenic RNA,HOTAIR),位于人類染色體12q13.13[29]。目前研究表明,HOTAIR 在多種疾病中表達(dá)上調(diào),參與調(diào)控細(xì)胞分化及凋亡等過(guò)程[30,31]。Wang S 等[32]研究發(fā)現(xiàn),在PD 小鼠模型中,HOTAIR表達(dá)上調(diào);而HOTAIR 可在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達(dá),如與其通過(guò)增強(qiáng)LRRK2 mRNA 穩(wěn)定性、促進(jìn)多巴胺能神經(jīng)元凋亡相關(guān);沉默HOTAIR 抑制caspase-3 的激活,抑制神經(jīng)細(xì)胞凋亡。Chen Z 等[33]研究表明,HOTAIR 作為內(nèi)源性競(jìng)爭(zhēng)物RNA(ceRNA)與miR-126-5p 相互作用,解除后者對(duì)Rab3a 相互作用蛋白(Rab3a interacting protein,RAB3IP)的抑制,從而促進(jìn)多巴胺神經(jīng)元丟失和細(xì)胞凋亡,加重PD 進(jìn)程;敲減HOTAIR 后,PD 鼠體內(nèi)TH 增多、α-syn 累積減少及多巴胺凋亡率下降,延緩PD 進(jìn)程;因此HOTAIR/miR-126-5/RAB3IP在PD 發(fā)生發(fā)展中起重要作用。

2.8 Neat1

LncRNA Neat1(Nuclear paraspeckle assembly transcript1,Neat1),主要編碼Neat1-1 和Neat1-2;Neat1 主要參與調(diào)控細(xì)胞凋亡、轉(zhuǎn)移等過(guò)程[34,35]。Yan W 等[36]研究發(fā)現(xiàn),Neat1 可在表觀遺傳水平調(diào)控基因表達(dá),其可通過(guò)與磷酸酶張力蛋白誘導(dǎo)激酶1(PTEN induced putative kinase1,PINK1)結(jié)合,調(diào)節(jié)其泛素化水平,增加穩(wěn)定性,促進(jìn)MPTP 誘導(dǎo)的自噬,加重多巴胺能神經(jīng)元損傷、誘導(dǎo)PD。Liu Y 等[37]研究發(fā)現(xiàn),PD 小鼠Neat1 表達(dá)上調(diào);敲減Neat1 后,Bax/Bcl-2、caspase-3 活性降低,減少α-syn 及其磷酸化水平。具體機(jī)制有待深入研究。

2.9 其他LncRNA

LncRNA PINK-AS 是PINK1 基因的反義轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物,可通過(guò)增強(qiáng)其靶基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的穩(wěn)定性、阻礙線粒體呼吸鏈功能,誘導(dǎo)神經(jīng)細(xì)胞凋亡,加重PD 的發(fā)展[38]。已有研究表明,LncRNA AL049437 敲減可增加細(xì)胞活力、線粒體跨膜電位及酪氨酸羥化酶的分泌;LncRNA AK021630 敲減可產(chǎn)生相反效果,推測(cè)出LncRNA AL049437 可能促進(jìn)PD 的發(fā)生發(fā)展,而LncRNA AK021630 可能參與抑制PD 的發(fā)生[39]。

3 小結(jié)與展望

隨著技術(shù)發(fā)展及對(duì)LncRNA 深入研究,曾被認(rèn)為是基因轉(zhuǎn)錄副產(chǎn)物或“暗物質(zhì)”,不具有任何生物學(xué)功能的LncRNA,可以通過(guò)多種途徑參與細(xì)胞生長(zhǎng)、增殖、分化及穩(wěn)態(tài)維持等重要生命活動(dòng)的調(diào)節(jié),與各種疾病的發(fā)生發(fā)展有著密切關(guān)系,已成為繼miRNA 后又一新的研究熱點(diǎn)。LncRNA 不僅為疾病機(jī)制的理解提供新視角,而且為疾病的診斷及治療提供新方法;相對(duì)于編碼蛋白的基因,其表達(dá)更具組織特異性和時(shí)空特異性,因此可作為疾病生物標(biāo)記物和治療靶標(biāo),在PD的預(yù)防、診斷及預(yù)后判斷中有著不可忽視的應(yīng)用前景。目前對(duì)LncRNA 研究還處于初步階段,相信隨著LncRNA 的深入研究,LncRNA 有望成為延緩PD 病情進(jìn)展的潛在新靶點(diǎn)。

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