《自然》雜志發(fā)表有關癌癥診斷的重要研究,美國加州大學圣地亞哥分校(UCSD)研究者,訓練人工智能從血液中鑒定來自微生物的線索,不僅可以識別出癌癥,還能對不同類型的癌癥做出區(qū)分。有研究機構評價指出,這項新的診斷工具,可能會改變人們觀察和診斷癌癥的方式。
現(xiàn)有的液體活檢技術,多是檢測基因組,如血中循環(huán)腫瘤細胞DNA或特定蛋白質,該研究提示可藉由體內的外來者提示腫瘤信息。近年來越來越多的研究證據(jù)顯示,人體微生物在多種類型腫瘤中扮演重要角色。如某些腸道細菌可能引發(fā)結直腸癌,還可能通過免疫系統(tǒng)影響肝癌發(fā)生、誘發(fā)白血病等。研究者猜測,這些微生物在腫瘤中起的作用比我們已知的要大,分析血液中來自微生物的遺傳信息,或可據(jù)其特征識別機體內的腫瘤。
研究者通過已有的人類腫瘤樣本,確認腫瘤相關的微生物核酸特征,從癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫獲得了約18 000份樣本,對其全基因組數(shù)據(jù)(DNA序列)和全轉錄組數(shù)據(jù)(RNA序列)進行了檢測,這些樣本覆蓋33種腫瘤、10 000余例病例,包括原發(fā)和復發(fā)腫瘤及轉移瘤,既有腫瘤組織也有相鄰組織和血液樣本。從幾千份樣本中找到獨特的微生物特征后,研究者將工作交給了人工智能(AI),訓練機器學習模型來挖掘數(shù)據(jù),將特定的微生物序列特征與特定的腫瘤相匹配。
為盡量避免在樣本采集、測序等步驟可能存在的微生物污染問題,研究者對數(shù)據(jù)集進行了嚴格的生物信息學過濾。在將Ⅲ、Ⅳ期腫瘤數(shù)據(jù)從數(shù)據(jù)集中去除后,發(fā)現(xiàn)模型依然可對許多腫瘤作出區(qū)分,提示在腫瘤的早期階段即可從血液中讀取出特定的微生物核酸特征。為將這一AI模型在真實世界數(shù)據(jù)中進行驗證,研究者分析了來自Moores癌癥中心的包括前列腺癌、肺癌和黑色素瘤等100例患者樣本,讓AI對每份血漿中的微生物核酸特征進行鑒定,并與69名健康無癌受試者的血樣進行比較。分析結果顯示,機器學習模型不僅可以區(qū)分患癌和無癌的樣本,還相當擅長區(qū)分不同類型的腫瘤:以86%的敏感性識別出肺癌患者,對于無肺部疾病的個體未出現(xiàn)假陽性報告,并以81%的準確率區(qū)分出前列腺癌和肺癌。
研究者認為,該研究邁出了只要一管血便能全面了解腫瘤細胞DNA和患者微生物群DNA的重要一步,若該研究結果得到證實,可能會對腫瘤患者診療和癌癥早診帶來重要影響。同期刊載的述評中有評論者指出,該研究作為一項早期的概念驗證研究,這種檢測方法應用到臨床還需要做大量工作,對于微生物在人體內的作用及在腫瘤微環(huán)境中的作用還需要深入探討,這只是研究血液微生物群和腫瘤相互作用的開始。