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中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所研究團(tuán)隊構(gòu)建首個油菜基因轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)庫

2020-01-19 19:59
中國食品學(xué)報 2020年8期
關(guān)鍵詞:全景圖中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油菜

近日, 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所油料作物基因組學(xué)與抗病性改良創(chuàng)新團(tuán)隊破譯了油菜基因組的全轉(zhuǎn)錄信息密碼,構(gòu)建了油菜十萬余個基因的轉(zhuǎn)錄全景圖,使得油菜基因功能研究第1 次有了標(biāo)準(zhǔn)的可參考的基因轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)庫, 將有力支撐油菜功能基因的相關(guān)研究。 該項研究成果在線發(fā)表在《The Plant Journal》(植物學(xué)報)上。

據(jù)團(tuán)隊首席科學(xué)家劉勝毅研究員介紹,油菜基因組包含約12 億個堿基和十余萬個基因,如何解讀這些海量的基因組信息成為功能基因研究的重要任務(wù)。根據(jù)中心法則,基因通過轉(zhuǎn)錄形成mRNA 再翻譯成蛋白質(zhì)。 由于基因的轉(zhuǎn)錄通常存在多種可變的剪切方式,因此一個基因可形成許多種不同的mRNA。此前,由于技術(shù)和資源的限制,缺乏油菜全基因組水平所有基因的轉(zhuǎn)錄mRNA 數(shù)據(jù)庫,因此導(dǎo)致油菜基因功能研究缺乏可查詢、參考的基因注釋信息。 為了突破這一瓶頸,該團(tuán)隊采用最新的三代測序技術(shù),準(zhǔn)確測定了油菜全長轉(zhuǎn)錄組,并自主開發(fā)了一套用于多倍體油菜復(fù)雜基因組的分型方法,繪制油菜基因組的轉(zhuǎn)錄全景圖,構(gòu)建油菜標(biāo)準(zhǔn)的參考轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫。 該研究得到國家重點研發(fā)計劃項目、國家自然科學(xué)基金項目和中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程等項目資助。

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