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基于MassArray法對PCOS患者DENND1A基因啟動子甲基化關(guān)聯(lián)性的研究

2020-06-24 03:33楊文娟袁彥玲謝正媛李寶鑫
關(guān)鍵詞:表觀甲基化位點

鄭 水*,楊文娟,袁彥玲,謝正媛,李寶鑫

(1.云南省人口和計劃生育科學(xué)技術(shù)研究所,云南 昆明 650021;2. 昆明醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院,云南 昆明 650032)

多囊卵巢綜合征(PCOS)是一種生殖功能障礙與糖代謝異常并存的內(nèi)分泌紊亂綜合征。在育齡婦女中的發(fā)生率約為6%~8%[1],其發(fā)病與表觀遺傳學(xué)異常相關(guān)。既往有關(guān)PCOS表觀遺傳學(xué)的研究集中在DNA甲基化這一現(xiàn)象上。既往研究驗證了DENND1A與PCOS發(fā)病具有關(guān)聯(lián)性[2]。通過檢測DENND1A啟動子甲基化的水平,可初步了解DENND1A與PCOS發(fā)生的相關(guān)性。

1 資料與方法

1.1 研究對象

病例組為育齡PCOS患者14例,對照組8例。采集患者不含卵子的卵泡液,保存至-20℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2 方法

1.2.1 目標(biāo)基因序列的生物信息學(xué)分析

利用EMBOSS Cpgplot工具測序列潛在的CpG島并,設(shè)計引物設(shè)計。

1.2.2 MassArray甲基化檢測

卵泡液1000rpm離心后取上清,酚氯仿法提取DNA。DNA樣本經(jīng)過NaHSO3處理后進行PCR擴增;PCR擴增反應(yīng)體系為ddH2O 4.9μL,含dNTPs的10×PCR Buffer 1.0μL,dNTPs(25mM)0.8μL,Taq DNA聚合酶(5U/μL)0.6μL,上下游引物(10pmo/μL)各0.2μL,DNA模板2.0μL。2個GpC島位于引物為5’-aggaagagagGGTGTAGATGTGTAA GGGTTTGTAA-3’, 5’-cagtaatacgactcactatagggagaaggc tACTTAATCCTAAAACCCATAATCCC-3’,和5’-aggaa gagagGGGATTATGGGTTTTAGGATTAAGT -3’,5’-ca gtaatacgactcactatagggagaaggctAAAAAACCATTTTCAAAA ACTCTCC -3’。PCR擴增程序為94℃ 4min;94℃ 20s,60℃ 30s,72℃ 1min共45個循環(huán);72℃ 5min。PCR擴增產(chǎn)物進行SAP反應(yīng),之后進行Mass Cleavage反應(yīng)。采用Agena MassARRAY Analyzer質(zhì)譜儀進行檢測。

2 結(jié) 果

2.1 MassArray甲基化檢測結(jié)果

2個CpG島分別檢測到27和15個CpG位點,甲基化水平≥10%的CpG位點共有9個(表1)。

表1 甲基化水平≥10%的CpG位點

2.2 兩組一般資料和激素水平比較

PCOS 組AMH水平顯著高于對照組(P<0.01)。其余變量兩組間差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P >0.05)。見表2。

表2 兩組患者一般臨床資料和基礎(chǔ)激素水平

3 討 論

甲基化檢測結(jié)果表明,DENND1A基因啟動子的某些位點確有較高的甲基化水平。對P值的計算結(jié)果顯示,在所檢測的CpG位點中PCOS組和對照組之間無顯著性差異。明確PCOS的致病原因有助于疾病本身的早期診斷和治療,也有助于解釋疾病以及并發(fā)癥的關(guān)系。敲除DENND1A.V2蛋白編碼基因則同時抑制了CYP17A1 和CYP11A1 基因轉(zhuǎn)錄及雄激素合成[3],因此推斷DENND1A 基因?qū)COS 患者的高雄表型有著重要影響,但目前尚無PCOS患者DENND1A基因啟動子甲基化方面的研究。PCOS發(fā)生機制的研究需考慮環(huán)境因素引起的表觀遺傳改變。

甲基化研究方法眾多,較為常見的有甲基化特異性PCR、亞硫酸氫鹽測序法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析和焦磷酸測序等。MassARRAY飛行質(zhì)譜檢測系統(tǒng)可實現(xiàn)甲基化定量檢測。本研究采用MassArray法對PCOS患者DENND1A基因啟動子甲基化進行研究,旨在獲得PCOS患者與非PCOS患者在DENND1A基因啟動子甲基化的差異。

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