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T2WI序列紋理分析聯(lián)合機器學(xué)習(xí)的影像組學(xué)術(shù)前預(yù)測腎透明細胞癌的病理分級

2020-09-08 02:33:04石博文葉靖段紹峰趙泓博劉路路許晴
關(guān)鍵詞:特征參數(shù)組學(xué)紋理

石博文,葉靖,段紹峰,趙泓博,劉路路,許晴

1.大連醫(yī)科大學(xué),遼寧大連 116044;2.江蘇省蘇北人民醫(yī)院影像科,江蘇揚州 225001;3.上海GE 醫(yī)療公司,上海 210000;4.揚州大學(xué),江蘇揚州 225001;*通訊作者 葉靖 18051061289@163.com

腎臟腫瘤是泌尿系統(tǒng)常見腫瘤,常無明顯癥狀,多因體檢發(fā)現(xiàn),且多為惡性[1]。腎細胞癌是泌尿系統(tǒng)中惡性度較高的腫瘤,也是最常見的腫瘤之一,其中最常見的病理類型是腎透明細胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC),約占腎臟腫瘤的60%。2016年,WHO 提出的新分級指南Fuhrman 核分級[2]在目前病理學(xué)分級系統(tǒng)的應(yīng)用最廣泛,也是判斷預(yù)后的獨立指標之一,F(xiàn)uhrman 分級與腫瘤的生長速度和患者的預(yù)后密切相關(guān),術(shù)前準確分級對手術(shù)的治療及預(yù)后極為重要[3]。目前常規(guī)影像學(xué)檢查對腫瘤術(shù)前病理分級的診斷價值有限,而影像組學(xué)作為一種無創(chuàng)方法,利用大量自動化數(shù)據(jù)特征化算法將感興趣區(qū)(ROI)轉(zhuǎn)化為可以進行發(fā)掘處理的特征空間數(shù)據(jù),結(jié)合機器深度學(xué)習(xí),能夠?qū)δ[瘤病變內(nèi)在的異質(zhì)性進行定量分析,并與病理分級進行關(guān)聯(lián)[4]。本研究擬探討基于磁共振T2WI 圖像紋理分析聯(lián)合機器學(xué)習(xí)的影像組學(xué)對術(shù)前預(yù)測ccRCC 病理分級的價值。

1 資料與方法

1.1 研究對象 收集2016年6月—2019年6月我院MR 診斷報告提示為腎癌并經(jīng)術(shù)后病理證實為ccRCC 的63 例患者,根據(jù)Fuhrman 分級標準[2]分為高級別ccRCC 29 例(Ⅲ級+Ⅳ級),低級別ccRCC 34 例(Ⅰ級+Ⅱ級),男43 例,女20 例,年齡27~82 歲,平均(58.4±11.02)歲。納入標準:①手術(shù)病理證實為ccRCC 并進行Fuhrman 分級;②術(shù)前進行常規(guī)MRI檢查,無明顯影響圖像紋理分析的偽影;③病灶均為單發(fā)且初發(fā)首治。

1.2 MRI 檢查 63 例患者均進行常規(guī)腎臟MRI 平掃,使用GE Discovery MR750 3.0T MR 掃描儀,患者掃描前均禁飲食8 h,橫軸面T2WI 采用呼吸觸發(fā)脂肪抑制PROPELLER 序列(RTr Ax fs T2 PROPELLER),掃描范圍覆蓋全部腎臟,T2WI 掃描參數(shù):TR 4800 ms,TE 74 ms,回波鏈長度28,矩陣320×320,層厚5 mm,層間距1.0 mm,視野40 cm×40 cm。

1.3 圖像處理 在醫(yī)院影像歸檔和通信系統(tǒng)(PACS)以DICOM 格式導(dǎo)出納入研究患者的腎臟MRI 圖像。將獲得的T2WI 圖像導(dǎo)入ITK-Snap 軟件(version3.8.0,www.itk-snap.org),然后勾畫ROI。由一位具有10年工作經(jīng)驗的影像診斷醫(yī)師操作軟件并對圖像進行判讀,采用盲法以手動方式在橫斷位T2WI 圖像上勾畫ROI(圖1),勾畫原則:①在病灶最大層面勾畫出病灶的最大范圍;②ROI 邊緣距離病灶邊緣約2 mm,盡量避免將腎臟正常組織畫入其中。由另一位高年資影像診斷醫(yī)師檢查勾畫結(jié)果,最后將獲取的ROI 圖像以NIFTI 格式保存。

圖1 男,42 歲。A.橫斷位磁共振T2WI 示右腎腫瘤;B.紅色區(qū)域為手動勾畫感興趣區(qū),術(shù)后病理證實為右腎透明細胞癌Ⅲ級

1.4 數(shù)據(jù)采集

1.4.1 特征提取 將獲取的T2WI 原始圖像和勾畫完成的ROI 圖像分為高級別ccRCC 和低級別ccRCC,分別導(dǎo)入A.K.軟件(Artificial Intelligent Kit),先進行圖像預(yù)處理,主要對異常值進行處理,使圖像標準化。然后將預(yù)處理后的圖像再次導(dǎo)入A.K.軟件提取病灶紋理特征,共396 個特征,包括6 類特征參數(shù):直方圖特征、形態(tài)學(xué)特征、灰度共生矩陣參數(shù)(grey level co-occurrence matrix,GLCM)、基于GLCM 的Haralick 特征參數(shù)、游程矩陣參數(shù)(run length matrix,RLM)、灰度連通區(qū)域矩陣參數(shù)(gray level size zone matrix,GLSAZM)。

1.4.2 特征篩選與統(tǒng)計學(xué)方法 使用A.K.軟件內(nèi)置R 語言算法自動進行統(tǒng)計分析。首先采用A.K.軟件提取T2WI 圖像上的396 個影像組學(xué)特征,使用單因素方差分析特征參數(shù),采用Mann-WhitneyU檢驗或t檢驗,剔除兩組參數(shù)間差異無統(tǒng)計學(xué)意義的參數(shù),此步驟篩選出89 個兩組之間差異有統(tǒng)計學(xué)意義的影像組學(xué)特征參數(shù)。然后采用Spearman 相關(guān)性分析進行特征去冗余,剔除自相關(guān)性系數(shù)>0.9 的紋理參數(shù),在第一步的基礎(chǔ)上進一步篩選出10 個特征參數(shù)。

1.4.3 構(gòu)建模型 將病例以7∶3 隨機分為訓(xùn)練集與測試集,使用降維后獲得的8 個特征參數(shù)建立隨機森林(random forest,RF)機器學(xué)習(xí)模型,70%的ROI 樣本(低級別23 例,高級別20 例)作為訓(xùn)練組訓(xùn)練機器學(xué)習(xí)模型,30%的樣本(低級別11 例,高級別9 例)作為測試組對模型的準確性進行測試,計算準確度、敏感度、特異度,并獲得ROC 曲線及曲線下面積(AUC)。

2 結(jié)果

2.1 影像組學(xué)特征提取 采用最小絕對收縮算子算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)進行特征值降維,采用交叉驗證篩選各個特征在最佳log(lambda)時的系數(shù),獲得與高、低級別ccRCC 鑒別相關(guān)的特征參數(shù)5 個,分為4 類。其中,直方圖參數(shù)1 個:uniformity;形態(tài)學(xué)參數(shù)1 個:Compactness 2;GLCM 2 個:Correlation_AllDirection_offset7_SD 和GLCMEntropy_AllDirection_offset7_SD;RLM 1 個:LongRunHighGreyLevelEmphasis_angle90_offset7(圖2)。

圖2 經(jīng)三步篩選在最佳log(lambda)時的系數(shù)(coefficient),獲得最具特征的5 個參數(shù)

2.2 構(gòu)建RF 機器學(xué)習(xí)模型及效能評價 使用A.K.軟件中的RF 模型對上述5 個影像學(xué)特征參數(shù)進行分類訓(xùn)練和測試,計算得訓(xùn)練集準確度、敏感度、特異度及ROI曲線下面積(AUC)均為100%,獲得訓(xùn)練集ROC 曲線;測試集準確度、敏感度、特異度及AUC 分別為85%、100%、72%、0.87,獲得測試集ROC 曲線(圖3)。

圖3 篩選出的5 個特征參數(shù)構(gòu)建RF 機器學(xué)習(xí)模型,A 為訓(xùn)練集ROC 的AUC 為1,B 為測試集ROC 的AUC 為0.87

3 討論

臨床上對不同病理級別的ccRCC 需采用不同的手術(shù)方案,高級別ccRCC 一般采取根治性腎切除術(shù),但對于低級別ccRCC,為了最大限度地保留腎單位,避免給患者帶來腎功能下降及心血管事件發(fā)生的風(fēng)險,通常行腎臟局部切除術(shù)或腹腔鏡等創(chuàng)傷較小的手術(shù)[5],因此術(shù)前明確ccRCC 的病理分級至關(guān)重要。

影像組學(xué)方法是指對圖像提取定量影像學(xué)特征,并通過分割、特征提取、模型建立等得到圖像的灰度變化、體素空間關(guān)系等特征,從而實現(xiàn)對疾病的精準預(yù)測、診斷及預(yù)后評估等[6-7],這不僅避免了觀察者本身對于影像特征解讀的主觀偏向,還能深度挖掘并整合影像圖像中大量的人眼無法識別和區(qū)分的數(shù)字化信息,從而提高疾病的診斷效能,且非侵入性的影像組學(xué)檢查無損傷,可重復(fù)檢查[8]。MRI 具有高分辨率、無電離輻射損失、可提供多參數(shù)功能成像等優(yōu)勢,T2WI序列圖像組織分辨率更高,對病灶顯示更為清晰。T1WI、DWI 序列圖像對病灶的大小、邊緣顯示不及T2WI 序列圖像。CT 掃描作為檢出和診斷腎臟腫瘤的常用方法,具有一定的輻射性;CT 增強掃描需要注射對比劑,有引起對比劑過敏的風(fēng)險,并增加腎功能不全患者的腎臟負擔(dān)。此外,病灶碘含量值受掃描時相、血管異常等因素的干擾,容易影響高、低級別組間差異的顯著性[9]。因此本研究采用基于磁共振T2WI 圖像影像組學(xué)對高、低病理級別的ccRCC 病變進行研究。

既往研究已證實通過影像組學(xué)診斷腎臟腫瘤性病變的可行性。王平等[10]采用CT 增強圖像影像組學(xué)模型鑒別ccRCC 與非透明細胞癌,顯示良好的診斷效能。Juntu 等[11]使用支持向量機分類器對86 例良性和49 例惡性腎臟軟組織腫瘤患者的MRI 影像進行紋理分析,發(fā)現(xiàn)基于T1WI 的紋理分析鑒別軟組織腫物良惡性的AUC 值(0.93)高于肉眼診斷的AUC 值(0.90)。白旭等[12]研究證實發(fā)生不同部位轉(zhuǎn)移的ccRCC 原發(fā)灶基于T2WI圖像的影像組學(xué)特征差異有統(tǒng)計學(xué)意義。然而,利用磁共振T2WI 圖像紋理分析聯(lián)合機器學(xué)習(xí)的影像組學(xué)預(yù)測ccRCC 術(shù)前病理分級的相關(guān)研究目前鮮有報道。

本研究采用磁共振T2WI 圖像影像組學(xué)構(gòu)建RF機器學(xué)習(xí)模型,探討高、低病理級別ccRCC 病變的異質(zhì)性,研究采用的影像圖像來自同一臺MRI 設(shè)備,手動勾畫腫瘤病變區(qū)域,并進行圖像預(yù)處理,以減小個體差異及采集誤差,保證了提取特征的可靠性。最終篩選獲得直方圖參數(shù)、形態(tài)學(xué)參數(shù)、GLCM 及RLM 4類特征參數(shù)。直方圖參數(shù)與圖像像素有關(guān),其中均勻度參數(shù)描述了圖像紋理的均勻程度。GLCM 反映間隔一定距離的一對像素在既定方向上成對出現(xiàn)的頻率,而RLM 反映具有某灰度值的像素于既定方向上連續(xù)出現(xiàn)的頻數(shù),能在一定程度上反映圖像的對比度,表明紋理模式中的異質(zhì)性。這4 類參數(shù)描述了圖像灰度的對稱性、紋理的均勻程度以及灰度分布的不確定性和隨機性。而灰度均值和灰度分布的不均勻性特征又代表腫瘤的生物學(xué)侵襲性。高、低級別ccRCC 在T2WI圖像影像組學(xué)特征上存在差異,其原因可能是與低級別ccRCC 相比,高級別ccRCC 病灶存在以下特點:①成分復(fù)雜,腫瘤內(nèi)常并發(fā)壞死、出血;②腫瘤新生血管豐富、紆曲,分支更不規(guī)則,血供存在差別;③腫瘤細胞的密度較大,細胞外間隙相對?。虎芨呒墑eccRCC細胞核較大且中重度不規(guī)則。

本研究構(gòu)建RF 機器學(xué)習(xí)模型,分析基于T2WI圖像與高、低級別ccRCC 鑒別相關(guān)的5 個特征參數(shù)。RF 算法是一種集成機器學(xué)習(xí)方法,它利用隨機自助法重采樣技術(shù)和節(jié)點隨機分裂技術(shù)構(gòu)建多棵決策樹,通過投票得到最終分類結(jié)果[13]。RF 算法泛化能力強,不容易過擬合,訓(xùn)練速度快,可并行計算,而且對樣本缺失值不敏感。本文計算得RF 模型下訓(xùn)練集準確度、敏感度、特異度、ROI 的AUC 均為1;測試集準確度為85%、敏感度為100%、特異度為72%、AUC為0.87。本研究測試集的準確度為85%,表明測試集能較好地模擬訓(xùn)練集,訓(xùn)練集與驗證集擬合度較好,本研究構(gòu)建的RF 模型可重復(fù)性高。李小虎等[14]對34 例ccRCC 患者進行基于CT 圖像的影像組學(xué)分析,構(gòu)建RF 模型鑒別低級別和高級別ccRCC,證明影像組學(xué)結(jié)合RF 模型對ccRCC 術(shù)前病理分級預(yù)測有價值,AUC 為0.88,與本研究AUC 值相似,其敏感度為79%,較本研究中的敏感度(100%)低,可能是由于T2WI 組織分辨率更高,對分級的診斷價值可能高于CT。He 等[15]利用CT 紋理分析聯(lián)合機器學(xué)習(xí)對227 例ccRCC 病例進行研究,證實在提取的556 個紋理特征中CIF-minMSEM 參數(shù)具有很好的診斷效能,其正確率為(94.06±1.14)%,較本研究中的正確率(85%)高,盡管該研究采用CT 圖像,但其采用MaZda(version4.6)軟件進行紋理提取和分析,該軟件可能較本研究采用的A.K.軟件性能更為成熟。此外,本研究樣本量較少,導(dǎo)致準確性略低。

本研究的局限性為:①二維的ROI 可能會遺漏一些影像學(xué)特征,ROI 的選擇為腫瘤的最大層面,影像學(xué)紋理分析僅反映該層面ROI 的異質(zhì)性,不能完全反映該腫瘤組織整體的異質(zhì)性;②本研究為回顧性分析,且各病理級別組樣本相對較少;③盡管影像組學(xué)為腫瘤的術(shù)前病理分類提供了較好的應(yīng)用結(jié)果,但其醫(yī)學(xué)解釋有待進一步研究。后期將收集更多樣本,并在三維ROI 的基礎(chǔ)上進行前瞻性研究。

總之,基于磁共振T2WI 紋理分析聯(lián)合機器學(xué)習(xí)的影像組學(xué)對鑒別診斷高、低級別ccRCC 具有一定的價值。

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