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基于PubMed 和預(yù)印本網(wǎng)站的生物醫(yī)學(xué)檢索課分層設(shè)計(jì)研究*
——以新型冠狀病毒的認(rèn)識(shí)特點(diǎn)為例

2020-09-16 08:11:12
關(guān)鍵詞:生物醫(yī)學(xué)檢索階段

鄭 蕊

(中央民族大學(xué),北京 100081)

生物醫(yī)學(xué)是極為依賴期刊文獻(xiàn)的一門學(xué)科,生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)閱讀對提高學(xué)生對學(xué)科領(lǐng)域的認(rèn)識(shí),優(yōu)化學(xué)生的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、調(diào)整學(xué)生實(shí)驗(yàn)策略并最終提出更科學(xué)的醫(yī)療方案都起著極為關(guān)鍵的作用。隨著高年級科研任務(wù)的逐漸加重,實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目攻堅(jiān)時(shí)的每一步策略調(diào)整都要參考大量的文獻(xiàn)閱讀和分析。但是現(xiàn)階段,由于高校圖書館學(xué)科服務(wù)的局限性,學(xué)科服務(wù)更多針對人文社科,理科的文獻(xiàn)檢索課程開的少,深度有限。對比高校圖書館動(dòng)輒百萬千萬的理科數(shù)據(jù)庫投入,一定程度上,圖書館對于生物醫(yī)學(xué)學(xué)科的文獻(xiàn)推廣和學(xué)科服務(wù)助力較少。另外,科研單位針對本碩博不同階段學(xué)生的培養(yǎng)目標(biāo),課程設(shè)

置上很難科學(xué)系統(tǒng)地兼顧不同階段學(xué)生的文獻(xiàn)需求,做不到系統(tǒng)性地信息素養(yǎng)規(guī)劃。

本研究立足“雙一流”學(xué)科建設(shè),強(qiáng)調(diào)圖書館學(xué)科服務(wù)在這種情況下的能動(dòng)性,旨在利用生物醫(yī)學(xué)學(xué)科最常用的文獻(xiàn)集成平臺(tái)PubMed,為圖書館推進(jìn)生物醫(yī)學(xué)檢索課程進(jìn)行系統(tǒng)性的規(guī)劃設(shè)計(jì),提出合理的分層嵌入式服務(wù)方案。

1 研究現(xiàn)狀及發(fā)展動(dòng)態(tài)分析

1.1 國內(nèi)圖書館學(xué)科服務(wù)發(fā)展現(xiàn)狀及趨勢

學(xué)科服務(wù)又稱嵌入式服務(wù),起源于國外研究型大學(xué)圖書館,旨在為學(xué)習(xí)、教學(xué)、科研提供主動(dòng)性、專業(yè)化、深層次的文獻(xiàn)信息服務(wù)。在中國知網(wǎng)中檢索“圖書館學(xué)科服務(wù)”可知,這一議題從2005年以來持續(xù)升溫中。

近年來,在“雙一流”學(xué)科建設(shè)的導(dǎo)向下,圖書館學(xué)科服務(wù)開始趨向精準(zhǔn)的靶向服務(wù)。但是聚焦學(xué)科服務(wù)研究現(xiàn)狀可知,學(xué)科服務(wù)研究偏重理論層面,學(xué)者普遍關(guān)注實(shí)現(xiàn)平臺(tái)、服務(wù)質(zhì)量評價(jià)、模式構(gòu)建等問題??v觀近期新的研究成果,李志芳[1]關(guān)注新平臺(tái)助力學(xué)科服務(wù);趙麗芳[2]、付勃達(dá)[3]關(guān)注微信平臺(tái)能夠提供的學(xué)科服務(wù);宋玲玲[4]關(guān)注學(xué)科服務(wù)質(zhì)量評價(jià);付玲玲[5]、郭春陽[6]、孫羽佳[7]關(guān)注新技術(shù)大數(shù)據(jù)新模型影響下的圖書館學(xué)科服務(wù)模式構(gòu)建。依舊是理論層面的討論居多。

在實(shí)踐層面上,學(xué)科服務(wù)的開展有較大的局限性。郭淑艷,周麗晴等[8]學(xué)者的調(diào)查顯示,現(xiàn)階段圖書館學(xué)科服務(wù)深入學(xué)科教學(xué)的較少,多數(shù)學(xué)科館員從事的是基礎(chǔ)聯(lián)絡(luò)、資源配置等工作,少數(shù)圖書館則開展了面向?qū)W科的增值服務(wù)。

在現(xiàn)實(shí)層面上,新型冠狀病毒的肆虐使得全社會(huì)前所未有地關(guān)注生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,推動(dòng)科研醫(yī)療工作快速發(fā)展,以解決疫情下的全球困境。更高的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索和閱讀水平,能夠讓生物醫(yī)學(xué)學(xué)生更快更清晰地了解疫情前沿,知悉醫(yī)療案例,對比醫(yī)療方案,提升專業(yè)水平,具有深遠(yuǎn)的現(xiàn)實(shí)意義。

綜上,高校圖書館學(xué)科服務(wù)深化應(yīng)整合業(yè)務(wù),提供務(wù)實(shí)的解決方案,設(shè)計(jì)立足學(xué)科發(fā)展和學(xué)生培養(yǎng),與專業(yè)需求深度嵌合的文獻(xiàn)檢索課程。

1.2 生物醫(yī)學(xué)檢索課程研究情況概述

1.2.1 國內(nèi)生物醫(yī)學(xué)學(xué)科服務(wù)研究情況

生物醫(yī)學(xué)學(xué)科對新文獻(xiàn)依賴程度非常高,但由于圖書館服務(wù)水平的限制,服務(wù)偏重文獻(xiàn)推廣、信息咨詢、技巧介紹,尚未有文獻(xiàn)提供設(shè)計(jì)成熟的生物醫(yī)療信息素養(yǎng)教育課程案例。

截至2019 年12 月23 日,中國知網(wǎng)“生物醫(yī)學(xué)+學(xué)科服務(wù)”兩個(gè)關(guān)鍵詞所檢索出的文章僅有8 篇,具體偏向于學(xué)科資源共享平臺(tái)的建立[9]、學(xué)科服務(wù)模式的探討[10]等理論性問題。僅有兩篇文章涉及PubMed 平臺(tái),但一篇偏重平臺(tái)文獻(xiàn)傳遞功能[11],一篇偏重?zé)狳c(diǎn)分析[12],對學(xué)科檢索課程沒有系統(tǒng)整體的設(shè)計(jì)。尚沒有介紹技巧之外、與學(xué)科貼合的分層嵌入式文獻(xiàn)檢索課程案例。

正方四角錐和斜放四角錐三層網(wǎng)架均由上弦桿、中弦桿、下弦桿以及上腹桿和下腹桿組成。由于屋面跨度太大,屋面排水如采用小立柱找坡,小立柱高度會(huì)超過2 m,很容易失穩(wěn),故考慮采用網(wǎng)架變高度找坡,上弦和中弦間變高度,中弦和下弦間等高度。網(wǎng)架支座設(shè)置在中弦層上,支座沿四周均勻布置。試算時(shí)荷載考慮閥廳屋面附加恒荷載、屋面活荷載、設(shè)備吊點(diǎn)以及吊車荷載。計(jì)算模型和計(jì)算結(jié)果分別如圖5、圖6和表1、表2所示。

在中國知網(wǎng)用“生物醫(yī)學(xué)+檢索”兩個(gè)關(guān)鍵詞檢索,截至2019 年12 月23 日,可得到1 253 條結(jié)果。結(jié)果集中在技巧探討、熱點(diǎn)追蹤、期刊收錄等細(xì)節(jié)之中,針對學(xué)科的文獻(xiàn)檢索課程案例依舊很少,這些對人們檢索課程內(nèi)容有很大借鑒意義。

對比兩次檢索詞的選用可以得出,在生物醫(yī)學(xué)學(xué)科中,對于檢索技巧、熱點(diǎn)追蹤、文獻(xiàn)獲取、深度閱讀等問題都有所關(guān)注,缺乏整體的信息管理和學(xué)科信息素養(yǎng)理論的概括整合,更沒有針對不同需求讀者的分層教育方案。

1.2.2 國外生物醫(yī)學(xué)學(xué)科服務(wù)開展情況

截至2019 年12 月23 日,在Web of science網(wǎng)站上檢索“Biomedical+subject service”可得到2 239 條結(jié)果。同樣,擴(kuò)大范圍利用“Biomedical+retrieval”兩詞則可得到27 068 條結(jié)果,有關(guān)“生物醫(yī)學(xué)+檢索”兩個(gè)關(guān)鍵詞的研究情況,分國別統(tǒng)計(jì)順序依次是美國、英國、英格蘭、德國,然后才是中國。在國際期刊上,也可以看出國內(nèi)生物醫(yī)學(xué)檢索研究與一流水平有一定的差距。從文章語言分類分析,97%以上的文獻(xiàn)使用的是英文發(fā)表,明顯看出國外期刊更重視生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索的探索。

從研究內(nèi)容看,國外成果有兩萬多條,內(nèi)容豐富,細(xì)分領(lǐng)域非常廣,如生物信息學(xué)、放射醫(yī)學(xué)成像、醫(yī)學(xué)信息學(xué)、神經(jīng)醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)、內(nèi)科、生物醫(yī)學(xué)儀表儀器等。每一個(gè)生物醫(yī)學(xué)細(xì)分領(lǐng)域都有大量深度的研究。

綜上所述,國外對生物醫(yī)學(xué)學(xué)科的檢索研究,無論是深度還是廣度都超過國內(nèi)。

1.2.3 生物醫(yī)學(xué)學(xué)科服務(wù)綜合情況

檢索中需要說明的是,上述檢索結(jié)果可以清楚對比出國內(nèi)外生物醫(yī)學(xué)學(xué)科的研究差距懸殊,考慮到文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的結(jié)果呈現(xiàn)邏輯,關(guān)鍵詞選用“生物醫(yī)學(xué)”“生物學(xué)”“醫(yī)學(xué)”等詞匯在數(shù)據(jù)庫中會(huì)作為共現(xiàn)詞共同出現(xiàn),檢索結(jié)果相近,故上面僅選取了“生物醫(yī)學(xué)”和“檢索”這一組關(guān)鍵詞所呈現(xiàn)的結(jié)果。

通過上述結(jié)果可知,國內(nèi)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的學(xué)科服務(wù)檢索課研究偏重理論探索和技術(shù)討論,缺乏系統(tǒng)性的規(guī)劃,在高校學(xué)生專業(yè)發(fā)展上,缺少具有指導(dǎo)意義的信息素養(yǎng)案例和操作指南。圖書館生物醫(yī)學(xué)學(xué)科服務(wù)由于專業(yè)性強(qiáng)、壁壘高、實(shí)踐性強(qiáng)等原因開展緩慢,亟待更專業(yè)的學(xué)科館員參與規(guī)劃和系統(tǒng)設(shè)計(jì),并開設(shè)實(shí)踐課程。

目前,國外生物醫(yī)學(xué)學(xué)科發(fā)達(dá),在學(xué)科服務(wù)、細(xì)分檢索方面有大量細(xì)致的研究。高校圖書館應(yīng)重視這一差距,針對國內(nèi)生物醫(yī)學(xué)學(xué)科服務(wù)存在的問題,設(shè)計(jì)有效的學(xué)科保障體系和文獻(xiàn)檢索課程。

2 PubMed 平臺(tái)與學(xué)科服務(wù)研究

PubMed 是美國國家圖書館(NLM) 下屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI) 研發(fā)的文摘數(shù)據(jù)庫,少數(shù)可查看全文。作為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域影響力最大的數(shù)據(jù)庫之一,PubMed 以其數(shù)據(jù)更新快、可免費(fèi)使用、查全率高等優(yōu)勢受到科研工作者的青睞。

2.1 選用原因

本研究選用PubMed 平臺(tái)作為文獻(xiàn)檢索課的實(shí)踐平臺(tái),因?yàn)镻ubMed 可以在公網(wǎng)系統(tǒng)使用,能夠總覽學(xué)術(shù)發(fā)展,并提供獲取途徑,適合作為不同層次的生物醫(yī)學(xué)學(xué)科學(xué)生的檢索基礎(chǔ)進(jìn)行培訓(xùn)。具體說來,選用PubMed 進(jìn)行分層檢索實(shí)踐是由于以下4 個(gè)方面。

第一,PubMed 具有方便性、無IP 限制、隨意訪問、支持隨時(shí)隨地查找文獻(xiàn)等??梢员苊飧咝D書館傳統(tǒng)專業(yè)性數(shù)據(jù)庫普遍存在的IP 限制、并發(fā)用戶限制等問題。

第二,PubMed 有一站式檢索和全文鏈接,可以全面完整地呈現(xiàn)研究現(xiàn)狀,避免費(fèi)時(shí)費(fèi)力地跨庫尋找,也可以彌補(bǔ)圖書館數(shù)據(jù)庫購買不足的問題。

第三,PubMed 可以更全面揭示學(xué)科發(fā)展,避免因?yàn)閿?shù)據(jù)庫使用不全造成的檢索結(jié)果不完全呈現(xiàn)。學(xué)生在不同學(xué)習(xí)階段,不同科研單位所擁有的數(shù)字資源各不相同,比如常用的外文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫有SpringerLink,EBSCO(asp/bsp),Wiley,JSTOR 等。數(shù)據(jù)庫收錄范圍不同,檢索結(jié)果也有差異。數(shù)據(jù)庫商版權(quán)限制造成的知識(shí)壁壘,會(huì)造成僅僅呈現(xiàn)本數(shù)據(jù)庫收錄文獻(xiàn)的問題;同時(shí),高校圖書館文獻(xiàn)資源投入差異不同,數(shù)據(jù)庫購買量不一,也可能影響學(xué)生的查全率和查準(zhǔn)率。PubMed 提供文章的索引,提供文章鏈接,沒有購買的文章也可以引導(dǎo)學(xué)生通過文獻(xiàn)求助或者文獻(xiàn)傳遞多途徑獲取文獻(xiàn),將版權(quán)壁壘的影響降到了最低。

第四,緊急公共衛(wèi)生事件情況下,為了更快速地分享科研成果,爭分奪秒、治病救人,許多團(tuán)隊(duì)選擇繞開投稿、同行評審等步驟,將生物醫(yī)療最新的成果先發(fā)表在預(yù)印本網(wǎng)站上,在分享信息的后期繼續(xù)走完見刊流程,這類文章大多最終會(huì)二次發(fā)表在正規(guī)期刊中,在PubMed 中體現(xiàn)會(huì)有一定的延遲性。這需要在快速反應(yīng)的疫情中出現(xiàn)影響PubMed查全率和權(quán)威性的一個(gè)變數(shù),故本研究為了在當(dāng)前新型冠狀病毒突發(fā)的狀況下體現(xiàn)生物醫(yī)學(xué)檢索課程的思路,也會(huì)兼引預(yù)印本網(wǎng)站的成果。

綜上,選用PubMed 作為生物醫(yī)學(xué)學(xué)科檢索課的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)平臺(tái),并利用預(yù)印本網(wǎng)站進(jìn)行信息補(bǔ)充,經(jīng)過充分的考慮,利于檢索課程的框架設(shè)計(jì)和內(nèi)容的傳達(dá)。

2.2 已有的關(guān)于PubMed 平臺(tái)研究

目前,國內(nèi)現(xiàn)有關(guān)于PubMed 的研究非常多,主要集中在行業(yè)熱點(diǎn)研究的文獻(xiàn)計(jì)量分析、生物醫(yī)學(xué)期刊的收錄和查找、平臺(tái)發(fā)文統(tǒng)計(jì)和投稿技巧、數(shù)據(jù)庫檢索使用技巧等領(lǐng)域。

針對平臺(tái)促進(jìn)信息素養(yǎng)教育,檢索課程的研究主要有南方醫(yī)科大學(xué)圖書館的可檢索介紹[13]、孫輝的檢索技巧[14]、張昱的檢索實(shí)踐探索[15]等多種類型。

總的來說,對于這個(gè)平臺(tái)的系統(tǒng)介紹非常少,對于平臺(tái)的研究偏重檢索技巧,缺乏基于學(xué)生不同需求的頂端課程設(shè)計(jì)。

3 生物醫(yī)學(xué)檢索本碩博分層框架設(shè)計(jì)

3.1 生物醫(yī)學(xué)檢索課程的設(shè)計(jì)方面

已有研究顯示課程大多開設(shè)在本科大二、大三年級,形式為選修課。如:鄭世仲、陳美霞等[16]認(rèn)為“生物學(xué)本科專業(yè)在第六學(xué)期開設(shè)較為合適。”蘇銳、韓澤洲[17]認(rèn)為“可以將生物工程‘文獻(xiàn)檢索’課程設(shè)置為必修課,安排在本科大二、大三年級學(xué)習(xí),盡早樹立大學(xué)生的信息意識(shí)。并將‘文獻(xiàn)檢索’課程學(xué)時(shí)增加為36 學(xué)時(shí),其中18 學(xué)時(shí)用于介紹各個(gè)數(shù)據(jù)庫及生命科學(xué)專業(yè)的信息檢索方法及技巧,18 學(xué)時(shí)用于上機(jī)實(shí)踐?!鼻厥18]表示“江蘇師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物專業(yè)文獻(xiàn)檢索與論文寫作課程開設(shè)在第五學(xué)期,共36 個(gè)學(xué)時(shí),是一門選修課程?!庇缮峡芍?,嵌入式分本、碩、博階段的生物醫(yī)學(xué)學(xué)生的文獻(xiàn)檢索課程開展得較少。本研究擬設(shè)計(jì)高等學(xué)校學(xué)制自然分層的本、碩、博3 個(gè)階段的嵌入式檢索課程。

3.2 本碩博3 個(gè)階段的問題和課程設(shè)計(jì)

本研究將本、碩、博3 個(gè)階段的學(xué)習(xí)分為知識(shí)學(xué)習(xí)、科研實(shí)踐、科研探索3 個(gè)階段。將大學(xué)本科規(guī)劃為知識(shí)學(xué)習(xí)到科研實(shí)踐過渡階段,碩士階段規(guī)劃為科研實(shí)踐到科研探索階段,最后博士階段規(guī)劃為科研探索階段。這樣,本科學(xué)生應(yīng)該掌握基本的生物醫(yī)學(xué)知識(shí)以及科研基礎(chǔ),碩士則掌握科研實(shí)踐和探索手段,博士則是科研探索為主。在不同的學(xué)習(xí)階段,生物醫(yī)學(xué)學(xué)生應(yīng)該解決的問題不同,本科階段是建立學(xué)科體系,掌握學(xué)科方法;碩士階段是掌握實(shí)驗(yàn)方法,認(rèn)識(shí)科研探索;博士階段則是了解掌握科研探索所需要的檢索技巧。初步預(yù)設(shè)圖書館針對不同階段不同層級學(xué)生提供的生物醫(yī)學(xué)檢索課框架見第32 頁表1。

3.3 以新型冠狀病毒為例的文獻(xiàn)查找方案設(shè)計(jì)

在上述設(shè)計(jì)中,主要分析了本、碩、博3 個(gè)階段的文獻(xiàn)查找需求和應(yīng)該設(shè)計(jì)的課程內(nèi)容,因?yàn)椴煌盒5恼n程設(shè)計(jì)有所不同,檢索課開展的情況也各有特色,所以筆者認(rèn)為,將這些內(nèi)容嵌入不同階段的專業(yè)課中,是比較合適的專業(yè)檢索課程的實(shí)現(xiàn)形式。由于近期全球最大的生物醫(yī)學(xué)事件就是新型冠狀病毒的爆發(fā),大眾十分關(guān)心學(xué)界對病毒的認(rèn)識(shí)了解,對臨床治療第一手資料的解讀等新聞。故本設(shè)計(jì)將以新型冠狀病毒為例,逐步舉例,如何在PubMed 平臺(tái)、預(yù)印本網(wǎng)站以及其他數(shù)據(jù)庫中開展不同層次的嵌入式課程教學(xué),具體細(xì)節(jié)如下。

本科大一、大二年級(知識(shí)學(xué)習(xí)階段),需要懂得圖書館的基本資源情況、經(jīng)典圖書查找、綜合閱讀推廣以及經(jīng)典文獻(xiàn)閱讀這4 個(gè)方面。在講課時(shí),也可以設(shè)計(jì)這4 個(gè)層面的檢索實(shí)踐,如通過各種數(shù)據(jù)庫了解病毒,同時(shí)了解數(shù)據(jù)庫信息呈現(xiàn)的內(nèi)容和形式;學(xué)會(huì)查找館藏紙本圖書、電子圖書中與“病毒學(xué)”相關(guān)的內(nèi)容,并精讀。

表1 本科、碩士、博士各階段生物醫(yī)學(xué)檢索課框架

本科大三、大四年級(知識(shí)學(xué)習(xí)到科研實(shí)踐過渡階段),需要對本專業(yè)重要紙本經(jīng)典著作有所了解,講課時(shí),可以設(shè)計(jì)病毒學(xué)重要紙本經(jīng)典著作閱讀,如徐耀先等編著的《分子病毒學(xué)》[19],楊占秋、余宏主編的《臨床病毒學(xué)》[20],張正主編的《檢驗(yàn)與臨床診斷病毒學(xué)分冊》[21]等圖書。這一階段也需要對PubMed 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行總體了解,在PubMed 平臺(tái)認(rèn)識(shí)方面,總體了解NCBI 數(shù)據(jù)庫及各子數(shù)據(jù)庫,如PubMed(包含來自MEDLINE、生命科學(xué)期刊和在線書籍的3 000 多萬篇生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)引文) 可追蹤新型冠狀病毒的最新研究成果(在其下搜索SARS-CoV-2 或COVID-19 等關(guān)鍵詞)、Gene(整合了來自各種物種的基因信息)、GenBank(基因序列數(shù)據(jù)庫,所有公開的DNA 序列的帶注釋集合) -可查閱各實(shí)驗(yàn)室解譯的新型冠狀病毒最新序列(如在其下搜索SARS-CoV-2 可獲得目前已知500 余種新型冠狀病毒基因序列)、Protein(包括來自多個(gè)來源的注釋編碼區(qū)域的翻譯序列集合) 可查閱病毒相關(guān)蛋白序列和毒株形態(tài)等、PubChem(世界上最大的免費(fèi)獲取化學(xué)信息的數(shù)據(jù)庫)、BLAST(發(fā)現(xiàn)生物學(xué)序列之間的相似區(qū)域) 可比較新型冠狀病毒毒株之間以及與其他病毒的序列差異等。同時(shí),這一階段還需要對學(xué)科經(jīng)典論文回溯性學(xué)習(xí)。以冠狀病毒的經(jīng)典文獻(xiàn)為例,病毒傳播初期一定是詳細(xì)回顧SARS 和MERS 的研究情況,在PubMed 下搜索“SARS+MERS+Review” 得到的經(jīng)典綜述文獻(xiàn)如SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses[22]及 Pathogenic human coronavirus infections: causes and consequences of cytokine storm and immunopathology[23]等,可迅速獲得前兩次冠狀病毒引發(fā)流行病的總體介紹和致病機(jī)理。

碩士階段(科研實(shí)踐到科研探索階段),需要了解目標(biāo)領(lǐng)域的熱點(diǎn)文獻(xiàn),并能進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作及重復(fù)文獻(xiàn)中的同性試驗(yàn),學(xué)會(huì)利用PubMed 進(jìn)行文獻(xiàn)查找和學(xué)習(xí),再在文獻(xiàn)閱讀基礎(chǔ)上嘗試實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、操作、結(jié)果分析等工作。以此次新型冠狀病毒肺炎疫情為例,相關(guān)最新最重要的科研成果一般會(huì)發(fā)表在生物醫(yī)學(xué)最頂尖的期刊,如《The New England Journal of Medicine》 《The Lancet》 《JAMA》,自然科學(xué)最頂尖的期刊如《Nature》 《Science》等,如最早報(bào)道此次新型冠狀病毒肺炎疫情的頂刊文章A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019[24]及Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China[25]等。在PubMed 下搜索刊名,如" Lancet" [jour] 就可看到《The Lancet》期刊最新發(fā)表的所有文章,并可加搜SARS-CoV-2 等關(guān)鍵詞。根據(jù)個(gè)人研究興趣,可在搜索關(guān)鍵詞后添加其他關(guān)鍵詞或者期刊、作者、文章類型等信息定向搜索所需文獻(xiàn)。如對新型冠狀病毒起源感興趣,搜索“SARS-CoV-2+Origin”可以找到最早報(bào)道新型冠狀病毒序列的文章,如A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin[26]及A new coronavirus associated with human respiratory disease in China[27]等。如對新型冠狀病毒臨床特征感興趣,搜索“SARS-CoV-2+Clinical Characteristics”可以找到相關(guān)重要文章如Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China[28]及Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study[29]等。在了解新型冠狀病毒及疫情的相關(guān)信息后,可根據(jù)研究興趣和實(shí)際情況明確研究方向,進(jìn)一步利用PubMed 完成早期實(shí)驗(yàn)調(diào)研及初步設(shè)計(jì)。如想在恒河猴上構(gòu)建新型冠狀病毒的非人靈長類動(dòng)物模型,進(jìn)一步進(jìn)行相關(guān)藥物和疫苗篩選的研究。由于建立最新模型無成例可循,因此可在PubMed 下搜索“SARS+rhesus macaque”或“MERS+rhesus macaque”,找到與新型冠狀病毒類似的冠狀病毒的恒河猴模型的建立及其藥物篩選的文章,如Using siRNA in prophylactic and therapeutic regimens against SARS coronavirus in Rhesus macaque[30]及Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes transient lower respiratory tract infection in rhesus macaques[31]等。

博士階段(科研探索階段),需要根據(jù)本人實(shí)驗(yàn)與科學(xué)方向?qū)?biāo)PubMed 中具體研究方向、作者/實(shí)驗(yàn)室、期刊、原始數(shù)據(jù)集甚至科研單位,常規(guī)性地進(jìn)行文獻(xiàn)閱讀,策略學(xué)習(xí)。為了進(jìn)一步完善實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),需要時(shí)刻把握此領(lǐng)域最新發(fā)展動(dòng)向。因此須在PubMed 中定期關(guān)注相關(guān)重點(diǎn)期刊及領(lǐng)域的前沿研究者,搜索相關(guān)關(guān)鍵詞,不斷深入優(yōu)化,把握課題前沿信息。如在新型冠狀病毒的恒河猴模型課題中需時(shí)刻關(guān)注《The New England Journal of Medicine》《The Lancet》 《Nature》 等 期 刊, 定 期 搜 索“SARS-CoV-2”“COVID-19”“Pathogenesis”“rhesus macaque”等關(guān)鍵詞,重點(diǎn)追蹤新型冠狀病毒的動(dòng)物模型領(lǐng)域國內(nèi)外主要研究者(如中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物研究所秦川研究組、美國國立衛(wèi)生研究院過敏與傳染病研究所Emmie de Wit 研究組等)。由于新型冠狀病毒肺炎疫情的特殊性和急迫性,還需要時(shí)刻關(guān)注生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域預(yù)印本網(wǎng)站如bioRxiv, medRxiv, research square, ChemRxiv,preprints 等,以第一時(shí)間掌握領(lǐng)域最新動(dòng)態(tài),不斷完善課題設(shè)計(jì)。博士階段還需要文獻(xiàn)閱讀助力下進(jìn)行實(shí)驗(yàn)課題策略改善或者設(shè)計(jì)推進(jìn),通過文獻(xiàn)閱讀可以調(diào)整具體實(shí)驗(yàn)推進(jìn)節(jié)奏和處理策略。在新型冠狀病毒的恒河猴模型課題中,筆者遵循以上原則,在PubMed 上定期關(guān)注重點(diǎn)期刊,搜索關(guān)鍵詞,充分掌握了新型冠狀病毒感染的發(fā)病機(jī)理和疾病進(jìn)程,如Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study[32]等重點(diǎn)文章。通過追蹤本領(lǐng)域國內(nèi)外主要研究者和預(yù)印本網(wǎng)站,掌握了最新的實(shí)驗(yàn)策略、標(biāo)準(zhǔn)及方法,如Age-related rhesus macaque models of COVID-19[33]及Respiratory disease and virus shedding in rhesus macaques inoculated with SARS-CoV-2[34]等文章。通過不斷的文獻(xiàn)追蹤和總結(jié),進(jìn)一步完善了筆者的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和策略,推進(jìn)了課題進(jìn)展。另外,博士階段需要了解PubMed 上對標(biāo)期刊的文章收錄邏輯、論文撰寫邏輯、成果呈現(xiàn)形式,開展科研論文的寫作,并學(xué)會(huì)使用平臺(tái)上的投稿輔助工具。在課題推進(jìn)的同時(shí),甚至在課題設(shè)計(jì)階段,就需要開始思考最后論文的撰寫和投稿。通過平時(shí)的文獻(xiàn)搜索和積累,充分了解本領(lǐng)域期刊的收錄邏輯和文章形式,明確論文的投稿方向及相應(yīng)撰寫方式。以新型冠狀病毒的恒河猴模型課題為例,由于《The New England Journal of Medicine》《The Lancet》 等醫(yī)學(xué)類期刊是以臨床研究文章為主,而此課題主要是關(guān)于臨床前動(dòng)物模型建立和藥物篩選,因此更適合投稿《Nature》 《Science》等綜合類期刊和《The Journal of Infectious Diseases》等專業(yè)性期刊。以《Nature》為例,其研究類文章又可以細(xì)分為Article, Letter 等形式,可以在PubMed 上搜索相關(guān)類型文獻(xiàn)(例如Prevention of tuberculosis in macaques after intravenous BCG immunization[35]),同時(shí)參考《Nature》的具體投稿要求,合理安排實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)邏輯和方式,完成科研論文的寫作和投稿。另外由于新型冠狀病毒相關(guān)課題的競爭激烈,為了把科研成果第一時(shí)間呈現(xiàn)給相關(guān)科研人員作參考,在投稿時(shí)可以考慮把論文提前發(fā)表在bioRxiv,medRxiv 等預(yù)印本網(wǎng)站。

上述本碩博分層課程框架的設(shè)計(jì)與現(xiàn)行單純的文獻(xiàn)檢索課程相比,在PubMed 和預(yù)印本網(wǎng)站檢索中普及了基本檢索課程文獻(xiàn)查找的基本知識(shí)的同時(shí)更具有專業(yè)性和針對性。例如本科階段基本數(shù)據(jù)庫的認(rèn)識(shí)了解、關(guān)鍵詞檢索與文獻(xiàn)傳遞等知識(shí),都融入了專業(yè)文獻(xiàn)檢索的講授。更細(xì)致的課程設(shè)計(jì)可以讓生物醫(yī)學(xué)學(xué)生在不同學(xué)習(xí)階段有明確的知識(shí)獲取重點(diǎn),以分層次分階段提升專業(yè)知識(shí)的掌握程度。具有較強(qiáng)的操作性和實(shí)用性。在沒有疫情的情況下充分了解PubMed 平臺(tái)并按照不同階段查找獲取學(xué)習(xí)文獻(xiàn)即可完成分層次的生物醫(yī)學(xué)檢索課程培訓(xùn);在緊急狀態(tài)下還可以利用預(yù)印本網(wǎng)站進(jìn)行補(bǔ)充。

4 結(jié)束語

上述框架的建立,可為生物醫(yī)學(xué)檢索課程的教學(xué)實(shí)踐提供一個(gè)分層次、目標(biāo)明確的資源獲取思路。生物醫(yī)學(xué)學(xué)生檢索水平、文獻(xiàn)閱讀水平的整體提高,在全球疫情仍舊肆虐的今天尤為迫切。因?yàn)槊恳黄t(yī)療案例的獲取、每一個(gè)治療策略的實(shí)踐、每一分新的病毒存在原理的探索,都關(guān)乎疫情的發(fā)展和控制,更好的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索水平就是生物醫(yī)學(xué)工作者捍衛(wèi)生命、保衛(wèi)家園更強(qiáng)大的武器。在疫情依舊在某些地區(qū)肆虐的今天,對專業(yè)教育的深刻反思,也是對逝去生命的尊重和對未來更負(fù)責(zé)任的行動(dòng)。

同時(shí),本設(shè)計(jì)本科階段的基礎(chǔ)生物醫(yī)學(xué)檢索課程,也可以另外提煉成為“通識(shí)性生物醫(yī)學(xué)檢索課”。在新型冠狀病毒肺炎疫情肆虐全球的今天,對這種病毒新研究成果的關(guān)注已經(jīng)不僅僅局限于生物醫(yī)學(xué)的學(xué)術(shù)圈內(nèi),越來越多的民眾也希望獲取更多的第一手專業(yè)知識(shí)。從長遠(yuǎn)看,后疫情時(shí)代的人們注定會(huì)更加關(guān)注和希望學(xué)習(xí)了解流行病的爆發(fā)、傳統(tǒng)病癥的突破等方面信息,通識(shí)性生物醫(yī)學(xué)檢索

課程在大學(xué)中甚至媒體中的廣泛開設(shè)也成為可能。

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