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GI/GII 型諾如病毒兩聯(lián)裝甲R(shí)NA 標(biāo)準(zhǔn)樣品的研制

2021-03-27 03:33:54王鳴秋楊俊常雨桐張濤劉麗娟
現(xiàn)代食品科技 2021年3期
關(guān)鍵詞:拷貝數(shù)噬菌體靶標(biāo)

王鳴秋,楊俊,常雨桐,張濤,劉麗娟

(1.湖北省食品質(zhì)量安全監(jiān)督檢驗(yàn)研究院,湖北武漢 430075)(2.中國(guó)檢驗(yàn)檢疫科學(xué)研究院,北京 100176)

諾如病毒(Norovirus,NoV)屬于杯狀病毒科(Caliciviridae),為單股正鏈無包膜RNA 病毒,直徑約為27~40 nm,全長(zhǎng)7.5~7.7 kb。諾如病毒是引起人類食源性急性胃腸炎的最重要的病原體之一,在全球范圍內(nèi)廣泛分布,諾如病毒引起的食物中毒占食源性疾病暴發(fā)的50%以上,在非菌性胃腸炎暴發(fā)中占90%以上[1]。我國(guó)作為全球15 個(gè)腹瀉高負(fù)擔(dān)國(guó)家之一,腹瀉病例中有11.6%檢出諾如病毒[2],且病例數(shù)量呈現(xiàn)出逐年增長(zhǎng)的態(tài)勢(shì)[3]。

諾如病毒目前無法進(jìn)行體外培養(yǎng),根據(jù)基因組特征分類,可將其分為7 組,GI 和GII 是引起人類感染的兩個(gè)主要基因組。食品中諾如病毒的檢測(cè)方法主要基于分子生物學(xué),其中實(shí)時(shí)熒光逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法相對(duì)較靈敏、特異性高,應(yīng)用廣泛。由于食品基質(zhì)復(fù)雜,病毒載量低,加之PCR 檢測(cè)中操作人員隨機(jī)誤差、模板質(zhì)量和試劑擴(kuò)增效率等問題可能會(huì)造成結(jié)果的偏差,因此通常需要加入陽性質(zhì)控樣品保證檢測(cè)結(jié)果的可靠性和準(zhǔn)確性[4]。目前主要采用凍干病毒顆?;蚵懵兜腄NA/RNA 作為質(zhì)控品[5,6],但兩種方法均有其缺陷,由于諾如病毒無法進(jìn)行體外培養(yǎng),無法大量獲取凍干的陽性顆粒,且具有感染可能性;而裸露的DNA/RNA 作為質(zhì)控品則無法監(jiān)測(cè)核酸提取過程,沒有蛋白保護(hù)也容易降解。裝甲R(shí)NA 技術(shù)[7]是將噬菌體衣殼蛋白自行包裝形成病毒粒子結(jié)構(gòu),將特定的病毒RNA 片段包裹到衣殼蛋白內(nèi),這樣制成的病毒樣顆粒(virus like particles,VLPs)既無生物危險(xiǎn)性,又能和陽性病毒樣本一樣,監(jiān)控整個(gè)檢測(cè)過程,耐受RNase 的降解,易于保存和運(yùn)輸。目前裝甲R(shí)NA 技術(shù)已成功應(yīng)用于RNA 病毒核酸檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)樣品的研究,包括腸道病毒[8]、人體免疫缺陷病毒[9]、戊肝病毒[10]等。然而,適配多項(xiàng)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)且同時(shí)含有GI和GII 兩種基因組的諾如病毒裝甲R(shí)NA 標(biāo)準(zhǔn)樣品制備研究鮮有報(bào)道。

本研究基于MS2 噬菌體裝甲R(shí)NA 技術(shù),研制了內(nèi)含GI、GII 型諾如病毒兩聯(lián)檢測(cè)靶標(biāo)的病毒樣顆粒標(biāo)準(zhǔn)品,并開展均勻性、穩(wěn)定性和定值研究,可作為食品檢測(cè)、醫(yī)療衛(wèi)生等機(jī)構(gòu)諾如病毒檢測(cè)的陽性質(zhì)控品,符合GB 4789.42-2016、SN/T 4784-2017、SN/T 4055-2014 等檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),為保障食品安全和控制公共衛(wèi)生事件的發(fā)生提供技術(shù)支撐。

1 材料與方法

1.1 儀器與試劑

7500Fast 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 儀,美國(guó)Life Technologies 公司;Qubit 熒光定量?jī)x,美國(guó)Life Technologies 公司;HT7700 透射電子顯微鏡,日本日立公司;Gel DocTM XR+凝膠成像儀,美國(guó)Bio-Rad公司;AKTA 蛋白純化系統(tǒng),美國(guó)GE 公司。

大腸桿菌BL21 為本實(shí)驗(yàn)室保存;引物和探針由上海生工合成,序列信息見表1;Takara Premix Ex Taq;PrimeScript One Step RT-PCR kit,大連寶生物工程有限公司;Qubit? RNA BR Assay Kit,美國(guó)Life technologies 公司;RNAsimple 總RNA 提取試劑盒,北京天根生化科技有限公司;High capacity cDNA reverse transcription kit,美國(guó)Thermo Fisher Scientific公司。

表1 諾如病毒RT-PCR 引物探針序列[11]Table 1 Primers and probes of RT-PCR for Norovirus

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 重組質(zhì)粒構(gòu)建

參考 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中的 MS2 噬菌體(NC_001417.2)基因組序列以及GB 4789.42-2016、SN/T 4784-2017 和SN/T 4055-2014 中規(guī)定的GI/GII型檢測(cè)靶標(biāo)所對(duì)應(yīng)的cDNA 序列,委托蘇州泓迅生物科技股份有限公司人工合成包含MS2 噬菌體成熟酶蛋白、衣殼蛋白、包裝位點(diǎn)和檢測(cè)靶標(biāo)(GI、GII 串聯(lián))的核酸片段,并克隆到pET-28a(+)載體中,構(gòu)建重組質(zhì)粒,命名為pET-MS2-NoV(見圖1)。用NotΙ單酶切和SacΙ/NotΙ 雙酶切鑒定陽性重組質(zhì)粒,并進(jìn)行測(cè)序驗(yàn)證。

圖1 重組質(zhì)粒pET-MS2-NoV 構(gòu)建示意圖Fig.1 Schematic diagram of the construction of pET-MS2-NoV plasmid

1.2.2 病毒樣顆粒的誘導(dǎo)表達(dá)

將重組質(zhì)粒pET-MS2-NoV 轉(zhuǎn)入大腸桿菌BL21感受態(tài)細(xì)胞,取轉(zhuǎn)化產(chǎn)物50 μL 涂布于Kana 抗性(50 μg/mL)LB 平板上,37 ℃培養(yǎng)過夜。挑取單菌落到含有Kana 抗性的LB 液體培養(yǎng)基中,37 ℃、200 r/min振蕩培養(yǎng)過夜。按1:100 比例將過夜培養(yǎng)菌液接入500 mL 培養(yǎng)基中,37 ℃培養(yǎng)至OD600 約為0.5,加入異丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)10 μmol/L 誘導(dǎo)培養(yǎng)12 h,離心5 min 收集菌體沉淀,加入PBS 緩沖液溶解,SDS-PAGE 分析蛋白表達(dá)情況。

1.2.3 病毒樣顆粒的純化

將1.2.2 收集的菌體沉淀加入PBS 緩沖液重懸,超聲破碎,10000 r/min 離心15 min 收取上清,按照0.25 g/mL 的比例加入NaCl 粉末,在加入等體積20%PEG6000,4 ℃放置過夜充分沉淀,11000 r/min 離心20 min 去上清,沉淀于PBS 中重懸,4 ℃放置5 h 后11000 r/min 離心20 min,收集上清為初步純化產(chǎn)物。純化后的上清加入高濃度DNaseI 和RNase,37 ℃反應(yīng)4 h。降解產(chǎn)物通過丙烯葡聚糖凝膠(Sephacryl S-200 HR)柱層析進(jìn)一步純化,柱壓0.15 MPa,流速0.5 mL/min,使用樣品自動(dòng)收集器收集A280>50 mmol/L范圍的樣品峰,并進(jìn)行SDS-PAGE 電泳檢測(cè)鑒定。由此獲得純化后含GI-GII 諾如病毒兩聯(lián)裝甲R(shí)NA,命名為AR-NoV。

1.2.4 病毒樣顆粒的鑒定

1.2.4.1 電鏡觀察

將AR-NoV 稀釋到合適濃度,2%磷鎢酸負(fù)染,透射電鏡觀察病毒樣顆粒的形態(tài),測(cè)量其直徑。

1.2.4.2 AR-NoV 中殘留質(zhì)粒的檢測(cè)

RNAsimple RNA 試劑盒提取AR-NoV 中RNA,將其設(shè)置為兩組,一組進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,另一組不進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,之后兩組均以QNIF2、COG2R、QNIFs 為引物探針,同時(shí)進(jìn)行熒光定量PCR 檢測(cè),驗(yàn)證是否含有殘留質(zhì)粒DNA。反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)條件為:10×RT buffer 2.0 μL,25×dNTP Mix 0.8 μL,10×RT Random Primers 2.0 μL,Multiscribe reverse transcriptase 1.0 μL,RNase Inhibitor 1.0 μL,模板10 μL,補(bǔ)水至20 μL;25 ℃ 10 min,37 ℃ 120 min,85 ℃ 5 min。熒光定量PCR 反應(yīng)條件為:Premix taq 預(yù)混液12.5 μL,上下游引物(10 μM)各1 μL,探針(10 μM)0.5 μL,模板1 μL,補(bǔ)水至25 μL;95 ℃ 20 s;95 ℃ 3 s ,60 ℃ 30 s,收集熒光信號(hào);40 個(gè)循環(huán)。

1.2.5 初步定值

1.2.5.1 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立

提取AR-NoV 中的RNA,用Qubit? RNA BR Assay Kit 測(cè)定RNA 濃度,參照公式:RNA 拷貝數(shù)/copies/μL=6.02×1023copies/mol×RNA 濃 度/ng/μL×10-9/(片段長(zhǎng)度/bp×340)計(jì)算其對(duì)應(yīng)的拷貝數(shù)。10 倍梯度稀釋提取的RNA,用表1 中引物與探針分別對(duì)兩種型別靶標(biāo)進(jìn)行一步法RT-PCR 檢測(cè),每個(gè)樣品設(shè)置3 個(gè)平行。反應(yīng)條件為:2×One step RT-PCR buffer III 10 μL,Takara Ex Taq HS 0.4 μL,PrimeScript RT Enzyme MixII 0.4 μL,上下游引物(10 μM)各0.5 μL,探針(10 μM)0.25 μL,模板1 μL,補(bǔ)水至20 μL;42 ℃ 5 min; 95 ℃ 10 s;95 ℃ 5 s,60 ℃ 30 s,收集熒光信號(hào);40 個(gè)循環(huán)。以拷貝數(shù)對(duì)數(shù)為橫坐標(biāo),Ct值為縱坐標(biāo)繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。

1.2.5.2 定值及不確定度分析

根據(jù)初步計(jì)算的拷貝數(shù)將純化的AR-NoV用PBS稀釋到濃度約為107copies/μL,加入保護(hù)劑,每瓶300 μL,分裝到2 mL 西林瓶中進(jìn)行真空冷凍干燥。隨機(jī)選取15 管,RNAsimple RNA 試劑盒提取RNA,按1.2.5.1 反應(yīng)條件進(jìn)行RT-PCR 分別測(cè)定兩個(gè)靶標(biāo)的Ct值,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算其拷貝數(shù),計(jì)算平均值,得到諾如病毒GI/GII 型VLPs 初步定值結(jié)果。定值過程產(chǎn)生的不確定度分析參考JJF 1059.1-2012《測(cè)量不確定度評(píng)定與表示》[12],采用A 類不確定度公式進(jìn)行不確定度分析。

其中tα(m-1)表示顯著性水平α,自由度為m-1 的t 值;為單次測(cè)量的平均值;為測(cè)量的總平均值;m 為測(cè)量次數(shù)。

1.2.6 均勻性測(cè)定

參照GB/T 15000.3-2008[13]要求,隨機(jī)抽取26 瓶?jī)龈葾R-NoV,每瓶設(shè)置3 個(gè)子樣,共52 個(gè)子樣。按1.2.5 方法檢測(cè)2 個(gè)靶標(biāo)的有無,并根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算拷貝數(shù),采用SPSS 23.0 軟件單因素方差分析法檢驗(yàn)樣本均勻性。

1.2.7 短期穩(wěn)定性測(cè)定

參照GB/T 15000.3-2008[13]要求,將凍干AR-NoV分別放置在37 ℃、25 ℃保存不同天數(shù)后置于-80 ℃保存,統(tǒng)一按1.2.5 方法測(cè)定,每個(gè)時(shí)間點(diǎn)設(shè)置3 個(gè)平行,采用SPSS 23.0 軟件單因素方差和線性回歸方法統(tǒng)計(jì)樣本的穩(wěn)定性。

2 結(jié)果與分析

2.1 重組質(zhì)粒pET-MS2-NoV 的構(gòu)建

圖2 pET-MS2-NoV 的酶切鑒定電泳圖Fig.2 Enzyme digestion of pET-MS2-NoV

本研究中病毒樣顆粒的表達(dá)體系,是利用MS2噬菌體蛋白質(zhì)和基因組RNA 相互作用的機(jī)制及噬菌體衣殼蛋白空間構(gòu)象的特點(diǎn)構(gòu)建的。MS2 噬菌體復(fù)制酶編碼基因5’端存在一個(gè)由19 個(gè)堿基組成的莖環(huán)結(jié)構(gòu)(ACAUGAGGAUUACCCAUGU),該莖環(huán)結(jié)構(gòu)實(shí)際上是個(gè)包裝位點(diǎn),衣殼蛋白二聚體與其結(jié)合形成復(fù)合物后可啟動(dòng)噬菌體自我包裝[14]。若將外源cDNA 序列融合至包裝位點(diǎn)后,經(jīng)轉(zhuǎn)錄翻譯即可將外源RNA包裝到衣殼蛋白內(nèi)組裝成MS2 噬菌體樣顆粒,從而有效保護(hù)外源RNA 不被RNase 降解[7]。分別用Sac I/Not I 雙酶切和Not I 單酶切鑒定構(gòu)建的重組質(zhì)粒,瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)條帶大小與預(yù)期一致,如圖2 所示,同時(shí)測(cè)序結(jié)果表明人工合成片段正確克隆到載體pET-28a(+)中,證實(shí)重組質(zhì)粒構(gòu)建成功,命名為pET-MS2-NoV。

2.2 pET-MS2-NoV 在原核細(xì)胞中的誘導(dǎo)表達(dá)

將重組質(zhì)粒pET-MS2-NoV 轉(zhuǎn)入BL21 感受態(tài)細(xì)胞中,加入IPTG 誘導(dǎo)表達(dá),噬菌體MS2 衣殼蛋白自主裝配形成病毒樣顆粒,并將諾如病毒RNA 片段包裝到粒子內(nèi)部。經(jīng)SDS-PAGE 檢測(cè),在10~15 ku 之間可觀察到一條明顯的重組蛋白表達(dá)條帶,如圖3 箭頭所示,大小與預(yù)期一致,表明MS2 噬菌體衣殼蛋白表達(dá)成功。

圖3 蛋白表達(dá)產(chǎn)物的SDS-PAGE 結(jié)果Fig.3 SDS-PAGE analysis of expression product

2.3 病毒樣顆粒的純化

在病毒樣顆粒純化過程中,我們發(fā)現(xiàn)原核表達(dá)蛋白中混有大量的質(zhì)粒DNA 和雜蛋白,常規(guī)DNase 酶消化根本不能完全去除殘留質(zhì)粒DNA。殘留的質(zhì)粒DNA 不經(jīng)RNA 提取和反轉(zhuǎn)錄即可呈現(xiàn)陽性結(jié)果,失去了裝甲R(shí)NA 全過程監(jiān)測(cè)的優(yōu)勢(shì),對(duì)標(biāo)準(zhǔn)樣品質(zhì)量影響很大。PEG 沉淀和超速離心法是經(jīng)典的蛋白質(zhì)/病毒純化方式,可有效去除雜蛋白和殘留核酸,在RNA 病毒標(biāo)準(zhǔn)品的制備研究中多有報(bào)道[15-18],但PEG沉淀后會(huì)使終產(chǎn)物殘留大量化學(xué)試劑,而超速離心效率低僅適合小量制備[19]。Wang S[10]和劉瑩等[20]在戊肝病毒裝甲R(shí)NA 制備中使用超濾離心管可有效去除雜蛋白,時(shí)間短、操作簡(jiǎn)單。而凝膠色譜是利用分子篩效應(yīng)分離分子量大小不同的蛋白,根據(jù)目的蛋白的分子量選擇孔徑合適的凝膠色譜柱,純化簡(jiǎn)單易行、適合規(guī)?;僮鱗21],在多篇文獻(xiàn)中均有報(bào)道[15-17]。在實(shí)際應(yīng)用中往往會(huì)聯(lián)合使用以上兩種或多種不同的病毒樣顆粒的純化方法,相互彌補(bǔ)不足從而達(dá)到純化目的。本研究經(jīng)預(yù)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)凝膠色譜的純化效果與超速離心相當(dāng),但如果將表達(dá)產(chǎn)物直接上柱可能會(huì)因雜蛋白過多而造成堵塞。因此最終采用PEG6000 沉淀大量雜蛋白,高濃度DNase 消化殘留DNA 和Sephacryl S-200 HR 凝膠過濾再次純化的組合方式。

圖4 Sephacryl S-200 HR 柱純化吸光度分析Fig.4 Absorbance of samples during purification by Sephacryl S-200 HR gel chromatography

2.2 中表達(dá)產(chǎn)物經(jīng)PEG6000、高濃度DNase 和RNase 處理初步純化后,再通過分子篩凝膠柱純化,圖4 顯示了目的產(chǎn)物峰出現(xiàn)在洗脫體積40 mL 左右,此時(shí)260 nm 和280 nm 吸光值均達(dá)到最大,說明此處靶標(biāo)RNA 和蛋白外殼含量最高,因此收集該處洗脫液進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳和SDS-PAGE 鑒定。圖5 顯示了純化后的表達(dá)產(chǎn)物,在10~15 ku 處有一明顯條帶,無雜帶干擾,說明病毒樣顆粒的純化效果較好,命名為AR-NoV。

圖5 VLPs 純化后SDS-PAGE 結(jié)果Fig.5 SDS-PAGE analysis of VLPs after purification

2.4 病毒樣顆粒的鑒定

2.4.1 電鏡形態(tài)鑒定

應(yīng)用HT7700 透射電鏡,100 kV 加速電壓下觀察AR-NoV 形態(tài),如圖6 所示可見大量結(jié)構(gòu)完整,大小均一的球形顆粒,直徑為25 nm 左右,表明該蛋白已自組裝形成病毒樣顆粒,而且純化過程中沒有造成VLPs 結(jié)構(gòu)破壞,仍保持天然狀態(tài)。

圖6 AR-NoV 電鏡圖Fig.6 The transmission electron microscopy of AR-NoV

2.4.2 AR-NoV 中殘留質(zhì)粒的檢測(cè)

圖7 AR-NoV 殘留核酸熒光定量PCR 檢測(cè)結(jié)果Fig.7 Real-time PCR for residual DNA detection in the AR-NoV

以AR-NoV 提取的RNA 為模板,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄或不經(jīng)反轉(zhuǎn)錄后同時(shí)進(jìn)行熒光定量PCR,設(shè)置重組質(zhì)粒為陽性對(duì)照,ddH2O 為空白對(duì)照,如圖7 所示,AR-NoV經(jīng)RT-PCR 后Ct 值為21.71,而直接進(jìn)行熒光定量PCR的Ct 為35.63(可視為陰性),說明AR-NoV 中無質(zhì)粒DNA 殘留。

2.5 AR-NoV 初步定值

將提取的RNA 用Qubit RNA BR Assay Kits 測(cè)定濃度為12.3 ng/μL,根據(jù)拷貝數(shù)計(jì)算公式,計(jì)算其拷貝數(shù)為2.19×1010copies/μL。10 倍梯度稀釋RNA,一步法RT-PCR 分別測(cè)定GI 型和GII 型各濃度模板Ct值,擴(kuò)增曲線如圖8 所示。以RNA 各稀釋度拷貝數(shù)對(duì)數(shù)為橫坐標(biāo),以Ct 值為縱坐標(biāo)繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。GI型NoV 標(biāo)準(zhǔn)曲線為y=-0.241x+12.036,R2=0.994;GII型NoV 標(biāo)準(zhǔn)曲線為y=-0.2333x+11.643,R2=0.999。

將隨機(jī)選取的15 管凍干AR-NoV 用PBS 稀釋后提取RNA,采用RT-qPCR 測(cè)定Ct 值,帶入上述標(biāo)準(zhǔn)曲線公式計(jì)算得到GI 和GII 型AR-NoV 的拷貝數(shù)分別為4.04×107copies/μL 和6.16×107copies/μL。采用A類不確定度公式計(jì)算得到GI和GII由定值過程引入的不確定度為0.62×107copies/μL 和0.30×107copies/μL,詳情見表2。因此本次制備的諾如病毒標(biāo)準(zhǔn)品AR-NoV中GI 型NoV 定值結(jié)果為(4.04±0.62)×107copies/μL,GII 型NoV 定值結(jié)果為(6.16±0.30)×107copies/μL。

圖8 AR-NoV 標(biāo)準(zhǔn)曲線制備RT-PCR 擴(kuò)增圖Fig.8 Standard curve preparation RT-PCR of AR-NoV

表2 AR-NoV 中GI/GII 型靶標(biāo)定值不確定度結(jié)果Table 2 Quantification uncertainty of AR-NoV for type GI/GII Norovirus

表3 均勻性檢測(cè)方差分析Table 3 Variance analysis of homogeneity test

表4 短期穩(wěn)定性結(jié)果分析Table 4 Trend test for short-term stability

2.6 均勻性檢驗(yàn)

為考察特征量值的均勻性,隨機(jī)選取26 管凍干AR-NoV 提取RNA 后進(jìn)行RT-PCR 檢測(cè),根據(jù)2.5 得到的標(biāo)準(zhǔn)曲線定量AR-NoV 中GI/GII 元件拷貝數(shù)濃度,采用單因素方差分析法進(jìn)行均勻性檢驗(yàn)(表3)。根據(jù)顯著性水平α=0.05 和自由度(25,52)可得臨界值F0.05(25,52)=1.72,統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明GI 和GII 所得F 均小于F0.05(25,52),組內(nèi)與組間無明顯差異,本批標(biāo)準(zhǔn)樣品的拷貝數(shù)濃度量值在瓶間具有良好的均勻性。

2.7 短期穩(wěn)定性檢驗(yàn)

短期穩(wěn)定性檢驗(yàn)旨在考察標(biāo)準(zhǔn)樣品的運(yùn)輸穩(wěn)定性,本研究選擇了37 ℃和25 ℃兩個(gè)運(yùn)輸中可能出現(xiàn)的溫度點(diǎn)考察標(biāo)準(zhǔn)樣品拷貝數(shù)濃度短期穩(wěn)定性。采用RT-PCR 標(biāo)準(zhǔn)曲線定量37 ℃/25 ℃在不同時(shí)間點(diǎn)抽取樣品的拷貝數(shù)濃度,通過樣品拷貝數(shù)濃度隨時(shí)間變化情況,采用線性回歸模型Y=b0+b1X 進(jìn)行趨勢(shì)分析(b0,b1為回歸系數(shù),X 為保存時(shí)間,Y 為標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)特征量值)。通過數(shù)據(jù)分析顯示,|b1|均小于t0.95,(n-2)×S(b1),表明斜率不顯著,沒有觀察到不穩(wěn)定(表4)。因此,本研究制備的AR-NoV 標(biāo)樣在37 ℃至少可穩(wěn)定保存15 d;25 ℃至少可穩(wěn)定保存24 d,結(jié)果見表4。與傳統(tǒng)方法制備的RNA 病毒標(biāo)準(zhǔn)品相比,如原霖等[22]研制的PRRSV 凍干病毒顆粒標(biāo)準(zhǔn)品25 ℃和37 ℃可穩(wěn)定7 d和1 d,劉志玲等[23]研制的病毒性出血性敗血癥病毒cDNA 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)室溫可穩(wěn)定7 d,該裝甲R(shí)NA 標(biāo)樣短期穩(wěn)定性遠(yuǎn)高于凍干病毒顆粒和cDNA,有效解決了RNA 質(zhì)控品保存和運(yùn)輸穩(wěn)定性問題。

3 結(jié)論

3.1 諾如病毒的傳播途徑主要為人與人之間的接觸傳播、食源性傳播和水源性傳播,不同基因型的諾如病毒的傳播途徑存在一定的差異[24]。GII 型諾如病毒是全球所有年齡段人群中大部分諾如病毒爆發(fā)的原因,而在食源性和水源性暴發(fā)中更常檢測(cè)到GI 型[25]。由于諾如病毒僅有一小段足夠保守的基因組序列可用來設(shè)計(jì)RT-PCR 檢測(cè)引物和探針[26],大部分研究報(bào)道的檢測(cè)靶標(biāo)均集中在ORF1-ORF2 連接區(qū)域[27,28]。本研究對(duì)現(xiàn)有食品中諾如病毒檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)中靶標(biāo)序列進(jìn)行梳理,將GI 和GII 型檢測(cè)靶標(biāo)對(duì)應(yīng)的cDNA 序列串聯(lián)合成,表達(dá)出同時(shí)含有GI 和GII 型靶標(biāo)的兩聯(lián)裝甲R(shí)NA,可適用于GB 4789.42-2016、SN/T 4784-2017和、SN/T 4055-2014 三個(gè)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)的陽性參考物質(zhì),同時(shí)兩聯(lián)裝甲R(shí)NA 能夠滿足多重檢測(cè)對(duì)陽性標(biāo)準(zhǔn)樣品的需求,減少質(zhì)控樣品提取、加樣、擴(kuò)增等步驟,提高檢測(cè)的時(shí)效性和經(jīng)濟(jì)性,與現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn)品相比具有一定優(yōu)勢(shì)。

3.2 從理論上講,MS2 衣殼蛋白的包裝長(zhǎng)度應(yīng)與其基因組大小3569 nt 相近,但研究人員通過改變包裝策略、增加或修飾包裝位點(diǎn)等方法大幅度提升了外源片段包裝長(zhǎng)度。Zhan S 等[29]采用單質(zhì)粒雙表達(dá)系統(tǒng)在大腸桿菌中成功包裝3024 nt 的HIV 病毒;Lin GG 等[15]通過增加pac 位點(diǎn)的數(shù)目和親和力構(gòu)建了包含4942 nt的寨卡病毒裝甲R(shí)NA 表達(dá)系統(tǒng);Zhang L 等[30]首次實(shí)現(xiàn)了MS2 噬菌體衣殼蛋白對(duì)雙鏈DNA 的包裝,包裝長(zhǎng)度達(dá)到6.5 kb。包裝長(zhǎng)度的增加意味著MS2 噬菌體可包容多種病毒或單種病毒多重靶標(biāo),使得標(biāo)準(zhǔn)樣品的制備更加經(jīng)濟(jì)、高效。另外,Yao L 等[25]通過對(duì)噬菌體MS2 和Qβ裝甲R(shí)NA 在-20 ℃、4 ℃、45 ℃三種保存條件下的對(duì)比試驗(yàn),發(fā)現(xiàn)由噬菌體Qβ制備的裝甲R(shí)NA 具有更高的穩(wěn)定性,為標(biāo)準(zhǔn)品提供了一條新的制備策略。

3.3 綜上所述,本研究制備的內(nèi)含GI 和GII 型諾如病毒檢測(cè)靶標(biāo)的兩聯(lián)裝甲R(shí)NA 純度高,拷貝數(shù)高,均勻性和穩(wěn)定性良好,可作為GB 4789.42-2016、SN/T 4784-2017 和、SN/T 4055-2014 三項(xiàng)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)的陽性質(zhì)控品,同時(shí)滿足多重檢測(cè)需求,實(shí)現(xiàn)了對(duì)諾如病毒檢測(cè)全過程質(zhì)控,有望申報(bào)為國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)樣品,并為其他病原體核酸標(biāo)準(zhǔn)樣品制備提供了思路。

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