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動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的污染原因分析

2021-03-28 07:46楊柏趙偉鐸張靜
關(guān)鍵詞:污染源試劑產(chǎn)物

楊柏 趙偉鐸 張靜

(1.煙臺(tái)海關(guān)技術(shù)中心 山東煙臺(tái) 264000;2.煙臺(tái)海關(guān))

1 前言

PCR檢測(cè)技術(shù)能使微量DNA發(fā)生大幅增加,在動(dòng)物疫病檢測(cè)環(huán)節(jié)應(yīng)用該技術(shù),能無(wú)限放大動(dòng)物DNA片段,為動(dòng)物疫病防治工作提供有利依據(jù)。但是運(yùn)用PCR技術(shù)檢測(cè)動(dòng)物疫病時(shí),一旦實(shí)驗(yàn)室受到污染,就會(huì)對(duì)檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性產(chǎn)生影響。因此,有必要詳細(xì)梳理動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的污染源,針對(duì)性地采取有效對(duì)策加以防控,不斷改善實(shí)驗(yàn)室環(huán)境,提高檢測(cè)質(zhì)量。

2 動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的污染原因

2.1 試劑污染

PCR試劑受到污染是造成PCR污染的關(guān)鍵原因之一,因?yàn)樵噭┰趯?shí)驗(yàn)操作中屬于基礎(chǔ)性實(shí)驗(yàn)耗材,科學(xué)規(guī)范地存儲(chǔ)和使用試劑,能夠有效減少試劑在實(shí)驗(yàn)操作中所接觸的污染物。如果在配置PCR試劑過(guò)程中,出現(xiàn)操作不當(dāng)情況,就可能使加樣槍、雙蒸水、容器或其它相關(guān)溶液受到PCR核酸模板的污染。

2.2 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物受污染

PCR擴(kuò)增產(chǎn)物受污染也是造成PCR污染的一項(xiàng)常見(jiàn)的、重要的污染問(wèn)題。由于PCR產(chǎn)物具有極高的拷貝量,并且相應(yīng)量遠(yuǎn)高出PCR檢測(cè)的多個(gè)拷貝極限,即便受污染的PCR產(chǎn)物是極其微量的,都可能成為實(shí)驗(yàn)室的污染源,并在較大程度上破壞實(shí)驗(yàn)室環(huán)境,從而出現(xiàn)假陽(yáng)性,影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性[1]。

2.3 樣本交叉污染

樣本間出現(xiàn)交叉污染也是引發(fā)PCR污染的關(guān)鍵因素,如果在儲(chǔ)存實(shí)驗(yàn)標(biāo)本過(guò)程中,不能做到密封嚴(yán)密或選用錯(cuò)誤的密封方法,就會(huì)造成樣本間發(fā)生交叉感染。另一種客觀原因是儲(chǔ)存實(shí)驗(yàn)標(biāo)本的容器受到污染,如樣本容器外部附著標(biāo)本引發(fā)交叉感染,或人為提取樣本核酸模板時(shí)操作不當(dāng)使移液槍受到污染等[2]。樣本交叉污染的情況在實(shí)驗(yàn)操作過(guò)程中比較常見(jiàn),必須規(guī)范操作,注意細(xì)節(jié),避免樣本發(fā)生交叉污染問(wèn)題,保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。

2.4 操作人員的污染

在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,操作人員盲目追求檢測(cè)效率,出現(xiàn)操作失誤的情況,或因操作人員防護(hù)不當(dāng),其皮膚、頭發(fā)等所附著的細(xì)菌沾染試劑,也有可能會(huì)造成PCR污染。為避免這些問(wèn)題,操作人員需要高度重視實(shí)驗(yàn)規(guī)范化,注意操作細(xì)節(jié)要求及操作安全知識(shí),充分做好防護(hù)措施,減少人員污染。

3 污染防控對(duì)策

3.1 預(yù)防污染措施

3.1.1 PCR實(shí)驗(yàn)室加強(qiáng)分區(qū)管理

為有效防止動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室受到污染,一個(gè)重要措施就是要在PCR實(shí)驗(yàn)室中加強(qiáng)分區(qū)管理,從根源上杜絕實(shí)驗(yàn)室污染,全面提升污染防治效果。在實(shí)際管理過(guò)程中,可把實(shí)驗(yàn)室劃分為3個(gè)區(qū)域:標(biāo)本處理區(qū),在該區(qū)域內(nèi)主要制備擴(kuò)增模板;PCR擴(kuò)增區(qū),在該區(qū)域內(nèi)主要進(jìn)行反應(yīng)液配置及PCR擴(kuò)增;產(chǎn)物分析區(qū),在該區(qū)域內(nèi)主要進(jìn)行凝膠電泳分析,并對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行拍照,同步制備重組克隆。在實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)中,需要采取有效措施將這些工作區(qū)完全分隔,并且在操作期間選用專(zhuān)業(yè)器械,盡可能防止發(fā)生交叉感染[3]。

3.1.2 保持良好的操作習(xí)慣

實(shí)驗(yàn)室中因操作不當(dāng)導(dǎo)致樣本交叉污染,進(jìn)而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確性的事件時(shí)有發(fā)生,因此,實(shí)驗(yàn)室操作人員應(yīng)當(dāng)養(yǎng)成良好的操作習(xí)慣。實(shí)驗(yàn)前和實(shí)驗(yàn)后都要通過(guò)紫外線消毒方式對(duì)實(shí)驗(yàn)區(qū)域進(jìn)行消毒;實(shí)驗(yàn)過(guò)程中操作人員需要按照要求使用一次性手套、帽子、口罩,根據(jù)不同分區(qū)使用專(zhuān)區(qū)專(zhuān)用的工作服,并注意勤換手套;在操作時(shí)要注意選擇一次性吸頭,相關(guān)吸頭要注意和PCR產(chǎn)物分析區(qū)所使用吸頭嚴(yán)格分開(kāi),禁止混用,并且不能長(zhǎng)時(shí)間的將吸頭暴露在空氣當(dāng)中,以防氣溶膠受到污染;操作人員在打開(kāi)反應(yīng)管時(shí)動(dòng)作要輕緩,以防發(fā)生反應(yīng)液飛濺情況,在開(kāi)蓋之前略微離心,保證液體全部收集在管底,一旦不小心濺到桌面或手套上,需立即更換手套,并使用稀酸對(duì)桌面進(jìn)行擦拭;在對(duì)多份樣本反應(yīng)液進(jìn)行制備時(shí),要注意混合好dNTP、引物、緩沖液、酶,并做好分裝工作,減少重復(fù)操作,在規(guī)避污染的同時(shí),還能提升檢測(cè)效率。

3.1.3 做好試劑分裝和儲(chǔ)存工作

在操作過(guò)程中,最好事先配置PCR反應(yīng)液,之后進(jìn)行小量分裝,在-20℃的環(huán)境中保存,減少重復(fù)加樣次數(shù),進(jìn)而降低污染發(fā)生率。同時(shí),要注意PCR試劑和反應(yīng)液,應(yīng)當(dāng)與PCR產(chǎn)物及樣品分開(kāi)保存,避免存放在同一冰箱內(nèi)或同一冰盒中。

3.1.4 優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)并降低PCR循環(huán)頻次

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)要不斷優(yōu)化,盡量縮減PCR循環(huán)頻次,能夠保證PCR產(chǎn)物符合檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)及水平即可,以有效規(guī)避大量高濃度擴(kuò)增產(chǎn)物引發(fā)的污染問(wèn)題。若已經(jīng)發(fā)生了污染,需要立即通過(guò)正確方法追蹤污染物,明確污染源,做好污染處理工作,確保實(shí)驗(yàn)可以順利、有序的推進(jìn)。

3.2 污染源處理措施

3.2.1 通過(guò)酶法與化學(xué)法降解DNA

一旦動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室出現(xiàn)污染問(wèn)題,可通過(guò)2 mol/L的HCL或10%次氯酸鈉對(duì)污染源進(jìn)行浸泡及擦洗,使得所殘留的DNA分子受到破壞,將污染源全面消除。相對(duì)而言,10%次氯酸鈉對(duì)污染源的破壞力更強(qiáng)。如果雜質(zhì)DNA片段含有酶切位點(diǎn),為有效消除污染源,可通過(guò)限制性?xún)?nèi)切酶加以處理,但是此方法在應(yīng)用中限制性?xún)?nèi)切酶需要使用高鹽溶液,對(duì)PCR反應(yīng)會(huì)產(chǎn)生一定影響。

3.2.2 運(yùn)用尿嘧啶DNA糖基化酶法

在PCR反應(yīng)中,將dTTP替換為dUTP,可使PCR產(chǎn)物中含有dU修飾,相應(yīng)DNA片段經(jīng)修飾后能夠被糖激化酶消化,去除其中的dU[4]。而DNA片段在失去dU之后,就無(wú)法被當(dāng)做PCR反應(yīng)模板。在實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng)之前,把糖基化酶添加到未加Taq酶之前的PCR反應(yīng)混合液中,能夠消化之前殘留PCR產(chǎn)物中的dU,若模板DNA不包含dU,則不會(huì)受到影響,之后再添加Taq酶實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng),在PCR反應(yīng)變性步驟影響下,UNG就會(huì)失活,而新合成的包含有dU的PCR產(chǎn)物不會(huì)受到影響。

3.2.3 運(yùn)用紫外照射法

通過(guò)紫外照射能促使DNA中產(chǎn)生嘧啶二聚體,造成特定損傷,如DNA鏈斷裂,進(jìn)而使DNA結(jié)構(gòu)受到破壞,使其無(wú)法在實(shí)驗(yàn)中當(dāng)做PCR反應(yīng)模板。因此,在實(shí)驗(yàn)室內(nèi)可以采用紫外照射法,對(duì)PCR污染源進(jìn)行消除處理。

如果通過(guò)上述方法仍不能有效消除污染,那么實(shí)驗(yàn)室需要考慮設(shè)計(jì)新引物,所設(shè)計(jì)的新引物需要和原引物不具備相關(guān)性,以此規(guī)避受原模板污染的影響,使對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增產(chǎn)物也能夠避免受到污染,從根源上消除實(shí)驗(yàn)受到污染的不良影響。

4 結(jié)論

動(dòng)物疫病PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)當(dāng)高度關(guān)注污染防治工作,加強(qiáng)實(shí)驗(yàn)操作的嚴(yán)格與規(guī)范。造成PCR污染的主要因素是PCR試劑污染、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染、樣本交叉污染、操作者污染等,在實(shí)驗(yàn)操作期間每位操作者都應(yīng)當(dāng)保持嚴(yán)謹(jǐn)科學(xué)的工作態(tài)度,認(rèn)真對(duì)待PCR檢測(cè)實(shí)驗(yàn),有效規(guī)避實(shí)驗(yàn)中因個(gè)人操作不當(dāng)引發(fā)的污染。在PCR技術(shù)持續(xù)發(fā)展及不斷擴(kuò)大應(yīng)用領(lǐng)域的過(guò)程中,應(yīng)當(dāng)不斷完善PCR污染的防控措施,使PCR技術(shù)能夠更安全有效地應(yīng)用于動(dòng)物疫病檢疫及診斷。

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