張 軍,王 芳,王 杭,于寧康,岳興旺,王晴晴
(鄭州工程技術(shù)學院化工食品學院,河南鄭州 450000)
隨著現(xiàn)代社會文明進程加快,由食物引起的營養(yǎng)過剩等代謝性疾病如:高血脂、糖尿病、卒中等危害越來越嚴重。據(jù)國際糖尿病聯(lián)盟(IDF)官網(wǎng)(www.diabetesatlas.org)發(fā)布的最新報告,2019年全球約4.63億人患糖尿病,其中我國1.164億;預(yù)測到2045年,全球糖尿病患者會達到7.002億人,我國1.472億人。據(jù)新華網(wǎng)發(fā)布,2019年我國高血脂患者已達4億人[1]。糖尿病的治療主要是使用α-葡萄糖苷酶抑制劑,其中較為常用的是α-葡萄糖苷酶(α-Glucosidase)抑制劑阿卡波糖(Acarbose)等藥[2],高血脂的治療往往選擇血脂代謝關(guān)鍵限速HMGCoA[3],有效抑制劑是阿托伐他?。ˋtorvastatin)。天然產(chǎn)物小分子影響α-葡萄糖苷酶和HMG-CoA還原酶來改善糖尿病、高血脂越來越受到人們的關(guān)注,如Magana-Barajas等[4]研究胡椒堿、辣椒素對α-Glucosidase的抑制,Mahdavi等[5]分析了天然產(chǎn)物抑制HMG-CoA活性的研究進展。
甜菊糖苷(Steviolglycosides)是從甜葉菊(Stevia rebaudianaBertoni)的莖葉中提取出來的具有甜味成分的總稱[6],甜菊糖苷中的甜菊糖(Stevioside)經(jīng)酶解或使用高碘酸鈉和強堿處理可以得到甜菊醇(Steviol,或斯特維醇),甜菊醇在酸性條件下發(fā)生分子重排得到異甜菊醇(Isosteviol,或異斯特維醇)[7],甜菊醇與異甜菊醇互為同分異構(gòu)體,分子式:C20H30O3[8]。甜菊醇與異甜菊醇具有多種藥理生物活性[9-10],如降血糖、降血脂等。Gregersen等[11]的研究表明甜菊糖苷有降低血糖的功能;Gu等[12]基于體外細胞研究了異甜菊醇對胰島素抑制和脂細胞的功能影響;Xu等[13]發(fā)現(xiàn)異甜菊醇有控制胰島素和降血脂作用。以上研究基于藥理學研究思路,可以從表型上解釋糖尿病、高血脂癥治療的因果關(guān)系,對于作用關(guān)鍵靶點及相互作用機理仍需要進一步探討。
隨著計算化學的發(fā)展,“分子對接”成為研究分子相互作用領(lǐng)域的一項重要技術(shù),其是基于生物信息學的理論模擬方法,從理論上模擬蛋白質(zhì)分子與配體的相互作用情況[14]。它首先運用于探索藥物小分子和受體的作用方式和結(jié)合構(gòu)型,篩選可以與靶點結(jié)合的藥物,解釋藥物分子產(chǎn)生活性的原因,優(yōu)化藥物分子結(jié)構(gòu)[15]。近些年,研究食品功能因子對疾病的干預(yù)逐漸成為熱點,如馬慶一等[16]研究杜仲、桑葉提取物對α-葡萄糖苷酶的抑制,葉雅沁等[17]研究南非葉總黃酮的降血脂作用,即對糖尿病、高血脂發(fā)生和預(yù)防提出了新的嘗試,而甜葉菊醇、異甜菊醇與受體的相互作用和分子對接效果未見報道。
本研究依據(jù)甜菊醇、異甜菊醇對高血糖、高血脂病理形成的關(guān)鍵限速酶:α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶的酶動力學反應(yīng)特征,利用AutoDock軟件對甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶蛋白進行分子對接,以阿卡波糖[2]、阿托伐他汀[3]作參照,探索甜菊醇和異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶的作用機理,為進一步開發(fā)新藥品或功能食品提供理論參考。
α-葡萄糖苷酶、對硝基苯-α-D-吡喃葡萄糖苷(PNPG)、阿卡波糖(純度95%) 上海源葉生物科技有限公司;磷酸二氫鉀、氫氧化鈉、無水碳酸鈉 分析純,國藥集團上?;瘜W試劑有限公司;甲醇、水、二甲基亞砜 色譜純,天津市福晨化學試劑有限公司;SDS裂解液、二硫蘇糖醇、乙二胺四乙酸(EDTA)、乙二胺四乙酸二鈉鹽(EDTA-Na)、還原型輔酶Ⅱ(NADPH) 北京索萊寶科技有限公司。
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1.2.1 甜菊醇與異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶活性的抑制作用α-葡萄糖苷酶活性的檢測方法、反應(yīng)體系參照文獻[18-19],設(shè)置甜菊醇與異甜菊醇6個濃度梯度 10、20、40、80、120、160mg/L,設(shè)置陽性對照試驗阿卡波糖 6個濃度梯度 0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 mg/L,計算α-葡萄糖苷酶半數(shù)抑制濃度(IC50);取 10、20、40 mg/L三個濃度用雙倒數(shù)法(Lineweaver-Burk)研究甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶活性的抑制類型。
1.2.2 甜菊醇與異甜菊醇對HMG-CoA還原酶活性的抑制作用 HMG-CoA還原酶活性的檢測方法、反應(yīng)體系參照文獻[20-21]方法,設(shè)置甜菊醇與異甜菊醇 6個濃度梯度 10、20、40、80、120、160mg/L,設(shè)置陽性對照試驗阿托伐他汀6個濃度梯度1、2、4、8、12、20 mg/L,計算 HMG-CoA 還原酶 IC50;取10、20、40 mg/L三個濃度用雙倒數(shù)法研究甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA還原酶活性的抑制類型。
1.2.3 甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶分子對接 配體準備及預(yù)處理:從pubchem數(shù)據(jù)庫下載配體化合物結(jié)構(gòu)(見圖1),使用Chem3D軟件MM2分子力學優(yōu)化,使用AutodockTools1.5.6在PMV中給配體小分子加氫、計算電荷等。
圖1 配體化合物結(jié)構(gòu)式Fig.1 Structural formula of ligand compound
受體準備及預(yù)處理:從PDB數(shù)據(jù)庫http://www.rcsb.org 下載α-Glucosidase(PDB ID:2F6D)和HMGR(PDB ID:1HWK,2.22?阿托伐他汀的催化部分的復(fù)合物)的蛋白晶體結(jié)構(gòu)(含配體),作為本研究對接所用的蛋白,下載為MOL格式。再使用PyMOL軟件對蛋白晶體結(jié)構(gòu)去除其中的溶劑分子、鈉離子和磷酸根離子及原配體,保存為PDB格式,備用。
運用AutoDock軟件預(yù)測甜菊醇、異甜菊醇和對照物阿卡波糖與阿托伐他汀分別于與受體α-Glucosidase、HMG-CoA蛋白的結(jié)合,對接參數(shù)采用默認設(shè)置,用autogrid計算格點能量,采用拉馬克遺傳算法,用半經(jīng)驗的自由能計算方法評價甜菊醇、異甜菊醇、阿卡波糖與阿托伐他汀與蛋白受體之間的結(jié)合情況。使用PyMOL的AutoDock插件進行查看AutoDock分子對接的結(jié)果。
AutoDock 4.2及AutoDock Tools 1.5.6軟件下載自http://autodock.scripps.edu,美國斯克利普斯研究所官網(wǎng);蛋白受體晶體結(jié)構(gòu)來源于http://www.rcsb.org數(shù)據(jù)庫;分子可視化分析軟件PyMOL為免費授權(quán)軟件,DeLano Scientific LLC軟件公司。
不同濃度的甜菊醇、異甜菊醇分別與α-葡萄糖苷酶發(fā)生反應(yīng)的結(jié)果顯示:甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶的抑制呈明顯劑量依賴關(guān)系,隨著濃度增大,抑制率增高。當甜菊醇、異甜菊醇濃度為160 mg/L時對α-葡萄糖苷酶的抑制率分別達到81.4%與89.1%,見圖2。當阿卡波糖濃度為0.5 mg/L時對α-葡萄糖苷酶的抑制率為96.3%。酶的半數(shù)抑制濃度(IC50)是用來衡量物質(zhì)效價強度的指標,半數(shù)抑制濃度越低,說明其效價越高,抑制效果越好[22],由本試驗得出甜菊醇、異甜菊醇、阿卡波糖對α-葡萄糖苷酶的IC50分別為70.75、49.65、0.11 mg/L。因此,甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶活性具有一定的抑制作用,但抑制強度遠小于對照物阿卡波糖,抑制強度排序為:甜菊醇<異甜菊醇<阿卡波糖。
圖2 甜菊醇、異甜菊醇及阿卡波糖對α-葡萄糖苷酶的抑制作用Fig.2 Inhibitory effects of steviol, isosteviol and acarbose on α-glucosidase
如圖3所示,隨著濃度的增大,甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA還原酶活性抑制率增高。甜菊醇為160 mg/L時,對HMG-CoA還原酶的抑制率達到88.3%,而異甜菊醇濃度為80 mg/L時,抑制率達到85.9%,說明異甜菊醇對HMG-CoA還原酶的抑制作用強于甜菊醇。甜菊醇、異甜菊醇和阿托伐他汀對HMG-CoA還原酶的IC50分別為46.29、36.66、2.11 mg/L,說明甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA還原酶活性具有一定的抑制作用,但抑制作用與小于對照物阿托伐他汀,而甜菊醇活性小于異甜菊醇。酶的半數(shù)抑制濃度取決于酶的活力和來源、濃度以及反應(yīng)時間、溫度、pH等,本實驗HMG-CoA還原酶來自新鮮豬肝,因此,提取過程中盡可能模擬與豬身體環(huán)境相似條件,從而減少可能的誤差。
圖3 甜菊醇、異甜菊醇及阿托伐他汀對HMG-CoA還原酶的抑制作用Fig.3 Inhibitory effects of steviol, isosteviol and atorvastatin on HMG-CoA
由圖4所示,隨著抑制劑甜菊醇、異甜菊醇濃度的上升,α-葡萄糖苷酶Lineweaver-Burk曲線的米氏常數(shù)Km逐漸增加,最大反應(yīng)速度Vm逐漸減小,不同甜菊醇、異甜菊醇濃度的直線交于坐標第二象限的一點,而并非交于橫軸或縱軸[23],表明甜菊醇、異甜菊醇采用競爭性與非競爭性相混合方式抑制α-葡萄糖苷酶活性,也即甜菊醇、異甜菊醇不僅與α-葡萄糖苷酶的活性部位相結(jié)合,還可與酶的非活性部位相結(jié)合,發(fā)揮抑制作用,因而在酶抑制實驗中展現(xiàn)了明顯的抑制效果,這與韓芬霞等[24]研究異甘草素抑制α-葡萄糖苷酶作用類型相似。
圖4 甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶的Lineweaver-Burk圖Fig.4 Lineweaver-Burk curve of steviol, isosteviol on α-glucosidase
由圖5所示,不同濃度甜菊醇、異甜菊醇抑制劑的Lineweaver-Burk曲線均為相交于縱軸,隨著抑制劑甜菊醇、異甜菊醇溶液濃度增大,Lineweaver-Burk曲線截距不變,斜率逐漸增大,因此,米氏常數(shù)Km值隨抑制劑濃度的增大而增大,最大反應(yīng)速率Vmax(縱截距為1/Vmax)保持不變,可推測甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA還原酶的抑制類型為競爭性抑制[19]。
圖5 甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA酶的Lineweaver-Burk圖Fig.5 Lineweaver-Burk curve of steviol,isosteviol on HMG-CoA
利用分子對接軟件Autodock分別構(gòu)建對照物阿卡波糖與α-葡萄糖苷酶、阿托伐他汀與HMGCoA還原酶的對接模型,確定和驗證該條件的準確性,圖6展示了阿卡波糖、阿托伐他汀分別與α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶的對接模式和氫鍵相互作用。
圖6 阿卡波糖、阿托伐他汀與配體的對接相互作用Fig.6 Docking interaction of acarbose and atorvastatin with ligands
對照物阿卡波糖與α-葡萄糖苷酶用Autodock作分子對接,對接結(jié)合能最小為-11.43 kcal/mol,其均方根偏差值refRMS值為1.57,一般認為refRMS值小于2就可認為小分子與蛋白質(zhì)受體是有效對接[25]。圖6A可見阿卡波糖與α-葡萄糖苷酶能很好的結(jié)和,說明參數(shù)設(shè)置合適。把對接結(jié)果用可視化軟件Pymol進行分析,結(jié)果顯示配體作用位點有19 個:TYR63、TYR135、LEU364、LEU471、TRP209、TRP473、TRP67、GLU456、ASP70、TRP362、ALA138、TYR351、 TRP139、 PHE206、 ARG69、 LEU208、GLU211、ARG345、GLU210,與 6個作用位點形成氫鍵作用,分別為:ARG69、ASP70、GLY140、TRP209、GLU210、ARG345,與 Sevcik 等[26]的研究結(jié)果相似。由此可見,阿卡波糖α-葡萄糖苷酶結(jié)合的主要作用力是氫鍵作用。
阿托伐他汀與HMG-CoA還原酶最低結(jié)合能量約為-4.29 kcal/mol,refRMS值為1.26,由圖6B可見,阿托伐他汀與HMG-CoA還原酶LYS633、PHE615、HIS635等位點結(jié)合。與HMG-CoA還原酶殘基LYS633、LYS633、LEU634形成鍵長分別為 2.1?、2.5?、2.6?氫鍵。阿托伐他汀抑制HMG-CoA還原酶的活性,阻礙了膽固醇的合成,從而達到降血脂的目的,他汀類藥物是臨床上的常用降血脂藥物[27]。
用AutodockTools在PMV中打開1.2.3部分中準備好的α-Glucosidase和HMG-CoA分子,加氫、電荷、質(zhì)子化狀態(tài)確認、進行可旋轉(zhuǎn)鍵的搜尋與定義,并保存為pdbqt文件,如下圖7。
圖7 α-葡萄糖苷酶和HMG-CoA還原酶結(jié)構(gòu)晶體Fig.7 Crystal structure of α-glucosidase and HMG CoA
經(jīng)Autodock運算分析,對接使用半柔性對接方法,選擇結(jié)合自由能最低的構(gòu)象來進行后續(xù)的分析,并得到甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶的最佳復(fù)合結(jié)果。
圖8為對接結(jié)果,表明其結(jié)合位點的位置。圖8中所示:半透明區(qū)域表明甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶相互作用的分子表面,綠色區(qū)是結(jié)合位點區(qū)域,表示甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶的結(jié)合位點,位點均位于其活性口袋內(nèi)。甜菊醇與α-葡萄糖苷酶對接結(jié)果發(fā)現(xiàn)酶活性中心點氨基酸殘基中PRO61、ASP62、TYR63、TRP67、LYS127、TRP139、TRP209、GLU210、GLU211、ARG345、TYR351和ASP354等12個氨基酸酸殘基最容易與甜菊醇配體相互作用,這些殘基有疏水作用。異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶對接有 ASP61、PRO62、TYR63、LYS127、TRP139、 TRP209、 GLU210、 GLU211、 ARG345、TYR351等10個氨基酸殘基與甜菊醇配體相互作用。這些氨基酸殘基與異甜菊醇相互作用形成氫鍵等作用力,其中氨基酸殘基TRP209與異甜菊醇形成了鍵長為1.9?的氫鍵作用力,3.0?以內(nèi)相互作用的氨基酸位點有10個。這些位于α-葡萄糖苷酶蛋白的功能域內(nèi)氨基酸均和甜菊醇、異甜菊醇相互作用形成氫鍵、范德華力等作用力,對于α-葡萄糖苷酶的抑制活性有著重要的作用。
圖8 甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶的分子對接效果圖Fig.8 Molecular docking effect of steviol, isosteviol and α-glucosidase
將甜菊醇與α-葡萄糖苷酶的所有空腔進行對接并計算結(jié)合能,本次對接使用柔性對接,對接自由能越小配體小分子與受體蛋白結(jié)合越穩(wěn)定[28]。甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶對接自由能分別是-6.09、-7.34 kcal/mol,而經(jīng)典降血糖藥阿卡波糖與α-葡萄糖苷酶對接自由能-11.43 kcal/mol,因此表明甜菊醇、異甜菊醇有降血糖功效,其中異甜菊醇的活性稍高于甜菊醇。
經(jīng)Autodock運算,選擇結(jié)合自由能最低的構(gòu)象進行后續(xù)分析,得到甜菊醇、異甜菊醇與HMGCoA還原酶的最佳復(fù)合結(jié)果。
由阿托伐他汀與HMG-CoA還原酶受體之間的結(jié)合情況用半經(jīng)驗的自由能計算方法評價,針對HMG-CoA還原酶蛋白情況將中心軸改為8.077,-14.968,12.92,分析甜菊醇、異甜菊醇與 HMGCoA還原酶結(jié)合的最佳分子對接復(fù)合結(jié)構(gòu),如圖9所示,發(fā)現(xiàn)甜菊醇與HMG-CoA還原酶的TYR517、TYR533、 MET534、 PRO535、 ILE536、 VAL538、ALA556、ILE762、ALA763、PRO813和 GLN814等11個氨基酸位點產(chǎn)生結(jié)合,對比阿托伐他汀與HMG-CoA還原酶結(jié)合的晶體結(jié)構(gòu),可知作用位點處于活性口袋內(nèi),功能域內(nèi)并有MET534、ILE536這2個氫鍵。異甜菊醇與HMG-CoA還原酶結(jié)合11個氨基酸,如 TYR517、VAL522、CYS527、GLY532、TYR533、 MET534、 PRO535、 ILE536、 ALA763、PRO813和 GLN814,有 1個 ILE536位氫鍵,異甜菊醇和阿托伐他汀與HMG-CoA還原酶作用的位點基本一致(見圖9B)。
圖9 甜菊醇、異甜菊醇與HMG-CoA還原酶的分子對接效果圖Fig.9 Molecular docking effect of steviol, isosteviol and HMG CoA reductase
在分子對接中,配體構(gòu)象的結(jié)合自由能越低,構(gòu)象越穩(wěn)定,與蛋白質(zhì)受體結(jié)合的親和力就越強,對蛋白質(zhì)受體可能具有抑制活性越強[29]。因此,對接自由能數(shù)值越小說明抑制效果越好,分析得阿托伐他汀、甜菊醇和異甜菊醇分別與配體HMG-CoA還原酶結(jié)合自由能分別為-4.29、-6.24、-6.27 kcal/mol,說明異甜菊醇對配體HMG-CoA還原酶活性的抑制效果比甜菊醇效果好,異甜菊醇通過抑制HMG-CoA還原酶的活性來影響膽固醇的合成,從而達到降血脂的目的。
甜菊醇與異甜菊醇的功能性[30]已被食品行業(yè)廣泛了解和研究,但其在降血糖、降血脂關(guān)鍵靶點和作用機理方面尚未見報道。本研究以甜菊醇與異甜菊醇為試驗材料,經(jīng)過查閱血糖、血脂代謝通路,確定了代謝關(guān)鍵酶:α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶,并在此基礎(chǔ)上進一步考察分析甜菊醇、異甜菊醇與靶點蛋白之間的相互關(guān)系。
通過酶動力學實驗研究結(jié)果表明甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶有抑制作用且隨著甜菊醇、異甜菊醇濃度的升高,其抑制作用逐漸增強。甜菊醇、異甜菊醇對α-葡萄糖苷酶的 IC50高于阿卡波糖(0.11 mg/L)分別為 70.75、49.65 mg/L,說明甜菊醇活性小于異甜菊醇,小于阿卡波糖;通過Lineweaver-Burk曲線判斷甜菊醇、異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶采用競爭性與非競爭性相混合類型。甜菊醇、異甜菊醇對HMG-CoA還原酶的IC50分別為46.29、36.66 mg/L,阿托伐他汀的IC50為2.11 mg/L,甜菊醇、異甜菊醇與HMG-CoA還原酶屬于競爭性抑制類型。
AutoDock分子對接實驗對接自由能和結(jié)合氨基酸及其形成氫鍵數(shù)量[31],進一步表明甜菊醇、異甜菊醇分別對α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶有明確的效果。阿卡波糖、甜菊醇和異甜菊醇與α-葡萄糖苷酶對接自由能分別是-6.09、-7.34、-11.43 kcal/mol;阿托伐他汀、甜菊醇和異甜菊醇分別與HMG-CoA還原酶自由能分別為-4.29、-6.24、-6.27 kcal/mol。甜菊醇、異甜菊醇對接與α-葡萄糖苷酶、HMGCoA還原酶均形成疏水活性口袋,有多個氨基酸殘基結(jié)合,說明對接有效。
綜上所述,從酶動力學和分子對接方面確定了甜菊醇、異甜菊醇具有對α-葡萄糖苷酶、HMG-CoA還原酶活性的抑制作用,酶動力學試驗與分子對接技術(shù)結(jié)果相互驗證,為探索天然產(chǎn)物的活性機制提供了新方法,為進一步理清作用機制及其在藥物開發(fā)研究中具有重要意義。