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桑細(xì)菌性枯萎病病原菌的分離鑒定與全基因組序列分析

2022-02-10 23:33羅龍輝王繼承劉吉平
植物保護(hù) 2022年1期
關(guān)鍵詞:枯萎病細(xì)菌性病原

羅龍輝 王繼承 劉吉平

摘要

為明確華南蠶區(qū)桑樹細(xì)菌性枯萎病主要病原菌的種類,本研究從廣西、廣東等地桑園采集了多份桑樹細(xì)菌性枯萎病病樣,采用分離培養(yǎng)、形態(tài)學(xué)鑒定和分子生物學(xué)鑒定的方法,對病原菌進(jìn)行了分離鑒定,并通過藥敏試驗(yàn)分析病原菌的耐藥性。結(jié)果表明,結(jié)合柯赫氏法則,將分離到的桑枯萎病病原菌鑒定為產(chǎn)酸克雷伯氏菌Klebsiella oxytoca,編號AKKL001(菌種保藏號GDMCC No.1.1602)。該病原菌屬革蘭氏陰性菌,基因組全長6 149 586 bp,含有5 792個基因,GC含量55.80%;藥敏試驗(yàn)結(jié)果表明,病原菌對氨芐西林、頭孢唑啉、頭孢呋辛、頭孢噻吩、鏈霉素、麥迪霉素等抗生素具有耐受性。本研究報(bào)道了桑細(xì)菌性枯萎病病樣上分離的產(chǎn)酸克雷伯氏菌,為桑細(xì)菌性枯萎病病原菌的研究提供理論依據(jù),全基因組測序的結(jié)果為桑細(xì)菌性枯萎病的相關(guān)致病機(jī)制研究奠定了基礎(chǔ)。

??關(guān)鍵詞

桑樹;細(xì)菌性枯萎病;產(chǎn)酸克雷伯氏菌;全基因組

中圖分類號:

S888.7, S436.5

文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A

DOI:10.16688/j.zwbh.2020522

Isolation, identification and wholegenome sequence analysis of the pathogen causing mulberry bacterial wilt disease

LUO Longhui,WANG Jicheng,LIU Jiping*

(College of Animal Science, Regional Sericulture Training Center For AsiaPacific,

South China Agricultural University, Guangzhou510642, China)

Abstract

In order to identify the main pathogens of mulberry bacterial wilt in the silkwormrearing area of South China, multiple mulberry samples with mulberry bacterial wilt were collected from mulberry fields in gardens in Guangxi and Guangdong. The pathogen was isolated and identified by culture separation, morphological and molecular identification. Meanwhile, drug sensitivity test was conducted to analyze the drug resistance of pathogenic bacteria. The results showed that, combined with Koch’s postulates, a strain of Klebsiella oxytoca, the pathogen of mulberry wilt disease, was isolated, designated as AKKL001 (GDMCC strain deposit no. 1.1602). The pathogen was a gramnegative bacterium with a fulllength genome sequence of 6 149 586 bp, including 5 792 genes, with a GC content of 55.80%. The results of drug sensitivity test showed that the pathogen was resistant to antibiotics such as ampicillin, cefazolin, cefuroxime, cephalothin, streptomycin and midecamycin. This study reported Klebsiella oxytoca isolated from samples of mulberry bacterial wilt disease, which provided a theoretical basis for the research on the pathogen of mulberry bacterial wilt, and the results of wholegenome sequencing provided the basis for the identification of the related pathogenic mechanism of mulberry bacterial wilt.

Key words

mulberry;bacterial wilt;Klebsiella oxytoca;genome

桑葉是寡食性昆蟲家蠶的主要食物來源,作為藥食兩用的桑樹,在我國蠶桑產(chǎn)業(yè)多元化中有著舉足輕重的地位[1]。桑樹病害一直影響著桑樹產(chǎn)業(yè)的健康穩(wěn)定發(fā)展,其中桑細(xì)菌病害,特別是桑細(xì)菌性枯萎病、桑青枯病、桑疫病等作為危害我國桑樹產(chǎn)業(yè)的三類主要桑細(xì)菌性病害[2],近些年在各大蠶區(qū)的發(fā)生日趨嚴(yán)重。 桑細(xì)菌性枯萎病自2006年在浙江杭州發(fā)現(xiàn)以來,近幾年迅速蔓延到整個華南蠶區(qū),已嚴(yán)重影響蠶桑產(chǎn)業(yè)健康穩(wěn)定的發(fā)展。桑細(xì)菌性枯萎病田間癥狀與茄科雷爾式菌Ralstonia solanacearum引起的桑青枯病極為相似,生產(chǎn)上多將二者混淆。Zhu等[3]2010年發(fā)現(xiàn)一種引起桑枯萎病的病原,但并非是茄科雷爾式菌,后經(jīng)鑒定確定為腸桿菌屬Enterobacter 細(xì)菌,從此開啟了桑細(xì)菌性枯萎病病原的新篇章。之后Wang等[4]從浙江杭州??菸〔又蟹蛛x到腸桿菌屬的阿氏腸桿菌E.asburiae 和 Enterobacter sp.,再次明確了腸桿菌屬是桑細(xì)菌性枯萎病病原的主要類群。2012年,戴凡煒等[5]從廣東、廣西收集的47份樣本中分離到10株桑枯萎病病原菌,經(jīng)鑒定分別為腸桿菌屬 Enterobacter的陰溝腸桿菌E.cloacae和阿氏腸桿菌、克雷伯氏菌屬 Klebsiella 的肺炎克雷伯氏菌K.pneumoniae、K.variicola和產(chǎn)酸克雷伯氏菌 K.oxytoca以及泛菌屬Pantoea的菠蘿泛菌P.ananatis等病原菌,首次提出了其他種屬的細(xì)菌也可引起桑細(xì)菌性枯萎病。蒙嬌榮等[6]從??菸〔又谐蛛x到以上幾種病原菌外,還分離到未確定種的3株腸桿菌屬細(xì)菌和6株克雷伯氏菌屬細(xì)菌,極大地豐富了桑細(xì)菌性枯萎病病原種類。由此可見,桑細(xì)菌性枯萎病病原菌種類復(fù)雜多樣,探討其病原種類對防治該細(xì)菌性病害具有重要的意義。

目前,研究者對桑細(xì)菌性枯萎病病原的研究多集中于腸桿菌屬,已初步明確腸桿菌屬病原菌的系統(tǒng)分類與致病機(jī)理,但對于其他屬的病原菌研究較少。為了準(zhǔn)確診斷桑細(xì)菌性枯萎病病原以控制其蔓延傳播,本研究對采集于廣西、廣東等地多份??菸颖镜牟≡M(jìn)行分離,獲得1株強(qiáng)致病力菌株,編號AKKL001。并對病原菌AKKL001進(jìn)行形態(tài)特征觀察、生理生化測定、致病性測定和全基因組分析,明確其系統(tǒng)發(fā)育特征,從而為桑細(xì)菌性枯萎病的防控提供科學(xué)依據(jù)。

1材料與方法

1.1材料

1.1.1??菸〔≈昙捌涓H土壤樣本

桑枯萎病病株及其根際土壤樣本采集情況見表1。

1.1.2主要試劑

NA培養(yǎng)基、LB肉湯培養(yǎng)基、腸桿菌科細(xì)菌生化常規(guī)鑒定試劑盒購于廣東環(huán)凱微生物科技有限公司。植物、土壤、細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒購于生工生物工程(上海)股份有限公司; PCR反應(yīng)的相關(guān)試劑購于北京擎科生物工程科技有限公司,引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

1.2方法

1.2.1桑樹根部病原菌的分離純化

取新采集的桑樹根部組織用自來水沖洗干凈后剪成約3~4 cm的根段,用75%乙醇漂洗15 s,無菌水沖洗3次;0.1%的升汞處理 5 min,再用無菌水沖洗3次。風(fēng)干后,將根部樣本置于無菌的研缽內(nèi),加入約5 mL無菌水充分研磨;取1 mL研磨液加入9 mL無菌水中,10倍梯度稀釋5 次;分別取100 μL 10 4和10 5的研磨稀釋液均勻涂布于NA培養(yǎng)基上,每個稀釋度重復(fù)涂板3次。24 h后挑取單菌落于NA培養(yǎng)基上劃線擴(kuò)大培養(yǎng),隔日挑取單菌落接種于LB斜面和平板,并在甘油中保存置于 80℃冰箱。

1.2.2AKKL001致病性測定

用接種環(huán)挑取一環(huán)斜面保存的單菌落于盛有100 mL LB培養(yǎng)液的250 mL三角瓶中,置于恒溫振蕩器,28℃、150 r/min培養(yǎng)24 h,3 000 r/min離心5 min,去上清,將菌體稀釋為108cfu/mL的菌懸液備用。從桑園采集桑嫩枝(品種:‘倫40’)扦插到50 mL錐形瓶中,每瓶扦插2株,加入30 mL無菌水,用海綿封住瓶口。設(shè)試驗(yàn)組與空白對照兩組,每組15個重復(fù)。24 h后,以第1瓶為空白對照往瓶中注入3 mL無菌水, 其余株注入3 mL上述菌液,置于恒溫27℃的人工氣候箱,設(shè)置光周期20 h(L∥D= 12 h∥8 h),濕度為80%RH,每天觀察并記錄發(fā)病情況,并對枯萎植株進(jìn)行病原菌的再分離與PCR檢測。選用生長40 d的桑樹小苗,洗凈,消毒并剪去1/3須根,移植到無菌土壤中,取5 mL 108 cfu/mL菌懸液灌根,置于27℃的人工氣候箱(條件與上述條件相同),每天觀察并記錄發(fā)病情況。對回接后枯萎病株進(jìn)行病原菌的分離與PCR驗(yàn)證(PCR引物 KLF1/KLR1:5′ATTGCGTAGAAGAG CCTGAA3′/ 5′CAGGACACGCAGTTAAGACC3′;擬擴(kuò)增片段長度:926 bp)[7]。

1.2.3 AKKL001的形態(tài)學(xué)觀察及生理生化性質(zhì)的測定

從斜面挑取病原菌菌落接種于LB培養(yǎng)液,28℃培養(yǎng)24 h進(jìn)行電鏡制樣觀察,另取10 μL菌液進(jìn)行革蘭氏染色;參照《伯杰細(xì)菌鑒定手冊》[8],選擇12項(xiàng)腸桿菌科生理生化鑒定指標(biāo)對病原菌進(jìn)行測定。

1.2.4AKKL001全基因組測序

將分離的病原菌擴(kuò)大培養(yǎng)后提取總DNA送至廣州瑞科基因科技有限公司進(jìn)行質(zhì)量檢驗(yàn),質(zhì)量檢測合格的樣品根據(jù)Illumina DNA文庫構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)流程,構(gòu)建插入片段大小為500 bp的雙末端測序文庫。對質(zhì)檢合格的高通量測序文庫,采用Illumina Hiseq高通量測序平臺進(jìn)行測序,測序模式:PE150(Pairend150)。由廣州瑞科基因科技有限公司完成對基因組的測序、組裝與基因的注釋。

1.2.5AKKL001系統(tǒng)進(jìn)化分析

細(xì)菌rRNA全長包括16S rRNA、23S rRNA、5S rRNA以及他們之間的間隔區(qū)序列。根據(jù)1.2.4的全基因組注釋結(jié)果,將AKKL001核糖體RNA全長序列上傳至NCBI(https:∥blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast)進(jìn)行 BLAST比對,從GenBank中下載克雷伯氏菌屬的rRNA基因序列用MUSCLE 3.8.31軟件進(jìn)行多序列比對,并利用MEGA X[9]軟件,采用Maximum Composite Likelihood 模型通過鄰接法(neighborjoining)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,bootstrap值設(shè)置為1 000。

平均核苷酸一致性(ANI)是反應(yīng)基因組之間遺傳距離的最有效指標(biāo)之一,利用在線軟件PATRIC(3.6.5)[10]的Similar Genome Finder查找并下載相近的細(xì)菌基因組,并利用OAT軟件[11]基于ANI分析基因組之間的遺傳距離。

1.2.6毒力因子與耐藥基因分析

利用IslandViewer 4[12]對AKKL001的基因組島(genomic island,GI)進(jìn)行預(yù)測分析;通過對比毒力因子數(shù)據(jù)庫VFDB[13]對AKKL001的毒力基因進(jìn)行注釋;利用CARD數(shù)據(jù)庫[14]對耐藥基因進(jìn)行預(yù)測。

1.2.7藥敏試驗(yàn)

選取氨芐西林、頭孢唑啉、頭孢呋辛、頭孢噻吩、鏈霉素、麥迪霉素、頭孢噻肟、氨曲南、頭孢哌酮、頭孢吡肟、頭孢曲松、頭孢他啶、氧氟沙星、哌拉西啉、頭孢西丁、妥布霉素、卡那霉素等17種抗生素的藥敏紙片(按YY/T11912011抗菌劑藥敏紙片標(biāo)準(zhǔn)制備),參照革蘭氏陰性桿菌常用藥敏試劑盒(杭州濱和微生物試劑有限公司)說明書,采用藥敏紙片法[15]測定病原菌株的耐藥性,試驗(yàn)重復(fù)3次。

2結(jié)果與分析

2.1病原菌的分離培養(yǎng)及形態(tài)學(xué)觀察

從廣西融安隘口村的桑(‘桂桑12’)枯萎病病株(圖1a)根部分離到1株??菸【?,編號AKKL001,病原菌在LB培養(yǎng)基上呈乳白色,表面光滑,流動性強(qiáng),有刺激性氣味(圖1b)。吸取10 μL菌液進(jìn)行革蘭氏染色,在光學(xué)顯微鏡下觀察,為革蘭氏陰性菌,且都為橢圓至短桿狀(圖1c)。電鏡觀察病原菌呈短桿狀(圖1d),無鞭毛,表面不光滑。菌種送廣東省微生物菌種保藏中心保藏,菌種保藏號為(GDMCC No.1.1602)。

2.2致病性鑒定與檢測

分別對水培扦插桑嫩枝和土壤栽培的桑苗接種AKKL001,測定其致病性。結(jié)果表明,水培桑枝接種AKKL001菌懸液后72 h桑枝葉片出現(xiàn)黃化和輕微的枯萎,失水等癥狀(圖2b),接種后96 h扦插枝條已完全枯萎,空白對照組未出現(xiàn)枯萎癥狀。桑苗經(jīng)傷根灌根接種AKKL001菌液后3 d出現(xiàn)輕微的枯萎現(xiàn)象,6 d后部分桑苗已完全枯萎,表現(xiàn)為桑苗由下至上逐漸黃化,萎蔫,易脫落(圖2d),而接種清水對照組表現(xiàn)正常(圖2c)。

對水培扦插嫩枝組和土壤栽培苗木組的枯萎枝條的總DNA進(jìn)行特異性PCR檢測(圖3), 均檢測到AKKL001的特異條帶,大小約為926 bp,并從苗木組的枯萎病株根部成功分離到產(chǎn)酸克雷伯氏菌。

2.3生理生化性質(zhì)的鑒定

生理生化測試是細(xì)菌的常見鑒別方法,利用腸桿菌科的12種生理生化指標(biāo)對分離純化的培養(yǎng)物進(jìn)行驗(yàn)證,將AKKL001鑒定為產(chǎn)酸克雷伯氏菌Klebsiella oxytoca。具體測試結(jié)果見表2。

2.4全基因組測序結(jié)果

經(jīng)基因組測序組裝后,得到AKKL001基因組草圖(圖4),基因組全長6 149 586 bp,包含5 792個基因,66個重復(fù)區(qū)段,rRNA數(shù)量為25個,tRNA數(shù)量為87個,GC含量55.80%。

2.5系統(tǒng)進(jìn)化分析

本研究獲得的全基因組測序結(jié)果提交到GenBank數(shù)據(jù)庫后獲得登錄號CP060111。基于rRNA基因全長序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹結(jié)果(圖5)顯示,AKKL001與產(chǎn)酸克雷伯氏菌Klebsiella oxytoca聚為一支,與人源產(chǎn)酸克雷伯氏菌K.oxytoca? CAV1374(CP011636.1) 遺傳距離最為接近,二者rDNA序列相似性達(dá)99.74%。

為了更好地確定AKKL001的系統(tǒng)發(fā)育地位,利用在線軟件OAT基于ANI分析基因組之間的遺傳距離。結(jié)果(圖6)顯示,AKKL001與產(chǎn)酸克雷伯氏菌CAV1374(CP011636.1)最為接近(ANI值達(dá)99.09%),結(jié)合形態(tài)觀察與生化鑒定的結(jié)果,最終將AKKL001鑒定為產(chǎn)酸克雷伯氏菌。

2.6基因組組分分析

經(jīng)基因組預(yù)測分析,AKKL001染色體共有58個 基因島,其中主要有糖基轉(zhuǎn)移酶家族,纖維素酶家族等與病原菌侵染與定殖相關(guān)的基因簇?;蚪M中包含42個與植物細(xì)胞壁降解酶(plant cell wall degrading enzymes,PCWDEs)相關(guān)的基因,包括編碼果膠裂解酶(pectate lyase)的pelX、pelY基因;果膠酯酶(pectinesterase)的pemL、pemK、pemB基因,編碼多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase)的pehX基因,以及與纖維素合成酶(cellulose synthase)相關(guān)的celY、bcsZ、bcsE、bcsF基因;編碼β葡萄糖苷酶(βDglucosidase)的bglH、bglA、bglK、bglG、bglX、bglB、bglY、bglJ與nagZ基因。另外,從AKKL001基因組中注釋到多種與分泌系統(tǒng)相關(guān)的基因,Ⅰ型分泌系統(tǒng)(type Ⅰ secretion system,T1SS)作為非Sec(secretoryprotein translocation)依賴途徑,可將胞內(nèi)蛋白直接運(yùn)送到胞外。AKKL001中存在HlyD家族,ATPase家族,Tolc家族等多個Ⅰ型分泌系統(tǒng)相關(guān)蛋白。除此之外,AKKL001基因組中注釋到高度保守的Ⅱ型分泌系統(tǒng)(type Ⅱ secretion system,T2SS)基因簇(gspCDEFGHIJKLMN),覆蓋10 818個堿基,GC含量約為63%,T2SS主要負(fù)責(zé)將胞外蛋白從細(xì)胞周質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞外膜[16]。

克雷伯氏菌屬的固氮基因是研究的熱點(diǎn)之一。對AKKL001基因組分析發(fā)現(xiàn)其存在一個完整的固氮基因簇(nitrogenfixation gene cluster),共由20個基因組成,長23.279 kb,GC含量62%。相應(yīng)的基因排列如下(圖7),包括nifH、nifD、nifK固氮酶結(jié)構(gòu)基因與編碼固氮相關(guān)的調(diào)節(jié)因子nifJ、nifT、nifY、nifE、nifN、nifX、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifL、nifA、nifB、nifQ及Fld基因等,與肺炎克雷伯氏菌Klebsiella pneumoniae中的nif基因簇模式系統(tǒng)相一致。

對比CARD抗性基因數(shù)據(jù)庫預(yù)測到59個抗生素抗性基因,其中編碼抗生素外排泵基因16個,包括patA、oqxB、oqxA、mdtM、mdtK、mdtH、mdtG、mdtD、mdtC、mdtA、mdfA、emrD、emrB、emrA、 acrD、acrB等;外排泵調(diào)節(jié)基因7個,包括emrR、baeR、baeS、robA、HNS、cpxR、cpxA等;多種抗生素抗性基因19個,如gyrA、parC、parE、soxS、nfsA、folP、mfd、PmrF、bacA、LeuO、FosA5、OXY11、gyb、cysB、alaS、UhpT、murA、GlpT、fyuA等;其他抗性基因如marR、soxR、acrR等共14個。 藥敏試驗(yàn)(圖8)表明AKKL001對頭孢噻肟,氨曲南,頭孢哌酮,頭孢吡肟,頭孢曲松,頭孢他啶,氧氟沙星,哌拉西啉等8種抗生素敏感,而對氨芐西林,頭孢唑啉,頭孢呋辛,頭孢噻吩,鏈霉素、麥迪霉素等抗生素均耐藥。

3討論

桑細(xì)菌性枯萎病為桑樹土傳病害,近幾年在華南蠶區(qū)常有報(bào)道,嚴(yán)重影響桑葉產(chǎn)量。部分蠶區(qū)通過使用抗生素或種植抗病品種來控制桑細(xì)菌性枯萎病的大面積發(fā)生,雖取得了一定的成效[17],但桑枯萎病的發(fā)生仍然普遍存在。其中,病原復(fù)雜多樣是桑細(xì)菌性枯萎病防控的主要困難之一。

目前,桑細(xì)菌性枯萎病的病原研究多集中于腸桿菌屬細(xì)菌,包括陰溝腸桿菌、阿氏腸桿菌和桑腸桿菌3種病原[3 -4,18- 19],戴凡煒等[5]通過對廣東、廣西桑細(xì)菌性枯萎病病樣進(jìn)行分離鑒定, 增加了2種新的屬,克雷伯氏菌屬Klebsiella與泛菌屬Pantoea。本課題組前期在對廣東、廣西等地的桑細(xì)菌性枯萎病病樣的研究中也發(fā)現(xiàn)陰溝腸桿菌與菠蘿泛菌,甚至在部分樣本中還檢測到茄科雷爾氏菌R.solanacearum[20],因此推測桑細(xì)菌性枯萎病是多種病原菌之間通過復(fù)雜的群體效應(yīng)相互調(diào)控,復(fù)合侵染。桑細(xì)菌性枯萎病病原多樣,目前尚未明確該病的主要病原菌,因此對桑細(xì)菌性枯萎病病原的多樣性、主要致病菌、病原菌的傳播途徑及協(xié)同作用等都需要進(jìn)一步研究。

克雷伯氏菌屬病原菌多為動物源致病菌,部分研究表明其也可以導(dǎo)致植物病害[21-22]。2019年Huang[23]等確定了肺炎克雷伯氏菌 KpC4引起玉米細(xì)菌性頂腐病,揭示了由KpC4引起的玉米細(xì)菌性頂腐病的病程以及KpC4的生態(tài)適應(yīng)性和寄主范圍。桑源克雷伯氏菌主要報(bào)道有:肺炎克雷伯氏菌、K.variicola、產(chǎn)酸克雷伯氏菌及未命名的Klebsiella sp., 主要導(dǎo)致桑細(xì)菌性枯萎病。這類克雷伯氏菌通常多見于腸道微生物種群。本研究前期對樣本收集地區(qū)的桑園調(diào)查發(fā)現(xiàn),部分桑園存在使用動物排泄物作為有機(jī)肥的情況,因此下一步工作需要考慮不同來源的克雷伯氏菌是否對桑樹具有致病性。

隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展,測序成本逐漸降低,克雷伯氏菌的全基因組序列也陸續(xù)被報(bào)道[24 -25]。通過病原菌的全基因組測序,可以揭示病原菌的遺傳規(guī)律,并在此基礎(chǔ)上挖掘新的功能基因。ReynaFlores等[26]從甘蔗莖中獲得了內(nèi)生菌Klebsiella variicola KvMx2和肺炎克雷伯氏菌KpMx1,全基因組測序結(jié)果揭示了這2株內(nèi)生克雷伯氏菌中與促進(jìn)植物生長、發(fā)育及毒力因子等相關(guān)的基因差異。Rosenblueth等[27]在總DNADNA雙雜交的基礎(chǔ)上,基于rpoB,gyrA,mdh,infB,phoE和nifH基因的系統(tǒng)發(fā)育分析及不同的表型特征,發(fā)現(xiàn)克雷伯氏菌屬的Klebsiella variicola,廣泛存在于香蕉、水稻、甘蔗和玉米等農(nóng)作物中。本研究測定了AKKL001全基因組進(jìn)行了注釋分析,結(jié)果表明基因組中存在編碼莢膜、脂多糖、外膜蛋白等與植物病原菌侵染過程相關(guān)的基因,同時(shí)也存在固氮基因簇與部分抗生素的耐受性基因,但具體基因功能與致病機(jī)理也還需進(jìn)一步研究。通過藥敏試驗(yàn)測定了AKKL001對部分抗生素的耐藥性,為??菸】股氐氖褂锰峁﹨⒖迹笃诳煽紤]將部分蠶用抗生素運(yùn)用到??菸〉姆揽匮芯恐?。

桑細(xì)菌性枯萎病危害嚴(yán)重、病原多樣,本研究從桑細(xì)菌性枯萎病病樣中分離到1株克雷伯氏菌(AKKL001),結(jié)合形態(tài)學(xué)觀察、生化鑒定及全基因組測序結(jié)果將其鑒定為產(chǎn)酸克雷伯氏菌Klebsiella oxytoca。華南蠶區(qū)是桑細(xì)菌性枯萎病的多發(fā)區(qū),后期對桑細(xì)菌性枯萎病的防控可以考慮加強(qiáng)對克雷伯氏菌的檢測與防治。

參考文獻(xiàn)

[1]廖森泰, 向仲懷. 論蠶桑產(chǎn)業(yè)多元化[J]. 蠶業(yè)科學(xué), 2014, 40(1): 137 -141.

[2]李磊, 唐翠明, 王振江, 等. 桑樹細(xì)菌性病害研究概況[J]. 廣東蠶業(yè), 2012, 46(4): 36 -40.

[3]ZHU Bo, WANG Guofen, XIE Guanlin, et al. Enterobacter spp.: A new evidence causing bacterial wilt on mulberry [J]. Science China Life Sciences, 2010, 53(2): 292 -300.

[4]WANG Guofen, XIE Guanlin, ZHU Bo, et al. Identification and characterization of the Enterobacter complex causing mulberry (Morus alba) wilt disease in China [J]. European Journal of Plant Pathology, 2010, 126 (4): 465- 478.

[5]戴凡煒, 羅國慶, 王振江, 等. 華南蠶區(qū)桑枯萎病病原菌的分離與分子鑒定[J]. 蠶業(yè)科學(xué), 2012, 38(6): 981- 987.

[6]蒙姣榮, 歐陽秋飛, 岑貞陸, 等. 廣西桑樹細(xì)菌性枯萎病菌致病力和遺傳多樣性分析[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué), 2014, 33(5): 998 -1006.

[7]劉吉平, 羅龍輝. 一組桑樹細(xì)菌性枯萎病病原克雷伯氏菌的PCR檢測引物及應(yīng)用: CN111073988A [P]. 2020 -04- 28.

[8]BUCHANAN R E, GIBBONS N E. 伯杰細(xì)菌鑒定手冊[M]. 北京: 中國科學(xué)出版社, 1984.

[9]KUMAR S, STECHER G, LI M, et al. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms [J]. Molecular Biology and Evolution, 2018, 35(6): 1547 -1549.

[10] WATTAM A R, DAVIS J J, RIDA A, et al. Improvements to PATRIC, the allbacterial bioinformatics database and analysis resource center [J]. Nucleic Acids Research, 2017, 45(D1): D535 -D542.

[11]? LEE I, KIM Y O, PARK S C, et al. OrthoANI: An improved algorithm and software for calculating average nucleotide identity [J]. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66(2): 1100 -1103.

[12] CLAIRE B, LAIRD M R, WILLIAMS K P, et al. Islandviewer 4: expanded prediction of genomic islands for largerscale datasets [J]. Nucleic Acids Research, 2017(W1): W30- W35.

[13]? LIU Bo, ZHENG Dandan, JIN Qi, et al. VFDB 2019: A comparative pathogenomic platform with an interactive web interface [J]. Nucleic Acids Research, 2018, 47(D1): D687 D692.

[14] ALCOCK B P, RAPHENYA A R, LAU T T Y, et al. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database [J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D517- D525.

[15]? ANDREWS J M. BSAC Working Party on susceptibility testing ft. BSAC standardized disc susceptibility testing method [J]. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2001, 48(S1):43- 57.

[16] KOROTKOV K V, SANDKVIST M, HOL W G J. The type Ⅱ secretion system: biogenesis, molecular architecture and mechanism [J]. Nature Reviews Microbiology, 2012, 10(5): 336 -351.

[17] 羅國慶, 唐翠明, 王振江, 等. 桑樹雜交組合抗青枯病能力鑒定及與抗病相關(guān)酶活性的研究[J]. 蠶業(yè)科學(xué), 2010, 36(2): 300-303.

[18] 朱勃. 桑細(xì)菌性枯萎病病原的定名、分子檢測及腸桿菌基因水平轉(zhuǎn)移的研究[D]. 杭州: 浙江大學(xué), 2010.

[19] 姜星. 桑枯萎病病原細(xì)菌的分離、鑒定及分子檢測方法的建立[D]. 鎮(zhèn)江: 江蘇科技大學(xué), 2012.

[20] 楊宏宇. ??菸〔≡b定及分子生物學(xué)研究[D].廣州:華南農(nóng)業(yè)大學(xué),2018.

[21]? LOGANATHAN M, THANGAVELU R, PUSHPAKANTH P, et al. First report of rhizome rot of banana caused by Klebsiella variicola in India [J]. Plant Disease, 2021, 105(7): 2011.

[22] FAN H C, ZENG L,YANG P, et al. First report of banana soft rot caused by Klebsiella variicola in China [J]. Plant Disease, 2016, 100(2): 517.

[23] HUANG Min, HE Pengfei, MUNIR S, et al. Ecology and etiology of bacterial top rot in maize caused by Klebsiella pneumoniae KpC4 [J/OL]. Microbial Pathogenesis, 2019, 139: 103906. DOI: 10.1016/j.micpath.2019.103906.

[24] LIN Li,WEI Chunyan,CHEN Mingyue,et al.Complete genome sequence of endophytic nitrogenfixing Klebsiella variicola strain DX120E [J/OL]. Standards in Genomic Sciences,2015,10(1): 22.DOI:10.1186/s40793-015-0004-2.

[25]? FULTON J C,KLEIN J M,BEC S, et al.Draft genome sequences of plantpathogenic Klebsiella variicola strains isolated from plantain in Haiti [J/OL]. Microbiology resource announcements,2020,9(29):e00336-20. DOI:10.1128/MRA.00336-20.

[26]? REYNAFLORES F, BARRIOSCAMACHO H, DANTNGONZLEZ E, et al. Draft genome sequences of endophytic isolates of Klebsiella variicola and Klebsiella pneumoniae obtained from the same sugarcane plant [J/OL]. Genome Announcements, 2018, 6(12): e0014718. DOI:10.1128/genomeA.00147-18.

[27] ROSENBLUETH M, MARTNEZ L, SILVA J, et al. Klebsiella variicola, A novel species with clinical and plantassociated isolates [J]. Systematic and Applied Microbiology, 2004, 27(1): 27-35.

收稿日期:2020-09-30修訂日期:2020 -11- 22

基金項(xiàng)目:

財(cái)政部和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部:國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(CARS-18-ZJ0304);2017年省級農(nóng)業(yè)發(fā)展和農(nóng)村工作專項(xiàng)(2017LM4168);2018年度廣東省農(nóng)業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化計(jì)劃項(xiàng)目

* 通信作者

E-mail:liujiping@scau.edu.cn

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